Sukma Nuswantara

Pelatihan Konsep dan Aplikasi Diagnostik Molekuler PCR dan qPCR

Poltekkes Kemenkes
Jakarta 16 Oktober 2019
THE PUNCH CARD
1940 – 1970an
THE REMOVABLE MEDIA
STORAGE CARD & MEMORY CARD
 DNA (DEOXYRIBONUCLEIC ACID)
DNA (deoxyribonucleic acid) adalah molekul pembawa informasi genetik yang
spesifik, diperlukan untuk tumbuh dan berkembang dan dapat ber-replikasi di
dalam sel mahluk hidup
DNA = molekul besar tersusun atas banyak sub-unit
Sub-unit = nukleotida
Tiap nukleotida terdiri dari :
- Gula deoksiribose
- Fosfat group
- Basa organik
NUKLEOTIDA

PURINE PYRIMIDINE
 FUNGSI DNA (DEOXYRIBONUCLEIC ACID)

- DNA adalah polymer panjang, yang terdiri dari unit-unit nukleotida serta dihubungkan
dengan backbone gula dan grup fosfat
- Penyimpan informasi genetic seumur hidup dan dari generasi ke generasi
- Bersifat sebagai blueprint/cetakan informasi tetapi tidak mengeksekusi langsung
- Menyandi asam-amino dan protein
- Selain berfungsi sebagai Gen, area antar gen berfungsi sebagai pendukung structural
dan mengatur ekspresi informasi genetik
 CENTRAL DOGMA
DALAM BIOLOGI MOLEKULER

DNA • Duplikasi
REVERSE

mRNA
TRANSKRIPSI

Protein
TRANSLASI
STRUKTUR DNA
 SEJARAH PANJANG DNA:
IDE AWAL, PENEMUAN & APLIKASINYA
1859 - Charles Darwin publishes The Origin of Species
1866 - Gregor Mendel discovers the basic principles of genetics
1869 - Friedrich Miescher identifies "nuclein"
1900 – Mendel's theories are rediscovered by researchers
1902 - Sir Archibald Edward Garrod is the first to associate Mendel's theories with a human disease
1944 - Oswald Avery identifies DNA as the 'transforming principle'
1950 - Erwin Chargaff discovers that DNA composition is species specific
1952 - Rosalind Franklin photographs crystallized DNA fibres
1953 - James Watson and Francis Crick discover the double helix structure
of DNA
1953 - George Gamow and the “RNA Tie Club”
1959 - An additional copy of chromosome 21 linked to Down's syndrome
1965 - Marshall Nirenberg is the first person to sequence the bases in each codon
1977 - Frederick Sanger develops rapid DNA sequencing techniques
1983 - Huntington's disease is the first mapped genetic disease
1990 - The first gene associated with increased susceptibility to familial breast and ovarian cancer is identified
1990 - The Human Genome Project begins
1995 - Haemophilus Influenzae is the first bacterium genome sequenced
1996 - Dolly the sheep is cloned
1996 - 'Bermuda Principles' established
1999 - First human chromosome is decoded
2000 – Genetic code of the fruit fly is decoded
2002 – Mouse is the first mammal to have its genome decoded
2003 – The Human Genome Project is completed
2013 – DNA Worldwide and Eurofins Forensic discover identical twins have differences in their genetic makeup
LOKASI DNA PADA PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK
DNA : DEOXYRIBONUCLEIC ACID

1. Basa nitrogen:
• Adenine (A)
• Cytosin (C)
• Guanine (G)
• Thymone (T)

2. Gula @5 Carbon
• Ribose (RNA)
• Deoxy-ribose
(DNA)

3. Fosfat (P)
UNIVERSALITAS KODE GENETIK

1. Semua bentuk kehidupan

menggunakan kode genetic yang
sama dengan beberapa
perbedaan kecil

2. Bersifat Degeneratif : setiap asam

amino dapat disandi oleh
beberapa kodon alternatif
DNA, GEN DAN KROMOSOM
 G E N = GENA = GENE
• Gen adalah segmen DNA terkecil yang fungsional (menyandi protein) dan dibatasi
oleh penyandi START dan STOP

• Gen terdiri dari 3 bagian/area utama:

- Area penyandi (coding region) = Exon
- Area non-penyandi (non-coding region) = Intron
- Area regulator (regulatory region)
STRUKTUR GEN EUKARYOTIK
STRUKTUR GEN PROKARYOTIK
 AREA REGULATOR SEBUAH GEN

EUKARYOTIK

PROKARYOTIK
KROMOSOM
 RNA: RIBONUCLEIC ACID

JENIS RNA:
- Messenger RNA (mRNA) : 5% total RNA
- Transfer RNA (tRNA) : 15% total RNA
- Ribosomal RNA (rRNA) : 80% total RNA
DNA vs RNA
DNA RNA
 KARAKTERISTK RNA DNA
Basa nitrogen Adenine, RNA, Uracyl, Adenine, RNA, Thymine,
Cytosinean & GUanine Cytosinean & GUanine

Utas (standedness) Single strand (utas tunggal) Doublesiddd (Utas ganda-

Lokasi Nucleus dan sitoplasma Hanya pada inti
Fungsi - Transfer informasi genetis Mengandung dan
- Simtesis protein menyimpan informasi untuk
sintesis protein
Gula pentosa Mempunyai grup hidroksil pada Tidak ada grup hidroksil pada
2 C atom 2C
 PERANAN IKATAN PHOSPHODIESTER
Ikatan antara Phosphate Group dengan Gula

Fungsi :
- Merupakan ikatan penting karena membentuk backbone pada asam nukleat
- Menghubungkan nucleotida secara berturut-turut pada asam nukleat, dari 3’ C satu gula ke 5’ C pada gula yang lain
 BAGAIMANA DNA DIANALISIS ?

1. EKSTRAKSI/ISOLASI DNA
2. PENGUKURAN KONSENTRASI DNA
3. ELEKTROFORESIS DNA
4. VISUALISASI DNA
5. PCR & REAL TIME PCR (SESI TERSENDIRI)
6. DNA SEQUENCING
7. ANALISIS SEQUENCE
PRINSIP EKSTRAKSI/ ISOLASI DNA

• Semua sampel
biologis/klinis
SAMPEL

• Penghancuran
dinding/membrane sel
LISIS

• Pemisahan DNA dari

komponen sel lain
PEMURNIAN
DNA
(protein, RNA, dll)

Sumber : Bioneer, Korea

 METODA PEMURNIAN DNA
• Semua sampel 1. EKSTRAKSI KIMIA & ENZIMATIS
2. PENEMPELAN PADA PARTIKEL SILIKA
biologis/klinis
SAMPEL 3. PENEMPELAN PADA MEMBRAN SILIKA
4. MAGNETIK

• Penghancuran
dinding/membrane sel
LISIS

• Pemisahan DNA dari

komponen sel lain
PEMURNIAN
DNA
(protein, RNA, dll)
 PENGUKURAN KONSENTRASI DNA

ds DNA 1 A260 = 50 ug/ml

ALAT: ssDNA 1 A260 = 33 ug/ml
1. Spektrofotometer UV/VUS ssRNA 1 A260 = 40 ug/ml
2. Nano-Drop (ALTERNATIF)
 ELEKTROFORESIS
Pemisahan DNA atas dasar berat molekul pada suatu medan listri dengan pada suatu media
BAGAIMANA URUTAN DNA DIKETAHUI ?
CONTOH URUTAN BASA SEBUAH GEN
video
TERIMAKASIH