Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
Una apreciación fundamental de cómo funcionan las pistas sobre la dinámica esencial de la molécula a
macromoléculas biológicas requiere el conocimiento menudo son proporcionadas por la separación de
de la estructura y la dinámica. Las simulaciones de la proteína en dominios conectados por bisagras
dinámica molecular proporcionan herramientas
y la disponibilidad de estructuras
poderosas para la exploración del paisaje de energía
correspondientes a diferentes estados
conformacional accesible a estas moléculas, y el
rápido aumento en el poder computacional junto con funcionales, pero no es fácil a partir de la
las mejoras en la metodología hacen de este un inspección visual o cálculos simples para deducir
momento emocionante para la aplicación de la el funcionamiento de Estas máquinas
simulación a la biología estructural. En esta moleculares. Las simulaciones de dinámica
perspectiva, examinamos dos áreas, el plegamiento de molecular pueden proporcionar el último detalle
proteínas y la catálisis enzimática, en las cuales las sobre los movimientos atómicos individuales en
simulaciones han contribuido a una comprensión función del tiempo; por lo tanto, se pueden usar
general del mecanismo. También describimos los
para responder preguntas específicas sobre las
resultados para el motor molecular F1 ATPasa y la
propiedades de un sistema modelo a menudo
familia Src de proteínas de señalización como ejemplos
de aplicaciones de simulaciones a sistemas biológicos más fácilmente que los experimentos en el
específicos. sistema real. Para muchos aspectos de la función
biomolécula, estos detalles son de interés (por
La dinámica conformacional de las moléculas de ejemplo, cuál de los muchos residuos que rodean
proteína está codificada en sus estructuras y es a al ATP en una proteína motora son los más
menudo un elemento crítico de su función. Por lo importantes para acoplar la unión del ATP al
tanto, una apreciación fundamental de cómo movimiento molecular).
funcionan las proteínas requiere una
comprensión de la conexión entre la estructura
tridimensional, obtenida con una rapidez
creciente por la cristalografía de rayos X y la
RMN, y la dinámica, que es mucho más difícil de
probar experimentalmente. Las simulaciones de
dinámica molecular proporcionan enlaces entre
estructura y dinámica al permitir la exploración
del paisaje de energía conformacional accesible a
las moléculas de proteínas. La primera simulación
de dinámica molecular de una proteína se
informó en 1977 y consistió en una trayectoria de
9.2 ps para una proteína pequeña en el vacío.
Once años más tarde, se informó una simulación Figura 1. Simulación de una proteína solvatada. Este
de 210 ps de la misma proteína en agua, y el corte a través de un sistema de simulación muestra
aumento fenomenal en el poder de cómputo una proteína quinasa Src (verde) rodeada por 15,000
moléculas de agua (los átomos de oxígeno son rojos y
desde entonces ahora hace que sea rutinario
los átomos de hidrógeno son blancos). El sistema de
ejecutar simulaciones de proteínas mucho más simulación consta de 50,000 átomos, incluidos iones
grandes que son 1,000-10,000 veces más largas de potasio y cloruro (esferas púrpura y naranja,
que la simulación original (10–100 ns), en el que respectivamente). Se puede generar una trayectoria de
la proteína está rodeada de agua y sal (Fig. 1). dinámica molecular de 1 ns para este sistema en 4
También se han logrado mejoras significativas en días utilizando un grupo de cuatro computadoras
las funciones potenciales, haciendo que las económicas basadas en Linux. (Cortesía de Olga
simulaciones sean mucho más estables y Kuchment.)
precisas.
La combinación de una mayor potencia de la
Los principios de ingeniería que subyacen al computadora y mejores funciones potenciales ha
diseño de proteínas son verdaderamente resultado en la capacidad de generar
barrocos, con ajustes evolutivos que resultan en simulaciones que se acercan al punto en el que
máquinas moleculares que pueden ser efectivas pueden sobrevivir al examen crítico de los
y eficientes, pero cuyas estructuras experimentadores que determinan las
tridimensionales son a menudo tan complicadas estructuras de las proteínas que se simulan. Para
que oscurecen el mecanismo de acción. Las proteínas pequeñas o dominios de proteínas que
no se espera que experimenten grandes su estructura nativa es fundamental para la
transiciones conformacionales (por ejemplo, un descripción de la vida a nivel molecular. Este
dominio SH2 unido a un fosfopéptido), una problema se vuelve aún más crítico porque el
simulación que dure varios nanosegundos en un plegamiento incorrecto está involucrado en una
entorno completamente solvatado y que utilice variedad de enfermedades. Una sinergia entre la
potenciales de todos los átomos sin truncar las simulación y el experimento ha llevado a una
interacciones electrostáticas. típicamente solución conceptual para un aspecto del
resultan en desviaciones rms de la estructura problema de plegamiento relacionado con el
cristalina de 1 Å para los átomos del esqueleto de mecanismo por el cual la cadena de proteínas
la región central de la proteína. Tales encuentra la conformación nativa a pesar de la
simulaciones generan cierto grado de confianza inmensidad del espacio de búsqueda potencial.
