Actualizaciones en

Biología Molecular
III

Saúl Gómez
Fabiana González
05/06/2019
Profesor: Gustavo Fermín.
Todo lo biológico está determinado por los genes.

En el mundo de las abejas, hay una estructura social, en el que hay una reina, obreras, exploradoras y los
zánganos, y esto depende del patrón de metilación del ADN.

Los zánganos son los machos haploides, que se encargan de fertilizar a la reina. Las reinas son reinas por lo
que comen y las exploradoras son hembras.

Cuando hay que cambiar el patrón de actividad (laboral) lo que se hace es cambiar el patrón de metilación del
ADN.

En todos los seres vivos hay modificaciones químicas y moleculares que transducen lo que ocurre a nivel social con
lo que debe manifestarse a nivel biológico.

En el ser humano se pueden encontrar entre 1 a 10 nucléolos.

El Epigenoma incluye las modificaciones en el ADN, las modificaciones de las histonas, la arquitectura del núcleo y
el silenciamiento genético.

En la imagen, Lo que se ve del mismo color aparece

en el núcleo en el mismo sitio.

La célula se divide y el ADN que estaba en un sitio en

particular va a volver a aparecer en el mismo sitio.

Si se compara esa distribución o esa manera de

estructurarse (comparmanterizarse) en el núcleo con
otras especies cercanas a nosotros es muy semejante.
Esto es producto de nuestra historia evolutiva.

La arquitectura del núcleo es heredable y determina

la expresión del genoma, por lo que esta
filogenéticamente determinada.

Genoma desde el punto de vista informacional

Hans Winkler fue un botánico que propuso que “la expresión
genómica es el conjunto de cromosomas haploides que en conjunto
con el protoplasma pertinente especifica las bases materiales de las
especies.”

Él dice que desde el punto de vista informacional, lo que está en el

conjunto de cromosomas haploides es lo que determina la especie.

El protoplasma pertinente es aquel que permite la expresión de

todo esto. Él realmente se refería al resto del contenido celular.

Esto especifica la base material de las especies, que es el contenido

informacional.
 Informacionalmente somos haploides y estructuralmente somos diploides, lo cual es consecuencia de la
reproducción sexual.

Aproximadamente son 20.000 genes lo que definen a un ser humano.

Árbol de la vida:
El número de afuera representa cuantos genomas se han silenciado.

Nuestra rama hermana son las Archaea.

Metagenoma:
En el año 2000 aparece la secuenciación de los metagenomas.

Craig Venter ( fue el primero en crear un trasplante de genoma) fue al Mar de los Sargassos , tomo 1 metro cubica de
este mar, lo filtro, centrifugo y saco el ADN, y este ADN es de todos las especies que están allí, después los comenzó
a secuenciar, y se van produciendo las secuencias de todas las especies, y luego mediante un programa
computacional va pegando los que son similares hasta que se reconstruyen todos los genomas de las bacterias que
están allí, por lo tanto se obtendrán genomas individuales.

En los estudios metagenomicos de la flora intestinal se puede ver que bacterias están allí.

Se han hecho estudios metagenomicos para analizar el viroma del ser humano, para saber las bacterias que están
presentes en los hospitales y para encontrar bacterias que sean capaces de sintetizar ciertos productos.

Referencias tomadas de internet:

 El metagenoma es el conjunto de genes microbianos presentes en un entorno o ecosistema determinado. La

metagenomica refleja la capacidad potencial de un ecosistema especifico, las acciones que sus genes puedan
realizar, y también explica cuales son los microorganismos que tan presentes.
 La metagenomica también es conocida como la genómica ambiental, ecogenomica o genómica de la
comunidad.
 Los análisis de la información metagenomica recolectados por Craig Venter revelo 2 grupos de organismos, uno
compuesto de taxones adaptados para las condiciones ambientales y otro más abundante compuesto
principalmente por plankton.
 Los organismos modelos nos permiten analizar ciertos
fenómenos que pueden ser extrapolados para estudiar otros.

Los oomicetos no son hongos

El valor C es el contenido en masa de ADN haploide por

célula. Este valor no se relaciona con la complejidad
biológica.

