comunicaciones de investigación
La primera estructura cristalina de la pirrolo [1,2- C] sistema de anillo
ISSN 2056-9890
Recibido el 19 de de julio de 2 019
Accepted 09 de agosto 2019
Editado por la WTA Harrison, Universidad de Aberdeen,
Escocia
palabras clave: estructura cristalina; pirrolo [1,2-
C] oxazol; enlaces de hidrógeno.
CCDC referencia: 1919738
Información de soporte: este artículo tiene información de
apoyo al journals.iucr.org/e
1336 https://doi.org/10.1107/S2056989019011095
oxazol
Mohamed M. Zreigh, una Harry Adams, si Richard FW Jackson si y Craig C. Robertson si*
una Departamento de Química, Facultad de Ciencias, Universidad Zawia, PO Box 16168, Zawia, Libia y si Departamento de Química de la Universidad de Sheffield,
Dainton edificio, Sheffield S3 7HF, Reino Unido. * Correspondencia e-mail: craig.robertson@sheffield.ac.uk
El compuesto del título, C 7 H 4 F 3 NO 2, 3-trifluorometilo-1 H- pirrolo [1,2- C] oxazol-1-ona, es la estructura de
cristal primera de la pirrolo [1,2- C] sistema de anillo oxazol: el sistema de anillo condensado es casi
planar (rms desviación = 0,006 Å). En el cristal, débil C-H O y C-H enlaces de hidrógeno F enlazan las
moléculas en [001] cadenas y - interacciones de apilamiento de consolidar la estructura.
1. Contexto Química
En el contexto de un enfoque para la síntesis de cetonas prolinederived 3 por la
catalizada por paladio propuesto Negishi acoplamiento del reactivo orgánico de
zinc 1 con cloruro de ácido 4-hidroxiprolina-derivado protegido 2, teníamos acceso
a una adecuada NO- diprotegido derivado 4-hidroxiprolina (Fig. 1). Nuestra
elección inicial era utilizar la protección de TFA, ya que las reacciones de
acoplamiento cruzado relacionadas con el cloruro de ácido una prolina protegida
por TFA había tenido éxito (Deboves et al.
2001), y así la preparación de NO- bis-tri fl uoroacetyl-4hydroxy- l- prolina 4 se
intentó. La preparación de este compuesto se había informado, pero sin un
procedimiento detallado (Mori et al., 1986). Tratamiento de ( 2S, 4 R) - 4-hidroxiprolina
con tri fl uoroacetic anhídrido TFAA (3 eq.) En diclorometano a 273 K, seguido
de calentamiento a reflujo, dio una mezcla de dos compuestos, que podrían
separarse por cromatografía en columna (Fig. 2). El compuesto más polar fue
el deseado Bis-
TFA protegido ( 2S, 4 R) - 4-hidroxiprolina 4 ( 47%), y el material menos polar fue
un desconocido subproducto 5 ( 52%). Esta
Figura 1
esquema de reacción propuesto para acceder a las cetonas en prolina derivada 3 a partir del acoplamiento de
Negishi de los reactivos orgánicos de cinc 1 con cloruros de ácido 4-hidroxiprolina derivados 2, específicamente
hacia la formación del compuesto 3
Figura 2
El esquema de reacción para la síntesis de 5 junto con el producto deseado 4.
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 comunicaciones de investigación

compuesto desconocido último exhibió señales en la región aromática del 1 H tabla 1

la geometría de enlaces de hidrógeno (a, ).
espectro de RMN, lo que sugiere que el grupo hidroxi se había eliminado y se
había formado un derivado de pirrol. El espectro de masas obtenido para 5 mostró re -H UNA re -H H UNA ABOGADO DE DISTRITO re -H UNA

un pico de base m / z 190 (100%), y el IR espectro exhibió una frecuencia de

C1-H1 O2 yo 0.98 2.46 3,2683 (13) 140
tensión en la región de carbonilo a 1781 cm 1. Se obtuvo una estructura cristalina C6-H6 F1 yo 0.93 2.53 3,4065 (13) 156
(véase más adelante), que confirmó que el compuesto era una nueva bicicleta,
1
código de simetría: (i) X; y þ 1
un raro representante de la pirrolo [1,2- C] sistema de anillo de oxazol como 2; z 2.

primera descrito por Katritzky et al. ( 2004).

