BIOMEDICAL IMPORTANCE

▪ The L-α-amino acids and their derivatives participate in cellular

functions as diverse as nerve transmission and the biosynthesis of
porphyrins, purines, pyrimidines, and urea.
▪ Short polymers of amino acids called peptides perform prominent roles
in the neuroendocrine system as hormones, hormone-releasing
factors, neuromodulators, or neurotransmitters.
▪ While proteins contain only L-α-amino acids, microorganisms
elaborate peptides that contain both D- and L-α-amino acids.
▪ Several of these peptides are of therapeutic value, including the
antibiotics bacitracin and gramicidin A and the antitumor agent
bleomycin.
▪ Certain other microbial peptides are toxic.
▪ The cyanobacterial peptides microcystin and nodularin are lethal in
large doses, while small quantities promote the formation of hepatic
tumors.
▪ Neither humans nor any other higher animals can synthesize 10 of the
20 common L-α-amino acids in amounts adequate to support infant
PROTEIN
Proteins are the most abundant biological
macromolecules, occurring in all cells and all
parts of cells.
Proteins also occur in great variety; thousands
of different kinds, ranging in size from relatively
small peptides to huge polymers with molecular
weights in the millions, may be found in a single
cell.
Moreover, proteins exhibit enormous diversity of
biological function and are the most important
final products of the information pathways
▪ What is most remarkable is that cells can produce
proteins with strikingly different properties and activities
by joining the same 20 amino acids in many different
combinations and sequences.
▪ Only L--Amino Acids Occur in Proteins
▪ From these building blocks different organisms can
make such widely diverse products as enzymes,
hormones, antibodies, transporters, muscle fibers, the
lens protein of the eye, feathers, spider webs, rhinoceros
horn, milk proteins, antibiotics, mushroom poisons, and
myriad other substances having distinct biological
activities (Fig. 3–1).
Asam Amino 6

▪ With the sole exception of glycine, the α-carbon of amino acids

is chiral.
▪ Although some protein amino acids are dextrorotatory and
some levorotatory, all share the absolute configuration of L-
glyceraldehyde and thus are L-α-amino acids.
▪ Several free L-α-amino acids fulfill important roles in metabolic
processes.
▪ Examples include ornithine, citrulline, and argininosuccinate
that
participate in urea synthesis; tyrosine in formation of thyroid
hormones; and glutamate in neurotransmitter biosynthesis.
▪ D-Amino acids that occur naturally include free D-serine and D-
aspartate in brain tissue, D-alanine and D-glutamate in the cell
walls of grampositive bacteria, and D-amino acids in some
nonmammalian peptides and certain antibiotics.
▪ Jumlah asam amino pembentuk protein adalah 20
jenis dan disebut asam amino proteinogenik.
7
▪ Sifat kimia gugus rantai samping (R) menyebabkan
perbedaan sifat asam amino
▪ Berdasarkan struktur R, ke 20 asam amino dibagi
menjadi tujuh golongan.
Amino Acids May Have Positive, Negative,
or Zero Net Charge
Structure B cannot exist in aqueous solution because at any pH low enough to
protonate the carboxyl group the amino group would also be protonated.
 Sifat-Sifat Asam Amino
1. Stereokimia asam amino: C2 atom kiral
2. Pasangan enansiomer L dan D
3. Umumnya asam amino alami yang terdapat pada
molekul protein berbentuk L
4. Treonin dan isoleusin memiliki 2 atom C kiral (atom
C2 dan C3)

Dikutip dari Color Atlas of Biochemistry ed. 2

Sifat Optis Aktif
▪ Sifat kimia pasangan enansiomer persis sama tetapi
berbeda sifat optis aktifnya
▪ Enasiomer L dan D memutar sinar bidang polarisasi
dengan sudut yang sama tapi arah yang berlawanan.
Levorotatory (-) memutar ke kiri berlawanan arah
jarum jam dan dektrorotatory (+) memutar ke kanan
searah putaran jarum jam.
▪ Hasil sintesa asam amino umumnya tidak
stereospesifik atau berupa campuran rasemat
▪ Campuran rasemat mengandung pasangan
enansiomer dalam jumlah yang sama (1:1)
Sifat keasaman - kebasaan
▪ Jika suatu kristal asam amino, seperti alanin
dilarutkan dalam air, maka molekul ini berbentuk ion
dipolar, yang dapat berperan sebagai asam (donor
proton) dan sebagai basa (akseptor proton)
▪ Senyawa yang mempunyai kedua sifat ini disebut
amfoter
▪ Semua asam amino sedikitnya memiliki 2 gugus yang
dapat terionisasi sehingga dapat bermuatan +, - dan
netral, tergantung kepada pH lingkungannya.
▪ pKa gugus karboksilat pada C2: 1.8 – 2.8
▪ pKa gugus amino pada C2: 8.8 – 10.6
▪ Asam amino asam dan basa memiliki gugus yang
dapat terionisasi pada rantai sampingnya.
Kurva Dissosiasi
Histidin

