Ферменты – это биологические катализаторы

белковой природы.
Катализаторы – это вещества, принимающие
участие в химических реакциях, ускоряя их, но
сами в них не расходующиеся.
Ферменты катализируют химические реакции,
происходящие в организме.
Ферменты катализируют превращение веществ,
которые называются субстратами (S) в продукты
(P):
E
S P

Отличие ферментов от небиологических

катализаторов:
1. Высокая эффективность действия (скорость
ферментативных реакций в 106 – 1012 раз выше,
чем соответствующих неферментативных
реакций).
2. Высокая специфичность действия (фермент
катализирует превращение одного конкретного
субстрата, либо схожей группы субстратов).
3. Мягкие условия протекания
ферментативных реакций (t ~ 37 °C,
нормальное атмосферное давление, pH,
близкий к нейтральному).
4. Способность к регуляции.
 Активный центр фермента:

1. Участок молекулы фермента, сформированный

на уровне третичной структуры,
ответственный за связывание с субстратом по
принципу комплементарности и участвующий
в катализе.

2. Расположен в узком гидрофобном углублении

(щели) поверхности молекулы фермента.

3. Активный центр фермента в отличие от

активного центра белка имеет 2 участка:
1) Субстратсвязывающий участок;
2) Каталитический участок.

4. В активный центр фермента часто входит

участок или домен для связывания кофактора.
 Типы специфичности ферментов

I. Субстратная II. Каталитическая

(пути превращения)
Абсолютная Стерео-
1. специфичность
3.
Относительная
(групповая)
2.

I.1. Абсолютная субстратная специфичность –

Фермент катализирует превращение только одного
конкретного субстрата.

Пример:
I.2. Относительная (групповая) субстратная
специфичность – Фермент катализирует
однотипные превращения схожих по строению
веществ.

Пример: Фермент Липаза катализирует

гидролиз жиров:

I.3. Стереоспецифичность – Фермент

катализирует превращение только одного из
стереоизомеров для данного вещества.

Пример: Фермент Фумараза катализирует

присоединение воды только к фумарату, но не к
малеиновой кислоте:
II. Каталитическая специфичность
(специфичность пути превращения) – фермент
катализирует только одно превращение
субстрата из всех возможных:

A
E1
E2
S B
E3
C

Пример:
N CH2 CH COOH
NH2
гистидин- N гистидаза
декарбоксилаза H
гистидин NH3
CO2

N CH2 CH2 N CH CH COOH

NH2
N N
H H
гистамин уроканиновая
кислота
 Этапы ферментативного катализа.

I – образование фермент-субстратного комплекса:

На этом этапе: а) субстрат приближается к

активному центру фермента.

б) происходит взаимное изменение конформации E

и S, возникает строгая комплементарность между S
и активным центром E (индуцированное
соответствие).

II. Дестабилизация связей в молекуле субстрата.

III. Образование продуктов реакции и выход их из

области активного центра фермента.

(III этап часто делят на III и IV:

III этап: образование продуктов реакции.
IV этап: выход продуктов из области активного
центра фермента.)
 Кинетика ферментативных реакций.
I. Зависимость скорости реакции от концентрации
субстрата:

Vmax – это такая V ферментативной реакции, при

которой достигается полное насыщение фермента
субстратом, т.е. когда все активные центры
фермента связаны с субстратом.

KM – константа Михаэлиса:
1) KM численно равна концентрации субстрата, при
которой скорость реакции равна ½ Vmax.
2) KM показывает сродство E к S. Чем меньше KM,
тем больше сродство и наоборот.
II. Зависимость скорости реакции от температуры:

При нагревании:

рвутся слабые связи в молекуле фермента

(гидрофобные, ионные и водородные) => меняется
конформация E => нарушается структура активного
центра E => уменьшается активность E.
III. Зависимость скорости реакции от pH среды:

Оптимум pH – это такое значение pH, при котором

E проявляет максимальную активность.

Для каждого E характерен довольно узкий

интервал pH, при котором он активен:
При изменении pH среды в сторону от оптимума
активность E уменьшается:

Причины:

изменяется ионизация ионогенных групп => рвутся

ионные и некоторые водородные связи в молекуле
фермента => меняется конформация E =>
нарушается структура активного центра E =>
уменьшается активность E.

