Лекция № 4. Рибосомы. Сигнальные пептиды.

23 сентября 2016 г
Синтез белка начинается в цитозоле на рибосомах. Рибосомные
субъединицы покидают ядро в виде комплексов 40S и 60S. Эти субъединицы
не образуют функционирующую рибосому до тех пор, пока не присоединятся
к мРНК. Малая субъединица (40S) связывается с 5' участком мРНК вместе с
другими компонентами комплексов трансляции белка. Затем присоединяется
60S субъединица и формируется зрелая 80S рибосома. Трансляция с мРНК
начинается сразу после образования функционирующей рибосомы. В 60S
субъединице есть канал, достаточно длинный для того, чтобы содержать
полипептид, состоящий приблизительно из 30 аминокислотных остатков.
Удлиняющийся полипептид проходит в этот канал.
Когда сформированная рибосома перемещается по нити мРНК,
захватывая по 6 нуклеотидов, образуется второй, а затем третий комплексы
трансляции, которые считывают информацию, заключенную в мРНК. Этот
процесс продолжается до тех пор, пока рибосомные комплексы не
«прочитают» всю мРНК.
Обычная мРНК связывается с 10-12 рибосомами, формируя таким
образом полирибосомный комплекс, или полисому. Каждая рибосома, дос-
тигшая трансляционного конца, терминирующего кодона, покидает мРНК.
Затем рибосомные субъединицы отделяются друг от друга и поступают в
цитозольный пул, из которого впоследствии могут быть образованы новые
рибосомы. Эти рибосомы могут собираться на той же самой или другой
молекуле мРНК. Рибосомные субъединицы могут использоваться
многократно для трансляции любой нормальной мРНК.
Матричные РНК, подвергающиеся трансляции, делятся на две
функциональные группы.
1. мРНК, кодирующие секреторные белки или интегральные белки
мембраны. Эти молекулы направляются к поверхности эндоплазматического
ретикулума.
2. мРНК, кодирующие белки, которые остаются в клетке. Эти
синтезирующие комплексы остаются в цитозоле, не прикрепляясь к мем-
бранам.
Необходимо отметить, что белки, синтезируемые на второй группе
комплексов, составляют большую часть белков, синтезируемых в клетке. Мы
уже видели, что некоторые из этих белков обладают адресными сигналами,
составляющими часть их аминокислотной последовательности. Эти сигналы
способствуют направленному движению белков в соответствующие
клеточные органеллы.
Биосинтез мембранных и секреторных белков происходит в
шероховатом ЭР. В этой клеточной органелле синтезируются все мембраны.
Здесь также проходят начальные этапы посттрансляционного
гликозилирования. Кроме того, укладка белка и сборка субъединиц также
происходят в полости шероховатого ЭР.
Рибосомы — мелкие (15—30 нм) немембранные органоиды,
встречающиеся в клетках всех живых организмов (рис. 2.11).
1
 Количество рибосом в клетке может достигать нескольких миллионов.
В рибосомах осуществляется синтез белка. Активно работающая рибосома
имеет округлую или грибовидную форму и состоит из двух субъединиц:
малой субъединицы, связывающей информационную РНК (мРНК), и боль-
шой субъединицы, катализирующей образование пептидных связей между
аминокислотами. Всего в состав рибосом эукариотического типа входит
около 80 молекул белка и 4 молекулы рибосомальной РНК (рРНК). Рибосо-
мальная РНК синтезируется на дезоксирибонуклеиновой кислоте (ДНК)
ядрышка, а рибосомные белки — в цитоплазме, откуда они транспортируют-
ся через ядерные поры в ядро. В ядрышке рибосомальные белки связываются
с рРНК, образуя малые и большие субъединицы рибосом, которые затем по
отдельности переносятся через ядерные поры из ядра в цитоплазму, где
происходит формирование функционально зрелых рибосом.
Большая часть активно функционирующих рибосом (полисом)
находится в цитоплазме в свободном состоянии, другая же часть их связана с
мембранами эндоплазматической сети. Строение тех и других рибосом
идентично, и они могут меняться местами в зависимости от функциональной
активности клетки.
Рибосомы, находящиеся в цитоплазме в свободном состоянии,
вырабатывают белки для нужд самой клетки. Здесь синтезируются белки
цитозоля, ядерные белки, большинство митохондриальных белков, белки
цитоскелета и пероксисом. Синтез всех перечисленных типов белков
начинается и заканчивается в цитозоле, и затем oни посттрансляционно с
помощью внутриклеточных белковых комплексов переносятся «по адресам».
Такая адресность транспорта белков, синтезируемых свободными
рибосомами, достигается благодаря тому, что все они имеют в своём составе
специфические «сигнальные» последовательности аминокислот, в
соответствии с которыми они распределяются в клетке.
2
 Рибосомы, связанные с мембранами эндоплазматической сети,
синтезируют мембранные белки клетки, ферменты лизосом, а также белки,
которые предназначены на экспорт, в том числе белки внеклеточного
матрикса.
Синтез рибосом в ядрышке
Ядрышко не окружено мембраной; это, скорее, скопление рибосомных
частиц, образующееся в процессе сборки. Синтез рибосом — основной
процесс, происходящий в ядре. Самые активные эукариотические клетки
используют около 10 миллионов рибосом в течение одного клеточного цикла.
Как часть структуры рибосомы, вокруг каждой рРНК субъединицы находится
ряд высокоспециализированных белков. В состав малой субъединицы — 40S
частицы — входят 30 уникальных белков, собранных вокруг молекулы 18S
РНК. Большая субъединица — 60S частица — имеет 51 белок, связанный со
своей главной молекулой 28S РНК. В комплекс большей субъединицы входит
также 5,8S РНК.
Более подробно механизмы синтеза белка рассматриваются ниже в этой
главе (рис. 3-4).

