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Parte I.
1. Aminoácidos (a.a)
Electroforesis.
Parte II.
1.1. Péptidos
Definición. Clasificación. Estructura
Enlace peptídico
Propiedades ácido-base de los péptidos
Notación de péptidos
Elucidación peptídica. Hidrólisis de las cadenas polipeptídicas y
determinación de la composición de a.a
Péptidos que se encuentran en la naturaleza
Significado biológico de la secuencia de aminoácidos.
Parte III.
Bioquímica H.L.L.R 1
2. Proteínas.
Bioquímica H.L.L.R 2
Cátedra: Bioquímica
Guía de Ejercicios Nº 1
Contenido:
Punto isoeléctrico.
+
NH3 – C - COOH
CH2
_
NH
Se desea saber:
a. Su punto isoeléctrico
b. % del grupo - amino en su forma básica a pH = 4
c. % del grupo - carboxilo en su forma ácida a pH = 2
d. Estructura del aminoácido a pH = 6.5
+
NH3 – C - COOH
+
NH2
Bioquímica H.L.L.R 3
Determine:
a. Su punto isoeléctrico
b. Estructuras iónicas
c. % del grupo - amino en su forma básica a pH = 2.5
d. % del grupo - carboxilo en su forma ácida a pH = 7.4
e. % del grupo amino lateral que a pH fisiológico se encuentra
completamente ionizado
+
NH3 – C - COOH
CH2 - COOH
Determine:
- COOH 4.7 1
- +NH3 7.8 1
Asp-glu 4.7 10
His 6.5 4
Tir 9.9 6
Bioquímica H.L.L.R 4
Lis 10.2 10
arg 12 4
Bioquímica H.L.L.R 5
Cátedra: Bioquímica
Unidad I. Proteínas
Guía Nº 2
Titulación de Aminoácidos
Capacidad Buffer de los aminoácidos
Análisis y Separación de Mezclas de Aminoácidos
R R R
Carga neta: +1 Carga neta: 0 Carga neta: -1
Catión Ión dipolar Anión
pHpI pH isoeléctrico pHpI
Bioquímica H.L.L.R 6
pH = ½ (pKa – log C) C = Concentración
El pH de la solución cuando se ha neutralizado completamente el aminoácido,
se determina:
PH = pKa + pW + log sal
2
El pH de la solución cuando se ha neutralizado cada grupo ionizable por
completo del A.A, se calcula utilizando la ecuación del punto isoeléctrico
respectivo.
Ejercicios.
1. La siguiente gráfica representa la curva de titulación de un aminoácido
14
12
C
10
PKa = - COOH = 2.5
pH 8
B
6
A PKa = - +NH3 = 9.5
4
Moles de NaOH
Bioquímica H.L.L.R 7
2. Determine la curva de titulación de la lisina sabiendo que pKa - COOH = 2.18, pKa -
+
NH3 = 8.95 y pKa R - +NH3 = 10.53, y señale:
10
pH 8
6 D
4 A B C
Moles de NaOH
Bioquímica H.L.L.R 8
4. Se dispone de un mol de dipéptido (glu-lis). Determine su curva de titulación y su punto
isoeléctrico. ¿Cuántos moles de NaOH serán necesarios para neutralizar totalmente el
péptido?
7. Determine la cantidad de glicina y de NaOH que se debe usar para preparar un Buffer
de 0.2M de concentración en glicina y pH = 9. Para la preparación de este Buffer usted
dispone del aminoácido glicina en su forma más protonada y de NaOH en estado sólido.
9. Cuantos gramos de glicina y que volumen de HCl 0.5M se necesitan para preparar un
litro de una solución tampón a:
a. 0.25M y pH = 2.4
b. 0.25M y pH = 2.7 Rp. 18.75 g gli; 232ml HCl
18.75g gli; 152 ml HCl
Bioquímica H.L.L.R 9
10. Cuando se disuelven 1.8g de un aminoácido (pKa1 = 2.34 y pKa2 = 9.6) en 100ml de
NaOH 0.2N, se produce una disolución de pH = 10.3. Calcule la masa molecular del
aminoácido e indique de quien puede tratarse.