- + + +
COO H 3N ион. связь + H COOH H 3N
COO
- ... HO вод. связь
HO
... HO вод. связь
COOH HO

CH3 H 3C гидрофобная
связь
Кофакторы ферментов и их роль в катализе.

Если фермент является сложным белком, то в его

состав всегда входит небелковый компонент,
который называется: Кофактор.
Белковая часть такого фермента называется:
Апофермент.
А комплекс апофермента с кофактором получил
название: Холофермент:
Апофермент + Кофактор Холофермент
Каталитическую активность в этом случае
проявляет только Холофермент.

Кофакторы

Коферменты Ионы металлов

Роль ионов металлов в катализе:

1) участвует в присоединении субстрата (Mg2+,
Mn2+, Zn2+)

2) принимают участие в катализе (Zn2+, Cu2+, Fe2+)

3) принимают участие в стабилизации третичной и

четвертичной структуры фермента (K+, Ca2+, Zn2+)

4) активаторы ферментов (Ca2+)

 Коферменты:
1) органические вещества, предшественниками
которых, как правило, являются витамины;
2) принимают непосредственное участие в
катализе, наряду с радикалами аминокислот.

Некоторые коферменты непрочно связаны с

апоферментом (NAD+, NADP+, HS-KoA, H4-фолат).
Есть коферменты, прочно связанные с
апоферментом, т.е. представляют с собой
простетическую группу (гем, FAD, FMN, биотин).
 Примеры коферментов
Тиаминдифосфат (ТДФ):

Биотин (витамин H):

Кофермент A:
 Классификация ферментов.
В основе классификации ферментов лежит тип
катализируемой ими реакции.
Все ферменты делятся на 6 классов:
I. Оксидоредуктазы – катализируют
окислительно-восстановительные реакции.

Основные подклассы:
1. Оксидазы
2. Гидроксилазы
3. Дегидрогеназы – катализируют реакции
присоединения / отщепления атомов водорода
(дегидрирования).

По типу кофермента различают:

1) NAD+ и NADP+ – зависимые дегидрогеназы
(предшественник: витамин PP);
2) FAD и FMN – зависимые дегидрогеназы
(предшественник: витамин B2)

Коферменты NAD+, NADP+, FAD и FMN

выполняют роль акцепторов атомов водорода.
 + +
Строение коферментов NAD и NADP :

+ +

CO NH2
Активная часть коферментов
NAD+ и NADP+:
+
N
R

CO NH2
Витамин PP:

N
 1) Роль коферментов NAD+ и NADP+ в реакциях
дегидрирования:
H H H

Д . H2 CONH 2 CONH 2 +
+ Д + + H
+
N N
R R

НАД+ НАДH + H+
(или НАДФ+) – (или НАДФH + H+) –
окисленная восстановленная
форма форма

Д . H2 + NAD+ Д + NADH + H+
(или NADP+) (или NADPH + H+)

Пример реакции с участием NAD+:

COOH COOH
Малатдегидрогеназа
HO C H + NAD+ C O + NADH+H+
CH2 CH2
COOH COOH
Малат Оксалоацетат
Строение флавиновых коферментов (FMN и FAD):
 2) Роль коферментов FAD и FMN в реакциях
дегидрирования:
O O
H
H3C N H3C N
Д . H2 + NH Д + NH
H3C N N O H3C N N O
H
R R

ФАД ФАДH2
(или ФМН) – (или ФМН H2) –
окисленная восстановленная
форма форма

Д . H2 + FAD Д + FADH2
(или FMN) (или FMN.H2)

Пример реакции с участием FAD:

COOH COOH
Сукцинатдегидрогеназа
CH2 + E-FAD CH + E-FADH2
CH2 CH
COOH COOH
Сукцинат Фумарат
II. Трансферазы – катализируют реакции переноса
функциональных групп с одной молекулы на
другую.
Основные подклассы:
1. Киназы – катализируют перенос фосфатной
группы, донором которой является АТФ (реже
ГТФ).