Ядерная оболочка
Ядерная оболочка — двойная мембранная структура, которая
окружает хроматин и переходит в эндоплазматический ретикулум (ЭР).
Внутренняя мембрана по составу белков отличается от наружной мембраны.
Внутренний слой мембраны имеет волокнистую сеть белков, называемых
ламинами, которые играют ключевую роль в поддержании структурной
целостности мембраны. Наружная мембрана ядра переходит в мембрану ЭР и
содержит белки, необходимые для связывания рибосом (рис. 3-5).

3
 Ядерная пора и ядерный поровый комплекс
Ядерные поры — гигантские макромолекулярные комплексы, которые
обеспечивают активный обмен белков и рибонуклеопротеидов между ядром и
цитоплазмой. Ядерный поровый комплекс (ЯПК) формирует цилиндр,
приблизительно 1200 А в диаметре и 500 А толщиной и имеет
восьмиугольную симметрию. ЯПК состоит из 100—200 белков; он имеет
массу 124x106 дальтон, что примерно в 30 раз больше массы рибосомы.
Этот комплекс — основные ворота для веществ, которые постоянно
перемещаются внутрь ядра и из него. Например, матричная РНК (мРНК),
субъединицы рибосом, гистоны, рибосомные белки, факторы транскрипции,
ионы и мелкие молекулы быстро обмениваются между ядром и полостью
эндоплазматического ретикулума или цитозолем (рис. 3-6).

4
 Механизм ядерного импорта и экспорта
Перемещение молекул из ядра и в него происходит путем активного
транспорта, пассивной диффузии или путем специальной ядерной
локализации, которая идет посредством сигнальной последовательности
определенных белков. Пассивная диффузия и активный транспорт
происходят через ядерный поровый комплекс. Мелкие молекулы и ионы (< 9
кДа) диффундируют через водный канал ЯПК, около 10 нм в диаметре. Более
крупные молекулы (> 9 кДа) перемещаются путем активного транспорта с
вовлечением ядерного сигнала (главы 9 и 10), а также по энергозависимому
механизму.
Основные этапы активного ядерного импорта состоят в следующем.
1. Растворенный в цитозоле рецептор узнает импортируемую молекулу;
рецептор и молекула связываются в комплекс.
2. Рецепторный комплекс связывается с цитоплазматической
поверхностью ЯПК.
3. Комплекс рецептор-лиганд перемещается ближе к центральному каналу
ЯПК. Гидролиз ГТФ молекулами гуанозинтрифосфатаз (ГТФаз) дает энергию
для активации воротного механизма центральной поры, что ведет к
транслокации комплекса в нуклеоплазму. Как только транслокационный
комплекс переходит в ядро, он диссоциирует, и транспортные факторы,

5
включая растворимый рецептор, вновь возвращаются в цитоплазму (рис. 3-
7).

Ядерный локализационный сигнал

Роль импортина
Белки, транспортируемые в ядро, несут ядерный локализационный
сигнал (ЯЛС), который содержит значительно обогащенный промежуток из
пяти или шести основных аминокислот. Пример - пролин-пролин-лизин-
лизин-лизин-лизин-аланин-лизин-валин (P-P-K-K-K-K-A-K-V).
Группы основных аминокислот ЯЛС могут локализоваться в любом
месте белка. Более того, ядерный локализационный сигнал не изменяется при
транслокационных преобразованиях. Особое внимание привлекает тот факт,
что 60 кДа белок импортин связывается с ЯЛС, инициирует и поддерживает
импорт белков. В ядерном импорте также участвуют цитоплазматические
факторы.
Растворение ядра и его восстановление
Интерфазные ядра полностью собраны вместе с комплексами пор.
Ядерная пластина (ламина) сетчатая структура специальных промежуточных
филаментов (глава 7) — формирует волосковую сетеподобную структуру,
которая связана с липопротеиновым комплексом внутренней ядерной мем-
браны.
При вступлении клетки в начало профазы цитозольные киназы
фосфорилируют субъединицы ядерных ламин. После фосфорилирования
сетеподобная структура разрушается. Затем липопротеиновый компонент
внутренней ядерной мембраны распадается на мелкие везикулы, так же как и
наружная ядерная мембрана, которая состыкована с ЭР. Затем содержимое
ядра распространяется в цитозоле.

6
 Восстановление ядерной оболочки начинается в поздней анафазе, в тот
момент, когда цитоплазматические фосфатазы начинают удаление фосфатных
остатков из ядерных ламин. Эти белки начинают реполимеризоваться на
поверхности конденсированных хромосом. В то же время везикулы,
образовавшиеся из внутренней ядерной мембраны, начинают сливаться и
формируют оболочку вокруг хромосом. К концу поздней телофазы
происходит окончательное слияние внутренней ядерной мембраны. Эти
слитые мембраны и дефосфорилированные ламины формируют сетевидную
структуру на внутренней поверхности ядерной мембраны.
Далеко не все интегральные белки внутренней ядерной мембраны
полностью охарактеризованы. Как и ламины, эти белки несомненно
участвуют в процессах восстановления ядерной мембраны (глава 6).
Митохондрии
Общая структура и функции
Митохондрии - это окруженные двойной мембраной органеллы,
которые выполняют функцию метаболического центра клетки. Митохондрии
являются местом синтеза аденозинтрифосфата (АТФ). Этот процесс требует
участия многих ферментов, большинство из которых поступает из цитозоля
(рис. 3-8).

