LICENCE BGS

SEMESTRE 3

UEP 1.3.1

Structures et Propriétés des

Biomolécules

Présentées par Nicole LAURENT

Les diapositives couleurs présentées sont éditées par
CHU-PS
Pitié-Salpétrière

Université PARIS-VI Pierre et Marie Curie

Faculté de Médecine Pitié-Salpêtrière

Structures Biologiques

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 Les molécules biologiques
3 classes :
• les glucides
• Les lipides
• Les protéines
Et les non classées, toutes molécules
n’appartenant pas à ces 3 classes.
• Ex : Les acides nucléiques…….
 Structure et propriétés des biomolécules
• I – Glucides
A- Structure des glucides
1 - Les oses
2 - Les dérivés des oses
3 - Les disaccharides
4 - Les polyosides homogènes
5 - Les polyosides hétérogènes
6 – Hétérosides et glycoprotéines
B- Propriétés des glucides
• II – Lipides
• III – Acides nucléiques
• IV – Protéines
• V - Enzymologie
 I – Glucides
A – Structure des glucides

1 - Les oses
1.1- Introduction
1.2 - Représentation linéaire des oses
1.3 - Deux familles d’oses
1.4 – Stéréoisomérie des oses
1.5 – Les oses : Séries D ou série L
1.6 - Représentation de Fischer
1.7 - Filiation des oses
1.8 - Epimères du D-glucose
1.9 – Cyclisation des oses
1.10 - Représentation cyclique des oses
1.11 – Reconnaître les oses de la série D ou L
1.12 – Anomères du D-glucose
 1 – Les oses
1.1- Introduction
Hydrates de carbone Cn(H2O)n
Formule générale CnH2nOn
n = de 3 à 8 Carbones

Glucose C6H12O6 ose à 6 C hexose 180

Ribose C5H10O5 ose à 5 C pentose 150
Érythrose C4H8 O4 ose à 4 C tétraose 120
Glycéraldéhyde C3H6 O3 ose à 3 C triose 90
 1.2 - Représentation linéaire des oses
Ex : Glucose (Glc) (hexose) Ex : Fructose (Fru) (hexose)
C6H12O6 180 daltons C6H12O6 180 daltons
1CHO fonction aldéhyde 1CH2OH alcool primaire
| |
2CHOH alcool secondaire 2C = O fonction cétone
| |
HO3CH alcool secondaire HO3CH alcool secondaire
| |
4CHOH alcool secondaire 4CHOH alcool secondaire
| |
5CHOH alcool secondaire 5CHOH alcool secondaire
| |
6CH2OH alcool primaire 6CH2OH alcool primaire
 1.3 - Deux familles d’oses

• Les aldoses • Les cétoses

Ex : Glucose (hexose) Ex : Fructose (hexose)

C6H12O6 180 daltons C6H12O6 180 daltons

1 fonction aldéhyde sur le C1 1 fonction cétone sur le C2

4 fonctions alcool secondaire 3 fonctions alcool secondaire

1 fonction alcool primaire

2 fonctions alcool primaire
sur le C6 sur le C1 et le C6
 1.4 – Stéréoisomérie des oses
Carbone tétraédrique Règle de priorité
Quatre liaisons simples de On classe les groupes
covalence.
d’atomes suivant leur
degré d’oxydation.
Carbone asymétrique
Le plus oxydé en haut, le
Les quatre radicaux sont
différents. moins oxydé en bas en
arrière.
Projection de Fisher On reporte dans le plan
Projection des atomes ou tous les groupements
groupements d’atomes d’atomes.
dans le plan.
 Configuration absolue
• Pour tout C asymétrique il existe deux
configurations absolues
• R ou S
• Pour passer de R à S il faut rompre la
liaison
• Donne deux stéréoisomères
• n atomes de C donne 2n stéréoisomères
• d’où diversité des oses
 1.5 – Les oses : Séries D ou série L
R S

2 stéréoisomères possibles
La majorité des oses naturels sont de la série D
Le seul ose sans carbone asymétrique

1CH OH
2
| Le cétotriose
2C = O

| dihydroxyacétone
3CH OH
2
1.6 - Représentation de Fischer
Glucose (Glc) • La fonction la plus
oxydée vers le haut,
ici le CHO.