en que los interesantes cambios estructurales Este avance se ha producido a pesar del hecho
que resultan de la simulación de ensambles más de que el plegado es lento en la escala de tiempo
grandes [por ejemplo, Src quinasas intactas que de simulación. (Incluso las proteínas más rápidas
contienen dominios SH2] son significativos, como tardan microsegundos en plegarse, y el proceso
describimos más adelante. no puede simularse directamente). La mayoría de
las simulaciones de plegamiento han utilizado
Las simulaciones son más efectivas cuando se modelos simplificados para capturar los aspectos
analizan en estrecha colaboración con esenciales del proceso.
experimentos sobre la función de las proteínas,
que juegan un papel esencial en la validación y Se obtuvieron ideas clave sobre cómo la
mejora de las simulaciones. Un resultado del estructura nativa puede ser encontrada por la
aumento en el poder de la computadora cadena de polipéptidos en un tiempo razonable
fácilmente disponible y la estandarización de los mediante el uso de la dinámica de Monte Carlo
protocolos de simulación es que ahora los para el plegado de modelos de cuentas
especialistas no especializados pueden reproducir simplificadas en una red cúbica, un proceso lo
y verificar algunas, si no todas, las conclusiones suficientemente rápido como para que los cientos
de los análisis de simulación publicados por otros. de trayectorias necesiten obtener resultados
Este tipo de validación cruzada ayudará en la estadísticamente significativos podría calcularse
integración de simulaciones en el proceso normal con las computadoras disponibles. Estos estudios
de interpretación de resultados estructurales reticulados de Monte Carlo mostraron que el
recientemente emergentes. Una receta para plegamiento al estado nativo se produjo en una
hacer el análisis de los resultados de la escala de tiempo de muchos órdenes de
simulación más riguroso y se ha proporcionado magnitud más cortos que los requeridos para
una lista de posibles errores. muestrear todas las configuraciones (el llamado
tiempo de Levinthal); por ejemplo, con el tiempo
En esta Perspectiva, ilustramos la aplicación de medido en pasos de Monte Carlo, solo se
simulaciones de dinámica molecular a la biología requirieron ≈ 5×107 pasos para plegar un
describiendo varios ejemplos seleccionados, polímero de 27 cuentas que tenía 1016
enfatizando nuestro propio trabajo. Comenzamos configuraciones posibles. Aunque cada
con una encuesta más amplia de dos áreas, el trayectoria de plegado es muy diferente, el sesgo
plegamiento de proteínas y la catálisis al estado nativo en la superficie de energía libre
enzimática, en la que las simulaciones es suficiente para que la búsqueda estocástica
combinadas con el experimento han llevado a muestree solo una pequeña fracción de las
una comprensión general del mecanismo. El configuraciones totales para encontrar el estado
crecimiento explosivo de los resultados nativo. Este principio ahora se acepta
estructurales para una gama cada vez más generalmente como la solución del problema de
completa de procesos biológicos exige búsqueda en el plegamiento de proteínas, y el
simulaciones que aborden problemas específicos objetivo de los estudios actuales se refiere a los
de sistemas particulares. Como ejemplos, detalles del plegamiento de proteínas
describimos los resultados de la simulación para individuales y las formas en que se evita el
el motor molecular F1 ATPasa y la familia Src de plegamiento incorrecto.
proteínas de señalización.
Uno de estos estudios de proteínas de haz de tres
Plegamiento de proteínas hélices utilizó un modelo C para representar la
Una comprensión de cómo la cadena cadena de proteínas y un potencial de pozo
polipeptídica recién sintetizada puede plegarse a cuadrado para las interacciones entre pares de
residuos no unidos. Estas simplificaciones
hicieron posible el uso de algoritmos discretos de
dinámica molecular para estudiar el proceso de
plegamiento. La velocidad de este último es tal
que se podrían calcular varios cientos de
trayectorias de plegado para diferentes pesos
relativos de interacciones nativas y no nativas en