Genómica.

La genómica es un campo interdisciplinario de la ciencia dentro del campo de la biología

molecular. Un genoma es un conjunto completo de ADN dentro de una sola célula de un
organismo, y como tal, la genómica se enfoca en la estructura, función, evolución y mapeo
de los genomas. La genómica tiene como objetivo la caracterización colectiva y la
cuantificación de los genes, que dirigen la producción de proteínas con la ayuda de enzimas
y moléculas mensajeras. La genómica también implica la secuenciación y el análisis de
genomas. Los avances en la genómica han desencadenado una revolución en la
investigación basada en el descubrimiento para comprender incluso los sistemas biológicos
más complejos en la actualidad, como el cerebro. En contraste con la genética, que se
refiere al estudio de los genes individuales y sus roles en la herencia, la genómica utiliza la
secuenciación de ADN de alto rendimiento y la bioinformática para ensamblar y analizar la
función y la estructura de genomas completos. El campo también incluye estudios de
fenómenos intragenómicos (dentro del genoma) como heterosis (vigor híbrido), epistasis
(efecto de un gen sobre otro), pleiotropía (un gen que afecta a más de un rasgo) y otras
interacciones entre loci y alelos dentro del genoma.

Aplicaciones de la genómica.
 Estudio de enfermedades genéticas: las enfermedades en los seres humanos
pueden ser mendelianas o poligénicas. Donde las mendelianas generalmente son
causadas por un defecto en un solo gen, lo que dificulta su estudio debido a la
penetrancia genética incompleta. Por su lado las poligénicas son las que
generalmente afectan al ser humano como: enfermedades cardiovasculares, asma,
cáncer, etc.
 Respuesta a fármacos: los medicamentos tienen efectos secundarios, lo que
quiere decir que se debe de estudiar estos casos, ya que un fármaco puede tener
efectos diferentes en dos personas diferentes. El objetivo de la farmacogenómica
es entender la variabilidad entre dos pacientes.
 Estudios de domesticación: Actualmente con el uso de las herramientas genéticas
se ha iniciado el estudio de los cambios fenotípicos que los animales han debido
atravesar durante procesos de domesticación, para lo cual por ejemplo se pueden
usar elementos como SNPs en sitios conservados no codificantes y secuencias
codificantes así como diversidad de nucleótidos dentro de las poblaciones de
animales, como el caso del conejo; estos datos podrían proveer información sobre
polimorfismos o reducciones de la diversidad genética durante la colonización de
nuevos sitios por parte de los animales.

Proteómica.
La proteómica es considerada el siguiente paso en el estudio de un sistema biológico, luego
de la genómica. Es más complicada que la genómica porque mientras que el genoma de
un organismo es más o menos constante, el proteoma difiere de una célula a otra y de un
momento a otro. Estos se deben a que en los distintos tipos de células se expresan genes
distintos, lo que implica que se debe determinar hasta el conjunto básico de proteínas
producido en una célula. Un factor adicional de complejidad son las modificaciones que
pueden sufrir la estructura o secuencia básica de la proteína, esto es, aquella que aparece
codificada en el genoma.

Espectrómetro de masas.
La espectrometría de masas es una técnica de análisis que permite determinar la
distribución de las moléculas de una sustancia en función de su masa. El espectrómetro de
masas es un dispositivo que permite analizar con gran precisión la composición de
diferentes elementos químicos e isótopos atómicos, separando los núcleos atómicos en
función de su relación entre masa y carga (m/z). Puede utilizarse para identificar los
diferentes elementos químicos que forman un compuesto, o para determinar el contenido
isotópico de diferentes elementos en un mismo compuesto. Con frecuencia se encuentra
como detector de un cromatógrafo de gases, en una técnica híbrida conocida por sus
iniciales en inglés, GC-MS.
El espectrómetro de masas mide razones masa/carga de iones, calentando un haz de
material del compuesto a analizar hasta vaporizarlo e ionizar los diferentes átomos. El haz
de iones produce un patrón específico en el detector, que permite analizar el compuesto.
En la industria es una técnica altamente utilizada en el análisis elemental de
semiconductores, biosensores, cadenas poliméricas complejas, fármacos, productos de
síntesis química, análisis forense, contaminación medioambiental, perfumes y todo tipo de
analitos que sean susceptibles de pasar a fase vapor e ionizarse sin descomponerse.