• Le CH2OH en bas en
arrière.

• Les OH se
repartissent alors
soit à droite
soit à gauche.

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 1.7 - Filiation des oses
du D-triose vers le D-tétrose
 Configuration relatives
• Couple érythro : 2 C* adjacents de même
configuration absolue
• Couple thréo : 2 C* adjacents de configuration
opposée

• Ex: le ribose a 3 C* érythro deux à deux

(configuration absolue)
• Cette configuration relative se retrouve dans le D
et le L-ribose
nombre de stéréoisomères n=2x
- Pour les Aldoses :
x C asymétrique série D série L Total
3C 1 1 1 2
4C 2 2 2 4
5C 3 4 4 8
6C 4 8 8 16
- Pour les Cétoses :
C asymétrique série D série L Total
3C 0 1
4C 1 1 1 2
5C 2 2 2 4
6C 3 4 4 16
Série D
Des aldoses
 Position des OH
• Couple d’épimères : différence sur 1 C*
• Couple d’énantiomères : différence sur tous les C*
– Image/miroir
– Couples d’oses D et L
• Pour toutes les autres possibilités :
diastéréoisomères
Série des cétoses
 1.8 - Epimères du D-glucose
Epimère : ose se différenciant de son homologue de la même série
que par la position d’un seul OH.
Epimère du
glucose en C2
Mannose (Man)

Epimère du
glucose en C4
Galactose (Gal)

Epimère du
glucose en C 3
Altrose

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1.9 – Cyclisation des oses
 • Hydratation de
la fonction
aldéhyde
• Rotation de la
liaison C4-C5
• Les 2 oxhydriles
OH sont
proches
• Déshydratation
avec formation
du pont oxygène
entre le C1 et le
C5.( hémiacétal )
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1.10 - Représentation cyclique des oses
β-D-glucopyranose • Représentation d’
HAWORTH
• nouveau carbone
asymétrique en C1
• Dit carbone anomère

• Pour la série D
• CH2OH en haut
• O du cycle en haut et à
droite
• Position du OH en
haut : anomère β
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 β-D-glucopyranose ( β-D-glc )

- Le plus abondant de notre organisme

- Aldohexose réducteur
(un ose est réducteur si le OH porté par le C
anomère est libre)
- Passe facilement de l’anomère α à β, ce qui
modifie les réactions concernées par les C1 et C2
dans le métabolisme
 β-D-glucopyranose :

• Produit final de la photosynthèse chez les

végétaux:
6CO2 + 6H2O lumière C6H12O6 + O2
• Nutriment énergétique de la cellule:
Son oxydation complète génère l’énergie
biologique sous forme d’ATP
C6H12O6 + O2 6CO2 + 6H2O
énergie
Cyclisation du Galactose
 β-D-Gal

Aldohexose
Réducteur

Alimentation
( lait )

Nourrisson

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α-D-Mannopyranose (α-D-Man)

Aldohexose
Réducteur

Alimentation
(végétaux)

Nécessaire
dans certaines
glycoprotéines

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Oses à 5C β-D-ribofuranose

Aldopentose
Réducteur

Alimentation
( Abats )

Nécessaire
à la synthèse
des acides
nucléiques
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Cyclisation du fructose
 α-D-fructofuranose

Ne pas confondre le C2 (carbone anomère) et le C5

Cétohexose
Réducteur

Alimentation
(fruits,sucre)

Isomère
du glucose

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 Oses cycliques ou linéaires?
Les oses en solution sont en équilibres
entre la forme linéaire
et les diverses formes cycliques
( pyraniques ou furaniques )
et les anomères (α à β)
Ce phénomène est dit mutarotation
- Les formes cycliques pyraniques sont majoritaires
pour les oses à 6C
- Les formes cycliques furaniques sont majoritaires
pour les oses à 5C
70% du glucose est sous la forme
β-D-glucopyranose
1.11 – Reconnaître les oses de la série D ou L

