Вы находитесь на странице: 1из 14

See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.

net/publication/333728355

Делимитация видов и анализ криптического видового разнообразия в 21


веке

Article · June 2019


DOI: 10.1134/S0367144519020096

CITATIONS READS

0 97

1 author:

Vladimir Lukhtanov
Zoological Institute of Russian Academy of Sciences
208 PUBLICATIONS   1,695 CITATIONS   

SEE PROFILE

Some of the authors of this publication are also working on these related projects:

Chromosome evolution in insects View project

Comparative cytogenetics of Insecta View project

All content following this page was uploaded by Vladimir Lukhtanov on 12 June 2019.

The user has requested enhancement of the downloaded file.


ЭНТОМОЛОГИЧЕСКОЕ ОБОЗРЕНИЕ, 98, 2, 2019

УДК 575.8

ДЕЛИМИТАЦИЯ ВИДОВ И АНАЛИЗ КРИПТИЧЕСКОГО


ВИДОВОГО РАЗНООБРАЗИЯ В XXI ВЕКЕ
© 2019 г. В. А. Лухтанов
1
Зоологический институт РАН
Университетская наб., 1, С.-Петербург, 199034 Россия
2
Санкт-Петербургский государственный университет
Университетская наб., 7/9, С.-Петербург, 199034 Россия
e-mail: lukhtanov@mail.ru
Поступила в редакцию 13.03.2019 г.
После доработки 10.04.2019 г.
Принята к публикации 10.04.2019 г.
В статье обсуждаются возможности и ограничения разных подходов к выявлению видовых
границ и описанию криптических видов. Вначале рассматриваются более традиционные методы
делимитации видов, основанные преимущественно на анализе морфологических особенностей.
Затем дается обзор подходов к делимитации видов с использованием молекулярных маркеров.
Коротко рассматриваются также возможности подходов, основанных на машинном обучении
компьютерных программ, к распознаванию видов по их дигитализированным изображениям.
Делается вывод о том, что молекулярные признаки дают важный материал для разграничения
видов, ценность которого многократно возрастает, если полученные молекулярные данные срав-
ниваются с информацией по морфологии, географическому распространению и экологическим
предпочтениям изучаемых таксонов. В заключение говорится о том, что зачастую только прак-
тикующий систематик, досконально знающий свою группу, может правильно интерпретировать
получаемые молекулярные данные и вставить их в систему уже существующего знания для при-
нятия таксономического решения.
Ключевые слова: вид, систематика, насекомые, филогенетическая концепция вида, биологи-
ческая концепция вида, генетические дистанции, филогенетический анализ, молекулярный при-
знак, монолокусные генетические данные, мультилокусные генетические данные, полногеном-
ные данные, искусственный интеллект, машинное обучение.

DOI: 10.1134/S0367144519020096
Более 260 лет прошло с момента выхода десятого издания Systema Naturae Карла
Линнея (Linnaeus, 1758) – отправной точки зоологической систематики, однако по-
ставленная Линнеем задача инвентаризации видов животных еще необозримо далека
от решения. Формально описанные на настоящий момент времени 1 600 000 видов
животных (Zhang, 2013) составляют, по-видимому, относительно небольшой процент
от реально существующего на Земле видового разнообразия, большая часть которого,
по крайней мере, среди многоклеточных животных, вне всякого сомнения, относится
к классу насекомых (Stork et al., 2015; Larsen et al., 2017). Выявление и описание этого
разнообразия еще долго будут оставаться главным вызовом и одной из важнейших за-
дач энтомологии.

