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BIOQUIMICA
unidad 4
ENZIMAS
Cap 5, 6 y 7
By José Angel López
Guatemala 2018
ENZIMAS
• Propiedades
• Clasificación
Propiedades
• La mayoría de las enzimas son proteínas
• excepción algunas ribozimas moléculas de RNA catalítico, con 50 - 100 residuos, con
una caja de reacción de +/- 15 residuos.
• Imprescindibles para el desarrollo de la vida
• Globulares
• Con una o mas cadenas
• Generalmente su estructura es 3aria y 4aria
• Forman un surco o bolsillo, llamado sitio activo, en el que encajan la
molécula o las moléculas reactivas -el sustrato- y donde tienen lugar las
reacciones.
• Las enzimas, catalizan las reacciones en que intervienen, generando
factores de velocidad 10^3 a 10^20
• Durante el proceso de reacción pueden cambiar temporalmente, pero
luego retorna a su forma original, para participar en nuevas
reacciones
• Los reactivos se asocian
• Los productos se disocian
• Los catalizadores reducen la energía necesaria porque promueven
pasos adicionales que requieren menor energía.
• Sólo pocos aminoácidos de la enzima están involucrados en
un sitio activo en particular
• QUE PARTE SERIA?
• Algunos ocupan posiciones contiguas en la estructura
secundaria, pero es más frecuente que los residuos del sitio
activo causen el intrincado plegamiento de la estructura
3aria.
• Especificas y estereospecificas por lo que generan eficiencia
del 100%
• Ahorra energía y elimina la posibilidad de productos no
deseados
• Acciones de las enzimas
• Aumentar la velocidad de una reacción, muy específica.
• Combinar, o acoplar, dos reacciones que normalmente
serían separadas. Ej. la hidrólisis del ATP se acopla con
frecuencia a reacciones metabólicas menos favorables).
• Puntos de control de metabolismo por variación de
concentración de enzimas, sustratos
1. Oxidasas 22%
2. Transferasas 22%
3. Hidrolasas 30%
4. Liasas 12%
5. Isomerasas 9%
6. ligasas 5%
Clasificación de enzimas
• OXIDOREDUCTASAS • TRANSFERASAS
• Reacciones de oxido reducción • catalizan las reacciones de
deshidrogenasas. transferencia de un grupo y
• Igualmente se les llaman oxidasas, pueden necesitar la presencia de
peroxidasas, oxigenasas o coenzimas.
reductasas. • HIDROLASAS
• En bioquímica a todas se les cita • catalizan hidrólisis. Son una clase
como oxidorreductasas. especial de transferasas donde el
agua sirve como aceptor del grupo
transferido
• LIASAS • ISOMERASAS
• catalizan la lisis de un sustrato, al • catalizan cambios estructurales
generar un enlace doble; son dentro de una misma molécula
reacciones de eliminación, no (reacciones de isomerización).
hidrolíticas y no oxidantes. • Como estas reacciones sólo tienen un
• en dirección inversa, catalizan la sustrato y un producto son de las
adición de un sustrato a un doble reacciones enzimáticas más simples.
enlace de un segundo sustrato.
