Les difficult&s d'interpr&tation de...

BACTERIOLOGI E

LES DIFFICULTEtS D'INTERPRITATION

DE UEXAMEN CYTO-BACTI RIOLOGIQUE
DES URINES

Rene Courcol a,*, Alain Marmonier b, Yves Piemont c

Rdsum~
Uexamen cyto-bact6riologique des urines est I'une des analyses
microbiologiques les plus demand6es. De nombreux param~tres
pre-analytiques (prel~vement, transport) et analytiques (examen
microscopique, tests rapides de d6pistage, culture quantitative)
interviennent pour le diagnostic bacteriologique de I'infection
urinaire.
Urine - infection urinaire - e x a m e n bact6riologique -
e x a m e n microscopique.
S u m m a r y : Difficulties o f i n t e r p r e t a t i o n
in c y t o - b a c t e r i o l o g i c a l examination of the urines
1. Introduction
I infection du tractus urinaire est s~rement I'infection bact6rienne
L la plus fr6quente en milieux communautaire et hospitalier. Cela
explique que I'examen cyto-bact6riologique des urines (ECBU) soit
I'examen bact6riologique le plus demande. Son apparente simplicit~
d'ex6cution ne dolt pas faire oublier que de nombreux parametres
propres & cet examen influent sur I'interpr6tation des resultats. II
convient donc de respecter en toutes circonstances une m6thodologie
rigoureuse de pr~l~vement et de fournir au microbiologiste les ren-
seignements cliniques n~cessaires ~_la bonne interpretation des don-
n~es analytiques. Les param~tres critiques intervenant dans I'inter-
pr~tation de I'ECBU sent d~tailles dans cet article.

The cyto-bacteriological examination of the urines is one of the 2. Phase pr(~-analytique

most required microbiological analyses. Many pre-analytical
(specimen collection and transport) and analytical parameters 2.1. Pr61~vement
(microscopic examination, dipstick screening tests, quantitation
Uidentification precise du prel6vement avec le nom du patient et I'heure
of culture) are involved in the diagnosis of the urinary tract de pr616vementest, comme pour toute analyse biologique, un pre-requis.
infection. Le motif de la prescription est egalement indispensable pour la raise
en evidence de certaines bacteries. Par exemple, la recherche de cer-
U r i n e - urinalysis - urinary tract infection - bacteriologic
taines bact6ries (gonocoque, mycoplasmes, Chlamydia, mycobact6-
e x a m - direct microscopic examination.
ties, bacteries ana6robies strictes, par exemple) n'est possible que
si le pr61~vement est sp6cifiquement adapt~ et accompagne de
renseignements cliniques. De plus, le pr~l~vement doit 6tre realis6
par du personnel soignant entraine afin d'obtenir un faible niveau de
contamination.
Le meat urinaire de I'homme ou de la femme doit ~tre d6sinfecte avant
aLaboratoirede bact6riologie-hygi~ne
Centre hospitalier universitairede Lille le prel6vement d'ufine. II en est de m~me pour le nourrisson ou le petit
H6pital Calmette enfant chez qui a 6t6 pose un collecteur sterile sp6cifique ; au-delA
59037 Lille eedex de 20 & 30 min, la poche doit eke remplac6e. Chez le patient porteur
b Laboratoirede microbiologie d'une sonde & demeure, il est necessaire de d6contaminer le site de
Centre hospitalier du Mans ponction. La contamination du pr61evement par les flores saprophytes
194, av. Rubillard (cutan6e, urethrale, vaginale, ou f~cale) ou par les bacteries de I'en-
72037 Le Mans cedex 9
vironnement entrafnent des r6sultats faussement positifs.
c Institut de bact6riologie II est pr6ferable de r6aliser le pr61~vement d'urine le matin afin de
Universit6 Louis-Pasteur
3, rue de Koeberle recueillir une urine ayant s6journ6 suffisamment Iongtemps dans la ves-
6?000 Strasbourg sie. Selon l'etiologie suspectee, on distingue le premier jet (recherche
d'une infection ur6trale ou prostatique) du second jet (recherche d'une
* Correspondance
rcourcol@chru-lille.fr infection v6sicale ou r6nale).
En cas d'utilisation d'un conservateur (acide borique, par exemple),
article re(;u le 10 novembre 2004, aocept(~ le 5 janvier 2005.
il est n6cessaire de remplir le flacon selon les indications du fabricant
© ElsevierSAS. afin d'obtenir la concentration optimale du conservateur.

