Тема: ЭЛЕМЕНТЫ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОФИЗИКИ

1. Межатомные и межмолекулярные силы и взаимодействия.

Молекулярная биофизика изучает структуру биологически важных молекул и
физические процессы, лежащие в основе их функционирования. Структура молекулы
определяется силами притяжения, которые действуют между атомами, из которых состоит
данная молекула. Атомы имеют тенденцию соединяться, образуя устойчивые соединения-
молекулы. Потенциальная энергия, обусловленная межмолекулярными силами, показана на
Рис.1. Здесь приведено изменение потенциальной энергии, обусловленное
межмолекулярными силами, в зависимости от расстояния между молекулами.
Е+ обусловлена силами отталкивания
Е– обусловлена силами притяжения
Общая потенциальная энергия является результирующей (суммой) Е+ и Е–
Видно, что в результате наиболее быстрого уменьшения сил отталкивания, результирующая
энергия уменьшается и является минимальной при определенном расстоянии ro между
атомами.
Когда сила притяжения между атомами приблизительно равна силе отталкивания, а
потенциальная энергия системы становится минимальной, тогда образуется молекула.

Рис. 1 Зависимость потенциальной энергии системы состоящей из двух атомов в

зависимости от расстояния r между ними.
Межатомные и межмолекулярные силы возникают благодаря тому, что атомы всех
химических элементов содержат двух разноимённых электрических зарядов: положительный
заряд ядра, благодаря протонов, и электронная оболочка с отрицательным зарядом.
Следовательно, эти силы взаимодействия имеют электростатическую природу и подчиняются
закону Кулона:
 1 q1 q2
F ; (1)
4 0 r 2

где 0 – электрическая постоянная вакуума;

 – диэлектрическая постоянная среды;
q1 и q2 – величина электрических зарядов;
r – расстояние между зарядами.
Если взаимодействующие заряды имеют один и тот же знак, то силы взаимодействия между
ними являются силами отталкивания, а в случае разноимённых зарядов – силами притяжения.
Для выявления механизма образования живой материи из молекулярных
составляющих необходимо знать типы связь существующие между ними, а также силы
образующих их. Среди них можно выделить: Силы Ван-дер-Ваальса, водородные связи,
ионные связи и гидрофобные взаимодействия.

Силы Ван-дер-Ваальса
Этот тип связи относится к слабым связям и может образоваться между атомами с
заполненными внешними электронными оболочками, или между молекулами с насыщенными
химическими связями. Сила, обеспечивающая эту связь характеризуется отношением а/Vo2,
что видно из уравнения реальных газов записанной для одного киломоля газа.
2
( P  a / V0 ) (V0  b)  RT (2)
Эта выражение представляет уравнение Ван-дер- Ваальса, где а и b являются постоянными
отражающие свойства реальных газов.
Составляющая часть а/Vo2 является поправкой для давления, учитывающей силы
притяжения между молекулами, обусловленная межмолекулярными силами.
Постоянная b является поправкой для собственного объёма молекул, который в случае
идеального газа пренебрегаются.
Ван- дер - ваальсовские силы проявляются только при малых расстояниях, не могут
изменять структуру и свойства молекулы. Они лежат в основу образования более сложных
молекулярных составов и в особенности биологических макромолекул.
Нейтральные молекулы могут иметь симметричную пространственную структуру, где
центры сосредоточения положительных и отрицательных электрических зарядов
пространственно совпадают (молекула метана CH4) или асимметричную структуру, в которой
противоположные электрические заряды пространственно разделены (молекула воды H2O).
Последний тип молекул представляет электрические диполи. Диполем называют систему,
состоящую из двух равных, но противоположных по знаку точечных электрических
зарядов, расположенных на некотором расстоянии друг от друга.

Рис. 2.1. Электрический диполь.

Степень поляризации молекулы определяется моментом диполя μ:
μ =q l, (3)
Между дипольными молекулами и действуют силы Ван-дер- Ваальса.
Момент μ измеряется в Клм.
Существуют молекулы с симметричной структурой, которые могут стать диполем вблизи
некоторого электростатического заряда, который поляризует данную молекулу, разделяя,
таким образом, положительные и отрицательные электрические заряды, и данная молекула
становится диполем (рис.2.2). Такой тип диполя называется индуцированным.

Рис. 2.2. Индуцированный диполь.

Существуют нейтральные молекулы, которые могут стать диполями благодаря движению
электронов. Такие диполи имеют направленную ориентацию очень короткий интервал
времени, и называются мгновенными электрическими диполям. Механизм образования
мгновенных диполей можно доказать, изучая взаимодействие между двумя атомами гелия.
При малом расстоянии между атомами, между движениями электронов могут установиться
соотношения, которые приводят к возникновению сил притяжения или отталкивания Ван-
4
дер- Ваальса (рис.2.3). 2 He

Fig. 2.3 Мгновенные диполи атома гелия.

