Вы находитесь на странице: 1из 6

Dinámica molecular y función proteica

Una apreciación fundamental de cómo funcionan las pistas sobre la dinámica esencial de la molécula a
macromoléculas biológicas requiere el conocimiento menudo son proporcionadas por la separación de
de la estructura y la dinámica. Las simulaciones de la proteína en dominios conectados por bisagras
dinámica molecular proporcionan herramientas
y la disponibilidad de estructuras
poderosas para la exploración del paisaje de energía
correspondientes a diferentes estados
conformacional accesible a estas moléculas, y el
rápido aumento en el poder computacional junto con funcionales, pero no es fácil a partir de la
las mejoras en la metodología hacen de este un inspección visual o cálculos simples para deducir
momento emocionante para la aplicación de la el funcionamiento de Estas máquinas
simulación a la biología estructural. En esta moleculares. Las simulaciones de dinámica
perspectiva, examinamos dos áreas, el plegamiento de molecular pueden proporcionar el último detalle
proteínas y la catálisis enzimática, en las cuales las sobre los movimientos atómicos individuales en
simulaciones han contribuido a una comprensión función del tiempo; por lo tanto, se pueden usar
general del mecanismo. También describimos los
para responder preguntas específicas sobre las
resultados para el motor molecular F1 ATPasa y la
propiedades de un sistema modelo a menudo
familia Src de proteínas de señalización como ejemplos
de aplicaciones de simulaciones a sistemas biológicos más fácilmente que los experimentos en el
específicos. sistema real. Para muchos aspectos de la función
biomolécula, estos detalles son de interés (por
La dinámica conformacional de las moléculas de ejemplo, cuál de los muchos residuos que rodean
proteína está codificada en sus estructuras y es a al ATP en una proteína motora son los más
menudo un elemento crítico de su función. Por lo importantes para acoplar la unión del ATP al
tanto, una apreciación fundamental de cómo movimiento molecular).
funcionan las proteínas requiere una
comprensión de la conexión entre la estructura
tridimensional, obtenida con una rapidez
creciente por la cristalografía de rayos X y la
RMN, y la dinámica, que es mucho más difícil de
probar experimentalmente. Las simulaciones de
dinámica molecular proporcionan enlaces entre
estructura y dinámica al permitir la exploración
del paisaje de energía conformacional accesible a
las moléculas de proteínas. La primera simulación
de dinámica molecular de una proteína se
informó en 1977 y consistió en una trayectoria de
9.2 ps para una proteína pequeña en el vacío.
Once años más tarde, se informó una simulación Figura 1. Simulación de una proteína solvatada. Este
de 210 ps de la misma proteína en agua, y el corte a través de un sistema de simulación muestra
aumento fenomenal en el poder de cómputo una proteína quinasa Src (verde) rodeada por 15,000
moléculas de agua (los átomos de oxígeno son rojos y
desde entonces ahora hace que sea rutinario
los átomos de hidrógeno son blancos). El sistema de
ejecutar simulaciones de proteínas mucho más simulación consta de 50,000 átomos, incluidos iones
grandes que son 1,000-10,000 veces más largas de potasio y cloruro (esferas púrpura y naranja,
que la simulación original (10–100 ns), en el que respectivamente). Se puede generar una trayectoria de
la proteína está rodeada de agua y sal (Fig. 1). dinámica molecular de 1 ns para este sistema en 4
También se han logrado mejoras significativas en días utilizando un grupo de cuatro computadoras
las funciones potenciales, haciendo que las económicas basadas en Linux. (Cortesía de Olga
simulaciones sean mucho más estables y Kuchment.)
precisas.