Примеры:

1) H2C OH H2C OH

HC OH + АТФ HC OH + АДФ

H2C OH H2C OPO3H2

Глицерол Глицерол-
-3-фосфат

2)
OH OPO 3H2

+ АТФ + АДФ

протеин фосфопротеин

Кофакторы: ионы Mg2+ и Mn2+.

Реакции, которые катализируют киназы,

называются р-циями фосфорилирования.
 2. Аминотрансферазы – катализируют перенос
аминогруппы с аминокислоты на кетокислоту.
Пример:

Кофермент: Пиридоксальфосфат, производное

витамина B6.

3. Метилтрансферазы – перенос метильной

группы.
4. Ацилтрансферазы – перенос ацильной группы.
III. Гидролазы – катализируют реакции разрыва
связей в молекуле с участием воды, т.е. путем
гидролиза.
Основные подклассы:
1. Фосфатазы – катализируют гидролитическое
отщепление фосфатной группы:
OPO 3H2 OH

+ H 2O + H3PO4

Фосфопротеин Протеин

Реакции, которые катализируют фосфатазы,

называются р-циями дефосфорилирования.

2. Липазы – гидролиз связей в жирах:

3. Пептидазы
4. Гликозидазы
5. Эстеразы
IV. Лиазы.
Существует 2 разновидности лиаз:

1 разновидность: Лиазы, катализирующие

реакции разрыва связей способом, отличным от
гидролиза и окисления.

Для этой разновидности лиаз существуют

подклассы:

1. Декарбоксилазы – катализируют реакции

отщепления карбоксильной группы в виде CO2.

Пример:

Кофермент – Пиридоксальфосфат
(Производное витамина B6).

2. Дегидратазы – катализируют реакции

отщепления воды от молекулы с образованием
двойной связи.
2 разновидность: Лиазы, катализирующие
реакции присоединения молекул по двойной связи.
Подклассы: Гидратазы – катализирующие реакции
присоединения молекулы воды по двойной связи.
COOH COOH
фумараза
CH + H 2O HC OH
CH CH2
COOH COOH
Фумарат Малат

V. Изомеразы – катализируют взаимопревращение

изомеров.

Подклассы: изомеразы, мутазы.

Пример:
CH2OPO3H2 CH2OPO3H2

H O H O CH2OH
H
OH H H OH
OH OH OH
H
H OH OH H

Глюкозо - 6-фосфат Фруктозо - 6-фосфат

Кофакторов нет.
VI. Лигазы.
2 разновидности:

1 разновидность: Синтетазы – катализируют

реакции соединения 2-х молекул при участии
энергии АТФ (реже ГТФ).
Подклассы: Карбоксилазы – катализируют
реакции присоединения карбоксильной группы к
молекуле в виде CO2.

Пример:

Кофермент: биотин (витамин H).

2 разновидность: Синтазы – катализируют

соединение молекул при участии энергии
макроэргических связей субстрата.
 Активность фермента.

В условиях избытка субстрата скорость

ферментативной реакции прямо пропорциональна
концентрации фермента.
V

[E]
Концентрация E крайне мала (обычно для
протекания р-ции с большой скоростью требуется
буквально несколько десятков молекул E).
Поэтому, на практике пользуются условными
величинами, характеризующими активность E:

1 МЕ (международная единица активности) – это

такое количество фермента, которое катализирует
превращение 1 мкмоль субстрата за 1 мин или
образование 1 мкмоль продукта за 1 мин при
оптимальных условиях.
Оптимальные условия индивидуальны для каждого
E и зависят от температуры, pH среды, наличия Ko
(если есть), отсутствие активаторов и ингибиторов.

Для того, чтобы оценить количество молекул E

среди других белков данной ткани, определяют
удельную активность.
Удельная активность – это отношение количества
единиц активности фермента в образце ткани к
массе белка (в мг) в этой ткани.

По удельной активности часто судят об очистке E:

чем меньше посторонних белков, тем выше Aуд.

(В обязательную программу по Биохимии не входит):

В 1973 году была принята новая единица
активности – катал.