Водородная связь. Частный случай Ван-дер- Ваальсовских связей среднего расстояния
(примерно 3Å=3∙10-10 м) являются водородные связи.
Молекула, состоящая из одного атома водорода Н и одного электроотрицательного атома Х
образует ковалентную связь (например: ОН, NH). Электрон атома водорода притягивается
электроотрицательным атомом Х, и это ведёт к образованию постоянного электрического
диполя. Если вблизи этого диполя находится другой электроотрицательный атом У, тогда
между У и ХН диполем образуется водородная связь (Рис. 2.4).

Рис. 2.4. Водородные связи с диполь - дирольным взаимодействием.

Примером может служить схема водородных связи, возникающие между карбоксильными
группами (Рис. 2.4).
 Рис. 2.5.
Водородные связи имеют следующие характеристики:
 Так как ядро атома водорода является самым маленьким по сравнению с любым другим
атомом, атомы Х и У расположены настолько близко друг к другу, что другой
электроотрицательный атом не может быть вставлен между ними. Поэтому, водородная связь не
может реализоваться иначе чем только между двумя атомами .
 Благодаря отталкиванию между Х и У водородная связь направлена по прямой линии.
Водородные связи играют большую роль в стабилизации пространственных структур
биологических макромолекул.

Рис
 Несмотря на то что Ван-дер- Ваальсовские силы являются относительно слабыми связями,
результат их действия становится существенным благодаря большого их количества.. Связи, в
основу которых лежат эти силы, легко разрывают и создаются другие. Наличием водородных связей
объясняются необыкновенные свойства агрегатного состояния воды (Рис.2.6), которые играют
большую роль в образовании пространственных биополимеров, например, образование двойной
спирали молекулы АДН.
Ионная связь. Ионные связи образуются, когда два атома приближаются, а в их структуре,
электроны занимают различные энергетические положения так, что один электрон может переходить
от одного атома к другому занимая положение на более низком энергетическом уровне. Примером
может служить случай, когда атом Na, приближается к атому Cl. Единственный электрон с внешней
орбиты атома Na переходит на внешней орбите атома Cl, заполняя таким образом его единственное
свободное место. В результате, атомы становятся ионами Na+ и Cl-, между ними возникают
электростатические силы притяжения поддерживающие связь между ними. Такая связь называется
ионная связь. Ионные связи легко разрываются в растворах, при этом ионы становятся свободными.
Фактически, образование ионов в растворах является убедительным доказательством того, что
молекула в нерастворенном состоянии содержит ионную связь.
Кристаллы, в которых преобладают ионные связи, называются ионными. Ионная связь
намного сильнее, чем Ван-дер-Ваальсовская. Этим объясняется прочность ионных кристаллов.

Гидрофобное взаимодействие
Слабыми взаимодействия являются и гидрофобные взаимодействия, существующие между
молекулами и молекулярными группами, имеющие неполярный характер. Несмотря на то, что
гидрофобные взаимодействия представляют отталкивающие силы, в случае, когда количество
взаимодействующих молекул является большое, это приводит к образовании некоторых структур,
которые находящихся в равновесии. Такие структуры называются мицелий
 Рис.2.6. Сферическая и продольная мицелла.

Важным является то, что гидрофобные связи между фосфолипидными молекулами обеспечивают
структурную организацию клеточных мембран.

сильное притяжение в воде между неполярными частицами (молекулами, остатками

сложных молекул, частицами дисперсной фазы и т. п.). Причина гидрофобного взаимодействия-
большая энергия водородной связи между молекулами воды, превосходящая энергию их взаимод. с
неполярными частицами. Термодинамичная невыгодность контакта воды с неполярными в-вами
(рассматриваемая как гидрофобность) и предопределяет сильное притяжение их молекул друг к
другу.
Гидрофобное взаимодействие между неполярными атомными группами (углеводородными,
галогенуглеродными и т.п.), входящими в состав большинства органических молекул, определяет
особые св-ва их водных р-ров, в т. ч. способность к мицеллообразованию и солюбилизацию (резкое
повышение р-римости неполярных в-в типа масел в мицеллярных р-рах). Взаимодействие между
неполярными группами, входящими в состав полимерных молекул, оказывает решающее влияние на
их конформационное состояние в воде. В частности, устойчивость
конформации белковых молекул обусловлена определенной последовательностью расположения
гидрофобных аминокислотных остатков в полипептидной цепочке. Гидрофобное взаимодействие
относятся к слабым взаимодействиями, которые существуют между отдельными молекулами или
молекулярных структур не имеющие полярный характер.