Ose linéaire :
OH de l’avant
dernier carbone à
droite : série D

OH de l’avant
dernier carbone à
gauche : série L

Image par rapport

à un miroir

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1.12 – Anomères du D-glucose
• Conformations
chaise ou
bateau
OH en Position
Équatoriale
et
OH en Position
Axiale
sont très réactifs

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 2 – Dérivés des oses

• Par oxydation de la
fonction aldéhyde :
suffixe _onique
• Par oxydation de la
fonction alcool
primaire :
suffixe _uronique

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 Dérivés ène-diol
Une liaison ène-diol
C1 oxydé en dicétone =Ac. Dihydroascorbique

• La vit C est un coenzyme

transporteur d’hydrogène
indispensable chez l’homme
et certaines espèces
animales
d’oxydoréductases du
métabolisme des acides
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 • 2-désoxyribose
composant
essentiel de l’ADN
• L-fucose dans la
structure des
chaînes
polyosidiques des
glycoprotéines
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Réduction de la fonction
alcool secondaire alcool primaire
en C2 du ribose en C6 du L-mannose
 • Réduction des
fonctions
aldéhydes ou
cétones

• Donne des
polyalcools
Suffixe _itol
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Glucose mannose dihydroxyacétone

 OH

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Dérivés azotés
Dans les chaînes polyosidiques des glucoprotéines
 • Acides sialiques:
dérivé N-acétylé des
nonulosamines
( dérivés aminés d’un
acide cétonique à
9C)
• Propriétés
anioniques (acides
forts) des
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glycoprotéines
 3 - Les disaccharides
Les possibilités : il existe au moins 20 manières
de lier deux aldohexoses
• C anomère ose 1 avec les 4 fonctions alcools
de l’ose 2
• Et l’inverse
• Ose 1 et ose 2 par leurs carbones anomères
α−α
α−β
β−α
β−β
 Diholoside non réducteur :
liaison osido-oside

condensation de la fonction hémiacétalique de

chaque ose par une liaison osido-oside
 Diholoside réducteur : liaison
osido-ose

Condensation d' une fonction hémiacétalique d'un ose

avec une fonction alcoolique d'un second ose par une
liaison osido-ose.
Reste un -OH hémiacétalique libre responsable du
pouvoir réducteur de la molécule.
• Les principaux diholosides:

saccharose
maltose
lactose

• Remarque: 3 oses = triholosides….

 • Lait
• Peu sucré
• Réducteur
• Se transforme
en acide
lactique
• Précipitation
des protéines du
lait
• caséification

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 • Dans les
Végétaux
• Très abondant
• Sucré
• Non réducteur

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 • Produit à
partir de la
digestion
de
l’amidon
et du
glycogène

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4 – Les polyosides homogènes

Constitué
d’un seul
ose
répétitif

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 L'Amidon

polyoside végétal le plus abondant

• réserve glucidique
• Il est synthétisé dans les grains
d'amyloplastes des cellules végétales.
• Son poids moléculaire est variable selon
l'
espèce végétale et peut atteindre plusieurs
millions.
• Il est constitué d'une chaîne principale faite
de glucoses unis en 1-4 et de ramifications
(ou branchements) faites de glucoses unis
en 1-6.
Amidon : plusieurs milliers α-D-glc
Les polysaccharides de l’amidon
• Amylose
Polymère linéaire d’ α-D-Glucose unies par
des liaisons (α1 4)
• Amylopectine
Molécule branchée par des Ramifications
(α1 6)
Polymère à structure hélicoïdale

Hélice d’amylose et
d’amylopectine voir TD
 Glycogène

• Le glycogène présente
une structure identique
à l’amylopectine
• mais il est beaucoup
plus ramifié et plus
compact
• Réserves des animaux
• Mammifères : foie,
muscle
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• Chez les insectes et les

mollusques
 Cellulose
Polymère linéaire
de β-D-Glucose
unis par des liaisons
(β1 4)
stabilisées par des
liaisons hydrogène.
Les longues chaînes
sont stabilisées entre
elles par de
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nombreuses liaisons
hydrogène.( voir TD)
 5 – Les polyosides hétérogènes :
Glycosaminoglycanes
• polycondensation d'
osamines et d'
acides glucuroniques

- L'acide hyaluronique

[Acide ß D glucuronique + N-acétyl D glucosamine]n

L'acide hyaluronique :

• barrière pour les substances étrangères.

