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Meftah
C.Q.F.A
-République Algérienne Démocratique et Populaire
GUIDE PRATIQUE
D’ANALYSES MICROBIOLOGIQUES
Rédiger par :
S.M. MEFTAH *
TS Fabrication Agroalimentaires.
Option : Contrôle de qualité
1) Prélèvement en surface :
-Méthode Ecouvillonnage : Un écouvillon de coton hydrophile est immergé dans une
solution stérile de Ringer au 1/4 ou dans un bouillon tryptone-sel additionné de Tween
(0,5°/°°). Le prélèvement est effectué par frottement sur la surface du produit ; l’écouvillon
est alors immergé dans 10 ml de Ringer au 1/4 ou 10 ml de bouillon tryptone-sel. L’analyse
est réalisée à partir de la suspension ainsi obtenue.
Cette Suspension constitue alors la dilution mère (DM) qui correspond donc a la dilution
1/10.
Instruire ensuite aseptiquement à l’aide d’une pipette en verre graduée et stérile, 1ml de
la DM dans un tube a vis contenant au préalable 9 ml du même diluant ; cette dilution est
alors 1/100…ainsi de suite jusqu’un l’obtention de la dilution 1/100000 soit 10-5 . (Schéma
n°2)
Suivront ensuite les dilution décimales de la même manière que dans le cas des produit
solides, tout en considérant la SM a 1, la première dilution sera donc au 1/10. (Schéma n°3)
Remarques :
Au moment de la réalisation des dilution décimales, il impératif de changer de pipettes
entre cheque dilution.
Contrairement à cela, lors de l’ensemencement, il est recommander de commencer par la
plus haute dilution dans le but justement de ne pas changer de pipettes.
On travaillera alors à l’aide d’une pipette graduée en verre stérile de 5ml.
10-1
9 ml de TSE
9 ml de TSE
Technique:
A partir des dilutions décimales allant de 10-3 à 10-1 voire 1, porter aseptiquement
1 ml dans une boite de Pétri vide préparée à cet usage
Compléter ensuite avec environ 20 ml de gélose PCA ou TDYM fondue puis refroidie à
45±1°C
Faire ensuite des mouvements circulaires et de va-et-vient en forme de « 8 » pour permettre à
l’inoculum de se mélanger à la gélose utilisée.
Laisser solidifier sur paillasse, puis rajouter une deuxième couche d’environ 5 ml de la même
gélose ou de gélose blanche. Ce double couche à un rôle protecteur contre les contaminations
diverses. (Schéma n°4)
Incubation :
Les boites seront incubées couvercle en bas à 30°C pendant 72 heures avec :
- première lecture à 24 heures,
- deuxième lecture à 48 heures, et
- troisième lecture à 72 heures.
Lecture :
Les colonies des G A M T se présentent sous forme lenticulaire en masse.
Dénombrement :
Il s’agit de compter toutes les colonies ayant poussé sur les boites en tenant compte des
facteurs suivants :
- ne dénombrer que les boites contenant entre 15 et 300 colonies,
- multiplier toujours le nombre trouvé par l’inverse de sa dilution,
- faire ensuite la moyenne arithmétique des colonies entre les différentes dilutions
Incuber à 30°C, 24 – 48 et 72 h
En Milieu Solide :
Technique:
A partir des dilutions décimales allant de 10-3 à 10-1, porter aseptiquement 1 ml de
chaque dilution dans deux boites de Pétri vides préparées à cet usage et numérotées comme
l’indique le Schéma n°5
Compléter ensuite chaque boite avec environ 20 ml de la gélose VRBL, fondue puis refroidie
à 45±1°C.
Faire ensuite des mouvements circulaires et de va-et-vient en forme de « 8 » pour permettre à
l’inoculum de bien se mélanger à la gélose utilisée.
Incubation :
Une série de boites sera incubée à 37°C, pendant 24 à 48 h et servira à la recherche de
Coliformes totaux,
L’autre série sera incubée à 44°C pendant 24 à 48 h et servira à la recherche de Coliformes
fécaux.
