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Una vez que el vegetal ha adquirido la materia orgánica por fotosíntesis, la utiliza para generar energía. Los
vegetales también necesitan de energía para crecer, dar flores y frutos, reponer partes de la planta y relacionarse
con el medio. Esa energía la toman del uso que hacen de los azúcares y demás compuestos elaborados en la
fotosíntesis. La materia orgánica entra en las mitocondrias de las células y en presencia de oxígeno se realiza la
respiración celular. De esta forma, la materia orgánica es transformada en dióxido de carbono que se elimina a la
atmósfera, en agua y energía en forma de ATP (trifosfato de adenosina).
Cabe señalar que los vegetales carecen de estructuras especializadas para la excreción de desechos. Por otra
parte, la cantidad de desechos vegetales es muy baja. El dióxido de carbono producido por respiración celular se
elimina al exterior a través de los estomas de las hojas, aunque una parte de ese componente puede ser
reutilizado para la fotosíntesis. Las sustancias nitrogenadas de desecho se emplean para la síntesis de nuevas
proteínas. Algunos desechos son almacenados dentro de las células de la propia planta.