+
NH3 – C - COOH
12. Cuáles son las concentraciones de las especies iónicas de glicina presentes en una
disolución 0.2M a pH = 8. Rp: 0.195M; 5x10-3M
13. Cuando se disuelven 1.68g de un aminoácido cristalino con valores de pKa1 y pKa2 de
2.35 y 9.69 respectivamente en 100ml de HCl 0.1M se produce una solución de pH = 2.3.
Calcule el peso molecular del aminoácido e indique de quien se trata.
14. Cuando se disuelve 1.8g de un aminoácido cristalino con valores de pKa 1 y pKa2 de
2.34 y 9.60 respectivamente en 100ml de NaOh 0.2N, se produce una solución de pH =
10.3. Calcule el peso molecular del compuesto e indique de quin puede tratarse.
Bioquímica H.L.L.R 10
15. La disolución de 2.67 g de un a.a con valores de pKa de 2.35 y 9.69 en 100ml de HCl
0.1N produce una disolución de pH= 2.65. Calcule el peso molecular del a.a e indique de
quien puede tratarse.
16. Como prepararía un litro de una solución tampón de alanina 0.1M a partir de alanina
sólida e hidróxido de sodio sólido?
17. Determine la carga neta a pH = 5 de la alanina cuyos pKa son 2.34 y 9.65
19. Calcule la carga neta del ácido aspártico a pH = 4.2 e indique hacia que polo migrará
en una electroforesis de alto voltaje en papel a ese pH.
20. Se quiere separar mediante electroforesis de alto voltaje en papel los aminoácidos:
ala, glu, lis, his. Indique el pH del tampón electroforético y cual será la posición de los
aminoácidos en la tira de papel, una vez revelada ésta con ninhidrina.
21. Predecir la dirección de migración (es decir, estacionario, hacia el cátodo, o hacia el
ánodo) de los siguientes péptidos, durante la electroforésis sobre papel a pH = 1.9; 3.0;
6.5 y 10.
22. Ordene la elución de los aminoácidos gli, asp, arg, ile, his y ser utilizando una resina
cambiadora de cationes y eluyendo con tampones de citrato 0.2N y pH = 3.3, 4.3 y 5.5.
Explique.
23. Indíquese todas las operaciones necesarias para separar mediante una cromatografía
de intercambio iónico una mezcla de: ala, gli, asp, his y lis; señalando el orden de elusión
en la columna.
Bioquímica H.L.L.R 11
a. Cuando se encuentra disuelto en una solución tampón de pH=4
26. Calcule el punto isoeléctrico de la G a partir de los siguientes datos obtenidos mediante una
electroforesis de alto voltaje en papel.
a) pH=2
b) pH= 4
c) pH = 10
Bioquímica H.L.L.R 12
Unidad I
Guía de Ejercicios N° 3
Cátedra: Bioquímica
C) Suponga que se tiene una mezcla de A, V (2,3; 9,6), E (2,3; 4,3; 9,7) y
K (2,2; 8,95 y 10,53), a pH=6. Dibuje el patrón que podría ser obtenido
por tinción de los a.a con nihindrina después de la electroforesis en
papel. Indique el ánodo, el cátodo el origen y cualquier a.a no separado,
(la nihindrina hace visible los a.a por reacción con los grupos α-amino
libres formando manchas amarillas)
Bioquímica H.L.L.R 13
4. Una mezcla de Val, Arg, Glu y Ser se sometió a electroforesis a pH=6.
Hacia que polo +, -, 0, se mueve cada uno de los a.a?
5. tenemos una mezcla de Asp, Arg y Leu. Podríamos separar estos a.a por
electroforesis? Cuál sería el pH más conveniente, hacia donde migrarán
estos a.a a ese pH?.
Alanina 1
Glicina 3
Valina 2
Isoleucin
1
a
Prolina 4
Serina 7
Arginina 40
9. Si estuviera tratando de separar los a.a Lys (K) e His (H) mediante
cromatografía de intercambio catiónico, Tamponaría la disolución a pH = 4,
8 o 12?. Explíquelo. Qué a.a saldría antes?. Por qué?.