• LIGASAS o SINTETASA
• Catalizan la ligadura o unión de dos
sustratos
• Necesitan energía de un nucleosido
trifosfato
Mecanismos de Rx
Enzimatica
Mecanismos de Rx de las Enzimas
• Sustituciones Nucleofilicas
(Nucleofilicas o electrofilicas)
• Reacciones de Captura
(carboanion, catión, radicales)
• Oxido reducción (perdida y Grupo Carga
ganancia de electrones) Residuo reactivo pH 7 Funciones principales
Asparatatil COO- Union con cationes, transferencia H+
Glutamil COO- -1 Union con cationes, transferencia H+
Histidanil Imidazol 0 Transfiere H+
Cistenil CH2SH 0 union covalente grupos acilo
Tirosinil FENOL 0 Pte H a ligandos
Lisinil NH3+ 1 Union con aniones, transferencia H+
Arginil Guanidinio 1 Union con aniones, transferencia H+
Serinil CH2OH 0 union covalente grupos acilo
Oxidorreductasas
(deshidrogenasas, oxidasas, reductasas,
peroxidasas, catalasas, oxigenasas, hidroxilasas)
• Oxidación = GANA O2 PIERDE H
• Reducción = PIERDE O2 GANA H
• La oxidación biológica, es una combustión sin llamas (oxidación del piruvato
genera -25 KJ/mol, una cucharada de azúcar 250 KJ)
• Citocromo C (respiración transporta H a las células para formar ATP)
REDUCIDO OXIDADO
OXIDADO REDUCIDO
LDH
LDH A
Iso enzimas (Son Isoformas: modificaciones
postraduccionales de la enzima)
• La LDH, tiene una estructura cuaternaria, con una masa estimada en 140 K
Da y esta conformada por cuatro sub unidades, cada una con un peso
promedio de 35 K Da,
• Se conocen 3 unidades:
• H (LDHB); M (LDHA) y X (LDHC),
• Presentan pequeñas diferencias en su secuencia de aminoácidos.
• Los tipos H y M pueden asociarse independientemente para formar
tetrámeros, dando lugar a cinco isoenzimas, correspondientes a las cinco
combinaciones posibles.
• Cada una de las cuales se encuentra preferentemente en determinados
tejidos y puede identificarse mediante electroforesis.
• La presencia de LDH en sangre, muestra daños internos (heridas) del tejido
Iso enzimas del LDH
• LDH-1 (H4): en el músculo cardíaco y eritrocitos.
• LDH-2 (H3M): en el músculo cardíaco y células sanguíneas.
• LDH-3 (H2M2): en los pulmones.
• LDH-4 (HM3): en los riñones, placenta y páncreas.
• LDH-5 (M4): en el hígado y músculo esquelético.
• LDH-6: en testículos e hígado.
• Los niveles aumentados de LDH en SANGRE pueden indicar:
• Cardiopatías: infarto de miocardio, miocarditis, insuficiencia cardíaca
aguda, arritmias cardiacas.
• Enfermedades hematológicas.
• Hepatopatías: Hepatitis, hepatopatía tóxica, Obstrucción de las vías
biliares.
• Metástasis tumorales.
• Otros: tromboembolismo pulmonar, neumonías, insuficiencia renal
aguda, infarto renal, hiptirodismo, ejercicio o daño muscular violento,
tifoidea, drogas hepatotoxicas, alcoholismo
Oxidorreductasas
Oxidasas citocromooxidasas: Citocromo C (respiración)
• Transportador electrónico mitocondrial entre los complejos
respiratorios
• Monomerica (1 polipeptido) con 104 AA usado como prueba evolutiva
• Los protones generados en la mitocondria son utilizados en la síntesis
de ATP
REDUCIDO OXIDADO
OXIDADO REDUCIDO
Citocromo C HUMANO
Estados OXIDADOS y REDUCIDOS del
Grupo Hemo del Citocromo C Humano
Alanina racemasa
LIGASAS
• Catalizan la unión “liga” de dos sustratos
• Requieren energía (ATP)
Anhidrasa carbónica (LIASA)
• metaloenzima, (Zn) coordinado con nitrógeno de los anillos imidazol
de tres residuos de histidina, cataliza la conversión rápida de dióxido
de carbono y agua a bicarbonato generando protones.
• CO2 + H2O H2CO3 HCO3- + H
• Presente sistema respiratorio, su deficiencia se asocia con el asma,
regulan el pH en el estomago, descarbonizan el agua gaseosa en la
boca, participa en la resorción osea.