hojas paralelas al plano (010) con capas alternas de CF interdigitados 3 grupos

y - sistemas de anillos apilados (Fig. 4). El más corto
Cuando la reacción se repitió bajo condiciones más suaves, omitiendo el
- apilamiento interacción entre
período de calentamiento bajo reflujo, la deseada Bis-
anillos N1 / C3-C6 centrosymmetrically relacionada tiene una separación centroide
TFA protegida 4-hidroxi- l- prolina 4 se obtuvo con un rendimiento casi cuantitativo, lo
centroid- de 3,5785 (7) Å con una distancia vertical de
que sugiere que se convierte parcialmente en la novela pirrolo [1,2- C] oxazol 5 condiciones
3,4196 (5) A y un desplazamiento de 1.017 A con un ángulo inter-planar de 0 .
bajo reflujo, presumiblemente por la eliminación de un compuesto intermedio de
estructura
6.
4. Base de Datos de encuesta

Una búsqueda en la base de datos estructurales de Cambridge (CSD, v5.40,

2. Comentario estructural actualización de febrero de 2019; novio et al., 2016) se realizó para confirmar que no ha

Compuesto 5 cristaliza en el grupo espacial monoclínico PAGS 2 1 / C: habido estructuras cristalinas anteriores de la pirrolo [1,2- C] sistema de anillo oxazol.

su unidad asimétrica se compone de una sola molécula (Fig. 3). El sistema

aromático bicíclico condensado es casi planar desviación rms [= 0,006 A; ángulo
diedro entre los cinco miembros anillos = 0,86 (6) ]. C7 Atom, que lleva los
5. Síntesis y cristalización
átomos de flúor, se desplaza del plano del anillo por 1.282 (1) se encuentra una
y F3 anti a O1 [O1-C1-C7-F3 = 176,33 (8) ]. En la molécula asimétrica Tri fl anhídrido uoroacetic (0,33 ml, 2,31 mmol, 2,1 eq) se añadió gota a gota a
arbitrariamente elegido, el centro estereogénico C1 tiene una una solución agitada de trans- 4-hidroxi- l-
prolina (144 mg, 1,1 mmol) en CH _ 2 Cl 2 ( 2 ml) a 273 K. La mezcla de reacción se
R Con fi guración pero simetría del cristal genera una mezcla racémica. calentó a temperatura ambiente y, a continuación, se calentó bajo reflujo durante
1,5 h. El exceso de CH 2 Cl 2 se retiró a presión reducida para dar un producto
bruto que se purificó por cromatografía en columna (gasolina: acetato de etilo,
80: 20%) para dar 3-trifluorometilo-1 H- pirrolo [1,2- C] oxazol-1-ona (0,11 g, 52%)
como un polvo blanco, pf 338-340 K; R F 0,27 (gasolina: acetato de etilo, 80:
3. Características supramoleculares
20%); v max ( película) / cm 1 3150, 2977,
En el cristal, se observan dos enlaces de hidrógeno débiles (Tabla 1) entre 5 y
la molécula adyacente relacionadas por la operación de simetría ( x, y + 1
2918, 1781, 1548, 1318, 1276; H ( 400 MHz; CDCl 3) 6,20 (1H, q, J = 3,5), 6,62 (1H, dd,
1
Estos forman entre el
2, z 2). J = 2,5, 4,0), 6,91 (1H, dd, J = 1.0, 4.0),
sp 3 hidrógeno H1 átomo y el oxígeno del carbonilo átomo de O2 y la H6 protón
7.12 hasta 7.15 (1H, m); C ( 100 MHz; CDCl 3) 111.2, 118.7, 119.2,
aromático y F1 de la tri fl omethyl grupo: juntos, generan una [001] de la
cadena. Las moléculas de empacar en

Figura 4
Ver a lo largo del si eje del cristal de embalaje para 5, que muestra las capas alternantes de CF interdigitados 3 grupos
figura 3 y sistemas de anillos bicíclicos. Los enlaces de hidrógeno se muestran como líneas de trazos; átomos de hidrógeno
La estructura molecular de 5, mostrando elipsoides de desplazamiento dibujadas en el nivel de probabilidad que no participan en la formación de estos enlaces se han omitido para mayor claridad.
del 50%.