Bioquímica H.L.L.R 14
Suponiendo un pH de 4.5 en fase acuosa, indique los valores en orden
decreciente de los Rf de los a.a gli, val, asp, glu, lis, tyr, ala, arg y ser.
Péptidos
A. Escriba la estructura completa de los siguientes péptidos:
a. fenilalanil-arginil-triptofanil-serina
b. glutamil-valil-glicina
Señale N y C Terminal.
a. D – G
b. A – L – A
c. K – E
4. Cuál será el pI del siguiente péptido: +NH3 – glu – his – asp – ala – lis –
val – COOH
7. Que pH será más eficaz para separar por electroforesis una mezcla de
γ-globulina (pI= 6,6; mioglobina (pI = 7) y hemoglobina (pI= 6,8)
8. Indique cual será el orden de elución de una mezcla de los péptidos siguientes :
Péptidos pKa
Bioquímica H.L.L.R 15
Asp – gli – ala 2.1 4.5 9.0 -
a. Escribir su estructura a pH = 8
b. Calcular el pI
b) T – C – G – M – N por NCBr
b. Estimar el PI de la hormona
Bioquímica H.L.L.R 16
12.Indique la secuencia de un nonapéptido del que se conocen los
siguientes datos:
Gly-gly-tyr, tyr –ala ala – gly –gly – gly leu –gly – tyr tyr –
ala – gly
13. Un péptido que contiene cantidades equimoleculares de Met + Phe + Asp + Ser +
Thr se trató con BrCN. Se liberaron un péptido y un solo aminoácido identificado
como homoserina (derivado de la metionina por tratamiento con BrCN). El
tratamiento del pentapéptido original con quimotripsina dio dos fragmentos, uno de
los cuales era significativamente más ácido que el otro. El fragmento ácido contenía
metionina. El tratamiento del pentapéptido original con carboxipeptidasa A rindió
serina rápidamente, seguida por treonina. Deducir la secuencia del pentapéptido.
14. La reacción de un tetrapéptido con 2,4 dinitrofluorbenceno seguida de
hidrólisis con HCl 6N, produce 2,4-dinitrofenil derivado de valina y otros
tres aminoácidos. La hodrólisis de otra muestra del tetrapéptido con
tripsina proporcionó dos fragmentos; uno de ellos fue reducido con LiBH 4
e hidrolizado posteriormente; en el hidrolizado se encontró el
aminoalcohol correspondiente a la glicina junto con un aminoácido polar.
Cuál es la secuencia aminoácido posible del tetrapéptido?.
Bioquímica H.L.L.R 17
El pentapéptido se trató con bromuro de cianógeno dando como
resultado dos fragmentos de dos A.A más la meteonina libre.
Uno de los dipéptidos se trató con el reactivo de Edman originando el
derivado de la serina. El otro dipéptido reaccionó con la enzima
carboxipeptidasa B produciendo los A.A lisina y glicina. Determine la secuencia
de aminoácidos para el péptido A.
17. La hidrólisis completa de un nonapéptido desconocido reveló la
presencia de residuos de glu, val 2 , gli, lis2 . tir, treo y fen. El primer
aminoácido detectado como derivado de la feniltiohidantoina por la
degradación de Edman fue glu. El único aminoácido detectado luego del
tratamiento del péptido con hidracina fue treonina. El tratamiento del
péptido con tripsina y quimiotripsina dio tres fragmentos en cada caso:
T1, T2, T3 y C1, C2, C3, respectivamente. Ninguno de los fragmentos
trípticos fue igual a los quimiotrípticos. Se demostró que C2 y T2 eran
dipéptidos; C1 y T1, tripéptidos; y C3 y T3, tetrapéptidos. La hidrólisis de
C3 seguida de cromatografía en papel reveló solo tres manchas
sensibles a la ninhidrina. Se demostró que el residuo N-Terminal de T3
era fenilalanina, y el C-terminal Treonina. El N-terminal de C1 fue glicina,
y el C terminal fue el mismo de T3, C2 contenía tir y glu. T1 estaba
compuesto de lis, tir y glu. El N-terminal de T2 fue val, y el N-terminal de
C3 lis. A pH básico, el fragmento C3 migró con una carga neta de +2.