• La anhidrasa carbónica es diana terapéutica (blanco molecular) de
fármacos con efecto diurético de baja potencia como acetazolamida y
dorzolamida usados en tratamiento de hipertensión y glaucoma
• Estructura de la anhidrasa carbónica. En la
figura se observa la molécula de zinc en el
sitio activo, ésta coordina con los anillos
imidazol de histidina 94, 96 y 119.
QUIMOTRIPSINA
enzima digestiva segregada por el páncreas
• Enzima hidrolitica, 245 (AA) selectiva de grupos aromáticos (Phe, Trp o Tyr) o de
residuos hidrofóbicos como la Met.
• His 57 y Ser 195 junto con el Asp 102 unidos por puentes de H forman su triada
catalítica
• Una vez unido el sustrato a la enzima, la Ser195 ataca nucleofílicamente el grupo
carbonilo del péptido a cortar, formando un intermediario tetraédrico (catálisis
covalente).
• La quimotripsina es sintetizada vía biosíntesis proteica en el páncreas, como un
precursor “quimotripsinogeno”, enzimáticamente inactivo hasta que se traslada al
duodeno.
• Se rompe en su enlace Arg15 Ile16 quedando unidas por enlace S-S y forma la pi-
quimotripsina
• Por autolisis (auto digestión) separa dos dipetidos: Ser14-Arg15; Thr147-Asn148
dando lugar a la alfa-quimotripsina
Conversión del Quimotripsinogeno a
alfa quimotripsina Alfa quimotripsina
Acetil Co A
Que tipo de enzima será?
PROCESO
ENZIMATICO
de
producción
de Jarabe
Fructosado
• Elaboración de vinagre de fruta REACTOR ENZIMATICO
• Elaboración de alcoholes
• Producción enzimas, AA, Prot
mitad de la Vmáx
1. V formación [ES] = V descomposición [ES] //
K1 ([E]total - [ES][S]) = (K-1 + K2) [ES]
2. K-1 + K2 / K1 = Km = ([E]total - [ES][S]) / [ES]
3. Vo = Vmax [S] / (Km [S])
4. V(max) = Kcat [E]tot
(a V(max) se obtiene la Kcat (constante catalítica)
Ensayo Enzimático
• Procedimiento a nivel experimental, que busca determinar la
velocidad de reacción enzimática
• Miden [S], el cual decrece durante la reacción
• Miden [P] el cual incrementa durante la reación
• T = transcurrido
• Estado de la enzima
• Métodos utilizados
• Electroforesis (inicio / final)
• Espectrometría (forma continua)
• En la formación de una cadena alfa:
• Los AA tienen R NO POLAR
• Cada grupo carbonilo se une mediante un enlace de puentes de hidrogeno
con un grupo N-H de la molécula de enfrente
Esta construyendo un proceso biologico en donde necesita
Esta Desarrollando un experimento para encontrar la constante de determinar la concentración de una enzima en el sistema in
velocidad de Rx una enzima en una reacción simple, cual de las vivo, cual de las siguientes soluciones utilizaria para garantizar
siguientes soluciones utilizaria para determinarla? que obtiene dicha concentración?
[0.1 M] [0.1 M]
[ 1M] [ 1M]
[ 10 M ] [ 10 M ]
Todas y saco promedio Todas
Cualquiera de las tres concentraciones Cualquiera
•E + A EA
• EA + S EAS EA + P
2 Iteración con el sustrato
• Intervienen nucleósidos di y trifosfatados
• Requieren de la participación simultánea de un catión divalente (especialmente Mg2+)
en cantidades estequiométricas.
• Las investigaciones sobre estas reacciones han mostrado que un mecanismo probable
para esta activación es la combinación del ion con el sustrato, previo a su interacción con
la enzima.
• El verdadero sustrato de la reacción sería el complejo sustrato-catión; el esquema de
reacción sería
•S+A SA
• SA + E SAE PA + E;
• PA P+A
Cofactores
• Molécula pequeña, termoestable, baja masa molecular,
frecuentemente iones inorgánicos
• Facilitan la unión enzima sustrato o estabilizan la estructura 3aria o
4aria de la enzima
• no son componentes obligados de todas las reacciones.
