Bioquímica Ambiental

Clase 7
ENZIMAS
• Catalizadores biológicos. Se conocen desde el s. XIX (ej: digestión en
estómago, fermentación alcohólica)
• Sin enzimas, la mayor parte de las miles de reacciones bioquímicas
que sustentan los procesos vitales ocurrirían a velocidades
imperceptibles.
• Casi todo proceso en los seres vivos sucede a causa de reacciones
catalizadas por enzimas.
• Con la excepción de un pequeño grupo de moléculas de RNA
catalítico, todos los enzimas son proteínas.
Características clave de las enzimas
• Aumentan las velocidades de reacción (Se han
observado aumentos de la velocidad de 107 a 1019 veces)
• Proveen una vía de reacción alternativa que requiere
menos energía de activación que la reacción sin catalizar
• Catalizan las reacciones directas y las inversas de las
reacciones reversibles. No alteran el equilibrio de la
reacción, solo aumentan la velocidad hacia el equilibrio.
• Presentes usualmente en bajas concentraciones porque
no son consumidas por las reacciones
• Controladas mediante mecanismos regulatorios
• El estado de transición de los sustratos reactivos se une
en los sitios activos de la enzima  sumamente
especificas para las reacciones que catalizan (en contraste
con los catalizadores inorgánicos).
• La energía libre de activación, ΔG‡:
cantidad de energía para convertir 1 mol
de moléculas de sustrato (reactivo)
desde el estado basal (la forma estable
de baja energía de una molécula) al
estado de transición.
• ΔG°: Energía liberada durante la reacción.
• Cada tipo de enzima contiene una superficie de unión
única e intrincada, que se denomina sitio activo.
• Una parte significativa de la energía utilizada para el
incremento de la velocidad de las reacciones enzimáticas
procede de interacciones débiles (enlaces de hidrógeno,
interacciones hidrofóbicas e interacciones iónicas) entre
enzima y sustrato.
• Las interacciones débiles están optimizadas en el estado
de transición de la reacción; los sitios activos de los
enzimas son complementarios no a los sustratos per se,
sino a los estados de transición a través de los que pasan
los sustratos al ser convertidos en productos durante una
reacción enzimática. Es decir: Las interacciones débiles
entre enzima y sustrato son óptimas en el estado de
transición
Algunos enzimas no requieren para su actividad más grupos químicos que sus residuos
aminoácidos.
Otros requieren un componente químico adicional llamado cofactor. El cofactor puede
ser uno o varios iones inorgánicos tales como Fe2+, Mg2+, Mn2+ o Zn2+ o una molécula
orgánica o metaloorgánica compleja denominada coenzima
• Un enzima completo catalíticamente activo junto con su coenzima y/o iones metálicos
se denomina holoenzima.
• Un coenzima o ion metálico unido covalentcmente o fie manera muy fuerte a la
proteína enzimálica se denomina grupo prostético. La parte proteica de tal enzima se
denomina apoenzima.
• Las cadenas laterales de los aminoácidos del sitio activo de las
enzimas catalizan transferencias de protones y sustituciones
nucleofilas. Otras reacciones requieren cofactores no proteicos, es
decir, cationes metálicos y coenzimas.
• Los iones metálicos son electrofilos eficaces y ayudan a orientar al
sustrato dentro del sitio activo. Además, determinados cationes
metálicos intervienen en las reacciones redox.
• Las coenzimas son moléculas orgánicas que tienen diversas funciones
en la catálisis enzimática.
CLASIFICACIÓN DE LAS ENZIMAS
1. Oxidorreductasas. Catalizan reacciones redox en las cuales cambia el estado de oxidación de uno o
mas átomos en una molécula. Ej: deshidrogenasas y reductasas. Así alcohol deshidrogenasa cataliza
la oxidación de etanol. Otros ej: oxidasas y las peroxidasas.
2. Transferasas. Transfieren grupos moleculares de una molécula donadora a una aceptora. A menudo
incluyen el prefijo trans; ej: transmetilasas y transaminasas.
3. Hidrolasas. Catalizan reacciones en las que se logra la rotura de enlaces como C—O, C—N y O—P
por la adicion de agua. Ej: fosfatasas y proteasas.
4. Liasas. Catalizan reacciones en las que ciertos grupos (p. ej., H2O, CO2 y NH3) se eliminan para
formar un doble enlace, o se anaden a un doble enlace. Ej: hidratasas, deshidratasas, y sintasas.
5. Isomerasas. Grupo heterogéneo, catalizan varios tipos de reordenamientos intramoleculares. Ej: Las
isomerasas de los azucares interconvierten aldosas (azucares que contienen aldehidos) en cetosas
(azucares que contienen cetona).
6. Ligasas. Catalizan la formación de enlaces entre dos moléculas de sustrato. Ej: DNA ligasa une
fragmentos de cadenas de DNA. Los nombres de muchas ligasas incluyen el termino sintetasa
CINÉTICA ENZIMÁTICA
La cinética enzimática es el estudio cuantitativo de la catálisis de las
enzimas.
Los estudios cinéticos miden las velocidades de reacción y la afinidad
de las enzimas por los sustratos y por los inhibidores.