RevueFran?aisedes Laboratoires,f~vrier2005, N=370 21

Les difficult#s d'interpr~tation de...
Pour la recherche de certaines bacteries fragiles ou d'identification dif-
ficile (Chlamydia, premier jet pour la recherche de gonocoque et myco-
plasmes, par exemple), le prelevement dolt etre inocule dans un milieu
de transport adapt& Pour la recherche de mycobacteries, la premiere
miction du matin est collectee en totalite trois jours de suite.
En cas de traitement antibiotique, la numeration bacterienne peut etre
diminuee ou les cultures etre infructueuses.
2.2. T r a n s p o r t
Le transport vers le laboratoire dolt se faire en moins de deux heures,
sauf si le recueil a ete effectue dans un pot contenant un stabilisateur
de croissance bacterienne. Un delai de transport court (moins de
2 heures) permet de reduire la multiplication des contaminants et de
garder intactes les cellules presentes dans rurine avant qu'elles ne se
deferment ou ne se lysent. Ainsi, il peut y avoir jusqu'& 50 % d'elements
cellulaires lyses apres la 2 e heure.
En I'absence de conservateur et Iorsque la duree du transport est supe-
rieure & deux heures, les urines doivent etre conservees & + 4 °C pour
une duree maximale de 24 heures. Dans ce cas, le denombrement des
bacteries est realisable mais les leucocytes peuvent etre alteres.
3. Examen microscopique
3.1~ L e u c o c y t u r i e
La recherche des leucocytes urinaires est pratiquee avec des urines non
centrifugees et fraichement emises (moins de 2 heures). Cet examen se
realise avec un dispositif de numeration, de preference & usage unique.
Les cas d'absence de leucocyturie avec bacteriurie peuvent s'observer
Iors d'une contamination bacterienne d'une urine sterile, d'un stade
precoce d'infection, d'une reaction inflammatoire retardee, ou en cas
de bacteriurie asymptomatique (cas d'une colonisation sans infection).
Les cas de leucocyturie sans bacteriurie peuvent etre rencontres
- pour une numeration bacterienne < 105 CFU/mL ;
- Iors d'un traitement antibiotique prealable ;
- Iors d'une maladie febrile systemique ;
- en cas d'urines concentrees par deshydratation ;
- Iors d'une irritation liee & la presence d'un catheter ;
- en presence de calculs ou de corps etrangers dans les voles
urinaires ;
- Iors d'une tumeur des voies urinaires ;
- au decours d'une appendicite, d'une glomerulonephrite aigu~,
ou d'une nephrite interstitielle par antalgiques ;
- en cas de gastro-enterite ;
- Iors d'une infection non bacterienne (Candida spp.) ;
- en cas d'infection par des bacteries ne donnant pas de culture sur
les milieux standards (mycoplasmes, mycobacteries, gonocoques,
anaerobies, microorganismes intra-cellulaires tels Chlamydia spp.) ;
- Iors d'une uretrite, d'une vaginite, de leucorrhees abondantes.
3.2. B a c t e r i u r i e
La recherche des bacteries urinaires doit s'effectuer & partir d'urines
frafchement emises (moins de 2 heures). La coloration de Gram peut
etre realisee sur I'urine centrifugee Iorsqu'il existe un doute sur la mor-
phologie des bacteries ou a partir de I'urine non centrifugee pour une
numeration semi-quantitative des bacteries. Les limites d'interpreta-
tion sent detaillees dans le paragraphe 5.2.
3.3. A u t r e s e l e m e n t s ce!lulaires
La recherche des autres elements cellulaires se fait & partir d'urines
frafchement emises (moins de 2 heures). Pour certaines pathologies,
22