En esta imagen la franja es el rango de variación del

tamaño de los genomas dentro de ese núcleo.

Desde el punto de vista biológico la complejidad

aumenta a medida que bajamos, por lo tanto el ser
humano es el ser biológicamente más complejo.

En conclusión no hay relación directa entre la cantidad

de ADN y la complejidad biológica, ya que por ejemplo
la Ameba tiene más ADN que el ser humano pero esta
no es más compleja que nosotros.

El ORFs (open Reading frame, o marco de lectura

abierto) es la unidad de la información por gen,
son los candidatos a ser genes. Este pasa a la
categoría de gen una vez que se exprese.

La Guillardia theta es el organismo eucariota que

tiene el genoma mas pequeño, con 551.000 pares
de bases.

En ella cada gen debe tener unos 1200 nucléolos.

El ADN que en los años 80 se definía como ADN

basura es lo que especifica que seamos como
somos.

El ADN que hace el ser humano no solo es el que

codifica para algo, ya que el que no codifica determina que se exprese aquello que si codifica para algo.
Para que el ADN que está en el cromosoma vaya a un sitio especifico del núcleo, se exprese de cierta manera,
mande a que se lea, se transcriba, se procese, y luego viaje al citoplasma para ser traducido, hace falta toda la
cantidad inmensa de ADN, ya que no hay ningún ADN que sea basura.

Unidad de información en las

bacterias:
Aquí tenemos la región codificante
, la cual está flanqueada por las
regiones no traducidas que serán importantes para
el procesamiento del mensajero . El RBS es el
sitio de unión del ribosoma

Esto se transcribe a partir de la unión de una

polimeraza en el promotor, que a partir del sitio de
inicio de la transcripción da origen a todo.

El factor que reconoce a la caja TATA es el factor

sigma TATAT

Cuando el ribosoma llega al codón stop el ribosoma se detiene porque no hay un ARN de transferencia que este
asociado.

Dentro de las procariotas casi que la regla es que un gen produce un mensajero, y de un mensajero se forma un
péptido, pero existen casos en que a partir de un mismo mensajero se está codificado para 3 proteínas distintas.

El mensaje es policistronico porque codifica para 3 péptidos, hay 3 mensajes en un mismo mensajero

El operon: es una fracción de ADN que codifica más de un producto, y da origen a un ARN mensajero policistronico
y allí aparecen las proteínas asociadas.

En el operon lactosa esta la lactosa permeasa (permite que entre la lactosa a la bacteria), una transacetilasa
(mantiene los grupos acetilos) y la beta galactosidasa que degrada la galactosa en glucosa y galactosa.

El operon expresa el grado de complejidad estructural más grande que tiene el genoma de las procariotas, que es
la de codificar más de un producto en una misma unidad de transcripción.
 Unidad de información en las
Eucariotas:
La región codificante también está flanqueada por
regiones 3´ y 5´ no traducidas, que son importantes para
su procesamiento.

La caja TATA reconoce un factor proteico para que la

polimerasa se quede allí, el cual es el PBP

Habrá un promotor que será el sitio que reconocerá la

polimerasa, para que a partir del sitio de inicio de la
transcripción generar un ARN heterogéneo nuclear, que
todavía no es mensajero.

Luego que se ha transcripto un cierto número de

nucleótidos (30) se le agrega la capucha, no se espera a que este transcripto todo para que ella se pegue, es un
proceso cotranscripcional no postranscripcional.

La capucha está escrita así porque es una guanosina y el enlace es 5´5´.

Cuando aparece el segundo intron ya se está quitando el primer intron, es decir, cuando se comienza a transcribir
el segundo exón ya se está quitando el primer intron.

Exon es el que se expresa e intron es aquel que interrumpe o interviene entre los exones.

Según el profesor Pierruzini todo esto se debe al patrón de fosforilación de la cola del ARN polimerasa.

La longitud de la cola de poli A depende de esta zona final,

y la cola de poli A da protección.