Процесс импорта ферментов очень сложен и включает несколько

этапов, описанных ниже. Предполагается, что митохондрии — результат эво-
люции организмов, которые внедрились в примитивную прокариотическую
клетку и сформировали симбиотические отношения с хозяином. Основные
признаки митохондрий перечислены в таблице 3-3.
Таблица 3-3. Основные принципы устройства и работы митохондрий
Признаки Значение
Происхождение Считается, что митохондрии произошли в результате эво-
люции от организмов, которые внедрились в примитивную
прокариотическую клетку и стали симбиотами с ней
Форма Эти органеллы могут принимать различные морфологи-
ческие формы. Некоторые из них имеют сферическую
форму, другие лентовидную
7
Митохондриальная ДНК Митохондриальная ДНК реплицируется в интерфазе, и этот
процесс не синхронизирован с репликацией ДНК в ядре.
Митохондриальная ДНК отличается от ядерной ДНК и
кодирует особые митохондриальные гены
Синтез белка Количество транслируемых с митохондриальной мРНК
белков ограничено; они формируют субъединицы крупных
ферментных комплексов. Митохондрии имеют
функционирующие рибосомы, переводящие информацию
митохондриальной ДНК в белки, используемые в органелле
Клеточное деление Во время клеточного цикла митохондрии один раз делятся
надвое, образуя при этом перетяжку. Перетяжка деления
развивается, начиная с внутренней митохондриальной
мембраны
Митохондриальная ДНК
В отличие от других органелл клетки, митохондрии обладают
собственной ДНК, которая отличается от ядерной ДНК и кодирует особые
митохондриальные гены. Свойства митохондриальной ДНК:
● небольшая и содержит около 16,5 кб, то есть приблизительно в 105 раз
меньше, чем ДНК, локализованная в ядре;
● кольцевая и кодирует 2 рибосомные РНК, 22 транспортных РНК
(тРНК) и 13 белков.
Генетический код митохондрий, определяющий отдельные
аминокислоты, немного отличается от кода ядерной ДНК.
Митохондриальный код, например, обладает измененными стоп-кодонами.
Эта органелла обладает функционирующими рибосомами, которые
синтезируют белки, используемые в органелле и кодируемые
митохондриальной ДНК. Количество транслируемого с митохондриальной
мРНК белка ограничено и формирует субъединицы более крупных
ферментных комплексов. Митохондрии могут принимать различную форму.
Обычно митохондрия делится, по крайней мере, один раз в течение
клеточного цикла после репликации ее ДНК, которая происходит во время
интерфазы. Эта репликация не связана с S-фазой клетки. Деление
митохондрии происходит посредством перетяжки на две, которая начинается
с образования кольцевой бороздки на внутренней митохондриальной
мембране.
Наружная и внутренняя митохондриальные мембраны
Митохондрия, окруженная двойной мембраной, имеет две полости и
четыре мембранные поверхности. Наружная мембрана содержит значитель-
ное количество белка, порина. Этот белок формирует поры с диаметром,
позволяющим молекулам размером до 5000 дальтон свободно проходить в
первую полость. Таким образом, ионы, аминокислоты, сахара и другие
цитозольные компоненты беспрепятственно проходят в первое,
межмембранное пространство. Группа ферментов, локализованная в этом
пространстве, фосфорилирует нуклеотиды и сахара нуклеотидов.
Внутренняя мембрана митохондрий формирует гораздо более
плотный барьер, она значительно больше наружной мембраны и образует

8
множество смежных складок - крист. Эти складки значительно увеличивают
площадь поверхности митохондрий. Многие ферментативные реакции
происходят более эффективно, если ферменты связаны с митохондриальной
поверхностью, что и обеспечивают кристы (см. рис. 5-1).

Митохондриальный матрикс
Митохондриальный матрикс играет важную роль. Матриксная
поверхность внутренней мембраны включает в себя белковые комплексы,
участвующие в синтезе АТФ. Огромное количество метаболических
ферментов располагается в митохондриальном матриксе, включая
ферменты, участвующие в окислении липидов, окислении углеводов, в цикле
трикарбоновых кислот, или цикле Кребса. Кроме них, в матриксе
локализуются митохондриальный геном, а также рибосомы, тРНК ферменты,
необходимые для транскрипции митохондриальной ДНК и экспрессии
соответствующих генов. Число этих генов относительно мало, по сравнению
с генами, расположенными в ядре.
Механизм транспорта
митохондриальных белков
Митохондрии служат метаболическим центром клетки; эти органеллы -
место синтеза АТФ, процесса, требующего участия многочисленных фер-
ментов, большинство из которых поступает из цитозоля (рис. 3-8).

