Бактериофаги (от «бактерия» и греч.

phagos – пожиратель) – вирусы бактерий,

обладающие способностью специфически проникать в бактериальные клетки,
репродуцироваться в них и вызывать их растворение (лизис).
Фаги различаются по форме, структурной организации, типу нуклеиновой кислоты и
характеру взаимодействия с микробной клеткой.
Морфология. Бактериофаги различаются по химической структуре, типу нуклеиновой
кислоты, морфологии и характеру взаимодействия с бактериями. По размеру бактериальные
вирусы в сотни и тысячи раз меньше микробных клеток.
Типичная фаговая частица (вирион) состоит из головки и хвоста. Длина хвоста обычно в
2—4 раза больше диаметра головки. В головке содержится генетический материал —
одноцепочечная или двуцепочечная РНК или ДНК с ферментом транскриптазой в неактивном
состоянии, окружённая белковой или липопротеиновой оболочкой — капсидом, сохраняющим
геном вне клетки.
Нуклеиновая кислота и капсид вместе составляют нуклеокапсид. Бактериофаги могут
иметь икосаэдральный капсид, собранный из множества копий одного или двух специфичных
белков. Обычно углы состоят из пентамеров белка, а опора каждой стороны из гексамеров того
же или сходного белка. Более того, фаги по форме могут быть сферические, лимоновидные или
плеоморфные.
Хвост, или отросток, представляет собой белковую трубку — продолжение белковой
оболочки головки, в основании хвоста имеется АТФаза, которая регенерирует энергию для
инъекции генетического материала. Существуют также бактериофаги с коротким отростком, не
имеющие отростка и нитевидные.
Головка округлой, гексагональной или палочковидной формы диаметром 45—140 нм.
Отросток толщиной 10—40 и длиной 100—200 нм. Одни из бактериофагов округлы, другие
нитевидны, размером 8×800 нм. Длина нити нуклеиновой кислоты во много раз превышает
размер головки, в которой находится в скрученном состоянии, и достигает 60—70 мкм. Отросток
имеет вид полой трубки, окружённой чехлом, содержащим сократительные белки, подобные
мышечным. У ряда вирусов чехол способен сокращаться, обнажая часть стержня. На конце
отростка у многих бактериофагов имеется базальная пластинка, от которой отходят тонкие
длинные нити, способствующие прикреплению фага к бактерии. Общее количество белка в
частице фага — 50-60%, нуклеиновых кислот — 40-50%.
Фаги, как и все вирусы, являются абсолютными внутриклеточными паразитами. Хотя они
содержат всю информацию для запуска собственной репродукции в соответствующем хозяине, у
них нет механизмов для выработки энергии и рибосом для синтеза белка. Размер известных
фаговых геномов варьирует от нескольких тысяч до 498 тысяч пар оснований (геном фага G,
поражающего бацилл).
Резистентность. Фаги более устойчивы к действию химических и физических факторов,
чем бактерии. Ряд дезинфицирующих веществ (фенол, этиловый спирт, эфир и хлороформ) не
оказывают существенного влияния на фаги. Высокочувствительны фаги к формалину и
кислотам. Инактивация большинства фагов наступает при температуре 65-70ºС. Длительное
время они сохраняются при высушивании в запаянных ампулах, замораживании при
температуре -185ºС в глицерине.
 Взаимодействие фага с бактериальной клеткой. По механизму взаимодействия
различают вирулентные и умеренные фаги. Вирулентные фаги, проникнув в бактериальную
клетку, автономно репродуцируются в ней и вызывают лизис бактерий. Процесс
взаимодействия вирулентного фага с бактерией протекает в виде нескольких стадий и весьма
схож с процессом взаимодействия вирусов человека и животных с клеткой хозяина (см. 3-5.1).
Взаимодействие фагов с бактериальной клеткой характеризуется определенной степенью
специфичности. По специфичности действия различают поливалентные фаги, способные
взаимодействовать с родственными видами бактерий, моновалентные фаги,
взаимодействующие с бактериями определенного вида, и типовые фаги, взаимодействующие
с отдельными вариантами (типами) данного вида бактерий.
