Вы находитесь на странице: 1из 141

Система MiniOpticon™

для ПЦР-анализа в режиме реального времени

Руководство по эксплуатации
Поддерживает версию 3.1 Opticon Monitor™

CFB-3120 Система MiniOpticon


Система MiniOpticon™
для ПЦР-анализа в режиме реального
времени

CFB-3120 Система MiniOpticon

Руководство по эксплуатации

Поддерживает версию 3.1 Opticon Monitor™


Авторские права © 2005 компании Bio-Rad Laboratories, Incorporated. Все права защищены. Копирование в
любой форме, печатной или электронной, запрещено без письменного разрешения компании Bio-Rad
Laboratories, Inc.

Chill-out, Chromo-4, Hand-Shell, Microseal, MiniOpticon, MJ Mini, Multiplate, Opticon и Opticon Monitor являются
торговыми марками, принадлежащими компании Bio-Rad Laboratories, Inc.

Amplifluor является торговой маркой компании Intergen Company. LUX является торговой маркой компании
Intergen Corporation. Excel, Microsoft и Windows XP являются торговыми марками компании Microsoft Corporation.
Scorpions является торговой маркой компании DXS Ltd. SYBR является торговой маркой компании Molecular
Probes, Inc. TaqMan является торговой маркой компании Roche Molecular Systems, Inc, VIC является торговой
маркой компании Applera Corp.

Использование патентованного процесса полимеразной цепной реакции (ПЦР) требует наличия лицензии.
Система MiniOpticon содержит Authorized Thermal Cycler (Авторизованный Термоциклер) и может
использоваться с лицензиями ПЦР, доступными от компании Applied Biosystems. Ее использование вместе с
Authorized Reagents (Авторизованными реактивами) также обеспечивается ограниченной лицензией ПЦР в
соответствии с правами, указанными на этикетках, поставляемых с этими реактивами. В некоторых
приложениях могут потребоваться лицензии от других третьих сторон.

Это прибор содержит Авторизованный Термоциклер с серийным номером ___. Его покупная цена включает
компонент лицензии авансовой лицензионной платы, связанной с патентами США 4.683.195, 4.683.202 и
4.965.188, принадлежащими компании Roche Molecular Systems, Inc, а при соответствующих требованиях, с
патентами вне США, принадлежащими компании F.Hoffmann-La Roche Ltd, распространяющими свое действие
на процесс полимеразной цепной реакции (ПЦР), использование процесса ПЦР для внутренних исследований и
разработок с применением этого прибора. Компонент платы за право пользования патентом в этой лицензии
может быть приобретен у компании Applied Biosystems или получен путем приобретения Авторизованных
реактивов. Этим прибором является также Авторизованный Термоциклер для использования с прикладными
лицензиями, доступными от компании Applied Biosystems. Его использование с Авторизованными реактивами
также обеспечивает ограниченную лицензию ПЦР в соответствии с правами, указанными на этикетках,
поставляемых с этими реактивами. Само приобретение этого изделия не передает покупателю полную
лицензию или право выполнять процесс ПЦР. Дополнительная информация о приобретении лицензий на
использование процесса ПЦР может быть получена по адресу: Director of Licensing, Applied Biosystems, 850
Lincoln Centre Drive, Foster City, California, 94404, USA.

Никакие права ни на какие патенты, связанные с ПЦР в реальном времени, не передаются в прямой форме,
косвенно или путем лишения права возражения.

Компания Applied Biosystems не гарантирует эксплуатационные качества этого прибора.

10954, версия B

ii Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Содержание

Уведомления, предусмотренные правом ...................................................................ii


Объяснение условных обозначений ..........................................................................vi
Предупреждения по технике безопасности ...............................................................vi
Указания по безопасному использованию................................................................ vii
Электромагнитные помехи......................................................................................... vii
Предупреждение Федеральной комиссии связи ..................................................... viii
Глава 1. Введение .................................................................................................................. 1-1
1.1 Ознакомление с прибором MiniOpticon......................................................... 1-2
1.2 Использование этого руководства ................................................................ 1-2
1.3 Важная информация по технике безопасности ........................................... 1-3
Глава 2. Компоненты прибора и характеристики ............................................................ 2-1
2.1 Особенности прибора..................................................................................... 2-2
2.2 Характеристики ............................................................................................... 2-3
2.3 Характеристики температурного градиента ................................................. 2-4
2.4 Характеристики компьютера.......................................................................... 2-4
Глава 3. Установка и эксплуатация..................................................................................... 3-1
3.1 Распаковка прибора MiniOpticon ................................................................... 3-2
3.2 Установка прибора MiniOpticon ..................................................................... 3-2
3.3 Включение и выключение прибора MiniOpticon ........................................... 3-5
3.4 Открывание и закрывание прибора MiniOpticon .......................................... 3-6
3.5 Установка пробирок с образцами в реакционный модуль .......................... 3-6
Глава 4. Совместимые реактивы, расходный пластик .................................................. 4-1
4.1 Оптическая система ....................................................................................... 4-2
4.2 Совместимые реактивы ................................................................................. 4-2
4.3 Выбор пробирок .............................................................................................. 4-5
4.4 Герметизация пробирок ................................................................................ 4-6
4.5 Таблица выбора пробирок и крышек для оптических экспериментов ....... 4-7
4.6 Рекомендации по объему реакционной смеси............................................. 4-7

Содержание продолжается на следующей странице

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com iii


Глава 5. Введение в программное обеспечение Opticon MonitorTM ............................. 5-1
5.1 Введение ......................................................................................................... 5-2
5.2 Как работает программное обеспечение Opticon Monitor ........................... 5-2
5.3 Запуск и управление программным обеспечением
Opticon Monitor ................................................................................................ 5-3
5.4 Элементы окна Opticon Monitor ..................................................................... 5-4
5.5 Выход из программного обеспечения Opticon Monitor ................................ 5-5
5.6 Файловые расширения Opticon Monitor ........................................................ 5-6
5.7 Какую версию программного обеспечения Opticon Monitor
Вы используете? ………………………………………………………................ 5-6
5.8 Просмотр журнала событий........................................................................... 5-6
Глава 6. Экспериментальная настройка и программирование..................................... 6-1
6.1 Обзор экспериментальной настройки и программирования ...................... 6-3
6.2 Окно Master File............................................................................................... 6-4
6.3 Создание файла экспериментального планшета Plate File........................ 6-7
6.4 Создание файла температурно-временного протокола Protocol File ...... 6-21
6.5 Сохранение основного файла Master File .................................................. 6-32
6.6 Назначение файла планшета и файлов протокола основному
файлу ............................................................................................................ 6-32
6.7 Повторное использование основных файлов ............................................ 6-32
Глава 7. Начало запуска и статус ........................................................................................ 7-1
7.1 Запуск протокола ............................................................................................ 7-2
7.2 Прерывание запуска....................................................................................... 7-3
7.3 Наблюдение состояния запуска .................................................................... 7-3
7.4 Выполнение анализа данных во время запуска .......................................... 7-6
Глава 8. Анализ данных ........................................................................................................ 8-1
8.1 Возможности анализа в программном обеспечении
Opticon Monitor ................................................................................................ 8-3
8.2 Основные принципы количественного анализа в реальном
времени............................................................................................................ 8-3
8.3 Просмотр данных и выполнение абсолютного количественного анализа 8-4
8.4 Кривая плавления......................................................................................... 8-14
8.5 Дополнительные опции анализа ................................................................. 8-21
8.6 Экспорт и печать данных ............................................................................. 8-29
Глава 9. Техническое обслуживание ................................................................................. 9-1
9.1 Чистка прибора MiniOpticon ........................................................................... 9-2
9.2 Замена предохранителей .............................................................................. 9-3

Содержание продолжается на следующей странице

iv Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Глава 10. Калибровка прибора .......................................................................................... 10-1
10.1 Введение ....................................................................................................... 10-2
10.2 Проверка калибровки ................................................................................... 10-2
10.3 Повторная калибровка ................................................................................. 10-2
Приложение A: Гарантии.......................................................................................................A-1
Приложение B: Лицензионное соглашение.......................................................................B-1
Указатель ................................................................................................................................ In-1
Заявление о соответствии

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com v


Объяснение условных обозначений
ВНИМАНИЕ!: Возможная опасность! Если встречается этот символ, то
перед выполнением дальнейших действий обязательно ознакомьтесь с
дополнительной информацией в этом руководстве. Этот символ
обозначает компоненты, неправильная эксплуатация которых создает
возможность травм персонала или повреждения прибора.

ВНИМАНИЕ!: Опасность поражения электрическим током! Этот символ


обозначает компоненты, неправильная эксплуатация которых создает
возможность поражения электрическим током.

ВНИМАНИЕ!: Горячая поверхность! Этот символ обозначает компоненты,


неправильная эксплуатация которых создает возможность травм
персонала из-за большого нагрева.

Предупреждения по технике безопасности


Предупреждение: Эксплуатация системы MiniOpticon без ознакомления с
этим руководством создает возможность травм персонала. Только
квалифицированный персонал лаборатории, обученный безопасному
использованию электрического оборудования, должен использовать этот
прибор.

Предупреждение: Не открывайте и не пытайтесь ремонтировать


оптический модуль или реакционный модуль системы MiniOpticon. Это
действие сделает недействительными Ваши гарантии и может
подвергнуть Вас опасности поражения электрическим током. Верните
прибор MiniOpticon на завод (покупатели в США) или в авторизованный
региональный сервис-центр (все остальные покупатели), если требуется
ремонт.

Предупреждение: Реакционный модуль может достаточно разогреться


во время работы, и вызвать воспламенения или взрывоопасное кипение
жидкости. Носите защитные очки или другие средства защиты глаз
всегда, когда работаете с прибором.

Предупреждение: Система MiniOpticon содержит промежуточный


предохранитель, что означает наличие напряжения внутри прибора даже
при перегорании или удалении внешнего предохранителя. Всегда
проверяйте, что система отсоединена от своего источника питания,
прежде чем заменять перегоревший предохранитель. Никогда не
открывайте реакционный модуль MiniOpticon: Вы можете получить
серьезное поражение электрическим током. Кроме того, открытие
реакционного модуля сделает недействительными Ваши гарантии.

vi Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Указания по безопасному использованию
Система MiniOpticon сконструирована для безопасного использования при
соблюдении следующих условий:
• Использование в помещении
• Высота до 2000 метров над уровнем моря
• Окружающая температура от 5°C до 31°C
• Относительная влажность: максимум 80% для температур до 31°C
• Электрическое питание: 100-240 В переменного тока, 50-60 Гц, 400 Вт
• Колебания напряжения электросети, не превышающие ±10% от
номинального напряжения
• Категории установки (Категории чрезмерного электрического напряжения) II
• Степень загрязнения 2

Электромагнитные помехи
Это устройство соответствует Части 15 Правил Федеральной комиссии связи
(FCC). Его работа подчиняется следующим двум условиям: (1) это устройство не
может вызвать опасную помеху и (2) это устройство должно допускать любую
принимаемую помеху, включая помехи, которые могут вызвать нежелательные
явления в работе.

Это устройство было проверено и признано соответствующим стандартам


электромагнитной совместимости (ЭМС) для излучений и восприимчивости,
установленным Европейским Союзом и действующим на момент производства.

Эта цифровая аппаратура не превышает ограничений Класса А для излучения


радиошумов от цифровой аппаратуры, установленных Нормами радиопомех
Канадского Министерства Связи (Canadian Department of Communications).

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com vii


Предупреждение Федеральной комиссии связи
Предупреждение: Изменения или усовершенствования, внесенные в этот блок,
но не получившие точного одобрения со стороны, ответственной за обеспечение
соответствия, могут лишить пользователя права эксплуатировать это
оборудование.

Примечание: Это оборудование было проверено и признано соответствующим


ограничениям для цифрового устройства Класса А, соответствующих Части 15
Правил FCC. Эти ограничения созданы для обеспечения оптимальной защиты
от опасных помех, если оборудование эксплуатируется в промышленных
условиях. Это оборудование генерирует, использует и может излучать
радиочастотную энергию и, если оно установлено и используется не в
соответствии с технологической инструкцией, может создавать недопустимые
помехи для радиосвязи. Эксплуатация этого оборудования в жилых зонах может
создать недопустимые помехи, в этом случае пользователю придется устранять
помехи за собственный счет.

Примечание относительно соответствия требованиям FCC: Несмотря на то,


что конструкция прибора была проверена и показала соответствие требованиям
Части 15, подраздела B Правил FCC для цифровых устройств Класса А,
пожалуйста, заметьте, что это соответствие является необязательным для
оценок прибора, как "Неучитываемого устройства", в соответствии с 47 CFR,
параграфа 15.103(с) относительно приведенных норм FCC, действующих на
момент производства.

Этот прибор имеет маркировку "Только для исследовательских целей".

viii Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


1 Введение

1.1 Ознакомление с прибором MiniOpticon ....................................................................... 1-2


1.2 Использование этого руководства............................................................................... 1-2
1.3 Важная информация по технике безопасности ......................................................... 1-3

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 1-1


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

1.1 Ознакомление с прибором MiniOpticon™


Благодарим Вас за приобретение системы ПЦР-анализа в режиме реального
времени MiniOpticon от компании Bio-Rad Laboratories, Inc. Разработанная группой
молекулярных биологов и инженеров, система MiniOpticon будет отвечать Вашим
запросам для чувствительной, простой в работе и компактной системы ПЦР-
анализа в реальном режиме времени. Некоторые из многочисленных особенностей
системы MiniOpticon приведены ниже:
• Термоциклер на основе элемента Пельтье обеспечивает превосходную
температурную точность и температурную однородность реакционного модуля.
• 48-луночный блок для образцов позволяет использовать стандартный
расходный пластик (низкопрофильные и высокопрофильные 48-местные ПЦР-
микропланшеты и пробирки емкостью 0,2 мл).
• Встроенная нагреваемая крышка позволяет выполнять циклирование без
масла.
• Долговечные светодиоды возбуждают флюоресценцию в диапазоне 470-505
нм.
• Чувствительные фотодиоды обнаруживают флюоресценцию со спектром
излучения в диапазоне 523-543 нм (SYBR Green, FAM) на первом канале и в
диапазоне 540-700 нм на втором канале.
• Интуитивное программное обеспечение Opticon Monitor™ облегчает
программирование, запуск, отображение текущего состояния эксперимента и
анализ данных.
• Двойной способ задания температурного контроля в реакционном модуле
включает алгоритмическое управление для обеспечения максимальной
скорости и точности, или блочное управления для адаптации протоколов,
оптимизированных в других термоциклерах.
• Компактные размеры с глубиной 31,8 см, шириной 17,8 см и высотой 33 см
позволяют удобно расположить систему MiniOpticon на любом лабораторном
столе.
• Прибор MiniOpticon доступен в качестве «реал-тайм» расширения для
владельцев нового 48-луночного термоциклера MJ Mini™.

1.2 Использование этого руководства


Это руководство содержит указания по безопасной и эффективной эксплуатации
Вашей системы MiniOpticon:
• Глава 2 знакомит Вас с физическими характеристиками системы MiniOpticon
• Глава 3 представляет основы установки и эксплуатации системы MiniOpticon
• В главе 4 обсуждаются совместимость химических реагентов и пробирок при
использовании системы MiniOpticon
• Главы 5-8 знакомят Вас с использованием программного обеспечения Opticon
Monitor, включая то, как протоколировать, запускать протоколы и как
анализировать собранные данные
• Глава 9 описывает способы надлежащего технического обслуживания системы
MiniOpticon
• Глава 10 дает информацию о калибровке системы MiniOpticon

1-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Введение „

1.3 Важная информация по технике безопасности


Безопасная эксплуатация системы MiniOpticon начинается с полного
понимания того, как работает этот прибор. Пожалуйста, прочтите все
руководство, прежде чем эксплуатировать систему MiniOpticon. Не
позволяйте работать с прибором тем, кто не прочитал это руководство.

Предупреждение: Система MiniOpticon может генерировать достаточное


количество тепла, чтобы нанести серьезные ожоги и может вызвать сильные
поражения электрическим током, если её не использовать в соответствии с
этим руководством. Пожалуйста, прочтите предупреждения и указания по
технике безопасности, находящиеся в начале руководства на страницах vi и
vii, а также предупреждения, имеющиеся во всем руководстве, и выполняйте
все меры предосторожности, предлагаемые в них.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 1-3


Компоненты прибора и
2 характеристики

2.1 Особенности прибора ..................................................................................................... 2-2


2.2 Характеристики ................................................................................................................. 2-3
2.3 Характеристики температурного градиента................................................................ 2-4
2.4 Характеристики компьютера.......................................................................................... 2-4

2-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

2.1 Особенности прибора

Светодиодный индикатор запуска

Оптический
модуль

Ручка для
открывания прибора

Дисплей
Реакционный
модуль
Клавишная панель

Отверстия для поступления


воздуха (скрыты)
Рисунок 2-1 Вид прибора спереди

Вентилятор

Выход воздуха

Выключатель

Порт USB, тип ‘A’

Порт USB, тип ‘B’


Питание

Рисунок 2-2. Вид прибора сзади

2-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Компоновка и характеристики „

2.2 Характеристики
Температурный диапазон От 0° до 99,9°C, но не более, чем 30°C ниже
температуры окружающей среды
Температурная точность ±0,2°C от запрограммированной целевой
температуры 90°C, контролируемая в соответствии с
требованиями NIST (Национального института
стандартов и технологии)
Температурная однородность ±0,4°C между лунками в пределах 10 секунд при
достижении температуры 90°C
Скорость нагрева/охлаждения До 2,5°C/сек
Количество одновременно
обрабатываемых образцов ПЦР-планшет с 48 лунками или шесть стрипов по 8
пробирок объемом 0,2 мл
Напряжение питания 100-240 В переменного тока*
Частота питания 50-60 Гц*
Потребляемая мощность Максимум 400 Вт
Предохранители Два 6,3 А, 250 В, 5х20 мм, быстрого действия
(заменяемые пользователем)
Вес 6,8 кг (15 фунтов)
Размер (Ш х Г х В) 18 х 32 х 33 см (7 х 12,5 х 13 дюймов)
Диапазон возбуждения
флюоресценции 470-500 нм
Диапазоны обнаружения Канал 1: 523–543 нм
флюоресценции Канал 2: 540–700 нм

*При использовании электропитания с параметрами, находящимися в этих


пределах, не нужно выполнять никаких настроек. Однако все пользователи должны
использовать надлежащий комплект силового кабеля IEC-20 для подключения
прибора к розетке питания.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 2-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

2.3 Характеристики температурного градиента


Точность ±0,2°C от целевой температуры в крайних рядах
в пределах 10 секунд (контролируемая в
соответствии с требованиями NIST)

Однородность в рядах ±0,4°C в ряду между лунками в пределах 10


секунд после достижения целевой температуры

Точность вычисления ±0,4°C от реальной температуры в ряду


(контролируемая в соответствии с
требованиями NIST)

Самая низкая программируемая 35°C


температура градиента

Самая высокая программируемая 99°C


температура градиента

Диапазон градиента От 1,0°C до 16,0°C


(температурная разность)

2.4 Характеристики компьютера


Требуемые минимальные характеристики компьютера, необходимые для работы
системы MiniOpticon и версии 3.1 программного обеспечения Opticon MonitorTM.

Операционная система Windows XP Profesional

Скорость процессора 1,5 ГГц

Дисплей Разрешение экрана 1024 х 768

Память 512 мегабайтов оперативной памяти

Запоминающее устройство Жесткий диск емкостью 20 гигабайтов

Примечание: требования к компьютеру могут быть изменены без уведомления.

2-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Установка и
3 эксплуатация

3.1 Распаковка прибора MiniOpticon................................................................................... 3-2


3.1.1 Упаковочный лист ............................................................................................ 3-2
3.2 Установка прибора MiniOpticon..................................................................................... 3-2
3.2.1 Требования к окружающей среде................................................................... 3-3
3.2.2 Требования к электропитанию........................................................................ 3-3
3.2.3 Требования к подаче воздуха ......................................................................... 3-4
3.2.3.1 Обеспечение достаточной подачи воздуха...................................... 3-4
3.2.3.2 Обеспечение достаточного охлаждения подаваемого воздуха ..... 3-4
Таблица 3-1 Устранение проблем, связанных с подачей воздуха............. 3-5
3.2.4 Установка программного обеспечения Opticon Monitor ............................... 3-5
3.2.5 Подключение системы MiniOpticon к компьютеру......................................... 3-5
3.3 Включение и выключение прибора MiniOpticon........................................................ 3-5
3.4 Открывание и закрывание прибора MiniOpticon ....................................................... 3-6
3.5 Установка пробирок с образцами в реакционный модуль...................................... 3-6

3-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

3.1 Распаковка прибора MiniOpticon


Надежно захватите прибор по бокам за нижнюю сторону, чтобы удержать вес
термоциклера и оптического модуля. Аккуратно вытащите прибор из упаковочной
коробки. Не поднимайте прибор за зеленую ручку.

3.1.1 Упаковочный лист

После распаковки прибора MiniOpticon проверьте, что Вы получили следующие


компоненты:
1. Прибор MiniOpticon
2. Один комплект принадлежностей к прибору MiniOpticon, включающий:
• Один силовой кабель для прибора MiniOpticon
• Один кабель USB
• Два запасных предохранителя
• Руководство к прибору MiniOpticon для выполнения ПЦР-анализа в
реальном режиме времени (этот документ)
• Компакт-диск с программным обеспечением Opticon Monitor

Если любой из этих компонентов отсутствует или поврежден, Вам следует


связаться с Bio-Rad для получения замены. Пожалуйста, сохраните оригинальные
упаковочные материалы на случай, если Вам потребуется возвращать систему
MiniOpticon для сервисного обслуживания. Смотрите инструкции по упаковке в
Приложении A.

3.2 Установка прибора MiniOpticon


Для прибора MiniOpticon требуется место, имеющее электрические розетки для
питания прибора MiniOpticon и компьютера. Рекомендуется место с доступом к
локальной сети (Ethernet 10/100BaseT), если Вы собираетесь передавать
настроечные и аналитические файлы между компьютером, на котором работает
система MiniOpticon, и другими компьютерами.

Прибор MiniOpticon требует минимальной сборки. Вставьте штепсель силового


кабеля в его разъем, расположенный на задней стороне прибора (смотрите
расположение разъема на Рисунке 2-2). Затем вставьте штепсель на другом конце
силового кабеля в стандартную электрическую розетку с напряжением 110 В или
220 В. Прибор MiniOpticon будет автоматически переключаться на напряжение
220 В. Смотрите дополнительную информацию в разделе 3.2.2, "Требования к
электропитанию".

3-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Установка и эксплуатация „

3.2.1 Требования к окружающей среде


Для обеспечения безопасных и удобных условий эксплуатации прибора MiniOpticon,
требуется выполнение следующих условий:
• Использование в помещении
• Невзрывоопасная среда
• Нормальное давление воздуха (высота ниже 2000 метров над уровнем моря)
• Окружающая температура 5°C – 31°C
• Относительная влажность: максимум 80% для температур до 31°C
• Колебания напряжения электросети, не превышающие ±10% от номинального
напряжения
• Категории установки (Категории чрезмерного электрического напряжения) II
(портативное оборудование)
• Степень загрязнения 2 (нормально только для непроводящего загрязнения)
• Незатрудненный доступ к воздуху с температурой 31°C или ниже (смотрите
ниже)
• Защита от чрезмерного тепла и случайных брызг. (Не располагайте прибор
MiniOpticon около таких источников тепла, как радиаторы, и защищайте его от
попадания брызг воды или других жидкостей, которые могут вызвать
замыкание электрических цепей.)

3.2.2 Требования к электропитанию


Система MiniOpticon требует питания переменным током с напряжением 100–240 В,
частотой 50–60 Гц и заземленную розетку. Колебания напряжения электросети не
должны превышать ±10%. Система MiniOpticon совместима с любым
универсальным источником входного напряжения (90-264 В переменного тока) без
выполнения настроек, поэтому в ней отсутствует переключатель для установки
напряжения.

Система MiniOpticon оборудована входным модулем питания, который допускает


применение комплектов силового кабеля с соединителем типа C13 IEC 60320-1 (это
стандартная конфигурация, используемая большинством производителей
компьютеров для своего оборудования). Все кабельные комплекты, используемые с
системой MiniOpticon, должны быть рассчитаны на номинальный ток не менее 10 А
при напряжении 125 В или 250 В, последняя характеристика зависит от
используемого напряжения питания. Кроме того, кабельный комплект должен
соответствовать всем другим применимым государственным стандартам – таким
образом, как минимум, кабельный комплект должен иметь метку полномочной
испытательной организации, соответствующую Вашей стране.

Примечание: Не разрезайте поставляемый 120-вольтовый силовой кабель и не


монтируйте на нем другой соединитель. Используйте цельный запрессованный
соединитель, имеющий тип, заданный выше.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 3-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

3.2.3 Требования к подаче воздуха


Система MiniOpticon требует постоянной подачи воздуха, имеющего температуру
31°C или ниже для охлаждения прибора. Воздух поступает через нижние
вентиляционные отверстия, расположенные по бокам и на передней части прибора,
а выходит через вентилятор, расположенный сзади (смотрите Рисунки 2-1 и 2-2).
Если подача воздуха недостаточна, или воздух слишком горячий, то прибор может
перегреться, что вызовет нарушения в работе и даже автоматическое прекращение
работы.

3.2.3.1 Обеспечение достаточной подачи воздуха


• Не закрывайте входные вентиляционные отверстия (смотрите Рисунок 2-1)
Располагайте блок системы MiniOpticon на расстоянии не менее 10 см от
вертикальных поверхностей и других термоциклеров или оборудования,
выделяющего тепло (могут потребоваться большие расстояния; смотрите
ниже)
• Не допускайте накопления пыли или мусора во входных вентиляционных
отверстиях
• Не располагайте прибор на бумаге, включая покрытия лабораторного стола
тканевого типа.

3.2.3.2 Обеспечение достаточного охлаждения подаваемого воздуха


• Не располагайте несколько систем MiniOpticon (или других приборов) так,
чтобы выходящий горячий воздух попадал прямо во входные вентиляционные
отверстия.
• Проверьте, что в систему MiniOpticon поступает воздух с температурой 31°C
или ниже, измерив температуру воздуха, входящего в блок через его входные
вентиляционные отверстия.
• Расположите систему MiniOpticon там, где собираетесь использовать ее, и
включите ее. Попробуйте воспроизвести обычные условия эксплуатации для
этого прибора в этом месте, в особенности все факторы, связанные с
выделением тепла (например, работающее соседнее оборудование, открытые
жалюзи окна, включенное освещение). Запустите типичный протокол на
30 минут для прогрева системы MiniOpticon, затем измерьте температуру
воздуха во входных вентиляционных отверстиях. Если используются несколько
приборов, то выполните измерение температуры воздуха в каждом приборе.
• Если температура воздуха в любом из приборов выше 31°C, то посмотрите в
Таблице 3-1 возможные средства устранения проблемы. После принятия всех
возможных мер удостоверьтесь, что температура воздуха, входящего в
вентиляционные отверстия, понизилась, используя процедуру, описанную
выше.

3-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Установка и эксплуатация „

Таблица 3-1 Устранение проблем, связанных с подачей воздуха

Причина Возможные средства решения проблемы


Слабая циркуляция воздуха Обеспечьте больше пространства вокруг прибора
или улучшите вентиляцию помещения
Высокая температура Отрегулируйте кондиционирование воздуха для
окружающего воздуха понижения температуры окружающего воздуха
Прибор находится в теплой части Переместите прибор или защитите прибор от таких
помещения источников тепла, как радиаторы, нагреватели,
другое оборудование или яркий солнечный свет
Приборы тесно расположены Расположите приборы так, чтобы теплый
выходящий воздух не попадал во входные
вентиляционные отверстия

3.2.4 Установка программного обеспечения Opticon MonitorTM


1. Найдите инсталляционный файл Opticon Monitor версии 3.1 на прилагающемся
диске. Вставив компакт-диск, активируйте инсталляционную пиктограмму.
Следуйте указаниям, выдаваемым во время установки.
2. После установки программного обеспечения, Мастер установки проведет Вас
через все другие установки и обновления, которые необходимы. После
завершения инсталляции, перезапустите компьютер.

3.2.5 Подключение системы MiniOpticon к компьютеру


После того, как Вы установили программное обеспечение Opticon Monitor на
компьютере, подключите один конец кабеля USB к нижнему порту USB на системе
MiniOpticon, а другой конец – к компьютеру. Верхний порт является выходом USB,
который позволяет Вам соединять последовательно несколько приборов.

3.3 Включение и выключение системы MiniOtpicon


Выключатель питания расположен в правой части задней стороны системы
MiniOpticon (смотрите Рисунок 2-2). Для включения системы MiniOpticon нажмите на
выключатель так, чтобы сторона с отметкой "1" была утоплена. Термоциклеру
требуется несколько минут для прогрева, после чего система MiniOpticon
включается.

Убедитесь, что система MiniOpticon подключена к компьютеру и включена, прежде


чем запустить программное обеспечение Opticon Monitor™. Зеленый индикатор
запуска, расположенный на передней стороне оптического модуля MiniOpticon
(смотрите Рисунок 2-1), светится только во время прохождения протокола.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 3-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

3.4 Открывание и закрывание прибора MiniOpticon


Для доступа к реакционному модулю системы MiniOpticon поворачивайте против
часовой стрелки зеленую ручку, расположенную на передней стороне прибора, пока
она не защелкнется в открытом положении. Поверните влево наружную сторону
всего оптического модуля.

Для того, чтобы закрыть прибор поверните оптический модуль назад, в прежнее
положение, затем поверните по часовой стрелке зеленую ручку. Оптический модуль
и ручка имеют пружинные механизмы, которые способствуют закрытию.

Примечание: Не открывайте прибор MiniOpticon, когда светится зеленый индикатор


запуска. Открывание, особенно во время сканирования реакционного модуля,
может прервать программное управление прибором.

3.5 Установка пробирок с образцами в реакционный


модуль
Для обеспечения однородного нагревания и охлаждения образцов, пробирки с
образцами должны находиться в полном контакте с лунками реакционного модуля.
Надлежащий контакт обеспечивается следующими действиями:
• Перед загрузкой образцов проверяйте, что реакционный модуль находится в
чистом состоянии (смотрите указания по чистке в Главе 9)
• Плотно прижмите пробирки или 48-луночный ПЦР-планшет к реакционному
модулю (смотрите рекомендации о пробирках и ПЦР-планшетах в разделе
"Выбор пробирок" Главы 4)
• Bio-Rad настоятельно рекомендует не использовать масло при установке
пробирок в нагретый реакционный модуль

Совет: Осадите образцы в пробирках или ПЦР-планшетах перед установкой в


реакционный модуль термоциклера. Пузырьки воздуха в образцах или капли на
поверхности пробирок могут повлиять на результаты.

3-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Совместимые реактивы,
4 расходный пластик

4.1 Оптическая система......................................................................................................... 4-2


4.2 Совместимые реактивы ................................................................................................. 4-2
4.2.1 Краситель SYBR Green I.................................................................................. 4-2
4.2.2 Молекулярные маяки....................................................................................... 4-3
4.2.3 Гидролизируемые зонды (Зонды TaqMan) .................................................... 4-4
4.2.4 Зонды Scorpions ............................................................................................... 4-4
4.2.5 Универсальная детектирующая система Amplifluor...................................... 4-5
4.2.6 Флюоресцирующие праймеры LUX ................................................................ 4-5
4.3 Выбор пробирок ............................................................................................................... 4-5
4.4 Герметизация пробирок .................................................................................................. 4-6
4.4.1 Герметизация с помощью оптических крышек и нагретой крышки ............. 4-6
4.4.2 Герметизация с помощью жидкого воска Chill-out ........................................ 4-6
4.5 Таблица выбора пробирок и крышек для оптических экспериментов................. 4-7
4.6 Рекомендации по объему реакционной смеси........................................................... 4-7

4-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

4.1 Оптическая система


В системе MiniOpticonTM используется матрица из 48 светодиодов для
последовательного освещения каждой из 48 лунок для образцов в блоке
термоциклера. Светодиоды эффективно возбуждают флюорофоры со спектром
поглощения в диапазоне 470-505 нм. В системе MiniOpticon используется два
фотодиода с фильтрами для детекции флюоресценции. Первый канал
оптимизирован для детекции флюорофоров со спектром излучения в диапазоне
523-543 нм, таких как SYBR Green I и FAM. Второй канал оптимизирован для
детекции флюорофоров со спектром излучения в диапазоне 540-700 нм.