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120,3 (CF 3, q, J = 283,0), 121,7, 156,7. Análisis calculado para C 7 H 3 NO 2 F 3: C, 43,9; H, Tabla 2
Detalles experimentales.
2,1; N, 7,3. Encontrado: C, 43,92; H, 2,16; NORTE,
7.10. m / z ( ES ) 190 ( METRO H) , 100%). Encontró: [ METRO H] fórmula Crystal datos
químicos C 7 H 4 F 3 NO 2
190.0115 C 7 H 3 NO 2 F 3 requiere 190,0116. La recristalización en éter de petróleo:
METRO r 191,11
acetato de etilo 80: solución al 20% condujo a bloques incoloros de 5. Sistema cristalino, grupo espacial monoclínico, PAGS 2 1 / C

Temperatura (K) 100

8,2767 (5), 8.5106 (5), 10,5500 (7)
El balance de masa (47%) fue la conocida Bis- TFA-4-hidroxi- l- prolina 4 ( Mori una, antes de Cristo ( UNA )

() 99,443 (3)
et al., 1986). V ( UNA 3) 733,07 (8)
Z 4
tipo de radiación Mes K

6. El refinamiento (mm 1) 0.18

El tamaño del cristal (mm) 0.43 0.32 0.32
datos de Crystal, recopilación de datos y la estructura de re detalles refinamiento se
Difractómetro la
resumen en la Tabla 2. Los átomos de H se colocaron geométricamente (C-H = 0,93
recopilación de datos CCD de Bruker APEXII
Å para sp 2 aromático y 0,98 Å para corrección de absorción Multi-scan ( SADABS; Bruker,
sp 3 átomos de metino CH) y re define como átomos de montar con parámetros relativos de 2009)
T min, T máx 0.700, 0.746
desplazamiento isotrópico T Yo asi( H) = 1,2 T eq de los átomos de los padres.
No. de medida, independiente y 13286, 1681, 1595
observado [ I> 2 ( YO)] re fl exiones
R En t 0,033
0,650
Agradecimientos (pecado / ) max ( UNA 1)

Agradecemos a la Universidad Zawia de apoyo (MMZ). Refinamiento

R [F 2> 2 ( F 2)], wR (F 2), S 0,030, 0,078, 1,08
Nº de reflexiones 1681
referencias No. de parámetros 118
tratamiento H-átomo parámetros H-átomo limitados
Bruker (2009). APEX2, SAINT y SADABS. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin,
max, min ( e A 3) 0,39, 0.30
EE.UU..
Deboves, HJC, Montalbetti, CAGN y Jackson, RFW (2001).
Programas de computador: APEX2 y SMO ( Bruker, 2009), SHELXT ( Sheldrick, 2015 a), SHELXL ( Sheldrick, 2015 si) y OLEX2
J. Chem. Soc. Perkin Trans. 1, pp. 1876-1884. ( Dolomanov et al., 2009).
Dolomanov, OV, Bourhis, LJ, Gildea, RJ, Howard, JAK y Puschmann, H. (2009). J. Appl.
Crist. 42, 339-341. Novio, CR, Bruno, IJ, Lightfoot, MP & Ward, SC (2016). Acta Cryst. si 72,
Mori, M., Uozumi, Y., Kimura, M. & Ban, Y. (1986). tetraedro, 42,
171-179.
Desde 3793 hasta 3.806. Sheldrick, GM (2015 una). Acta Cryst. UNA
71, 3-8. Sheldrick, GM (2015 si). Acta Cryst. C 71, 3-8.
Katritzky, AR, Singh, SK & Bobrov, S. (2004). J. Org. Chem. 69,
9313-9315.

1338 Zreigh et al. C 7 H 4 F 3 NO 2 Acta Cryst. ( 2019). mi 75, 1336-1338

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La primera estructura cristalina de la pirrolo [1,2- C] sistema de anillo oxazol

Mohamed M. Zreigh, Harry Adams, Richard FW Jackson y Craig C. Robertson

datos informáticos

Recopilación de datos: APEX2 ( Bruker, 2009); refinamiento celular: SMO ( Bruker, 2009); reducción de datos: SMO ( Bruker, 2009); programa (s) que se utiliza para resolver la

estructura: SHELXT (Sheldrick, 2015A); programa (s) que se utiliza para refinar la estructura: SHELXL

(Sheldrick, 2015b); gráficos moleculares: OLEX2 ( Dolomanov et al., 2009); software utilizado para preparar el material para su publicación: OLEX2 ( Dolomanov

et al., 2009).

3-trifluorometil-1 H- pirrolo [1,2- C] oxazol-1-ona

de datos de Crystal

C 7 H 4 F 3 NO 2 F( 000) = 384
METRO r = 191,11 re x = 1,732 Mg m -3
monoclínico, PAGS 2 1 / ca = 8,2767 Mes Ka radiación, λ = 0,71073 parámetros célula
(5) Å A de 9927 reflexiones
b = 8,5106 (5) Å θ = 3.1-27.6 °
c = 10,5500 (7) Å μ = 0,18 mm -1
β = 99,443 (3) ° T = 100 K Block,
V = 733,07 (8) Å 3 incoloro
Z=4 0,43 × 0,32 × 0,32 mm