Рис. 5 Схема строения сферической мицеллы

Фазовые переходы. Переход вещества из одного агрегатного состояния в другое
происходящие при изменении температуры и давления называется фазовым переходом.
Тройная точка (ТТ), это точка на фазовой диаграмме, где сходятся линии
разделяющие все три агрегатные состояния (Рис.2.7). Обычно тройная точка определяется
определёнными значениями температуры и давления, при котором вещество может
равновесно находится в трёх агрегатных состояниях вещества —твёрдом, жидком и
газообразном. Например, для воды, ТТ характеризуется значениями давления Р=609 Па и
температуры Т=273,16 К а для двуокиси углерода – 5,16∙105 Па и 216,6 К.
 Рис.6. Фазовая диаграмма воды.
Критическая точка (КТ) – это точка с температурой, выше которой, газ не может
переходить в жидкое состояние, каким бы высоким давление не было. Например, для воды
КТ соответствует температуре 647,6 К, для воздуха 139,16 К, для азота 126,16 К.
Твёрдые изотропные некристаллические вещества, как например, стекло, могут
считаться сверхсжатыми жидкостями, если нет разрыва между жидкой и стеклообразной
фазами; плавление осуществляется медленно, при постепенном ее смягчении, а не резко при
определённой конкретной температуре (точка правления), как в случае кристаллов. Резких
изменении проявляются только между жидким и кристаллическим состояниями, переход
являясь резким.
Жидкие кристаллы считаются органические вещества, в которых нет прямого перехода из
твёрдого состояния в жидкообразное –переход осуществляется через равновесными
промежуточными состояниями, в которых вещество является жидкой, но анизотропной
(аналогично твёрдого кристалла).
Жидкие кристаллы, сохраняя основные черты жидкости, например, текучесть, обладают
характерной особенностью твердых кристаллов – анизотропией свойств. Жидкие кристаллы
были открыты в 1888г. Рейнитцером, но долгое время оставались мало изученными. Они
обладают текучестью, как обычные жидкости, а оптическими свойствами похожи на
кристаллы (анизотропны).
Жидкие кристаллы состоят из молекул удлиненной или доскообразной формы,
взаимодействие между которыми, стремится выстроить их в определенном порядке.
По способу получения жидкие кристаллы делятся на:
1. термотропные,
2. лиотропные.
Термотропные жидкие кристаллы образуются при нагревании твердых кристаллов или
охлаждении изотропной жидкости и существуют в определенном температурном интервале.
Лиотропные жидкие кристаллы образуются при растворении твердых органических веществ
в различных растворителях.
В зависимости от пространственной ориентации молекул термотропные жидкие кристаллы
делятся на:
а) нематические жидкие кристаллы (от греческого слова – нема, что означает нить). Длинная
ось молекулы ориентируется вдоль определенного направления. Оптическая прозрачность
этих жидких кристаллов почти 100% (очень прозрачны);
б) холестерические жидкие кристаллы характеризуются тем, что образованны из молекул,
длинные оси которых располагаются параллельно, образуя

а б в

Рис. 7. Термотропные жидкие кристаллы:

а) нематические; б) холестерические; в) смектические.
молекулярные слои, причем слои могут скользить относительно друг друга. Направление
ориентаций длинной оси постоянно вращается под определенным углом – от одного слоя к
другому, образуя спиралеобразную структуру.
холестерические жидкие кристаллы являются оптически активными. Создают вращение
плоскости поляризации либо влево, либо вправо. Обладают свойствами изменять свой цвет
во всём диапазоне видимого света, в зависимости от температуры, что позволяет
использовать их в качестве индикатора температур.
Изменение температуры холестерола приводит к изменению шага спирали и, как следствии и
цвет отражённого света. Наблюдатель оценивает это свойства как изменение цаета кристалла.
Существуют холестеролы с повышенной чувствительностью к температуре. При их
помощи можно обнаружить изменение температур до 0.01 градусов Кельвина.С этой целью
используются холестеролы помещённые в полимерную плёнку. Накладывают такую плёнку
на поверхности тела, и она показывает картину распределения температур. Этим методом
можно обнаружить места, где есть опухоли скрытые под кожей или канцерогенные
образования. Такой метод называется термографией.

Рис.10
Рис. 10

в) смектические жидкие кристаллы (смекта – мыло – греческое слово). В них молекулы

расположены слоями, которые могут скользить относительно друг друга, обуславливая
текучесть таких жидких кристаллов вдоль слоев.

Жидкие кристаллы в живых организмах (в биологических системах)

Жидкие кристаллы образуют липиды, которые имеют одну часть гидрофильную и две
гидрофобные. Липиды в биологическом водном растворе определенной концентрации
образуют сферические, цилиндрические или в виде призмы, или слоистые, таким образом,
образуя максимальное количество гидрофильных и гидрофобных связей. Это обеспечивает
стабильность структуры. Такая структура находится в клеточной мембране. Соответственно,
эти мембраны имеют характеристики лиотропных жидких кристаллов
 Рис. 11.Лиотропные жидкие кристаллы.
Практическое применение в медицине жидких кристаллов
Холестерические жидкие кристаллы обладают свойствами изменять цвет в
зависимости от температуры. Это свойство дает возможность использовать их в термографии,
для наблюдения (чтобы прослеживать эволюцию изменения кровеносных сосудов, для
диагностики раковых заболеваний.)