il est utile de reconnaitre et de quantifier les hematies et les cylindres.
La presence de cylindres granuleux, hematiques, leucocytaires ou
cireux doit etre signalee et confrontee avec la clinique.
En complement de resultat, les cristaux urinairespeuvent etre identi-
ties et semi-quantifies. Ceux-ci sent physiologiquement presents darts
I'urine. Seuls, les cristaux de cystine et une quantite abondante de cris-
taux d'acide urique sent anormaux.
4. Tests rapides de depistage
d'une infection urinaire
Les tests rapides permettent de realiser un criblage instantane pour
la recherche simultanee ,, au lit du malade ,, de stigmates biologiques
habituellement associes & une bacteriurie (recherche d'une nitrate-
reductase presente essentiellement chez les enterobacteries) et d'une
leucocyturie (recherche d'une leucocyte-esterase). Ces tests neces-
sitent des urines frafchement emises ou des urines ayant sejourne plus
de 3 h dans la vessie. Le temps de lecture des bandelettes reactives
est de 2 minutes pour la recherche des leucocytes et de 30 secendes
pour la detection de I'activite nitrate reductase des enterobacteries.
4.1. L i m i t e s d ' i n t e r p r e t a t i o ~ d e la l e u c o c y t u r i e
a v e c tes t e s t s r a p i d e s
Le seuil de detection de ce test est de I'ordre de 10 leucocytes/mm a
soit 104/mL I 'existence de resultats faussement positifs est due a. la
presence de leucorrhees, d'une hyperalbuminurie, d'acide ascorbique,
de nitrofurantdfne, ou de gentamicine. Ce test ne doit pas etre mis en
oeuvre chez le patient sonde du fait de la presence habituelle de leu-
cocytes. It en est de meme pour le patient ayant une vessie neurolo-
gique en raison d'une leucocyturie chronique.
La sensibilite de cette recherche est comprise entre 82 - 95 %, sa
specificite entre 55 - 94 %. La valeur predictive positive est comprise
entre 40 - 5 1 % et la valeur predictive negative entre 81 - 96 %.
4.2. L i m i t e s d ' i n t e r p r e t a t i o n d e t'acfivite nitrate
r ~ d u c t a s e a v e c les t e s t s r a p i d e s
Le seuil de detection de I'activit6 nitrate reductase correspond & un
seuil de 10 s CFU/mL pour les enterobacteries.
Alors que les resultats faussement positifs sent inexistants, les resul-
tats peuvent etre faussement negatifs Iors d'infection par des bac-
teries ne produisant pas de nitrate reductase (Staphylococcus spp.,
Enterococcus spp., Pseudornonas spp., Acinetobacter spp., Candida
spp.). D'autres fausses negativites s'observent en cas de regime ali-
mentaire pauvre en nitrates (absence de legumes, regime lact¢ du nou-
veau-ne et du nourrisson) ou au cours d'un traitement diuretique.
La sensibilite de cette recherche est comprise entre 33 - 63 %, sa
specificite entre 48 - 96 %. La valeur predictive positive est comprise
entre 51 - 68 %, sa valeur predictive negative entre 81 - 90 %.
L'association des deux tests (nitrate reductase et leucocyte esterase)
ameliore la valeur predictive negative du depistage (proche de 100 o/o).
La negativite des deux tests doit orienter le diagnostic vers une vaginite,
une cystalgie #. urines claims, par exemple.
5. Culture
5.1. B a c t e r i e s r e s p o n s a b t e s d ' i n f e c t i o n s urinaires
Un minimum de renseignements cliniques est indispensable pour inter-
preter les resultats des cultures. Uinterpretation doit prendre en compte
RevueFrangaisedes Laboratoires,f6vrier2005, N° 370
Les difficult~s d'interprdtation de...

