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Tras casi tres siglos de dominio español, las primeras ideas independentistas empiezan a
aparecer en las Américas, causando progresivamente el levantamiento en armas de varios
pueblos en el continente. El 9 de octubre de 1820 se dio en Guayaquil un movimiento
emancipador que depuso el gobierno español e instaló uno criollo encabezado por José
Joaquín de Olmedo. Para noviembre de aquel año se instaló una asamblea donde los
representantes del pueblo crearon la Provincia Libre de Guayaquil como estado soberano,
redactaron su primera constitución, y acordaron crear un ejército libertador con el
objetivo de independizar el resto de la Real Audiencia. Se efectuaron varias batallas frente
a las tropas realistas para asegurar la independencia de la provincia y desplazarse hacia la
serranía, también llegaron refuerzos colombianos al mando de Antonio José de Sucre, y
el proceso terminaría a mediados de 1822 en la batalla de Pichincha. Luego de
ello, Simón Bolívar anexó la Provincia Libre a la Gran Colombia vía manu militari,
transformándose en un departamento de aquel país hasta su desintegración.
Desde 1830, Guayaquil pasó a formar parte de Ecuador, meses después de su creación.
Los problemas políticos dominaron al gobierno por 15 años de administración
Floreana hasta el estallido de la Revolución marcista en la ciudad en 1845, impulsando
un nuevo modelo civilista, aunque luego volvió al militarista. Después del período
marcista, en 1859 comenzó el período del garcianismo que se desarrollaría en base a las
medidas de tendencia conservadora, lo cual restó importancia económica a la ciudad, que
también tuvo que soportar las pretensiones de invasión peruanas. Sin embargo,
en1895 inició en Guayaquil la Revolución liberal que impulsó a Eloy Alfaro al poder,
tras lo cual se reactivó el comercio guayaquileño, brindándole mayor importancia política
a la cúpula de empresarios y banqueros del litoral en gobiernos liberales sucesores, lo
cual ayudaría a la ciudad a recuperarse rápidamente del Gran Incendio de 1896.