9
 Почти все белки, предназначенные для транспорта в митохондрии,
синтезируются на полирибосомах, локализованных в цитозоле.
Белки, предназначенные для транспорта в митохондрии, имеют
сигнальный пептид, локализованный на N-конце. Сигнальные пептиды
варьируют в размере от 12 до 80 остатков. Этот участок белка также
формирует амфифильный завиток: заряженные остатки сгруппированы на
одной стороне альфа-спирали, а неполярные остатки локализованы на другой
стороне. Амфифильный завиток соединяется с участком связывания
митохондриального распознающего рецептора, локализованного на
наружной мембране.
Процесс транспорта достаточно сложен и включает несколько
элементов (табл. 3-4).
Таблица 3-4. Основные элементы системы транспорта белка в митохондрию
Элементы Роль
Рибосомы Почти все импортируемые белки производятся на
полирибосомах в цитозоле
Сигнальный пептид Белки, предназначенные для мтохондрий, имеют сиг-
нальные пептиды, локализованные на N-конце
Амфифильный завиток Сигнальные пептиды формируют амфифильный
завиток. Заряженные остатки сгруппированы на
одной стороне завитка, а неполярные остатки
локализованы на другой стороне
Митохондриальный распознающий Амфифильный завиток взаимодействует со
рецептор связывающим доменом митохондриального
рецептора распознавания, локализованного на
наружной мембране
Шапероны Вновь синтезированные для митохондрий белковые
цепи связаны с шаперонными белками, которые
способствуют определению правильной укладки и
функционирования импортированных белков
Митохондриальные шапероны
Вновь синтезированные белки, предназначенные для митохондрий, при
подготовке к импорту связываются с другим классом цитозольных белков.

10
Существует несколько типов этих белков, называемых шаперонами. Они
обнаруживаются почти во всех клеточных органеллах и в цитоплазме. Кроме
других функций, шапероны обеспечивают правильное сворачивание
(фолдинг) и окончательную конформацию других белков, и поэтому
необходимы для здоровья клетки и организма.
Шапероны найдены во всех организмах от бактерий до
млекопитающих. В некоторых случаях эти белки имеют другое название.
Одно из семейств шаперонов называется белками теплового шока (hsp)
(рис. 3-9).

Их обнаружили случайно: исследователи открыли, что определенные

белки синтезируются в клетках плодовой мушки при увеличении
температуры всего на несколько градусов. Белки теплового шока имеют
большую внутривидовую устойчивость и интенсивно экспрессируются во
всех клетках даже в нормальных для роста условиях. Их транскрипция и
трансляция значительно возрастают при чрезвычайных условиях внешней
среды. Предполагают, что шапероны необходимы для правильного
сворачивания белков в условиях теплового стресса.
Укладка полипептидной цепи: шапероны hsp60 и hsp70
Белки семейств hsp60 (также известного как GroEL) и hsp70 (или
DnaK) принимают участие в сворачивании, переносе и формировании более
высокой структурной организации белка.
Во внутреннем митохондриальном пространстве hsp60 и hsp70
связываются с развернутым белком и помогают формированию точной
конформационной организации. Этот этап укладки является
энергозависимым и требует расщепления АТФ.
11
 Наконец, семейство шаперонов hsp90 принимает участие в регуляции
активности некоторых факторов транскрипции и различных белковых киназ.
При относительно низкой концентрации белка он легко сворачивается
должным образом из-за малой вероятности взаимодействия реактивных
групп белка с активными группами других белков. Однако при большой
концентрации белка вероятность того, что он сложится должным образом,
значительно снижается. Обычно концентрация белка в органеллах
эукариотических клеток высока.
Как работают шапероны
Как утверждалось ранее, шапероны находятся почти во всех
органеллах и в цитоплазме. Белки-шапероны действуют в основном путем
связывания с активной поверхностью полипептидов, например, с
гидрофильной поверхностью. Таким образом, шапероны блокируют эти
активные поверхности и эффективно предотвращают агрегацию, облегчая
правильную укладку полипептидной цепи.
Шапероны не связываются со своим полипептидным субстратом
ковалентно. Часто белки должны быть импортированы в несложенном виде и
затем вновь уложены после своего прохождения через мембрану органеллы,
что также осуществляется частично благодаря шаперонам.
Например, белки теплового шока связываются с растущим
полипептидом как только он освобождается от рибосомы. Эти шапероны
удерживают рождающуюся молекулу в конформации, предотвращающей
преждевременную случайную укладку и способствующей переносу
полипептида в митохондриальное пространство. Транспорт белков в мито-
хондрии и высвобождение упакованного белка ATP-зависимые процессы
(табл. 3-5 и 3-6).
Таблица 3-5. Некоторые характеристики шаперонов
● Присутствуют во многих организмах: от бактерий до человека

● Многие называются также белками теплового шока (hsp)

● Некоторые стимулируются при условиях, вызывающих денатурацию вновь

синтезированных белков (например, повышение температуры и различные химические
вещества)

● Они связываются с развернутым и свернутым белком

● Большинство шаперонов обладает АТРазной активностью с вовлечением АТР или ADP

во взаимодействие белок — шаперон

● Найдены в различных отделах клетки, таких как цитозоль, митохондрия, полость

эндоплазматического ретикулума.
Таблица 3-6. Некоторые шапероны и ферменты, участвующие в процессе
сворачивания белка в шероховатом эндоплазматическом ретикулуме
● BiP (белок связывания тяжелой цепи иммуноглобулина)
● GRP94 (белок, регулируемый глюкозой)
● Кальнексин