¿Cómo se exporta el ARN mensajero? Por las ribonucleoproteinas mensajeras, y una de ellas es la PADP (poli A
binding protein o proteína de unión a la cola de poli A). Esta PADP se une por un lado a la cola de poli A y por otro
lado a elementos de la matriz nuclear, haciendo que el ARN mensajero salga del complejo del poro se conecte
directamente con el citoesqueleto y lo llevan hasta los ribosomas.

El conjunto de proteínas que se unen al ARN mensajero le indicaran al complejo del poro del núcleo que eso está
bien procesado

Un gen que no tenga cola de poli A no sale, y si no se le quitan los intrones esas ribonucleoproteinas no salen del
núcleo.

Lo que decide que sale del núcleo es el complejo del poro.

La mayoría de los mensajeros van a los ribosomas, pero hay unos que no lo hacen, ya que hay algunos que tienen
que aparecer casi que inmediatamente si la célula quiere responder de manera efectiva frente a un estimulo,
estos mensajeros quedan secuestrados en alguna parte del citoplasma, y tienen proteínas que van a responder a
esa señal.

Para algunos mensajeros existe la unión de las dos subunidades pegadas al ribosoma pero no se está leyendo, y
allí entran en juego algunos elementos de las maquinarias del silenciamiento genético, estos son los temporal
corto, que no permiten que se traduzca, solo cuando es verdaderamente necesario.
 Hay una serie de elementos que permiten regular la cantidad de mensajeros que se producen y la velocidad con
la cual se van a traducir.

Elementos de un fragmento de 50 kb del

genoma humano:
En algunas literaturas se les llama cuerpos genéticos a los intrones y
a los exones.

Los exones se observan en la diapositiva de color mostaza; a groso

modo de esos 50Kb (sumándolos mentalmente) son exones el 5% y
eso es lo que codifica para algo.

Están los intrones, que están asociados con los exones y permite hacer
la arquitectura de esa región en particular que codifica para algo.

Luego tenemos los pseudogenes (TRY5) que son aquellos que no se transcriben, lo más probable es que ni siquiera
tenga un promotor, finge ser un gen pero no actúa como tal.

Están los LINES, SINE, LTR y los transposones son elementos móviles, es ADN que se mueve o se movió en el algún
momento en el genoma. En el ser humano existen mas de 100 familias de elementos móviles, pero hace millones de
años se detuvo la movilización; pero esos elementos quedaron allí. 44% del genoma humano trasponía hasta que
dejo de hacerlo.

Hay otros elementos como el maíz por ejemplo, el 60% del genoma del maíz son transposones, se están moviendo.

Si se muta a los elementos que se encargan de mantener a los transposones a raya, en seis generaciones se acaba, la
planta deja de ser planta, se vuelve estéril, no es funcional, etc.

En las plantas casi que todo el sistema de silenciamiento genético esta hecho para silenciar a los transposones y
evitar que se muevan. En el ser humano el silenciamiento genético también apareció por lo mismo, pero por alguna
razón que no entendemos esos elementos ya no se mueven; no es una manera activa, ellos no se mueven; esto paso
hace miles de años.

Hay distintos transposones:

Hay unos que se mueven y no dejan copia en el sitio, es decir, se separan del ADN, hay secuencias en los extremos
de transposones que generalmente son homologas entre si, se pueden recombinar, entonces generan un circulo y
permite que se ligue del sitio donde esta.

Por otra parte hay programas que permiten analizar la secuencia de ADN y dicen en que sitio hubo un movimiento
de transposon dejando una huella cuando se repara ese ADN.

Hay otros transposones que generan una copia que puede ser en forma de ARN, hay transcripción inversa se hace
ADN y se van a un sitio por micro homología.

Los mas dañinos son aquellos que van y se insertan en las regiones que hay transcripción activa porque pueden
dañar a los genes. Ellos están muy activos en las bacterias, en las plantas, en diversos animales; en las bacterias esto
se esta llevando a cabo se manera muy seguida.
En las plantas en general si no están atentas a estar evitando la trasposición, obviamente el genoma se ve invadido
por un montón de copias e inactivan un montón de genes y por ende ese linaje de plantas desaparece.