La combinación de una mayor potencia de la
Los principios de ingeniería que subyacen al computadora y mejores funciones potenciales ha
diseño de proteínas son verdaderamente resultado en la capacidad de generar
barrocos, con ajustes evolutivos que resultan en simulaciones que se acercan al punto en el que
máquinas moleculares que pueden ser efectivas pueden sobrevivir al examen crítico de los
y eficientes, pero cuyas estructuras experimentadores que determinan las
tridimensionales son a menudo tan complicadas estructuras de las proteínas que se simulan. Para
que oscurecen el mecanismo de acción. Las proteínas pequeñas o dominios de proteínas que
no se espera que experimenten grandes su estructura nativa es fundamental para la
transiciones conformacionales (por ejemplo, un descripción de la vida a nivel molecular. Este
dominio SH2 unido a un fosfopéptido), una problema se vuelve aún más crítico porque el
simulación que dure varios nanosegundos en un plegamiento incorrecto está involucrado en una
entorno completamente solvatado y que utilice variedad de enfermedades. Una sinergia entre la
potenciales de todos los átomos sin truncar las simulación y el experimento ha llevado a una
interacciones electrostáticas. típicamente solución conceptual para un aspecto del
resultan en desviaciones rms de la estructura problema de plegamiento relacionado con el
cristalina de 1 Å para los átomos del esqueleto de mecanismo por el cual la cadena de proteínas
la región central de la proteína. Tales encuentra la conformación nativa a pesar de la
simulaciones generan cierto grado de confianza inmensidad del espacio de búsqueda potencial.
en que los interesantes cambios estructurales Este avance se ha producido a pesar del hecho
que resultan de la simulación de ensambles más de que el plegado es lento en la escala de tiempo
grandes [por ejemplo, Src quinasas intactas que de simulación. (Incluso las proteínas más rápidas
contienen dominios SH2] son significativos, como tardan microsegundos en plegarse, y el proceso
describimos más adelante. no puede simularse directamente). La mayoría de
las simulaciones de plegamiento han utilizado
Las simulaciones son más efectivas cuando se modelos simplificados para capturar los aspectos
analizan en estrecha colaboración con esenciales del proceso.
experimentos sobre la función de las proteínas,
que juegan un papel esencial en la validación y Se obtuvieron ideas clave sobre cómo la
mejora de las simulaciones. Un resultado del estructura nativa puede ser encontrada por la
aumento en el poder de la computadora cadena de polipéptidos en un tiempo razonable
fácilmente disponible y la estandarización de los mediante el uso de la dinámica de Monte Carlo
protocolos de simulación es que ahora los para el plegado de modelos de cuentas
especialistas no especializados pueden reproducir simplificadas en una red cúbica, un proceso lo
y verificar algunas, si no todas, las conclusiones suficientemente rápido como para que los cientos
de los análisis de simulación publicados por otros. de trayectorias necesiten obtener resultados
Este tipo de validación cruzada ayudará en la estadísticamente significativos podría calcularse
integración de simulaciones en el proceso normal con las computadoras disponibles. Estos estudios
de interpretación de resultados estructurales reticulados de Monte Carlo mostraron que el
recientemente emergentes. Una receta para plegamiento al estado nativo se produjo en una
hacer el análisis de los resultados de la escala de tiempo de muchos órdenes de
simulación más riguroso y se ha proporcionado magnitud más cortos que los requeridos para
una lista de posibles errores. muestrear todas las configuraciones (el llamado
tiempo de Levinthal); por ejemplo, con el tiempo
En esta Perspectiva, ilustramos la aplicación de medido en pasos de Monte Carlo, solo se
simulaciones de dinámica molecular a la biología requirieron ≈ 5×107 pasos para plegar un
describiendo varios ejemplos seleccionados, polímero de 27 cuentas que tenía 1016
enfatizando nuestro propio trabajo. Comenzamos configuraciones posibles. Aunque cada
con una encuesta más amplia de dos áreas, el trayectoria de plegado es muy diferente, el sesgo
plegamiento de proteínas y la catálisis al estado nativo en la superficie de energía libre
enzimática, en la que las simulaciones es suficiente para que la búsqueda estocástica
combinadas con el experimento han llevado a muestree solo una pequeña fracción de las
una comprensión general del mecanismo. El configuraciones totales para encontrar el estado
crecimiento explosivo de los resultados nativo. Este principio ahora se acepta
estructurales para una gama cada vez más generalmente como la solución del problema de
completa de procesos biológicos exige búsqueda en el plegamiento de proteínas, y el
simulaciones que aborden problemas específicos objetivo de los estudios actuales se refiere a los
de sistemas particulares. Como ejemplos, detalles del plegamiento de proteínas
describimos los resultados de la simulación para individuales y las formas en que se evita el
el motor molecular F1 ATPasa y la familia Src de plegamiento incorrecto.
proteínas de señalización.
