Le rôle de la métaphore en biologie

Berder, mars 2006

Sara Franceschelli (ENS­LSH & Rehseis), Philippe Huneman (IHPST)

1. Les métaphores dans la science  : le point de vue de la  philosophie des sciences
(Sara Franceschelli)                           

Quel rôle théorique ou méthodologique est à attribuer à l’utilisation des métaphores en
science?

La métaphore est entrée dans le langage de la philosophie des sciences pour illustrer
comment les modèles se situent et fonctionnent par rapport aux théories scientifiques et
comment une terminologie théorique est introduite dans le langage scientifique... On
parle   donc   de   « métaphore   pour »   ou     de   « métaphore   de »   modèles   ou   termes
théoriques.
Selon les différentes traditions philosophiques, la métaphore aura un statut particulier.

­ Dans la tradition formaliste (ou logiciste), une théorie scientifique est conçue
comme   un   système   déductif   représenté,   symboliquement,   par   le   calcul,   et
interprété,   empiriquement,   par   une   réduction   aux   observables.   Le   langage
« littéral »   de   la   théorie   est   constitué   par   des   symboles   et   par   des   termes
observationnels, tandis que les modèles ou les termes théoriques sont considérés
comme des métaphores de la théorie. Ils sont comparables à des paraphrases utiles
de la théorie, introduites  pour l’illustrer, par exemple, mais dépourvues de valeur
épistémique.
Vision de la métaphore comme comparaison : les expressions métaphoriques ne
sont rien d’autre qu’une forme elliptique de comparaison (exprimée en termes
littéraux). La métaphore dit peut­être quelque chose « mieux », mais elle n’ajoute
rien par rapport à l’expression littérale correspondante.

­ Vision interactive des métaphores (proposée dans le cadre d’une critique à la
philosophie des sciences néo­positiviste) : le langage n’a pas seulement le rôle de
représenter, mais aussi de donner forme à des concepts et à des significations. 
Selon cette vision, dans une métaphore deux sujets interagissent de façon qu’un
sujet   principal,   ou  focus,   est   vu   à   travers   un   sujet   subsidiaire,   ou   cadre.   Les

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 aspects,   les   implications   et   les   lieux­communs   normalement   associés   au   sujet
subsidiaire sont déplacés, ou transférés au sujet principal. Le transfert est sélectif,
c’est­à­dire   qu’il   travaille   comme   un   « filtre »   qui   produit   de   nouvelles
implications significatives pour le sujet principal. A cause de ce mécanisme de
filtrage, les métaphores sont en mesure de créer de nouvelles analogies. Elles ne
peuvent   donc   pas   être   traduites   en   une   expression   littérale   sans   perdre   de
signification (Max Black).
Mary Hesse a utilisé la vision interactive pour décrire la façon dont les modèles
scientifiques fonctionnent par rapport à la théorie. Elle veut à la fois modifier le
modèle   hempelien   d’explication   scientifique   par   une   théorie   de   la   fonction
métaphorique des modèles et traiter le problème de la formation des concepts dans
les théories scientifiques.
Selon Max Black, l’utilisation des modèles en sciences ressemble à l’utilisation
des métaphores interactives. C’est comme une tentative de mettre « un contenu
nouveau dans des bouteilles anciennes».

Le rôle performatif du langage scientifique  : les études de Evelyn Fox­Keller sur le
rôle de la métaphore dans le développement de la biologie

Dans  How to do things with words (1962, tr. fr. : Quand dire c’est faire), le philosophe
J.L.   Austin   soutient   que   la   fonction   du   langage   n’est   pas   toujours   ni   uniquement
descriptive : elle peut être aussi performative, d’où le terme « actes de parole ». Les
exemples   classiques   cités   par   Austin   sont   les   paris,   les   vœux   de   mariage,   les
déclarations  de  guerre...  Ils  ne  sont   pas  sujets   à   des  épreuves  de  falsification,  mais
doivent   être   évalués   selon   un   critère   différent,   par   exemple   leur   efficacité.   Ils   sont
nécessairement et intrinsèquement des énoncés sociaux qui dépendent de l’existence de
conventions établies entre les locuteurs concernant l’effet de certains mots prononcés
dans certaines circonstances par les personnes autorisées à produire de tels effets. Le
caractère performatif du langage s’étend bien au delà des actes de parole... (cela a été
montré par différents philosophes et théoriciens de la littérature).