Детектор MiniOpticon откалиброван на заводе и не требует дополнительной


калибровки перед использованием. Смотрите в Главе 10 указания о том, как
проверить калибровку детектора и как при необходимости выполнить повторную
калибровку.

4.2 Совместимые реактивы


Система MiniOpticon совместима с популярными флюоресцентными красителями,
включая краситель SYBR Green I, молекулярные маяки, гидролизируемые зонды
(зонды TaqMan), зонды Scorpions и систему Amplifluor, а также флюоресцирующие
праймеры LUX. Если у Вас имеются вопросы по поводу совместимости конкретного
реактива с системой MiniOpticon, то свяжитесь со службой технической поддержки
Bio-Rad по телефону 888-652-9253.

4.2.1 Краситель SYBR Green I


SYBR Green I (доступный от компании Molecular Probes, Inc. of Eugene, Oregon)
является красителем, интеркалирующим в двунитевую ДНК. Благодаря тому, что
флюоресценция красителя SYBR Green I значительно увеличивается при
связывании с двунитевой ДНК, он является идеальным красителем для
обнаружения продуктов амплификации. Максимальное поглощение красителя
SYBR Green I примерно равно 497 нм, а максимум излучения – около 529 нм.1

SYBR Green I обеспечивает несколько преимуществ при обнаружении нуклеиновых


кислот в реальном времени. Благодаря тому, что SYBR Green I связывается со
всеми двунитевыми ДНК, его не нужно оптимизировать для отдельных образцов.
Поэтому протоколы могут адаптироваться быстро и при относительно малых
затратах. Кроме того, благодаря тому, что несколько молекул SYBR Green I
связываются с единственным продуктом амплификации, краситель SYBR Green I
является очень чувствительным. С другой стороны, из-за того, что SYBR Green I
связывается со всеми двунитевыми ДНК, ложно-положительные сигналы,
обусловленные димерами праймеров, вторичной структурой или начальными
неспецифичными взаимодействиями праймеров с целевой последовательностью
могут влиять на точный количественный анализ. Измерение флюоресценции при
повышенных температурах может помочь уменьшить детекцию неспецифических
продуктов.2 Выполнение анализа кривых плавления может помочь в определении
температур оптимального отжига и считывания флюоресценции в образцах, чтобы
избежать детекции ложно-положительных сигналов. Анализ кривых плавления
может также использоваться для анализа однородности ампликонов после
амплификации.

Bio-Rad рекомендует использовать буферные растворы, содержащие 5%


диметилсульфоксид (DMSO), с 1X или меньшей концентрацией красителя SYBR
Green I вместе с системой MiniOpticon. Для дополнительной информации по поводу
оптимизации протоколов, использующих SYBR Green I, вместе с полимеразами,
доступными от компании Bio-Rad, свяжитесь со службой технической поддержки
Bio-Rad по телефону 888-652-9253.

1
Molecular Probes, Inc.
2
Morrison, T.B., J.J. Weis and C.T. Wittwer. 1998. Biotechniques (Биометоды) 24:954-962.

4-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Совместимые реактивы, сосуды для образцов и опции герметизации „

4.2.2 Молекулярные маяки


Молекулярные маяки ("молекулярные биконы") представляют собой
модифицированные флюорофорами олигонуклеотидные зонды и имеют структуру
стержень-петля в отсутствии целевой последовательности. В такой "шпилечной"
конфигурации флюорофор-донор на одном конце молекулы оказывается в тесной
близости с флюорофором-акцептором (или гасителем) на другом конце молекулы.
Световая эмиссия с флюорофора-донора передаётся на флюорофор-акцептор и с
него, либо распространяется в более длинноволновом спектре, либо в тепловом
(инфракрасном) спектре в случае истинного гасителя.

Молекулярные маяки сконструированы таким образом, что петля, которая обычно


имеет длину в 15-30 нуклеотидов, является комплементарным участком для
целевой последовательности. Концевые участки или плечи, фланкирующие петлю,
которые обычно имеют длину в 5-7 нуклеотидов, комплементарны друг другу и
формируют стержневую структуру. Флюорофор находится на одном плече, а
гаситель – на другом. Структруа молекулярных маяков должна быть тщательным
образом подобрана так, чтобы при температуре отжига в присутствии целевой
последовательности бикон комплементарно с ней взаимодействовал, но при
отстутствии целевой последовательности – формировал "шпильку. Когда петля
бикона комплементарно взаимодействует с целевой последовательностью,
конформационное изменение зонда обуславливает пространственное
разграничение флюорофора и гасителя. В таком состоянии, при возбуждении
флюорофора происходит излучение света с определённой длиной волны.

Одним преимуществом молекулярных маяков является то, что в отличие от SYBR


Green, молекулярные маяки сиквенс-специфически взаимодействуют с целевой
последовательностью. Большая специфичность, включая обнаружение одиночных
нуклеотидных полиморфизмов (SNPs), возможна только при тщательно
подобранных молекулярных маяках при оптимальных условиях реакции
(температура, буферный раствор). Основным недостатком молекулярных маяков
является то, что каждый зонд должен быть тщательно и уникально подобран для
обнаружения конкретной целевой последовательности.

Молекулярные маяки являются технологией, запатентованной Нью-йоркским


исследовательским институтом здравоохранения (Public Health Research Institute of
New York, NY) и доступны от множества лицензированных поставщиков. При
создании молекулярных маяков для использования с системой MiniOpticon должны
применяться флюорофоры со спектрами возбуждения и излучения, попадающими в
диапазоны возбуждения (470-505 нм) и детекции (523-543 нм, 540-700 нм) системы
MiniOpticon, такие как FAM. Истинные гасители или гасящие флюорофоры могут
использоваться вместе с системой MiniOpticon.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 4-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

4.2.3 Гидролизируемые зонды (Зонды TaqMan)


Зонды TaqMan являются запатентованной технологией и доступны от множества
лицензированных поставщиков. Они являются олигонуклеотидными зондами, чья
флюоресценция зависит от амплификации целевой последовательности. Зонды
TaqMan конструируются таким образом, чтобы оптимальным образом
комплементарно взаимодействовать с целевой последовательностью на стадии
отжига и/или элонгации, находясь между прямым и обратным праймерами.
Излучающий флюорофор присоединяется к 5’-позиции зонда, а гаситель – к 3’-
позиции зонда.

Без комплементарного взаимодействия с целевой последовательностью,


возбуждение 5’-флюорофора зонда гасится из-за его близости к 3’-гасителю. На
стадии отжига и/или элонгации целый зонд комплементарно взаимодействует с
целевой последовательностью. На этой стадии полимераза, обладая 5’-
экзонуклеазной активностью, гидролизует зонд, отделяя флюорофор от гасителя.
Освобожденные молекулы флюорофора накапливаются по мере увеличения
количества циклов, поэтому увеличение флюоресценции пропорционально
количеству амплифированного продукта.

Преимуществом зондов TaqMan, особенно для количественного анализа, является


то, что флюоресценция зависит не только от присутствия конкретной целевой
последовательности, но также и от амплификации этой последовательности.
Однако, подобно молекулярным маякам, зонды TaqMan должны индивидуально
конструироваться для конкретных целей. Смотрите в разделе 4.2.2. "Молекулярные
маяки" рекомендации по использованию флюорофоров и гасителей с системой
MiniOpticon.

4.2.4 Зонды Scorpions


Зонды Scorpions (доступные от лицензированных поставщиков) содержат
амплификационный праймер, связанный через интрелинкер, содержащий
ограничитель амплификации, с сиквенс-специфическим зондом, комплементарным
целевой последовательности. Последовательности, фланкирующие зонд, являются
комплементарными друг другу и могут формировать структуру "шпильки". Эта
структура обуславливает тесное взаимодействие флюорофора и гасителя.

Во время амплификации матричный синтез целевой последовательности


происходит из-за амплификационного праймера, находящегося в зонде Scorpions.
Во время денатурации шпилечная структура нарушается. После денатурации
сиквенс-специфический участок зонда Scorpions комплементарно взаимодействует
с целевой последовательностью так, что оригинальная структура шпильки не
формируется повторно. Таким образом, флюорофор и гаситель разделяются, и
вследствие этого можно обнаружить флюоресцентное излучение. При отсутствии
целевой последовательности ограничитель амплификации препятствует элонгации
зонда, которое может привести к размыканию шпильки, и вследствие этого к
обнаружению флюоресценции.

В связи с тем, что зонд Scorpions интегрируется в ампликон, имеется прямая


взаимосвязь между количеством ампликонов и величиной флюоресценции.

Смотрите в разделе 4.2.2. "Молекулярные маяки" рекомендации по использованию


флюорофоров и гасителей с системой обнаружения MiniOpticon.

4-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Совместимые реактивы, сосуды для образцов и опции герметизации „

4.2.5 Универсальная детектирующая система Amplifluor


Система Amplifluor (доступная от компании Intergen Company of Purchase, NY)
использует универсальный праймер, который излучает сигнал флюоресценции,
только будучи интегрированным в продукт амплификации. Универсальный праймер
содержит 18-нуклеотидную фланкирующую последовательность ("Z-
последовательность"), объединенную со шпилечной структурой, несущую
флюорофор и гаситель. В первом раунде амплификация обусловлена наличием
сиквенс-специфических праймеров, один из которых на своём 5’-конце содержит Z-
последовательность. В следующем раунде амплификации комплементарный к Z-
последовательности участок интегрируется в ампликон. Затем универсальный
праймер комплементарно взаимодействует с Z-последовательностью и
обеспечивает матричный синтез. В следующем цикле матричный синтез
продолжается за счет универсального праймера, интегрируемого в ампликон. В
этом процессе шпилечная структура нарушается, обуславливая флюоресцентный
сигнал, который пропорционален количеству ампликонов.

Смотрите в разделе 4.2.2. "Молекулярные маяки" рекомендации по использованию


конкретных флюорофоров и гасителей с системой обнаружения MiniOpticon.

4.2.6 Флюоресцирующие праймеры LUX


Флюоресцирующие праймеры LUX (Light Upon eXtension) (Свет от синтеза)
(доступные от компании Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA) поступают в виде
набора инициаторов. Один инициатор отмечен одиночным флюорофором, тогда как
остальные инициаторы являются непомеченными. Помеченный инициатор
предназначен для формирования шпилечной петли, которая вызывает внутреннее
гашение флюорофора. Когда инициатор связывается с целью и начинается
расширение, инициатор внедряется в двунитевой продукт ПЦР, и флюоресценция,
излучаемая флюорофором, увеличивается. Эти инициаторы являются
чувствительными, направленными на конкретную цель и позволяют выполнять
анализы кривой плавления. Хотя инициаторы должны создаваться специально для
интересующей цели, они не требуют дополнительных зондов, как в системе
TaqMan.

Смотрите в разделе 4.2.2. "Молекулярные маяки" рекомендации по использованию


конкретных флюорофоров и гасителей с системой обнаружения MiniOpticon.

4.3 Выбор пробирок


Для оптимальной чувствительности в анализе, связанном с обнаружением
флюоресценции, мы рекомендуем стрипы с тонкостенными пробирками, емкостью
0,2 мл, и микроплашки с непрозрачными белыми стенками. Bio-Rad предлагает
плашки и пробирки ПЦР с непрозрачными белыми стенками или прозрачными
стенками, созданными для оценок обнаружения флюоресценции и
оптимизированными для обеспечения полного соответствия блоку для образцов
системы MiniOpticon (смотрите раздел 4.5 "Таблица выбора сосудов для образцов и
герметизации для оптических анализов").

Микроплашки и пробирки с темными стенками могут быть полезными для


приложений, требующих очень низкого уровня фонового освещения, однако
величина сигнала существенно уменьшается при применении плашек и пробирок с
темными стенками.

Примечание: Заводская калибровка системы MiniOpticon выполняется с


прозрачными и непрозрачными белыми микроплашками.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 4-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

4.4 Герметизация пробирок


Необходимо предпринять меры для предотвращения испарения воды из
испытываемых смесей во время ПЦР, чтобы не допустить изменения концентрации
реагентов. Только слой воска, такого, как жидкий воск Chill-outTM, полностью
предотвратит испарение из сосудов с образцами. Однако достаточная степень
защиты может быть достигнута с помощью герметизации оптическими крышками и
циклического нагрева образцов с использованием нагретой пробки для
предотвращения конденсации.

4.4.1 Герметизация с помощью оптических крышек и нагретой


крышки
Нагретая крышка поддерживает верхнюю часть сосудов с образцами при более
высокой температуре, чем температура реакционной смеси. Это препятствует
конденсации испарившихся водяных паров на стенках пробирок, поэтому
концентрация раствора не изменяется при циклировании. Нагретая крышка также
оказывает давление на крышки пробирок, загруженных в реакционный модуль. Это
давление помогает поддерживать герметизацию, устойчивую к воздействию пара, а
также прочно установить в блоке пробирки и микроплашки для более эффективного
переноса тепла на образцы и с образцов.

Оптические крышки должны использоваться вместе с нагретыми крышками для


предотвращения утечек пара. Сверхпрозрачные полоски оптических крышек
(доступные от компании Bio-Rad) обеспечивают хорошую передачу света для
обнаружения флюоресценции и герметизацию, устойчивую к воздействию пара.
Плотно пригнанные крышки лучше всего приспособлены для предотвращения
утечек пара.

Примечание: Когда пробирки охлаждаются до температуры окружающего воздуха,


кольцо конденсации может образоваться в пробирках выше уровня жидкости, но
ниже верхней стороны блока для образцов. Это явление не должно вызывать
беспокойства, так как оно происходит только на завершающей стадии охлаждения,
когда ПЦР завершена.

4.4.2 Герметизация с помощью жидкого воска Chill-outTM


Прозрачный жидкий воск Chill-out (доступный от компании Bio-Rad) может
использоваться для герметизации сосудов с образцами, применяемых для
оптических анализов. Прозрачный жидкий воск Chill-out является такой же простой
в использовании альтернативой, как и воск Chill-out, окрашенный в красный цвет,
однако прозрачный воск Chill-out обеспечивает превосходную передачу света для
оптимальной работы в ПЦР реального времени. Жидкий воск Chill-out обеспечивает
100% защиту от утечек конденсата и пара. При комнатной температуре и выше это
покрытие является прозрачным и может наноситься пипеткой. Охлажденный
жидкий воск затвердевает при температуре ниже 10°C. Используйте только
небольшое количество жидкого воска Chill-out; обычно достаточно 1–3 капли
(15–50 микролитров). (Примечание: включите этот объем в общий объем при
настройке протокола с вычисляемым управлением). Используйте одинаковое
количество воска для всех стенок, чтобы обеспечить однородный профиль
изменения температуры.

4-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Совместимые реактивы, сосуды для образцов и опции герметизации „

4.5 Таблица выбора пробирок и крышек для оптических


анализов
Следующие сосуды для образцов и следующие варианты герметизации
рекомендуются для использования с системой MiniOpticon и доступны от компании
Bio-Rad. Для размещения заказа позвоните по номеру 888-729-2165 или отправьте
факс по номеру 888-729-2166.

Изделие Номер в каталоге Особенности изделия


Сосуды для
образцов
• Идеально для небольшого
TBS-0201 – прозрачные количества образцов
Полоски на 8 TBS-0801 – низкопрофильные, • Используйте белые стенки для
пробирок с емкостью прозрачные получения максимального сигнала
0,2 мл TBS-0801 – низкопрофильные, • Используйте прозрачные стенки для
белые непрозрачные получения однородного сигнала и
для просмотра образца
MLP-4801 – 48 позиций, • Идеально, если количество
Микроплашки без прозрачные образцов меньше 48 – микроплашки
бортиков MultiplateTM MLP-2401 – 24 позиции, могут быть обрезаны по размеру
прозрачные
• Идеально, если количество
образцов меньше 48 – микроплашки
MLL-4801 – 48 позиций, могут быть обрезаны по размеру
Низкопрофильные прозрачные • Используйте белые стенки для
микроплашки без
MLL-4801 – 48 позиций, получения максимального сигнала
бортиков Multiplate
непрозрачные белые • Используйте прозрачные стенки для
получения однородного сигнала и
для просмотра образца
Варианты герметизации
Полоски плоских • Сверхчистые – для хорошей
оптических крышек TCS-0803 передачи света
для 8 сосудов • Объемы ПЦР свыше 5 микролитров
• Заменяет покрытие минеральным
Жидкий воск
маслом
оптического качества CHO-1411
• Хорошая передача света
Chill-outTM
• Объемы ПЦР свыше 2 микролитров

4.6 Рекомендации по объему реакции


Объемы реакции, равные 20–100 микролитрам, рекомендуются для большинства
приложений. Однако имеет смысл опытным путем оптимизировать концентрацию
реагентов и объемы образцов вместе с системой MiniOpticon, так как
чувствительность оптической системы часто позволяет уменьшать затраты на
анализы за счет уменьшения концентрации реагентов. Могут использоваться
объемы до 10 микролитров, хотя при этом чувствительность может слегка
понизиться.

Максимальный рекомендуемый объем образца равен 100 микролитрам. Объемы,


превышающие 100 микролитров, не поддерживают надлежащий контакт со
стенками блока для образцов, что приводит к неоднородному нагреву и
охлаждению внутри образца.

Объем реакции используется для подсчета температуры образца во время прогона


с вычисляемым управлением (смотрите раздел 6.4.3, "Выбор температуры и
режимов управления крышкой"). Поэтому, температурная точность
оптимизирована, если все образцы имеют одинаковый объем.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 4-7


5 Введение в программное
обеспечение Opticon
Monitor™

5.1 Введение ............................................................................................................................ 5-2


5.2 Как работает программное обеспечение Opticon Monitor ........................................ 5-2
5.3 Запуск и управление программным обеспечением Opticon Monitor ..................... 5-3
5.4 Элементы окна Opticon Monitor..................................................................................... 5-4
5.5 Выход из программного обеспечения Opticon Monitor ............................................ 5-5
5.6 Файловые расширения Opticon Monitor ...................................................................... 5-6
5.7 Какую версию программного обеспечения Opticon Monitor Вы используете? .. 5-6
5.8 Просмотр регистраций .................................................................................................... 5-6

5-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

5.1 Введение
Программное обеспечение Opticon Monitor управляет всеми операциями системы
MiniOpticon. В этой главе Вы получите общее представление о программном
обеспечении Opticon Monitor, а также ознакомитесь с основами запуска и
управления программным обеспечением. В главе 6 описаны экспериментальная
настройка и программирование. В главе 7 обсуждаются инициализация и состояние
прогона, а глава 8 посвящено анализу данных. Это руководство соответствует
версии 3.0 программного обеспечения Opticon Monitor.

5.2 Как работает программное обеспечение Opticon Monitor


Программное обеспечение Opticon Monitor организовано так, что различные типы
операций доступны из разных экранов. Операции могут быть разделены на три
стадии: экспериментальная настройка, сбор данных и текущий контроль, а также
анализ данных.

1. Экспериментальная настройка и программирование. Операции настройки и


программирования доступны из окна Master File (Основной файл). Основной файл
состоит из файла плашки, который задает параметры (например, содержание
ячейки) плашки, и протокольного файла, который задает экспериментальные
условия (например, температуру инкубации и выбор времени измерений
флюоресценции). Пользователи могут создавать новые файлы или использовать
существующие файлы, в их текущей форме или после редактирования.

2. Инициализация и состояние прогона. После того, как настройка плашки и


протокола создана или выбрана, может быть инициализирован прогон.
Пользователь может остановить прогон в любое время и при необходимости может
пропускать этапы протокола. Окно Status (Состояние) появляется автоматически
после инициализации прогона и может использоваться для наблюдения за
процессом прогона и выполняемым температурным профилем образца, блока
и/или крышки. Сбор данных может контролироваться во время прогона путем
просмотра графика зависимости интенсивности флюоресценции относительно
номера цикла.

3. Анализ данных. В зависимости от типа собираемых данных (как задано в


основном файле), данные могут анализироваться, используя окна Quantitation
(Количественный анализ), Melting Curve (Кривая плавления) и/или Analysis
(Анализ). Начальный номер копии может быть задан или во время, или после
прогона, используя функции в окне Quantitation для установки линии порога для
определения значений CT, просмотра и настройки автоматически генерируемой
стандартной кривой, и интерполяции образцов с неизвестными концентрациями
шаблонов относительно кривой. Если был выполнен анализ плавления, то профиль
плавления, включающий зависимость интенсивности флюоресценции относительно
температуры и/или отрицательной первой производной (-dl/dt) интенсивности
флюоресценции относительно температуры, может просматриваться в окне Melting
Curve. Генотипный и аналитический анализы доступны в окне Analysis.

5-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Введение в программное обеспечение Opticon Monitor™ „

5.3 Запуск и управление программным обеспечением


Opticon Monitor
Программное обеспечение Opticon Monitor должны быть установлено на
компьютере до его подключения к системе MiniOpticon. Смотрите дополнительные
указания в разделе 3.2.4 "Установка программного обеспечения Opticon Monitor".

Для запуска программного обеспечения Opticon Monitor выберите пункт Programs


(Программы) в меню Start (Пуск) Windows и затем пункт Opticon Monitor 3.0. При
первом запуске программного обеспечения, окно Opticon Monitor отобразит шаблон
нового основного файла. При последующих запусках будет появляться наиболее
часто просматриваемый шаблон основного файла. Вы можете также запустить
программное обеспечение Opticon Monitor двойным щелчком по существующему
основному (.mast) файлу, файлу плашки (.plate), файлу протокола (.prot) или файлу
данных (.tad). В этом случае отобразится выбранный файл.

Выпадающее меню Окно отображения Setup/Status/Analysis


(Настройка/Состояние/Анализ)

Инструментальная
линейка

Окно состояния
прогона

Рисунок 5-1. Элементы окна Opticon Monitor

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 5-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

5.4 Элементы окна Opticon Monitor


Окно Opticon Monitor содержит следующие панели:

Выпадающее меню обеспечивает доступ ко многим функциям, включая функции,


экспортирующие данные, создающие калибровочные файлы для конкретных
красителей, а также просматривающие сообщения и регистрации ошибок.
Конкретные пункты меню будут описаны в последующих главах вместе с
описаниями конкретных функций этих пунктов.

Окно Setup/Status/Analysis отображает опции и данные, относящиеся к


различным типам операций, которые выполняет Opticon Monitor (то есть
экспериментальную настройку, текущий контроль прогона и анализ данных).

Инструментальная панель содержит кнопки, которые служат основным


средством управления прогоном и перемещения между окнами
настройки/программирования, прогона/состояния и анализ данных. Только
кнопки, имеющие синий фон, доступны в данное время. Например, кнопка
Melting Curve является серой, что означает для Вас невозможность
перемещения в окно анализа Melting Curve, пока не открыт файл данных,
который содержит данные кривой плавления.

Экспериментальная настройка и
программирование

Инициализация и текущий контроль прогона

Анализ данных

Рисунок 5-2. Инструментальная линейка

5-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Введение в программное обеспечение Opticon Monitor™ „

Окошко состояния прогона показывает текущее состояние термоциклера. Если


прибор не подключен к компьютеру, то панель показывает "No Instrument" ("Нет
прибора"), а остальная информация состояния отображается в сером цвете
(смотрите Рисунок 5-3). Если прибор подключен, то окошко состояния прогона
указывает, какой протокол запущен, и дает дополнительную информацию, как
описано в Главе 7.

Рисунок 5-3. Окошко состояния прогона

5.5 Выход из программного обеспечения Opticon Monitor


Производите выход из программного обеспечения Opticon Monitor путем выбора
пункта Exit (Выход) из меню File (Файл) или щелчком по кнопке закрытия,
расположенной в верхнем правом углу строки заголовка. Если протокол
выполняется, то Вы должны остановить протокол, прежде чем выходить из
программного обеспечения Opticon Monitor.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 5-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

5.6 Файловые расширения Opticon Monitor


При сохранении файлов программное обеспечение Opticon Monitor автоматически
добавляет одно из следующих файловых расширений:
.mast Основной файл: Управляет прогоном путем задания того, какой файл
плашки и файл протокола должны применяться во время прогона.
.plate Файл плашки: Задает содержание 48 ячеек, любые описательные метки
ячеек, которые были назначены, калибровочные файлы для используемых
типов плашки и красителей и значение любого стандарта количественного
анализа для использования при генерации стандартной кривой.
.prot Файл протокола: Задает порядок и параметры этапов протокола, включая
температурные инкубации, считывания плашек, температурные градиенты,
шаги переходов и кривые плавления.
.tad Файл данных: Содержит данные о флюоресценции и температуре,
собранные во время прогона, а также любые выбранные опции и параметры
анализа.

5.7 Какую версию программного обеспечения Opticon


Monitor Вы используете?
Для определения того, какая версия программного обеспечения Opticon Monitor
установлена в настоящее время на Вашем компьютере, выберите пункт About
Opticon Monitor (О программном обеспечении Opticon Monitor) из меню Help
(Помощь). Данное руководство соответствует версии 3.0 программного
обеспечения Opticon Monitor.

5.8 Просмотр регистраций


Для просмотра записи операций, выполненных программным обеспечением Opticon
Monitor выберите пункт Message log (Регистрация сообщений) из выпадающего
меню View (Просмотр).

Для просмотра списка сообщений об ошибках выберите пункт Error log


(Регистрация ошибок) из выпадающего меню View.

5-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная
6 настройка и
программирование

6.1 Обзор экспериментальной настройки и программирования .................................. 6-3


6.2 Окно Master File................................................................................................................. 6-4
6.2.1 Элементы окна Master File ................................................................................... 6-4
6.2.2 Управление пользователями ............................................................................... 6-5
6.2.2.1 Добавление новых пользователей......................................................... 6-5
6.2.2.2 Задание пользователя ............................................................................ 6-6
6.2.2.3 Удаление пользователей ........................................................................ 6-6
6.2.3 Выбор прибора ...................................................................................................... 6-6
6.2.4 Использование меню быстрой загрузки.............................................................. 6-7
6.3 Создание файла плашки ................................................................................................. 6-7
6.3.1 Что такое файл плашки? ...................................................................................... 6-7
6.3.2 Доступ к окну Plate Setup...................................................................................... 6-8
6.3.3 Элементы окна Plate Setup .................................................................................. 6-8
6.3.4 Начало настройки плашки – задание типа плашки и красителей .................... 6-9
6.3.4.1 Использование некалиброванных красителей ................................... 6-10
6.3.5 Выбор и снятие выбора ячеек............................................................................ 6-10
6.3.6 Задание содержания ячейки .............................................................................. 6-11
6.3.7 Просмотр содержания ячейки на схеме плашки .............................................. 6-12
6.3.7.1 Отображение схемы плашки, принятой по умолчанию ...................... 6-12
6.3.7.2 Фиксированные секции ячеек ............................................................... 6-12
6.3.7.3 Выделение содержания для красителя ............................................... 6-13
6.3.8 Использование пассивных ссылок .................................................................... 6-14
6.3.9 Назначение описаний ячеек............................................................................... 6-14
6.3.10 Просмотр информации ячеек в панели ячеек ................................................ 6-14
6.3.11 Задание групп ячеек ......................................................................................... 6-15
6.3.12 Создание наборов ячеек .................................................................................. 6-16
6.3.13 Задание стандартов количественного анализа ............................................. 6-18

Содержание продолжается на следующей странице

6-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.3.14 Перенесение информации о плашке из Microsoft Excel ................................ 6-19


6.3.15 Выход из окна Plate Setup ................................................................................ 6-20
6.3.16 Сохранение файла плашки .............................................................................. 6-20
6.4 Создание файла протокола.......................................................................................... 6-21
6.4.1 Элементы окна Protocol Setup ........................................................................... 6-21
6.4.2 Объем реакции .................................................................................................... 6-22
6.4.3 Выбор режимов управления температурой и крышкой ................................... 6-22
6.4.3.1 Режимы управления температурой...................................................... 6-22
6.4.3.2 Режимы управления крышкой............................................................... 6-23
6.4.4 Ввод нового протокола ....................................................................................... 6-24
6.4.4.1 Пример протокола ................................................................................. 6-24
6.4.4.2 Температурный шаг ............................................................................... 6-25
6.4.4.3 Шаг градиента ........................................................................................ 6-27
6.4.4.4 Вычислитель градиента ........................................................................ 6-28
6.4.4.5 Шаг считывания плашки........................................................................ 6-29
6.4.4.6 Добавление нескольких шагов температуры, градиента или
считывания плашки............................................................................... 6-29
6.4.4.7 Шаг безусловного перехода.................................................................. 6-29
6.4.4.8 Шаг кривой плавления........................................................................... 6-30
6.4.5 Редактирование шага протокола....................................................................... 6-31
6.4.6 Удаление шага протокола .................................................................................. 6-31
6.4.7 Внесение шага протокола между существующими шагами............................ 6-31
6.4.8 Выход из окна Protocol Setup ............................................................................. 6-31
6.4.9 Сохранение файла протокола ........................................................................... 6-31
6.5 Сохранение основного файла ..................................................................................... 6-32
6.6 Назначение существующих файлов плашки и протокола основному файлу ... 6-32
6.7 Повторное использование основных файлов......................................................... 6-32

6-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

6.1 Обзор экспериментальной настройки и


программирования
Перед тем, как прогонять протокол в системе MiniOpticon, Вы должны сообщить
системе, что содержит каждая ячейка микроплашки, последовательность и
продолжительность температурных инкубаций, используемых в прогоне, а также,
когда во время прогона детектор должен собирать данные о флюоресценции. Эти
указания даются в файлах плашки и протокола. Файл плашки задает содержание
ячеек, любые описательные метки ячеек, которые были назначены пользователем,
калибровочные файлы для используемого типа плашки и красителей и значение
любого стандарта количественного анализа для использования при генерации
стандартной кривой. Файл протокола задает порядок и параметры температурных
инкубаций, считывания плашек, температурные градиенты, шаги циклов
(безусловных переходов) и процедуры плавления, подлежащие использованию в
экспериментальном прогоне. Файл протокола также задает объем реакции, способ
температурного контроля и настройки нагретой крышки.

Файлы плашки и файлы протокола создаются независимо друг от друга. Это


позволяет Вам запускать разные сохраненные протоколы с одинаковой настройкой
плашки, или одинаковый протокол с разными сохраненными настройками плашки,
без необходимости повторного создания файлов плашки и протокола для каждой
новой комбинации. Основной файл связывает конкретный файл плашки и
конкретный файл протокола для использования в текущем прогоне.

В этой главе описываются:


• Элементы окон Master File, Plate Setup и Protocol Setup
• Как создать новые файлы плашки и протокола и как назначить их основному
файлу
• Как назначить существующие файлы плашки и протокола, с изменениями или
без изменений, основному файлу
• Как повторно использовать и редактировать существующие основные файлы.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.2 Окно Master File


При запуске программного обеспечения Opticon Monitor (смотрите Главу 5) окно
Opticon Monitor покажет новый основной файл (первый запуск) или последний
использовавшийся основной файл (последующие запуски). Все операции настройки
и программирования доступны из окна Master File. Если показывается другое окно,
то щелкните по кнопке Master (Основной) на инструментальной линейке для
просмотра окна Master File.
Панель Master File

Кнопки нового
прогона
Поле пользователя

Панель
инструментов

Панель Plate Setup


(Настройка плашки)

Панель Protocol
Setup (Настройка
протокола)

Рисунок 6-1. Окно Master File

Если окно Master File отображает основной файл из эксперимента предыдущего


прогона, то щелкните по кнопке Prepare New Run (Подготовить новый прогон) в
верхней панели окна Master File для очистки шаблонов основного файла, файла
плашки и файла протокола. Если Вы хотите использовать тот же или же слегка
изменить настройку плашки и/или протокол для другого прогона, то следуйте
указаниям раздела "Повторное использование основных файлов" в конце этой
главы.

