REPARACIÓN Y RECOMBINACIÓN.

 Ya que la molécula de DNA es el centro que almacena la información es

necesario que este excepta de daño y si ocurre es necesario que se den
mecanismo para la reparación de esta
 Siempre el DNA debe tener una cualidades de mantener la información
constante
 Recombinación, a pesar de que el DNA debe mantener la fidelidad de la
información de este, también hay variables y eso tiene una relación directa
con que todos seamos distintos.
DAÑO
El DNA está en el núcleo, en una doble hélice pero esta puede tener daño, por
mecanismo intrínseco (dentro de la célula) o extrínsecos (exterior de la célula) .ej. ,
daños en el metabolismo celular, como las especias reactivas del oxígeno, por
exposición a la radiación, radiación ionizante, luz ultravioleta, agentes químicos o
errores propios del proceso replicativo (ya que la polimerasa podían polimerizar y
adicionar reparar pero no siempre la cumplen).
Cómo se puede dañar
 Rompa una de las hebras
 Rompan las dos hebras
 La base se daña
 Se forma dímeros (las bases que deberían unirse a la complementaria se
aparean en la misma cadena)
 Entrecruzamiento de bases , es decir , que siguen la regla de A T, sino que
A se uniría con una base que no corresponda
Se puede hablar de muchos daño, pero lo puntual es que le DNA se daña, se
debe reparar y si no se repara la célula va a sufrir un cambio y eso implica que
a nivel sistémico al organismo le va a traer una consecuencia que casi siempre
es una patología.
Día a día las células están mutando sin embargo no todos los días nos
enfermamos. Todas la células sufren daño el problema está en las que no se
reparación por defecto de reparación, esto trae diferentes fenotipos (lo que se
observa del gen/una enfermedad) como todas las neoplasias o patologías
propias.
Si los daños se dan durante el proceso replicativo, la replicación se bloquea.
Pero se desbloquea cuando el daño se repara.
Cuando una célula no se está replicado, es decir, está en interface, se frena la
transcripción (proceso de copia ARN), si el daño se repara la transcripción
continúa
ESTE ES EL PROCESO NORMAL PERO NO SIEMPRE SE DA ASI, POR ESO
EXISTEN LAS ENFERNEDADES
 TIPOS DE DAÑO
 Daños espontáneos
Son daños que se generan al interior de la célula, por productos o metabolitos
precios de la célula que se dañó o como defectos en el mecanismo de acción
de la polimerasa
Lo que tiende a pasar es que se afectan las bases nitrogenadas siempre la
afección va ser hacia la parte central de la hebra, es decir, donde están
las bases nitrogenadas pero el esqueleto también está expuesto a daño
Como que la polimerasa en vez de poner T pone G
Quienes pueden generar este daño
1. El daño oxidativo
2. El ataque hidrolítico (procesos de hidrolisis)
3. Procesos de metilación
Estos procesos normalmente están regulados por enzimas y van a ocurrir en
x momento en la célula pero eventualmente estas se descontrolan y dejan de
funcionar por diferentes situaciones y estos daños van a ocurrir.
Puede ocurrir que se pierda un átomo o que se rompa completamente le
enlace del grupo amino o el glicosídico o fosfodiester, etc.
En este, el daño más común que se puede hablar es de las depurinaciones y las
deaminaciones, recuerden que todo lo que diga "de" como prefijo significa que le
están quitando algo.

En la de arriba se ve la depurinación se quita la purina, les muestra el nucleótido

que sería una guanina, que por un proceso de depurinación la guanina se va y
queda un sitio apurina, es decir, sin purina.
En la de abajo se ve la deanimación, tenemos el nucleótido, en este caso una
citosina y lo que ocurre es que el grupo amino de la citosina es susceptible a daño,
es decir pierde el amino.
Los grupos aminos de la base nitrogenada sirven para formar puentes de H, si se
pierde DNA no puede complementarse
Una deanimación de la citosina uracino (y este no puede estar en el DNA)
Si el daño no se repara, se fija y si la información se cambia por que la base que
está en el codón va codificar otro código, la proteína también.
Depurinacion tiene solo el esqueleto ya que no tiene la base nitrogenada, entonces
si se toma como molde en la cadena de abajo no pasa nada, se puede
complementar, pero si es en la de arriba no va a tener con que replicar porque no
hay nada. Entonces la célula la elimina, corta el error. Por lo que, el problema está
en que se haya eliminado una secuencia exonica (por lo que se afecta la proteína),
pero si es al interior de una secuencia intronica o repetitiva, muy seguramente nada.
Es importante donde es el daño, ya que el DNA es muy extenso y no todo el material
codifica para proteínas
Cualquier base puede estar sujeta