Uno de estos estudios de proteínas de haz de tres
Plegamiento de proteínas hélices utilizó un modelo C para representar la
Una comprensión de cómo la cadena cadena de proteínas y un potencial de pozo
polipeptídica recién sintetizada puede plegarse a cuadrado para las interacciones entre pares de
residuos no unidos. Estas simplificaciones
hicieron posible el uso de algoritmos discretos de
dinámica molecular para estudiar el proceso de
plegamiento. La velocidad de este último es tal
que se podrían calcular varios cientos de
trayectorias de plegado para diferentes pesos
relativos de interacciones nativas y no nativas en

La función potencial del modelo. La figura 2


muestra las trayectorias típicas para un modelo
con el estado nativo fuertemente favorecido
(potencial similar a Go) y un modelo en el que las
interacciones no nativas hacen una contribución
significativa a lo largo de la vía de plegado. En el
primer modelo, las hélices se forman primero y
luego se difunden para encontrar el pliegue
nativo [un caso limitante del modelo de difusión-
colisión, mientras que, en el último modelo,
primero hay un colapso de un glóbulo
Figura 2. Simulaciones del plegamiento de una
relativamente desordenado y las hélices se proteína de haz de tres hélices. (ayb) Gráficos semilog
forman simultáneamente con La estructura (superiores) de la dependencia del tiempo de las
terciaria nativa. Los resultados del modelo se fracciones de los contactos helicoidales e interhelicales
correlacionan con experimentos de plegamiento nativos y las fracciones inversas del volumen nativo
recientes y simulaciones de todos los átomos (calculado a partir del cubo inverso del radio de giro)
(desplegamiento) en solvente explícito. para dos trayectorias diferentes. (Inferior) Estructuras
Curiosamente, una extensión de la metodología de la molécula de proteína en momentos
de dinámica discreta se ha utilizado seleccionados.
recientemente para simular la formación de Catálisis enzimática
fibrillas a partir de péptidos de bobinas
aleatorias, ilustrando un posible mecanismo por La catálisis enzimática puede producir
el cual podrían aparecer en solución grandes aceleraciones de velocidad de un factor de 1019.
agregados de hojas B relativamente bien Este proceso implica el "reconocimiento
ordenados. molecular" al más alto nivel; La catálisis de las
reacciones de transferencia de protones, por
Todavía no es posible realizar simulaciones de ejemplo, requiere el reconocimiento de un
plegamiento estadísticamente significativas de cambio en una longitud de enlace COH de 0.5 Å
proteínas con modelos de todos los átomos. Sin al pasar del estado reactivo al estado de
embargo, los péptidos compuestos de transición. En 1946, antes de que la información
aproximadamente 20 residuos con una estructura estructural estuviera disponible, Linus Pauling
nativa bien definida están siendo simulados por propuso que las enzimas pueden acelerar las
la dinámica molecular con solventes implícitos y velocidades de reacción porque se unen mejor al
explícitos. Aunque los péptidos son pequeños, la estado de transición que el sustrato y, por lo
complejidad de las simulaciones puede tanto, reducen la energía libre de activación, G ‡.
interpretarse útilmente en términos de La validez de este concepto clave en la catálisis
descripciones gráficas de desconectividad y enzimática ha sido confirmada por muchos
redes del proceso de plegado. Dado el aumento estudios, aunque la contribución dinámica al
en la velocidad de las computadoras, factor preexponencial, A (T), en la expresión de
particularmente a través del desarrollo de Arrhenius k A (T) exp (G ‡ RT), donde k es el tasa
máquinas masivamente paralelas, es probable constante, tiene que ser considerado también.