12
● PDI (дисульфидизомераза)
● PPI (пептидил-пролил-цис-транс-изомераза)
Пероксисомы
Структура и функция: корреляция с клиникой
Найденные в большинстве эукариотических клеток пероксисомы —
одиночные органеллы, окруженные мембраной. Они служат основным ме-
стом использования кислорода, и этим схожи с митохондриями. При
поперечном разрезе пероксисомы имеют круглую форму, но при серийных
срезах видно разветвленное строение. Название пероксисомы появилось из-за
высокого содержания в этих органеллах оксидаз, которые производят токсич-
ный пероксид водорода (Н2О2) в реакции:
RH2 + 02 → R + Н202,
где R — органический субстрат.
К счастью, фермент каталаза, находящаяся в пероксисомах в больших
концентрациях, расщепляет пероксид водорода (Н2О2) на кислород и воду.
Этот тип окислительных реакций особенно важен для клеток печени и почек,
в которых происходит огромное число реакций детоксикации. Например,
пероксисомы в гепатоцитах обезвреживают поглощенный алкоголь,
превращая его в уксусный альдегид.
Пероксисомы также участвуют в β-окислении. Это окисление
приводит к расщеплению жирных кислот на два углеводородных фрагмента,
которые (1) превращаются в ацетил-коферментА (СоА), (2) выходят из
пероксисомы и (3) используются в качестве строительного материала для
других отделов клетки.
Пероксисомы содержат приблизительно 50 ферментов, которые
участвуют в различных путях метаболизма. Пероксисома содержит первые
два фермента, участвующие в реакциях синтеза плазмалогенов, которые
составляют приблизительно 19% от общего содержания фосфолипидов орга-
низма. Плазмалогены в высоких концентрациях находятся в головном мозгу и
сердце.
Биогенез пероксисом
Размножение пероксисом, по-видимому, адаптивный ответ клеток на
такие воздействия внешней среды, при которых для роста и выживания
требуются ферменты пероксисом. Индукция состоит из двух фаз.
1. Пролиферация органелл путем отпочковывания от существующих
пероксисом.
2. Рост органеллы за счет импорта белков пероксисомного матрикса.
Пролиферация начинается в ответ на стимулы окружающей среды или
на сигналы при развитии. В клетках млекопитающих многие гиполипидеми-
ческие лекарственные средства могут вызывать размножение пероксисом,
хотя точный механизм этого процесса еще до конца не понят. Эти лекар-
ственные вещества, вероятно, сходны с неизвестным цитоплазматическим
фактором или факторами, которые регулируют латентные факторы
транскрипции, называемые рецепторами, активируемыми пероксисомным
пролифератором (PPARs). При активации эти рецепторы перемещаются в

13
ядро и связываются с промоторами генов, кодирующих цитоплазматические
рецепторы стероидных гормонов, гормонов щитовидной железы и
ретиноевой кислоты.
Эти рецепторы связываются с особыми элементами ДНК в промоторах
генов, кодирующих многие пероксисомные ферменты, что приводит к увели-
чению синтеза этих белков. Вновь синтезированные белки целенаправленно
переносятся в существующие пероксисомы. Увеличение количества белков в
органелле, вероятно, инициирует ее почкование, что, в конце концов,
приводит к формированию новых пероксисом. Почкование считают основ-
ным механизмом размножения пероксисом; однако также существуют
небольшие пероксисомные лакуны-предшественники. Оказалось, что эти
лакуны содержат больше вновь синтезированных пероксисомных
матриксных белков, чем зрелые пероксисомы. Эти предшественники могут
быть другим местом происхождения пероксисом, способствуя, таким
образом, увеличению количества органелл.
Импорт белков в пероксисомы
Существует два типа сигнальных последовательностей, необходимых
для импорта белков в пероксисомы. Чаще всего в белках присутствует С-
концевой трипептид Ser-Lys-Leu-COOH (S-K-L-). С-концевые трипептиды
различных белков могут отличаться по одному из остатков, но обычно
встречается именно этот набор аминокислотных остатков.
Наиболее важное значение имеет локализация пероксисомного
направляющего сигнала (peroxisomal targeting signal, PTS). Остатки, входя-
щие в состав PTS, должны располагаться на С-конце белка. У большинства
ферментов, находящихся в пероксисомах, сигнальный пептид локализуется
на С-конце. Однако у некоторых пероксисомных ферментов сигнальная
последовательность расположена ближе к N-концу. Важное значение этих
направляющих сигналов подтверждает тот факт, что различные нарушения
метаболизма человека связаны с неспособностью клетки импортировать
белки в пероксисомы или с ошибочным попаданием пероксисомных
ферментов в другой клеточный компартмент.
Различные нарушения функционирования пероксисом представлены в
таблице 3-7, важные характеристики некоторых из этих нарушений даны в
таблице 3-8.
Таблица 3-7. Пероксисомные болезни
Название MIM-номер Хромосомная локализация
Синдром Цельвегера 214100 7q11.23
Неонатальная 202370
адренолейкодистрофия
Детская болезнь 266510
Рефсума
Гиперпипеколовая 239400
ацидемия
Ризомелическая 215100
точечная
14
хондродисплазия
Адренолейкодистрофия 300100 Xq28
Псевдонеонатальная 264470
адренолейкодистрофия
Синдром псевдо- 261510 3р23-р22
Цельвегера
Гипероксапурия I типа 259900 2q36-q37
Акаталаземия 115500 11з13
Дефицит глутарил-СоА 231690
оксидазы
Таблица 3-8. Характеристики пероксисомных болезней