358
Важно подчеркнуть, что «виды», которые появляются в таксономических сводках
и ревизиях, – это не обязательно то же самое, что единицы биоразнообразия, реально
существующие в природе. Виды систематиков – это скорее теоретические конструк-
ции, представления систематиков о биологических таксонах, т. е., по сути дела, гипо-
тезы, которые пытаются описать действительность. Эти представления могут сильно
отличаться от того, что есть на самом деле. Поэтому даже для тех групп организмов,
в которых формально виды в основном описаны, работа по выявлению и уточнению
существующих межвидовых границ, т. е., работа по делимитации видов, будет продол-
жаться еще долго.
Неудивительно поэтому, что за последние 30–40 лет в связи с появлением методов
секвенирования ДНК и гигантским прогрессом в развитии методов филогенетического
анализа появилась масса предложений и подходов, направленных на решение пробле-
мы разграничения видов с использованием молекулярных маркеров (= молекулярных
признаков) (Carstens et al., 2013). Кроме того, буквально в последние годы в таксоно-
мию стали внедряться методы компьютерного анализа изображений и машинного об-
учения (искусственного интеллекта). Возможности этих подходов в делимитации еще
не описанных видов пока не очевидны, хотя они уже хорошо зарекомендовали себя
при решении более простой задачи идентификации уже известных видов (Wäldchen,
Mäder, 2018).
В предлагаемом кратком обзоре дается анализ достижений и проблем в области
делимитации видов и анализа криптического видового разнообразия, отчасти осно-
ванный на конкретном опыте автора этой статьи и являющийся обобщением иссле-
дований, проведенных на кафедре энтомологии Санкт-Петербургского университета
и в Зоологическом институте РАН.
Концепции видов
Важный вопрос: а что, собственно говоря, мы делимитируем? Понятно, что виды,
но что такое вид? Этот вопрос не имеет однозначного ответа, так как существует мно-
жество видовых концепций и определений вида, и дискуссии на эту тему бесконечны
(De Queiroz, 2007).
Сильно упрощая ситуацию, можно сказать, что в настоящее время наиболее попу-
лярны две группы видовых концепций: одна группа имеет дело с видом как эволю-
ционной линией (варианты филогенетических концепций вида), а другая оперирует
видом как совокупностью особей, которые репродуктивно совместимы между собой,
но репродуктивно изолированы от других подобных совокупностей (варианты биоло-
гической концепции вида) (Cracraft, 1989; Coyne, Orr, 2004).
Диагностическая версия филогенетической концепции определяет вид как совокуп-
ность популяций, имеющих один или большее число уникальных (диагностических)
признаков (Cracraft, 1989; Rosser et al., 2015). Эта версия, с одной стороны, смыкается
с более старой типологической концепций, которая в переводе на язык практической
систематики определяет вид как сущность, выявляемую на основании изучения мор-
фологии (Майр, 1968). С другой стороны, она является филогенетической, поскольку
уникальные признаки, по крайней мере часть из них, могут быть (син)апорфиями, вы-
являющими монофилетические группы. В более явной форме использование концеп-
ции филогенетического вида предполагает наличие доказательной базы того, что вы-
деляемая группировка (филогенетический вид) является монофилетической группой
(Coyne, Orr, 2004).
Проблемой филогенетической концепции является то, что на практике ее последо-
вательное применение приводит к чрезмерному дробительству, когда почти каждая

