Nutrition et croissance

Nutrition
Le flux de nutriments et fondamentalement variable dans les écosystèmes naturels et
leurs disponibilité et en général limitée : des périodes d’abondances rares succédant à des
périodes de pénurie plus communes, imposées par les conditions générales de dilution et de
fluctuations qualitatives et quantitatives du milieu.

Dans les milieux naturels, notamment océaniques, l’état physiologique des

microorganismes est conditionné par le manque, sinon la pénurie de nutriments. De plus,
l’accès aux nutriments dépend de la compétition vitale résultant de la présence de
populations diverses et concurrentes pour les mêmes substrats. Car il est extrêmement rare
qu’un microorganisme soit seul à coloniser un milieu naturel et à y croitre en culture pure.
Mais de nombreux microorganismes s’accommodent de ces situations de pénurie
nutritionnelle et/ou de compétition vitale en s’adaptant de différentes manières.

La concentration de la matière organique d’un milieu est aussi une condition majeure de
la croissance des microorganismes hétérotrophes. En fonction de leur concentration en
matière organique, les milieux sont répartis en trois catégories :

 Les milieux eutrophes, à la teneur en matière organique supérieure à 30 mg/l.

 Les milieux mésotrophes, à la teneur en matière organique comprise entre 15 et 30
mg/l.
 Les milieux oligotrophes, à la teneur en matière organique inférieur à 15 mg/l.

Croissance
La croissance exponentielle observée au laboratoire sur de cultures pures de
microorganismes est très exceptionnelle dans les milieux naturels, dont les conditions
physico-chimiques sont très rarement optimales dans leur ensemble et en même temps.

Les diverses déficiences des milieux naturels limitent les activités des microorganismes
et se répercutent sur leurs taux de croissance effectifs, largement inferieurs aux taux
obtenus en laboratoire. Ainsi dans le tube digestif humain, pourtant un des milieux naturels
les plus favorables par sa richesse en nutriment et la stabilité des ses conditions physico-
chimiques (température, pH,…), E.coli se divise en moyenne seulement toutes les 12
heures, alors que son temps de génération moyen en culture pure au laboratoire et de 20
minutes. Cette situation rend compte des interactions complexes qui existent dans les
milieux naturels, malgrés leur potentiel théorique. Dans d’autres milieux naturels la
croissance et encore plus problématique. Dans le sol, le taux de croissance moyen des
bactéries est estimé inferieur à 1% des taux obtenus en laboratoire.

Les disponibilités nutritionnelles et leurs fluctuations en milieu naturel déterminent

largement l’état physiologique et la dynamique des populations, auxquels est lié leur
équilibre écologique global.cet équilibre varie dans l’espace et dans le temps, à la fois en
fonction des déficiences périodiques du milieu et de l’adaptation spécifique des
microorganismes.
Interactions microbiennes
Il existe différentes nomenclatures qui définissent les interactions de types très variés
qui s’établissent entre les organismes vivant en association dans un écosystème,
associations établies entre microorganismes ou entre microorganismes et animaux ou
végétaux. Ces interactions peuvent être exercées par des individus ou, plus généralement,
par des populations, au sein d’associations appelées symbioses qui peuvent être
bénéfiques, dommageables ou sans effets sur les partenaires.

Ces différents phénomènes expliquent que chaque écosystème se caractérise par une
microflore autochtone, spécifique et adaptée à sa nature.

Types d’associations
Dans un écosystème naturels, la présence microbienne se manifeste par la
cohabitation de nombreuses populations qui par leurs activités métaboliques, exercent de
multiples interactions entre elles et envers les autres organismes de la biocénose.

Entre microorganismes, les interactions principales se manifestent par rapport aux besoins
nutritionnels et peuvent être des interactions de concurrence, de dépendance ou de
complémentarité.

Les organismes animaux et végétaux de la biocénose constituent, des leurs émergences

autant d’habitats potentiels pour les microorganismes qui les colonisent et y exercent des
interactions déterminent différents types d’associations :

 Le saprophytisme (neutralisme) désigne l’absence de relations significatives entre

les organismes vivants d’un milieu. Par exemple des microorganismes de types
trophiques différents (autotrophes/organotrophes) ou se développant de matière
organique inerte (saprophytes de l’environnement).

 Le mutualisme (symbiose) est une association mutuellement avantageuse aux

microorganismes partenaire, à l’exemple des lichens ou encore des mycorhizes.

