BIOFÍSICA DE LOS FERMENTOS: FUNDAMENTOS DE ENERGÉTICA

Integrantes/Códigos: Marco Gavilanes/650

William Freire/689
Jefferson Villa/658
Dennis Chamorro/719

Fecha: Junio 4, 2018

INTRODUCCIÓN

Los fermentos, también llamados enzimas son moléculas de gran importancia para comprender el
funcionamiento de los seres vivos en el aspecto físico, ya que gracias a su naturaleza proteica
catalizan reacciones químicas siempre que sean termodinámicamente posibles: una enzima hace
que una reacción química que es energéticamente posible, pero que transcurre a una velocidad muy
baja, sea cinéticamente favorable, es decir, transcurra a mayor velocidad que sin la presencia de
estas. En estas reacciones, las enzimas actúan sobre unas moléculas denominadas sustratos, las
cuales se convierten en moléculas diferentes denominadas productos. Casi todos los procesos en
las células necesitan enzimas para que ocurran a unas tasas significativas. A las reacciones mediadas
por enzimas se las denomina reacciones enzimáticas.

BIOFÍSICA DE LOS FERMENTOS: FUNDAMENTOS DE ENERGÉTICA

I. DEFINICIONES BÁSICAS

Fermentos o Enzimas

Las enzimas son proteínas que catalizan las reacciones químicas en

los seres vivos. Las enzimas no hacen factibles las reacciones
imposibles, sino que, sencillamente, aceleran las que tendrían
lugar de manera espontánea (aquéllas con un ΔG<0). Están
formadas por la unión de varias moléculas de aminoácidos. Gracias
a ellas tienen lugar, en condiciones fisiológicas, reacciones que, sin
catalizador, requerirían condiciones extremas de presión,
temperatura o de pH. Prácticamente todas las reacciones químicas
que tienen lugar en los seres vivos están catalizadas por enzimas.

La sustancia sobre la que actúa la enzima se llama sustrato. El sustrato se une a una región concreta
de la enzima, denominada centro activo, el centro activo comprende:

 Un sitio de unión, formado por los aminoácidos que están en contacto directo con el
sustrato.
 Un sitio catalítico, formado por los aminoácidos directamente implicados en el mecanismo
de la reacción.

Las enzimas son catalizadores específicos, cada enzima cataliza un solo tipo de reacción y casi
siempre utiliza un único sustrato.
 II. ETIMOLOGÍA E HISTORIA

Desde finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, se conocía la digestión de la carne por las
secreciones del estómago y la conversión del almidón en azúcar por los extractos de plantas y la
saliva. Sin embargo, no había sido identificado el mecanismo subyacente. En el siglo XIX, cuando se
estaba estudiando la fermentación del azúcar en el alcohol con levaduras, Louis Pasteur llegó a la
conclusión de que esta fermentación era catalizada por una fuerza vital contenida en las células de
la levadura, llamadas fermentos, e inicialmente se pensó que solo funcionaban con organismos
vivos.

Escribió que "la fermentación del alcohol es un acto relacionado con la vida y la organización de las
células de las levaduras, y no con la muerte y la putrefacción de las células”.

La palabra enzima viene del griego "en levadura", para describir este proceso. La palabra enzima fue
usada después para referirse a sustancias inertes como la pepsina. Por otro lado, la palabra
"fermento" solía referirse a la actividad química producida por organismos vivientes.

En 1897 Eduard Buchner comenzó a estudiar la capacidad de los extractos de levadura para
fermentar azúcar a pesar de la ausencia de células vivientes de levadura. En una serie de
experimentos en la Universidad Humboldt de Berlín, encontró que el azúcar era fermentado
inclusive cuando no había elementos vivos en los cultivos de células de levaduras. Llamó a la enzima
que causa la fermentación de la sacarosa, “zimasa”. En 1907 recibió el Premio Nobel de Química
"por sus investigaciones bioquímicas y el haber descubierto la fermentación libre de células".
Siguiendo el ejemplo de Buchner, las enzimas son usualmente nombradas de acuerdo a la reacción
que producen. Normalmente, el sufijo "-asa" es agregado al nombre del sustrato (p. ej., la lactasa
es la enzima que degrada lactosa) o al tipo de reacción (p. ej., el ADN polimerasa forma polímeros
de ADN).

III. PROPIEDADES DE LAS ENZIMAS

Las propiedades de las enzimas derivan del hecho de ser proteínas y actuar como catalizadores.
Como proteínas, poseen una conformación natural más estable y los cambios en esta conformación
suelen ir asociados a cambios en la actividad catalítica.