6.2.1 Элементы окна Master File


Окно Master File содержит следующие панели:

Панель Master File (Основной файл) используется для создания новых (New)
основных файлов, открытия (Open) ранее созданных основных файлов и
сохранения (Save) файлов – щелчком по соответствующей кнопке на левой стороне
панели. Вы можете также открыть сохраненный основной файл, выбрав его из
выпадающего меню в поле Quick Load (Быстрая загрузка) (смотрите раздел 6.2.4
"Использование меню быстрой загрузки"). Панель Master File также содержит
кнопки для повторения прогона или подготовки нового прогона, описанные выше, и
поле для управления пользователями, описанное в следующем разделе.

Панель Instrument (Прибор) используется для выбора, какой прибор будет


использоваться для прогона эксперимента, если несколько приборов подключены к
компьютеру. Смотрите раздел 6.2.3 "Выбор прибора" для дополнительной
информации.

6-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

Панель Plate Setup (Настройка плашки) используется для назначения файлов


плашки основному файлу. Вы можете создать новый (New) файл, открыть (Open)
ранее созданный файл, редактировать (Edit) файл и сохранить (Save) файл
щелчком по соответствующей кнопке на левой стороне панели. Вы можете также
открыть файл, выбрав его из выпадающего меню в поле Quick Load (смотрите
раздел 6.2.4 "Использование меню быстрой загрузки"). После открытия или
создания файла плашки в таблице отображается сводка содержания, и схема
плашки в панели Plate Setup. Смотрите раздел 6.3.15 "Выход из окна Plate Setup"
для дополнительной информации.

Панель Protocol Setup (Настройка протокола) используется для назначения файлов


протокола основному файлу. Вы можете создать новый (New) файл, открыть
(Open) ранее созданный файл, редактировать (Edit) файл и сохранить (Save)
файл щелчком по соответствующей кнопке на левой стороне панели. Вы можете
также открыть файл, выбрав его из выпадающего меню в поле Quick Load
(смотрите раздел 6.2.4 "Использование меню быстрой загрузки"). После открытия
файла протокола сводка протокола и графическое представление появится в
панели Protocol Setup. Смотрите раздел 6.4.8 "Выход из окна Protocol Setup" для
дополнительной информации.

6.2.2 Управление пользователями


Поле User (Пользователь) в панели Master File задает места хранения, принятые по
умолчанию для основного файла, файлов плашки, протокола и данных.
Добавление пользователя создает каталог с именем пользователя и создает
подкаталоги внутри этого каталога для сохранения четырех типов файлов. Если
конкретный пользователь не задан, то новые файлы сохраняются в каталоге Shared
(Общий).

6.2.2.1 Добавление новых пользователей

Для создания каталога нового пользователя щелкните по пиктограмме

пользователя в окне Master File.

Рисунок 6-2. Управление пользователями

В появившемся окне Manage Users (Управлять пользователями) выберите кнопку


Add (Добавить). Введите имя нового пользователя в окне New User (Новый
пользователь), затем щелкните по кнопке OK. В списке Users (Пользователи)
появится имя нового пользователя.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.2.2.2 Задание пользователя

Для выбора пользователя выберите имя из выпадающего списка в поле User


(Пользователь). Или же щелкните по пиктограмме пользователя, выделите имя
пользователя в появившемся окне Manage Users, затем щелкните по кнопке OK.
Каталог пользователя станет принятым по умолчанию местом для вновь
сохраняемых файлов.

6.2.2.3 Удаление пользователей

Для удаления пользователя из программного обеспечения Opticon Monitor


выберите имя пользователя в окне Manage Users и затем щелкните по кнопке
Remove (Удалить). Вас попросят подтвердить удаление пользователя, так как все
данные, связанные с этим пользователем, будут также удалены.

6.2.3 Выбор прибора


Если к компьютеру подключено несколько приборов, то используйте выпадающий
список в панели Instrument для выбора прибора, который Вы хотите запустить. Если
прибор, который Вы хотите использовать, не появился в выпадающем списке, то
убедитесь, что он подключен к компьютеру, затем выберите пункт Scan For
Instruments (Сканировать приборы) из выпадающего меню Instrument. При этом
прибор будет указан в выпадающем списке.

Если Вы хотите настроить эксперимент на компьютере, который в настоящее время


не подключен к прибору, то выберите Setting for [an Instrument] (Настройка для
[прибора]) из выпадающего списка.

Для повторной инициализации прибора, например, если он был неверно подключен


к компьютеру при запуске программного обеспечения Opticon Monitor, выберите
пункт Reinitialize Instrument (Повторно инициализировать прибор) из выпадающего
меню Instrument.

Если Вы хотите автоматически инициализировать текущий выбранный прибор при


запуске программного обеспечения Opticon Monitor, то выберите пункт Set Default
Instrument (Установить прибор по умолчанию) из выпадающего меню Instrument.

Опции настройки и анализа, доступные на других экранах, зависят от того, какой


прибор выбран в панели Instrument окна Master File. Это руководство будет
описывать и отображать опции, доступные для системы MiniOpticon. Если
MiniOpticon выбрана в панели Instrument, то для ячейки могут быть
назначены не более двух красителей.

6-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

6.2.4 Использование меню быстрой загрузки


Меню быстрой загрузки обеспечивает быстрый доступ к любому существующему
файлу плашки, протокола, данных или основному файлу.

Если в соответствующих панелях выбрана опция Masters (Основные), Plates


(Плашки) или Protocols (Протоколы), то все доступные файлы плашки, протокола
или основные файлы (но не файлы данных), которые были сохранены в каталоге
Shared или в индивидуальных каталогах пользователей, отобразятся в
выпадающем списке. Файлы перечисляются вместе с пользователем, связанным с
ними, как показано ниже.

Рисунок 6-3. Выпадающее меню быстрой загрузки

Выполните прокрутку, чтобы найти нужный файл в выпадающем меню, и выберите


файл.

Если выбрана опция Data Files, то все файлы данных перечисляются в


выпадающем меню. Выбор файла данных применит файл плашки, протокола или
основной файл, который использовался для генерации этого файла данных, к
текущему основному файлу.

6.3 Создание файла плашки


6.3.1 Что такое файл плашки?
Файл плашки описывает экспериментальную микроплашку. Программное
обеспечение Opticon Monitor использует информацию в этом файле для
интерпретации необработанных данных, собранных детекторами флюоресценции.
Файл плашки задает: (1) тип микроплашки и красители, используемые в
эксперименте, так что программное обеспечение может применять
соответствующие калибровочные файлы к данным; (2) классификацию
"содержания" (смотрите раздел 6.3.6 "Задание содержания ячейки")
индивидуальных ячеек, которая сообщает программному обеспечению, для каких
ячеек использовать разные типы калибровки, такие как вычитание фона и
генерация стандартной кривой; (3) количественные значения и единицы измерения
стандартов; и (4) описания ячеек для указания пользователем конкретных
компонентов реакции.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-7


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.3.2 Доступ к окну Plate Setup


Для создания нового файла плашки щелкните по кнопке New (Новый) в панели
Plate Setup окна Master File. Или же Вы можете изменить текущий загруженный
файл плашки, щелкнув по кнопке Edit (Редактировать). В обоих случаях появится
экран, показанный ниже.

Выбранные ячейки
Панель Wells/Sets
Схема Plate (Ячейки/Наборы)
(Плашка)

Выделенные
ячейки
Поле Plate Type
(Тип плашки)

Панель Dyes
(Красители)

Панель Contents
(Содержание)
Рисунок 6-4. Окно Plate Setup

6.3.3 Элементы окна Plate Setup


Окно Plate Setup содержит следующие панели; они будут более подробно описаны
в последующих разделах этой главы:

Схема Plate (Плашка) является представлением 48 ячеек, которые могут


использоваться в эксперименте. Ячейки в схеме Plate окрашены в соответствии с
содержанием, заданным для каждой ячейки: белый цвет для пустой ячейки, синий
для незаполненной ячейки, зеленый для стандартов, красный для образца и
оранжевый для пассивной ссылки (смотрите раздел 6.3.6 "Задание содержания
ячейки" и раздел 6.3.7 "Просмотр содержания ячейки на схеме плашки").
Обозначение, указывающее, какой цвет соответствует каждому типу реакции,
появляется под схемой плашки. Отметьте, что обозначение для пассивной ссылки
появляется, только если эта опция выбрана из выпадающего меню.

Поле Plate Type (Тип плашки) используется для указания типа и цвета стенок
(белая или прозрачная) сосудов, которые используются в эксперименте.

Панель Dyes (Красители), находящаяся в нижнем левом углу окна, используется


для выбора красителя(ей), отображаемого в панели Wells (Ячейки). Все
калиброванные красители перечислены в этой панели.

6-8 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

Панель Contents (Содержание) используется для назначения содержания для


ячеек, выбранных в схеме Plate, и для ввода описаний, которые появляются в
панели Wells. Краситель должен быть указан в панели Contents, чтобы
пользователь мог задать, какие ячейки содержат этот краситель и какой тип
содержания реакции был задан для них.

Панель в правой стороне экрана является панелью Wells (Ячейки) или панелью
Sets (Наборы), в зависимости от того, какая селективная кнопка выбрана с верхней
части панели. Если выбрана кнопка Wells, то панель отображает таблицу,
перечисляющую содержание и описания выбранных ячеек/красителей. Ячейки
могут быть также назначены группам ячеек в панели Wells. Если выбрана кнопка
Sets, то появляются кнопки для создания и редактирования наборов ячеек, а
панель отображает таблицу, перечисляющую все наборы, которые были заданы.
Ячейки и наборы могут сортироваться щелчком по заголовкам колонок в таблице.

6.3.4 Начало настройки плашки – задание типа плашки и красителей


Система MiniOpticon должна быть калибрована для типа реакционного сосуда и
красителей, которые используются в эксперименте. Система заранее калибрована
с помощью настроек для плашек (или пробирок) и многих популярных красящих
химикатов. Файлы калибровки плашки существуют для белых и прозрачных стенок.
Файлы калибровки красителя существуют для красителей FAM, SYBR Green I, HEX,
TET и VIC.

Для начала настройки новой плашки вначале выберите тип используемого сосуда
из выпадающего списка в поле Plate Type.

Далее выберите краситель(и), который будет применяться в эксперименте,


используя панель Dyes. Выбор красителя отображает список красителей в панели
Contents, позволяя Вам задать содержание плашки для красителя. Классификации
содержания и описания, назначенные выбранным красителям в выбранных ячейках
перечисляются в панели Wells.

Если Вы больше не хотите, чтобы краситель появлялся в панелях Contents и Wells,


то щелкните по названию красителя в панели Dyes. Если этот краситель уже
назначен некоторым ячейкам, то его название будет набрано жирным шрифтом в
панели Dyes. Для удаления всех красителей из панелей Contents и Wells щелкните
по кнопке Deselect All (Снять выбор всех), расположенной в нижней части панели
Dyes. Щелкните по кнопке Select In Use (Выбрать используемые) для
перечисления в панелях Contents и Wells всех красителей, которые были
назначены ячейкам.

Отметьте, что в каждой данной ячейке могут использоваться только два красителя.
Если Вы назначили более двух красителей одной ячейке, то Вы не сможете
выйти из окна Plate Setup, пока не исправите ошибку. С другой стороны, многие
красители могут использоваться в одной плашке, например, путем использования
FAM и VIC в колонке 1 и SYBR Green и HEX в колонке 2.

Кроме того, имейте в виду, что хотя программное обеспечение позволяет Вам
объединять любые два красителя в ячейке, будет трудно различить сигналы от
красителей, имеющих существенно перекрывающиеся спектры излучения. Вы
должны учитывать спектр красителей при создании Вашего эксперимента.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-9


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.3.4.1 Использование некалиброванных красителей

Выбор красителя из панели Dyes сообщает программному обеспечению, какой


файл калибровки красителя применять для измерений флюоресценции. Если нет
нужного калибровочного файла для используемой комбинации красителя и плашки,
то можно использовать настройки для одного из заранее калиброванных
красителей, если он имеет спектр излучения, похожий на спектр красителя, который
Вы хотите использовать. Конечно, любой используемый краситель должен
возбуждаться в диапазоне длины волны 470-500 нм. Пожалуйста, свяжитесь с
компанией Bio-Rad, если Вам нужны рекомендации по калибровке при
использовании некалиброванных красителей.

Если нельзя использовать одну из заранее калиброванных настроек, то


необходимо выполнить калибровку, выбрав пункт Dye Calibration (Калибровка
красителя) из выпадающего меню Tools (Инструменты). Следуйте указаниям
Мастера калибровки красителя для создания калибровочного файла(ов)
используемого красителя(ей) (смотрите Главу 10).

6.3.5 Выбор и снятие выбора ячеек


Чтобы выбрать ячейки для задания содержания при эксперименте или позже для
просмотра данных в конкретной ячейке, используйте схему Plate.

Переместите курсор на конкретную ячейку, букву ряда или номер колонки для
выделения ячейки или ячеек с помощью тонкого контура и затемнения координат
соответствующих ячеек (смотрите ячейки в колонке 6 на Рисунке 6-4). Щелчок по
выделенной ячейке будет выбирать ее. Выбранные ячейки изображаются в жирном
контуре (смотрите ячейки от A4 до C6 на Рисунке 6-4).

Выбирайте индивидуальную ячейку щелчком по ячейке.

Выбирайте другую ячейку щелчком по этой ячейке. Ранее выбранная ячейка


перестанет быть выбранной.

Выбирайте несколько ячеек, удерживая нажатой левую кнопку мыши и перенося


курсор над ячейками, подлежащими выбору, или удерживая нажатой
управляющую клавишу, щелкайте по индивидуальным ячейкам, которые Вы
хотите выбрать.

Выбирайте все ячейки в колонке, щелкнув по нумерованному заголовку колонки.


Выбирайте несколько колонок, удерживая нажатой управляющую клавишу, и
одновременно щелкая по нумерованным заголовкам колонок.

Выбирайте все ячейки в ряду, щелкнув по табличной ячейке с буквой,


находящемуся в начале ряда. Выбирайте несколько рядов, удерживая нажатой
управляющую клавишу, и одновременно щелкая по табличным ячейкам с
буквами.

Выбирайте все ячейки в плашке, щелкнув по звездочке в верхнем левом углу


схемы плашки.

Снимите выбор одной из нескольких выбранных ячеек, удерживая нажатой


управляющую клавишу, и одновременно щелкнув по ячейке.

Снимите выбор всех ячеек, щелкнув по любой выбранной ячейке.

6-10 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

6.3.6 Задание содержания ячейки


"Содержание" ячейки сообщает программному обеспечению, какой тип реакции
каждого красителя будет указан в каждой ячейке. Программное обеспечение
использует эту информацию при выполнении калибровок, для задания того, какие
ячейки обеспечивают данные флюоресценции, необходимые для вычислений.
Далее представлены различные классификации содержания и их использования:
• Пустое: Ничего не может быть добавлено в ячейку. Измерения флюоресценции
не используются. Незаданные ячейки считаются пустыми.
• Незаполненное: Ячейка содержит неполный набор реагентов (например,
только буферный раствор). Измерения интенсивности флюоресценции из
незаполненных ячеек могут быть позже вычтены из измерений, выполненных в
других ячейках.
• Стандарт количественного анализа: Ячейка содержит заданный пользователем
стандарт с известным количеством (смотрите раздел "Задание стандартов
количественного анализа"). Показания интенсивности флюоресценции из всех
стандартов количественного анализа автоматически используются для
составления стандартной кривой зависимости логарифма количества
относительно номера цикла.
• Образец: Ячейка содержит экспериментальный образец. Если используются
стандарты количественного анализа, то количества образцов автоматически
вычисляются путем интерполяции из стандартов.
• Пассивная ссылка: Краситель присутствует в ячейке в качестве ссылки для
компенсации изменений в концентрации или объеме образцов.
Флюоресценция, измеренная для другого красителя в ячейке, будет
автоматически поделена на флюоресценцию, измеренную для красителя
пассивной ссылки. Это обозначение доступно, только если пункт Passive
Reference (Пассивная ссылка) был выбран из выпадающего меню Plate
(Плашка) (смотрите раздел 6.3.8 "Использование пассивных ссылок").

Заданное содержание является связанным с красителем, так что содержание


ячейки может быть задано, как реакция образца, использующая один краситель, и
незаполненная реакция для другого красителя.

Для задания содержания:


1. Используя панель Dyes, выберите краситель(и), для которого Вы хотите задать
содержание. Выбранный краситель(и) появится в панели Contents рядом с
панелью Dyes. Вы можете решить, что проще задать содержание для всех
ячеек, содержащих один краситель, а затем снять выбор этого красителя,
прежде чем выбрать и задать содержание для другого красителя.
2. Выберите ячейку или группу ячеек, для которых должно быть задано
содержание, используя один из способов, описанных в разделе "Выбор и
снятие выбора ячеек".
3. Укажите тип реакции каждого красителя, используемого для выбранных ячеек,
щелкнув по одной из кнопок, расположенных справа от названия красителя в
панели Contents: E для пустой, B для незаполненной, St для стандарта
количественного анализа, Sa для образца или PR для пассивной ссылки (если
эта опция была выбрана в выпадающем меню Plate, смотрите раздел 6.3.8,
"Использование пассивных ссылок").

Если Вы решили, что Вам больше не нужны данные флюоресценции из конкретной


ячейки для использования в вычислениях, для которых она задана, то Вы можете
вернуться в окно Plate Setup, выбрать ячейку и повторно задать ее содержание. Это
может быть сделано даже после запуска эксперимента.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-11


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.3.7 Просмотр содержания ячейки на схеме плашки


Если красители в наборе ячеек предназначены для использования в качестве
незаполненных, стандартных, образцов или ссылок, то соответствующие ячейки на
схеме Plate будут окрашены согласно их содержанию: белый цвет для пустой,
синий для незаполненной, зеленый для стандартов, красный для образца и
оранжевый для пассивной ссылки. Обозначение цветов появляется под схемой
Plate.

Каждая ячейка на схеме разделена для показа содержания, назначенного


различным красителям в этой ячейке (смотрите Рисунок 6-5). Краситель должен
быть выбран в панели Dyes, прежде чем его содержание отобразится на схеме
Plate. Число разделений определяется или количеством выбранных красителей (в
отображении, принятом по умолчанию), или количеством красителей, которые
может содержать ячейка (если выбрано Fixed Well Sections (Фиксированные секции
ячеек) из выпадающего меню Plate). Отметьте, что если Вы изменили режим
отображения в окне Plate Setup, то схема плашки в панели Plate Setup окна Master
File изменится соответственно.

6.3.7.1 Отображение схемы плашки, принятой по умолчанию

В отображении плашки, принятом по умолчанию, каждая ячейка на схеме Plate


разделена на то же число секций, сколько красителей выбрано на панели Dyes.
Например, если выбран единственный краситель из панели Dyes, то ячейки в схеме
Plate не будут разделены, а будут показывать только содержание, назначенное
выбранному красителю; если на панели Dyes выбраны три красителя, то каждая
ячейка в схеме Plate будет разделена на три части, как показано на Рисунке 6-5A.
Если выбрано несколько красителей, то классификация содержания для каждого
красителя представлена в одинаковой секции каждой ячейки, например, FAM – в
верхней левой секции, SYBR – в верхней правой секции и VIC – в нижней секции.
Красители отображаются в алфавитном порядке, перемещаясь по кругу по часовой
стрелке. Отметьте, что так как максимально два красителя могут быть назначены
данной ячейке в системе MiniOpticon, то если выбрано три красителя, то один
краситель в каждой ячейке должен быть обозначен, как "Пустой".

6.3.7.2 Фиксированные секции ячеек

В связи с тем, что отображение, принятое по умолчанию, делит ячейки по


количеству выбранных красителей, отображение может оказаться усложненным,
если сразу просматривается много красителей. В этих случаях может оказаться
проще использовать отображение с фиксированными секциями ячеек.

6-12 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

A. Схема плашки, принятая по умолчанию B. Фиксированные секции ячеек

Рисунок 6-5. Два режима отображения для схемы Plate. Для обеих плашек, красители
FAM и VIC были назначены колонкам 1-5, а краситель SYBR Green был назначен
колонке 6. Содержание для SYBR Green выделено в отображении с фиксированными
секциями ячеек. Помните, что цвет представляет классификацию содержания, а не
краситель.

Если пункт Fixed Well Sections (Фиксированные секции ячеек) выбран из


выпадающего меню Plate, то ячейки на схеме плашки делятся на секции,
соответствующие максимальному количеству красителей, которые могут быть
добавлены в ячейку – два для систем MiniOpticon и OpticonTM, четыре для системы
Chromo4TM.

Если только один краситель назначен ячейке в системе MiniOpticon, то ее


классификация содержания отображается в левой половине кружка, когда выбрано
отображение Fixed Well Sections. Если два красителя назначены ячейке, то они
упорядочиваются в алфавитном порядке, например, FAM в левой половине, а VIC в
правой половине. Следовательно, если краситель используется в однократных
реакциях в одних ячейках, и в многократных реакциях – в других ячейках, то его
содержание может быть представлено в разных половинах различных ячеек.
Например, на схеме плашке, изображенной на Рисунке 6-5B, содержание для
красителя VIC отображается в правой половине ячеек в колонке 1 и в левой
половине ячеек в колонке 2 (сравните со схемой плашки, приведенной слева, в
которой содержание для красителя VIC всегда отображается в нижней секции).

6.3.7.3 Выделение содержания для красителя

Для просмотра классификаций содержания для единственного красителя сначала


щелкните по кнопке Deselect All (Снять выбор всех), расположенной в нижней
части панели Dyes, а затем выберите краситель, чье содержание Вы хотите
просмотреть. Повторно щелкните по красителю, чтобы снять его выбор.

Вы можете также выделить ячейки, содержащие конкретный краситель, если


выбрано несколько красителей. Для этого расположите курсор на названии
красителя в панели Contents: секции ячеек, соответствующие этому красителю,
будут выделены темной линией на схеме Plate (смотрите колонку 6 на
Рисунке 6-5B).

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-13


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.3.8 Использование пассивных ссылок


Если Вы хотите использовать пассивные ссылки для стандартизации
флюоресценции между ячейками, то выберите пункт Passive Reference (Пассивная
ссылка) из выпадающего меню Plate. Оранжевый круг для пассивных ссылок
появится затем в обозначении для схемы плашки, а кнопка PR будет добавлена к
кнопкам на панели Contents. Любой краситель может использоваться в качестве
пассивной ссылки, но только один краситель может служить пассивной ссылкой для
данной ячейки.

Если краситель назначен в качестве пассивной ссылки в ячейке, то


флюоресценция, измеряемая для другого красителя, автоматически делится на
флюоресценцию, измеренную для красителя пассивной ссылки. Если после запуска
эксперимента Вы решили не выполнять это вычисление, то вернитесь в окно Plate
Setup и повторно назначьте содержание ячейки для этого красителя. Убедитесь,
что Вы выбрали все ячейки, которые содержат пассивную ссылку, и измените
содержание на E (Пустой – смотрите раздел 6.3.6, "Задание содержания ячейки").

6.3.9 Назначение описаний ячеек


Для облегчения идентификации ячейки Вы можете ввести дополнительные
описания для отдельных ячеек или групп ячеек, например, цели или источника
шаблона. Это проще выполнить, когда Вы задаете содержание, но это можно
сделать в любое время.

Начните с выбора ячейки(ек), для которой Вы хотите ввести описания, используя


схему Plate. Далее выберите красители, для которых Вы хотите ввести описания,
используя панель Dyes. Наконец, щелкните по белому прямоугольному полю в
строке, содержащей название красителя на панели Contents, и наберите описание.
Этикетка ячейки будет добавлена к выбранной ячейке или ячейкам и появится в
колонке Description (Описание) таблицы на панели Wells (смотрите следующий
раздел).

Вы можете ввести описание другим способом, щелкнув по индивидуальной ячейке


в колонке Description таблицы на панели Wells и выполнив набор непосредственно
в ячейку. Вы можете также копировать и вставлять описание ячейки из одного поля
Description таблицы в другое поле, используя комбинацию клавиш "Ctrl + c" для
копирования и "Ctrl + v" для вставки. Наконец, Вы можете копировать описание из
файла Excel. При выполнении этой операции будьте внимательны, чтобы
скопировать этикетки в правильную колонку информационной таблицы Wells.

6.3.10 Просмотр информации ячеек в панели ячеек


Панель, расположенная в правой стороне окна Plate Setup, отображает панель
Wells или панель Sets, в зависимости от того, какая селективная кнопка была
выбрана в верхней части панели. Для просмотра информации, введенной для
выбранных красителей в выбранных ячейках, выберите панель Wells. Отобразится
информационная таблица ячеек (смотрите Рисунок 6-4).

Для перечисления информации ячеек в таблице, Вы должны вначале выбрать


ячейку(и) в схеме Plate, а также выбрать краситель(и) в панели Dyes. Колонки
информационной таблицы ячеек содержат координаты Well (Ячейка), указание,
какой из выбранных Dyes (Красителей) назначен каждой ячейке, Contents
(Содержание), назначенное каждому выбранному красителю и любое Description
(Описание), которое было введено. Для перечисления красителей с содержанием,
классифицированным, как "Пустое", отметьте флажок Show Empties (Показать
пустые), расположенный над таблицей Wells. Эта опция недоступна, если выбран
режим отображения Fixed Well Sections: красители, назначенные классификации
"Пустое", не перечисляются при выборе режима Fixed Well Sections.

6-14 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

Перечисление ячеек в информационной таблице ячеек может сортироваться по


Well (Ячейке), Dye (Красителю), Content (Содержанию) или Description (Описанию)
щелчком по заголовку соответствующей колонки.

Информационная таблица ячеек может также использоваться для ввода


дополнительных описаний содержания ячеек. Смотрите предыдущий раздел для
дополнительной информации.

6.3.11 Задание групп ячеек


Функция групп ячеек добавляет дополнительный уровень организации плашки для
упрощения просмотра экспериментов, которые включают много типов реакции, и
для обеспечения независимого анализа нескольких экспериментов на одной
плашке.

Задание групп ячеек особенно полезно, если одновременно выполняются два


эксперимента с различными стандартами количественного анализа. По умолчанию,
программное обеспечение Opticon Monitor использует все ячейки,
классифицируемые, как стандартные для генерации стандартной кривой. Если
используется функция управления группами ячеек для задания групп ячеек, то при
выборе одной из этих групп, график стандартов будет включать только стандарты,
имеющиеся в этой конкретной группе.

Вы можете создавать, управлять и выбирать группы ячеек из окон Plate Setup,


Quantitation, Melting Curve и/или Analysis. Для задания групп ячеек из окна Plate
Setup выберите селективную кнопку Wells, расположенную в верхней части правой
панели, затем щелкните по кнопке Manage (Управлять), расположенной в верхней
части панели Wells. Будет открыто окно Well Group Manager (Менеджер групп
ячеек), отображающее список всех заданных групп и схему плашки.

Рисунок 6-6. Окно Well Group Manager с одной


выбранной группой

Для создания новой группы, щелкните по кнопке New (Новая) в верхнем левом углу
окна. Выберите ячейки, входящие в группу, используя схему плашки, введите
название в поле Name (Название) и затем щелкните по кнопке Apply (Применить).
Новая заданная группа появится в списке, расположенном в левой стороне окна.

Вы можете задать дополнительные группы, щелкнув по кнопке Add New (Добавить


новую). Одна и та же ячейка может быть добавлена в несколько групп.

Для редактирования существующей группы выделите ее название в списке окна


Well Group Manager, щелкните по кнопке Edit (Редактировать) и продолжите
действия, как с новыми группами. Для удаления группы выделите ее название и
щелкните по кнопке Delete (Удалить).

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-15


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Для закрытия окна Well Group Manager щелкните по кнопке OK или выделите одну
группу ячеек и щелкните по кнопке Activate (Активизировать). Если Вы выбрали
кнопку Activate, то все ячейки, которые не входят в активизированную группу,
оказываются в невыбранном состоянии – они окрашиваются серым цветом и
перечеркиваются символом X – на схеме Plate в окне Opticon Monitor. Если Вы
выбрали кнопку OK, то окно Opticon Monitor отобразит всю микроплашку (или
группу, которая отображалась, когда открывалось окно Well Group Manager).

Рисунок 6-7. Схема плашки с одной активизированной группой

Для активизации другой группы Вы можете или повторно выбрать кнопку Manage и
выполнить действия, описанные выше, или просто выбрать заданную группу из
выпадающего меню Well Group (Группа ячеек) на панели Wells. Для отображения
всей микроплашки выберите Default (Значение по умолчанию) из выпадающего
меню.

6.3.12 Создание наборов ячеек


Если наборы дублированных ячеек заданы в окне Plate Setup, то программное
обеспечение Opticon Monitor будет вычислять среднее значение и стандартное
отклонение флюоресценции, измеренной в каждом цикле для каждой из ячеек в
наборе. Вы можете затем начертить среднее значение и стандартное отклонение в
панели Graphs (Графики) окна Quantatiation (Количественный анализ), а также Вы
можете просматривать вычисления, основанные среднем, максимальном и
минимальных значениях CT (смотрите Главу 8). Кроме того, задание наборов ячеек,
в особенности набора калибратора, необходимо для анализа относительных
выражений (обсуждаемого в следующем разделе и в Главе 8).

6-16 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

Для создания набора ячеек, вначале выберите селективную кнопку Sets (Наборы),
расположенную в верхней части правой панели. При этом отобразится панель Sets.

Рисунок 6-8. Окно Plate Setup, отображающее панель Sets

Для создания нового набора, щелкните по кнопке New (Новая). Вы можете выбрать
ячейки для включения в набор, используя схему плашки, до или после щелчка по
кнопке New. Когда Вы щелкнете по кнопке New , новый ряд с названием New Set
(Новый набор) будет добавлен к таблице наборов в панели Sets. Полоса слева от
ряда New Set в таблице наборов получит новый цвет, и окошки того же цвета будут
нарисованы вокруг ячеек этого набора на схеме Plate (если ячейки были выбраны
до того, как Вы щелкнули по кнопке New). Пожалуйста, учтите следующее:
• Вы можете создать наборы ячеек до или после назначения содержания
ячейкам, однако одно и то же содержание должно быть назначено каждой
ячейке в наборе.
• Вы можете выбрать ячейки после создания набора, Вы должны щелкнуть по
кнопке Update (Обновить) для назначения новый ячеек набору.
• Если Вы изменяете назначение содержания ячеек после того, как набор был
создан, Вы должны щелкнуть по кнопке Update для принятия изменений.
• Наборы ячеек не являются специфичными для красителя. Вы не обязаны
создавать наборы, независимо для каждого красителя.

Для именования набора щелкните в поле Name (Название), в котором отображено


New Set, выделите слова и наберите новое название. Если Вы не измените
название, то следующий новый набор будет называться "New Set 2". Вы можете
продолжить задание набора, щелкнув в поле Description (Описание) и набрав
описание набора.

По умолчанию, новому набору назначается тип Replicate (Дубликат). Вы можете


изменить тип на Calibrator (Калибратор), щелкнув в поле Type (Тип) и выбрав
Calibrator из выпадающего меню. Калибраторы используются в анализе выражений,
использующем методы ∆CT и ∆∆CT (смотрите Главу 8). Если Вы задаете набор в
качестве калибратора, Вы можете выбрать индикатор, используемый для указания
внутреннего контроля, выбрав краситель из выпадающего меню в колонке Control
(Контроль). Индикатор внутреннего контроля используется только в вычислениях
∆∆CT.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-17


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Для редактирования набора ячеек выделите ряд в таблице Sets, содержащий


название набора, и затем выберите ячейки для включения в набор, используя
схему Plate. НЕ забывайте удерживать нажатой управляющую клавишу при выборе
новых ячеек, если Вы хотите сохранить в наборе ранее выбранные ячейки.
Щелкните по кнопке Update для принятия изменений в набор.

Для удаления набора ячеек выделите ряд этого набора в таблице Sets, после чего
щелкните по кнопке Remove (Удалить).

6.3.13 Задание стандартов количественного анализа


Если Вы используете стандарты количественного анализа, то после того, как Вы
укажете, какие ячейки содержат стандарты, щелкните по кнопке Specify Quant
Standards (Задать стандарты количественного анализа), расположенной в
нижнем правом углу окна Plate Setup. Появится выпадающее меню,
перечисляющее все ячейки, которым назначены стандарты количественного
анализа, и указывающее, какой краситель(и) имеет реакции, использующие
стандарты в этой ячейке. Вы можете сортировать элементы по колонкам Well
(Ячейка), Dye (Краситель) или Amount (Количество) (если количество было
введено), щелкнув по заголовку соответствующей колонки.