Dénombrement :
Il s’agit de compter toutes les colonies ayant poussé sur les boites en tenant compte des
facteurs de dilutions, de plus :
- ne dénombrer que les boites contenant entre 15 et 300 colonies,
- multiplier toujours le nombre trouvé par l’inverse de sa dilution,
- faire ensuite la moyenne arithmétique des colonies entre les différentes dilutions.
44°C, 24 à 48 h (CF)
*CT….coliforme totaux
*CF….coliforme fécaux
En Milieu Liquide:
La technique en milieu liquide fait appel à deux tests consécutifs à savoir.
-Le test de présomption : réservé a la recherche des coliformes totaux.
- Le test confirmation : appelé encore test de Mac Kenzie et resrvé a la recherche des
coliformes fécaux a partir des réaction positives du test de présomption.
1. Test de présomption :
Préparer dans un portoir une série de tubes contenant le milieu sélectif VBL a raison de trois
tubes par dilution.
A partir des dilutions décimales allant de 10-3 à 10-1, porter aseptiquement 1 ml de chaque
dilution dans chaque des trois tubes correspondant a une dilution donnée comme l’indique le
schéma n°6.
Chassez le gaz présent éventuellement dans les cloches de Durham et bien mélanger le milieu
et l’inoculum.
Incubation :
L’incubation se fait à 37°c pendant 24 à 48 heures.
Lecture :
Sont considérés comme positifs les tubes présentant a la fois :
un dégagement gazeux (supérieur au 1/10 de la hauteur de la cloche)
un trouble microbien accompagné d’un virage du milieu au jaune (ce qui constitue le
témoin de la fermentation du lactose présent dans le milieu)
Ces deux caractère étant témoins de la fermentations de lactose dans les conditions
opératoires écrites.
La lecture finale se fait selon les prescriptions de la table de Mac Grady qui se trouve en
annexe.
Exemple et interpritation :
Si à la dilution 1/10 3tubes sur 3 sont positifs…….3
à la dilution 1/100 2tubes sur 3 sont positifs……2
à la dilution 1/1000 1tubes sur 3 sont positifs…....1
Le nombre caractéristique est donc <321> se qui correspondons sur la table de Mac Grady au
nombre 15.
On considère alors qu’il y a 15 coliformes par gramme ou millilitre vde produit a la dilution
1/10.
Pour obtenir le nombre réel de coliformes totaux, il suffit de multiplier ce nombre par
l’inverse de la première dilution pour revenir a 1 soit :
15*10=150 coliformes totaux par gr ou ml de produit analyser.
Incubation :
L’incubée se fait cette fois-ci a 44°C pendant 24 à 48 h
Lecture :
Sont considérés comme positifs les tubes présentant a la fois :
un dégagement gazeux dans les tubes de VBL (supérieur au 1/10 de la hauteur de la cloche)
un anneau rouge en surface, témoin de la production d’indole par Eschérichia Coli après
adjonction de 2 a 3 gouttes du réactif de Kowacs dans dans le tube d’eau peptonée
exempted’indole.
La lecture finale s’effectue également selon des prescription de la table de Mac grady en tenant
compte du fait que Echérichia Coli est a la foit producteur de gaz et l’indole a 44°c.
Exemple et interpritation :
En reprenant le même exemple concernant le dénombrement des coliformes totaux , cela
suppose que nous avons 6 tubes a repiquer a savoir :
3 tubes de la dilution 1/10
2 tubes de la dilution 1/100
1 tube de la dilution 1/1000
* si sur les 3 tubes repiqués à partir de la dilution 1/10 :
- 2 tubes sont positifs aussi bien en gaz qu’en indole et,
2
- 1 tube seulement positif en gaz.
* si sur les 2 tubes repiqués à partir de la dilution 1/100 :
- 1 tubes sont positifs aussi bien en gaz qu’en indole et,
-l’autre est positif seulement positif en indole.
