Navegadores de genomas

Prof. Georgios Pappas Jr <gpappas@unb.br>

Acesso à dados genômicos
Na era genômica da Biologia uma informação muito importante é a sequência do
genoma de um organismo, bem como a anotação dos seus genes.

Diversos repositórios listam de uma forma geral os projetos genoma disponíveis. O

NCBI genome e o GOLD: Genomes OnLine Database são exemplos onde pode-se
buscar organismos que possuam genomas sequenciados. No entanto, não
necessariamente estes genomas estão totalmente completos e bem anotados, pois
para isso existe a necessidade de recursos financeiros e humanos para proceder o
sequenciamento com uma alta cobertura e para proceder a anotação genômica.

Organismos modelo geralmente possuem sítios dedicados e que incluem uma

grande quantidade de informações adicionais, além do genoma propriamente dito.
Alguns exemplos são:

Espécie Nome comum Nome do banco Endereço

Mus musculus camundongo MGI-Mouse Genome www.informatics.jax
Informatics .org
Saccharomyces levedura de SGD www.yeastgenome.
cerevisae cerveja org
Drosophila mosca-das- FlyBase flybase.org
melanogaster frutas
Arabidopsis thaliana Arabidopsis TAIR www.arabidopsis.or
g
Oryza sativa arroz RAP-DB rice.plantbiology.ms
u.edu
C. elegans nematóides WormBase www.wormbase.org
Vírus diversos vírus ViralZone viralzone.expasy.or
g

Genome Browsers
Diversos programas permitem a navegação por sequências de genomas
conhecidos. Além de apresentar a disposição dos genes estes navegadores de
genomas, ou genome browsers, fornecem diversas outras informações com grande
relevância biológica, tais como:

• Estrutura dos transcritos provenientes dos genes

• Variação de sequências entre indivíduos (SNPs)

• Implicação de variações com doenças ou outros fenótipos

• Conservação entre espécies

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 • Experimentos de expressão gênica e de regulação da cromatina

Existem diversos navegadores de genomas sendo que os principais são:

• UCSC genome browser

• ENSEMBL

• GMOD

ENSEMBL

O projeto ENSEMBL é um portal de informações sobre genomas de cordatos.

Atualmente, existem diversas portais especializados do ENSEMBL:

• ENSEMBL bacteria

• ENSEMBL fungi

• ENSEMBL plants

• ENSEMBL protists

Um grande esforço foi feito para a anotação dos genes e visualização dos genomas
através de um genome browser (navegador de genomas).

Conhecendo o ENSEMBL

Neste roteiro vamos aprender informações básicas sobre como buscar e visualizar
genomas no ENSEMBL. Inicialmente, leia os seguintes tutoriais:

• Introdução ao ENSEMBL

• Genes e transcritos

Material adicional de estudo: vídeos

• Ensembl: Intro to genome browsing

• UCSC Genome Browser Tutorial: the basics

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