Рисунок 6-9. Окно Specify Quantitation Standards

Введите количество для каждого стандарта в поле Amount. Кроме того, Вы можете
вырезать и вставлять несколько ячеек из электронных таблиц Excel. Числа могут
вводиться как целые числа или используя экспоненциальное представление чисел
(например, 1e+004). Отметьте, что числа, превышающие 1000, и числа, вводимые в
виде 1E4, будут преобразовываться в форму 1e+004.

После ввода количеств, задайте единицы измерения для стандартов, выбрав ng


(нанограммы), pg (пикограммы), moles (моли), molecules (молекулы), ge
(эквиваленты генома) или copies (копии) из выпадающего меню. Вы можете задать
дополнительные единицы измерения, выбрав кнопку Manage (Управлять).

Выберите кнопку OK для применения величин стандартов к файлу плашки, или


щелкните по кнопке Cancel (Отменить) для отмены любых изменений в количествах
стандартов. Стандартная кривая будет автоматически генерироваться во время
анализа данных, используя предоставленные значения.

6-18 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

Для задания дополнительных единиц измерения сначала щелкните по кнопке


Manage в выпадающем меню окна Specify Quantitation Standards. Далее выберите
кнопку Add (Добавить) в появившемся окне Manage Standards (Управлять
стандартами), а затем наберите название нужной единицы измерения в окне Add
Quantitation Standard Name (Добавить название стандарта количественного
анализа). Для удаления назначений единицы измерения выделите назначение в
списке Standards (Стандарты) в окне Manage Standards и щелкните по кнопке
Remove (Удалить).

6.3.14 Перенесение информации о плашке из Microsoft Excel


Если в предыдущем прогоне Вы экспортировали файл плашки в Microsoft Excel
(смотрите раздел 8.6.1, "Экспорт данных"), то Вы можете вставить информацию о
плашке из файла Excel в файл плашки Opticon Monitor. Вначале откройте файл
Excel и выберите тип информации о плашке, которую Вы хотите вставить (Well
Name (Название ячейки), Dye (Краситель), Contents (Содержание), Description
(Описание) и/или Std [то есть стандартное] Quantity (Количество)). Включите
заголовки колонок, чтобы автоматически перенести их в программное обеспечение
Opticon Monitor. Скопируйте выбранные ячейки в буфер обмена (Control-c). Далее
вернитесь в экран Opticon Monitor и в окне Plate Setup выберите пункт Paste from
Excel (Вставить из Excel) из меню Edit (Редактировать). Появится следующее
окно:

Рисунок 6-10. Перенесение данных плашки из Excel

Если Вы скопировали заголовки колонок, задающие тип информации о плашке, то


эти заголовки автоматически появятся в выпадающем меню диалогового окна Plate
Setup – Excel Import (Настройка плашки – Импорт из Excel). Если заголовки не были
выбраны, или если Вы хотите повторно классифицировать данные, то выберите тип
информации о плашке из выпадающего меню. Отметьте, что данные в каждой
колонке должны соответствовать формату для различных типов информации о
плашке (Well Name, Dye, Contents, Description или Std Quantity). Щелкните по кнопке
OK для ввода информации о плашке в таблицу информации о плашке. Отметьте,
что остальные параметры плашки, такие как тип плашки, не задаются командой
Paste from Excel.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-19


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.3.15 Выход из окна Plate Setup


После того, как Вы закончили ввод параметров файла плашки, щелкните по кнопке
OK, расположенной в верхнем левом углу окна Plate Setup для возврата в окно
Master File. Или же, если Вы хотите сбросить информацию файла плашки и
вернуться в окно Master File, то щелкните по кнопке Cancel.

Если Вы щелкнули по кнопке OK, то итоговая схема и таблица вновь назначенного


содержания плашки появится на панели Plate Setup окна Master File. Схема плашки
будет использовать тот режим отображения (принятый по умолчанию или с
фиксированными секциями ячеек), который последним использовался в окне Plate
Setup. Таблица будет перечислять все красители, которые назначены ячейкам, и
количество ячеек, назначенных каждому типу содержания (пустое, незаполненное,
стандарт, образец). Для выделения на схеме плашки ячеек, которые содержат
конкретный краситель, расположите курсор на названии красителя в таблице. Для
выделения только тех ячеек, которые назначены конкретному содержанию для
конкретного красителя, расположите курсор на соответствующей ячейке в таблице.

Рисунок 6-11. Итоговая панель Plate Setup в окне Master File. Выделены стандарты
красителя FAM

6.3.16 Сохранение файла плашки


Для сохранения файла плашки щелкните по кнопке Save (Сохранить) из панели
Plate Setup окна Master File. Введите соответствующее имя в поле имени File (Файл)
окна сохранения. Щелкните по кнопке Save для сохранения файла .plate.

6-20 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

6.4 Создание файла протокола


Файл протокола содержит параметры тепловых циклов для некоторого
экспериментального прогона и задает также, когда во время прогона детектор
MiniOpticon будет измерять флюоресценцию. Шаги протокола вводятся и
редактируются в окне Protocol Setup (Настройка протокола). Перечисление и
графическое представление протокола отображаются для облегчения просмотра.

Щелкните по кнопке New (Новый) в панели Protocol Setup окна Master File для
создания нового файла протокола.
Панель Temperature
and Lid Mode
(Режим управления
температурой и
Панель для крышкой)
выбора шага
Поле Reaction
Volume (Объем
реакции)

Панель Protocol
List (Список
протокола)
Панель Protocol
Graph (График
протокола)

Рисунок 6-12. Окно Protocol Setup

6.4.1 Элементы окна Protocol Setup


Окно Protocol Setup состоит из следующих панелей, которые будут более подробно
описаны в последующих разделах этой главы:

Панель для выбора шага ("Select Step to Insert Before Line" ("Выбрать шаг, чтобы
вставить его перед линией") используется для добавления в протокол или
редактирования различных типов шагов. Длинное название призвано напоминать
Вам, что новые шаги вставляются перед выделенным шагом в списке протокола.

Панель Temperature and Lid Mode (Режим управления температурой и крышкой)


используется для выбора температуры держателя образца и для нагрева крышки.

Поле Reaction Volume (Объем реакции) предназначено для ввода объема ячеек,
для использования в вычислениях, связанных с контролем температуры.

Панель Protocol List (Список протокола) отображает шаги протокола в порядке


числовом порядке.

Панель Protocol Graph (График протокола) отображает графическое изображение


протокола, показывая повышения и понижения температуры, а также считывания
плашки. Представлен каждый цикл протокола.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-21


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.4.2 Объем реакции


Для того, чтобы программное обеспечение Opticon Monitor могло точно вычислять и
контролировать температуру образца, пользователь должен ввести объем реакции
(в микролитрах, включая объем любого масляного или воскового покрытия) в поле
Reaction Volume, расположенное в верхнем правом углу окна Protocol Setup.
Смотрите раздел 4.6, "Рекомендации по объему реакции" для дополнительной
информации.

6.4.3 Выбор режимов управления температурой и крышкой


Щелкните по кнопке Edit (Редактировать) в панели Temperature and Lid Mode для
отображения окна Protocol Options (Опции протокола) и для задания способов
управления температурой и крышкой, используемых во время прогона.

Рисунок 6-13. Окно Protocol Options для выбора режимов управления температурой и
крышкой

6.4.3.1 Режимы управления температурой

Система MiniOpticon может контролировать температуру блока двумя различными


способами. Каждый метод оказывает влияние на скорость и точность нагревания
образца.

1. Вычисленное (Calculated) управление является методом, принятым по


умолчанию. Он является предпочтительным методом для большинства
протоколов, обеспечивая устойчивые, надежные и быстрые программы.

При вычисленном управлении инкубационные периоды, заданные


пользователем, задают, как долго образцы, а не блок, должны оставаться в
условиях целевой температуры. Система оценивает температуры образцов на
основании температурного профиля блока, интенсивности передачи тепла
через пробирку образца и объем образца. Кратковременные точные
превышения температуры блока используются для быстрого доведения
образцов до правильной температуры. В связи с тем, что эта оценка основана
на известных количествах и законах термодинамики, температуры образцов
контролируются намного точнее, чем при контроле температуры блока.

6-22 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

Благодаря тому, что образцы выдерживаются в условиях целевой температуры


в течение периода, заданного пользователем, длительность таких периодов
может быть существенно сокращена по сравнению с использованием метода
контроля температуры блока. Обычно оптимальное время выдержки для шагов
денатурации составляет 5-30 секунд при использовании метода вычисленного
управления. Шаги отжига и расширения также могут быть укорочены, но их
длительность будет зависеть от реакции. Кроме простого удобства, связанного
с сокращением времени выполнения реакций, более короткие протоколы
минимизируют ложную инициализацию и помогают сохранить энзимную
активность.

Вычисленное управление также упрощает перенос протоколов, так как прибор


выполняет автоматическую компенсацию, учитывающую тип сосуда и объем
реакции.

2. При выборе Блочного (Block) управления инкубационные периоды, вводимые


пользователем, задают, как долго блок должен оставаться в условиях целевой
температуры, без учета температуры образца. При блочном управлении
температура образцов всегда отстает от температуры блока, и это отставание
зависит от объема образца и типа сосуда (типовое отставание составляет 10-
30 секунд). Поэтому температура образца контролируется менее точно в
режиме блочного управления, чем в режиме вычисленного управления.
Блочное управление используется в основном для прогона протоколов,
разработанных на термоциклерах, которые не имеют опции вычисленного
управления.

6.4.3.2 Режимы управления крышкой

Когда образец нагревается, конденсат может образовываться на крышке пробирки


или на уплотнении плашки. Это явление изменяет объем образца, концентрацию
компонентов, а значит, и протекание ферментативной реакции. Использование
нагреваемых крышек минимизирует конденсацию, поддерживая верхнюю
поверхность сосуда с реакцией при температуре, чуть выше температуры самого
образца.

Система MiniOpticon обеспечивает три опции контроля температуры крышки:


Постоянный (Constant), Следящий (Tracking) или Выключен (Off).
• Постоянный метод поддерживает внутреннюю крышку при заданной
температуре (°C). Это метод управления, принятый по умолчанию. Для
использования постоянного метода контроля температуры крышки выберите
флажок Constant и введите Lid Temperature (Температуру крышки) в пределах
между 30°C и 110°C или используйте кнопки со стрелками для прокрутки к
нужной температуре. Для низкопрофильных пробирок рекомендуется
поддерживать постоянную температуру на 5°C выше, чем наивысшая
температура в протоколе. Вы можете также задать температуру блока с
образцами, ниже которой будет происходить выключение нагрева крышки.
Введите Lid Shutoff Temperature (Температуру отключения крышки) в
интервале между 1°C и 50°C или используйте кнопки со стрелками для
прокрутки к нужной температуре.
• Следящий метод смещает температуру нагретой внутренней крышки на
заданное количество градусов относительно температуры блока с образцами.
Следящий метод полезен для протоколов, которые имеют длительные
инкубационные периоды при температурном диапазоне 30-70°C, когда
поддержание высокой температуры крышки может оказаться
нецелесообразным. Смещение на 5°C выше температуры блока подходит для
большинства протоколов. Для использования следящего метода контроля
температуры крышки выберите флажок Tracking и введите количество
градусов, от 1°C до 45°C, на сколько Вы хотите, чтобы температура крышки
поддерживалась выше температуры блока, используя поле Lid Temperature =
Block Temperature + __°C (Температура крышки = температуре блока + __°C).
Вы можете также использовать кнопки со стрелками для прокрутки к нужной
температуре. Для задания температуры блока с образцами, ниже которой
будет происходить выключение нагрева крышки, введите Lid Shutoff
Temperature в интервале между 1°C и 50°C или используйте кнопки со
стрелками для прокрутки к нужной температуре.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-23


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Примечание: Из-за отсутствия активного охлаждения крышки понижение


температуры крышки может не наблюдаться во время быстрых циклов.
Обратите внимание, что крышка нагревается медленнее, чем блок с
образцами, из-за ее дополнительной тепловой массы.
• Если выбран режим Выключен в панели управления крышкой, то питание не
подается на нагрев крышки. В этом режиме будет происходить конденсация с
интенсивностью, зависящей от инкубационной температуры и типа
используемого уплотнения. Эта опция не рекомендуется, если Вы не
используете восковое покрытие.

Щелкните по кнопке OK для применения настроек температуры и режима


управления крышкой в протоколе или выберите кнопку Cancel для закрытия окна
без изменения настроек. Настройки режимов управления температурой и крышкой
появятся в соответствующих полях панели Temperature and Lid Mode в окне Protocol
Setup.

6.4.4 Ввод нового протокола


Для создания протокола просто выберите шаги, которые Вы хотите выполнить,
используя кнопки на панели Select Step to Insert Before Line. Щелчок по одной из
кнопок открывает окно, которое требует у Вас ввода конкретных параметров.

По мере того, как Вы вставляете шаги в протокол, описания шагов будут


появляться на панели Protocol List (Список протокола), а графическое
представление температуры и временного периода (в минутах) каждого шага
появятся на панели Protocol Graph (График протокола). Для более наглядного
просмотра графического отображения используйте бегунки, расположенные в
левой стороне панели отображения для увеличения и уменьшения масштаба
отображения по осям X и Y. Используйте полосы прокрутки на осях для
надлежащего расположения графика.

Перед началом ввода нового протокола отметьте, что шаг END (КОНЕЦ) выделен
на панели Protocol List. Программное обеспечение Opticon Monitor добавляет новые
шаги перед шагом, который выделен.

В следующих разделах будут описаны типы шагов протокола, которые Вы можете


ввести, используя протокол, приведенный ниже, в качестве примера.

6.4.4.1 Пример протокола


1. Выдержать при температуре 94°C в течение 30 секунд для денатурации
двунитевой ДНК.
2. Оптимизировать температуру отжига путем выдержки в диапазоне температур
от 55°C до 65°C через восемь рядов блока для образцов в течение 15 секунд.
3. Выдержать при температуре 72°C в течение 30 секунд для обеспечения
расширения.
4. Считать интенсивность флюоресценции ячеек, относящихся к Незаполненным,
Стандартам количественного анализа и Анализам.
5. Последовательно повторите шаги 1-4, тридцать девять или более раз, после
чего перейдите к шагу 6.
6. Задайте и определите чистоту продуктов реакции с помощью профиля
плавления – поднимите температуру с 55°C до 90°C и считывайте
флюоресценцию в течение 2 секунд после каждого увеличения температуры на
0,2°C.

6-24 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

6.4.4.2 Температурный шаг

Температурный шаг задает температуру и продолжительность инкубации. Система


MiniOpticon постепенно нагревает образец до этой температуры с максимальной
скоростью, если в программу не добавлены инструкции по модуляции линейного
изменения (смотрите далее в этом разделе описание "Скорости ручного линейного
изменения").

Щелкните по кнопке Temperature (Температура) для внесения температурного


инкубационного шага (например, шага 1 или шага 3 из нашего примера) в протокол.

Рисунок 6-14. Окно температурного шага

Введите нужную температуру, от 0°C до 99,9°C в поле Set Temperature To


(Установить температуру на) или используйте кнопки со стрелками для прокрутки к
нужной температуре – 94°C в шаге 1 нашего примера.

Введите требуемое время инкубации, максимум до 18 часов, в поле Maintain


Temperature For (Поддерживать температуру в течение). Щелкните по полю часов,
минут и секунд и введите период времени или же используйте кнопки со стрелками
для прокрутки к нужному времени – 00:00:30 в шаге 1 нашего примера. Иначе Вы
можете выбрать Forever (Всегда), чтобы поддерживать нужную температуру
неопределенно долго. Шаг неопределенно долгой инкубацией, расположенный в
конце протокола, может оказаться полезным для поддержания продуктов реакции
при температуре, ниже температуры окружающей среды (мы рекомендуем 10°C),
пока они в состоянии продолжать реакцию. В графическом представлении
протокола неопределенно долгая инкубация обозначается значком бесконечности
(∞).

Щелкните по кнопке Insert (Вставить) для добавления температурного шага в


протокол без дальнейших изменений. Температурный шаг должен появиться в
качестве шага 1 на панели Protocol List, а графическое представление его
температуры и продолжительности должно появиться на панели Protocol Graph.
Отметьте, что шаг END по-прежнему выделен, указывая на то, что следующий шаг
будет добавлен выше шага END, а значит, после шага 1.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-25


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Вы можете также изменить температурный шаг, прежде чем вставлять его в


протокол. Доступны следующие опции:

Manual ramp rate (Скорость ручного линейного изменения): Устанавливает


скорость нагрева или охлаждения, меньшую чем максимальная. Может быть
задана скорость линейного изменения, меньше чем максимальная, в диапазоне
от 0,1°C до 2,5°C в секунду.

Change temperature (Изменить температуру): Изменяет температурный шаг,


обеспечивая увеличение или уменьшение температуры (от 0,1°C до 10,0°C за
каждый цикл) при каждом выполнении этого шага. Это свойство полезно при
учете недостаточности отжига, как в программе посадки.

В программе посадки температура, выбранная для отжигающего шага,


начинается с более высокого значения, чем вычисленная температура отжига, и
постепенно понижается с каждым циклом, сначала достигнув, а затем
существенно упав ниже вычисленной температуры отжига. Таким образом,
реакция начинается при температуре, способствующей высокой строгости в
гибридизации, и изменяется к меньшей строгости. Более высокая начальная
строгость способствует лучшему отношению "сигнал-шум" для требуемого
продукта в начальных циклах амплификации.

Change time (Изменить время): Изменяет температурный шаг, обеспечивая


удлинение или укорачивание времени выдержки для цикла (на 1-60 секунд за
каждый цикл) при каждом выполнении шага. Это свойство полезно для
медленного увеличения (обычно на 2-5 секунд за цикл) времени выдержки во
время шага расширения. Количество оснований, которые полимераза должна
принять во время шага расширения, увеличивается на поздних циклах из-за
наличия большего количества шаблонных молекул и/или меньшего количества
активных молекул полимеразы. Обеспечение дополнительного времени для
расширения может увеличить вероятность того, что синтез будет завершен.

Beep when completed (Звуковой сигнал при выполнении): Изменяет


температурный шаг таким образом, что прибор издаст звуковой сигнал при
достижении целевой температуры.

6-26 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

6.4.4.3 Шаг градиента

Свойство температурного градиента позволяет Вам оптимизировать условия


денатурации или отжига, производя одновременную выдержку при нескольких
разных температурах. Диапазон температур, который может быть достигнут при
переходе от переднего до заднего ряда на 48-ячеечном блоке для образцов, может
составлять от 1°C до 16°C. Максимальная программируемая температура равна
99°C, а минимальная программируемая температура равна 35°C.

Щелкните по кнопке Gradient (Градиент) для вставки шага градиента в протокол.

Рисунок 6-15. Окно шага градиента

Минимальная температура градиента назначается переднему ряду (ряд H) блока


для образцов и может находиться в диапазоне от 35°C до 98°C. В нашем примере в
поле Front Temperature (Lower) (Передняя температура (Более низкая)) записано
значение 55. Максимальная температура градиента назначается заднему ряду (ряд
A) и может находиться в диапазоне от 31°C до 99°C. В нашем примере в поле Back
Temperature (Higher) (Задняя температура (Более высокая)) записано значение 65.
Минимальная разница температур между передним и задним рядами равна 1°C, а
максимальная разница равна 16°C. Предупреждение появится, если Вы
попытаетесь ввести разницу, превышающую 16°C.

После ввода диапазона температур для градиента введите требуемое время


инкубации в поле Maintain Temperature For. Щелкните по полю часов, минут и
секунд и введите период времени или же используйте кнопки со стрелками для
прокрутки к нужному времени – 00:00:15 в шаге 2 нашего примера. Иначе Вы
можете выбрать Forever, чтобы поддерживать нужную температуру неопределенно
долго.

Щелкните по кнопке Insert для добавления шага градиента в протокол без


дальнейших изменений. Шаг градиента должен появиться в качестве шага 2 на
панели Protocol List. Отметьте, что шаг END по-прежнему выделен, указывая на то,
что следующий шаг будет добавлен выше шага END, а значит, после шага 2.

Вы можете также изменить шаг градиента, прежде чем вставлять его в протокол,
выбрав опцию Change time (смотрите раздел 6.4.4.2, "Температурный шаг" для
объяснения этой опции).

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-27


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.4.4.4 Вычислитель градиента

Для точного предсказания температуры в каждом из восьми рядов блока во время


градиентной инкубации выберите пункт Gradient Calculator (Вычислитель
градиента) из меню Tools.

Рисунок 6-16. Вычислитель градиента

Установите максимальную и минимальную температуры шага градиента, используя


бегунки, расположенные над схемой плашки. Поле в виде стрелки, расположенное
слева от каждого ряда, при этом отобразит предсказанную температуру ряда, а
ячейки на схеме окрасятся в соответствии с градиентом.

Отметьте, что градиентное температурное распределение не является линейным.


Это является естественным следствием геометрии нагревателей Пельтье-Джоуля,
которые расположены под блоком. Несмотря на неравномерное распределение,
отображаемые температуры находятся в пределах ±0,4°C от реальной
температуры, достигнутой каждой ячейкой в данном ряду.

Предсказанная температура для ряда, который обеспечил наилучшие результаты,


может быть аккуратно перенесена в температурный шаг неградиентного протокола.
Выберите пункт Copy (Копировать) из меню Edit (Редактировать) для
копирования температур в блок обмена для последующего внесения их в другую
программу.

6-28 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

6.4.4.5 Шаг считывания плашки

Вставка шага считывания плашки приказывает системе MiniOpticon измерить


флюоресценцию ячеек. Считывание плашки начинается сразу же после
запрограммированного окончания предыдущего инкубационного шага, шага 3 в
нашем примере. Система MiniOpticon выполняет считывание плашки при текущей
температуре инкубации и затем инициирует следующий шаг, в нашем примере –
это шаг 5.

Для вставки шага считывания плашки щелкните по кнопке Plate Read (Считывание
плашки). В нашем примере шаг считывания плашки должен появиться в качестве
шага 4 на панели Protocol List (шаг 3 является температурным шагом, так же как и
шаг 1). Считывание плашки появляется на графическом отображении протокола в
виде пиктограммы, изображающей глаз.

6.4.4.6 Добавление нескольких шагов температуры, градиента или


считывания плашки

Для добавления дополнительных шагов температуры, градиента или считывания


плашки в Ваш протокол, щелкните по соответствующей кнопке и выполняйте
указания для конкретного шага, как показано выше.

6.4.4.7 Шаг безусловного перехода

Шаг безусловного перехода сокращает протокол, который имеет много


повторяющихся шагов. При выполнении шага безусловного перехода программа
протокола возвращается к шагу, заданному шагом безусловного перехода, и
повторяет этот шаг, а также все последующие шаги, вплоть до шага безусловного
перехода. После того, как этот циклический возврат происходит заданное число
раз, программа протокола переходит к шагу, расположенному после шага
безусловного перехода.

Примечание: Вы не можете осуществлять вложение шагов безусловного перехода.


Другими словами, цикл протокола не может содержать другой шаг безусловного
перехода в пределах этого цикла. Вы также не можете иметь шаги кривой
плавления (смотрите следующий раздел) в пределах этого цикла безусловного
перехода.

Шаг 5 нашего примера протокола указывает, что протокол должен вернуться к шагу
1, выполнить шаги 1-4 дополнительные 39 раз для достижения общего количества
циклов, равного 40, и затем перейти к шагу 6. Для добавления шага безусловного
перехода щелкните по кнопке Goto (Безусловный переход) на панели создания
протокола.

Рисунок 6-17. Окно шага безусловного перехода

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-29


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Введите номер строки для шага, к которому должна вернуться программа


протокола. Вы можете также выбрать номер шага, используя выпадающее меню. В
нашем примере введите 1 в поле Go To Line (Перейти в строку) и 39 – в поле How
Many More Times? (Сколько еще раз?). Щелкните по кнопке Insert для добавления
шага безусловного перехода в протокол.

6.4.4.8 Шаг кривой плавления

Кривая плавления может генерироваться для задания конкретных фрагментов


и/или оценки однородности образца. На профили плавления влияют несколько
факторов, включая количество и концентрацию отдельных созданных фрагментов,
длину и содержание G+C каждого фрагмента и состояния буферных растворов.

Кривые плавления часто оказываются полезными для проверки идентичности


продуктов амплификации, а также в качестве отличительных положительных
внутренних средств контроля от амплифицируемых продуктов. В этих случаях
просто задайте кривую плавления после циклического прогона, а прибор
автоматически выполнит обе процедуры. Система MiniOpticon может также быть
запрограммирована для прогона кривой плавления независимо от циклического
протокола.

Для добавления шага кривой плавления щелкните по кнопке Milting Curve (Кривая
плавления) на панели создания протокола.

Рисунок 6-18. Окно шага кривой плавления

Введите Start Temperature (Начальную температуру) (от 0,0°C до 99,0°C) и End


Temperature (Конечную температуру) (от 1,0°C до 100,0°C). В нашем примере
кривая плавления начинается при 55°C и заканчивается при 90°C.

Далее задайте момент измерения детектором MiniOpticon флюоресценции в


течение шага кривой плавления. Задайте температурное Increment (Приращение)
между считываниями в пределах между 0,1°C и 10°C, а также Hold Time (Время
выдержки) (от 1 секунды до 1 часа), в течение которого должно выдерживаться
температурное приращение, прежде чем выполнять считывание флюоресценции.
Часто рекомендуется температурное приращение 0,2°C и время выдержки
1–2 секунды.

Щелкните по кнопке Insert для добавления шага кривой плавления в протокол. В


каждом протоколе может выполняться только один шаг кривой плавления.

6-30 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

6.4.5 Редактирование шага протокола


Для редактирования шага протокола сначала щелкните по нужному шагу в панели
Protocol List для его выделения, затем щелкните по кнопке Edit Step
(Редактировать шаг) в панели редактирования протокола. Появятся
существующие параметры для этого шага. После выполнения нужных изменений
щелкните по кнопке Replace (Заменить) для ввода в протокол отредактированного
шага или щелкните по кнопке Cancel, чтобы оставить шаг без изменений.

6.4.6 Удаление шага протокола


Для удаления шага протокола щелкните по нужному шагу в панели Protocol List для
его выделения, затем щелкните по кнопке Delete Step (Удалить шаг) в панели
редактирования протокола для удаления шага из протокола. Оставшиеся шаги
протокола автоматически перенумеруются.

6.4.7 Внесение шага протокола между существующими шагами


Для вставки шага протокола между существующими шагами выделите шаг на
панели Protocol List, который будет следовать после нового вставленного шага. Все
шаги протокола добавляются непосредственно перед выделенным шагом на
панели Protocol List. Далее щелкните по кнопке, соответствующей типу шага,
который Вы хотите добавить.

6.4.8 Выход из окна Protocol Setup


После завершения ввода параметров файла протокола щелкните по кнопке OK,
расположенной в верхнем левом углу окна Protocol Setup, для возврата в окно
Master File. Графическое представление протокола, а также сводка об общем
количестве считываний плашки, кривых плавления и оценочная продолжительность
прогона появятся на панели Protocol Setup окна Master File.

Рисунок 6-19. Панель Protocol Setup окна Master File

Если Вы хотите избавиться от информации файла протокола и вернуться в окно


Master File, то щелкните по кнопке Cancel.

6.4.9 Сохранение файла протокола


Для сохранения вновь созданного файла протокола щелкните по кнопке Save
(Сохранить) на панели Protocol Setup окна Master File. Введите соответствующее
имя в поле имени File (Файл) окна Save. Щелкните по кнопке Save для сохранения
файла .prot.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-31


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

6.5 Сохранение основного файла


Для сохранения основного файла щелкните по кнопке Save на панели Master File
окна Master File. Введите соответствующее имя в поле имени File окна сохранения.
Щелкните по кнопке Save для сохранения файла .mast.

Вы можете также предпочесть не сохранять этот набор составляющих файлов и


перейти непосредственно к прогону (смотрите Главу 7 для информации об
инициализации прогона).

6.6 Назначение существующих файлов плашки и протокола


основному файлу
Для назначения существующих файлов плашки и протокола новому или
существующему основному файлу щелкните по кнопке Open (Открыть) на панели
окна Master File, соответствующей типу файла, который Вы хотите назначить, или
используйте меню быстрой загрузки для назначения существующих файлов
плашки/протокола основному файлу (смотрите раздел 6.2.4, "Использование меню
быстрой загрузки").

Щелчок по кнопке Open отобразит все файлы плашки/протокола в каталоге Shared


или, если был задан пользователь, в каталоге пользователя. Выберите нужный
файл или, если нужный файл был сохранен в другом месте, то используйте экран
броузера Windows для локализации файла, и затем щелкните по кнопке Open. Файл
плашки/протокола будет применен к основному файлу, а соответствующая сводка
появится в окне Master File.

Для просмотра вновь назначенного файла плашки или протокола и/или выполнения
любых необходимых изменений щелкните по кнопке Edit на соответствующей
панели окна Master File. Откроется окно Plate Setup или Protocol Setup, позволив
Вам изменить параметры файла. Выберите кнопку OK для сохранения всех
изменений и возврата в окно Master File, или выберите кнопку Cancel для возврата
в окно Master File без изменения файла плашки/протокола. Выберите кнопку Save
для сохранения всех изменений в файле плашки/протокола с тем же или вновь
назначенным именем файла.

Щелкните по кнопке Save на панели Master File для сохранения всех изменений в
основном файле.

Важное примечание: Если компонентный файл плашки или протокола


отредактирован и сохранен под тем же именем, то отредактированный файл
заменит оригинальный файл во всех основных файлах, в которых этот файл
был назначен.

6.7 Повторное использование основных файлов


Для каждого прогона не нужно создавать новый основной файл. Существующие
основные файлы могут повторно использоваться без изменения файлов плашки
или протокола, или же основной файл может редактироваться для учета таких
изменений, как другое расположение образцов в плашке.

Если прогон только что завершен, или если файл данных для ранее завершенного
прогона только что был отображен, а Вы хотите использовать тот же основной
файл, то щелкните по кнопке Repeat This Run (Повторить этот прогон). Для
очистки шаблона основного файла щелкните по кнопке Prepare New Run
(Подготовить новый прогон). Для отображения существующего основного файла
щелкните по кнопке Open на панели Master File или используйте меню быстрой
загрузки для открытия существующего основного файла. Для доступа в недавно
использовавшийся файл выберите нужный основной файл из списка Recent Master
Files (Недавно использовавшиеся основные файлы), расположенного под меню
File.

6-32 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Экспериментальная настройка и программирование „

Выбор кнопки Open отобразит все основные файлы в каталоге Shared или, если
был задан пользователь, в каталоге пользователя. Выберите нужный файл или,
если нужный файл был сохранен в другом месте, то используйте экран броузера
Windows для локализации файла, и затем щелкните по кнопке Open. Основной
файл будет применен к шаблону основного файла, а сводки соответствующих
файлов плашки и протокола появятся в окне Master File.

Для использования основного файла без изменений перейдите к Главе 7


"Инициализация и состояние прогона".

Вы можете также изменить основной файл перед инициализацией прогона,


редактируя назначенные файлы плашки или протокола (кнопка Edit), или заменив
файлы (кнопка Open или быстрая загрузка), или создав новые компонентные
файлы (кнопке New).

Щелкните по кнопке Save, если Вы хотите сохранить все изменения в основном


файле.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 6-33


7 Инициализация и
состояние прогона

7.1 Прогон протокола............................................................................................................. 7-2


7.2 Прерывание прогона ....................................................................................................... 7-3
7.3 Наблюдение состояния прогона ................................................................................... 7-3
7.3.1 Информация протокола на инструментальной линейке ................................... 7-3
7.3.2 Окно состояния...................................................................................................... 7-4
7.3.2.1 Экран состояния термоциклера.............................................................. 7-4
7.3.2.2 Экран состояния оптического чтения..................................................... 7-5
7.4 Выполнение анализа данных во время прогона ....................................................... 7-6

7-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

7.1 Прогон протокола


Перед инициализацией прогона проверьте, что отображается соответствующий
основной файл. Щелкните по кнопке Master (Основной) на инструментальной
линейке для доступа в окно Master File, если оно не отображается в настоящее
время. Если прогон только что завершен или если файл данных для ранее
завершенного прогона только что был отображен, то выберите кнопку Prepare New
Run (Подготовить новый прогон), если Вы хотите очистить шаблон основного
файла, или кнопку Repeat This Run (Повторить этот прогон), если Вы хотите
использовать тот же основной файл (смотрите Главу 6 для указаний о том, как
создавать и редактировать основные файлы).