▪ pKa COOH: 1.8

▪ pKa NH2: 9.2
▪ pKa gugus imidazol:
6.0
▪ Pada pH 0.5 muatan
total Histidin: +2
▪ pH 5: +1
▪ pH 7.6: 0
▪ pH 11: -1
 20
▪Keadaan dimana muatan positif dan muatan
negatif suatu asam amino berimbang/muatan
total nol: Titik isoelektrik
▪pH isoelektrik: pH dimana tercapainya
kesetimbangan tersebut
▪Pada titik isoelektrik, asam amino disebut juga
zwitterion
▪Pada pH asam, kelarutan asam amino
meningkat karena ion karboksilat mengambil
proton dari larutan, akibatnya asam amino
bermuatan+
▪Pada pH basa, asam amino bermuatan –
THE α-R GROUPS DETERMINE THE
PROPERTIES OF AMINO ACIDS
▪ The hydrophobic R groups of alanine, valine, leucine, and
isoleucine and the aromatic R groups of phenylalanine,
tyrosine, and tryptophan typically occur primarily in the
interior of cytosolic proteins.
▪ The charged R groups of basic and acidic amino acids
stabilize specific protein conformations via ionic
interactions, or salt bonds.
▪ The primary alcohol group of serine and the primary
thioalcohol ( SH) group of cysteine are excellent
nucleophiles and can function as such during enzymatic
catalysis.
FUNCTIONAL GROUPS DICTATE THE
CHEMICAL REACTIONS OF AMINO
ACIDS
 25

In principle, another “peptide” (or

“amide”) bond can be formed at
either end of the polymer chain (note:
for peptides synthesized on the
ribosome, new bonds always form at
the C-terminus
26
Hormon Peptida 27

▪ Nama peptida ditulis berdasarkan residu asam amino

penyusunnya
▪ Penulisannya ditulis dari kiri ke kanan dimulai dari N-ujung
▪ Untuk menyingkat penulisan, residu asam amino ditulis 3
huruf atau 1 huruf saja
▪ Efek faal dari hormon peptida berkaitan erat dengan
runtunan asam aminonya
▪ Hormon oksitosin dan vasopresin
 Amino Acid Sequence Determines
Primary Structure
▪ The number and order of all of the amino acid residues
in a polypeptide constitute its primary structure.
▪ Amino acids present in peptides are called aminoacyl
residues and are named by replacing the -ate or -ine
suffixes of free amino acids with -yl (eg, alanyl, aspartyl,
tyrosyl).
▪ Peptides are then named as derivatives of the carboxyl
terminal aminoacyl residue.
▪ For example, LysLeu-Tyr-Gln is called lysyl-leucyl-
tyrosyl-glutamine.
▪ The -ine ending on glutamine indicates that its α-
carboxyl group is not involved in peptide bond formation
Peptide Structures Are Easy to Draw
 Some Peptides Contain Unusual
Amino Acids
▪ In mammals, peptide hormones typically contain only
the α-amino acids of proteins linked by standard
peptide bonds.
▪ Other peptides may, however, contain nonprotein
amino acids, derivatives of the protein amino
acids, or amino acids linked by an atypical peptide
bond.
▪ For example, the amino terminal glutamate of
glutathione, which participates in protein folding and
in the metabolism of xenobiotics (Chapter 53), is
linked to cysteine by a non-α peptide bond (Figure
3–3).
▪ The amino terminal glutamate of thyrotropin
releasing hormone (TRH) is cyclized to
pyroglutamic acid, and the carboxyl group of the
carboxyl terminal prolyl residue is amidated.
▪ Peptides elaborated by fungi, bacteria, and lower
animals can contain nonprotein amino acids.
▪ The antibiotics tyrocidin and gramicidin S are cyclic
polypeptides that contain D-phenylalanine and
ornithine.
▪ The heptapeptide opioids dermorphin and
deltophorin in the skin of South American tree frogs
contain D-tyrosine and D-alanine
▪ 4-hidroksiprolin: derivat prolin
▪ 5-hidroksilisin: derivat lisin
(Keduanya ditemukan pada kolagen)
▪ 6-N-metillisin: konstituen miosin, protein yang terdapat pada
otot.
▪ -karboksiglutamat: ditemukan pada protrombin
▪ Desmosin: derivat yang terdiri dari 4 residu lisin, ditemukan
pada protein elastin
▪ Selenosistein: mengandung unsur selenium
▪ Ornitin dan sitrulin: senyawa intermediat (metabolit) dalam
biosintesa arginin dan siklus urea
Biochemistry Exam Sample
Questions
1. Name and briefly define four types of noncovalent interactions that
occur between biological molecules.
2. .
 Protein 47