1
* si le tube repiqué à partir de la dilution 1/1000 :
0
- la réaction est négative aussi bien en gaz qu’en indole,
Le nombre caractéristique est donc <210> se qui correspondons sur la table de Mac Grady au
nombre 1,5 a la dilution 1/10.
Pour obtenir le nombre réel de coliformes fécaux, il suffit de multiplier ce nombre par
l’inverse de la première dilution pour revenir a 1 soit :
1,5*10=15 coliformes fécaux par gr ou ml de produit analyser.
Tableau Récapitulatif
Test de confirmation
Dilutions Test de présomption
VBL 44°C EP Exempte d’Indole
+ + +
1/10 + + +
+ + -
+ - +
1/100 + + +
-
+ - -
1/1000 -
-
Nombre
321 210
Caractéristique
Trouble Microbien
... Gaz dans la cloche
Test de présomption
.
..
Réaction Positive
1 ose 1 ose
VBL EPEI
+ 2 gouttes du réactif de
Kowacs
Trouble Microbien
Gaz dans la cloche Anneau Rouge
Réaction Positive
Test Confirmation
Incubation :
L’incubation se fait cette fois-ci a 37°C pendant 24 à 48 h
Lecture :
Sont considérés comme positifs les tubes présentant un trouble microbien.
Remarque :
Aucun dénombrement ne se fait a ce stade, Les Tubes positifs feront l’objet d’un repiquage.
Incubation :
L’incubation se fait cette fois-ci à 37°C pendant 24 à 48 h
Lecture :
Sont considérés comme positifs les tubes d’Eva Lytsky à la fois :
un trouble microbien et
une pastille blanchâtre ou violette au fond du tub.
Le nombre de streptocoques fécaux est exprimé par le NNP selon la table de Mac Grady.
Exemple et interpritation :
Tableau Récapitulatif
Le nombre caractéristique est donc <101> se qui correspondons sur la table de Mac Grady au
nombre 0.7.
On considère alors qu’il y a 0.7 streptocoques fécaux par gramme ou millilitre vde produit a
la dilution 1/10.
Pour obtenir le nombre réel de streptocoques fécaux, il suffit de multiplier ce nombre par
l’inverse de la première dilution pour revenir a 1:
0.7*10=7 streptocoques fécaux par gr ou ml de produit analyser
Remarque :
L’isolement a partir des Tubes d’Eva positif sur milieu Barnes puis leur incubation a 37°c 24 a
48heures permet d’avoir quelques indication sur les espèces de streptocoques de groupe <D>
a savoir :
Test de présomption
1ml
1ml
1ml 1ml 1ml 1ml 1ml
1ml 1ml
Rothe
S/C
Rothe S/C a 37°C pendant 24 a48h
Trouble
Test Confirmation
EVA
37°C pendant 24 a48h
Trouble
+
Pastille
Famille: Micrococcaceae
Genre: Staphylococcus.
Espèce: aureus
Morphologie: gram positif, coque en amas (grappes de raisin),
immobile.
Caractères biochimiques: catalase positif, oxydase négatif,
coagulase positif, fermente le glucose sans gaz et dégrade le mannitol sur la gélose Chapman.
Caractères culturaux: anaérobie facultative préférentielle, mésophile, neutrophile, halophile.
Pouvoir pathogène: Elle est responsable d'intoxications alimentaires dues à une entérotoxine
produite dans l'aliment ingéré
Selon la disponibilité des milieu de culture, trois technique différentes sont recommandé
pour la recherche de staphylocoque aureus a savoir :
* Méthode Baird Parker
* Méthode d’enrichissement sur milieu Giolliti Cantonii
* Méthode sur gélose Chapman
Ensemencement:
A partir des dilutions décimales 10-3 dans le cas des contrôles de routine, porter
aseptiquement 1 ml de chaque dilution réparti en surface à raison de 3 fractions sensiblement
égales dans trois boites contenant le milieu de Baird Parker puis étaler à l’aide d’un même
étaleur en commençant par les boites de plus forte dilution, comme l’indique le schéma n°9
Incubation:
L’incubation se fait à 37°C pendant 24 à 48 heures.