Recopilación de datos

difractómetro Bruker 1681 Reflexiones independientes 1595

APEXII CCD con reflexiones yo > 2 σ (I) R int = 0,033
φ y ω exploraciones
corrección de absorción: multi-scan θ max = 27,5 °, θ min = 2,5 °
(SADABS; Bruker, 2009) h = -10 → 10
T min = 0.700, T max = 0,746 13286 k = -11 → 11
reflexiones medidos l = -13 → 13

Refinamiento

refinamiento de F 2 ubicación del sitio de hidrógeno: inferirse de sitios

De mínimos cuadrados de matriz: full vecinos parámetros H-átomo constreñido
R [F 2 > 2 σ (F 2)] = 0,030
wR (F 2) = 0,078 w = 1 / [ σ 2 ( F o2) + ( 0,0348 PAGS) 2 + 0.3122 PAGS]
S = 1.08 dónde P = (F o2 + 2 F c2) / 3 (Δ / σ) max
1681 reflexiones 118 < 0.001 Δ ρ max = 0,39 e Å -3
parámetros 0
Ataduras Δ ρ min = -0,30 e Å -3

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detalles especiales

Geometría. Todos los ESD (excepto el esd en el ángulo diedro entre dos planos ls) se estiman utilizando la matriz de covarianza completa. Los ESD celulares se tienen en cuenta
de forma individual en la estimación de los ESD en distancias, ángulos y ángulos de torsión; las correlaciones entre los ESD en los parámetros celulares se utilizan solamente
cuando son definidos por simetría del cristal. An (isotrópica) de tratamiento aproximado de ESD de células se utiliza para la estimación de los ESD que implican ls planos.

coordenadas atómicas fraccionarias y los parámetros de desplazamiento isotrópico isotrópicas o equivalente (Å 2)

X y z T Yo asi*/ T eq

N1 0,20468 (11) 0,42629 (11) 0,56351 (8) 0,0174 (2)

O1 0,14217 (9) 0,27976 (9) 0,72729 (7) 0,01878 (18)
O2 0,08840 (11) 0,47329 (9) 0,86114 (7) 0,02351 (19)
C1 0,19006 (13) 0,26514 (12) 0,60398 (10) 0,0173 (2)
H1 0.107086 0.208458 0.544158 0,021 *
C2 0,12893 (12) 0,43833 (12) 0,76072 (10) 0,0176 (2)
C3 0,17020 (12) 0,52963 (12) 0,65500 (9) 0,0168 (2)
C4 0,18460 (13) 0,68045 (13) 0,61032 (10) 0,0197 (2)
H4 0.167818 0.773574 0.652411 0,024 *
C5 0,22998 (13) 0,66468 (14) 0,48775 (11) 0,0221 (2)
H5 0.248941 0.747088 0.434193 0,027 *
C6 0,24167 (14) 0,50640 (14) 0,46028 (10) 0,0215 (2)
H6 0.269396 0.463188 0.385775 0,026 *
C7 0,35527 (14) 0,18148 (13) 0,61947 (11) 0,0211 (2)
F1 0,34284 (9) 0,03455 (8) 0,66179 (7) 0,03022 (19)
F2 0,46888 (8) 0,25554 (9) 0,70256 (7) 0,03067 (19)
F3 0,40810 (8) 0,17430 (9) 0,50653 (7) 0,02723 (18)

parámetros de desplazamiento atómica (Å 2)

T 11 T 22 T 33 T 12 T 13 T 23
N1 0,0210 (4) 0,0154 (4) 0,0160 (4) -0,0006 (3) 0,0032 (3) 0,0002 (3)
O1 0,0248 (4) 0,0147 (4) 0,0178 (4) -0,0008 (3) 0,0064 (3) 0,0003 (3)
O2 0,0321 (4) 0,0207 (4) 0,0193 (4) 0,0014 (3) 0,0089 (3) -0,0002 (3)
C1 0,0204 (5) 0,0153 (5) 0,0163 (5) -0,0018 (4) 0,0034 (4) -0,0002 (4)
C2 0,0179 (5) 0,0149 (5) 0,0195 (5) -0,0003 (4) 0,0019 (4) 0,0002 (4)
C3 0,0168 (5) 0,0167 (5) 0,0169 (5) -0,0008 (4) 0,0023 (4) -0,0014 (4)
C4 0,0180 (5) 0,0166 (5) 0,0243 (5) -0,0009 (4) 0,0024 (4) 0,0014 (4)
C5 0,0201 (5) 0,0217 (5) 0,0243 (5) -0,0020 (4) 0,0028 (4) 0,0071 (4)
C6 0,0242 (5) 0,0241 (5) 0,0168 (5) -0,0007 (4) 0,0049 (4) 0,0039 (4)
C7 0,0229 (5) 0,0185 (5) 0,0221 (5) 0,0003 (4) 0,0044 (4) 0,0000 (4)
F1 0,0360 (4) 0,0185 (4) 0,0383 (4) 0,0071 (3) 0,0122 (3) 0,0059 (3)
F2 0,0220 (3) 0,0351 (4) 0,0319 (4) 0,0010 (3) -0,0045 (3) -0,0043 (3)
F3 0,0265 (4) 0,0300 (4) 0,0275 (4) 0,0021 (3) 0,0113 (3) -0,0018 (3)