Identificación por huella peptídica.

 Digestión en gel: Normalmente, la muestra se reduce y alquila. A continuación, se

añade una proteasa con una patrón de corte conocido (típicamente, tripsina),
generándose una colección o conjunto de péptidos específicos de proteína.
Habitualmente, esta colección de péptidos será lo suficientemente específica como
para poder identificar la proteína con la que estamos trabajando.
 Extracción de los péptidos
 Análisis MS MALDI-TOF: este equipo traduce el tiempo de vuelo en masas, pues
aunque todos los iones tienen la misma estructura y la misma carga, su peso es
distinto.
 Comparación del espectro de masas con la información almacenada en bases de
datos de secuencias conocidas, como Swiss-Prot o nr-GenBank. Para ello existen
motores de búsqueda como MASCOT que ordenan las proteínas identificadas
asignándoles puntos en función del número de coincidencias.

Análisis MS/MS.
 Digestión solución
 Extracción de los péptidos
 Espectrometría de masas de ionización por electrospray
  La comparación de los datos del espectro de fragmentación experimental con los
almacenados en bases de datos es similar al llevado a cabo en la identificación por
huella peptídica: las coincidencias entre los datos experimentales y los datos del
servidor se muestran en orden decreciente de probabilidad.

Electroforesis bidimensional
La electroforesis bidimensional en geles de poliacrilamida (2D PAGE) es la herramienta
más empleada para el análisis global y la separación de los componentes del proteoma.
Dicha técnica permite la separación de cientos o miles de proteínas (“spots”) en un único
gel, mostrando un patrón característico.

 Separación en la 1ª Dimensión (Isoelectroenfoque):

En primer lugar las proteínas se separan en base a su punto isoeléctrico en
gradientes de pH inmovilizados (IPGs).

 Separación en la 2ª Dimensión (SDS-PAGE):

Una vez que las proteínas han sido separadas en función de sus propiedades
eléctricas, pasamos a separarlas en función de su tamaño o peso molecular
mediante la electroforesis en geles de acrilamida en presencia de dodecil-sulfato
sódico (SDS). Estas dos separaciones sucesivas permiten aislar prácticamente
todas las proteínas de un proteoma en una matriz bidimensional (“electroforesis
bidimensional”).

Cromatografía de líquidos HPLC.

 En la cromatografía líquida, la fase móvil es un líquido que fluye a través de una

columna que contiene a la fase fija. La separación cromatografía en HPLC es el
resultado de las interacciones específicas entre las moléculas de la muestra en
ambas fases, móvil y estacionaria

Quimioproteómica
La importancia del estudio del proteoma a través de la proteómica radica en que a través
de esta podemos comprender las interacciones que tienen las proteínas con un organismo.
Conocer el proteoma de un organismo nos ayuda por ejemplo para, el desarrollo de
medicinas mediante el estudio comparativo de las proteínas presentes en un organismo
sano y uno enfermo (como sería en el caso del melanoma). Para poder desarrollar estos
medicamentos se realizan los siguientes pasos:

 Hacer la electroforesis de muestras de tejido sano y compararlas con muestras de

tejido cancerígeno, se podrá observar la presencia abundante de una proteína en el
gel del tejido cancerígeno.
 Aislar dicha proteína mediante un proceso de cristalización.
 Realizar cristalografía de rayos X para que así podamos determinar su estructura.
  Una vez determinada la estructura de la proteína, se podrá diseñar un medicamento
que actúe en el sitio activo de dicha proteína. Lo cual se denomina
Quimioproteómica.
También se puede emplear para evitar medicamentos con efectos secundarios.

Antes empezar con la introducción del artículo se va a aclarar algunos términos

posiblemente desconocidos para algunos.

 Depsipéptido: Sustancia elaborada naturalmente por algunas bacterias, hongos y

otros organismos, y que también puede producirse en el laboratorio. Estos están en
estudio para el tratamiento del cáncer.

 Diana terapéutica o blanco molecular: es el lugar del organismo donde un

fármaco ejerce su acción. La mayoría de las dianas terapéuticas son del tipo lípidos,
proteínas y ácidos nucleicos.