Проверьте секцию Status (Состояние) в окошке состояния прогона, расположенном


в нижнем левом углу окна для того, чтобы убедиться в готовности прибора к началу
прогона (Рисунок 7-1, левый). Если секция Status указывает, что прибор не
подключен (No Instrument (Нет прибора)) (Рисунок 7-1, центральный), или что
дверца открыта (Door is Open) (Рисунок 7-1, правый), то устраните проблему,
прежде чем продолжить.

Рисунок 7-1. Окошко состояния прогона указывает, готов ли прибор

Начните прогон, щелкнув по кнопке Run (Прогон) на инструментальной линейке.


Появится окно броузера Windows, в котором Вас попросят назвать файл, где будут
сохраняться данные. Щелкните по кнопке Save (Сохранить), чтобы принять имя
файла, принятое по умолчанию, или введите соответствующее имя файла и затем
щелкните по кнопке Save. Файл данных будет сохранен, как файл .tad (acquired data
– собранные данные). Файл данных будет сохранен в каталоге выбранного
пользователя (смотрите раздел 6.2.2.2, "Задание пользователя").

7-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Инициализация и состояние прогона „

Имя файла данных, принятое по умолчанию, может быть установлено, используя


команду Filename Preferences (Предпочтительное имя файла) из меню User
(Пользователь). В имя файла, принятое по умолчанию, могут быть включены
следующие поля: имя пользователя, год (два формата на выбор), месяц (два
формата на выбор), день (два формата на выбор), время (шесть форматов на
выбор) и счетчик, который добавляет наращиваемое значение к имени файла.
Кроме этих переменных полей, имя файла, принятое по умолчанию, может
включать постоянные символы, например, подчеркивание между полями. Поля и
постоянные символы должны быть набраны в поле Data Filename Format (Формат
имени файла данных) в окне Filename Format (Формат имени файла) как в
следующем примере:

<year1>_<month2><day1>_<time4>

Эта настройка приведет к тому, что имя файла, принятое по умолчанию, будет
отформатировано следующим образом:

2004_March15_102013PM

7.2 Прерывание прогона


Щелкните по кнопке Stop (Стоп) на инструментальной линейке для остановки
прогона в любое время. Кнопка Skip (Обойти) может быть использована для
обхода следующего шага в файле протокола. Отметьте, что если Вы щелкнули
по кнопке Skip во время выполнения цикла безусловного перехода, то
программа обойдет цикл и выполнит следующий шаг протокола. Нажатие
кнопки Skip не обходит следующий шаг внутри цикла. Например, если в шаге 8
содержится безусловный переход в шаг 2, выполняемый 39 раз, а Вы нажали Skip
во время двадцатого выполнения шага 5, то программа перейдет в шаг 9
протокола, а не в шаг 6.

7.3 Наблюдение состояния прогона


7.3.1 Информация протокола на инструментальной линейке
Сводка информации о прогоне отображается в нижней половине инструментальной
линейки.

Рисунок 7-2. Окошко состояния прогона во время прогона

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 7-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Окошко состояния имеет три секции:


Состояние: Если прогон выполняется, то эта секция указывает текущий шаг и
номер цикла. Эта секция также указывает, когда выполняется считывание
плашки или шаг бесконечной выдержки, а также, что прибор открыт или
отсоединен (смотрите Рисунки 7-1 и 7-2).
Время: Эта секция отображает оценку того, сколько времени выполняется
эксперимент, сколько времени еще будет продолжаться текущий шаг и сколько
времени осталось до завершения всего прогона.
Температура: Отображает текущие температуры образца, блока и крышки.

7.3.2 Окно состояния


Окно Status (Состояние) позволяет Вам наблюдать за исполнением системой
протокола, просматривая экран Thermal Cycler Status (Состояние термоциклера),
или наблюдать за сбором данных в реальном времени, просматривая экран Optical
Read Status (Состояние оптического чтения). Экран Thermal Cycler Status
автоматически отображается в окне Status при инициализации прогона. Для
доступа в окно Status после отображения другого экрана щелкните по кнопке Status
на инструментальной линейке. Закладки в нижнем левом углу окна Status
производят переключение отображения между экранами Thermal Cycler Status и
Optical Read Status.

7.3.2.1 Экран состояния термоциклера

Панель Temperature
Graphs (Температурные
графики)
Масштабирование
по осям X и Y

Панель Temperature
Graph Display Options
(Опции отображения
температурных графиков)
Панель Protocol
(Протокол)

Рисунок 7-1. Экран Thermal Cycler Status

7-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Инициализация и состояние прогона „

Температурные профили являются приборами, отображаемыми на панели


Temperature Graphs (Температурные графики), расположенной в верхней части
экрана Thermal Cycler Status. Выберите соответствующий флажок на панели
Temperature Graph Display Options (Опции отображения температурных графиков)
для отображения графика зависимости температуры Sample (Образца), Block
(Блока) и/или Lid (Крышки) от времени. Для упрощения просмотра графика
используйте бегунки масштабирования по осям X и Y, расположенные слева от
графика, или щелкните правой кнопкой мыши и нарисуйте рамку вокруг участка
графика, который Вы хотите увеличить. Протокол перечисляется в нижней панели
окна с выделением текущего шага. Шаг END выделяется, если прогон завершен.

7.3.2.2 Экран состояния оптического чтения

Щелкните по закладке Optical Read Status для оперативного наблюдения за сбором


данных в реальном времени.

Панель Parameters (Параметры)

Схема Plate
(Плашка)
Список Graphed
Samples (Образцы,
отображенные на
графике)

График Data
(Данные)

Рисунок 7-2. Экран Optical Read Status

График зависимости флюоресценции от номера цикла может отображаться для


выбранных красителей в выбранных ячейках. Используйте схему Plate (Плашка)
для выбора ячеек, которые Вы хотите отобразить на графике (смотрите раздел
6.3.5, "Выбор и снятие выбора ячеек", для дополнительной информации), а также
используйте панель Parameters (Параметры), расположенную справа от схемы
Plate для выбора красителя(ей), который Вы хотите отобразить. Отметьте, что
никакие данные не появятся на график Data, пока Вы не выберете ячейку и
краситель.

Используйте поле Step (Шаг) на панели Parameters для отображения данных об


интенсивности сигнала для конкретного шага, если считывание плашки включено в
нескольких шагах протокола. Это особенно полезно, если, например, Вы хотите
наблюдать считывание плашки в шаге 3 и затем кривую плавления в шаге 6.

Выбранные ячейки будут выделены цветными рамками. Цвет рамки вокруг ячейки
соответствует цвету координат/описаний ячейки в списке Graphed Samples и цвету
трассы интенсивности флюоресценции на графике Data.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 7-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Снимите выбор всех ячеек, щелкнув по любой выбранной ячейке. Для снятия
выбора подмножества ячеек, удерживайте нажатой управляющую клавишу и
щелкните по ячейке(ам), выбор которой Вы хотите снять. Ячейка(и) больше не
будет находиться в цветной рамке, а соответствующая трасса интенсивности
флюоресценции будет удалена с графика Data.

Снимите выбор ранее выбранного красителя, щелкнув по его названию на панели


Parameters. Данные для этого красителя больше не будут появляться на графике
Data ни для одной из выбранных ячеек.

Для выделения результатов, связанных с конкретной ячейкой на схеме плашки,


графике Data и списке Graphed Samples, выполните одно из следующих действий:

Переместите курсор на ячейку в схеме Plate. Цифра колонки и буква ряда для
этой ячейки будут выделены на схеме Plate. Ячейка также будет выделена в
списке Graphed Samples, а ее трасса будет выделена жирной линией на графиках
Data и Standards (Стандарты).

Переместите курсор на конкретную трассу графика для выделения жирной линией


трассы и отображения координат x и y, соответствующих позиции курсора на
трассе. Соответствующая ячейка на схеме Plate и координаты ячейки в списке
Graphed Samples также будут выделены.

Выберите ячейку из списка Graphed Samples для выделения координат ячейки на


схеме Plate и выделения жирной линией ее трассы на графике Data.

7.4 Выполнение анализа данных во время прогона


Программное обеспечение Opticon Monitor позволяет пользователям
анализировать данные во время выполнения протокола. Окна Quantitation
(Количественный анализ), Analysis (Анализ) и Melting Curve (Кривая плавления)
могут использоваться для просмотра данных, собранных до настоящего времени
в текущем прогоне (смотрите Главу 8 для дополнительной информации об этих
окнах). Во время выполнения текущего прогона можно анализировать данные,
собранные во время предыдущего прогона. Для анализа ранее собранных данных
во время прогона выберите путь File (Файл)->Open (Открыть)-> Data File (Файл
данных), который Вы обычно используете для открытия файла данных. Окна
Status (Состояние), Quantitation, Melting Curve и Analysis отобразят данные из
предыдущего прогона, и анализ данных может выполняться в этих окнах, как
обычно. Protocol Info (Информация протокола) в окне состояния прогона (в
нижнем левом углу окна) будет продолжать контролировать состояние текущего
прогона. Для закрытия набора данных и возврата к прогону текущего протокола
выберите опцию Reattach to Run (Повторно подключиться к прогону),
расположенную в меню File.

Можно также открыть вторую сессию Opticon Monitor во время выполнения


прогона – просто выполните те же действия, что при открытии начальной сессии.

7-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


8 Анализ данных

8.1 Возможности анализа в программном обеспечении Opticon Monitor ................... 8-3


8.2 Основные принципы количественного анализа в реальном времени ................. 8-3
8.3 Просмотр данных и выполнение абсолютного количественного анализа.......... 8-4
8.3.1 Экран Graphs ......................................................................................................... 8-4
8.3.1.1 Элементы экрана Graphs ........................................................................ 8-5
8.3.2 Использование схемы плашки для просмотра интенсивности
флюоресценции .................................................................................................. 8-5
8.3.3 График Data ........................................................................................................... 8-6
8.3.4 Настройка графика Data ....................................................................................... 8-8
8.3.5 Расположение пороговой линии .......................................................................... 8-9
8.3.6 График Standards ............................................................................................... 8-10
8.3.6.1 Настройка стандартной кривой ............................................................ 8-11
8.3.7 Изменение значений стандартов количественного анализа .......................... 8-12
8.3.8 Управление группами ячеек............................................................................... 8-12
8.3.9 Экран Quantity Calculations ................................................................................. 8-13
8.4 Кривая плавления .......................................................................................................... 8-14
8.4.1 Отображение ....................................................................................................... 8-15
8.4.1.1 Выбор красителей, ячеек и/или наборов ............................................. 8-15
8.4.1.2 Выбор опций вычитания фона.............................................................. 8-16
8.4.1.3 Опции отображения ............................................................................... 8-17
8.4.2 Вычисления кривой плавления.......................................................................... 8-19
8.5 Дополнительные опции анализа ................................................................................ 8-21
8.5.1 Анализ относительных выражений ................................................................... 8-21
8.5.1.1 Относительное выражение, использующее Дельта-CT и Дельта-
Дельта-CT ................................................................................................................................................... 8-21
8.5.1.2 Опции анализа выражений в программном обеспечении Opticon
Monitor .................................................................................................... 8-22
8.5.1.3 Экран вычисления относительных выражений................................... 8-24
8.5.2 Идентификация по составу ДНК с помощью графиков рассеяния ................ 8-25
8.5.2.1 Идентификация индивидуальных ячеек и наборов в графике
рассеяния .............................................................................................. 8-26
8.5.2.2 Задание подмножеств данных в графике рассеяния ........................ 8-26
8.5.2.3 Редактирование группы ........................................................................ 8-27
8.5.2.4 Таблица Calculations ............................................................................. 8-28

Содержание продолжается на следующей странице

8-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

8.6 Экспорт и печать данных ............................................................................................. 8-29


8.6.1 Экспорт данных ................................................................................................... 8-29
8.6.2 Копирование результатов в буфер обмена ...................................................... 8-30
8.6.2.1 Из окна Quantitation................................................................................ 8-30
8.6.2.2 Из окна Melting Curve............................................................................. 8-30
8.6.2.3 Из окна Analysis...................................................................................... 8-31
8.6.3 Создание и печать отчетов ................................................................................ 8-31

8-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.1 Возможности анализа в программном обеспечении


Opticon Monitor
Опции анализа, доступные в программном обеспечении Opticon Monitor, включают
абсолютный количественный анализ, использующий стандартные кривые;
относительный количественный анализ, использующий ∆CT и ∆∆CT; определение
генотипа путем кластеризации образцов на графике рассеяния CT относительно CT;
анализ кривой плавления и вычисление температуры плавления (Tm). В этой главе
описываются способы выполнения этих анализов.

8.2 Основные принципы количественного анализа в


реальном времени
Обнаружение в реальном времени флюоресценции продуктов ПЦР позволяет
вычислять первоначальное количество присутствия шаблона в различных
образцах. Это производится путем подсчета количества циклов ПЦР, необходимых
для достижения заданного уровня флюоресценции (пороговой флюоресценции). В
связи с тем, что интенсивность флюоресценции отражает количество продукта, то
образцы, которые первоначально имели больше шаблона, потребуют меньшее
количество циклов ПЦР для достижения порога, чем образцы с меньшим
количеством шаблона. Это строгая взаимосвязь, которая может быть задана
математически: количество циклов, необходимых для достижения порога (то есть
пороговый цикл или величина CT), обратно пропорционально логарифму
первоначального числа шаблона. Поэтому значения CT могут использоваться для
подсчета первоначальных количеств шаблона.

Для подсчета первоначального количества шаблона в образце необходимо сначала


задать порог флюоресценции, при котором различные образцы и ссылки будут
сравниваться. Самый простой способ для этого – сначала начертить зависимость
флюоресценции от номера цикла, а затем располагать линию порога на графике в
точке, где сигналы превосходят фоновые уровни и начинают увеличиваться
экспоненциально. Величина CT для отдельного образца затем задается, как цикл,
при котором трасса флюоресценции образца пересекла линию порога.

Значения CT, полученные в разных образцах, сравниваются с CT ссылок для


вычисления абсолютного или относительного количества шаблона. Если стандарты
количественного анализа с диапазоном известных количеств шаблона
используются в качестве ссылок, то можно сгенерировать линейную стандартную
кривую зависимости логарифма количества шаблона от CT. Абсолютное количество
первоначального шаблона в неизвестных образцах затем может быть
интерполировано из стандартов, используя значения CT образцов. Если стандарты
количественного анализа недоступны, то количество шаблона в одном образце
может быть вычислено относительно другого образца на основании разницы в
значениях CT, ∆CT.

Программное обеспечение Opticon Monitor автоматически генерирует стандартные


кривые для абсолютного количественного анализа, если стандарты заданы в
настройке плашки. Программное обеспечение также оценивает эффективность
реакции и вычисляет значения ∆CT для анализа относительных выражений.
Последующие разделы описывают эти функции более подробно.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

8.3 Просмотр данных и выполнение абсолютного


количественного анализа
Окно Quantitation (Количественный анализ) отображает графики данных
интенсивности флюоресценции и автоматически генерирует стандартную кривую
(если стандарты количественного анализа были заданы во время настройки
плашки). В этом окне Вы можете настроить опции анализа данных, положение
линии порога, настроить стандартную кривую и вычислить количество образца,
первоначально участвующего в реакции. Если прогон выполняется или только что
завершен, щелкните по кнопке Quantitation (Количественный анализ) на
инструментальной линейке для просмотра данных количественного анализа.

Для доступа к ранее сгенерированному файлу данных выберите пункт Open


(Открыть) и затем Data File (Файл данных) из меню File (Файл). Выберите нужный
файл из стандартного окна просмотра. Для просмотра недавно созданного или
просматриваемого файла данных выберите нужный файл из списка Recent Data
Files (Последние файлы данных), доступного из меню File. При загрузке файла
данных отображается окно Quantitation.

Окно Quantitation имеет два экрана: экран Graphs (Графики) и экран Quantity
Calculations (Количественные вычисления). Переключение между этими экранами
производится щелчком по закладкам, расположенным в верхней части окна.
Свойства этих экранов описаны в следующих разделах.

8.3.1 Экран Graphs

Экран Graphs является экраном, отображаемым по умолчанию в окне Quantitation.


Основное назначение этого экрана – установка параметров, включая порог
флюоресценции, для точного вычисления количеств шаблона. Этот экран может
также использоваться для просмотра графиков данных флюоресценции,
измеренных в каждом цикле протокола, и для описания относительных
интенсивностей флюоресценции, измеренных во всех ячейках плашки во время
конкретного цикла.
Панель Graphed Samples (Образцы, отображенные Селективные кнопки
на графике) (отображающая наборы) Ячейки/Наборы

Схема Plate
(Плашка)

Панель Options
(Опции)
Поля
Dye (Краситель),
Step (Шаг) и
Cycle (Цикл)
График Data График Standards
(Данные) (Стандарты)

Закладки для
выбора типа
графика

Закладки для
выбора экрана
Рисунок 8-1. Экран Graphs окна Quantitation

8-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.3.1.1 Элементы экрана Graphs

Экран Graphs содержит следующие панели и поля. Они более подробно


обсуждаются в последующих разделах этой главы:

Схема Plate (Плашка) является представлением ячеек в микроплашке. Она


используется для выбора ячеек, для которых будут отображаться данные на
графике Data. Она также может отображать интенсивность флюоресценции,
измеренную в каждой ячейке, и показывать наборы ячеек.

Поля Dye (Краситель), Step (Шаг) и Cycle (Цикл), расположенные ниже схемы Plate,
используются для выбора основного красителя, для которого будут отображаться
данные флюоресценции, шага протокола, для которого будут отображаться данные
(если протокол имеет несколько шагов считывания плашки), и цикла, если он
имеется, для которого Вы хотите выделить данные.

Панель Graphed Samples (Образцы, отображенные на графике) перечисляет


выбранные ячейки, если выбрана опции Wells (Ячейки), и перечисляет все наборы,
если выбрана опция Sets (Наборы). Когда выбрана опция Sets, эта панель может
использоваться для выбора наборов, для которых будут отображаться итоговые
данные на графике Data, или для выбора всех ячеек в данном наборе. Вы можете
также управлять группами ячеек на этой панели.

Панель Options (Опции) используется для задания того, должны ли незаполненные


ячейки вычитаться из образцов и стандартов, для выбора способа вычитания
базовой линии и для выбора способа расположения линии порога.

Нижняя панель отображает график Data зависимости флюоресценции (или


логарифма флюоресценции) от номера цикла, график Standards (Стандарты)
логарифмических значений относительно цикла CT, или Both (Оба), в зависимости
от того, по какой закладке, расположенной в левой стороне, выполнен щелчок.

8.3.2 Использование схемы плашки для просмотра интенсивности


флюоресценции
Схема Plate может отображать приблизительную интенсивность флюоресценции,
которая была измерена в каждой ячейке во время каждого цикла амплификации.
Затенение ячейки на схеме Plate связано с интенсивностью сигнала, измеренной в
этой ячейкой для конкретных красителя, шага и цикла, заданных в полях,
расположенных под схемой.

Ячейки с более сильной


флюоресценцией Ячейки с более слабой
флюоресценцией

Рисунок 8-2. Интенсивности ячеек, отображенные на схеме Plate

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Темно-серые ячейки указывают на слабый сигнал или отсутствие сигнала, тогда как
белые и светло-серые ячейки – на сильный сигнал. Обычно, если Вы используете
стрелки, расположенные рядом с полем Cycle (Цикл) для прокрутки через циклы, то
ячейки светлеют по мере увеличения номера цикла, указывая на увеличение
интенсивности флюоресценции. Выполнив прокрутку до последнего цикла, Вы
можете получить индикацию конечной интенсивности флюоресценции в каждой
ячейке.

Используйте поле Dye, чтобы увидеть интенсивность флюоресценции для


конкретного красителя на схеме Plate и графике Data (смотрите следующий
раздел). Для отображения данных о флюоресценции для конкретного шага, если
считывание плашки было выполнено в нескольких шагах протокола, введите номер
шага в поле Step или используйте кнопки со стрелками для прокрутки к нужному
шагу. Используйте поле Cycle для просмотра (на схеме Plate) интенсивности
сигнала, измеренной во время конкретного цикла, как описано выше. Вы можете
также использовать поле Cycle для отметки конкретного цикла на графике Data
вертикальной пунктирной линией.

8.3.3 График Data


График Data (Данные) отображает флюоресценцию, измеренную в каждом цикле в
выбранных ячейках. Кроме того, график Data может отобразить среднее значение
флюоресценции, измеренной в каждом цикле во всех ячейках выбранных наборов.
Стандартное отклонение флюоресценции в наборах ячеек отображается, как
полосы ошибок на кривой среднего значения флюоресценции.

Щелкните по закладке Data, расположенной на левой стороне панели графика для


отображения большого графика зависимости флюоресценции от номера цикла.
Отметьте, что график не будет отображаться, пока не выбрана хотя бы одна
ячейка.

Кривая среднего значения


флюоресценции для
одного набора ячеек

Индивидуальные кривые
флюоресценции для трех
ячеек в одном наборе
ячеек

Рисунок 8-3. График данных флюоресценции

Для изображения данных для индивидуальных ячеек, используйте схему Plate для
выбора (смотрите раздел 6.3.5, "Выбор и снятие выбора ячеек"). Для изображения
среднего значения и стандартного отклонения флюоресценции для набора ячеек,
выберите Sets (Наборы) на панели Graphed Samples (Образцы, отображенные на
графике) и затем щелкните по названию набора. Если Вы больше не хотите
отображать суммарные данные, то повторно щелкните по набору ячеек. Для
отображения неусредненных данных для каждой ячейки в конкретном наборе,
щелкните по окрашенной закладке (на панели Graphed Samples), расположенной
слева от набора, который Вы хотите отобразить.

8-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

Выбранные ячейки появятся на схеме Plate c цветными контурами. Цвет контура


вокруг ячейки аналогичен тому, который используется для окраски кривой
интенсивности флюоресценции ячейки на графике Data. Если на панели Graphed
Samples выбраны Wells, то каждая ячейка, для которой чертятся данные,
окрашивается по-разному, и цвет появляется на закладке, расположенной слева от
координат ячейки в списке Graphed Samples. Если на панели Graphed Samples
выбраны Sets, то данные для всех ячеек в данном наборе изображаются в
одинаковом цвете, и этот цвет появляется на закладке, расположенной слева от
названия набора на панели Graphed Samples.

Данные интенсивности флюоресценции для красителя, который выбран в поле Dye,


расположенном под схемой Plate, отобразятся на графике Data. Если опция All dyes
(Все красители) выбрана в поле, расположенном в верхней части панели графика
Data, то данные интенсивности для красителя, выбранного в поле Dye, будут
начерчены сплошной линией, а данные для другого красителя будут начерчены
пунктирной линией того же цвета.

Выберите опцию Auto scale (Автоматическое масштабирование) для подстройки


масштаба по оси y в соответствии с отображаемыми данными флюоресценции.

Для отображения зависимости логарифма флюоресценции от номера цикла,


которая может быть полезна при установке пороговой линии (смотрите раздел
8.3.5, "Расположение пороговой линии"), выберите опцию Log scale
(Логарифмический масштаб) в верхней части панели графика Data.

Рисунок 8-4. Логарифм данных флюоресценции

Для расширения участков графика щелкните правой кнопкой мыши и нарисуйте


рамку вокруг участка графика, который Вы хотите увеличить. Или же используйте
бегунки X и Y, расположенные слева от графика, для изменения масштаба по осям
x и y. Линейки прокрутки вдоль осей могут использоваться для расположения
интересующего участка на панели отображения. Двойной щелчок правой кнопкой
мыши по панели графика произведет возврат к полному изображению графика.

Перемещение курсора по кривой данных будет выделять кривую жирной линией и


отображать значение CT вместе с координатами x и y, соответствующими текущей
позиции курсора на кривой. Кроме того, координаты соответствующей ячейки будут
выделены на схеме Plate, а информация ячейки будет выделена жирным шрифтом
в списке Graphed Samples, если выбрано Wells. Перемещение курсора над ячейкой
в схеме Plate или описанием в списке Graphed Samples будет выделять жирной
линией соответствующую кривую на графике Data, выделять координаты ячейки на
схеме Plate и выделять жирным шрифтом название в списке Graphed Samples
(однако, значение CT не будет показано на графике).

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-7


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Полоса бегунка Smooth (Сгладить), расположенная в верхней части панели


графика, позволяет пользователю сглаживать отображение данных, создавая
скользящее среднее значение над переменным количеством точек. Например, 3-
точечное сглаживание берет каждую конкретную точку данных, вместе с
предшествующей и последующей точками, и определяет их среднее значение. Это
среднее значение затем отображается на графике вместо оригинальной точки
данных. По умолчанию, настройка Smooth равна 3. Пользователь может полностью
выключить сглаживание, переместив бегунок в крайнее левое положение.
Сглаживание данных для каждого красителя выполняется независимо, после
выбора красителя в поле Dye, расположенном под схемой Plate. Отметьте, что
сглаживание данных может изменить значение CT и поэтому повлиять на
количественные вычисления.

8.3.4 Настройка графика Data


Вы можете выполнить выбор из следующих элементов панели Options (Опции) окна
Quantitation для настройки графика данных:
• Subtract blanks (Вычесть незаполненные ячейки): Если выбрана эта опция, то
флюоресценция, измеренная во всех ячейках, назначенных как
незаполненные, будет усреднена и вычтена из флюоресценции, измеренной во
всех ячейках, назначенных, как образцы или стандарты количественного
анализа, по принципу "цикл за циклом". Отметьте, что обычно этого не нужно
для точного количественного анализа.
• Subtract baseline (Вычесть базовую линию): Если выбрана эта опция, то
значение флюоресценции базовой линии (или набор значений в случае опции
Trend), будет вычтено из данных флюоресценции, собранных в каждой ячейке.
Это значение вычисляется на основании сигналов, измеренных в каждой
ячейке, и поэтому будет меняться от ячейки к ячейке. Опция базовой линии
должна быть выбрана перед изображением стандартной кривой.
Имеются четыре опции, обеспечивающие задание значения сигнала базовой
линии для ячейки:
• Minimum over cycle range (Минимум для диапазона циклов): Значение
сигнала базовой линии для каждой ячейки определяется, как минимальное
значение флюоресценции, измеренное в этой ячейке в диапазоне циклов,
заданном в окошках Cycle Range (Диапазон циклов).
• Average over cycle range (Среднее для диапазона циклов): Значение
сигнала базовой линии для каждой ячейки определяется, как среднее
значение флюоресценции, измеренной в этой ячейке, вычисленное в
диапазоне циклов, заданном в окошках Cycle Range.
• Global minimum (Абсолютный минимум): Сигнал базовой линии
определяется, как минимальное значение флюоресценции, измеренное в
этой ячейке во всех циклах.
• Trend (Тенденция): Программное обеспечение Opticon Monitor ищет
начальную тенденцию увеличения или уменьшения флюоресценции и
вычисляет базовую линию для вычитания из сигналов, которое уничтожит
эту тенденцию. При выборе этой опции, Global minimum используется для
установки базовой линии для данных из циклов, выходящих за пределы
тенденции.
• Suppress pre-threshold data (Подавлять данные, не превышающие порог): Эта
опция может использоваться для задания самого раннего цикла, для которого
данные отображаются на графике Data. Если выбрана эта опция, а бегунок
расположен в крайнем правом положении, то данные флюоресценции для
выбранных ячеек будут отображаться только для цикла, в котором пороговая
флюоресценция превышена (пороговый цикл), и для последующих циклов.

8-8 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

Перемещение бегунка влево увеличивает количество циклов, предшествующих


пороговому циклу, которые отображаются. Если бегунок расположен в крайнем
левом положении, то самый ранний цикл, чьи данные флюоресценции
отображаются, будет находиться на 10 циклов перед пороговым циклом.
• Threshold (Порог): Эти две опции предназначены для расположения пороговой
линии, которая определяет каждый пороговый цикл кривой флюоресценции
(CT) для использования в количественном анализе номера начальной копии
(смотрите следующий раздел, "Расположение пороговой линии").

8.3.5 Расположение пороговой линии


Пороговая линия, иногда называемая линией CT, появляется как штриховая
горизонтальная линия на графике Data. Обычно эта линия должна располагаться
так, чтобы на графике данных с вычитанием базовой линии она пересекала кривые
флюоресценции в точке, где интенсивности сигналов превосходят фоновые уровни
и начинают экспоненциально увеличиваться. Пороговая линия должна
устанавливаться независимо для каждого красителя.

Для настройки положения пороговой линии выберите одну из опций Threshold на


панели Options, или щелкните левой кнопкой мыши и перетащите пороговую линию
в нужное положение на графике Data. Если никакой пороговой линии не появилось
на графике, то выберите опцию Manual (Ручная) из опций Threshold и введите
значение, которое меньше максимального значения флюоресценции,
отображенного на оси y графика. Далее перетащите пороговую линию в нужное
положение.

Опции для настройки пороговой линии включают:


• Manual: Пороговая линия может быть установлена вручную путем ввода
порогового значения для интенсивности флюоресценции или путем
перетаскивания пороговой линии в нужное положение на графике.
• Standard deviation over cycle range (Стандартное отклонение для диапазона
циклов): Пороговая линия может быть установлена на задаваемое
пользователем кратное число стандартных отклонений выше средней
флюоресценции, определенных на диапазоне циклов, заданном
пользователем (в панели над опциями Threshold). Максимально допускаются
10 стандартных отклонений.

Часто бывает полезно рассматривать одновременно графики Data и Standards


(если стандарты использовались) при определении положения пороговой линии.
Наилучший вариант для установки пороговой линии часто может быть определен
при наблюдении влияния каждой опции на соответствие стандартов
количественного анализа линейной стандартной кривой (смотрите следующий
раздел для дополнительной информации). Влияние положения пороговой линии на
стандартную кривую можно легко увидеть, если перетаскивать линию вверх и вниз.

Просмотр зависимости логарифма флюоресценции от номера цикла путем выбора


опции Log scale, расположенной над графиком Data, может позволить Вам более
точно установить пороговую линию. В изображении с логарифмическим масштабом
пороговая линия должна располагаться на линейном участке кривой, но не ниже
кривой, как на графике зависимости флюоресценции от номера цикла.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-9


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

8.3.6 График Standards


Для отображения большого графика Standards (Стандарты) щелкните по закладке
Standards, расположенной в левой стороне панели Graphs.

Рисунок 8-5. График Standards

Стандартные кривые автоматически генерируются, используя информацию,


обеспечиваемую в окне Specify Quantitation Standards (Задать стандарты
количественного анализа) во время создания основного файла. График(и)
Standards изображает зависимость десятичного алгоритма начального количества
(нанограммы, копии и т.д.) от значения CT для ячеек, заданных в качестве
стандартов для красителя, выбранного в поле Dye (ниже схемы Plate). Линия
автоматически подгоняется к этим данным, а уравнение для этой линии
отображается над графиком Standards. Если над графиком Data выбрана опция All
Dyes (Все красители), то данные стандартов для красителя, выбранного в поле
Dye, будут отображены сплошной линией, тогда как данные для второго красителя
будут отображены штриховой линией. Уравнение линии для красителя, выбранного
в поле Dye, будет единственным отображенным уравнением. Отметьте, что опция
All Dyes может быть выбрана, только если отображается график Data.

Если наборы ячеек были созданы в окне Plate Setup, то может быть отображено
среднее значение CT скопированных стандартов, вместе с полосами ошибок,
представляющими стандартное отклонение, путем выбора флажка Use replicates
(Использовать копии), расположенного над графиком Standards. Вы должны
выбирать и снимать выбор флажка Use replicates индивидуально для каждого
красителя; выбор этой опции влияет только на краситель, выбранный в поле Dye.
Для отображения суммарных данных для другого красителя, выберите этот
краситель, затем щелкните по флажку Use replicates.