que dentro de los próximos 10 años ab initio Las simulaciones por computadora son esenciales
plegable llegue a la etapa en la que pueda usarse para comprender la disminución de la energía
no solo para determinar los detalles del libre de activación en términos de la estructura
mecanismo de plegado pero también para ayudar de la enzima y su flexibilidad. La estructura
a resolver el "otro" problema de plegamiento, el proporciona un "ambiente preorganizado" que
de determinar la estructura del estado nativo mejora la catálisis mediante una mayor
directamente de la secuencia mediante estabilización del estado de transición que del
simulaciones de dinámica molecular. estado reactivo, con contribuciones de las
interacciones con el sustrato unido y de la enzima
misma. Un cierto grado de flexibilidad enzimática de activación. Los efectos dinámicos asociados
es esencial para la catálisis porque se requieren con el factor preexponencial, A (T), son
movimientos atómicos de la enzima en todas las normalmente muy difíciles de aislar
reacciones. Además, los movimientos a mayor experimentalmente. Una contribución se refiere
escala también pueden participar directamente al coeficiente de transmisión de tipo Eyring, que
en la catálisis y en proporcionar un sitio catalítico puede ser menor que la unidad debido al cruce
protegido para la reacción al tiempo que permite de la barrera. Las simulaciones han demostrado
que el sustrato entre y el producto escape. Se ha que, aunque el factor de cruce es
demostrado que los cambios en la estructura cuantitativamente interesante en términos de
enzimática y los modos vibratorios asociados con una comprensión completa de la reacción, la
el progreso a lo largo de la coordenada de magnitud de su efecto es generalmente pequeña
reacción promueven la catálisis de manera más (no más de un factor de 2 o 3) en comparación
eficiente al disminuir G ‡. Este efecto es distinto con otras contribuciones. Por el contrario, la
del papel de tales movimientos en la tunelización puede ser más importante en las
determinación de A (T). reacciones enzimáticas, particularmente en
aquellas que involucran la transferencia de
Una de las enzimas que se ha estudiado en hidrógeno (átomo de hidrógeno, protón o ion
detalle experimentalmente y mediante hidruro). Debido a que las inferencias sobre este
simulaciones es la triosefosfato isomerasa (TIM), efecto de los estudios de isótopos son indirectas,
que cataliza la conversión de fosfato de las simulaciones han sido importantes para una
dihidroxiacetona (DHAP) en (R) -glicceraldehído determinación directa de la magnitud del túnel. A
3-fosfato. Se ha calculado que la barrera temperatura ambiente, las mejoras de velocidad
aparente para la reacción en la enzima es 11-13 calculadas debido al túnel varían de un factor de
kcalmol (1 cal 4.18 J) menor que la de la reacción 1.5 para la transferencia de protones
en solución acuosa. El paso determinante de la intermoleculares en TIM a 780 para la
velocidad es la transferencia de un protón de lipoxigenasa de soja. Estas aceleraciones de
DHAP a Glu-165 y las contribuciones obtenidas de velocidad son equivalentes a los efectos
un modelo de perturbación (35) de residuos termodinámicos de energía libre de 0.2–3.9
individuales para reducir la energía de activación kcalmol, una contribución significativa pero
de este paso se muestran en la Fig. 3A; Las todavía pequeña en comparación con la
posiciones de los residuos importantes en el sitio disminución de la energía libre de activación en
activo se muestran en la Fig. 3B. El residuo 10 kcalmol o más. Los cálculos detallados de la
cargado Lys-12 hace la contribución más contribución del túnel en DHFR están
importante, pero también contribuyen la cadena proporcionando información adicional sobre su
lateral neutral His-95, así como ciertos grupos NH papel en la catálisis enzimática.
de la cadena principal. Este tipo de
descomposición, que puede validarse en parte
mediante experimentos, también proporciona
una base para determinar la variación evolutiva
en G ‡ para la gran cantidad de secuencias TIM
disponibles (M.K., datos no publicados). Debido a
que el agua puede provocar una reacción
secundaria, la protección del sitio activo se logra
mediante un movimiento de "tapa", que hace que
el sitio activo de TIM sea accesible para el
sustrato pero lo cierra para la catálisis.