Lecture:
Seront considérées comme positives, les boites contenant des colonies caractéristiques
à savoir des colonies noires, brillantes, convexes entourées d’une zone de transparence qui
peut être translucide.
Remarque:
Pour s’assurer qu’il s’agit bien de colonie de staphylococcus aureus, effectuer des tests
biochimiques rapides à savoir :
Une preuve a la catalase (à l’aide de l’eau oxygénée)
Une preuve a la coagulase (à l’aide de plasma de lapin)
Ensemencement:
A partir des dilutions décimales retenues, porter aseptiquement 1 ml par la dilution dans un
tube vis stérile.
Ajouté par la suite 15 ml du milieu d’enrichissement comme l’indique le schéma n°10.
bien mélanger le milieu et l’inoculom.
Incubation:
L’incubation se fait à 37°C pendant 24 à 48 heures.
Lecture:
Seront considérés comme positifs, les tubes ayant virés au noire.
Pour s’assuré qu’il s’agit bien d’un développement de staphylococcus auréus, ces tubes feront
l’objet d’un isolement sur gélose Chapman.
Tube Noir
Chapman
Lecture:
Staphylocoque aureus se présente alors sous forme de colonie de taille moyenne, lisse,
brillante, en jaune et pourvues d’une catalase et d’une coagulase.
Genre: Clostridium
Espèce: perfringens
Famille: clostridiaceae
Ordre: clostridiales
Morphologie: bacilles, gram positif
Caractères culturaux: anaérobie stricte, sporulée, immobile,
croissance optimale à 45°C, pH compris entre 5,0 et 8,0, réduction des sulfites en
sulfures, production d'H2S lorsqu'il est une présence un acide aminé soufré.
Pouvoir pathogène: cette bactéries est du a sa capacité de produire des entérotoxines, qui
est responsable a des toxi-infections alimentaires.
Technique:
Selon la disponibilité des milieux de culture, deux techniques sont recommandées pour
la recherche de Clostridium perfringens à savoir :
méthode générale sur gélose Viande – Foie à 37°C,
méthode sélective sur gélose TSN ou TSC à 46°C. (Clostridium perfingens)
Préparation du milieu:
Au moment de l’emploi faire fondre un flacon de gélose Viande foie, le refroidir dans un bain
d’eau à 45°C puis ajouter une ampoule d’Alun de Fer et une ampoule de sulfite de sodium.
Mélanger soigneusement et aseptiquement.
Le milieu est ainsi prêt à l’emploi, mais il faut le maintenir dans une étuve à 45°C jusqu’au
moment de l’utilisation.
Ensemencement:
Les tubes contenant les dilutions 10-2 et 10-1 seront soumis :
d’abord à un chauffage à 80°C pendant 8 à 10 minutes.
puis à un refroidissement immédiat sous l’eau de robinet, dans le but d’éliminer les
formes végétatives et de garder uniquement les formes sporulées.
A partir de ces dilutions, porter aseptiquement 1 ml de chaque dilution en double dans deux
tubes à vis stériles de 16 mm de diamètre, puis ajouter environ 15 ml de gélose Viande Foie
prête à l’emploi, dans chaque tube comme l’indique le schéma n°13. Laisser solidifier sur
paillasse pendant 30 minutes. (Schéma 12 )
Incubation:
Ces tubes seront ainsi incubés à 37°C pendant 16, 24 ou au plus tard 48 heures
lecture:
La première lecture doit se faire impérativement à 16 heures, car,
- d’une part les colonies de Clostridium Sulfito-réducteurs sont envahissantes auquel cas on
se trouverait en face d’un tube complètement noir rendant alors l’interprétation difficile
voire impossible et l’analyse est à refaire.