кислот Нарушение синтеза желчных

дефект фермента

ЖКОДЦсодержанияПовышение

плазмалогенаНарушение синтеза

кислотыНрушение окисления фитановой

пипеколиновой кислотыПовышенное содержание

Другие
биохимический
Дефицит или

Группа I: Генерализованные пероксисомные нарушения вследствие нарушения

биосинтеза пероксисом
Синдром Множественные + + + +/- + -
Цельвегера
Неонатальная АЛД Множественные + + + +/- + -
Детская болезнь Множественные + + + + + -
Рефсума
Гиперпипеколовая Множественные + + + +/- + -
ацидемия
Группа II: Дефект более одного пероксисомного фермента, интактные пероксисомы
Цельвегероподобный Множественные + + + - - -
синдром
Ризомелическая Ацил-СоА: DHAPAT, α- - + - + - -
точечная окисление фитановой
хондродисплазия кислоты
Группа III: Дефект одного пероксисомного фермента, интактные пероксисомы
АЛД/АМН Лигноцерил-СоА-лигаза + - - - - -
Псевдонеонатальная Ацил-СоА-оксидаза + - - - - -
АЛД
Недостаток Бифункциональный + - + - - -

15
бифункционального фермент
фермента
Синдром псевдо- 3-оксоацил-СоА-тиолаза + - + - +/-
Цельвегера
Гипероксалурия I Аланин: - - - - - +
типа глиоксилатаминотрансфераза
Акаталаземия Каталаза - - - - - +
Недостаток Глутарил-СоА-оксидаза - - - - - +
глутарил-СоА-
оксидазы
АЛД — адренолейкодистрофия; АМН — адреномиелонейропатия; CoA — кофермент A;
DHAPAT — дигидрокси- ацетонфосфатацилтрансфераза; ЖКОДЦ — жирные кислоты с
очень длинными боковыми цепями; + — нарушения; — норма.

Основные пероксисомные болезни человека

Некоторые наследственные заболевания связаны с нарушением
функции пероксисом. Например, синдром Цельвегера (СЦ) обусловлен почти
полной потерей пероксисомной функции и классифицируется как
заболевание I группы, наиболее тяжелой в этом типе наследственных
патологий. При синдроме Цельвегера в пероксисоме отсутствует большое
число важных ферментов. Пациенты с заболеваниями I группы умирают в
детском возрасте. К II группе относятся менее тяжелые пероксисомные
заболевания, например цельвегероподобные синдромы, для которых
характерно большее содержание пероксисомных ферментов. Заболевания III
группы, например адренолейкодистрофия, характеризуются нарушением
функционирования одного пероксисомного фермента. Это наименее тяжелая
форма пероксисомных заболеваний.
Эндоплазматический ретикулум
Эндоплазматический ретикулум (ЭР) состоит из ветвящихся трубочек и
уплотненных мешотчатых полостей, занимающих большой объем цито-
плазмы всех эукариотических клеток. Эта лабиринтная мембранная
структура расположена близко к ядру. Полости ЭР связаны между собой.
В ЭР протекает множество биосинтетических процессов. Мембрана ЭР
принимает участие в образовании плазматической мембраны, комплекса
Гольджи, лизосомной мембраны, секреторных пузырьков и эндосом.
ЭР делится на две функционально различные структуры: гладкий
эндоплазматический ретикулум и шероховатый эндоплазматический
ретикулум. Гладкий ЭР — это главная клеточная органелла, где происходит
биосинтез липидов и накопление кальция. В гладком эндоплазматическом
ретикулуме также образуются детоксицирующие ферменты семейства Р450.
Синтез и разрушение этих ферментов происходят быстро и зависят от
внешних сигналов.
Шероховатый эндоплазматический ретикулум
Шероховатым эндоплазматическим ретикулумом называется
мембранный компартмент, с которым связано множество рибосом. В
результате исследования синтеза белка и клеточной компартментализации

16
было показано, что биосинтез всех мембран происходит в шероховатом ЭР и
с его помощью. В этой мембранной сети синтезируются белки и липиды,
входящие в состав всех остальных клеточных мембран. Процесс синтеза и
транспорта мембранных компонентов остается предметом активных
исследований в области клеточной биологии. Получено достаточно
информации об основных механизмах этого процесса, хотя некоторые детали
до сих пор неизвестны (рис. 3-10 и 3-11).
Полость эндоплазматического ретикулума
Физико-химическая среда
В полости эндоплазматического ретикулума поддерживается среда, в
которой проходит посттрансляционная модификация белка, в частности,
гликозилирование, формирование дисульфидных мостиков,
сворачивание полипептида и сборка субъединиц. При нарушении этих
процессов белок не выходит из полости ЭР.
Для формирования дисульфидных мостиков белки должны находиться
в окислительной среде. Окислительно-восстановительный или редокс-по-
тенциал, измеренный в полости ЭР, сдвинут в кислую сторону. Например,
отношение глутатиона (GSH) к окисленному глутатиону (GSSG) — около 1-
3 :1, в то время как в цитозоле это соотношение приближается к 30-100 : 1.
Таким образом, полость обеспечивает среду, способствующую образованию
дисульфидных мостиков.
Компоненты, необходимые для правильной укладки белка, определяли
с использованием изолированных пузырьков ЭР. Исследования показали, что
для формирования функциональных молекул в пузырьках ЭР необходима
энергия АТР. Существует несколько этапов этого процесса, на которых могут
происходить энергетические затраты. Например, АТР требуется для
высвобождения шаперона hsp60 в матриксе митохондрии. Так что вполне
вероятно, что для высвобождения шаперонов в ЭР также необходима энергия
(табл. 3-9 и 3-10).
Таблица 3-9. Последовательности или компоненты, направляющие
белки к определенным органеллам
Направляющая последовательность или компонент Органелла-мишень
Сигнальная пептидная последовательность Мембрана ЭР
С-концевая KDEL последовательность (Lys-Asp-Glu Leu) Внутренняя поверхность
мембраны ЭР
N-концевая последовательность (положительно- Митохондрия
заряженный участок из 70 остатков)
Короткая, основная аминокислотная последовательность Ядро
Маннозо-6-фосфат Лизосома
Таблица 3-10. Механизмы, с помощью которых антибиотики и их аналоги
ингибируют синтез белка
Вещество Эффект
Хлорамфеникол Предотвращает нормальное связывание
мРНК с рибосомами
Стрептомицин, неомицин, канамицин Вызывают неправильное считывание
генетического кода