359
полностью или даже частично изолированная популяция возводится в ранг вида. Это
приводит к явлению, которое было названо таксономической инфляцией (Isaac et al.,
2004). Другая проблема – существование в природе парафилетических видов, которые
возникают в ходе перипатрического видообразования, когда от материнского вида по
периферии отпочковываются дочерние виды. Такой способ видообразования превра-
щает материнский таксон в парафилетическую группу, т. е., в ветвь, не включающую
всех потомков. Интерпретация таких парафилетических групп в качестве видов может
быть головной болью для традиционного кладиста, полностью отрицающего возмож-
ность немонофилетических таксонов (Лухтанов, 2013).
Биологическая концепция рассматривает в качестве видов совсем другие сущности:
репродуктивно изолированные сообщества (эта изоляция может быть неполной, но все
же достаточной для предотвращения слияния двух групп в один генетический пул),
не обращая внимания на филогенетическую историю таких сообществ и не оперируя
терминами монофилия и (син)апоморфия (Майр, 1968, 1971; Coyne, Orr, 2004; Rosser
et al., 2015). Симпатрические биологические виды (безмерные виды, по: Майр, 1971)
объективны и делимитируются в подавляющем большинстве случаев совершенно од-
нозначно. К этой концепции близка концепция генотипических кластеров Маллета
(Mallet, 1995), которая не делает акцента на репродуктивной изоляции и в качестве
видов рассматривает кластеры особей, способные существовать симпатрично. Огра-
ниченность биологической концепции в том, что она плохо работает для аллопатриче-
ских таксонов и непригодна для однополых видов.
Важным следствием биологической концепции является допустимость существо-
вания слабо дифференцированных по морфологическим признакам (криптических)
видов, которые могут обитать совместно благодаря наличию изолирующих поведен-
ческих, экологических или физиологических барьеров. Такие виды трудно или даже
почти невозможно выявлять на основании анализа традиционных морфологических
маркеров.
Интересно, что, несмотря на описание филогенетическими и биологическими кон-
цепциями принципиально разных сущностей, на практике они во многих случаях де-
лимитируют одни и те же единицы. Дело в том, что филогенетические линии, даже
если они вначале репродуктивно совместимы, эволюционируя раздельно, рано или
поздно накапливают различия, приводящие к репродуктивной изоляции, т. е., стано-
вятся биологическими видами. И наоборот, возникающие в ходе симпатрического ви-
дообразования репродуктивно изолированные группы поначалу могут не представлять
собой монофилетические линии. Однако в силу генетической изоляции такие группы
эволюционируют раздельно и поэтому накапливают изменения, приводящие к тому,
что на филогенетическом дереве они начинают появляться в виде монофилетических
групп, даже если для построения дерева используются только нейтральные признаки,
не связанные с появлением и поддержкой репродуктивной изоляции.
Таким образом, если мы сравниваем филогенетически далекие виды, они, как пра-
вило, удовлетворяют критериям обеих концепций. Однако проблемы несовпадения
видовых границ нередко возникают при применении разных концепций к недавно ра-
зошедшимся таксонам.

Делимитация видов в домолекулярную эпоху


Делимитация видов в домолекулярную эпоху (которая для многих организмов еще
не закончилась) является скорее практическим занятием, чем научной теорией, и ос-

360
нована на нескольких простых предпосылках, подробно описанных Эрнстом Майром
(Майр, 1971).
При использовании типолого-морфологической концепции на основании анализа
признаков оценивается уровень внутри- и межгрупповой изменчивости с целью вы-
явления хиатуса между изучаемыми группами. При наличии такого хиатуса группы
могут интерпретироваться как разные таксономические виды. В энтомологии при этом
традиционно, начиная с начала XX в., большое значение придается изучению призна-
ков строения генитального аппарата.
Делимитация, основанная на концепции биологического вида, выявляет группы осо-
бей, морфологические признаки которых не смешиваются при обитании этих групп
вместе (симпатрия) или при наличии контакта между их ареалами (парапатрия). Такие
группы рассматриваются как виды. Таксономическая интерпретация морфологически
дифференцированных аллопатрических популяций (виды или подвиды) с использова-
нием концепции биологического вида затруднена и производится более произвольно.
Например, в качестве видов рекомендуется рассматривать географические популяции
(группы популяций), морфологические различия между которыми сравнимы с тако-
выми между симпатрическими видами того же рода либо касаются признаков, потен-
циально приводящих к репродуктивной изоляции. В редких случаях репродуктивную
изоляцию между аллопатрическими формами удается выявить в результате экспери-
ментальной проверки (см., например: Lorković, 1993), и в последнем случае видовой
статус аллопатрических форм вряд ли может быть подвергнут сомнению.
Для выявления и количественной оценки хиатуса между потенциальными видами
может быть использован анализ данных морфометрии с помощью метода главных ком-
понент (Vrtilek, Reichard, 2016).