 Le commensalisme permet à un partenaire de tirer profit sans dommage ni

bénéfice pour l’autre partenaire.

 Le parasitisme désigne une association bénéfique pour l’un des partenaires. Cet
organisme vit alors sur ou dans un autre organisme, à ses dépends et en lui
occasionnant un dommage.

 La prédation est exercée par de organismes qui tuent d’autres organismes pour se
nourrir, elle est communes chez les protozoaires et existent chez quelques
moisissures et même chez certain bactéries (Bdellovibrio).

 La pathogénicité est une relation neutre ou indifférente pour le microorganisme

mais néfaste pour l’hôte infecté.
Compétition vitale

Entre microorganismes, la compétition vitale pour les ressources nutritives d’un

milieu est un facteur majeur de leur distribution qualitative et quantitative mais elle n’est
pas la seule situation possible.

L’équilibre écologique est établit au profit des microorganismes dont le

métabolisme et le mieux adapté à la situation nutritionnelle et physico-chimique du
moment qui s’exprime de diverses manière :

 Diversité métabolique permettant l’utilisation de substrats multiples.

 Aptitude à faire des réserves intracellulaires en période d’abondance pour les

utiliser une fois le milieu appauvri.

 Capacité d’utilisation de nutriments aux concentrations les plus infimes.

 Adaptation de la morphologie cellulaire par la diminution du volume pour

accroitre la surface.

 Production de composés antagonistes comme les : bactériocines, les

antibiotiques, les composés phénoliques et d’autres substances capables
d’engendrer dans le milieu un phénomène général de microbiostase, vis à vis
des bactéries (bactériostases) ou des champignons (fongistases).

 Adhésion directe aux substrats nutritifs en suspension.

 Sécrétion de composés métaboliques qui modifient les propriétés physico-

chimiques du milieu, telles que le pH ou le potentiel rédox.

Endosymbioses chez les eucaryotes

De nombreuses cellules eucaryotes portent des endosymbiotes bactériens (ou
même eucaryotes), pour lesquels le milieu intracellulaire de la cellule hôte offre à la
fois une protection et des conditions de vie très convenables. Le parasitisme des
bactéries ou des protozoaires est basé sur ce principe mais tous les endosymbiotes
ne sont pas parasites et la cellule porteuse peut en tirer divers profits. A l’exemple :

 De nombreux invertébrés (arthropodes, nématodes,..) possèdent des

bactéries symbiotiques qui dans certains cas sont obligatoires, puisque leur
élimination entraine la mort de la cellule hôte, probablement en raison de
leur interdépendance et de leur complémentarité métabolique. L’un des cas
les plus remarquables en ce domaine est celui des pucerons (aphides) qui
ont pour endosymbiotes obligatoires des bactéries du genre Buchnera.des
études génomiques des deux partenaires ont même démontré une
coévolution complémentaire sur plus 200millions d’années.
  Des tunicers (organismes apparentés aux vertébrés) sont associés à des
cyanobacteries, à la fois en endosymbioses et en ectosymbioses, profitant
de leur production photosynthétique mais accumulant ainsi leurs toxines,
probablement pour dissuader leurs prédateurs.

Syntrophie
Différentes populations microbiennes développent une coopération métabolique au
sein d’associations complémentaires, ou le produit métabolique des uns constitue le substrat
des autres.

Ce phénomène, appelé syntrophie, s’observe par exemple, dans la métabolisation de

l’ammoniaque (NH3) en nitrate (NO3-). L’ammoniaque est oxydé par Nitrobacter en nitrite
(NO2- ), à son tour oxydé en nitrate par Nitrosomonas. Mais aucune des deux bactéries ne
pouvant faire seul cette transformation.

Un autre exemple remarquable de synthrophie est donné par la méthanogènése ou les

archaebactéries productrices de méthanes dépendent de la disponibilité de leurs différents
substrats carbonés, produits par d’autres microorganismes, du milieu à partir de l’oxydation
de polymères organiques complexes comme la cellulose, ce type d’écosystème existe dans
le rumen mais aussi dans le tube digestif des termites ou, en plus, l’hydrogène résultant de
la dégradation microbienne des substrats cellulosiques et autres est aussitôt consommé,
évitant de la sorte son accumulation inhibitrice de l’activité métabolique d’ensemble des
microorganismes présents.