10-1 10-2
Chauffage à 80°C/8 à 10 min
o Les levures:
Une levure est un champignon unicellulaire1 eucaryotes apte à
provoquer la fermentation des matières organiques animales ou
végétales. Ces micro-organismes, de forme variable selon l’espèce
(sphérique, ovoïde, en bouteille, triangulaire ou apiculée, c'est-à-dire
renflée chaque bout comme un citron) mais généralement ovales,
d'environ 6 à 10 microns et jusqu’à 50 microns.
o Les moisissures:
Elles sont multicellulaires mais la notion de cellules est assez floue
car leur structure est mycélienne et coenocytique. La paroi est riche
en cellulose ou en chitine. Le corps d'une moisissure est fait de deux
parties; le mycélium et les spores. Le mycélium est un ensemble de
plusieurs filaments appelé hyphes.Chaque hyphe mesure de 5 a 10
micrometres de diamètre et possède un cytoplasme commun.
o Caractère physiologique:
Ce sont des eucaryotes, non photosynthétiques, hétérotrophes et immobiles.
Elles sont acidophiles et sont obtenues sur milieu à PH acide.
Elles sont mésophiles et d'autres sont multipliés à une température inférieure à 15°c.
Technique:
A partir des dilutions décimales, 10-3 à 10-1, porter aseptiquement 4 gouttes dans une boite de
pétri contenant de la gélose OGA, comme l’indique la schéma n°13
Etaler les gouttes à l’aide d’un râteau stérile, puis incuber à 22°C pendant 5 jours.
Lecture:
La première lecture doit se faire à partir de la 48 eme heure d'incubation; elle consiste d'abord
en la lecture des deux boites témoins car si l'une d'entre elles présente des levures ou des
moisissures, l'analyse est à refaire.
Dans le cas échéant, dénombrer les colonies de levures a part et les colonies des moisissures a
part.
Famille: Enterobacteriaceae
Ordre: enterobacterial
Morphologie: Bacilles à Gram Négatifs, mobiles ou immobiles
Caractères biochimiques: Oxydase (-), Catalase (+), Glucose (+),
Nitrate réductase (+), Lactose (-), H2S (+) ou (-).
Caractères culturaux: Aéro-anaérobie facultatif,
Pousse sur milieu ordinaire, La température optimale de croissance et de culture des
Salmonella est de 37°C.
Pouvoir pathogène: responsable a des toxi-infections par sa capacité de produire des
endotoxines, qui dus des fièvres typhoïdes et paratyphoïde et les gastro-entérites.
Technique:
La recherche des Salmonella nécessite une prise d’essai à part.
Jour 3 : Isolement :
Prélever 0.1 ml de tube d'enrichissement et faire et talonner sur la gélose HEKTOEN ou
gélose Bilié lactosé au vert brillant.
Incuber à 37°C pendant 24 h.
Remarque : Les salmonelles se présentent sous forme de colonies le plus souvent grises
bleue a centre noir sur gélose HEKTOEN.
Colonies roses entourées d’une zone rouge sur gélose BL VBRP.
GH
Jour 3 : isolement:
37°C / 24 h
Si la dilution 1/10, le nombre de colonie est 35, se nombre sera multiplié par l’inverse
de la dilution correspondante a savoir10, on obtiendra alors 350 germes a la dilution 1/10.
Si on obtient 350 colonie a 1/10, 200 colonie a 1/100, et 50 colonie a 1/1000, le nombre de
germes sera donc de : (350+200+50)/3 = 200 germes par ml.
pH = 7,2
4. Streptocoques du groupe D
Remarque
ROTHE test présomptif
milieu liquide
LITZKY test confirmatif
5. ANAEROBIES SULFITOREDUCTEURS
6. Staphylococcus aureus :
7. Salmonelles
8. Levures et moisissures
gélose
glucosée à
l’oxytétracycli OGA
ne et extrait
de levure