Делимитация видов в молекулярную эпоху


Молекулярные подходы, появившиеся в конце XX в., никогда не декларировались
в качестве исключительного инструмента для делимитации видов (Pons et al., 2006),
однако претендуют на то, что могут:
1) ускорить процесс выявления и описания видов;
2) унифицировать подходы к выявлению структуры биологического разнообразия
на том основании, что одни и те же маркеры могут использоваться для самых разных
таксономических групп;
3) сделать методы делимитации более формализованными, более прозрачными и
воспроизводимыми;
4) делать то, что ранее делалось с большим трудом или не делалось вообще: выяв-
лять и описывать криптические виды.

Методы, основанные на дистанциях


Эволюция преимущественно дивергентна: в ее ходе между эволюционирующими
линиями накапливаются генетические различия, и уровень этих различий можно ис-
пользовать для видовой делимитации. Эмпирически показано, что так называемый
ДНК-баркод, фрагмент митохондриального гена COI длиной 658 нуклеотидных пар
(т. е. ничтожная по размеру часть генома) позволяет различать до 95 % видов во мно-
гих группах живых организмов (Hebert et al., 2003, 2004; Hajibabaei et al., 2006; Hebert,
Gregory, 2005, Lukhtanov et al., 2009). При этом различия в 2 и более процентов почти
всегда соответствуют уровню различий между «хорошими» видами (но есть многочис-
ленные исключения, см.: Wiemers, Fiedler, 2007). На основании молекулярного сход-

361
ства по этому фрагменту особи могут объединяться в «корзины» (BINs, barcode index
numbers), которые можно рассматривать в качестве операциональных таксономических
единиц, т. е. в качестве потенциальных обладателей видового статуса (Ratnasingham,
Hebert, 2013). Такие «корзины» вполне оправдывают свое название («bin» в англий-
ском языке означает не просто емкость, но и мусорное ведро): они пригодны лишь для
предварительной оценки и не могут быть серьезным основанием для принятия таксо-
номических решений. Однако они полезны в качестве предварительных таксономиче-
ских гипотез и могут тестироваться с использованием других подходов.

Методы, основанные на филогенетическом анализе молекулярных признаков


Виды возникают в природе в ходе дихотомической или ретикулярной эволюции,
и реконструкция их истории с использованием методов филогенетического анализа
может выявлять не только крупные эволюционные линии, но и терминальные клады,
которые можно интерпретировать в качестве видов. На практике это означает, что при
использовании этого метода делимитации в филогенетический анализ включаются
многочисленные особи каждого из предполагаемых видов. Эти особи формируют на
филогенетическом дереве кластеры, которые и являются объектом таксономической
интерпретации. При первичной оценке таких кластеров большое значение имеет уро-
вень статистической поддержки выявляемых кластеров в виде бутстреп-поддержки
при проведения анализов с использованием методов максимального правдоподобия
и максимальной парсимонии и в виде постериорной вероятности при использовании
метода Байеса. Уровень этой поддержки должен быть более 90 %, чтобы придавать
серьезное значение выявленному кластеру.
Такой анализ может проводиться на основании секвенирования одного или несколь-
ких генов. При этом никогда нельзя верить анализу, основанному на изучении одного
гена, так как филогенетическая история любого одного гена может сильно отличаться
от истории организма (Nichols, 2001). (То же самое можно сказать о традиционных
домолекулярных подходах: серьезная таксономическая работа не может основываться
на одном признаке).
Тем не менее, филогенетическая реконструкция, основанная на изучении одного
гена, может использоваться вместе с данными по морфологии, экологии, кариологии
и географическому распространению изучаемых таксонов и давать ценную допол-
нительную информацию для принятия таксономического решения (Lukhtanov et al.,
2015a, 2015b, 2016).
И с п ол ь з о ва н и е м и тохо н д р и а л ь н ы х Д Н К - б а р код о в д л я в и д о -
в о й д е л и м и т а ц и и. ДНК-баркод (фрагмент митохондриального гена COI дли-
ной 658 нуклеотидных пар) является наиболее распространенным молекулярным
маркером для видовой делимитации у животных, в том числе у насекомых (Hebert
et al., 2003, 2004). Чаще всего его использование приводит к правильным таксономи-
ческим заключениям, однако существует опасность получения ложноположительных
и ложноотрицательных результатов, т. е., этот маркер может быть дифференцирован
и давать статистически значимые разные кластеры в ситуациях, где нет разных видов,
и наоборот, дифференциация по этому маркеру может отсутствовать при сравнении
разных видов (Toews, Brelsford, 2012).
Первый случай (митохондриальный ДНК-баркод дифференцирован там, где нет
разных видов) у насекомых чаще всего определяется наличием внутриклеточного