Parámetros geométricos (Å, º)

N1-C1 1,4474 (13) C3-C4 1,3792 (15)

N1-C3 1,3700 (13) C4-H4 0.9300

Acta Cryst. ( 2019). mi 75, 1336-1338 SUP-2

 información de soporte

N1-C6 1,3617 (14) C4-C5 1,4108 (15)

O1-C1 1,4262 (12) C5-H5 0.9300
O1-C2 1,4036 (13) C5-C6 1,3846 (16)
O2-C2 1,2000 (13) C6-H6 0.9300
C1-H1 0.9800 C7-F1 1,3374 (13)
C1-C7 1,5265 (15) C7-F2 1,3339 (13)
C2-C3 1,4456 (14) C7-F3 1,3363 (13)

C3-N1-C1 111,31 (8) C3-C4-H4 127,0

C6-N1-C1 138,68 (9) C3-C4-C5 106,00 (9)
C6-N1-C3 110,01 (9) C5-C4-H4 127,0
C2-O1-C1 110,98 (8) C4-C5-H5 125,6
N1-C1-H1 111.1 C6-C5-C4 108,82 (10)
N1-C1-C7 110,90 (9) C6-C5-H5 125,6
O1-C1-N1 103,62 (8) N1-C6-C5 106,68 (10)
O1-C1-H1 111.1 N1-C6-H6 126,7
O1-C1-C7 108,73 (8) C5-C6-H6 126,7
C7-alquilo C1-H1 111.1 F1-C7-alquilo C1 110,80 (9)
O1-C2-C3 106,55 (8) F2-C7-alquilo C1 111,87 (9)
O2-C2-O1 120,33 (9) F2-C7-F1 107,88 (9)
O2-C2-C3 133,12 (10) F2-C7-F3 108,00 (9)
N1-C3-C2 107,54 (9) F3-C7-alquilo C1 110,14 (9)
N1-C3-C4 108,48 (9) F3-C7-F1 108,01 (9)
C4-C3-C2 143,96 (10)

N1-C1-C7-F1 177,53 (8) C1-O1-C2-O2 179,38 (9)

N1-C1-C7-F2 57,11 (12) C1-O1-C2-C3 -0,12 (11)
N1-C1-C7-F3 -63,02 (11) C2-O1-C1-N1 -0,25 (11)
N1-C3-C4-C5 -0,21 (12) C2-O1-C1-C7 117,77 (9)
O1-C1-C7-F1 64,22 (11) C2-C3-C4-C5 -178,20 (14)
O1-C1-C7-F2 -56,21 (11) C3-N1-C1-O1 0,55 (11)
O1-C1-C7-F3 -176,33 (8) C3-N1-C1-C7 -115,95 (9)
O1-C2-C3-N1 0,46 (11) C3-N1-C6-C5 -0,03 (12)
O1-C2-C3-C4 178,46 (14) C3-C4-C5-C6 0,20 (13)
O2-C2-C3-N1 -178,94 (11) C4-C5-C6-N1 -0,11 (13)
O2-C2-C3-C4 -0,9 (2) C6-N1-C1-O1 -178,81 (12)
C1-N1-C3-C2 -0,64 (11) C6-N1-C1-C7 64,69 (16)
C1-N1-C3-C4 -179,40 (8) C6-N1-C3-C2 178,91 (9)
C1-N1-C6-C5 179,34 (11) C6-N1-C3-C4 0,15 (12)

la geometría de enlaces de hidrógeno (a, º)

re -H ··· UNA re -H H ··· UNA re ··· UNA re -H ··· UNA

C1-H1 ··· O2 yo 0.98 2.46 3,2683 (13) 140

C6-H6 ··· F1 yo 0.93 2.53 3,4065 (13) 156

código de simetría: (i) X, - y + 1/2, z -1/2.

Acta Cryst. ( 2019). mi 75, 1336-1338 sup-3