Como si hubiese sido poco el estrago provocado por la fiebre amarilla a
principios de siglo, un devastador terremoto azotó a Perú el 3 de noviembre de 1655, a las 2:45 de la tarde, causando miles de muertos y derrumbando todo Lima y el Callao incluyendo el barrio de Pachacamilla… todo, salvo la imagen del Cristo pintada por Benito, que quedó en pie, intacta y perfectamente preservada. Ante el desastre, los limeños hicieron muchas peticiones al Señor. Había una profunda conciencia de que habían pecado y muchos pedían perdón. Pero unos años después la imagen pasó al olvido. El segundo milagro 15 años más tarde, en 1670, Antonio León de la parroquia de San Sebastián, al pasar junto a una acequia y basural, encontró la imagen del Señor en la pared abandonada pero aún intacta. Entonces Antonio de León arregló el lugar, construyó un altar y comenzó a venerar la imagen. Ocurrió entonces el segundo milagro: Antonio, sufría de un tumor maligno y de terribles dolores de cabeza, pero fue sanado milagrosamente. Aquel milagro le fortaleció en su fe y lo propagó por todas partes. Pronto muchas personas acudían al Cristo milagroso. La mayoría de ellos eran negros y pobres. Se reunían los viernes por la noche a rezar y cantar ante el Señor con arpa, cajón y músicos. El tercer milagro Al año siguiente, en 1671, más de un centenar de personas se reunían para alabar con sus cantos y fiestas al Señor. Aquellas reuniones atraían a toda clase de personas, no todas venían por buenas razones. En septiembre de l671 las autoridades intervinieron para prohibir las reuniones y mandaron a destruir la imagen de Cristo pintando sobre ella. Cuando el pintor trató de cubrir la imagen con pintura, sufrió temblores y paralización, no pudiendo ejecutar la orden, aunque trató varias veces. Luego un soldado de Balcázar voluntariamente intentó realizar la tarea, pero tampoco logró hacerle daño a la imagen, y según relató después, cuando estaba frente a la imagen, vio que esta embellecía y que la corona se tornaba verde. La historia popular cuenta que en ese momento se oscureció el cielo y comenzó una gran lluvia, como nunca se había visto en Lima. Informado el Virrey de lo acontecido, decidió revocar la orden y darle culto a la imagen. El 14 de septiembre de 1671, fiesta de la exaltación de la Cruz, se celebró la primera misa ante el Cristo de Pachacamilla. Fue la primera vez que se le empezó a llamar “El Santo Cristo de los Milagros o de las Maravillas”. Pero unos años después todo volvió a quedar en el olvido. El cuarto milagro Diecisiete años después, en octubre de 1687, un terremoto y su seguido maremoto arrasaron con el Callao y parte de Lima y derribaron la capilla edificada en honor del Santo Cristo… pero otra vez ¡Solo quedó en pie la pared con la imagen! Ante aquel portentoso evento, el dolor por la devastación sufrida, y al temor por los continuos temblores, el 20 de octubre de 1687 se confeccionó una copia al óleo de la imagen y por primera vez, salió la Procesión del Señor de los Milagros por las calles de Lima. Inmediatamente los temblores cesaron.