Otra enzima que se ha estudiado ampliamente es


la dihidrofolato reductasa (DHFR), que cataliza la
transferencia de hidruros entre el nicotinamida
adenina dinucleótido fosfato y el 7,8-
dihidrofolato. Los experimentos y las
simulaciones (41, 42) señalan el hecho de que la Figura 3. Mecanismo de TIM. (a) Contribución
coordenada de reacción es compleja e involucra electrostática de residuos individuales (en kcalmol en
movimientos de partes de la enzima distantes del la ordenada) a la disminución de la barrera de energía
sitio activo. Aunque el movimiento enzimático de activación (TS1) de la reacción del sustrato DHAP
está involucrado, la catálisis se debe para formar el enolato intermedio. Este es el paso
principalmente a la disminución de las barreras determinante de la velocidad de la reacción química
general. Los residuos se trazan en la abscisa en manifiestan como un cambio en la conformación de las
función de la distancia desde el carbono C del residuo subunidades. (b) Representación esquemática de la
[o el oxígeno de una molécula de agua (W)] a C1 del dinámica molecular dirigida. La estructura simulada
sustrato. Los valores negativos corresponden a la está restringida para estar a una distancia rms
disminución de la barrera. (b) Estructura del sitio activo especificada de la estructura objetivo, y esta distancia
en estado de transición que muestra importantes disminuye gradualmente durante la simulación. Debido
residuos y moléculas de agua. a que la restricción se aplica en un sentido rms
general, las estructuras intermedias no se especifican
Análisis de dinámica molecular de la ATPasa explícitamente y diferentes partes de la estructura
F1 pueden relajarse hacia las estructuras finales a
diferentes velocidades.
La enzima Fo-F1 ATP sintasa es quizás la más
notable de las máquinas moleculares que se han De particular interés es la demostración de que la
estudiado a resolución atómica (Fig. 4A). Esta F1 ATPasa, que por sí sola normalmente hidroliza
enzima es fundamental para la vida porque el ATP, también puede sintetizar ATP si el eje
sintetiza ATP al aprovechar el potencial químico central es girado por fuerzas externas. Las
de los gradientes de protones a través de las estructuras de alta resolución para el
membranas celulares. Un componente de Fo-F1 componente Fo no están disponibles en la
ATP sintasa (Fo) se encuentra principalmente actualidad, pero este experimento demuestra
dentro de la membrana y es responsable de que es razonable esperar entender cómo F1
convertir la energía química del gradiente de ATPase sintetiza ATP sin incluir el componente Fo
protones en el movimiento rotatorio de un eje en las simulaciones.
impulsor que se encuentra dentro del segundo
El elemento estructural principal de F1 ATPasa es
componente, que se conoce como F1 ATPase
un conjunto hexamérico de tres subunidades y
( 50) F1 ATPase convierte el movimiento de
tres subunidades que rodean a la subunidad, que
rotación del eje de transmisión en la producción
tiene una base globular y un dominio de bobina
de ATP a partir de ADP y Pi (fosfato inorgánico,
en espiral extendida (ver Fig. 4A). Las seis
H2PO4). Las estructuras cristalinas históricas de
subunidades se unen a los nucleótidos, pero solo
F1 ATPase, junto con los resultados de estudios
las tres subunidades son catalíticamente activas.
de moléculas individuales y experimentos
Las estructuras cristalinas de F1 ATPase han
bioquímicos más convencionales, han
demostrado ser enormemente informativas con
proporcionado la base para una serie de
respecto al mecanismo del motor porque cada
simulaciones destinadas a comprender cómo
instantánea cristalográfica proporciona vistas de
funciona F1 ATPasa.
tres estados distintos de las subunidades
catalíticas. La subunidad asimétrica y
centralmente ubicada forma un eje, y su
orientación determina la conformación de las
subunidades. La estructura cristalina original de
la ATPasa F1 condujo a la identificación de tres
conformaciones de la subunidad: E (vacía), TP
(unida a ATP) y DP (unida a ADP). La
conformación abierta de la subunidad E es
diferente de la de las subunidades TP y DP,
ambas cerradas y muy similares entre sí.