La thèse d’Evelyn Fox­Keller (1995) est que tout langage, y compris celui de la science,
peut être soumis au critère d’efficacité. Les  énoncés descriptifs de la science peuvent
être performatifs dans un tout autre sens que les actes de parole : non pas parce qu’ils
mettraient directement en acte leurs référents, mais parce qu’ils influencent la façon
dont nous structurons et construisons notre monde social et matériel. Les métaphores
sont omniprésentes dans l’entreprise scientifique, et la distinction classique entre sens
littéral et sens métaphorique n’est guère plus soutenable dans le langage scientifique que
dans le langage ordinaire. D’où provient la force performative des énoncés descriptifs ?

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Selon Fox­Keller elle provient du rôle joué par les métaphores dans la constitution des
ressemblances   et   de   différences   sur   lesquelles   s’appuie   notre   catégorisation   des
phénomènes naturels, et dans l’incitation à réaliser telle expérimentation spécifique ou à
construire tel ou tel dispositif technique.
L’efficacité d’une métaphore, comme celle d’un acte de parole, dépend de l’existence de
conventions sociales partagées et en particulier, sans doute, de l’autorité conférée par
ces conventions à ceux qui en font usage.

Par exemple : deux métaphores pour parler du processus de fécondation biologique.
Du mythe de la Belle au bois dormant (pénétration, conquête et réveil de l’œuf par le
spermatozoïde, par exemple), à la fécondation exprimée dans le langage de l’égalité des
chances (définie par exemple, comme le processus de rencontre et de fusion de l’ovule
et  du   spermatozoïde).   Ce   changement   s’est   produit   sur  une  vingtaine   d’année,   et   il
correspond à une évolution radicale de la perception idéologique de la différence des
genres.
La   première   métaphore   a   entraîné   une   investigation   intensive   des   mécanismes
moléculaires   de   l’activité   spermatique   (fournissant   des   explications   chimiques   et
mécaniques   de   la   mobilité   des   spermatozoïdes,   de   leur   adhésion   à   la   membrane
cellulaire de l’ovule et de leur capacité à faire fusionner deux membranes), tandis que la
seconde a stimulé les recherches qui ont permis d’élucider les mécanismes à travers
lesquels l’œuf pouvait être considéré comme actif (par exemple, le fait qu’il produise les
protéines ou les molécules facilitant ou inhibant l’adhésion et la pénétration).

Le langage ne construisant pas la réalité à lui tout seul, l’efficacité spécifique d’une
métaphore scientifique ne se base pas seulement sur les ressources sociales disponibles,
mais   aussi   sur   les   ressources   techniques   et   naturelles   utilisables   pour   la   mettre   à
l’épreuve.  Quelles  sont   alors   les   difficultés   historiques   et  philosophiques  auxquelles
s’expose   toute   tentative   de   recenser   les   effets   performatifs   des   métaphores
scientifiques ?   Quelle   est   la   nature   des   relations   entre   l’évolution   des   métaphores
employées dans les discours scientifiques, l’émergence de nouveaux programmes de
recherche et les mutations sociales concomitantes ?
Fox­Keller ne répond pas sur un plan général, mais par des récits historiques (trois
chapitres)...

