Las reformas religiosas que se estaba efectuando no
podía satisfacer a todos los grupos descontento. En 1523 tenía lugar una rebelión de la pequeña nobleza contra los príncipes, pero fracasa porque no cuenta con el apoyo de los campesinos ni de las ciudades. Mucho más dura y peligrosa para el orden feudal llegó a ser la Guerra de los Campesinos (1525 – 1526), que se desarrolló sobre todo el sur de la parte germánica del Sacro Imperio (actuales Alemania meridional, Australia y Hungría). Los señores, para satisfacer sus nuevas necesidades, exigían con mayor violencia que antes el pago de los tributos, y el aprovechamiento da la oportunidad para aumentarlos. Bajo la dirección de Thomas Muntzer se sublevan los campesinos; la lucha extraordinariamente dura. Lutero se pone del lado de los príncipes y llama a todos, católicos y protestantes a unirse para matar campesinos. La sublevación es aplastada y decenas de miles de rebeldes son muertos en castigo. La exigencia de los campesinos habían sido bastantes más radicales tales que las de Lutero. Querían que los sacerdotes fueron electos por sus pueblos; pedían la incautación de los bienes eclesiásticos, y, lo que era más importante para ellos, exigían la devolución de las tierras comunales y la reducción de los servicios feudales que estaban obligados a prestar. En el aspecto ideológico, los documentos Muntzer demuestran que este basaba sus demandas en las necesidades humanas, fundadas en la experiencia y explicadas por la razón, en vez de apoyar los fundamentos en la Biblia. También en Francia, Inglaterra, Rusia y otros países hay importantes sublevaciones campesinas.