Над графиком Standards записано уравнение, кратко описывающее линейную


стандартную кривую и значение r2 для этой линии, относящееся к красителю,
выбранному в поле Dye. Эти элементы могут помочь в расположении порога. Для
просмотра уравнения и значения r2 для другого носителя, замените краситель,
выбранный в поле Dye.

Линейное уравнение имеет форму y = mx + b, где m – это наклон линии, а b –


уровень пересечения оси y. Теоретически, если во время каждого цикла было
достигнуто идеальное повторение шаблона, то наклон линии должен быть равен
-0,30. Если пороговая линия надлежащим образом расположена, то наклон должен
быть близок к этому значению.

8-10 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

Величина r2 (r во второй степени) является квадратом коэффициента корреляции,


часто называемого коэффициентом определенности. Это число указывает, какая
часть изменения в одной переменной объясняется изменением в другой
переменной. Другими словами, величина r2 говорит, насколько близко к линии
регрессии лежат точки данных. Значение r2 может находиться в пределах между 0 и
1, причем значения, близкие к 1, указывают на хорошее совпадение. Значение r2,
равное 0,999 указывает, что линейная стандартная кривая объясняет 99,9%
изменений данных. В идеале, если пороговая линия правильно расположена, то
значение r2 будет превышать 0,990.

Выберите опцию Selected wells (Выбранные ячейки) для отображения данных


количественного анализа из ячеек, выбранных на схеме Plate или в списке Graphed
Samples. Точки данных образца отображаются с серыми символами. Если набор
ячеек выбран в списке Graphed Samples и если флажок Use replicates выбран над
графиком Standards, то будет отображена средняя флюоресценция набора
образцов с полосами ошибок, представляющими стандартное отклонение.

Окошко Toggle Axis (Переключить оси), расположенное в нижнем левом углу


графика Standards, позволяет Вам переключать оси x и y графика, если у Вас
имеются определенные предпочтения по поводу отображения данных. По
умолчанию график отображает CT по оси x, а значение логарифма – по оси y.
Щелчок по окошку Toggle Axis переключает оси таким образом, что CT оказывается
на оси y. Отметьте, что значение r2 и наклон в уравнении, описывающем
стандартную кривую, также изменятся. Если значение логарифма отображается
вдоль оси x, то наклон -3,32 указывает на идеальное повторение, а пересечение
оси y (b) указывает чувствительность.

Если график Standards не отобразился автоматически при открытии окна


Quantitation, то проверьте, что пороговая линия надлежащим образом установлена
в графике Data и что стандарты количественного анализа были заданы в окне
Specify Quantitation Standards (смотрите раздел 8.3.7, "Изменение значений
стандартов количественного анализа").

8.3.6.1 Настройка стандартной кривой

При необходимости Вы можете настроить стандартную кривую путем снятия


выбора для удаленных точек. Перемещение курсора над точкой данных будет
увеличивать размер этой точки и выделять соответствующую ячейку на схеме
плашки, в списке Graphed Samples и на графике Data. Для исключения точки из
стандартной кривой щелкните по кнопке, и она станет красной, указывая на то, что
она больше не используется в вычислении линии. Стандартная кривая будет
автоматически пересчитана. Повторный щелчок по точке снова включит точку в
вычисление кривой; точка снова станет черной.

Примечание: Если исключенная точка является частью набора ячеек, то она по-
прежнему будет включаться в среднее значение, если выбрано Use Replicates. Для
исключения ячейки из подсчета среднего значения Вы должны удалить ее из
набора в окне Plate Setup. (Смотрите раздел 6.3.12, "Создание наборов ячеек".)

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-11


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

8.3.7 Изменение значений стандартов количественного анализа


Если при создании основного файла была сделана ошибка во введении стандартов
количественного анализа, или стандарты количественного анализа не были
заданы, то Вы можете изменить или добавить стандарты количественного анализа
на фазе анализа данных.

Для изменения значений стандартов сначала щелкните по кнопке Master


(Основной) на инструментальной линейке. Щелкните по кнопке Edit
(Редактировать) на панели Plate Setup и выполните нужные изменения в
стандартах количественного анализа, как это описано в Главе 6. Щелкните по
кнопке OK для возврата в окно Master File и затем щелкните по кнопке Quantitation
(Количественный анализ) на инструментальной линейке для продолжения анализа
данных с измененными стандартами.

8.3.8 Управление группами ячеек


По умолчанию программное обеспечение Opticon Monitor использует все ячейки,
классифицированные, как стандарты, для генерации стандартной кривой. В
некоторых случаях, как при одновременном прогоне двух экспериментов с разными
стандартами количественного анализа, Вы можете захотеть использовать
подмножество стандартов для генерации стандартной кривой, используемой в
количественном анализе подмножества ячеек. При этом график Standards будет
включать только стандарты, представленные в выбранной группе.

Для задания групп ячеек щелкните по кнопке Manage (Управлять) на панели


Graphed Samples. Появится окно, перечисляющее все заданные группы (группы
могут быть также заданы в окнах Plate Setup, Melting Curve и Analysis). Следуйте
указаниям раздела "Управление группами ячеек" в Главе 6 для создания новой
группы или для удаления существующей группы.

Для выбора ранее заданной группы используйте выпадающее меню Group (Группа)
на панели Graphed Samples. Если группа выбрана, то все ячейки, не являющиеся
членами этой группы, будут отображены, как пустые (то есть серые с символом X,
пересекающим их) на схеме Plate. График Standards будет отображать только
данные в выбранной группе, которые назначены, как стандарты. Если никакие
ячейки в выбранной группе не назначены, как стандарты, то стандартная кривая не
будет отображаться и не будут выполняться количественные вычисление ни для
одной ячейки.

Для просмотра данных из всех ячеек, которые имеют назначенное содержание (то
есть всех непустых ячеек), выберите пункт Default (По умолчанию) из выпадающего
меню Group на панели Graphed Samples.

8-12 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.3.9 Экран Quantity Calculations


Второй экран окна Quantitation, экран Quantity Calculations (Количественные
вычисления) отображает таблицы данных, вычислений и итоговой статистики для
наборов ячеек и индивидуальных ячеек. Щелкните по закладке Quantity Calculations
для отображения этого экрана.

Рисунок 8-6. Экран Quantity Calculations

Используйте селективные кнопки, расположенные в верхней части экрана, для


выбора Show all wells and sets (Показать все ячейки и наборы) или Show selected
only (Показать только выбранные). Для последнего варианта, ячейки и наборы
выбираются на экране Graphs. При желании, ячейки могут сортироваться щелчком
по любому заголовку колонки.

Таблица Wells (Ячейки) перечисляет для каждого красителя в каждой (выбранной)


ячейке:
• координаты ячейки (Well)
• краситель (Dye)
• классификацию содержания (стандарт, образец, незаполненная) (Content)
• любое описание, введенное во время настройки плашки (Description)
• примерную эффективность реакции (Efficiency), которая определяется
следующим образом: линия подгоняется к трем точкам – точке, где кривая
флюоресценции пересекает пороговую линию, и точкам, соответствующим
интенсивности флюоресценции в следующих двух циклах. Наклон этой линии
является приближенной эффективностью реакции. Эффективность может
также указываться в процентах (100% эффективность означает, что произошло
полное дублирование, и наклон равен 2), если выбрать флажок Efficiency as %
(Эффективность, как %), расположенный в верхней части экрана
• значение CT, номер цикла, при котором кривая интенсивности флюоресценции
для ячейки пересекла пороговую линию на графике Data
• начальное количество шаблона, заданное пользователем (для стандартов) или
вычисленное путем интерполяции из стандартов (для образцов), выраженное в
единицах измерения, заданных во время настройки плашки.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-13


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Таблица Sets (Наборы) перечисляет для каждого красителя в каждом (выбранном)


наборе (Используйте бегунок, расположенный в нижней части таблицы, чтобы
увидеть скрытые колонки):
• название набора ячеек (Set)
• краситель, используемый в каждом наборе (Dye)
• тип набора (репликатор или калибратор) (Type)
• классификацию содержания (стандарт, образец, незаполненная) ячеек в
наборе (Content)
• любое описание, данное набору (Description)
• эффективность реакции (Efficiency), вычисленную, как описано выше, или
кривая средней флюоресценции для набора, то есть кривая, проведенная
через средние значения измерений флюоресценции в каждом цикле
• значение CT, кривой средней флюоресценции
• количество шаблона, вычисленное для значения CT кривой средней
флюоресценции (в единицах измерения, заданных во время настройки
плашки).
• среднее значение (Avg) индивидуальных значений CT ячеек в наборе
• максимальное значение (Max) индивидуальных значений CT ячеек в наборе
• минимальное значение (Min) индивидуальных значений CT ячеек в наборе
• стандартное отклонение (SD) индивидуальных значений CT ячеек в наборе
• количество шаблона, вычисленное для средних, максимальных и минимальных
индивидуальных значений CT ячеек в наборе
• стандартное отклонение количеств шаблона, вычисленных из индивидуальных
значений CT ячеек в наборе

Щелкните по кнопке Copy to Clipboard (Копировать в буфер обмена) для


копирования количественных вычислений в буфер обмена для переноса в
программы обработки текста и электронных таблиц.

8.4 Кривая плавления


В связи с тем, что температура плавления нуклеиновой кислоты определяется
длиной, содержанием G+C и наличием несоответствий оснований, то кроме других
факторов, продукты часто можно различить по их температуре плавления (Tm).
Анализ кривой плавления может быть использован для проверки того, что только
нужная цель была амплифицирована, часто устраняя необходимость в
электрофорезе.

Для генерации профиля плавления Вы должны использовать индикаторный


химикат, чья флюоресценция зависит от присутствия двухнитевой ДНК (например,
SYBR Green I). Для генерации кривой плавления флюоресценция образца повторно
измеряется по мере постепенного повышения температуры. Уменьшение
флюоресценции наблюдается по мере развития плавления с резким понижением
при температуре плавления. Это резкое понижение проявляется в виде пика на
графике зависимости отрицательной первой производной интенсивности
флюоресценции от времени.

8-14 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

Если прогон выполняется или только что завершен, щелкните по кнопке Melting
Curve (Кривая плавления) на инструментальной линейке для анализа данных
кривой плавления. Для доступа к ранее сгенерированному файлу данных выберите
пункт Open (Открыть) и затем Data File (Файл данных) из меню File (Файл).
Выберите нужный файл из стандартного окна просмотра. Для просмотра недавно
созданного или просматриваемого файла данных выберите нужный файл из списка
Recent Data Files (Последние файлы данных), доступного из меню File. После
загрузки файла данных щелкните по кнопке Melting Curve на инструментальной
линейке для анализа данных кривой плавления.

8.4.1 Отображение
Экран Display (Отображение) является экраном, отображаемым по умолчанию, в
окне анализа кривой плавления. В этом окне Вы можете отобразить график
зависимости флюоресценции от температуры, график зависимости –dI/dT от
температуры или оба графика для ячеек, выбранных на схеме Plate (Плашка), или
для наборов, выбранных на панели Graphed Samples (Образцы, отображенные на
графике) (если выбран флажок Sets (Наборы)).

dI/dT для средней


флюоресценции

Средняя флюоресценция для


одного набора ячеек

Рисунок 8-7. Окно анализа кривой плавления

8.4.1.1 Выбор красителей, ячеек и/или наборов

Используйте поле Dye (Краситель), расположенное под схемой Plate, чтобы


выбрать краситель, для которого Вы хотите отобразить данные кривой плавления.

Для отображения списка всех наборов, которые были определены, выберите


флажок Sets, расположенный в верхней части панели Graphed Samples. Выберите
набор, щелкнув по его ряду в списке Graphed Samples, при этом кривая средней
флюоресценции будет образована путем усреднения измерений флюоресценции
на каждом температурном шаге для всех ячеек в наборе. Полосы ошибок,
представляющие стандартное отклонение для каждой точки, появятся на графике
(смотрите Рисунок 8-7).

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-15


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Для отображения индивидуальных кривых плавления для всех ячеек в наборе


щелкните по окрашенной закладке, расположенной в левом краю ряда набора в
списке Graphed Samples. Используйте схему Plate для выбора индивидуальных
ячеек, которые должны быть включены в график. Смотрите раздел 6.3.5, "Выбор и
снятие выбора ячеек" для дополнительной информации.

Выбранные ячейки будут выделены цветными рамками. Цвет рамки вокруг ячейки
соответствует цветной закладке в списке Graphed Samples и цвету трассы на
графике кривой плавления. Если выбран флажок Wells (Ячейки) на панели Graphed
Samples, то каждая выбранная ячейка будет представлена отдельным цветом; если
выбран флажок Sets, то все ячейки в наборе будут представлены одним цветом.

Снимите выбор всех ячеек, щелкнув по любой выбранной ячейке. Для снятия
выбора подмножества ячеек, удерживайте нажатой управляющую клавишу и
щелкните по ячейке(ам), выбор которой Вы хотите снять. Ячейка(и) больше не
будет находиться в цветной рамке, а соответствующая трасса(ы) будет удалена с
графика. Снимите выбор набора, щелкнув по его ряду в списке Graphed Samples.
Для снятия выбора индивидуальных ячеек в наборе щелкните по окрашенной
закладке, расположенной в левом краю ряда набора в списке Graphed Samples.

8.4.1.2 Выбор опций вычитания фона

Вы можете настраивать следующие опции анализа данных на панели Options


(Опции) окна Melting Curve:

• Subtract Blanks (Вычесть незаполненные ячейки): Если выбрана эта опция, то


флюоресценция, измеренная во всех ячейках, назначенных как незаполненные
(синие), будет усреднена и вычтена из флюоресценции, измеренной во всех
ячейках, назначенных, как образцы (красные) или стандарты количественного
анализа (зеленые).
• Subtract Baseline (Вычесть базовую линию): Если выбрана эта опция, то
значение флюоресценции базовой линии, абсолютное значение
флюоресценции, будет вычтено из данных флюоресценции, собранных в
каждой ячейке. Это значение вычисляется на основании сигналов, измеренных
в каждой ячейке, и поэтому будет меняться от ячейки к ячейке.
Имеются три способа задания значения сигнала базовой линии для ячейки:
• Minimum over temperature range (Минимум для температурного
диапазона): Значение сигнала базовой линии определяется, как
минимальное значение флюоресценции, измеренное в диапазоне циклов,
заданном в поле Temp. Range (Температурный диапазон).
• Average over temperature range (Среднее для температурного
диапазона): Значение сигнала базовой линии определяется, как среднее
значение флюоресценции, вычисленное в диапазоне циклов, заданном в
поле Temp. Range.
• Global minimum (Абсолютный минимум): Сигнал базовой линии
определяется, как минимальное значение флюоресценции, измеренное в
этой ячейке. Это значение будет установлено в ноль.

8-16 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.4.1.3 Опции отображения

Используйте панель Display (Отображение) для выбора способа отображения на


графике данных кривой плавления.
• Выберите Intensity (Интенсивность) для отображения зависимости
интенсивности флюоресценции от температуры.
• Выберите –dI/dT для отображения зависимости отрицательной первой
производной интенсивности флюоресценции от температуры. Если
отображаются наборы ячеек, то кривая –dI/dT является зависимостью
отрицательной первой производной средней величины интенсивностей
флюоресценции набора от температуры.
Пунктирная вертикальная линия, изображенная тем же цветом, что и
соответствующая трасса, отмечает максимальное значение –dI/dT,
температуру, при которой скорость изменения флюоресценции максимальна.
Эта температура определяется, как температура плавления (Tm) продукта.
Пунктирная горизонтальная линия указывает остроту кривой –dI/dT, как число
градусов Цельсия, на которых простирается кривая (то есть ширину кривой), на
уровне половины максимального значения –dI/dT, вычисленного для ячейки (то
есть, FWHM (full width half maximum) или полная ширина на уровне
полумаксимума).
• Выберите Both (Оба) для одновременного отображения графиков Intensity и
–dI/dT.
• Выберите Show Relative Intensities (Показать относительные
интенсивности) для отображения относительных интенсивностей сигналов
для выбранных ячеек. Если эта опция не выбрана, то кривые плавления всех
ячеек будут автоматически масштабироваться, так что пики будут иметь
одинаковую высоту.

Выбрана опция "Показать


относительные
интенсивности"

Не выбрана опция
"Показать относительные
интенсивности"

Рисунок 8-8. Кривая плавления с выбранной и без выбранной опции


"Показать относительные интенсивности"

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-17


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Поле Peak Location Boundaries (Границы расположения пика) позволяет Вам


ограничить температурный диапазон, в котором программное обеспечение Opticon
Monitor ищет пики в трассе –dI/dT, таким образом ограничивая диапазон возможных
вычисленных температур плавления (смотрите Рисунок 8-9, приведенный ниже).
Это может быть особенно полезно для исключения нежелательных пиков, или для
определения температуры плавления для второго, меньшего пика (например, при
гетерозиготах генотипа). Вы можете установить границы расположения Left
(Левого) и Right (Правого) пика, введя температуру или используя кнопки со
стрелками для прокрутки к нужной температуре. Или же перенесите маркеры
границ расположения пика в нужное место на графике.

Без границ расположения пиков

Tm (–dI/dT max)
вычислено для
наибольшего пика

С границами расположения пиков

Теперь Tm (–dI/dT
max) вычислено для
меньшего пика

Рисунок 8-9. Использование маркеров границ пика для задания пиковых участков

Поле Temp. (Температура), расположенное под схемой Plate, может


использоваться для выделения результатов, связанных с конкретной температурой,
путем изображения пунктирной вертикальной линии на графике в точке
назначенной температуры. Используйте полосу прокрутки для прокрутки к нужной
температуре или введите нужную температуру в окошко, расположенное справа от
полосы прокрутки. Это поле может также использоваться для отображения
информации об интенсивности флюоресценции на схеме Plate (смотрите раздел
8.3.2 "Использование схемы плашки для просмотра интенсивности
флюоресценции").

Бегунок Smooth (Сгладить) позволяет Вам изменить количество точек, которые


используются при подсчете скользящего среднего значения для сглаживания
графика кривой плавления. Это может быть особенно полезно при определении
пиков, если много считываний собрано при небольших приращениях температуры,
что приводит к изменчивому графику. По умолчанию настройка для данных ячеек
равна 3.

8-18 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.4.2 Вычисления кривой плавления


Щелкните по закладке Calculations (Вычисления), расположенной в нижней части
окна Melting Curve для отображения экрана вычислений кривой плавления. Этот
экран отображает таблицы данных для индивидуальных ячеек и наборов ячеек.

Рисунок 8-10. Экран вычислений кривой плавления

Используйте селективные кнопки, расположенные в верхней части экрана, для


выбора Show all wells and sets (Показать все ячейки и наборы) или Show selected
only (Показать только выбранные).

Таблица Wells (Ячейки) перечисляет для каждой (выбранной) ячейки:


• координаты ячейки (Well)
• используемый краситель (Dye)
• классификацию содержания (стандарт, образец, незаполненная) (Content)
• описание содержания ячейки, если оно было введено во время создания файла
плашки (Description)
• FWHM: Ширина в °C пика –dI/dT при половинном значении от максимума
значения –dI/dT, вычисленного для ячейки. Этот параметр описывает остроту
пика.
• –dI/dT max, пиковое значение трассы отрицательной первой производной (между
границами расположения пика, если они заданы)
• Tm (–dI/dT Max): температура, соответствующая пику –dI/dT; это температура
плавления основного продукта амплификации

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-19


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Таблица Sets (Наборы) перечисляет для каждого (выбранного) набора:


• название набора ячеек (Set)
• используемый краситель (Dye)
• тип набора (репликатор или калибратор) (Type)
• классификацию содержания (незаполненная, стандарт и т.д.) (Content)
• описание содержания ячейки, если оно было введено во время создания файла
плашки (Description)
• FWHM: Ширина в °C пика –dI/dT среднего значения флюоресценции при
половинном значении от максимума значения –dI/dT, вычисленного для набора
• –dI/dT max, пиковое значение трассы отрицательной первой производной для
набора
• Tm (–dI/dT Max): температура, соответствующая пику –dI/dT. Это температура
плавления основного продукта амплификации
• Avg Tm (–dI/dT Max): среднее значение температур плавления, вычисленных для
индивидуальных ячеек в наборе
• Max Tm (–dI/dT Max): наивысшее значение температур плавления, вычисленных
для индивидуальных ячеек в наборе
• Min Tm (–dI/dT Max): самое низкое значение температур плавления, вычисленных
для индивидуальных ячеек в наборе
• SD Tm (–dI/dT Max): стандартное отклонение температур плавления,
вычисленных для индивидуальных ячеек в наборе

Щелкните по кнопке Copy to Clipboard (Копировать в буфер обмена) для


копирования вычислений кривой плавления в буфер обмена для переноса в
программы обработки текста и электронных таблиц.

8-20 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.5 Дополнительные опции анализа


Программное обеспечение Opticon Monitor имеет два типа опций анализа данных в
дополнение к абсолютному количественному анализу и анализу кривой плавления:
анализ выражений, использующий вычисления дельта-CT или дельта-дельта-CT,
идентификация по структуре ДНК (genotyping), использующее графики рассеяния.
Анализы выражений и идентификация по структуре ДНК выполняются в окне
Analysis (Анализ), которое доступно щелчком по кнопке Analysis, расположенной на
боковой инструментальной линейке. Каждый анализ будет более подробно описан
в этом разделе.

8.5.1 Анализ относительных выражений


8.5.1.1 Относительное выражение, использующее Дельта-CT и Дельта-Дельта-
CT

В связи с тем, что значение CT образца зависит от эффективности амплификации и


количества целевого объекта, первоначально имеющегося в образце, то CT и
эффективность двух реакций могут использоваться для вычисления
относительного начального количества цели. Если эффективность обеих реакций
равна 100%, то есть происходит полное дублирование продукта в каждом цикле
амплификации, то отношение выражений между образцами равно 2-∆CT, где ∆CT
равно разнице между значениями CT для двух реакций.

Если выполняется составной эксперимент, то количество целевого объекта в


разных образцах может быть стандартизировано до эндогенной ссылки перед
вычислением относительного выражения цели. В этом случае считается, что
эффективности обеих реакций одинаковы, и имеет место полное дублирование,
отношение относительного выражения равно 2-∆∆CT. ∆∆CT вычисляется путем
первого сравнения значений CT для целевого гена в каждом образце и в эндогенной
ссылке, получая значение ∆CT образца и затем вычисляя разницу в ∆CT между
двумя образцами.

Программное обеспечение Opticon Monitor может вычислять отношение


относительного выражения, используя ∆CT или ∆∆CT. В обоих случаях
предполагается равная эффективность и полное дублирование. При выполнении
этих анализов рекомендуется проверить эффективности реакции каждой цели,
чтобы убедиться в том, что они примерно равны. Эффективности реакций,
перечисленные в таблице Calculations (Вычисления), доступны щелчком по
закладке Calculations, расположенной в нижней части окна Analysis.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-21


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

8.5.1.2 Опции анализа выражений в программном обеспечении Opticon Monitor

Экран Graphs является экраном, отображаемым по умолчанию в окне Analysis. В


этом экране Вы выбираете тип анализа, который хотите выполнить, выбираете
ячейки и/или наборы ячеек, подлежащие анализу, и вид графика с результатами
анализа.

Для выполнения анализа относительных выражений выберите пункт Expression


(Выражение) из выпадающего меню в поле Analysis Type (Тип анализа),
расположенном в верхнем правом углу окна Analysis. Отобразится следующее окно:

Рисунок 8-11. Анализ выражений с использованием метода ∆CT. Выделены результаты из


одного набора ячеек.

Выберите тип анализа, который Вы хотите выполнить – Delta CT или Delta Delta CT
из выпадающего списка в поле Analysis, расположенном на панели Data Selection
(Выбор данных) окна Analysis.

Для выполнения анализа относительных выражений Вы должны задать, какой


образец или набор ячеек Вы будете сравнивать с другими образцами. Этот
образец/набор называется калибратором. Калибратор задается в окне Plate Setup,
в колонке Type (Тип) таблицы Sets (Наборы). Если Вы не задали калибратор во
время начальной настройки плашки, Вы можете сделать это в любое время,
вернувшись в окно Plate Setup. Replicate (Дубликат) является типом, принятым по
умолчанию. Для установки калибратора выберите Calibrator (Калибратор) из
выпадающего списка в колонке Type. Если калибратор включен в нескольких
ячейках образца, то среднее CT будет использоваться в вычислении относительных
выражений.

При выполнении анализа ∆∆CT, в дополнение к заданию образца или набора ячеек
калибратора, Вы должны задать, какой индикаторный краситель используется для
внутреннего контроля. Это производится в колонке Control (Контроль) таблицы Sets
в окне Plate Setup. После того, как набор назначен в качестве калибратора в
колонке Type, индикаторный краситель внутреннего контроля может быть выбран
из выпадающего списка в колонке Control.

8-22 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

Для продолжения анализа выражений:

Если несколько калибраторов было задано в окне Plate Setup, то выберите


калибратор, который Вы хотите использовать для текущего анализа из
выпадающего списка на панели Data Selection окна Analysis. Если Вы выполняете
анализ ∆∆CT, то индикаторный краситель, выбранный для внутреннего контроля,
будет автоматически указан под полем Calibrator.

Для вычисления уровня выражения цели в образцах или наборах ячеек


относительно калибратора, выберите ячейки на схеме Plate или наборы ячеек из
таблицы на панели Selected Wells (Выбранные ячейки) (если выбран флажок Sets).
Относительное выражение (2-∆CT или 2-∆∆CT), вычисленное для выбранных ячеек или
наборов, отображается на панели Data (Данные), расположенной в левом нижнем
углу окна. Если изображаются наборы, то показываются полосы ошибок,
представляющие стандартное отклонение. Вы можете группировать полосы по
Wells/Sets (Ячейкам/Наборам) или по Dye (Красителю), выбрав соответствующий
элемент из выпадающего списка на панели Data Selection.

Относительное выражение для каждой выбранной ячейки или набора указывается


в таблицах Wells (Ячейки) и Sets (Наборы), соответственно. Таблица Sets также
содержит стандартные отклонения относительной разности. Эта информация также
указывается в таблицах на экране Calculations, доступном щелчком по закладке
Calculations, расположенной в нижней части окна Analysis. Относительная разность,
приведенная в этих таблицах, вычисляется, как 2-∆CT или 2-∆∆CT, в зависимости от
выбора Delta CT или Delta Delta CT из выпадающего списка в поле Analysis,
расположенном на панели Data Selection. Отметьте, что относительное выражение
калькулятора равно, по определению, единице.

Вы можете скрыть панели Wells и Sets и просматривать график на всю ширину


окна, щелкнув по закладке Graph Only (Только график), расположенной на левой
стороне панели Data. Для повторного просмотра панелей Wells и Sets щелкните по
закладке Graph and Grid (График и таблица).

Рисунок 8-12. Анализ выражений с использованием метода ∆∆CT;


Выбрана закладка Graph Only

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-23


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

8.5.1.3 Экран вычисления относительных выражений

Щелчок по закладке Calculations, расположенной в нижней части окна Analysis,


отображает экран Calculations. Таблицы на этом экране содержат аналитические
вычисления для анализа, тип которого выбран на экране Graphs, для наборов ячеек
и индивидуальных ячеек.

Рисунок 8-13. Экран Calculations, показывающий анализ относительных выражений

Если Relative Expression (Относительное выражение) выбрано на экране Graphs,


то таблица Calculations содержит эффективность реакции и относительную
разность, вычисленные для каждой ячейки и набора ячеек. Для наборов ячеек,
эффективность и относительная разность вычисляются, используя CT трассы
средней флюоресценции, то есть трасса проводится через средние значения
флюоресценции, измеренной в каждом цикле для ячеек в наборе. Таблица Set
также перечисляет среднее значение относительных разностей, вычисленных для
каждой индивидуальной ячейки в наборе, а также стандартное отклонение и
относительную разность для максимального и минимального CT в наборе.

Щелкните по кнопке Copy to Clipboard (Копировать в буфер обмена) для


копирования количественных вычислений в буфер обмена для переноса в
программы обработки текста и электронных таблиц.

8-24 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.5.2 Идентификация по составу ДНК с помощью графиков


рассеяния
Кроме использования в количественном анализе, значения CT могут
использоваться для идентификации образцов по составу ДНК. Такой анализ может
выполняться на данных, полученных от составных экспериментов, в которых
различные аллеломорфы были амплифицированы с использованием отдельных
наборов инициаторов и индикаторных красителей. Для идентификации по составу
ДНК, образцы сортируются на группы, определяемые по тому, сигналы каких
красителей, превышающие фоновый уровень, отслеживают амплификацию:
красителя 1, красителя 3, обоих красителей или ни одного из красителей.
Программное обеспечение Opticon Monitor может сортировать данные, создавая
графики рассеяния CT(красителя1) относительно CT{красителя2} или флюоресценция
конечной точки красителя1 относительно флюоресценции конечной точки красителя2.

Для создания графика рассеяния выберите Genotyping (Идентификация по


составу ДНК) из выпадающего меню в поле Analysis Type (Тип анализа),
расположенном в верхнем правом углу окна Analysis. Окно отобразит следующий
экран:

Панель Data
Selection (Выбор
данных)

Кнопка Add Group


(Добавить
группу) Панель Groups
(Группы)
График
зависимости CT
относительно CT

Выделенная
группа ячеек
Панель Wells
(Ячейки)
Точка привязки

Рисунок 8-14. Анализ для идентификации по составу ДНК

Выберите на панели Data Selection (Выбор данных), какой шаг протокола Вы хотите
анализировать, какой краситель Вы хотите отображать по каждой оси, а также
хотите ли Вы сравнивать данные флюоресценции на основании CT или Конечной
точки. График, расположенный в нижнем левом углу, отображает данные из всех
ячеек и из всех определенных наборов. Как показано на Рисунке 8-14, графики
конечной точки и CT могут разбивать данные на группы на основании того, какой
краситель(и) имеет сигналы, превышающие фоновый уровень.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-25


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

A. Конечная точка относительно конечной точки B. CT относительно CT


Образцы, которые
излучают сигнал
только от VIC

Образцы, которые
излучают сигнал от
обоих красителей

Образцы, которые
не излучают сигнал

Рисунок 8-15. Опции графика рассеяния для идентификации по составу ДНК

График на Рисунке 8-15A отображает данные флюоресценции конечной точки из


каждой ячейки в эксперименте с двумя красителями, причем флюоресценция от
канала FAM отображается по оси x, а флюоресценция от канала VIC – по оси y.
Программное обеспечение начертило относительные интенсивности
флюоресценции для каждого красителя, измеренные в конце прогона.

График на Рисунке 8-15B отображает значения CT, полученные в том же


эксперименте, что и график на Рисунке 8-15A. CT для красителя FAM отображается
по оси x, а CT для красителя VIC – по оси y. Штриховые линии на верхних и правых
краях графика являются разделителями, которые отмечают последний цикл в
экспериментально протоколе. Флюоресценция этих образцов, отображенная выше
или правее этих линий, не поднялась выше порога, по крайней мере, для одного из
этих красителей во время этого эксперимента.

8.5.2.1 Идентификация индивидуальных ячеек и наборов в графике рассеяния

При первоначальном формировании графика рассеяния данные из ячеек


отображаются в виде черных кружков и, если выбран флажок Sets (Наборы) на
панели Selected Wells (Выбранные ячейки), то данные из наборов отображаются в
виде треугольников, окрашенных, как указано закладками, расположенными рядом
с названиями наборов. Расположение курсора мыши на соответствующем символе
графика рассеяния выделит соответствующую ячейку на схеме Plate или
соответствующий набор на панели Graphed Samples. Расположение курсора на
ячейке схемы Plate или на элементе панели Graphed Samples увеличит
соответствующий символ на графике рассеяния. Выбор ячейки на схеме Plate
окрасит серым цветом символы, представляющие остальные ячейки на графике
рассеяния, тогда как символ выбранной ячейки останется черным.