2. Quatre questions générales sur les métaphores en biologie.
(Philippe Huneman)

A. L’artefact, le discours fonctionnel, le design

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Impossible de décrire (ou d’expliquer ?)  des phénomènes biologiques sans parler de
fonction. Une machine ou un artefact est un tout constitué de parties fonctionnelles,
les   fonctions   pouvant   être   à   première   vue   déterminées   comme   le   rôle   que   les
ingénieurs assignent aux parties. Pour les organismes, les parties ont des fonctions
mais il n’y a pas d’ingénieur. Quelle est la légitimité du discours fonctionnel ? Est­il
métaphorique ou empiriquement fondé ?
• Une illustration : dès le début de la physiologie moderne, au XVIIème
siècle "On trouve dans le corps des appuis, des colonnes, des poutres, des
bastions,   des   leviers,   des   coins,   des   téguments,   des   pressoirs,   des
soufflets, des filtres, des canaux, des auges, des réservoirs. La faculté
d'exécuter des mouvements par le moyen de ces instruments s'appelle
fonction; ce n'est que par des lois mécaniques que ces mouvements se
font, et ce n'est que par ces lois qu'on peut les expliquer.” (Boerhaave,
Institutions de médecine, I, 121.) Question : est­ce que certaines parties
sont des soufflets, ou est­ce qu’elles fonctionnent comme  des soufflets ?
• Autre illustration : l’usage du terme de « design » dans la philosophie de
la biologie évolutionniste. 
a. Par exemple:   Williams sur les contraintes phylogénétiques et
l’optimisation:   “organisms   are   never  optimally   designed.
Designs  of organs, developmental programs etc. are legacies
from the past and natural selection can affect them in two ways.
It can adjust the numbers of  mutually exclusive designs  until
they   reach   frequency   dependent   equilibria,   often   with   one
design   that   excludes   alternatives.   It   can   also   optimize   a
design’s parameter so as to maximize the fitness attainable with
that   under   current   conditions.   This   is   what   is   meant   by
optimization in biology.” (1992, 56) Lauder (1996) examine les
limites   de   l’appréciation   d’un   trait   comme   adaptation   sur   la
base de son caractère « designed ».
b. Ou   encore   Williams   sur   les   phéromones   femelles :   « The
chemical   stimulus   that   recruit   the   male   is   a   communicative
adaptation   only   if   it   is   produced   by   machinery  designed  by
selection to produce that response.” (1992, 112).

Ici la sélection naturelle est “au moins” l’analogue de l’ingénieur
(ou,   mieux,   du   bricoleur,   cf.   Jacob).   (Noter   que   le   concept   de
sélection   naturelle   a   été   construit   en   analogie,   non   pas   avec
l’ingénieur, mais avec l’éleveur ou l’agriculteur, ceci précisément
pour exclure la dimension de plan : l’éleveur doit faire avec ce qu’il
a.) Le vocabulaire du design induit une heuristique, qui inclut tout

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 un champ lexical (« reverse engineering », cf. Dennett 1997, et.) . Il
englobe aussi  des termes économiques (coût, bénéfice, trade­off,
etc.) pris au sens propre.