En los años 70 fue que se acepto que había genes que trasponían.

Aquí se observa una gran cantidad de elementos móviles, las secuencias largas, cortas, los transposones como tal,
otros elementos repetidos y los micros satélites, los cuales son micro secuencias repetitivas que surgen por
modificación en el momento de la replicación; no son elementos móviles, no trasponen.

La mayor parte del ADN que se esta observando en ese fragmento es repetitivo, el cual la mayor parte es un ADN
móvil; si lo comparamos con otros organismos son distintos como por ejemplo la levadura, la cual casi toda codifica
ya que es un organismo unicelular, en el maíz en el fragmento de 50Kb casi todo es transposon excepto un pequeño
fragmento que no lo es; en la bacteria todo lo que codifica esta al lado uno de lo otro, lo que hay es un fragmento
pequeño que permite precisamente que eso se pueda leer.

Los rasgos mas prominentes en el humano del 3 al 5%

(dependiendo de donde lo lean) codifica para algo, lo demás
no; 5% codifica para algo, 45% es ADN móvil por ahí tenemos
la mitad del ADN, la otra mitad que queda de esa mitad es
también ADN repetitivo pero no móvil, el resto es
simplemente ADN, no se le ha dado nombre a eso.

En las plantas casi todo es transposon.

En los virus no se observa ni un solo nucleótido.

Las regiones que son altamente repetitivas en un

ADN, si se toma un ADN y se le aplica calor ese ADN
se separa, a esto lo llamamos desnaturalización del
ADN, si se deja reasociar a temperatu ra ambiente
se va asociando por complementariedad. El que se
asocia mas rápido es el que se denomina ADN
altamente repetitivo y eso es básicamente del 10 al
15% del genoma humano.

El mas conocido es el ADN alfoide, es el que se

denomina ADN satélite y está presente en la región
centromérica y pericentromérica y esta compuesto
de un repetido de 171 pares de bases, es decir, hay
un fragmento de ADN escrito por 171, y eso lo va
repitiendo al lado, lo repite y lo repite en tanda, en
fracciones o fragmentos que van de 100Kb a 1Mb; entonces si se divide 100000 entre 171 dará el numero de
repetidos que tiene esa fracción que son miles, por lo tanto es una fracción de ADN altamente repetitivo.
Tenemos los altamente repetitivos, los micro satélites, ellos son la base en la actualidad del análisis entre parentesco
de humanos. Son repeticiones de 1 a 6 nucleótidos. Por ejemplo un micro satélite puede tener 200 pares de bases y
pueden ser todos AAAAAAA… hasta 200 ó ATCATCATCATCATC…

Luego tenemos los medianamente repetitivos que son el gran bloque del ADN humano, porque aquí incluye a los
elementos largos y cortos que son los elementos móviles y tienen la siguiente característica: los fragmentos rojos en
la diapositiva son las secuencias repetitivas; estos repetidos pueden ser directos invertidos. Se observa una
transcriptasa inversa lo que quiere decir como es que transpone, es decir, se transcribe y a partir del mensajero la
transcriptasa inversa que este elemento codifica genera ADN, el cual lo lleva a una región donde los fragmentos
rojos permite que se inserte.

Hay otros que se repiten mucho y forman el ARN más común en cualquier célula siendo el ARN ribosomal.

Tiene el aspecto de una hoja; la línea central es el ADN, la parte superior de esa línea es por donde comienza la
transcripción y la parte inferior es la más antigua o vieja por la codificación. Todas esas especies de hojas son
secuencias repetitivas. Todas estas unidades de repetición están en un orden particular. Este es el ARN mas
frecuente en el genoma humano y el ADN que codifica para eso esta dentro de ese ADN que es una fracción
altamente repetitiva.

Todos los seres celulares tienen esa información y esta codificada más o menos del mismo modo. En el ser humano
tenemos que la unidad de repetición del ARN ribosomal tiene o codifica para el ARN 18S, 5.8S y 28S; esto es lo que
se repite de cientos a miles de veces.