El análisis profético de los datos cinéticos por


Paul Boyer condujo a su propuesta (antes de la
información estructural) de un notable
Figura 4. F1 ATPasa y dinámica molecular dirigida. "mecanismo de cambio vinculante" que describía
(a) Estructura de la FoF1 ATP sintasa basada en la acción de F1 ATPase. En términos de este
estructuras cristalinas de la F1 ATPasa (51, 52). El mecanismo, la síntesis de ATP procede por la
componente Fo se indica como un cilindro gris dentro conversión cíclica de la subunidad de un estado
de la membrana (amarillo), y el eje de la subunidad se "abierto" que une ATP solo débilmente a un
muestra en verde. Las tres subunidades se indican estado "suelto" que tiene una mayor afinidad por
mediante trazas de red troncal azules y se muestran ATP a un "apretado". Estado que tiene la mayor
las superficies moleculares de las tres subunidades. La afinidad por el ATP. La estructura cristalina, con
subunidad gira en sentido horario durante la síntesis
sus tres conformaciones distintas de las
de ATP, como se ve desde la membrana, y los efectos
de una rotación de 120 ° de la subunidad se
subunidades y la disposición asimétrica del eje de
la subunidad, apoyó claramente el mecanismo de en F1 ATPasa mediante simulaciones de dinámica
cambio de unión propuesto por Boyer. molecular en presencia de fuerzas de polarización
que se aplicaron solo a la subunidad o a toda la
Las simulaciones de dinámica molecular han estructura en un procedimiento que conduce el
contribuido a nuestra comprensión de dos sistema de un estado a otro sin restringir
aspectos del mecanismo de F1 ATPase. Como explícitamente naturaleza del camino de
suele ser el caso en cristalografía, las estructuras transición. El espíritu en el que se realizan estas
guardan silencio sobre la naturaleza de las simulaciones implica "empujar" el ensamblaje
transiciones de un estado a otro y las fuerzas molecular (por ejemplo, forzando a la subunidad
involucradas. Las simulaciones han sido útiles a rotar) y analizar cómo responde el resto de la
para reconstruir al menos algo de lo que debe estructura (Fig. 4B). Debido a que la escala de
suceder a medida que el motor se mueve a tiempo de la transición rotacional forzada de la
través de su ciclo de trabajo, y primero subunidad es de órdenes de magnitud más
discutimos estos estudios. El segundo problema rápida que la tasa de rotación real, la suposición
se refiere a la identificación de conformaciones implícita en tales estudios es que todavía se
particulares de la subunidad con los estados puede obtener información significativa sobre el
abierto, suelto y apretado del mecanismo de mecanismo.
cambio vinculante. Es evidente que la
conformación vacía (E) es el estado de baja Ambos estudios demostraron que la rotación del
afinidad de la subunidad, pero los estados DP y eje desencadena la apertura de la subunidad TP
TP son muy similares entre sí, y no ha sido unida a nucleótidos y el cierre de la subunidad E
posible sobre la base de datos experimentales abierta. La importancia de una pista de residuos
solo identificar cuál de los dos son el sitio de iónicos en el eje y en las superficies hacia
unión de alta afinidad para ATP. Las simulaciones adentro del y -subunidades se ha resaltado. Estos
de diferencia de energía libre de la unión de residuos iónicos proporcionan un mecanismo
nucleótidos a las subunidades han resuelto estas para la rotación suave de la subunidad al permitir
ambigüedades, permitiendo que la gran cantidad la transferencia secuencial de las interacciones
de datos experimentales sobre el complejo se de emparejamiento de iones. La diferencia
integre en un esquema cinético detallado que funcional entre las subunidades y se demuestra
modela la catálisis de la hidrólisis de ATP por la mediante un bypass suave de las subunidades
ATPasa F1 en ausencia del componente Fo. mediante la subunidad giratoria. En contraste, los
elementos entrelazados de las subunidades - y
Transiciones conformacionales en F1 generan respuestas en las subunidades a medida
ATPase. que se mueven las subunidades.
La escala de tiempo para una rotación del eje
está en el rango de microsegundos a
milisegundos y, por lo tanto, no es accesible a las
escalas de tiempo de submicrosegundos
sondeadas por simulaciones de dinámica
molecular estándar. Debido a que se conocen los
estados inicial y final correspondientes a una
rotación de 120 ° de la subunidad, el desafío es
esencialmente el mapeo de una ruta de baja
energía que conecta una conformación estable
del sistema con otra, un problema general que
está recibiendo considerable atención en el
presente. El primer intento de caracterizar las
estructuras intermedias en la ATPasa F1 utilizó un
método de interpolación en un sistema de
coordenadas cilíndricas definido por el eje de
rotación de la subunidad. Estas estructuras
interpoladas se usaron recientemente después de
la relajación local por la dinámica molecular para
analizar la ruptura de las interacciones entre el
ATP y la proteína a medida que el sistema pasa
del estado TP al estado E. Se obtuvieron más
detalles sobre las transiciones conformacionales

Вам также может понравиться