• El cofactor se une a una estructura proteica, denominada apoenzima,
y el complejo apoenzima-cofactor recibe el nombre de holoenzima.
Coenzimas
• Son sustancias orgánicas que aún cuando pueden funcionar de
formas muy variadas, lo más frecuente es que lo hagan como
transportadores interenzimàticos o intraenzimàticos
• Generalmente son formas funcionales de las vitaminas.
• Las vitaminas son sustancias químicas que deben ser ingeridas por el
organismo para su normal crecimiento y desarrollo
Reacciones Enzimáticas
• Reacción ENZIMATICA
• ACTIVADORES
• Cofactores
• Coenzimas
• Regulación Alosterica
• Regulación Isosterico
• Sustratos Suicidas
• Isoenzimas
Coenzimas NAD y NADP
• Las coenzimas de nicotinamida son:
• Nicotinamida adenina dinucleótido NAD+
• Fosfato de nicotinamida adenina dinucleótido NADP+.
• Ambas contienen nicotinamida, la amida del ácido nicotínico
• Las coenzimas de nicotinamida participan en muchas reacciones de
oxidación-reducción.
• Ayudan en el intercambio de electrones hacia metabolitos y desde éstos.
• Las formas oxidadas, NAD y NADP, carecen de electrones.
• Las formas reducidas NADH y NADPH, tienen un par adicional de
electrones en forma de un ion hidruro unido en forma covalente
Acetil Coenzima A
Coenzima A
• Muchos procesos metabólicos dependen de la coenzima A
(CoA o HS-CoA),
• Oxidación de moléculas de combustible y biosíntesis de carbohidratos
y lípidos, ácidos grasos y aminoácidos.
• Transferencia de grupo acilo, donde los grupos metabólicos móviles
son ácidos carboxílicos y ácidos grasos simples.
• La coenzima A tiene dos componentes principales:
• Una unidad de 2-mercaptoetilamina, con un grupo —SH libre, la vit
pantotenato (vitamina B5, una amida de B-alanina y pantoato) (grupo
activo)
• Una mitad de ADP, cuyo grupo hidroxilo 3 está esterificado con un
tercer grupo fosfato
Vitaminas como Coenzimas
• La vitamina K (filoquinona), vitamina lipídica procedente de plantas
• Necesaria en la síntesis de proteínas que intervienen en la coagulación
sanguínea.
• Es coenzima de una carboxilasa de mamíferos que cataliza la conversión
de residuos específicos de glutamato para formar residuos de g-
carboxiglutamato
• La forma reducida (hidroquinona) de la vitamina K participa en la
carboxilación como agente reductor.
• Cuando se enlaza calcio a los residuos de g-carboxiglutamato de las
proteínas de coagulación, esas proteínas se adhieren a superficies de
plaquetas, donde se llevan a cabo muchos pasos del proceso de
coagulación.
• A veces se administran análogos de la vitamina K
Regulación Alosterica
• Las enzimas alostericas son grandes, oligomericas y poseen mas de
un sitio activo
• Su cinética de reacción no se ajusta a la curva de Michaeles-Menten,
porque presentan un MODULADOR alosterico, que puede ser
POSITIVO O NEGATIVO
• Cuando el modulador es POSITIVO, promueve un cooperativismo,
donde una molécula efectora se “pega” en el sitio alostérico de la
proteína, en otro sitio que NO sea el sitio activo, FAVORECIENDO LA
UNION DE LOS SUSTRATOS AL SITIO ACTIVO
• Cuando el modulador es NEGATIVO, su efecto produce un inhibición
de la enzima, bloqueando su reactividad.