Citota: conjunto de todos los seres vivos que son celulares. Acitota seria aquellos que no son celulares.

En el nucléolo se va a tener todas las fracciones de ARN ribosomal maduro que cuando vengan las proteínas que
están codificadas por los genes de las proteínas ribosomales, el producto con una proteína viaja del ribosoma al
núcleo, se une con otros ribosomas, se forman las unidades ribosomales y luego son importadas de nuevo al
citoplasma.

Cada especie es lo que su genoma dicta.

Ahora tenemos la secuencia de baja repetición, en

este caso el ejemplo es del gen que codifica para la
globina; gracias a los estudios que se han hecho
con los a la teoría que dice que hace mas de 500
millones de años había un gen ancestral que
codificaba para la globina; ese gen se duplico por
la razón que sea, lo mas probable es que haya sido
ayudado por un transposón, se duplico.

Se observa que hay frecuencia que lo separa y

ambas copias llevaron su vida independiente y
cada una muto y tiene su propia secuencia pero
obviamente el análisis de la secuencia indica que
están relacionados entre si; y aquí surge la α y la β
globina, luego transponen, se mueven a distintos
cromosomas y cada una de ellas va a dar origen a dos familias de globinas distintas; las que derivan de la α globina
sufrieron modificaciones y duplicaciones adicionales y forman ahora la familia del gen de la globina α que esta en el
cromosoma 16, cada una de las azules codifica para una globina distinta y cada una de las verdes es un pseudogen.
Las de las β globinas sufrieron duplicaciones, mutaciones, translocaciones, etc., todas están en el cromosoma 11 y
forman la familia de genes de la globina δ delta

Para muchísimos genes ocurrió esto mismo, muchísimos genes han formado familias, y esas familias a veces son muy
complejas y a veces hay miembros de la familia que están solos, a esos se denominan horfones.

Un gen tiene una lingüística particular, el evoluciono y es funcionalmente hablando perfecto si esto se duplica y
luego se van cambiando cosas, no se esta partiendo de cero se esta partiendo de algo que ya tiene sentido. La
mayoría de los genes proviene de otros genes. Después de cierto punto se fue utilizando lo que se ha perfeccionado
para crear copias nuevas que tienen otra función.

En el embrión humano se expresan dos globinas distintas; en el feto se expresan cuatro distintas pero en el adulto se
expresan otras. Esto puede representar una ventaja para las especies, la afinidad por el oxigeno en las globinas es
distinta y la disponibilidad de oxigeno para un embrión, un feto y un adulto independiente no son las mismas; si esto
no hubiese ocurrido no hubiésemos colonizado la tierra.

A través de este pez se pudo comprender lo que ya

se había mencionado; los genes que tienen un
numero de repetición bajo y de que un gen tiene una
lingüística que ahorra trabajo inventando un gen, lo
duplica, lo muta y por ahí eso termina siendo un
nuevo gen; eso se demuestra con esto; el pez que
tiene 21 pares de cromosomas, se esta
representando cada línea fijándose que se va del
cromosoma mas grande al mas pequeño y otras
particularidades.

Esto esta representando que la línea roja que se

observa en la diapositiva, va de un cromosoma al
otro; es lo que de un cromosoma esta duplicado del
otro.

La cantidad de movilidad interna durante la historia evolutiva del pez fue enorme, vivían cambiando de posiciones,
se duplicaban los genes y lo mas sorprendente es que lo que por ejemplo esta duplicado de 19 en el 13 no tiene la
misma función, lo que indica que fundamentalmente la formación que define a un organismo fue generada
endógenamente a partir de elementos de información que ya tenían una estructura propia. Al igual que al pez esto
también sucedió con el ser humano, por eso tenemos tanto genes repetidos.

Tenemos genes que algún momento fueron repetición de

otros. El propio genoma creo las condiciones de su
crecimiento.

Comparando la misma región del ratón con la del niño, la

región que tiene una conservación en el orden de los
genes, se llama sintenia. En este caso el ratón tiene un gen
GULO que es activo, que en el ser humano se
pseudogenizó, es decir, cuando surge el ser humano el
hereda una copia de ese gen no funcional, este gen permite la síntesis de la vitamina C; el ser humano no permite la
síntesis de vitamina C porque ese esta ahí pero no esta activo, se pseudogenizó. El ratón si produce vitamina C.