• Ecuación de Michaelis-Menten

-constante de Michaelis (Km) es equivalente a la

concentración de sustrato a la cual V es la mitad de Vmax
-En la mayoría de los estudios cinéticos se determinan las
velocidades iniciales.
• El modelo cinético de Michaelis-Menten explica varios aspectos del
comportamiento de muchas enzimas.
• Cada enzima tiene una Km característica para un sustrato particular
bajo condiciones especificadas. Cuanto menor es el valor de Km,
menor es la [S] requerida para llegar a 1/2 Vmax y, por lo tanto,
mayor es la “afinidad” de la enzima por el sustrato.
ENZIMAS ALOSTÉRICAS
Aunque el modelo de Michaelis-Menten es una
herramienta muy útil, no explica las
propiedades cinéticas de muchas enzimas.
• Ej: muchas enzimas con varias subunidades
son a menudo sigmoideas en lugar de
hiperbólicas, como lo predice el modelo de
Michaelis-Menten.

Enzima alostérica: Grafica de

velocidad de reacción frente a
concentración de sustrato
sigmoideo.
Efecto de la T y el pH
• La temperatura optima de una enzima, aquella a la que actúa con su
máxima eficiencia
• Los cambios drásticos del pH a menudo provocan desnaturalización.
• La mayoría son activas solo dentro de un intervalo estrecho de pH. Por esta
razón, los seres vivos emplean amortiguadores para regular rigurosamente
el pH. El valor de pH en el que la actividad de una enzima es maxima se
denomina pH óptimo
Regulación enzimática
• Los organismos pueden controlar las actividades enzimáticas de forma directa. El
control se realiza mediante:
• (1) Control genético: Ej, E. coli cultivadas sin el azúcar lactosa no pueden
metabolizar al principio este nutriente cuando se introduce en el medio de
cultivo de la bacteria. Sin embargo, la introducción de lactosa en ausencia de
glucosa activa los genes que codifican las enzimas necesarias para utilizar la
lactosa como fuente de energía. Tras consumirse toda la lactosa, se interrumpe la
síntesis de estas enzimas.
• (2) Modificacion covalente: Algunas enzimas son reguladas por la interconversion
reversible entre sus formas activa e inactiva. Muchas de estas enzimas poseen
residuos especifi cos que pueden ser fosforilados y desfosforilados. Por otra
parte, varias enzimas se sintetizan y almacenan en forma de precursores inactivos
denominados proenzimas o zimógenos. Estos se convierten en las enzimas
activas por la rotura irreversible de uno o varios enlaces peptidicos.
• (3) regulación alosterica: En cada vía bioquímica hay una o mas
enzimas cuya actividad catalítica puede modularse mediante
unión de moléculas efectoras. Esta unión de ligandos a los sitios
alostericos de tales enzimas induce rápidos cambios de
conformación que pueden incrementar o reducir su velocidad de
unión al sustrato.
• El ligando puede ser el mismo que el sustrato (efecto
homoprótico) u otro diferente al sustrato (efecto heterotrópico)

Ejemplo de inhibición por

retroalimentación
• (4) compartimentación: La intrincada arquitectura interna
de las células contiene compartimentos (p. ej., los
organelos de las eucariotas) y microcompartimentos de
diversos tipos (p. ej., enzimas individuales o complejos
multiproteinicos unidos amembranas o a filamentos
citoesqueléticos).

• División y control. La separación física de reacciones en mutua

competencia (p. ej., aquellas en las que una revierte lo hecho por
otra, como en el caso de las cinasas y las fosfatasas) impide el
derroche de recursos.
• Condiciones de reacción especializadas. Determinadas
reacciones requieren de un ambiente con propiedades
únicas.
• Control de daños. La segregación de productos
potencialmente tóxicos.
• Barreras a la difusión. Las células crean
microambientes en los que se concentran las enzimas y
sus sustratos, y mediante la canalización de
metabolitos, que es la transferencia de moléculas de
producto de una enzima a la siguiente en un complejo
multienzimatico.
• Para la siguiente clase, buscad información sobre 2 ejemplos de
enzimas relacionadas con factores ambientales extremos.