La única que no sobre de deanimación es la tinina por la posición del grupo

amino
La mayoría es de puridinaciones pero también hay depirimidaciones, por oxidación,
acción enzimática, etc.
Aquí quiero que entiendan que el dato espontaneo o daño intrínseco es algo
que ocurre al interior de la célula, aquí no importa si la persona estuvo mucho
tiempo en el sol, o drogas, etc.
  Daños inducidos
Importan las condiciones medio ambientales a las que estuvo sometida la persona.
Muchas veces se puede estar sometido a un estímulo como el sol y no quiere decir
que se vaya a desarrollar una neoplastia pero OJO no quiere decir que el DNA no
haya cambiado ya que los cambios se dan con el día a día, pero lo que pasa es que
cambia en regiones que no tienen una trascendencia a nivel de proteína por lo tanto
no genera ningún daño.
1. En más frecuente daño inducido es el que genera la luz ultravioleta, lo que
hace en romper los enlaces que tiene la base nitrogenada con la
complementaria y los átomos de C no van a interactuar con la
complementaria sino con la que tienen al lado y esto a formar un dímero. Las
bases nitrogenadas más susceptibles a este daño son la tininas,
normalmente se habla de dímeros de tininas.
Si está el dímero de tinina ni la polimerasa podrá hacer su trabajo, y menos la
helicasa porque no hay emparejamiento de la célula
 2. Con la guaina se pueden unir a un grupo químico voluminoso, que impide la
correcta duplicación.
3. Alquilación, se adiciona un metil.
4. Radiaciones, rompe la hebra se rompen los enlaces fosfodiester.
Pueden ser de hebra sencilla o dobles
Estos son ejemplos de tipos de daños pero es dependiendo de los agentes de las
características del individuo, los daños son diferentes
No solos son rupturas también con adiciones, esto depende del agente
externo
REPARACIÓN
Los mecanismos de reparación de la célula con variados como los de la polimerasa
(esta edita por lo que puede reparar el daño), también enzimas que actúan de forma
diferente como las fostoliasas (rompen los dímeros de tinina) o las metiltrasferasas
(retira el metilo que adicionamos en la alquilación), la escisión (si es de nucleótido
o de base, por ejemplo en las deaminaciones o en los sitios apurinicos) y la
reparación complementaria (necesariamente cuando hay ruptura de la hebra).
Mecanismos de reparación.
1. Mecanismos de reparación en el momento de la replicación
La polimerasa tiene un sitio de polimerización y un sitio de edición, si se detecta un
daño
 no se ha hecho en eucariotas pero en procariotas se conoce como SOS, que
consiste en botar una alerta y se activan proteínas como la p53 que activa
una vía e señalación, mientras pasa esto no hay replicación esta se reanuda
cuando el daño es reparado en procariotas esta la proteína de bypass

2. reparación de DNA por inversión directa

  consiste en corregir/revertir el daño hecho
 es romper el daño que se ha ocacionado
 si se adiciona algo se lo quita, si se formo un enlace se rompe, no
tiene mayor ciencia
esta tambien se puede dar por accion de la metiltransferasa.

3. mecanismos de escisión.
Escindir es romper/cortar, por lo tanto podemos cortar el nucleótido, la base
nitrogenada. Existen 3 mecanismos:

a) escisión de base
En la cadena de arriba hay un U (no puede estar ahí), se genera por
la deanimación de la citosina, entonces hay que quitarlo.
Para poder adicionar la otra base se quita el esqueleto y ya se puede
completar
Esto lo hace una urecil DNA glicosilasa y una AP endonucleasa;
enzimas.

b) escisión de nucleótido
 Hay un dímero de tinina y no pudo ser removido por inversión directa,
entonces cuando la polimerasa intenta un mecanismo y no funciona lo
más simple es quitar la cadena que esta mala, se la lleva y después la
polimerasa con base en la carena que queda complementa

Cómo se corrigen las rupturas

1. no homologo (unión de extremos )

 a. doble hélice se rompe
b. entonces une los extremos y los pega
c. en esta hay perdida de nucleótidos, por lo tanto perdida de información
Una ligasa coge y pega los extremos.
Pero la célula no hace este, hace una recombinación homóloga porque debe
permanecer la información igual.
2. Homologo
En la célula siempre tenemos cromatides homologas
DNA dos cadenas (1 alelo)
Gen 2 alelos (dos cadenas de DNA) en otro lugar
La célula para evitar la pérdida de nucleótidos y conservar la información, ella
abre la hebra y lo que toma es la información que está en la hebra homologa
(naranja) porque no tiene daño, por lo tanto, está completa.
La polimerasa toma la naranja como molde y la otra cadena vuelve a ser
complementaria a la otra.
Se da en los cromosomas somáticos
Si hay un daño en el cromosoma 23, en el caso de la mujer tiene de donde sacar la
información pero el hombre no. Cuando no hay un homólogo de donde copiar la
célula une la ruptura.