Utilice toda esta información para construir la secuencia del nonapéptido
original.
18. De un análisis en el laboratorio, se obtuvieron los siguientes datos
sobre la estructura de una cadena polipeptídica. La hidrólisis produjo gli,
ala, val2, leu2, ile, cis4, asp2, glu4, ser2, tir2. El tratamiento de la cadena
con 2,4 dinitrofluorbenceno, seguido de hidrólisis ácida rindió 2.4
dinitrofenilglicina. El análisis del grupo C-Terminal dio aspartatoLa
hidrólisis ácida parcial proporcionó los siguientes oligopéptidos, entre
otros: cis-cis-ala, glu-asp-tir, glu-glu-cis, glu-leu-glu, cis-asp, ser-val-cis,
glu-cis-cis-ser-leu-tir, leu-tir-glu, gli-ile-val-glu-glu. La escisión con
pepsina rindió un péptido que por hidrólisis dio ser-val-cis y ser-leu.
Formúlese la estructura de la cadena polipeptídica de acuerdo a los
datos anteriores.
19. Un péptido A de composición Lis, his, asp, glu, ala, ile, val y tir, produjo
2,4-dinitrofenilaspartato al efectuar el análisis del resto N-terminal con
2,4-dinitrofluorbenceno y valina libre como primer producto con la
carboxipeptidasa. La digestión de A con tripsina rindió dos péptidos, uno
de ellos contenía lis, asp, glu, ala y tir, el otro (his, glu, ile, val) rindió 2,4
dinitrofenilhistidina al analizar el resto N-terminal con 2,4
dinitrofluorbenceno. La escisión del último con termolisina rindió entre
otros productos, histidina libre. A partir de A, se formaron también dos
Bioquímica H.L.L.R 18
péptidos quimiotripticos, uno contenía asp, ala y tir y el otro contenía lis,
his, glu2, ile y val. Deduzca la estructura del péptido A.
20. Para determinar la secuencia del péptido Isb3, cuya composición
determinada por hidrólisis ácida y cromatografía de capa fina fue [Met,
Asn, Asp, Ile, Val, Glu, Gli, Gln, Lis, Fen, Arg, Tir, Pro, Cis, Ser], se
realizaron las siguientes digestiones con endopeptidasas:
a. Empleando Bromuro de Cianógeno (CNBr), dio dos péptidos:
i. CNB1, compuesto por [Asp, Asn, Ile, Lis, Pro, Gli, Val, Met],
cuya reacción de Sanger dio primero Ile, luego Asp;
iii. T3, compuesto por [Pro, Ile, Asp, Lis], Sanger dio Ile luego
Asp
(**) En algunos casos, las digestiones con CNBr o ácida leve no distinguen los aminoácidos azufrados, para tales casos se coloca la
denominación HSL que equivale a cualquier azufrado (Met ó Cis)
Proteínas
Bioquímica H.L.L.R 19
4. Describa las características de los niveles de organización estructural de las proteínas
5. Que diferencia hay entre la estructura de alfa-hélice y la estructura de láminas
plegadas.
6. Explique el proceso de desnaturalización de las proteínas, contestando
razonadamente a: concepto, factores que pueden desnaturalizar a las proteínas, tipos
de enlaces que se rompen durante el proceso, posibilidades de ser reversible.
7. Explique y dibuje la estructura de las beta-queratinas
8. Explique por que la hemoglobina tiene estructura cuaternaria y la quimiotripsina no?
9. Realice un cuadro comparativo que permita diferenciar: Polipéptidos, oligopéptidos,
oligómero, protómero, aminoácidos y proteínas.
10. Describa la estructura que forma la mioglobina y señale su importancia para el
organismo
11. Que factores influyen para que una proteína adquiera una estructura alfa-helicoidal.
Explique y ejemplifique.