B. Le discours de l’information en génétique.
Les   gènes   « codent »   pour   des   protéines.   « L’information   passe   de   l’ADN   aux
protéines mais pas l’inverse. » Le « programme » génétique. Le gène xx donne des
« instructions » pour la synthèse des protéines.  Le gène « code » pour tel trait. Et.
Le   vocabulaire   « informationnel »   s’est   imposé   dans   la   génétique   et   la   biologie
moléculaire des années 50 avec la proximité de la linguistique et de l’informatique.
(Noter que le passage se fait dans l’autre sens aussi, de la biologie vers les science
de l’nformation : un « virus », un ver », etc.) 
Une   réflexion   explicitement   dirigée   sur   le   sens   et   la   valeur   du   discours
informationnel en biologie s’est faite récemment, essentiellement avec les articles de
Maynard­Smith (2000), de Sarkar, etc. 
Le contexte était : la critique du génocentrisme par des praticiens de l’Evo­Devo,
et   parmi   eux,   surtout   les   tenants   de   la   Developmental   system   theory   (Oyama,  The
ontogeny of information, 1995 ; Griffith, Gray 1994 ; Gray, 2001) 
Leur critique porte sur la « causalité » des gènes. Dire que le gène cause le trait
signifie que, à environnement fixe, si on change le gène on change le trait. Mais avec ce
concept minimal de causalité, si on change l’environnement en gardant le gène fixe,
évidemment le trait change. Donc l’environnement est cause du trait au même sens que
le gène est cause du trait. « Parity thesis ». Si on a privilégié la causalité des gènes c’est
simplement pour des raisons pragmatiques de facilité d’étude, pas pour des raisons qui
tiennent à l’état des choses.
En   réponse,   Maynard­Smith   précise   que   la   causalité   des   gènes   est
informationnelle, à la différence de celle de l’environnement. Il tente donc de construire
une   notion   d’information  sémantique  (et   non   seulement  naturelle,   de   type   « fumée
indique feu »)   qui s’applique aux gènes. (Une conséquence est aussi de justifier le
« dogme   central   de   la   biologie   moléculaire. »)   L’information   ne   serait   pas   une
métaphore, même si rien en biologie moléculaire n’est une entité dotée de capacités
cognitives.
Problèmes posés, même si on accepte la notion : jusqu’où s’étend le contenu
informationnel : aux protéines ? aux traits ? etc.

C. Les termes relevant du vocabulaire mentaliste : « reconnaître », « signal »,
mémoire », etc. sont­ils métaphoriques ?
 Comme y a insisté Quine dans les années 50, les termes mentalistes ont la propriété
sémantique   d’être  des  contextes   de  référence  opaques.  C’est­à­dire :   une  phrase   qui

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comprend de tels termes n’est pas telle que, si on substitue à un nom un autre nom (ou
une  description définie) qui lui  est synonyme, la valeur de vérité  de la phrase peut
changer (ce  sont des termes dit « intensionnels » ; par opposition à « extensionnels »). 
Exemple : « je crois que George Bush n’aura pas le Nobel cette année » (P)
« je crois  que le Texan qui  préside les  Etats  Unis  n’aura pas le  Nobel cette
année » (P’)
La valeur de vérité de P n’est pas forcément la même que celle de P’ car il se peut que
j’ignore que « le Texan qui préside les Etats­Unis » est « George Bush ».
Noter   que   si   je   remplace   « crois »   par   n’importe   quel   terme   mentaliste   (espérer,
craindre, souhaiter, douter, etc.) il se passe la même chose.
Une  suggestion   de  Rosenberg  (1985,  dernier  chapitre) :  lorsqu’ils   sont   employés   en
biologie,   les   termes   mentalistes   n’ont   plus   exactement   cette   propriété   d’être   des
contextes référentiellement opaques. Dans cette mesure, ce ne sont pas des métaphores
ou des anthropomorphismes, mais des termes qui ont subi une redéfinition théorique. Ils
ne sont plus des termes « mentalistes » car ils ne sont plus intensionnels.
Question : est­ce que c’est vrai ?