la combinaison de quatre parametres : la bacteriurie quantitative, la 5.1.3. Bact~ries du groupe III

leucocyturie quantitative, les sympt6mes urinaires et la pathogenicit~
reconnue de la (des) souche(s) isolee(s). Ces bacteries doivent ~tre considerees comme pathogenes avec cir-
Selon les recommandations des European Guidelines for Urinalysis conspection. Leur implication en pathologie exige un niveau de bac-
(2001), les bacteries susceptibles d'etre isolees au cours d'une infec- teriurie eleve (> 105 CFU/mL), une repetition de leur positivite sur au
tion urinaire ont ~te classees en quatre groupes. Cette connaissance moins deux echantillons d'urine et, si possible, des crit~res cliniques
a un impact sur rinterpretation de ruroculture. ou d'inflammation. Les staphylocoques a coagulase negative sont le
plus souvent un temoin d'une contamination plut6t que responsables
5.1.1. Bactdries du groupe I de reelles infections. Ces bacteries ne doivent ~tre prises en compte
que si elles sont d~tect6es par aspiration vesicale sus-pubienne :
Ces bacteries sont reconnues comme des uropathog~nes, m~me en
faible quantite (> 103 CFU/mL) : - S t r e p t o c o c c u s agalactiae ;
- Escherichia coil (dont les souches CO2-dependantes) ; - C a n d i d a spp. (C. albicans et C. glabrata, surtout) ;

- S t a p h y l o c o c c u s s a p r o p h y t i c u s (essentiellement chez la femme

- Les staphylocoques & coagulase negative (autres que S. sapro-
jeune) ; phyticus) sont le plus souvent un temoin d'une contamination plut6t

- Salmonella (rare) ;
que responsables de reelles infections ;
- Acinetobacter baumannfi ;
- Mycobact6ries (rare).
- S t e n o t r o p h o m o n a s maltophilia ;
- B u r k h o l d e r i a cepacia ;
5.1.2. Bactdries du groupe I I - Oligella urethrafis ;
Ces bacteries sont moins frequemment responsables d'infection - A e r o c o c c u s urinae.
urinaire. Ces infections sont le plus souvent d'origine nosocomiale
Iorsqu'il existe des facteurs anatomiques ou iatrogbnes favorisants : 5.1.4. Bact~ries du groupe IV
- les autres enterobacteries (Klebsiella spp., P r o t e u s spp., Entero-
bacter spp., Morganella spp.) ; Ce sont des bacteries de la flore ur~trale ou genitale de proximit~ pour
- E n t e r o c o c c u s spp. ; lesquelles ridentification et I'antibiogramme ne doivent pas ~tre r~a-
- P s e u d o m o n a s aeruginosa ; tises en routine :
- S t a p h y l o c o c c u s aureus ; - streptocoques alpha hemolytiques ;
- C o r y n e b a c t e r i u m urealyticum ; - Gardnerella vaginalis ;
- H a e m o p h i l u s spp. (rare) ; - Lactobacillus spp. ;
- S t r e p t o c o c c u s p n e u m o n i a e (rare). - bacilles coryneformes (a I'exception de C. urealyficum).

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* d'apr~s le REMIC, 2e edition

Revue Fran9aise des Laboratoires, f6vrier 2005, N° 3?0 23

Les difficult6s d'interpr~tation de...

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* Inoculation des geloses par 6talement de 1O0 iJI d'urine

** d'apr~s le REMIC 2 e edition

5,2, !nterpretation • Leucocytes

Les travaux de Stature, completant ceux de Kass, ont ete etablis
exclusivement pour les py61on6phrites aigu~s et ]es bact~riuries
a s y m p t o m a t i q u e s de la femme. Uinterpr6tation des cultures
s'effectue ainsi de la maniere suivante.
• Bact6riurie
< 103 C F U / m L : absence d'infection
> 1 05 C F U / m L : infection probable
Entre 103 et 105 C F U / m L : c'est la zone d'incertitude qui varie selon
I'espece bact6rienne (le seuil est abaisse pour les pathogenes urinaires
reconnus), selon I'expression de signes cliniques d'infection urinaire
et selon le fait que le patient soit sonde ou non. Eventuellement, ces
valeurs peuvent ~tre re-contr61ees sur un autre echantillon d'urines.
Certaines conditions de prelevement des urines permettent d'abais-
ser encore ces seuils.
Ce critere n'est pas toujours pris en co mp te (voir tableaux I, II, Iii) :
< 104/mL : pas de processus inflammatoire ;
> 104/mL : pr6sence d'un processus inflammatoire.
En theorie, I'interpretation s'effectue en prenant en c o m p t e la
combinaison des trois parametres suivants : bacteriurie quantitative,
leucocyturie quantitative et pathog6nicite reconnue de la souche
isolee.
En pratique, ces crit¢res, n6cessaires mais non obligatoirement suf-
fisants, doivent 6tre discutes au cas par cas en y integrant les para-
metres complementaires suivants :
- les sympt6mes evocateurs d'infection urinaire : dysurie, pollakiurie,
pesanteur vesicale, hematurie macroscopique, incontinence urinaire,
douleurs Iombaires, hyperthermie (2 38°C), associ~s & un autre signe
d'infection urinaire,