Todas las enzimas poseen grupos químicos ionizables (carboxilos -COOH; amino - NH2; hidroxilo -
OH; tiol -SH; etc.) tanto en sus extremos como en las cadenas laterales de sus aminoácidos. En
función del pH del medio, estos grupos pueden tener carga eléctrica positiva, negativa o neutra.
Como la conformación de las proteínas depende, en parte, de sus cargas eléctricas, habrá un pH en
el cual la conformación será la más adecuada para la actividad catalítica. Este es el llamado pH
óptimo. Así, la pepsina gástrica tiene un pH óptimo de 2 y la tripsina pancreática lo tiene a pH 7,8.
La mayoría de las enzimas son muy sensibles a los cambios de pH. Desviaciones de unas pocas
décimas por encima o por debajo del pH óptimo pueden afectar drásticamente la actividad
enzimática. Por este motivo, los seres vivos han desarrollado sistemas más o menos complejos para
mantener estable el pH intracelular.
Los aumentos de temperatura aceleran las reacciones químicas. Como regla general, un incremento
de 10 ºC en la temperatura duplica la velocidad de la reacción. Las reacciones catalizadas por
enzimas también siguen esta pauta. Sin embargo, al ser proteínas, a partir de cierta temperatura,
se empiezan a desnaturalizar. La temperatura a la cual la actividad catalítica es máxima se llama
temperatura óptima. Por encima de esta temperatura, el aumento de velocidad de la reacción
debido a la temperatura es contrarrestado por la pérdida de actividad catalítica debida a la
desnaturalización térmica, y la actividad enzimática decrece rápidamente hasta anularse.

A veces, para que una enzima funcione se requiere la presencia de otras sustancias no proteicas que
colaboran en la catálisis:

 Los cofactores son iones inorgánicos (como, por ejemplo, el Fe++, Mg++, Mn++, Zn++ etc.)
imprescindibles para la actividad enzimática. Se calcula que casi un tercio de las enzimas
conocidas requieren, al menos, de un ion metálico para su actividad.
 Cuando el cofactor es una molécula orgánica se suele llamar coenzima. Muchas de estas
coenzimas se sintetizan a partir de vitaminas. A menudo, las coenzimas actúan como
aceptores temporales de un fragmento del sustrato.

IV. MODO DE ACCIÓN DE LAS ENZIMAS

En las reacciones espontáneas, los productos finales tienen menos energía libre de Gibbs (ΔG) que
los reactivos. En otras palabras, en las reacciones espontáneas se libera energía de Gibbs (ΔG<0).
Sin embargo, el comienzo de la reacción requiere un aporte inicial de energía. Esta energía inicial
que hay que suministrar a los reactivos para que la reacción transcurra se llama energía de
activación (Ea). Cuanto menor sea la Ea, con más facilidad se producirá la reacción. La acción de los
catalizadores consiste, precisamente, en disminuir la Ea. Las enzimas son catalizadores
especialmente eficaces, ya que disminuyen la Ea aún más que los catalizadores inorgánicos.

Los principios generales de las reacciones químicas se aplican también a las reacciones enzimáticas.
En una reacción química que tiene lugar sin variación del volumen del sistema, la velocidad de
reacción (v) es igual a la variación de la concentración de los productos por unidad de tiempo.
v = -d(S)/dt = k(S)
Donde [S] es la concentración de sustrato (enzima) a cada tiempo (t) y k es la constante de
proporcionalidad. Se dice que ésta es una reacción de primer orden, ya que la velocidad de
formación de los productos es directamente proporcional a la concentración del sustrato.

Una reacción de segundo orden es aquella en la que la velocidad de formación del producto
depende directamente de la concentración de dos sustratos (como en una reacción de
condensación) o bien del cuadrado de la concentración de un único sustrato (como en una reacción
de dimerización). v = k [S1] [S2] ó v = k [S]^2

En una reacción de orden cero, la velocidad de formación del producto es independiente de la

concentración de sustrato.
v = k0

La cinética enzimática estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas. Estos estudios
proporcionan información directa acerca del mecanismo de la reacción catalítica y de la especifidad
de la enzima. La velocidad de una reacción catalizada por una enzima puede medirse con relativa
facilidad, ya que en muchos casos no es necesario purificar o aislar la enzima. La medida se realiza
siempre en las condiciones óptimas de pH, temperatura, presencia de cofactores, etc, y se utilizan
concentraciones saturantes de sustrato. En estas condiciones, la velocidad de reacción observada
es la velocidad máxima (Vmax). La velocidad puede determinarse bien midiendo la aparición de los
productos o la desaparición de los reactivos.

V. MODULACIÓN DE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

Una enzima no tiene por qué actuar siempre a la misma velocidad. Su actividad está modulada por
cambios en el pH o en la temperatura. Su velocidad depende de las concentraciones de sus sustratos
y de sus cofactores. La presencia de los productos finales también puede hacer que la reacción sea
más lenta, o incluso invertir su sentido.