8.5.2.2 Задание подмножеств данных в графике рассеяния

Используя график рассеяния, Вы можете задать подмножества данных,


основываясь на модели разбиения точек данных (Рисунок 8-15). Например, при
идентификации по составу ДНК образцы с одинаковым генотипом будут иметь
тенденцию к образованию скопления с похожим диапазоном CT. Пользователи
могут выбрать образцы, которые скапливаются вместе, и назначить названия групп,
например, генотип, для образцов, расположенных в этих скоплениях.

8-26 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

Для группирования скопления точек данных щелкните по кнопке Add Group


(Добавить группу), расположенной в центре окна Analysis. При этом указатель
мыши превратится в перекрестье. Переместите перекрестье на край набора данных
скопления на графике рассеяния. Щелкните левой кнопкой мыши для установки
опорной точки на одной стороне набора данных и переместите перекрестье на
противоположный край набора данных и щелкните левой кнопкой мыши для
отметки конца набора. Перетаскивание перекрестья перпендикулярно эллипсу,
который был только что создан, вызывает растягивание эллипса. Расширяйте и
сжимайте радиус, чтобы включить все точки данных, которые Вы хотите
анализировать. После завершения задания области щелкните левой кнопкой мыши
еще один раз для установки группы.

Если никакие ячейки не были выбраны на схеме Plate, то точки данных на графике
рассеяния будут менять свой цвет с черного на конкретный цвет (красный, зеленый,
синий и т.д.), по мере их включения в набор. Если ячейки были выбраны, тогда
только символы, соответствующие выбранным ячейкам, будут изменять свой цвет
при добавлении в набор – остальные символы останутся серыми, пока они не будут
выбраны, или пока не будет снят выбор со всех ячеек на схеме Plate.

После создания группы она будет указана на панели Groups, как "New Group"
("Новая группа"), вместе с количеством точек данных, которые включены в группу.
Для переименования группы выделите название группы, наберите новое название
группы и затем нажмите клавишу Enter (Ввод) на клавиатуре. Для удаления группы
выделите название группы и затем щелкните по кнопке Delete Selected Groups
(Удалить выбранные группы).

Заданные группы кодируются цветом – отображенные на графике точки данных,


включенные в набор, и ячейки образца, которые соответствуют этим точкам данных
(на схеме Plate) будут иметь одинаковый цвет. Этот цвет появится в левой колонке
панели Groups. Вы можете изменить цвет группы, щелкнув правой кнопкой мыши по
цвету и выбрав другой цвет из появившейся палитры.

Если группа выбрана щелчком по названию группы из панели Groups, то ячейки


членов этой группы будут перечислены на панели Wells вместе с их описаниями.
Ячейки могут сортироваться по колонкам Well, Group, X content или Y content
щелчком по заголовку соответствующей колонки. Обратный порядок сортировки
достигается при повторном щелчке по заголовку. Щелчок по заголовку Well
несколько раз позволяет Вам выполнять сортировку по колонкам или по рядам, в
прямом или обратном порядке.

8.5.2.3 Редактирование группы

Вы можете изменять размер, форму и расположение эллипса после того, как он


изображен. Для изменения размеров эллипса щелкните по одной из четырех
опорных точек, которые лежат на эллипсе. (Они появятся, если Вы расположите
курсор мыши на эллипсе.) Перетаскивание опорных точек может изменить как
форму, так и размер эллипса. Для перемещения эллипса без изменения его
размеров, щелкните по эллипсу (между опорными точками) и перетащите его в
новую позицию.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-27


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

8.5.2.4 Таблица Calculations

Щелчок по закладке Calculations (Вычисления), расположенной в нижней части окна


Analysis, отобразит таблицу, содержащую назначения групп, а также значения CT и
эффективности реакции, связанные с каждым красителем, для индивидуальных
ячеек и наборов ячеек. Максимум, минимум и стандартное отклонение
индивидуальных значений CT ячеек в каждом наборе также приводятся. Щелчок по
кнопке Copy to Clipboard позволяет Вам переносить информацию таблицы в
программы, работающие с электронными таблицами.

Рисунок 8-16 Таблица Calculations, показывающая анализ для идентификации по


составу ДНК

8-28 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.6 Экспорт и печать данных


8.6.1 Экспорт данных
Для специализированного анализа данных программное обеспечение Opticon
Monitor предусматривает опцию записи всех данных о флюоресценции, собранных
во время прогона, в файл в формате значений, разделенных запятыми (CSV –
comma-separated-values), читаемый программой Microsoft Excel. Команда экспорта
создает файл CSV, содержащий все измерения флюоресценции (для выбранных
ячеек), которые были собраны во время всех шагов считывания плашки и кривых
плавления в экспериментальном прогоне.

Для экспортирования данных для выбранных ячеек, выберите Export (Экспорт) (в


меню Quantitation, Melting Curve или Analysis, в зависимости от того, какое окно
открыто – экспортируемые данных будут одинаковы). Ячейки могут быть выбраны в
появившемся окне.

Рисунок 8-17 Экспорт данных

Вы можете также выбрать краситель(и), для которого будут экспортироваться


данные, из списка Dyes to Export (Красители для экспорта) (выбранные красители
выделяются синим цветом). Вы можете выбрать сортировку по рядам или
колонкам; можно также выбрать опцию Interleave Multiple Dyes (Чередовать
несколько красителей) (то есть, приводить вместе данные для всех красителей в
каждой ячейке), или же вначале привести данные для каждой ячейки и для одного
красителя, а затем привести данные для каждой ячейки и для второго красителя.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-29


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Кроме экспорта данных о флюоресценции, Вы можете выбрать экспорт


информации о настройке плашки и/или протокола, щелкнув по флажку Export Plate
Setup (Экспортировать настройку плашки) и/или флажку Export Protocol Setup
(Экспортировать настройку протокола). Экспортируемая информация о плашке
включает номера ячеек, используемый краситель, содержание ячеек и описания
ячеек. Если настройка плашки экспортирована, то ее информация может быть
позже внесена в другой основной файл, чтобы легко воссоздать файл плашки
(смотрите раздел 6.3.14, "Перенесение информации о плашке из Microsoft Excel").

По умолчанию, экспортированный файл CSV содержит также опции анализа (то


есть, Subtract blanks (Вычесть незаполненные ячейки), Subtract baseline (Вычесть
базовую линию), Baseline Start cycle (Начальный цикл базовой линии), Baseline End
cycle (Конечный цикл базовой линии) и Suppress pre-threshold data (Подавлять
данные, не превышающие порог)), которые были выбраны на экране анализа, для
каждого шага протокола, в котором были собраны данные.

8.6.2 Копирование результатов в буфер обмена


Команда Copy to Clipboard (Копировать в буфер обмена) (в меню Quantitation,
Melting Curve или Analysis, в зависимости от того, какое окно открыто) позволяет
пользователю переносить информацию прогона и графические данные в
разнообразные приложения для представления или сохранения. Эта команда также
выполняется при щелчке по кнопке Copy to Clipboard на экране Calculations.
Следующие элементы могут копироваться с помощью процедуры Copy to Clipboard
из заданных окон:

8.6.2.1 Из окна Quantitation

График Data (изображение зависимости флюоресценции – или логарифма


флюоресценции – от цикла CT), график Standards, плашка Microtitre (схема Plate)
или количественные вычисления могут копироваться в буфер обмена и
переноситься в несколько приложений. Выбор Quantity Calculations
(Количественные вычисления) из меню Copy to Clipboard генерирует таблицы CSV
для последующего переноса в электронные таблицы Excel. Таблицы имеют то же
содержание, что и экран Quantity Calculations, включая информацию для наборов
ячеек и индивидуальных ячеек. Смотрите раздел 8.3.9, "Экран Quantity Calculations"
для дополнительной информации об этих таблицах. Таблицы могут также
копироваться в буфер обмена щелчком по кнопке Copy to Clipboard, расположенной
на экране Quantity Calculations.

8.6.2.2 Из окна Melting Curve

График Data (изображение зависимости интенсивности флюоресценции или –dI/dT


или обе зависимости), плашка Microtitre (схема Plate) или вычисления температуры
плавления могут копироваться в буфер обмена. Выбор Melting Temp Calculations
(Вычисления температуры плавления) генерирует таблицы CSV с информацией,
идентичной информации, отображаемой на экране Melting Curve Calculations,
включая наборы ячеек и индивидуальные ячейки. Смотрите раздел 8.4.2,
"Вычисления кривой плавления" для дополнительной информации об этой таблице.
Эта таблица может также копироваться в буфер обмена щелчком по кнопке Copy to
Clipboard, расположенной на экране Melting Curve Calculations.

8-30 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Анализ данных „

8.6.2.3 Из окна Analysis

График Data (изображение зависимости CT или флюоресценции конечной точки или


график уровней относительных выражений), плашка Microtitre, или Calculations
(Вычисления) или Analysis List (Список анализа) могут копироваться в буфер
обмена. Выбор Calculations генерирует файл CSV с информацией, идентичной
информации, отображаемой на экране Calculations, включая наборы ячеек и
индивидуальные ячейки. Выбор Analysis List генерирует файл CSV, содержащий
название группы и содержание Красителя 1/ Красителя 2 (стандарт, образец и т.д.)
для каждого образца, принадлежащего группе на графике рассеяния (как задано
пользователем – смотрите раздел 8.5.2.2, "Задание подмножеств данных в графике
рассеяния"). Выбор Analysis List не копирует вычисления относительных
выражений.

8.6.3 Создание и печать отчетов


Программное обеспечение Opticon Monitor позволяет формировать отчеты по
прогону реального времени и посылать непосредственно на сетевой принтер или
сохранять их в виде файла формата HTML. Это может быть выполнено выбором
пункта Print HTML Report (Печатать отчет HTML) из выпадающих меню
Quantitation, Melting Curve или Analysis в соответствующем окне.

Если пункт Print HTML Report выбран из меню Quantitation, то программное


обеспечение создает отчет, который содержит: имя пользователя; имя и
расположение файла данных на жестком диске компьютера Opticon; указание
активного красителя; позицию линии CT; и указание того, установлен ли уровень CT
вручную или через отношение "сигнал-шум". Отчет будет также содержать схему
Plate с выделенными выбранными ячейками; график Data зависимости
флюоресценции (или логарифма флюоресценции) от цикла CT; и график Standards
вместе с уравнение, детализирующим согласование данных. Схема Plate и графики
появятся точно в таком виде, в котором они были при выборе пункта Print HTML
Report, то есть, с полосами ошибок или без них на графике Standards, с показом
всех красителей или только выбранного красителя и т.д.

Отчет также включает таблицы, аналогичные таблицам на экране Calculations


(смотрите раздел 8.3.9). Таблицы будут содержать все ячейки и наборы или только
выбранные ячейки и наборы, в зависимости от выбора селективной кнопки на
экране Calculations. При выборе пункта Print HTML Report, открывается окно,
позволяющее Вам выбрать, какие колонки из каждой таблицы Вы хотите включить в
отчет (смотрите Рисунок 8-18).

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 8-31


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Рисунок 8-18. Печать из окна Quantitation

Если пункт Print HTML Report выбран из меню Analysis, то программное


обеспечение создает отчет, который содержит: имя пользователя; имя и
расположение файла данных на жестком диске компьютера Opticon; краситель,
отображенный по каждой оси графика идентификации, и тип плашки, выбранный во
время настройки плашки. Отчет будет также содержать схему Plate в том виде, как
она была при выборе пункта Print HTML Report, а также отображавшийся график
Data (идентификация по составу ДНК или относительное выражение). Отметьте,
что в отчет будут включаться только небольшие версии графика Data, даже если
закладка Graph Only (Только график) была выбрана в окне Analysis.

Отчет, напечатанный из окна Analysis, будет также включать таблицы, аналогичные


таблицам на экране Calculations. При открытии окна Print HTML Report Вы можете
выбрать, какие колонки включать в отчет.

Если пункт Print HTML Report выбран из меню Melting Curve, то программное
обеспечение создает отчет, который содержит: имя пользователя; имя и
расположение файла данных на жестком диске компьютера Opticon; указание типа
отображения, то есть интенсивность, -dI/dT или обе зависимости отображаются на
графике. Отчет будет также содержать схему Plate с выделенными выбранными
ячейками; график Data зависимости интенсивности флюоресценции и/или -dI/dT от
температуры. Наконец, отчет будет включать таблицы, аналогичные таблицам на
экране Calculations. При открытии окна Print HTML Report Вы можете выбрать, какие
колонки включать в отчет.

Для сохранения отчета на жестком диске компьютера отметьте флажок Print to File
(Печатать в файл), расположенный в нижней части окна Print HTML Report. Если
Вы затем щелкните по кнопке Print (Печатать), то откроется окно Save
(Сохранить). Задайте имя и расположение файла HTML. Схема Plate и графики
будут сохранены, как отдельные файлы .bmp в том же каталоге. Щелкните по
кнопке Save для сохранения файла.

Для печати отчета непосредственно на принтер, убедитесь, что снят флажок Print to
File, прежде чем Вы щелкните по кнопке Print.

8-32 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


9 Техническое
обслуживание

9.1 Очистка детектора MiniOpticon...................................................................................... 9-2


9.1.1 Очистка шасси и блока .................................................................................... 9-2
9.1.2 Очистка вентиляционных отверстий .............................................................. 9-2
9.1.3 Очистка оптики ................................................................................................. 9-2
9.2 Замена предохранителей................................................................................................ 9-3

9-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

9.1 Очистка детектора MiniOpticon


9.1.1 Очистка шасси и блока
Очистите наружную поверхность детектора MiniOpticon с помощью влажной мягкой
ткани или салфетки во всех местах, где на нее попала какая-либо жидкость, или где
шасси покрыто пылью. При необходимости можно использовать мягкий моющий
раствор.

Очистите ячейки блока щетками, смоченными водой, 95% этанолом или раствором
отбеливателя в воде в соотношении 1:100. Если использовался отбеливатель, то
затем промойте ячейки щетками с водой, чтобы устранить все следы отбеливателя.
Как можно быстрее удалите из блока попавшую жидкость: высохшую жидкость
будет трудно удалить. Не очищайте блок едкими или крепкими спиртовыми
растворами (например, концентрированным мылом, аммиаком или отбеливателем
с более высокой концентрацией, чем задано выше). Это повредит защитное
анодированное покрытие блока и может привести к электрическому короткому
замыканию.

Внимание! Не наливайте никакой чистящий раствор в ячейки блока с


последующим нагревом блока для его очистки. Это может привести к
серьезным повреждениям блока, нагреваемой крышки и шасси.

9.1.2 Очистка вентиляционных отверстий


При выключенном детекторе MiniOpticon очистите воздушные входные и выходные
вентиляционные отверстия с помощью щетки с мягкой щетиной, влажной ткани или
пылесоса, если заметна пыль (смотрите Рисунок 2-1). Если эти вентиляционные
отверстия забиты пылью и мусором, то воздушный поток к теплоотводу будет
затруднен, вызывая проблемы в работе, связанные с перегревом.

Совет: Во избежание проблем, связанных с перегревом, регулярно проверяйте


присутствие накоплений пыли.

9.1.3 Очистка оптики


Оптические компоненты детектора не должны очищаться пользователем. Разборка
оптической башни приведет к прекращению действия Вашей гарантии.

Если Вы подозреваете наличие проблем с Вашей оптикой, то, пожалуйста,


свяжитесь с центром по обслуживанию клиентов компании Bio-Rad по телефону
888-652-9253.

9-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Техническое обслуживание „

9.2 Замена предохранителей


Цепи системы MiniOpticon защищены двумя внешними плавкими
предохранителями, заменяемыми пользователем (предохранители 6,3 А, 250 В, тип
S505, быстрого действия, размером 5 х 20 мм). Если предохранитель перегорел, то
программное обеспечение Opticon Monitor выдаст сообщение об ошибке,
извещающее о невозможности установления связи с прибором.

Предупреждение: Система MiniOpticon содержит предохранитель


нейтрали, что означает наличие напряжения внутри прибора даже при
перегорании или удалении предохранителя. Никогда не разбирайте
основание термоциклера. Вы можете получить серьезное поражение
электрическим током. Кроме того, разборка основания сделает
недействительными Ваши гарантии.

Для замены предохранителей 6,3 А:


1. Отсоедините силовой кабель от разъема на задней стороне прибора.
Переместите выключатель питания в положение "0" (выключено).
2. Выключите компьютер и отсоедините кабель(и) USB от детектора MiniOpticon.
3. Вставьте один угол небольшой отвертки с плоской головкой прямо под разъем
предохранителя, расположенный сразу под выключателем питания и над
разъемом силового кабеля, и осторожно выберите слабину разъема.
Вытягивайте разъем наружу, пока он будет выходить, а затем надавите на него
вниз, чтобы открыть предохранители 6,3 А.
4. Удалите оба предохранителя и замените их новыми (невозможно визуально
определить, какой предохранитель перегорел). Вы можете также проверить
предохранители омметром, чтобы определить дефектный и заменить только
его.
5. Осторожно нажмите на крышку предохранителя, поставив ее на место,
подключите силовой кабель и компьютер.
6. После замены предохранителя и восстановления питания детектор MiniOpticon
возобновит прогон, но не будет связан с программным обеспечением Opticon
Monitor. Перезапустите программное обеспечение для остановки прогона, так
как никакие данные не будут собираться.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 9-3


10 Калибровка прибора

10.1 Введение ........................................................................................................................ 10-2


10.2 Проверка калибровки .................................................................................................. 10-2
10.3 Повторная калибровка ................................................................................................ 10-2

10-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

10.1 Введение
Система MiniOpticonTM калибрована на заводе для работы с разнообразными
химикатами – флюоресцирующими красителями и плашками ПЦР. Калибровки
могут добавляться, редактироваться или удаляться через интерфейс Dye
Calibration (Калибровка красителя) из меню Instruments (Инструменты). Однако
настоятельно рекомендуется не удалять и не изменять заводскую калибровку, так
как это может неблагоприятно повлиять на работу прибора.

10.2 Проверка калибровки


Точно калиброванный прибор будет определять почти одинаковую интенсивность
флюоресценции в каждой ячейке при считывании образцов одинакового состава.

Для проверки того, что система MiniOpticon точно калибрована:


1. Подготовьте тестовую плашку, аккуратно капнув 50 микролитров тщательно
приготовленного раствора красителя на каждую из 48 ячеек плашки ПЦР
(смотрите пункт 12 в разделе "Повторная калибровка", расположенном ниже,
для рекомендуемой концентрации нескольких популярных красителей).
Используйте тот же тип плашки и способ герметизации, которые Вы
используете для экспериментов.
2. Установите температуру до 40°C и запрограммируйте следующий протокол:
• Температурный шаг, равный 30°C в течение 30 секунд
• Шаг считывания плашки
• Безусловный переход в строку 1 протокола не менее двух раз
• Конец.
3. Проанализируйте данные флюоресценции для всех 48 ячеек, используя экран
Optical Read Status (Состояние оптического чтения). Если прибор точно
калиброван, то данные флюоресценции должны быть представлены в виде
относительно прямых линий, которые тесно располагаются – в пределах
точности отмеривания из пипетки. Следует проверить несколько тестовых
плашек, чтобы определить результирующую ошибку отмеривания из пипетки.
4. Если данные флюоресценции не выглядят, как тесно расположенные прямые
линии, то выполняйте указания, приведенные ниже, для повторной калибровки
прибора.

10.3 Повторная калибровка


Перед началом калибровки убедитесь, что нужный прибор выбран на панели
Instrument (смотрите раздел 6.2.3).
1. Выберите Dye Calibration из меню Instrument.
2. Будет запущен Мастер калибровки красителя и предоставлены основные
инструкции для создания новых калибровок.
3. Калибровки красителей выполняются путем первоначального сканирования
незаполненной плашки (пустой микроплашки, которая герметизирована
прозрачными оптическими крышками) с последующим сканированием той же
плашки, содержащей интересующий Вас флуорофор, также
герметизированной прозрачными оптическими крышками).

10-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Калибровка прибора „

Различия между сигналами, собранными от "плашки с красителем" и "пустой


плашки", используются для определения матриц разделения цвета, которые
выделяют исследуемый краситель из смеси. Настоятельно рекомендуется
использовать одинаковые плашки при считывании "пустой плашки" и "плашки с
красителем", так как различия между плашками могут быть значительными и
могут повлиять на получение оптимальной матрицы разделения цвета.
4. Следуйте инструкциям Мастера и начните с выбора или ввода Plate Type (Типа
плашки) в соответствующее поле на первом экране. Это описание типа плашки
будет задавать тип плашки ПЦР, используемой для данной конкретной
калибровки (например, Белая, Прозрачная).

Рисунок 10-1. Мастер калибровки красителя

5. После выбора типа плашки выберите FULL (ПОЛНЫЙ) из выпадающего списка


Layout (Размещение). Только эту опцию в списке Layout должны выбирать
пользователи при выполнении калибровки.
6. Далее введите краситель, подлежащий калибровке, или выберите краситель из
выпадающего списка Dye Name (Название красителя) (например, FAM, VIC).
7. Перейдите на следующий экран, щелкнув по кнопке Next (Далее).
8. Если калибровка уже существует, то появится предупреждающее сообщение.
Если Вы хотите продолжить, то щелкните по кнопке Yes (Да).
9. Вставьте герметизированную пустую плашку, закройте дверцу и щелкните по
кнопке Go (Начать). Система MiniOpticon начнет процедуру калибровки.

Рисунок 10-2. Начало калибровки

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 10-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

10. По запросу удалите плашку и поверните ее на 180 градусов (левая половина


экрана серая, а правая половина активна). Закройте дверцу и щелкните по
кнопке Go для продолжения.

Рисунок 10-3. Продолжение калибровки

11. После сканирования пустой плашки Вы сможете просмотреть собранные


данные и проверить отсутствие аномалий, которые могут указывать на
проблемы, связанные с плашкой (например, необычно высокий сигнал в
определенных ячейках). Смотрите Рисунок 10-4, приведенный ниже:

Рисунок 10-4. Данные флюоресценции для пустой плашки

12. Щелкните по кнопке Next для перехода к плашке с красителем.


13. Удалите пустую плашку из прибора. Снимите оптические крышки и наполните
каждую ячейку 50 микролитрами красителя, растворенного в буферном
растворе реакции. Флюорофор должен присутствовать в относительно высокой
концентрации для обеспечения сигнала, хорошо заметного на уровне фона.
Используйте следующие концентрации в качестве начальных точек:
• FAM 0,30 микролитра
• TET 0,40 микролитра
• VIC 0,50 микролитра
• HEX 0,60 микролитра

10-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Калибровка прибора „

14. Изолируйте плашку с залитым красителем с помощью прозрачных оптических


крышек и поместите плашку в прибор.
15. Щелкните по кнопке Go для продолжения калибровки (смотрите Рисунок 10-5).

Рисунок 10-5. Продолжение с флюоресцирующими растворами

16. По запросу удалите плашку и поверните ее на 180 градусов. Закройте дверцу и


щелкните по кнопке Go для продолжения (смотрите Рисунок 10-3).
17. После сканирования плашки с красителем Вы сможете просмотреть собранные
данные и снова проверить отсутствие аномалий в считывании. В идеале,
средний сигнал хотя бы в одном из каналов должен быть не менее, чем в 10
раз больше, чем сигналы пустой плашки для этого же канала. Это означает,
что краситель обеспечивает подавляющую часть общего сигнала, а это
гарантирует устойчивую матрицу разделения цветов.

Рисунок 10-6. Данные флюоресценции для плашки с красителем

18. Используйте изменяемые числовые поля, расположенные над гистограммой,


для выбора данных для канала (Chan.) 1 или канала 2 или отношения двух
каналов 1/2. График отобразит данные для плашки с красителем. Значения,
полученные от разных ячеек, должны быть непротиворечивыми. Если это не
так, то Вам, возможно, потребуется повторно сканировать плашку с
красителем.
19. Если результаты удовлетворительные, то щелкните по кнопке Next для
перехода к последнему экрану.

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com 10-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

20. Добавьте комментарии (при необходимости) к калибровке (например, запишите


дату калибровки).

Рисунок 10-7. Окно комментариев

21. Щелкните по кнопке Finish (Завершить) для сохранения калибровки и


завершения процесса калибровки.
22. Для запуска другой калибровки с тем же типом плашки щелкните по кнопке Yes
(Да), когда программное обеспечение Opticon Monitor спросит Вас, не хотите ли
вы калибровать другой краситель.

Рисунок 10-8. Запуск следующей калибровки с тем же типом плашки

10-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


A Приложение A: Гарантии

Система ПЦР-обнаружения реального времени MiniOpticonTM (CFB-3120) имеет


гарантию от дефектов в материалах и качестве изготовления изделия. Для
получения конкретной информации о гарантиях свяжитесь с Вашим местным
офисом компании Bio-Rad. Если обнаружен какой-либо дефект в течение
гарантийного срока, то компания Bio-Rad бесплатно заменит дефектную деталь.
Однако следующие дефекты специально исключены из гарантийных обязательств:
1. Дефекты, вызванные неверной эксплуатацией или ненадлежащей упаковкой
возвращаемых изделий.
2. Ремонт или изменения, выполненные не компанией Bio-Rad Laboratories.
3. Использование прибора вместе с пробирками, плашками или
герметизирующими материалами, не заданными компанией Bio-Rad
Laboratories для использования с системой MiniOpticon.
4. Преднамеренное или случайное неправильное использование.
5. Повреждение, вызванное катастрофой.
6. Повреждение, вызванное использованием недопустимого растворителя или
образца.

Гарантия не распространяется на плавкие предохранители.

Для запроса или заявки на ремонтное обслуживание, свяжитесь с компанией Bio-


Rad Laboratories, предварительно посмотрев модель и серийный номер Вашего
прибора.

Для выполнения технического обслуживания позвоните в Ваш местный офис


компании Bio-Rad, или позвоните по телефону в Соединенных Штатах
1-800-4BIORAD (1-800-424-6723), или посетите наш веб сайт www.mjr.com или
www.bio-rad.com.

A-1
B Приложение B:
Лицензионное
соглашение
СОГЛАШЕНИЕ КОНЕЧНОГО ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ И ЛИЦЕНЗИЯ ДЛЯ
ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ MJ OPTICON MONITOR™ (ВСЕ
ВЕРСИИ)
ВАЖНОЕ ЗАМЕЧАНИЕ! ПОЖАЛУЙСТА, ПРОЧТИТЕ СЛЕДУЮЩЕЕ
ЛИЦЕНЗИОННОЕ СОГЛАШЕНИЕ.

ВЫ ПРИОБРЕЛИ СИСТЕМУ НЕПРЕРЫВНОГО ОБНАРУЖЕНИЯ


ФЛЮОРЕСЦЕНЦИИ ОТ КОМПАНИИ BIO-RAD LABORATORIES, КОТОРАЯ
ВКЛЮЧАЕТ ОПРЕДЕЛЕННОЕ ОБОРУДОВАНИЕ, УСТРОЙСТВА И
ИЗМЕРИТЕЛЬНУЮ АППАРАТУРУ, А ТАКЖЕ ЛИЦЕНЗИЮ НА КОМПЬЮТЕРНОЕ
ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ.

Это Лицензионное Соглашение Конечного Пользователя ("СОГЛАШЕНИЕ")


является законным соглашением между Вами (физическим или отдельным
юридическим лицом) (далее называемыми "ОБЛАДАТЕЛЕМ ЛИЦЕНЗИИ") и
компанией Bio-Rad Laboratories, Incorporated ("BIO-RAD") по поводу Системы
непрерывного обнаружения флюоресценции BIO-RAD ("СИСТЕМЫ"), которая
включает определенное оборудование, устройства или измерительную аппаратуру,
компьютерное программное обеспечение, принадлежащее BIO-RAD
("ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ"), и может включать "оперативную" или электронную
документацию, соответствующие носители и напечатанные материалы, включая
руководство оператора ("РУКОВОДСТВО"). СИСТЕМА также содержит
программное обеспечение, принадлежащее и произведенное третьими сторонами
("ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ"), лицензированное для
использования только на оборудовании, устройствах и измерительной аппаратуре
СИСТЕМЫ, при этом применимы условия лицензии ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА,
приведенные ниже.

ЭКСПЛУАТИРУЯ СИСТЕМУ, ИЛИ УСТАНАВЛИВАЯ, КОПИРУЯ ИЛИ ИСПОЛЬЗУЯ,


ИНЫМ СПОСОБОМ ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ ИЛИ ЛЮБОЕ ОБНОВЛЕНИЕ К
НЕМУ, ВЫ СОГЛАШАЕТЕСЬ С ОГРАНИЧЕНИЯМИ, НАЛАГАЕМЫМИ УСЛОВИЯМИ
ЭТОГО СОГЛАШЕНИЯ И ЛЮБЫХ СОПУТСТВУЮЩИХ СОГЛАШЕНИЙ. ЕСЛИ ВЫ
НЕ СОГЛАСНЫ С УСЛОВИЯМИ ЭТОГО СОГЛАШЕНИЯ И ЛЮБЫХ
СОПУТСТВУЮЩИХ СОГЛАШЕНИЙ, ТО НЕ ЭКСПЛУАТИРУЙТЕ СИСТЕМУ, НЕ
УСТАНАВЛИВАЙТЕ, НЕ КОПИРУЙТЕ И ИСПОЛЬЗУЙТЕ ПРОГРАММНЫЙ
ПРОДУКТ. ЕСЛИ ВЫ НЕ СОГЛАСНЫ С УСЛОВИЯМИ ЭТОГО СОГЛАШЕНИЯ, ТО
ВЫ МОЖЕТЕ ВЕРНУТЬ СИСТЕМУ И ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ КОМПАНИИ BIO-
RAD ИЛИ АВТОРИЗОВАННОМУ ПРОДАВЦУ, У КОТОРОГО ВЫ ПРИОБРЕЛИ
СИСТЕМУ И ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ ДО НАЧАЛА ЭКСПЛУАТАЦИИ,
УСТАНОВКИ, КОПИРОВАНИЯ ИЛИ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ КАКИМ-ЛИБО СПОСОБОМ
ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА, С ПОЛНЫМ ВОЗВРАТОМ ДЕНЕЖНЫХ СРЕДСТВ,
ЗАТРАЧЕННЫХ НА ЕГО ПРИОБРЕТЕНИЕ. КРОМЕ ТОГО, УСТАНАВЛИВАЯ,
КОПИРУЯ ИЛИ ИСПОЛЬЗУЯ КАКИМ-ЛИБО СПОСОБОМ ЛЮБЫЕ ОБНОВЛЕНИЯ
ИЛИ ДРУГИЕ КОМПОНЕНТЫ ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА, КОТОРЫЕ ВЫ
ПОЛУЧИЛИ ОТДЕЛЬНО В КАЧЕСТВЕ ЧАСТИ ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА, ВЫ
ТЕМ САМЫМ СОГЛАШАЕТЕСЬ С ОГРАНИЧЕНИЯМИ, НАЛАГАЕМЫМИ
УСЛОВИЯМИ ЭТОГО СОГЛАШЕНИЯ И ЛЮБЫХ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫХ
ЛИЦЕНЗИОННЫХ УСЛОВИЙ, КОТОРЫЕ СВЯЗАНЫ С ТАКИМИ ОБНОВЛЕНИЯМИ.
ЕСЛИ ВЫ НЕ СОГЛАСНЫ С ДОПОЛНИТЕЛЬНЫМИ ЛИЦЕНЗИОННЫМИ
УСЛОВИЯМИ, КОТОРЫЕ СВЯЗАНЫ С ТАКИМИ ОБНОВЛЕНИЯМИ, ТО ВЫ
МОЖЕТЕ НЕ УСТАНАВЛИВАТЬ, НЕ КОПИРОВАТЬ И НЕ ИСПОЛЬЗОВАТЬ КАКИМ-
ЛИБО СПОСОБОМ ТАКИЕ ОБНОВЛЕНИЯ, НО МОЖЕТЕ ВЕРНУТЬ ЭТИ
ОБНОВЛЕНИЯ КОМПАНИИ BIO-RAD ДЛЯ ПОЛНОГО ВОЗВРАТА ДЕНЕЖНЫХ
СРЕДСТВ, ЗАТРАЧЕННЫХ НА ПРИОБРЕТЕНИЕ ОБНОВЛЕНИЯ, ЕСЛИ ЭТО
ИМЕЛО МЕСТО.