12. Cómo se explica que las proteínas tengan una conformación nativa?
13. Un oligopéptido es una proteína?
14. Señale y explique cuales son las fuerzas estabilizadoras que mantienen la estructura
terciaria de una proteína globular
15. Señale la importancia que tiene el estudio de las proteínas al referirse
específicamente a los antibióticos.
16. Señale y explique un hecho que evidencie que existe una relación entre la secuencia
de los aminoácidos en un péptido y su función biológica
Bioquímica H.L.L.R 20
Test de conocimientos
Bioquímica H.L.L.R 21
( ) Su estructura secundaria
( ) Su estructura terciaria
7. Si la mioglobina es una proteína formada por un único polipéptido. ¿puede tener
estructura cuaternaria?
( ) Nunca
( ) Si
( ) A veces
8. Cuando una proteína se desnaturaliza, quedan libres sus aminoácidos?
( ) Nunca
( ) Si
( ) A veces
9. La especificidad de las proteínas es consecuencia de:
( ) La capacidad de cada ser vivo para fabricar sus propias proteínas
( ) La capacidad de cada ser vivo para rechazar sus propias proteínas
( ) Ambas respuestas son correctas
10. El colágeno es una proteína con función:
( ) Estructural
( ) Enzimática
( ) Hormonal
11. La quimiotripsina es una proteína de estructura:
( ) Primaria
( ) Secundaria
( ) Terciaria
12. Todas las proteínas tienen una secuencia única de aminoácidos
( ) Nunca
( ) Siempre
( ) A veces
13. Durante la desnaturalización de las proteínas se pierde:
( ) La actividad biológica y la secuencia de aminoácidos
( ) Los enlaces peptídicos y la conformación nativa
( ) La actividad biológica y la conformación nativa
14. A pH = 7 la polilisina:
( ) Forma una estructura al azar
Bioquímica H.L.L.R 22
( ) Forma una hélice
( ) Ninguna de las dos anteriores
15. La estructura terciaria de las proteínas presentan forma:
( ) Globular
( ) Fibrosa
( ) Ambas
Bioquímica H.L.L.R 23
COOH NH3+ R
GLICINA gli 2.34 9.6
ALANINA ala 2.34 9.69
LEUCINA leu 2.36 9.6
SERINA ser 2.21 9.15
TREONINA treo 2.63 10.43
GLUTAMINA gln 2.17 9.13
VALINA val 2.32 9.62
ISOLEUCINA ile 2.36 9.68
METIONINA met 2.28 9.21
FENILALANINA fen 1.83 9.13
PROLINA pro 1.99 10.6
TRIPTÓFANO trp 2.38 9.39
ASPARRAGINA asn 2.02 8.8
AC. ASPÁRTICO asp 2.09 9.82 3.86
AC. GLUTÁMICO glu 2.19 9.67 4.25
HISTIDINA his 1.82 9.17 6.0
CISTEÍNA cisH 1.71 10.78 8.33
TIROSINA tir 2.20 9.11 10.07
LISINA lis 2.18 8.95 10.53
ARGININA arg 2.17 9.07 12.48
Guía de estudio
Péptidos
Notación de péptidos.
Bioquímica H.L.L.R 24
La representación de la fórmula estructural completa de un péptido es
complicada. Por lo tanto se han desarrollado y revisado convenciones simbólicas.
a. Resido C – Terminal.
El C – terminal puede determinarse fácilmente tratando el péptido intacto
con:
Bioquímica H.L.L.R 25
Hidracina:
Esta reacciona hidrolíticamente con el grupo carbonilo de cada enlace peptídico,
formándose derivados de acilhidracina de cada residuo, exepto del residuo C –
terminal. El C – terminal no se modificará, puesto que su grupo - carbonilo no
está formando enlace peptídico y de ésta manera puede ser recuperado e
identificado por cromatografía.