D. Les métaphores en  tant  qu’outils  heuristiques. Exemple des « paysages »

(epigenetic landscape, fitness landscape, adaptive landscape, etc.) – cf. E.
Fox­Keller (et Sara)
Ces   concepts   de   Wright   (adaptive   landscape)   et   de   Waddington   (epigenetic
landscape)  ont une forte connotation visuelle. Ils permettent de « se représenter »
des choses qui sont conçues en termes mathématiques.
Mais la métaphore visuelle ici n’est­elle pas à double tranchant ?
Gavrilets   (2003)   souligne   que   le   « paysage   adaptatif »   a   poussé   à   poser   des
questions en termes de « passage de vallées adaptatives », d’« ascension de pics »,
etc.,   qui   concernent     fond   des   phénomènes     propres   à   notre   espace   en   trois
dimensions :  ils  ont   donné   lieu  à   d’importants   efforts  théoriques   (cf.  S.   Wright,
« shifting balance theory »). 
Or  les  espaces  où  ont  lieu  les  phénomènes   évolutionnistes  sont  à  un  très  grand
nombre   de   dimensions.   Leurs   topologies   ne   sont   plus   celles   de   l’espace
tridimensionnel, de sorte que les questions inspirées par l’espace tridimensionnel
risquent   de   ne   pas   être   pertinentes   (il   peut   y   avoir   des   « tunnels   à   fitness
équivalentes »   qui   passent   d’une   région   à   l’autre,   de   sorte   que   la   nécessité
d’expliquer un  passage par  une  vallée,  soit  une  décroissance de  fitness, n’a  pas
forcément cours.)

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Bibliographie

Bibliographie générale sur les métaphores et sur les modèles dans la science

Black M . (1962). Models and Metaphors. Cornell University Press.
Hesse M. (1966). Models and Analogies in Science. University of Notre Dame Press.
Boyd R. (1979). Metaphor and Theory Change : what is a “metaphor» a metaphor for ? In Metaphor and
Thought. Ed. A. Ortony. Cambridge University Press, 2nd ed., 1993, 356­402.
Kuhn T.S. (1979). Metaphor in Science. In Metaphor and Thought. Ed. A. Ortony. Cambridge University
Press, 2nd ed., 1993, 403­19.
Montuschi E. Metaphor in science. A Companion to the Philosophy of Science.

Le rôle performatif du langage scientifique

Fox­Keller E. (1995). Refiguring Life. Metaphors of  Tweintieth­Century Biology. Columbia University
Press. (Tr. Fr. Le rôle des métaphores dans le progrès de la biologie, Institut Synthélabo, Les empêcheurs
de penser en rond).

«  Design  », et métaphore de la machine

Canguilhem G. (1972) La connaissance de la vie, Paris, Vrin (chapitre sur les métaphores techniques).
Lewens T (2004). Organisms and artefacts. Design in nature and elsewhere. Cambridge University Press,
Cambridge.
Dennett   D   (1995)  Darwin’s   dangerous   idea.  Simons   &   Shuster,   New­York   (trad.  Darwin   est­il
dangereux ?, Odile Jacob 1997).
Lauder G (1996) “The argument from design”. Rose MR, Lauder G (eds) Adaptation. Academic Press,
San Diego, 55­91.
Kitcher P., “Function and design”, in Buller D (ed) (1999) Function, Selection, and Design. SUNY Press,
Series in Philosophy and Biology, Albany, NY.
Williams G., Natural selection. Domains, levels and challenges, Oxford University Press 1992.

Information

Griffiths P, Gray R (1994) “Developmental systems and evolutionary explanation”. Journal of philosophy
91: 277­304
Godfrey­Smith   P   (2000b)   Information,   arbitrariness   and   selection:   a   comment   on   Maynard­Smith.
Philosophy of science 67: 202­207.
Gray R. (2001). Selfish genes or developemetal system. In:  Singh R ., Krimbas K., Paul D., Beatty  J.
(eds.).  Thinking   about   Evolution:   Historical,   Philosophical   and   Political   Perspectives.   Cambridge,
Cambridge University Press, 184­207.
Maynard­Smith J (2000) The concept of information in biology. Philosophy of science, 67: 177­194.

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Termes métaphoriques comme redéfinitions théoriques et  visualisations

Rosenberg A (1985)  The structure of biological science.  Cambridge University Press, Cambridge MA

(dernier chapitre).
Gavrilets S., « Evolution and speciation in a hyperspace : the roles of neutrality, selection, mutation and
random   drift »,   Schuster   P.,   Crutchfield   J.   (eds),  Evolutionary   dynamics.   Exloring   the   interplay   of
selection, accident, neutrality and function, Oxford University Press, 2003.