Умеренные фаги лизируют не все клетки в популяции, с частью из них они вступают в
симбиоз, в результате чего ДНК фага встраивается в хромосому бактерии. В таком случае
геномом фага называют профаг. Профаг, ставший частью хромосомы клетки, при ее
размножении реплицируется синхронно с геном бактерии, не вызывая ее лизиса, и передается
по наследству от клетки к клетке неограниченному числу потомков. Биологическое явление
симбиоза микробной клетки с умеренным фагом (профагом) называется лизогенией, а
культура бактерий, содержащая профаг, получила название лизогенной.
Использование в биотехнологии.
Бактериофаг лямбда имеет линейную молекулу ДНК с 48,5 тпн. Емкость клонирующих
векторов была существенно повышена с разработкой векторов на основе фага лямбда.
Центральную треть вирусного генома можно заменить чужеродной ДНК без нарушения
жизненного цикла фага, клонирующий лимит от 8 до 24 тпн, что составляет половину генома
лямбды дикого типа (рис.2.4).
Механизм упаковки бактериофага в зрелые вирионы основан на включении ДНК строго
определенного размера, что стабилизирует ДНК-вставки и позволяет легко освобождаться от
нерекомбинантных молекул. Упаковку сконструированных in vitro молекул на основе фага
лямбда производят в смеси бесклеточных экстрактов двух штаммов Е. coli, лизогенных по
бактериофагам с разными дефектами. Объединение бесклеточных лизатов обоих штаммов Е. coli
приводит к взаимной комплементации недостающих функций с помощью соответствующих
белков дикого типа. Векторы на основе фага лямбда являются одними из самых
распространенных для создания библиотек генов.
Космиды - кольцевые молекулы ДНК, объединяющие свойства фага и плазмиды, содержат
ориджин репликации и соs-сайты фага лямбда. Сконструированы для клонирования больших
фрагментов ДНК в 35-50 тпн. Для упаковки ДНК в фаговую головку вирусный аппарат фага
лямбда требует только наличия соя-сайтов на расстоянии 36-51 тпн. Гибридные молекулы
космиды с большими вставками в 35-50 тпн между соя-сайтами упаковываются in vitro в виде
инфекционных вирионов при использовании экстрактов фагов дикого типа. Естественно, такие
фаговые частицы нежизнеспособны, после инфекции космиды существуют в бактериальной
клетке как плазмиды.
Нитевидные бактериофаги - М13 (рис. 2.5), fd, f1 бактерии E. coli. Представляют собой
одноцепочечную кольцевую ДНК, упакованную в белковую трубочку из одинаковых белковых
субъединиц, двухцепочечная репликативная форма похожа на плазмиду. Вставки чужеродной
ДНК до 1 тпн очень стабильны. Наиболее широко ранее использовались векторы на основе фага
М13. До появления метода ПЦР, который позволяет секвенировать сразу двухцепочечные
молекулы ДНК, одноцепочечные матрицы для секвенирования получали клонированием в М13-
вектор.
 В настоящее время клонирование в векторы на основе М13 и fd преимущественно
используют в методе фагового дисплея (получение и анализ пептидных библиотек для
различных целей, например, для исследования белок-белковых, белок-пептидных, белок-ДНК
взаимодействий, для эволюции белков in vitro, получения иммунологических реагентов нового
поколения и др.). При этом чужеродную ДНК встраивают в гены белков вирусной оболочки,
затем клонированные последовательности выявляются на поверхности вирусных частиц в виде
гибридных белков (фьюжин-белков).
Бактериофаги используют в лабораторной диагностике инфекций при внутривидовой
идентификации бактерий, т. е. определении фаговара (фаготипа). Для этого применяют метод
фаготипирования, основанный на строгой специфичности действия фагов: на чашку с плотной
питательной средой, засеянной «газоном» чистой культурой возбудителя, наносят капли
различных диагностических типоспецифических фагов. Фаговар бактерии определяется тем
типом фага, который вызвал ее лизис (образование стерильного пятна, «бляшки», или «негативной
колонии», фага). Методику фаготипирования используют для выявления источника и путей
распространения инфекции (эпидемиологическое маркирование). Выделение бактерий одного
фаговара от разных больных указывает на общий источник их заражения.
Фаги применяют также для лечения и профилактики ряда бактериальных инфекций.
Производят брюшнотифозный, сальмонеллезный, дизентерийный, синегнойный,
стафилококковый, стрептококковый фаги и комбинированные препараты (колипротейный,
пиобактериофаги и др). Бактериофаги назначают по показаниям перорально, парентерально или
местно в виде жидких, таблети-рованных форм, свечей или аэрозолей.