H H H H
H2N CH C N CH C N CH C N CH C N CH C OH
CH2 CH2
NH2-NH2
C O S
OH CH3
O O O O
H H H
H2N CH C N CH C N CH C N CH C NH-NH2
CH2 CH2 O
C O S H2N CH C OH
OH CH3 + H
C-terminal (gli)
Carboxipeptidasa:
Es relativamente específica en la remoción de los residuos C – terminales
de una cadena polipeptídica. Sin embargo surgen dificultades ya que la enzima no
se detiene después de eliminar el residuo C – terminal inicial, sino que continua
atacando los nuevos residuos C – terminales cada vez que la cadena se acorta,
por lo tanto, lo mejor es seguir la velocidad de liberación de los aminoácidos.
La carboxipeptidasa A no realiza la ruptura cuando el A.A C – terminal es
arginina, lisina o prolina, tampoco actúa si la prolina antecede al sitio de ruptura.
Bioquímica H.L.L.R 26
Actúa en A.A aromáticos (tir, fen, trp) y en A.A con cadena R saturada (val,
leu,etc).
C O
OH
OH
H H CH2
CH2
CH2
NH
C NH
NH2
H H
H2N CH C N CH C N CH C OH
H H CH2
Carboxipeptidasa B
CH2 C-Terminal
CH2
Arg
NH
Bioquímica H.L.L.R 27
C NH
NH2
Ej: Gli – gli – pro – arg
O O
H
C N CH C OH
O O
CH2
Carboxipeptidasa B
H No hay reacción
H2N CH C N CH C N
CH2
H H
CH2
NH
C NH
NH2
O O O O O O O
LiH4Na
H H H H H H H2
H2N CH C N CH C N CH C N CH C OH H2N CH C N CH C N CH C N CH C OH
CH3 C O CH3 C O
OH OH
H2O/H+
Bioquímica H.L.L.R 28
H2
O H2N CH C OH
O O H2N CH C OH CH2
CH3 + H + CH3 + OH
del asp
( - amino alcohol
Aminoácidos libres del C – Terminal)
b. Residuo N – terminal.
El N – terminal puede determinarse muy fácilmente a traves de:
Reactivo de Sanger:
El 2,4 – dinitrofluorbenceno (DNFB), reacciona con el grupo - amino de
los péptidos, que no han captado protones formando derivados 2,4 –
dinitrofenilados. Cuando tales derivados de un péptido, se someten a la hidrólisis
con HCl 6N, todos los enlaces peptídicos se hidrolizan, pero el enlace entre el
grupo 2,4 – dinitrofenilo y el grupo - amino del A.A N – terminal es relativamente
estable frente a la hodrólisis ácida. Por consiguiente, el hidrolizado del péptido
dinitrofenilado contiene todos los restos A.A de la cadena peptídica en forma de
A.A libres, a excepción del resto N – terminal, el cual aparece como derivado 2,4 –
dinitrofenilado de color amarillo.
NO2 O O O O O
H H H H
O2N NH CH C N CH C N CH C N CH C N CH C OH
Bioquímica H.L.L.R NO2
CH3 CH2 CH2 H CH2
29
F
OH
HN
O O O O O
H H H H
H2N CH C N CH C N CH C N CH C N CH C OH
OH
HN
H2O/H+
O H2N CH C OH O
CH2 H2N CH C OH
H2N CH C OH O
CH2 NO2 O
CH2 H2N CH C OH O2N NH CH C
HN
OH + + H + + CH3 OH
S + W + G + F
Cloruro de Dansilo:
Este actúa como un reactivo marcador, el cual es muy fluorescente, y los
derivados de Dansilo del A.A N – terminal pueden ponerse de manifiesto y
medirse en cantidades pequeñas mediante métodos fluorimétricos.