17
Циклогексимид, тетрациклин Ингибируют перенос комплекса тРНК—
аминокислота к полипептиду
Пуромицин Комплекс пуромицина с аминокислотой
замещает комплекс тРНК с аминокис-лотой
и предотвращает связывание дальнейших
аминокислот с полипептидом
Митрамицин, митомицин С, дактиномицин Связываются с ДНК, предупреждая
(актиномицин D) полимеризацию РНК на ДНК
Хлорохин, колхицин, новобиоцин Ингибируют ДНК-полимеразу
Азотные иприты, например, меклоретамин Связываются с гуанином в парах оснований
(мустарген)
Дифтерийный токсин Останавливает движение рибосомы по
мРНК
Компоненты полости ЭР
В полости ЭР содержатся следующие компоненты.
А. Протеиндисульфидизомераза (PDI).
Этот белок содержит два тиоредоксиновых восстанавливающих серу
домена. Его концентрация наиболее высока в полости ЭР тех клеток, которые
продуцируют секреторные или мембранные белки с дисульфидными связями.
Поскольку синтезирующаяся белковая цепь проходит через мембрану ЭР и
входит в его полость, где созданы условия, благоприятные для образования
дисульфидных мостиков, любые два цистеиновых остатка могут образовать
дисульфидную связь. Эти связи не всегда приводят к образованию
правильной трехмерной структуры белка.
Предполагается, что PDI связывается с удлиняющимся полипептидом и
препятствует образованию неправильных дисульфидных связей. Точно
неизвестно, каким образом PDI обеспечивает правильное формирование
дисульфидных мостиков. Предполагается, что PDI образует дисульфидную
связь с цистеином синтезирующегося белка, но эта связь менее стабильна,
чем связь, формируемая двумя цистеиновыми остатками белка. Таким об-
разом, дисульфидизомераза временно связывается с новым полипептидом,
который сворачивается под действием других сил (гидрофобные взаимо-
действия, водородные связи, ионные взаимодействия с водным
растворителем в ЭР). При достижении правильной трехмерной структуры два
цистеиновых остатка белка сближаются (вследствие других взаимодействий),
а связывание дисульфидизомеразы с белком ослабляется, что приводит к
формированию правильной дисульфидной связи.
Б. Кальций. Концентрация Са2+ в полости ЭР относительно высока
(около 5 ммоль). ЭР является важнейшим Са2+ депо клетки.
Дисульфидизомераза и другие внутриполостные ферменты связывают
кальций с высоким сродством и в больших количествах.
В. Шапероны ЭР. К шаперонам относятся белки семейств hsp70 и
hsp90, связывающий белок (BiP), Grp-94 и пептидилпропилизомераза. Есть
доказательства того, что шапероны предотвращают случайное свертывание и
агрегацию промежуточных продуктов, обеспечивая тем самым более эф-
фективный процесс формирования белка. Белки, которые не свертываются

18
должным образом или приобретают нативную структуру с задержкой, ос-
таются связанными с шаперонами в течение длительного времени.
Предполагается, что подобное пролонгированное присутствие белков в
полости ЭР является важным сигналом для их последующего разрушения с
помощью имеющихся в этой органелле протеаз.
Г. Кальнексин. Кальнексин — это белок с молекулярной массой 88
кДа, находящийся в ЭР. Этот белок не относится ни к hsp60, ни к hsp70, ни к
hsp90 семействам. В отличие от других компонентов ЭР, кальнексин является
интегральным ЭР-белком, каталитический домен которого обращен в
полость ЭР. Одна из его функций состоит в связывании неправильно
свернутых белков и сохранении их в ЭР. Таким образом, кальнексин
функционирует как контролер качества, который предотвращает высвобож-
дение неправильно свернутых белков.
Д. Кальретикулин. Эта молекула, массой 46 кДа, была впервые
идентифицирована как Са2+-связывающий белок в саркоплазматическом
ретикулуме мышечных клеток. Кальретикулин, присутствующий в полости
ЭР повсеместно, содержит два Са2+-связывающих домена.
1. Высокоаффинный домен кальретикулина может связывать кальций
даже при очень низких концентрациях.
2. Домен с высокой емкостью, связывающий несколько молекул кальция
одновременно.
Кальретикулин содержит сигналы задержки в ЭР, что еще раз
подтверждает ключевую метаболическую роль этого белка в данном
клеточном компартменте. Было также показано, что кальретикулин содержит
ядерную сигнальную последовательность и регулирует связывание
стероидного рецептора с участком ДНК. Это наблюдение указывает на то, что
кальретикулин должен выходить из ЭР в цитоплазму. Как именно это
происходит, неизвестно. Интересен тот факт, что кальретикулин выполняет
много других функций. Например, оказалось, что он действует как
интегринсвязывающий белок, плазматический антикоагулянт, как «молекула
памяти» (молекула, участвующая в долговременном потенциировании) у
морских улиток Aplysia. Вполне вероятно, что в дальнейшем будут открыты и
другие функции кальретикулина по мере дальнейшего изучения
биологической активности этого белка.
Задержка белков в ЭР
Выход веществ из ЭР происходит путем формирования транспортных
пузырьков, которые обладают специфической протеиновой оболочкой,
называемой СОР II. Таким образом, растворимые белки, поступающие в
полость ЭР, доставляются к другим клеточным органеллам с помощью
пузырьков, которые отпочковываются от мембраны ЭР. Некоторые белки,
необходимые для конформации белка и ядерного гликозилирования, остаются
в ЭР.
Задержка белков в ЭР осуществляется различными механизмами (рис.
3-12). Оказалось, что определенные белки удаляются из транспортных пу-
зырьков, поскольку имеют характерную форму или неправильно
19
свертываются и остаются связанными с белками ЭР, такими как BiP или
шапероны. Позже такие белки разрушаются в полости эндоплазматического
ретикулума.
Кроме того, белки, которые остаются в мембране ЭР, содержат
специфические аминокислотные последовательности, называемые
последовательностями задержки.
Несовершенство системы задержки в ЭР приводит к тому, что
некоторые важные внутриполостные белки случайно переносятся из ЭР в
следующий компартмент, комплекс Гольджи. К счастью, важные для ЭР
белки содержат последовательность возврата-задержки, которая состоит из
четырех аминокислот (KDEL), локализованных вблизи С-конца. Белки,
содержащие последовательность KDEL, медленнее двигаются к
транспортным пузырькам, из чего можно предположить, что в задержке бел-
ков участвует механизм исключения из пузырьков. Данные экспериментов in
vitro свидетельствуют, что связывание KDEL лиганда с возвращающими
рецепторами зависит от pH среды. Максимум связывания наблюдается между
pH 5 и pH 6; такой интервал pH и существует в комплексе Гольджи (рис. 3-
12).