(humeur vitrée, articulations : rôle de lubrifiant).

• L'acide hyaluronique a un poids moléculaire très élevé et

de très nombreuses charges négatives. Il n'
y a pas de
sulfates.

• hydrolysé par une enzyme de dépolymérisation :

la hyaluronidase coupe les liaisons ß 1-4.
Cette enzyme se retrouve dans:
- les bactéries
- le venin de serpent,
- le sperme (facilite la pénétration du spermatozoïde
dans l'ovule lors de la fécondation en hydrolysant
l'enveloppe de l'ovule)
Héparine
• anticoagulant physiologique
(foie, poumon, reins, coeur).

• polycondensation de :
[Acide D glucuronique + D
Glucosamine N-Sulfate]n

• Les liaisons sont 1-4 dans le

motif et entre les motifs.

• Les sulfates sont indispensables

à l'
activité biologique

• certaines héparines peuvent

contenir beaucoup plus de
sulfates.
 - Les chondroïtines sulfates

• dans le tissu conjonctif et le cartilage.

• constituées de la polycondensation de motifs

[Acide ß D glucuronique + N-acétyl galactosamine]n

• Les liaisons sont également ß 1-3 dans les motifs et ß 1-4 entre les
motifs.

• très riches en charges négatives en raison des groupements

sulfates et uronates. Elles fixent donc fortement les cations. Les
sulfates sont fixés en C4 ou C6 de la galactosamine
6 – Hétérosides et glycoprotéines
• Molécules constituées:

- d’une partie glucidique

- et d’une partie non glucidique
dite aglycone
 Exemple

• Molécule toxique
• Dans de nombreuses
graines ( amandes
amères )
• Le cyanure (poison
respiratoire) est libéré
par digestion

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 Glycoprotéines

• Hétéroprotéines
• association covalente d'une fraction glucidique (de type
oligoside: plus de 5 % de glucides ) et d’une protéique.
• très répandues dans la nature
• fonctions biologiques très variées.

• On trouve 4 groupes de glucides :

- Oses : D mannose, D galactose

- 6-désoxyhexoses : L fucose (6 désoxy L galactose)
- Glucosamine et galactosamine souvent acétylées
- Acide N-acétylneuraminique (NANA) souvent terminal qui donne
leur caractère acide aux glycoprotéines.

• Enchaînement glucidique souvent ramifié, caractéristique

(glycosyl-transférases spécifiques).
 Liaison des fractions glucidiques et protéiques
• La liaison se fait entre le groupement réducteur
(terminal de la fraction glucidique)
et un acide aminé de la protéine :

– liaison O-Glycosidique = fonction alcool d'

un
acide aminé alcool (sérine, thréonine)
– liaison N-glycosidique = fonction amide de la
glutamine ou de l'asparagine

• la liaison se fait sur un motif spécifique, dans un

environnement approprié de la protéine.
Rôle biologique des fractions glucidiques

• reconnaissance spécifique par d' autres protéines comme les lectines.

• interaction cellule-cellule : contact, transfert d'
information, …
• influencent le repliement des protéines.
• protection les protéines contre les protéases.
• spécificité des groupes sanguins (fraction glucidique des
glycoprotéines des globules rouges).

Les principales glycoprotéines

• Les hormones hypophysaires : LH et FSH.

• Les glycoprotéines du plasma : Orosomucoïdes, haptoglobine.
• Les glycoprotéines du blanc d' oeuf : ovalbumine.
• Les glycoprotéines végétales ou lectines, sont des réactifs utilisés pour
leurs propriétés d'
agglutination des globules rouges, leurs propriétés
mitogènes, etc.