Ej: Cys - Leu – Val – Leu
N(CH3)2 N(CH3)2
O O O O
O
H H H O O O O
H2N CH C N CH C N CH C N CH C OH H H H
S HN CH C N CH C N CH C N CH C OH
CH2 CH2 CH CH3 CH2
SO2Cl O CH2 CH2 CH CH3 CH2
SH CH CH3 CH3 CH CH3 SH CH CH3 CH3 CH CH3
CH3 CH3 CH3 CH3
H2O/H+
Bioquímica H.L.L.R 30
O O
O N(CH3)2
H2N CH C OH
H2N CH C OH H2N CH C OH O
CH2 CH2 O
CH CH3 S HN CH C
CH CH3 CH CH3 OH
O CH2
CH3 + CH3 + CH3 + SH
(Fluorescente)
(Derivado Dansilado del N-Terminal)
S
O O O O N C S
H H H
H2N CH C N CH C N CH C N CH C OH C
CH2 CH2 CH3 CH OH N HN N
C O CH3 H2
N C CH HC
OH HN
NH O
PTH de la Histidina
Derivado de la
feniltiohidantoína (PTH) del
N-Terminal
Bioquímica H.L.L.R 31
OO O
H H
H2N CH C N CH C N CH C OH
CH2 CH3 CH OH Polipéptido Recortado
C O CH3
OH
Aminopeptidasa :
Enzima digestiva, se puede usar para la determinación del N – terminal,
puesto que tiene un sitio de ataque opuesto al de la carboxipeptidasa
Ej: met – glu –gln –gli
O O O O Aminopeptidasa
Reconoce
H2N CH C
H
N CH C
H
N CH C
H
N CH C OH Met
CH2 CH2 CH2 H
CH3 OH NH2 +
(glu – gln – gli )
Polipéptido recortado
c. Residuos internos:
Una vez identificado los restos de A.A N y C terminales de una cadena
polipeptídica, la etapa siguiente para determinar la secuencia de los A.A consiste
en fragmentar la cadena para dar un conjunto de péptidos cortos que puedan
separarse e identificarse. Esto se consigue por hidrólisis parcial o selectiva de la
cadena polipeptídica. A veces puede conseguirse el objetivo por hidrólisis parcial
con ácido diluido, ya que los enlaces peptídicos entre ciertos de pares de A.A son
más susceptibles a la hidrólisis ácida que otros. Entre las reacciones que se
utilizan para la identificación de residuos internos se tiene:
Bioquímica H.L.L.R 32
Este reactivo es específico para la meteonina, y no actúa si la prolina está
seguida a la meteonina.
Ala – val – met – arg – his CNBr Ala – val – met + arg – his
Métodos enzimáticos:
Tratamiento con tripsina:
La tripsina sólo cataliza la hidrólisis de aquellos enlaces peptídicos en que
la función carbonilo es aportada por el resto de la lisina o por el de arginina, con
independencia de la longitud o de la secuencia aminoácida de la cadena.
Ala – ser –arg –asp –met –lis –pro –ile Tripsina Ala –ser –arg + asp–met–lis–pro -ile
Pepsina
Ruptura de enlace aportado por el grupo
carbonilo de asp
Asn – val – fen – pro – glu – pro – gli – tyr + asp + gli – trp + val - ile
ELUCIDACIÓN PEPTÍDICA
REACCIONES UTILIZADAS PARA EL ESTUDIO DE LA SECUENCIA DE A.A, PÉPTIDOS Y
PROTEÍNAS
Bioquímica H.L.L.R 35
de Dansilación Terminales
Reacción Fenilisotiocianato Todos los A.A N – N---- Terminal
de Edman Terminales
Enzimático Aminopeptidasa Todos los A.A N – N---- Terminal
Terminales
Bioquímica H.L.L.R 36
Enzimático Termolisina NH --- aportado por A.A Lado amino
hodrofóbicos.
Glicina G Gli
Alanina
Valina
Leucina
Isoleucin
a
Bioquímica H.L.L.R 37
Hidroxilados
Serina
Treonina
Azufrados
Meteoni
na
Cisteina
Aromáticos
Fenialanain
a
Tirosina
Triptófano
Ácidos
Ácido
Aspártico
Asparragina
Ácido
Glutámico
Glutamina
Bioquímica H.L.L.R 38
Básicos
Histidina
Lisina
Arginina
Iminoáci
do
Prolina
Bioquímica H.L.L.R 39