4. Reparación complementaria
Se abren los extremos para hacer complementarios, Tomo la información de una
hebra homologa .obtuvieren Tener la información del alelo complementario.
Gen tiene dos cadenas, si hay ruptura en las dos cadenas de ahí no puede sacar
información. Pero los cromosomas somáticos tienen dos copias, voy a la otra copia
y saco la cadena anterior
 Cuando hay ruptura (casi siempre por agentes externos) de hebra sencilla
durante la replicación, se hace una recombinación homóloga dentro del
mismo proceso de replicación y en el mismo gen.
RECOMBINACIÓN
Se descubrió casi al tiempo que se reafirmó la herencia mendeliana y se uno
como modelo de estudios en unas moscas , ellos encontraron que la analizar los
cromosomas de los hijos tenia combinado el DNA de los padres y
adicionalmente, esos cromosomas tenia porciones mezcladas en ambos
cromosomas .
A penar que son hijos de los mismos padres van a tener mezclas heterogéneas
por la recombinación homóloga que genera variabilidad en las especies

Con esto Thomas Morgan en el 33 gana el nobel

Las células sexuales hacen recombinación homóloga, donde hay un intercambio
(no reorganización) y esto da variabilidad. Pero también en los cromosomas que
no son sexuales hay recombinación no homologa, y no se llama reorganización
se llama reorganización.
a. Recombinación homologa

La realizan únicamente las células sexuales (óvulos/espermatozoides)

SOLO Ocurre en el desarrollo embrionario en las células progenitoras para la
producción de células sexuales.
En qué consiste
Dentro del proceso de meiosis (proceso de división que solo realizan las células
sexuales), los cromosomas van a sufrir una recombinación homologa y van a
sufrir una disminución en la carga de cromosomas. Adicionalmente los
cromosomas van a quedar mezclados, esto solo se da por cromosomas
homólogos.
Mitosis de una célula se generan dos cada una con 2n
Meiosis de 1 célula 4n se genera 4 con n (haploide)

La consecuencia de los procesos es que se van a obtener 4 células

recombinadas.
Para este tipo de combinación se requieren homólogos.
Lo que ocurre es que llegan unas enzimas, rompen la ruptura de doble hebra, y
se empieza a dar la recombinación. En esta las hebras continúan unidas en un
quiasma y a través de giros se renueva.
Reparación homologa es diferente a recombinación homóloga.

b. Reorganización
La realizan las células somáticas y en los cromosomas somáticos
Cambian de posición, no se cambia lo que se tiene.
Quienes pueden hacerlo
Por principio, todas las células somáticas pero no todas lo hacen. La
organización está directamente asociada con linfocitos B y T, es decir con el
sistema inmune.
En que consiste
Consiste en reorganizan la información de los genes para tener variabilidad.
Tenemos un gen, tengo varios segmentos en el mismo gen y resulta que la
proteína que se va a generar requiere que no tenga ciertos de estos segmentos.
Entonces se genera un circulo de incisión, se quita y queda lo que le sirve pero
después debe poner lo que quito en otra parte, por que recuerden que es
REORGANIZACION. Esto en al momento de la transcripción, en que al momento
de expresar la información la célula decide que expresa.

Esto se da en el sistema inmune porque se requiere que existen diferentes

proteínas que van a ayudar a mantener el cuerpo sano.
 La reorganización es CONTROLADA, es decir, que se activa en respuesta a
proteínas represoras (reprime diferentes promotores) o activadores.

 No solo ocurre al interior del gen, sino que también podemos reorganizar
segmentos génicos apagando o encendiendo la organización de diferentes
genes
 Esto es útil porque en teoría todos tenemos la misma célula de origen, pero
no todas funcionan igual. En la célula tiene la misma información pero lo que
cambian son los patrones de expresión, la reorganización de recombinación
que hace que un individuo se vea fenotípicamente diferente a otro. Sin
embargo siguen siendo el mismo DNA
c. Transposición
Bárbara McClintock, ella encontró que a pesar de tener razas puras (maíz
amarrillo y morado), los hijos iban a tener granos heterogéneos esto lo llamo
"genes saltarines" finalmente los llamaron transpones.
Transpones
Secuencias de DNA que puede o no ser repetitivas
Tienes extremos que son susceptibles al corte y a ser introducidos en otra parte,
cambian de sitio constantemente que cambian de sitio por las actividades de las
mazorcas.
Existen transposones de DNA, de origen retroviral (genoma del virus de ARN),
retroposones.
Al moverse en el DNA puede cambiar la función de la proteína o se sintetiza de
forma diferente, da variabilidad

Como es la transposición
1. El transposon está en el cromosoma A
2. llegan las trasposasas y lo cortan
3. el elemento se escinde
4. el cromosoma A queda más pequeño
5. ese transposon de incorpora en otro cromosoma B
 6. el cromosoma B va a cambiar y el gen que está ahí se va a pagar o continuar
encendido funcionando de forma diferente.

De la clase pasada se vio que el DNA es único para la célula, todas las células del
organismo tienen el mismo DNA y que si se va dividir la información tiene que ser
igual. Las excepciones son la recombinación homóloga para las sexuales, la
reorganización ya sea por transposición o en genes específicos, que ocurre más al
momento d ella expresión. Pero resulta que el DNA también puede cambiar por el
daño, si este altera el DNA y no se repara, queda en la hebra y va ser heredado a
las hijas