24 Revue Frangaisedes Laboratoires, fevrier 2005, N° 370

Les difficult6s d'interpr#tation de...
- les conditions de prelevement et de transport,
- le caractere rnono ou plurimicrobien des cultures,
- les r6sultats d'EOBU precedents.
Les tableaux I, II, et III prennent en compte I'ensemble des para-
metres significatifs et pertinents n6cessaires & une interpretation
de qualit& Ces tableaux ne peuvent etre utilis6s que si t o u s l e s
parametres de la phase pre-analytique ont 6t6 pr6alablement
respect6s.
5.3. Difficultes d ' i n t e r p r e t a t i o n d e s r 6 s u l t a t s
Les principaux cas de discordances clinico-bact6riologiques s'ob-
servent dans les circonstances suivantes :
- mictions r6p6t6es emp6chant la multiplication bacterienne dans la
vessie
- colonisation sans infection ;
- traitement antibiotique ;
- pH urinaire alcalin lysant les leucocytes (idem avec Proteus spp.) ;
- obstruction ur6t6rale complete ;
infection Iocalisee ailleurs que dans la vessie ;
-
- infection non bacterienne.
En outre, il faut constamment garder & I'esprit que :
- Iorsqu'une bact6riurie systematique est d6couverte & I'occasion d'un
examen asymptomatique ou chez une femrne enceinte, par exemple,
il s'agit de r6p6ter I'examen d'urine ;
- en cas de recueil des urines avec un stabilisateur de croissance, les
bacteries observees & I'examen microscopique sont susceptibles de
ne pas donner de culture en raison d'une concentration trop elevee
du conservateur inhibant ainsi la vitalit6 des bacteries ;
RevueFrangaisedes Laboratoires,f#vrier2005, N° 3"70
- le seuil de 105 CFU/mL n'est pas fiable & 100 %. Ainsi, on estirne qu'il
est fiable & 88 O/o,soit environ 1 chance sur 9 d'etre faussement positif ;
- pour les pr616vernents d'urine par ponction sus-pubienne, Stamrn
recornrnande d'abaisser le seuil de pathogenicit6 & 102 CFU/rnL.
Toutefois, plus bas est ce seuil, plus grand est le risque de confusion
entre contamination et infection ;
- la ponction sus-pubienne perrnettrait un meilleur isolernent des bac-
t6ries de croissance difficile relies que U. urealyticum, M. hominis,
Gardnerella vaginalis, Haemophilus spp., les streptocoques ,, d6fi-
cients ,,, et les bacteries ana6robies strictes ;
- la numeration des bacteries n'a aucun sens chez les sujets qui sont
porteurs d'une sonde urinaire & demeure ;
- selon certains auteurs, 26 & 69 % des patients ayant des syrnpt6mes
urinaires ne pr6sentent aucune bact6riurie et demeurent donc sans
6tiologie precise ;
- les personnes &g6es et les jeunes enfants pr6sentent frequemment
une bacteriurie asymptornatique. II est n6cessaire de rep6ter le pr6-
levement & quelques jours d'intervalle.
6. Conclusion
~ examen cyto-bact6riologique des urines est un examen aujour-
L d'hui bien codifie dont les deux temps critiques sont :
- le prelevement, trop souvent ,, victirne ,, de son apparente simplicite ;
- I'interpretation microbiologique qui doit s'appuyer sur des arguments
d6cisionnels irr6prochables. II convient de se lib6rer des criteres d'in-
terpretation de Kass qui apparaissent trop rigides. Pour cela, la trans-
mission des principales donnees cliniques au microbiologiste est fon-
damentale pour la bonne interpretation de cet exarnen.
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