Tiene mas ventaja desde el punto de vista biológico el ratón ya que es mas independiente al producir vitamina C;
esto obligo al ser humano a la dieta para poder obtener la vitamina C, también lo obligo a emplear otros elementos
que fueron apareciendo como el uso del fuego para cocinar y otros tipos de cosas; la necesidad. En los organismos
desarrollados como el ser humano lo obliga a que haga cosas que antes no hacia y esos fueron unos de los
elementos que llevo a la evaluación de la dieta en el ser humano y a obtener cambios importantes.

En ese caso es un gen que no tiene función, se pseudogenizó; pero hay otro caso como el RPL21 el cual es un gen
que codifica para una de las proteínas de los cromosomas, todo lo que esta en azul en la diapositiva es copia del gen
no funcional, son pseudogen.

Esos genes que están allí, lingüísticamente hablando están bien hechos, ellos podrían, si llegan a estar bajo el control
de un promotor, por ejemplo transpusieron a un sitio donde estaban a cargo de un promotor, pero si transponen a
un sitio que no esta bajo el control de un promotor se van a estresar. Lo que hemos visto en el ser humano que hay
21 pares de genes y hay la misma cantidad de pseudogenes; por lo tanto se puede decir que entre genes y
pseudogenes se pueden explicar entre 7 y 10% de todos los genes; esa información esta ahí, a lo mejor no es
funcional pero si se hubiese analizado hace un millón de años no se hubiese dicho lo mismo de genes que ahorita si
lo son.

El análisis de los genomas del pez, el tiene también 21

pares de cromosomas y cada color representa un
cromosoma distinto del pez (tetraodon). Cuando se hace
un análisis de sintenia (conservación en el orden de los
genes) comparando el genoma del pez con el del ser
humano, obviamente son especies distintas, sin embargo
hay análisis moleculares a nivel del individuo que son de
micro sintenias, porque se puede tener que en un ser
humano o un animal cualquiera la información es la
misma, pero si se le cambia un fragmento, si se le cambia
el orden ya no será igual.

El tomate y la papa tienen básicamente un genoma que es

90% idéntico, pero la sintenia no, es decir, la papa y el
tomate son como hermanos pero son especies distintas, por eso es que por ejemplo se pueden hacer papas fritas
pero tomates fritos no.

Los mecanismos de silenciamiento genético postranscripcionales son todos sobre genes, ellos no se expresan porque
no tiene promotores.

Todo el ADN que no es codificante es el que permite que eso se regule de una manera adecuada.

Si se construye un ser humano que sea capaz de producir su propia vitamina C no lo hará en los niveles apropiados,
no lo hará con la regulación que es requerida para cumplir con su papel, ya que como el ser humano ha
evolucionando tanto sin ser capaz de producir su propia vitamina C, siendo el caso que se vuelva productor de la
vitamina C no seria un productor en los niveles apropiados.
Se esta representando con un color distinto cada cromosoma del pez, lo que se observa en la parte superior son las
fracciones en el genoma humano que son sinténicas con el pez, si toma por ejemplo el de color verde son fracciones
que indican que es idéntico el color de los genes en el pez y en el ser humano. Se tienen los mismos genes en el
mismo orden pero no la misma secuencia, pero por otro lado se tienen esas fracciones en las que no hay nada del
pez (los genes que nunca tuvo el pez) lo cual quiere decir que vienen de virus de manera endógena y allí se fueron
produciendo cosas que el pez no hace, movimientos que llevo a inutilizar la propia información que nosotros
heredamos para construir una especie distinta a la que construyo el pez.

Ancestralmente provenimos de un organismo que tenia 12 pares de cromosomas, los demás vinieron de
transposición, mutación, separación (internamente). La información como tal se fue obteniendo del propio genoma
que heredamos de la infección por virus y de todos esos cambios que sucedieron a nivel de sintenia.