▪ Proses penambahan asam

amino pada rantai peptida
dapat berlangsung terus.
Jika jumlah residu asam
amino >100, maka peptida
ini: PROTEIN
▪ Makromolekul yang paling
berlimpah dan menyusun
lebih dari setengan berat
kering semua organisme
▪ Protein murni dapat
berbentuk kristal
▪ Gambar a: Kristal tripsin
murni (enzim pencernaan)
▪ Gambar b: sitokrom c,
protein pembawa elektron
pada mitokondria a b
 48

BM Protein
Protein Jumlah Jumlah
BM
Res rantai
Insulin (Sapi) 5.733 51 2
Ribonuklease (Pankreas sapi) 12.640 124 1
Lisosim (putih telur) 13.930 129 1
Mioglobin (jantung kuda) 16.890 153 1
Kimotripsin (pankreas sapi) 22.600 241 3
Hemoglobin (manusia) 64.500 574 4
Serum albumin (manusia) 68.500 ~ 550 1
Heksokinase (ragi) 102.000 ~ 800 2
Globulin (kuda) 149.900 ~ 1250 4
Glutamat dehidrogenase 1.000.000 ~ 8300 ~ 40
 Fungsi Protein
49

1. Pembentuk jaringan struktural:

kolagen, histon, keratin, fibroin,
elastin, proteoglikan
2. Pengangkut/transport: hemoglobin,
albumin, mioglobin, lipoprotein
3. Pelindung dan pertahanan:
antibodi/immonoglobulin G,
fibrinogen, trombin, bisa ular, risin
4. Pengatur aktifitas sel atau fisiologis:
insulin, hormon tumbuh, kortikotropin.
5. Katalisator: enzim laktat
dehidrogenase, glutamin sintetase
6. Penggerak; pengerutan dan
pmanjangan otot diakibatkan interaksi
protein aktin dan miosin.Tubulin
pembentuk mikrotubul.
7. Protein nutrien dan penyimpan yang
dibutuhkan untuk pertumbuhan
embrio tanaman: gliadin, ovalbumin,
kasein, ferritin
 50
▪ Hemoglobin: terdapat di dalam sel darah merah,
mengikat O2 dari paru-paru ke jaringan perifer
▪ Lipoprotein: terdapat di dalam plasma darah,
membawa lipid dari hati ke organ/jaringan lain
▪ Ovalbumin: protein utama putih telur
▪ Kasein: protein utama susu
▪ Ferritin: protein penyimpan zat besi yang terdapat di
dalam jaringan mamalia
▪ Aktin dan miosin: protein filamen yang berfungsi di
dalam sistim kontraktil otot kerangka.
▪ Tubulin: protein pembentuk mikrotubul, kompenen
penting bagi flagella dan silia penggerak sel.
▪ Kolagen: protein serat utama pada urat dan tulang
rawan
▪ Elastin: protein serat yang terdapat pada persendian
▪ Keratin: protein serat utama pada rambut, kuku dan
bulu burung
 51

Bentuk Protein

Berdasarkan bentuk dan sifat-sifat

fisik tertentu, protein dibagi
menjadi 2 golongan:
a. Protein globular, berbentuk
seperti bola dan larut dalam air
b. Protein serat, berbentuk seperti
batang panjang dengan kekuatan
mekanis tinggi dan tidak larut air
 52

Konformasi Rantai

▪Rantai peptida dari protein sejenis selalu

terlipat dengan cara yang sama

▪Pelipatan rantai peptida membentuk

molekul protein tertentu: Konformasi rantai
protein

▪Faktor yang menentukan: runtunan residu

asam amino suatu protein
 53

▪ Pelipatan rantai peptida dipengaruhi oleh beberapa

gaya/ikatan yang terjadi diantara gugus rantai
samping asam amino dalam rantai peptida yang sama
atau antar rantai peptida

▪ Jenis gaya/ikatan yang menyebabkan terbentuknya

pelipatan protein:
1. Ikatan H di dalam dan diantara masing-masing
rantai peptida
2. Ikatan kovalen, seperti ikatan peptida dan ikatan
disulfida
3. Ikatan tak kovalen, seperti ikatan elektrostatik/ion,
ikatan tidak mengutub/hidrofob dan ikatan van
der walls
▪Ikatan Disulfida: terbentuk diantara dua gugus
54