B-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

1. ОБЛАСТЬ ДЕЙСТВИЯ СОГЛАШЕНИЯ

1.1 Лицензия не распространяется на торговую марку. Настоящая лицензия не


предоставляет права, связанные с любыми торговыми марками или знаками
обслуживания компании BIO-RAD или ее поставщиков.
1.2 Это СОГЛАШЕНИЕ не распространяется на любой перенос заголовка в
ПРОГРАММНОМ ПРОДУКТЕ.
1.3 Оборудование, устройства и измерительная аппаратура, входящие в
СИСТЕМУ, не получают специальную гарантию в рамках этого СОГЛАШЕНИЯ, а
все гарантии, относящиеся к оборудованию, устройствам и измерительной
аппаратуре, обеспечиваются отдельно производителями оборудования, устройств
и измерительной аппаратуры, предусмотренных в СИСТЕМЕ.

2. ПРАВА, ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ЛИЦЕНЗИЕЙ НА ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ

2.1 Компания BIO-RAD настоящим дает ОБЛАДАТЕЛЮ ЛИЦЕНЗИИ ограниченную


неисключительную лицензию для:
(a) Использования ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА на нескольких компьютерных
центральных процессорах в любое время, однако специально предусмотрено,
что ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ может использовать ПРОГРАММНОЕ
ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ только вместе с СИСТЕМОЙ.
(b) Использования РУКОВОДСТВА и другой документации для содействия
использованию ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА ОБЛАДАТЕЛЕМ ЛИЦЕНЗИИ.
(c) Установки ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА в памяти любого количества
компьютеров и делать одну (1) копию ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА только с
целью резервного копирования, имея в виду, что такая резервная копия
является полной копией, содержащей все примечания, касающиеся авторских
прав и торговой марки, и любые другие обозначения ограничений, связанных с
собственностью компании BIO-RAD, которые появляются на или в
оригинальном ПРОГРАММНОМ ПРОДУКТЕ, полученном от компании BIO-RAD.
(d) Выполнения однократной постоянной передачи лицензии, предоставляемой
здесь, и копий ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА и ПРОГРАММНОГО
ОБЕСПЕЧЕНИЯ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ непосредственно конечному
пользователю третьей стороны в связи с продажей СИСТЕМЫ этому
конечному пользователю третьей стороны, предусмотрев при этом, что: (i)
ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ
СТОРОНЫ целиком передаются третьей стороне, включая все компонентные
части вместе со всеми связанными носителями и печатными материалами,
включая это СОГЛАШЕНИЕ, в том виде, как они были получены
ОБЛАДАТЕЛЕМ ЛИЦЕНЗИИ, (ii) ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ не оставляет у себя
никаких копий ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА и ПРОГРАММНОГО
ОБЕСПЕЧЕНИЯ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ, или каких-либо частей этого после
передачи этого третьей стороне, и (iii) третья сторона в письменном виде
соглашается соблюдать все условия и ограничения, содержащиеся в этом
СОГЛАШЕНИИ, включая обязательство не производить дальнейшую передачу
этого СОГЛАШЕНИЯ и ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА. Такая передача не
может быть выполнена с помощью консигнационной отправки или другой
формы непрямой передачи товара.
2.2 Ограничения. ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ согласен с тем, что ОБЛАДАТЕЛЬ
ЛИЦЕНЗИИ должен:
(a) Не разделять компоненты ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА для использования
несколькими пользователями.
(b) Не копировать ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ, ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ
ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ или РУКОВОДСТВО, за исключением случаев,

B-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Приложение В: Лицензионное соглашение „

предусмотренных в Параграфе 2.1(c), и только их.


(c) Не сублицензировать, не распространять, не раскрывать и не передавать
ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ или ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ
СТОРОНЫ, полностью или частично, любой третьей стороне, за исключением
случаев, предусмотренных в Параграфе 2.1(c) и 2.2(d).
(d) Не сублицензировать ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ или ПРОГРАММНОЕ
ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ, за исключением случаев, связанных с
выдачей напрокат или в долгосрочную аренду всей СИСТЕМЫ отдельному
конечному пользователю в рамках добросовестного коммерческого
соглашения о выдаче напрокат или долгосрочной аренде, и только если
упомянутый конечный пользователь в письменной форме соглашается
соблюдать условия этого СОГЛАШЕНИЯ.
(e) Никаким образом не декомпилировать, не выполнять обратную компиляцию, не
демонтировать и не изменять ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ или ПРОГРАММНОЕ
ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ, или любую их часть.
(f) Не использовать ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ или ПРОГРАММНОЕ
ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ, или любую их часть для создания
любых незаконных или переработанных сооружений.
2.3 Примечание. ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ
ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ защищены законами об авторских правах и международными
соглашениями об авторских правах, а также иными законами и соглашениями об
интеллектуальной собственности. ОБЛАДАТЕЛЮ ЛИЦЕНЗИИ передана лицензия
на ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ
СТОРОНЫ, но ему не проданы ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и ПРОГРАММНОЕ
ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ.
2.4 Лицензия не распространяется на методы использования. Настоящая
лицензия не предоставляет права на какой-либо процесс, метод или
использование, в которых может применяться ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ,
самостоятельно или вместе с некоторым аналитическим прибором, за исключением
процесса, описанного в РУКОВОДСТВЕ, компания BIO-RAD имеет право
предоставлять лицензию на этот процесс настоящим документом.

3. ОГРАНИЧЕННАЯ ГАРАНТИЯ ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА

3.1 Ограниченная гарантия. Компания BIO-RAD гарантирует, что этот


ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ будет в основном выполняться, как описано в
РУКОВОДСТВЕ, если он используется в соответствии с описанными способами, в
течение девяноста (90) суток, считая от даты приобретения. Компания BIO-RAD
также гарантирует, что носитель, на котором распространяется программное
обеспечение, не имеет дефектов, связанных с материалами или качеством
изготовления. В пределах, допускаемых применимым законом, обязательные
гарантии на ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ ограничены теми же девяноста (90)
сутками.
3.2 Защита прав покупателя. Полная ответственность компании BIO-RAD и Ваша
исключительная компенсация должна заключаться, по собственному выбору
компании BIO-RAD, или (a) в возврате покупной цены, уплаченной ОБЛАДАТЕЛЕМ
ЛИЦЕНЗИИ, если это имело место, за ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ, который не
соответствует ограниченной гарантии компании BIO-RAD, или (b) в исправлении
ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА, который не соответствует ограниченной гарантии
компании BIO-RAD, или (c) замене ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА, который не
соответствует ограниченной гарантии компании BIO-RAD, при условии, что в
случаях (a), (b) или (c), ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ, который не соответствует
ограниченной гарантии компании BIO-RAD, полностью возвращается компании BIO-
RAD или авторизованному продавцу, у которого был приобретен ПРОГРАММНЫЙ
ПРОДУКТ, вместе с подтверждением даты покупки, в течение 90 дней после даты
доставки. Любой исправленный или замененный ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ будет
иметь гарантию, как описано в Параграфе 3.1, в течение оставшегося

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com B-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

оригинального гарантийного срока или тридцати (30) дней, в зависимости от того,


что дольше.
3.3 Прекращение действия гарантии. Ограниченная гарантия Параграфа 3.1 и
права покупателя Параграфа 3.2 прекращают действовать, если:
(a) отказ ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА был вызван катастрофой, неправильным
обращением или неверным применением СИСТЕМЫ или ПРОГРАММНОГО
ПРОДУКТА;
(b) ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ установлен в любом компьютере или используется
с любой операционной системой, отличными от компьютера и операционной
системы, включенных в СИСТЕМУ;
(c) ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ использован для анализа данных,
сгенерированных любым аналитическим прибором, отличным от
аналитических приборов компании BIO-RAD, с которыми ПРОГРАММНЫЙ
ПРОДУКТ должен использоваться, и которые специально перечислены в
РУКОВОДСТВЕ;
(d) отказ ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА был вызван стороной, которая не является
компанией BIO-RAD или ее полномочным представителем, устанавливающей и
запускающей какое-либо программное обеспечение на компьютер, где
выполняется ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ, и которое отличается от
ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА; или
(e) при нарушении любого из условий этого Лицензионного Соглашения.
3.4 ОТСУТСТВИЕ ИНЫХ ГАРАНТИЙ. В МАКСИМАЛЬНЫХ ПРЕДЕЛАХ,
ДОПУСТИМЫХ ПРИМЕНЯЕМОЙ ПРАВОВОЙ НОРМОЙ, КОМПАНИЯ BIO-RAD
ОТКАЗЫВАЕТСЯ ОТ ВСЕХ ДРУГИХ ГАРАНТИЙ И УСЛОВИЙ, ЯВНО
ВЫРАЖЕННЫХ ИЛИ ПОДРАЗУМЕВАЕМЫХ, ВКЛЮЧАЯ, НО НЕ ОГРАНИЧИВАЯСЬ
ИМИ, ПОДРАЗУМЕВАЕМЫЕ ГАРАНТИИ ИЛИ УСЛОВИЯ ТОВАРНОГО
СОСТОЯНИЯ, ПРИГОДНОСТИ ДЛЯ КОНКРЕТНОГО ПРИМЕНЕНИЯ, ПРАВА НЕ ИХ
И ПАТЕНТНОЙ ЧИСТОТЫ В ОТНОШЕНИИ ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА.

4.0 ОГРАНИЧЕНИЕ ОТВЕТСТВЕННОСТИ

4.1 ОГРАНИЧЕНИЕ ОТВЕТСТВЕННОСТИ. В МАКСИМАЛЬНЫХ ПРЕДЕЛАХ,


ДОПУСТИМЫХ ПРИМЕНЯЕМОЙ ПРАВОВОЙ НОРМОЙ, НИ ПРИ КАКИХ
ОБСТОЯТЕЛЬСТВАХ КОМПАНИЯ BIO-RAD ИЛИ ЕЕ ПОСТАВЩИКИ ИЛИ
РАБОТНИКИ НЕ НЕСУТ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ ЗА ЧАСТНЫЕ, ПОБОЧНЫЕ.
КОСВЕННЫЕ ИЛИ ОБУСЛОВЛЕННЫЕ УБЫТКИ, ВНЕ ЗАВИСИМОСТИ (ВКЛЮЧАЯ,
БЕЗ ОГРАНИЧЕНИЯ, УБЫТКИ ИЗ-ЗА УТЕРЯННОЙ КОММЕРЧЕСКОЙ ПРИБЫЛИ,
НАРУШЕНИЕ БИЗНЕСА, ПОТЕРЮ ДЕЛОВОЙ ИНФОРМАЦИИ, ИЛИ ЛЮБЫЕ
ДРУГИЕ ФИНАНСОВЫЕ ПОТЕРИ) ОТ ТОГО, ВОЗНИКЛИ ОНИ ИЗ-ЗА
ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ИЛИ НЕВОЗМОЖНОСТИ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ СИСТЕМЫ ИЛИ
ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА ИЛИ ОТКАЗА В ПРЕДОСТАВЛЕНИИ УСЛУГ
ПОДДЕРЖКИ, ДАЖЕ ЕСЛИ КОМПАНИЯ BIO-RAD БЫЛА ПРЕДУПРЕЖДЕНА О
ВОЗМОЖНОСТИ ТАКИХ УБЫТКОВ. В ЛЮБОМ СЛУЧАЕ, ВСЯ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ
КОМПАНИИ BIO-RAD В СВЯЗИ С ЛЮБЫМ ОБЕСПЕЧЕНИЕМ ЭТОГО
СОГЛАШЕНИЯ ДОЛЖНА БЫТЬ ОГРАНИЧЕНА ПОКУПНОЙ ЦЕНОЙ,
ВЫПЛАЧЕННОЙ ОБЛАДАТЕЛЕМ ЛИЦЕНЗИИ ЗА СИСТЕМУ И ПРОГРАММНЫЙ
ПРОДУКТ.
4.2 СИСТЕМА, ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ
ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ не предназначены для ДЕЯТЕЛЬНОСТИ С ПОВЫШЕННЫМ

B-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Приложение В: Лицензионное соглашение „

РИСКОМ (как описано ниже). В частности, СИСТЕМА, ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и


ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ не являются
отказоустойчивыми и не сконструированы, произведены и предназначены для
использования или перепродажи в качестве оперативного управляющего
оборудования в опасных условиях, требующих безотказного функционирования,
или любых других приложениях или ситуациях, в которых отказ СИСТЕМЫ или
ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА может непосредственно привести к гибели или к
серьезным физическим убыткам или нанести вред окружающей среде
("ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ С ПОВЫШЕННЫМ РИСКОМ"). В связи с этим компания BIO-
RAD специально отказывается от любой выраженной или подразумеваемой
гарантии пригодности для ДЕЯТЕЛЬНОСТИ С ПОВЫШЕННЫМ РИСКОМ.
ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ соглашается с тем, что компания BIO-RAD не будет
нести никакой ответственности за любые претензии или убытки, вызванные
использованием СИСТЕМЫ или ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА в таких приложениях
или ситуациях.
5. ЗАЩИТА
5.1 ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ соглашается защищать и поддерживать
невиновность компании BIO-RAD (включая ее должностных лиц, директоров,
работников и агентов) и поставщиков от и против любых претензий или исков,
включая оплату адвокатов, связанных с любым небрежным, незаконным или
несанкционированным использованием, передачей или распространением
СИСТЕМЫ, ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА и ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ
ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ ОБЛАДАТЕЛЕМ ЛИЦЕНЗИИ.
6. СРОК И ПРЕКРАЩЕНИЕ ДЕЙСТВИЯ
6.1 Срок. Срок СОГЛАШЕНИЯ и лицензии, предоставляемой настоящим
документом, должен начинаться от первого использования СИСТЕМЫ или первого
копирования ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА ОБЛАДАТЕЛЕМ ЛИЦЕНЗИИ и должен
заканчиваться, когда ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ прекратит использование
ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА или передаст ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ, как
предусмотрено в Параграфе 2.1 (d), в зависимости от того, что произойдет раньше;
обеспечивая, однако, соблюдение СОГЛАШЕНИЯ и лицензии, предоставляемой
этим документом, стороной, которая получила ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ.
6.2 Прекращение действия. Действие этого СОГЛАШЕНИЯ и лицензии,
предоставляемой настоящим документом, может быть прекращено со стороны
компании BIO-RAD, без ущерба всем другим правам, письменным уведомлением
ОБЛАДАТЕЛЮ ЛИЦЕНЗИИ, только в случае, если ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ
нарушил любое материальное условие этого СОГЛАШЕНИЯ, причем это
нарушение не было исправлено после обоснованного предупреждения. В случае
прекращения действия СОГЛАШЕНИЯ со стороны компании BIO-RAD,
ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ должен уничтожить все копии ПРОГРАММНОГО
ПРОДУКТА, которыми владеет ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ, и все компонентные
части. ОБЛАДАТЕЛЬ ЛИЦЕНЗИИ может прекратить действие лицензии,
предоставляемой настоящим документом, вернув ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и всю
документацию, включая РУКОВОДСТВО, компании BIO-RAD.
7. ОБЩИЕ УСЛОВИЯ
7.1 Полное соглашение. Это СОГЛАШЕНИЕ является полным соглашением и
пониманием сторон в отношении ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА, и заменяет все
предшествующие устные, письменные или иные заявления и соглашения. Это
СОГЛАШЕНИЕ может быть исправлено только письменно уполномоченными
представителями компании BIO-RAD.
7.2 Если любое условие этого СОГЛАШЕНИЯ оказалось не имеющим законной
силы, то соответствующий параграф будет изменен так, чтобы он был обеспечен
правовой санкцией, и будучи измененным, он должен полностью вступить в силу, а
остальная часть СОГЛАШЕНИЯ будет продолжать действовать и выполняться.
7.3 Права интеллектуальной собственности. Все права на иск и интеллектуальную

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com B-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

собственность, включая авторские права, относящиеся к ПРОГРАММНОМУ


ПРОДУКТУ и ПРОГРАММНОМУ ОБЕСПЕЧЕНИЮ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ,
сопроводительным печатным материалам, включая РУКОВОДСТВО, и любые
копии ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА, являются собственностью компании BIO-RAD
и ее поставщиков. Все права, явно не переданные, остаются за компанией BIO-
RAD.
7.4 Ограниченные права правительства США. ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и любая
документация, предусмотренная ОГРАНИЧЕННЫМИ ПРАВАМИ. Использование,
копирование или распространение Правительством подлежит ограничению, как
установлено в подпараграфе (c)(1)(ii) раздела Права в Технических данных и
Компьютерном программном обеспечении в DFARS 252.227-7-13 или в
подпараграфах (c)(1) и (2) раздела Коммерческое Компьютерное программное
обеспечение – Ограниченные права в 48 CFR 52.227-19, по мере применимости.
Производителем является компания Bio-Rad Laboratories, Incorporated, 590 Lincoln
Street, Waltham, MA 02451.
7.5 Экспортные ограничения. ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и ПРОГРАММНОЕ
ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ, любая их часть и любая сопровождающая
документация, включая РУКОВОДСТВО, не должны экспортироваться или
реэкспортироваться вне Соединенных Штатов без предварительного письменного
разрешения, полученного компанией BIO-RAD, и если компания BIO-RAD получила
такое разрешение, то ПРОГРАММНЫЙ ПРОДУКТ и ПРОГРАММНОЕ
ОБЕСПЕЧЕНИЕ ТРЕТЬЕЙ СТОРОНЫ, любая их часть и любая сопровождающая
документация, включая РУКОВОДСТВО, не должны экспортироваться или
реэкспортироваться в любую страну, передаваться лицу, организации или
конечному пользователю, подпадающим под экспортные ограничения США.
7.6 Применяемая правовая норма. Это СОГЛАШЕНИЕ должно управляться
законами штата Калифорния.
7.7 Продолжение действия. Разделы 2.2, 2.3, 2.4, 3, 4, 5 и 7 должны действовать
после завершения, отмены или выполнения этого СОГЛАШЕНИЯ.
ИСПОЛЬЗУЯ СИСТЕМУ ИЛИ ИСПОЛЬЗУЯ ИЛИ КОПИРУЯ ПРОГРАММНЫЙ
ПРОДУКТ, ВЫ ТЕМ САМЫМ ПОДТВЕРЖДАЕТЕ, ЧТО ПРОЧЛИ И УЯСНИЛИ
ВЫШЕПРИВЕДЕННОЕ И СОГЛАСНЫ С ОГРАНИЧЕНИЯМИ, НАЛАГАЕМЫМИ НА
ВАС ЛИЦЕНЗИЕЙ ПРОГРАММНОГО ПРОДУКТА.

B-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


У Указатель

А
Авторские права на ПЦР: ii

Анализ выражений: Смотрите Количественный анализ, относительный

Б
Блочное управление: Смотрите Настройка протокола: Режимы управления
температурой и крышкой

В
Величина CT: Смотрите Пороговый цикл

Воздушные вентиляционные отверстия, очистка: 9-2

Вставка из Excel: 6-19

Выделение данных: 8-7

Вычислитель градиента: Смотрите Температурный градиент

Вычитание базовой линии: 8-8

Г
Гарантии: A-1

Границы расположения пика: 8-18

График Data (Данные): Смотрите также Данные флюоресценции, просмотр


настройка: 8-8 – 8-9

График –dI/dT: 8-17

График Standards (Стандарты): 8-10 – 8-11


использование подмножеств стандартов: 8-11, 8-12

График зависимости CT от CT: Смотрите Идентификация по составу ДНК

График зависимости конечной точки от конечной точки: Смотрите Идентификация по


составу ДНК

Группы ячеек
определение: 6-15 – 6-16

У-1
„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

назначение: 6-15
использование для стандартной кривой: 8-12

Д
Данные флюоресценции
усредненные: Смотрите Дубликаты
сбор: Смотрите Шаг считывания плашки
экспорт: 8-29 – 8-30
открытие файла: 8-4
печать: 8-31 – 8-32
просмотр
во время прогона: 7-4 – 7-6
используя схему Plate: 8-5 – 8-6
с помощью графика Data: 8-6 – 8-8

Дельта-C(t): Смотрите Количественный анализ, относительный

Дубликаты: Смотрите также Наборы ячеек


вычисления, основанные на: 8-14
отображение средних значений: 8-6, 8-11
назначение: 6-16

∆CT: Смотрите Дельта-C(t)

З
Зонды TaqMan: 4-4

И
Идентификация по составу ДНК: 8-25 – 8-29
экран вычислений: 8-28

Инкубационная температура: Смотрите Температурный шаг

Инструментальная линейка: 5-4

Информация по технике безопасности: vi – vii. 1-3

К
Кабель USB, подключение: 3-5

Калибратор: Смотрите также Наборы ячеек


определение: 6-17

У-2 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Указатель „

назначение: 6-17

Калибровка прибора
повторная калибровка: 10-2 – 10-6
проверка: 10-2

Кнопка Master (Основной): 6-4

Кнопка Prepare New Run (Подготовить новый прогон): 6-4, 7-2

Кнопка Repeat This Run (Повторить этот прогон): 6-32, 7-2

Кнопка Run (Прогон): 7-2

Кнопка Skip (Пропустить): 7-3

Кнопка Specify Quant Standards (Задать стандарты количественного анализа): 6-18

Кнопка Status (Состояние): 7-4

Кнопка Stop (Стоп): 7-3

Количественный анализ
абсолютный: 8-4 – 8-14
основные принципы: 8-3
кнопка: 8-4
экран Quantity Calculations (Количественные вычисления): 8-13 – 8-15
относительный: 8-21 – 8-24
настройка порога: 8-9
окно: 8-4 – 8-8

Команда Копировать в буфер обмена: 8-30 – 8-31

Конденсация: 6-23

Красители
калибровка: Смотрите Калибровка прибора
отображение на схеме Plate: 6-12
панель: 6-8
предварительно калиброванные: 6-9
выбранные: 6-9

Кривая плавления
добавить в протокол: 6-30
анализ: 8-14 – 8-20
кнопка: 8-15
вычисления: 8-19 – 8-20
описанные: 8-14
опции отображения: 8-17 – 8-21
свойства: 8-17
назначение: 6-30
просмотр данных ячеек/наборов: 8-15 – 8-16
окно: 8-15

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com У-3


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

Л
Лицензионное соглашение: B-1

Логарифм флюоресценции, отображение: 8-7

М
Масштабирование: 8-7

Меню быстрой загрузки: 6-7

Микроплашки: Смотрите Сосуды для образцов

Н
Наборы ячеек
создание: 6-17 – 6-18
редактирование: 6-18
назначение: 6-16
типы: 6-17

Настройка плашки
импорт информации из Excel: 6-19
сохранение: 6-20
задание плашки и красителей: 6-9 – 6-10
задание содержания ячейки: 6-11
итоговая схема: 6-20

Настройка протокола: Смотрите название индивидуальных шагов протокола


удаление шагов: 6-31
редактирование шагов: 6-31
ввод шагов: 6-24 – 6-30
вставка шагов: 6-31
сохранение файла протокола: 6-31 – 6-33
итоговая схема: 6-31
Режимы управления температурой и крышкой: 6-21, 6-22 – 6-24

Незаполненные: Смотрите также Содержимое ячеек


вычитание: 8-8

О
Объем реакции

У-4 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Указатель „

рекомендация: 4-7
определение: 6-21, 6-22

Окно Master File (Основной файл): 6-4 – 6-7


доступ: 6-4
элементы окна: 6-4 – 6-5
панель Plate Setup (Настройка плашки): 6-20
панель Protocol Setup (Настройка протокола): 6-31

Окно Plate Setup


доступ: 6-8
элементы окна: 6-8 – 6-9

Окно Protocol Setup (Настройка протокола): 6-21


доступ: 6-21
элементы окна: 6-21

Окно Status: 7-4 – 7-6

Окошко состояния прогона: 5-3, 5-5, 7-2, 7-3 – 7-4

Оптическая система: 4-2, 9-2

Опция Use replicates (Использовать копии): 8-11

Опция автоматического масштабирования: 8-7

Основной файл
изменение: 6-32
определение: 6-3
повторное использование: 6-32 -6-33
сохранение: 6-32

Открытие детектора: 3-6

Относительное выражение: Смотрите также Количественный анализ, относительный


экран вычислений: 8-24

Охлаждаемый жидкий воск: Смотрите Уплотнители

Очистка прибора: 9-2

П
Панель Contents (Содержание): 6-9, 6-11

Панель Plate Setup (Настройка плашки): 6-20

Панель Protocol Graph (График протокола): 6-24

Панель Protocol List (Список протокола): 6-24

Панель Select Step to Insert Before Line (Выбрать шаг, чтобы вставить его перед линией):
6-24

Панель Sets (Наборы): 6-9: Смотрите также Наборы ячеек

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com У-5


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

отображение: 6-17

Панель Temperature and Lid Mode (Режим управления температурой и крышкой): 6-21
Смотрите также Настройка протокола

Панель Wells (Ячейки): 6-9


назначение описаний: 6-14
отображение: 6-14
сортировка данных: 6-15
просмотр информации ячейки в: 6-14 – 6-15

Пассивные ссылки: 6-14; Смотрите также Содержание ячейки

Переключить оси: 8-11

Печать отчетов: 8-31 – 8-32


Печатать в файл: 8-32

Питание, включение: 3-5

Плашки: Смотрите Сосуды для образцов

Подавлять данные, не превышающие порог: 8-8

Показать относительные интенсивности: 8-17

Поле Cycle (Цикл): 8-5, 8-6

Поле Dye (Краситель): 8-5, 8-6

Поле Plate Type (Тип плашки): 6-8 – 6-9

Поле Step (Шаг): 8-5, 8-6

Поле User (Пользователь): 6-5

Пользователи
добавление: 6-5
управление: 6-5 – 6-6
удаление: 6-6
задание: 6-6

Пороговая линия: Смотрите также Количественный анализ, основные принципы


расположение: 8-9

Пороговый цикл
определение: 8-3
использование в количественном анализе: 8-3

Прибор, выбор: 6-6

Пример протокола: 6-24

Пробирки: Смотрите Сосуды для образцов

Программное обеспечение Opticon Monitor


выход: 5-5
установка: 3-5
запуск: 5-3

У-6 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Указатель „

структура: 5-2, 6-3


версия: 5-6
свойства окна: 5-4 – 5-5

Пустые ячейки: 6-11

Р
Расширения файлов: 5-6

Регистрации, сообщение и ошибка: 5-6

Режим вычисленного управления: Смотрите Настройка протокола: Режимы управления


температурой и крышкой

Режимы управления крышкой: Смотрите Настройка протокола, Температура и крышка…

r2: 8-11

С
Скорость постепенного изменения: 6-26

Содержание ячейки
классификации: 6-11 – 6-12
определение: 6-11
задание: 6-11
просмотр на схеме Plate: 6-12 – 6-13

Содержание: Смотрите Содержание ячейки

Сосуды для образцов


загрузка в детектор: 3-6
герметизация: 4-6
выбор: 4-5, 4-7

Сосуды для реакции: Смотрите сосуды для образцов

Стандарты количественного анализа: Смотрите также Содержание ячейки; Смотрите


также График Standards и стандартные кривые: 8-10
задание единиц измерения: 6-19
редактирование после прогона: 8-12
ввод значений: 6-18 – 6-19
использование подмножеств в стандартной кривой: 8-12

Стандарты: Смотрите Стандарты Количественного анализа

Схема Plate (Плашка): 8-5


отображение, принятое по умолчанию: 6-12
определение: 6-8
фиксированные секции ячеек: 6-12 – 6-13

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com У-7


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

выделение содержания в: 6-13


выбор и снятие выбора ячеек: 6-10
просмотр интенсивности флюоресценции в: 8-5 – 8-6

SYBR Green I: 4-2

Т
Таблицы вычислений
копирование в буфер обмена: 8-30 – 8-31
идентификация по составу ДНК: 8-28
кривая плавления: 8-19 – 8-20
печать: 8-31 – 8-32
количество: 8-13 – 8-14
относительное выражение: 8-24

Температура плавления, определение: 8-17

Температурный градиент
Вычислитель градиента: 6-28
назначение: 6-27
допустимый диапазон: 6-27

Температурный шаг: 6-25 – 6-26

Требования к установке
требования к подаче воздуха: 3-4 – 3-5
требования к окружающей среде: 3-3
требования к электропитанию: 3-3

Tm: Смотрите Температура плавления, определение

У
Упаковочный контрольный перечень: 3-2

Уплотнители
жидкий воск Chill-out: 4-6
выбор: 4-6, 4-7

Ф
Файл данных
создание: 7-2
наименование: 7-3
открытие: 8-4

У-8 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Указатель „

Файл плашки
определение: 6-7

Фиксированные секции ячеек: 6-12 – 6-13

Флюоресцирующие химикаты: 4-2 – 4-5


Система Amplifluor: 4-5
гидролизные зонды: 4-4
инициаторы флюоресценции LUX: 4-5
молекулярные маяки: 4-3
зонды Scorpions: 4-4
SYBR Green I: 4-2
зонды TaqMan: 4-4

Функция Smooth (Сгладить): 8-8, 8-18

FWHM: 8-17

Х
Характеристики
компьютера: 2-4
градиента: 2-4
прибора: 2-3

Ц
Цикл, порог: Смотрите Пороговый цикл

Ш
Шаг безусловного перехода: 6-29 – 6-30

Шаг градиента: 6-27: Смотрите также Температурный градиент

Шаг считывания плашки: 6-29

Э
Экран Graphs (Графики)
доступ: 8-4
элементы экрана: 6-4 – 8-5

Экран Optical Read Status (Состояние оптического чтения): 7-5 – 7-6

Экран Thermal Cycler Status (Состояние термоциклера): 7-4 – 7-5

Экспериментальный прогон

Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com У-9


„ Система MiniOpticon. Руководство по эксплуатации

прерывание: 7-3
наблюдение: 7-3 – 7-6
запуск: 7-2 – 7-3

Экспорт
данных в файл CSV: 8-29 – 8-30
настройки плашки: 8-30
настройки протокола: 8-30

У-10 Техническая поддержка: 1-800-4BIORAD • 1-800-424-6723 • www.bio-rad.com • www.mjr.com


Заявление о соответствии
Компания Bio-Rad Laboratories, Inc., 1000 Alfred Nobel Drive, Hercules, California,
94547, U.S.A., заявляет, что изделие

CFB-3120, Система MiniOpticonTM,

к которому относится это заявление, соответствует следующим стандартам и


нормативным документам.

EN61010-1
EN61326: КЛАСС A

соответствуя положениям Директив 73/23/EЕC, 89/336/EEC и 93/68/EЕC.

Это изделие импортировано в Европейское Содружество компанией Bio-Rad


Laboratories, Ltd., Bio-Rad House, Maxted Road, Hemel Hempstead (London Area),
Hertfordshire, HP2 7DX England

13 сентября 2004 года


Дата выпуска

Брэд Кратчвилд (Brad Crutchfield)


Вице-президент
Техническое обслуживание:
Позвоните в Ваш местный офис компании Bio-Rad, или в США
позвоните по телефону 1-800-4BIORAD (1-800-424-6723)

Bio-Rad
Laboratories, Inc.

Life Science Group Сайт в Интернете www.bio-rad.com США (800)4BIORAD Австралия 02 99 14 28000 Австрия (01)-877 89 01 Бельгия 09-385 55 11
Бразилия 55 21 2527 3454 Канада (905) 712-2771 Китай (86-21) 63052255 Чешская Республика +420 2 41 43 05 32 Дания 44 52 10
(Группа биологических 00 Финляндия 09 804 22 00 Франция 01 47 95 69 65 Германия 089 318 84-0 Гонконг 852-2789-3300 Венгрия 36 1 455 8800 Индия
наук) (91-124)-6398112/113/114б 6450092/93 Израиль 03 951 4127 Италия 39 01 216091 Япония 03-5811-6270 Корея 82-2-3473-4460
Латинская Америка 305-894-5950 Мексика 55-52-00-05-20 Нидерланды 0318-540666 Новая Зеландия 64 9 415 2280 Норвегия 23
38 41 30 Польша +48 22 331 99 99 Португалия 351-21-472-7700 Россия 7 095 721 1404 Сингапур 65-6415 3188 Южная Африка 00
27 11 4428508 Испания 34 91 590 5200 Швеция 08 555 12700 Швейцария 061 717-9555 Тайвань (8862) 2578-7189/2578-7241
Соединенное Королевство 020 8328 2000

Часть № 10954 US/EG Версия B 04-0984 0305 Sig 1204