Белки ЭР, которые содержат KDEL и случайно транспортируются в

комплекс Гольджи, связываются там с возвращающим рецептором, располо-
женным в месте поглощения пузырьков, и затем перемещаются обратно в ЭР.
Такие пузырьки называются ретроградными. В эндоплазматическом
ретикулуме pH близок к нейтральному, и белки с KDEL быстро отщепляются
от рецептора при возвращении в среду ЭР.
Важно подчеркнуть, что ретроградные пузырьки могут формироваться
в любом отделе комплекса Гольджи, а не только в тех стопках Гольджи, кото-
рые расположены ближе к мембране ЭР.
Перенос белка
Обзор процесса синтеза белка:
рибосомы, мРНК, сигнальные пептиды
Перед рассмотрением механизмов, участвующих в формировании
мембранных липидов и белков, необходимо сделать краткий обзор
механизмов синтеза белка.

20
 Синтез белка начинается в цитозоле. Рибосомные субъединицы
покидают ядро в виде комплексов 40S и 60S. Эти субъединицы не образуют
функционирующую рибосому до тех пор, пока не присоединятся к мРНК.
Малая субъединица (40S) связывается с 5' участком мРНК вместе с другими
компонентами комплексов трансляции белка. Затем присоединяется 60S
субъединица и формируется зрелая 80S рибосома. Трансляция с мРНК
начинается сразу после образования функционирующей рибосомы. В 60S
субъединице есть канал, достаточно длинный для того, чтобы содержать по-
липептид, состоящий приблизительно из 30 аминокислотных остатков.
Удлиняющийся полипептид проходит в этот канал.
Когда сформированная рибосома перемещается по нити мРНК,
захватывая по 6 нуклеотидов, образуется второй, а затем третий комплексы
трансляции, которые считывают информацию, заключенную в мРНК. Этот
процесс продолжается до тех пор, пока рибосомные комплексы не
«прочитают» всю мРНК.
Обычная мРНК связывается с 10-12 рибосомами, формируя таким
образом полирибосомный комплекс, или полисому. Каждая рибосома, дос-
тигшая трансляционного конца, — терминирующего кодона, покидает
мРНК. Затем рибосомные субъединицы отделяются друг от друга и поступа-
ют в цитозольный пул, из которого впоследствии могут быть образованы
новые рибосомы. Эти рибосомы могут собираться на той же самой или дру-
гой молекуле мРНК. Рибосомные субъединицы могут использоваться
многократно для трансляции любой нормальной мРНК.
Матричные РНК, подвергающиеся трансляции, делятся на две
функциональные группы.
1. мРНК, кодирующие секреторные белки или интегральные белки
мембраны. Эти молекулы направляются к поверхности эндоплазма-
тического ретикулума.
2. мРНК, кодирующие белки, которые остаются в клетке. Эти
синтезирующие комплексы остаются в цитозоле, не прикрепляясь к
мембранам.
Необходимо отметить, что белки, синтезируемые на второй группе
комплексов, составляют большую часть белков, синтезируемых в клетке. Мы
уже видели, что некоторые из этих белков обладают адресными сигналами,
составляющими часть их аминокислотной последовательности. Эти сигналы
способствуют направленному движению белков в соответствующие
клеточные органеллы.
Биосинтез мембранных и секреторных белков происходит в шероховатом
ЭР. В этой клеточной органелле синтезируются все мембраны. Здесь также
проходят начальные этапы посттрансляционного гликозилирования. Кроме
того, укладка белка и сборка субъединиц также происходят в полости
шероховатого ЭР.

21