Activadores / Inhibidores
Alostericos
Regulación ISOSTERICA (no Alosterica)
• Igualmente puede presentar resultados positivos o negativos
• La cinética de Rx se ajusta a Michaeles-menten
• El inhibidor puede ser reversible o irreversible.
• Es efectuada por una molecula QUE TIENE
• MISMO No de atomos
• MISMA configuración o valencia electrónica
• PERO ES DIFERENTE
Inhibición Irreversibles
• Obtenidos por síntesis orgánica, se
unen covalentemente al sitio activo de
la enzima inactivándola.
• Un buen MAL ejemplo lo constituye el
NEUROTOXICO, DIPF (dilsopropil
fósforofluoridano) inhibidor artificial,
que inhibe a la tripsina, enzima
pancreática que hidroliza proteínas y a
la colinesterasa, enzima que degrada
al neurotransmisor acetilcolina en el
lecho sináptico, una vez que ésta ha
cumplido su función.
• Malation y paration son mucho mas
tóxicos para los insectos.
Inhibición Irreversibles
Inhibición Reversible
• La inactivación NO es permanente y puede ser:
• COMPETITIVA: se une al centro activo de la enzima
• ACOMPETITIVA: se une al complejo ES
• NO COMPETITIVA: puede unirse a ambos PERO SI afecta la reacción
• COMPETITIVA
• El inhibidor se fija al centro activo impidiendo la fijación del sustrato
• Los inhibidores compiten con el sustrato por el centro activo, por su SIMIILAR
ESTRUCTURA ESPACIAL.
• Para revertir su efecto, se aumenta la concentración del sustrato
• ACOMPETITIVA
• El inhibidor se une al complejo ES inactivándolo
• Poco frecuente en Rx de un S, frecuente en reaciones de 2 S
• NO COMPETITIVA
• El inhibidor se fija en E o ES
• No impide la fijación del sustrato, pero IMPIDE la acción catalítica de la
enzima
• No se puede revertir con aumentar el sustrato
• Ej. Inhibicion de deshidrogenasa del gliceraldehido 3 fosfato por YODO
ACETAMIDA
Sustratos Suicidas
• Son inhibidores activados enzimáticamente
• Moléculas que se unen al centro activo, al igual que el sustrato o los
inhibidores competitivos
• La enzima TRANSFORMA al inhibidor en una molécula muy reactiva
QUE MODIFICA LOS ENLACES COVALENTES LA ENZIMA, inactivándola
• Tienen la especificidad del Inhibidor Competitivo y la potencia de los
inhibidores irreversibles.
• La depresión, se relaciona con un descenso de la concentración de
neurotransmisores adrenérgicos (dopamina, noradrenalina)
• La responsable de esta disminución es una MONOAMINOOXIDASA
(MAO)
• En su tratamiento se han utilizado inhibidores suicidas de la MAO
• prozac
Iso enzimas
• Modo de regulación por la existencia de distintas formas moleculares
de una misma enzima con una misma especificidad por el mismo
sustrato
• REALIZAN LA MISMA FUNCION
• Su distribución puede variar con los tejidos o la localización
• Se diferencian entre si, por su estructura 1aria, al estar codificadas
por genes distintos (con un origen evolutivo común, duplicación
genética)
• Ej. Citocromo C en diferentes especies y hace la misma función.
Iso enzimas de
Lactato deshidrogenasa
• Existen 5 iso enzimas con el mismo peso
molecular con una estructura tetrámeras y
dos cadenas M y H
• LDH – 1 (H4): corazón, músculos
• LDH – 2 (H3M): leucocitos
• LDH – 3 (H2M2): pulmones
• LDH – 4 (HM3): riñones, páncreas, placenta
• LDH – 5 (M4): hígado, esqueleto
• Reacción ENZIMATICA
• ACTIVADORES
• Cofactores
• Coenzimas
• Regulación Alosterica
• Regulación Isosterico
• Sustratos Suicidas
• Isoenzimas