Allele-spesific oligonucleotide probes used for analysis of B27 subtypes

Sequence (5` - 3`) Residues Th Tw

PCR primers exon

E40s exon 2 GCCGCGAGTCCGAGAGA AASPRE (40-45)

E90as GGCCTCGCTCTGGTTGTA YNOSPA (85-90)

E91As exon 3 GGGTCTCACACCCTC GAAT GSHTLQN (91-97)

E91Bs GGGTCTCACACCCTC GAGC GSHTLQS (91-97)

E136as CGGCGGTCCAGGAGCT SSWTAA (131-6)

E181as GCGCTGCAGCGTCTCCTT KETLQR (175-81)

E103as CACGTCGCAGCCATACATAT NMYGCDV (97-103)

SSOs B*27 Subtypes

CL-1 2701 AAGGCACAGACTTACCGAGAGAAC KAQTYREN (70-77) 50° 68°

CL-2 2702 AAGGCACAGACTGACCGAGAGAAC KAQTDREN (70-77) 50° 68°

CL-3 2704 CCGGAGCATTGGGACCGG PEHWDR (57-62) 50° 59°

CL-4 2704, 06 GACCGAGAGAGCCTGCGGACCCTG DRESLRTL (74-81) 60° 68°

CL-5 2705, 03, 07 GACCGAGAGGACCTGGCGACC DREDLRT (74-80) 60° 67°

CL-6 2706 TATGACCAGTACGCCTA YDQYAY (113-8) 40° 57°

CL-7 2701, 02, 03 TACCACCAGGACGCCTAC YHQDAY (113-8) 50° 59°

04, 05, 08
Cl-8 2707 CGCATAACCAGTACGCCT GHNQY (112-7) 50° 59°

CL-9 2708 AGAGCCTGCGGAACCTGCGCGGCT ESLRNLRG (76-83) 60° 68°

PAN-B27 2701, 02, 03 CACAGATCTGCAAGGCCAAGGCAC RQICKAKA (65-72) 60° 68°

04,05, 06, 08

CL-11 B*7331 AGTGGGCCTGCGGAACCTGCTCGG EGLRNLLG (76-83) 60° 68°

al Domain= exon 2

1 10 20 30 40 50 60 70 80 90

GSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASPRMEPRAPWIEQEGPEYWDRETQIVKANTQTDRESLRNLRGYYNQSEA

B*2701 - - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - N - -TALR - - - - - - -

B*2702- - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - N - -TALR - - - - - - -

B*2703 - - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - D - - T-LR - - - - - - -
CL-3
B*2704 - - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - - - - T-LR - - - - - - -

B*2705 - - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - T - -T-LR - - - - - - -

B*2706 - - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - - - - T-LR - - - - - - -

B*2707 - - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L- - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - D - -T-LR - - - - - - -

B*2708 - - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - - - - - - - - - - - - - - -

B*7301 - - - - - - - - H - - - - - - - - - - - - - T - - - - - - - L - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - C - - KA - - - - - - - - - - - - - - - - - D
al Domain= exon 3

100 110 120 130 140 150 160 170 180

GSHTLQRMYGCDVGPDGRLLRGYDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAARVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRA

B*2701 - - - - - - N - - - - - - - - - - - - - - - - H - D - - - - - - - - - - - - - S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

B*2702- - - - - - N - - - - - - - - - - - - - - - - H - D- - - - - - - - - - - - - - S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - -

B*2703 - - - - - - N - - - - - - - - - - - - - - - - H - D - - - - - - - - - - - - - - S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - -

B*2704 - - - - - - N - - - - - - - - - - - - - - - - H - D - - - - - - - - - - - - - - S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - - -

B*2705 - - - - - - N - - - - - - - - - - - - - - - - H - D - - - - - - - - - - - - - - S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - -

B*2706 - - - - - - N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - -

B*2707 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - HN - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - - -

B*2708 - - - - - - N - - - - - - - - - - - - - - - - H - D - - - - - - - - - - - - - - S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -E- - - - - - - - - - - - - - - - -

B*7301 - - - - W - T - - - - - - - - - - - - - - - - - - F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - E - - - - - - - - - - - - - - - -
 EXON 2 EXON 3
SSOs CL-1 CL-2 CL-3 CL-4 CL-5 CL-9 CL-11 PAN-B27 CL-6 CL-7 CL-8
B*2701 + - - - - - - + - + -
B*2702 - + - + - - - + - + -
B*2703 - - + - - - - + - + -
B*2704 - - - + - - - + - + -
B*2705 - - - - - - - + - + -
B*2706 - - - + - - - + + - -
B*2707 - - - - + - - + - - +
B*2708 - - - - - + - + - + -
B*7301 - - - - - - + + - - -