–SH sistein, yang dapat mengakibatkan

menggelungnya rantai peptida tunggal atau
menghubungkan dua rantai peptida terpisah
▪Ikatan ion=jembatan garam, terbentuk di
antara ion karboksilat bermuatab negatif dari
rantai samping aspartat atau glutamat dan ggs
amino bermuatan positif dari rantai samping
lisin atau arginin
▪Ikatan H, terbentuk diantara pemberi H, yaitu
N-H amida dari suatu ikatan peptida dan
penerimanya, yaitu karbonil dari ikatan
peptida lainnya
 55

▪Fibroin: protein serat utama pada serat sutra

dan jaring laba-laba
▪Immunoglobulin: protein yang dibuat limfosit
untuk melindungi dan melawan serangan
bakteri, virus dan protein asing lainnya.
▪Fibrinogen dan trombin: protein yang
berfungsi dalam proses koagulasi darah,
menjaga tubuh kehilangan darah jika sistim
pembuluh terluka
▪Bisa ular, toksin bakteri: protein yang
berfungsi dalam pertahanan tubuh
▪Insulin: protein/hormon yang mengatur
metabolisme gula
 Proteins: Higher Orders of
Structure
▪ Proteins catalyze metabolic reactions, power cellular
motion, and form macromolecular rods and cables that
provide structural integrity to hair, bones, tendons, and
teeth.
▪ Genetic or nutritional deficiencies that impede protein
maturation are deleterious to health.
▪ Examples of the former include CreutzfeldtJakob disease,
scrapie, Alzheimer’s disease, and bovine spongiform
encephalopathy (mad cow disease).
▪ Scurvy represents a nutritional deficiency that impairs
protei maturation.
 57

Struktur Protein
▪Struktur Primer
Runtunan residu asam amino yang terdapat
pada rantai peptida

▪Struktur Sekunder
Bentuk konformasi rantai peptida yang stabil
oleh adanya gaya/ikatan yang terdapat pada
rantai peptida, seperti struktur alfa heliks,
lembaran terlipat beta dan beta turn.
 69

Protein Serat
▪Protein serat menghasilkan struktur
ekstrasellular yang stabil secara mekanis.
Sebagian besar protein ini terdiri dari sejumlah
besar struktur sekunder; alfa heliks atau
lembaran terlipat beta.
Protein Serat 70

▪ Protein serat utama pada rambut,

bulu (wool), dan kuku
1. Alfa Keratin
▪ Struktur ini tersusun dari empat
rantai peptida alfa heliks yang
saling melilit kearah kiri
membentuk superheliks
▪ delapan superheliks yang
bergabung disebut protofilament
▪ Protofilament yang kemudian
bergabung dengan protofilamen
lainnya membentuk intermediat
filament (terdapat pada rambut,
diameter 10 nm)
▪Kestabilan struktur ini terjadi karena adanya
ikatan disulfida di dalam dan diantara rantai
peptida
▪Kestabilan ikatan disulfida dapat dimanfaatkan
dalam usaha ‘Hair Style’
 73

2. Beta Keratin/Fibroin

▪Protein serat utama pada serat

sutra dan jaring laba-laba
▪Struktur ini tersusun dari beberapa
lapisan lembaran terlipat beta
▪Lebih dari 80% residu asam amino
penyusunnya terdiri dari: glisin,
serin dan alanin, 3 asam amino
dengan gugus R terpendek
 3. Kolagen 74

▪Protein serat utama yang terdapat

pada mamalia, mencapai 25% dari
jumlah total protein tubuh
▪Kolagen terbentuk dari 3 rantai
peptida, masing-masing rantai
berstruktur kolagen heliks (putar
kiri, 1 putaran mengandung 3,3
residu asam amino)
▪Kolagen mengandung asam amino
khusus dan terdiri dari 30% glisin,
10% prolin dan 10% hidroksiprolin
 78

Denaturasi
▪Protein dengan bentuk konformasi
normal dan aktif biologis
merupakan protein dalam keadaan
alami (natif)
▪Perubahan bentuk konformasi
protein menyebabkan protein tidak
aktif akibat putusnya ikatan disulfida
atau terganggunya gaya tarik lemah
: Denaturasi Protein
 79

Denaturasi

▪Denaturasi terjadi
karena:
1. Pemanasan
2. pH ekstrim
3. Pelarut organik
4. Larutan Urea pekat
5. detergent