Ciertas moléculas pueden inhibir la acción catalítica de una enzima: son los inhibidores. Se pueden
distinguir varios tipos de inhibidores, en función de su forma de actuación:

 Inhibidores competitivos: son moléculas con una estructura similar a la del sustrato que se
unen al centro activo de la enzima e impiden que ésta actúe sobre el sustrato.
 Inhibidores no competitivos: se unen a la enzima por un lugar distinto del centro activo y
esta unión provoca un cambio de conformación que modifica el centro activo de forma que
el sustrato ya no puede unirse.
 Inhibidores incompetitivos. se unen al complejo enzima-sustrato e impiden que se complete
la reacción.
Hay enzimas que pueden adoptar 2 conformaciones interconvertibles llamadas R (relajada) y T
(tensa). R es la forma más activa. Las formas R y T se encuentran en equilibrio R ⇆ T. Ciertas
sustancias tienden a estabilizar la forma R. Son los llamados moduladores positivos. El propio
sustrato es a menudo un modulador positivo. Las moléculas que favorecen la forma R pero que
actúan sobre una región de la enzima distinta del centro activo son los activadores alostéricos. Las
sustancias que favorecen la forma T y disminuyen la actividad enzimática son los moduladores
negativos. Si estos moduladores actúan en lugares distintos del centro activo se llaman inhibidores
alostéricos.

Otras enzimas pasan de una forma menos activa a otra más activa uniéndose covalentemente a un
grupo químico de pequeño tamaño como el Pi o el AMP. También se da el caso inverso, en el que
una enzima muy activa se desactiva al liberar algún grupo químico. En las enzimas de las vías
degradativas del metabolismo (catabolismo), la forma fosforilada es más activa que la no
fosforilada, mientras que en las vías biosintéticas (anabolismo) ocurre lo contrario.

Algunas enzimas no se sintetizan como tales, sino como proteínas precursoras sin actividad
enzimática. Estas proteínas se llaman proenzimas o zimógenos. Para activarse, los zimógenos sufren
un ataque hidrolítico que origina la liberación de uno o varios péptidos. El resto de la molécula
proteica adopta la conformación y las propiedades de la enzima activa. Muchas enzimas digestivas
se secretan en forma de zimógenos y en el tubo digestivo se convierten en la forma activa. Si estas
enzimas se sintetizasen directamente en forma activa destruirían la célula que las produce. Así, la
tripsina pancreática (una proteasa) se sintetiza como tripsinógeno (inactivo). Si por alguna razón se
activa en el propio páncreas, la glándula sufre un proceso de autodestrucción (pancreatitis aguda),
a menudo mortal.

Algunas enzimas tienen distinta estructura molecular aunque su función biológica sea la misma. Son
las llamadas isozimas o isoenzimas. Estas diferencias de estructura se traducen en ligeros cambios
en sus propiedades, de forma que cada isozima se adapta perfectamente a la función que debe
realizar. Así, según el tipo de tejido, del compartimento celular donde actúa o del momento
concreto del desarrollo del individuo, ciertas isoenzimas son más adecuadas que otras. Por ejemplo,
la lactatodeshidrogenasa presenta isozimas distintas en músculo y corazón, la malato
deshidrogenasa del citoplasma es distinta de la de la mitocondria y algunos enzimas de la glicolisis
del feto son diferentes de las mismas enzimas en el adulto.

VI. ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

Se define la unidad de actividad enzimática (U) como la cantidad de enzima que cataliza la
conversión de 1 µmol de sustrato en un minuto. Recientemente, el Sistema Internacional de
unidades (SI) ha definido la unidad de actividad enzimática como la cantidad de enzima que
transforma 1 mol de sustrato por segundo. Esta unidad se llama katal (kat). Como 1 mol son 106
µmoles y 1 minuto son 60 segundos, resulta que 1 katal equivale a 60 x 10 6 U. Esta unidad es muy
grande, de forma que se utilizan frecuentemente los submúltiplos como el microkatal (µkat, 10-6
kat) o el nanokatal (nkat, 10-9 kat).

La actividad específica es el número de unidades de enzima por miligramo de proteína (U/mg prot)
o por mililitro de disolución (U/ml).
CONCLUSIONES

 En conclusión los fermentos o enzimas son moléculas de gran importancia para

comprender el funcionamiento de los seres vivos en el aspecto físico, también son
catalizadores específicos en un solo tipo de reacción.
 Finalmente podemos decir que las enzimas poseen grupos químicos ionizables tanto en sus
extremos como en las cadenas laterales de sus aminoácidos en función del pH del medio,
estos grupos pueden tener carga eléctrica positiva, negativa o neutra.
 Es decir de este modo las reacciones espontáneas, los productos finales tienen menos
energía libre de Gibbs (ΔG) que los reactivos.

BIBLIOGRAFÍA:

 Enzimas (s.f.), ACTIWEB. Disponible en:

http://www.actiweb.es/metabolismoyenzimas/archivo5.pdf
 Wikiuniversidad, Fundamentos moleculares de la Biofísica (s.f.). Disponible en:
https://es.wikiversity.org/wiki/Fundamentos_Moleculares_de_la_Biof%C3%ADsica
 Cicardo V., Biofísica (1987), Editorial: Libreros Lopez, Octava Edición.