362
паразита Wolbachia, наличие которого в части популяции может индуцировать внутри-
видовую дивергенцию по митохондриальным генам (Ritter et al. 2013).
Второй случай (виды не дифференцированы по митохондриальной ДНК) может
быть связан с реальной эволюционной молодостью таксонов или же с так называемой
митохондриальной интрогрессией (Toews, Brelsford, 2012), когда в результате споради-
ческих гибридизаций митохондрии одного вида замещают митохондрии другого вида,
приводя к тому, что два вида (иногда более чем два) (Lukhtanov et al., 2015b) имеют
идентичные митохондриальные геномы. Хотя последнее явление кажется экзотиче-
ским, эмпирические данные показывают, что митохондриальная интрогрессия – до-
вольно широко распространенное явление.
Еще одной проблемой использования митохондриальных баркодов являются то, что
в некоторых случаях вследствие генных дупликаций и последующей эволюции могут
возникать модифицированные ядерные копии этих последовательностей (псевдоге-
ны) (Bensasson et al., 2001). Хотя по сути дела, получаемые псевдогены – это другие
маркеры, которые находятся в другой части генома и эволюционируют независимо,
они могут амплифицироваться теми же праймерами, что и митохондриальные гены.
Использование митохондриальных генов (для одних видов) с псевдогенами (для дру-
гих видов) в рамках одного филогенетического анализа неправомочно и приводит
к ошибочным заключениям (Galtier, 2009; Cameron, 2014). Хотя в общем случае разли-
чить митохондриальные и ядерные копии не так легко, часто помогает простой анализ:
попытка сделать трансляцию. Ядерные копии (псевдогены) не кодируют белки, и поэ-
тому в их последовательностях могут содержаться нуклеотиды, нарушающие правила
генетических кодов, а также стоп-кодоны, в то время как кодирующие белок митохон-
дриальные гены, такие как COI и CytB, должны транслироваться идеально.
Использование множественных генов для видовой делими-
т а ц и и. Более адекватным методом межвидовой делимитации является филогенети-
ческий анализ, основанный на использовании нескольких, желательно несцепленных
(находящихся на разных хромосомах) ядерных генов. Филогенетический анализ мож-
но провести для каждого из этих генов по отдельности, и факт конгруэнтности полу-
чаемых результатов (разные гены дают одни и те же кластеры особей) можно интер-
претировать как свидетельство того, что выявленные межвидовые границы являются
истинными. Недостаток такого подхода заключается в том, что ядерные гены обычно
эволюционируют медленнее митохондриальных. Поэтому филогении, основанные на
отдельных ядерных генах, часто имеют низкое разрешение и низкую статистическую
поддержку выявляемых клад. Эта проблема может быть решена путем конкатенирова-
ния – объединения нескольких генов в одну матрицу. Однако при проведении конка-
тенирования обязательной процедурой является предварительная проверка отдельных
генов на филогенетическую непротиворечивость. В противном случае может полу-
читься химера, которая не отражает ни историю таксонов, ни историю отдельных ге-
нов, и не имеет биологического смысла (Pazhenkova, Lukhtanov, 2019).
Методы делимитации, основанные на моделях
Методы этой группы основаны на филогениях, но учитывают то, что кладогенез
(филогения таксонов) и филогения гена (генов) – разные явления (Nichols, 2001).
В этих методах делается попытка смоделировать точку перехода от филогении аллелей
к кладогенезу на основании предположения о том, что коалесценция аллелей (пере-
ход к монофилии аллелей изучаемого гена) происходит быстрее, чем видообразование
(Carstens et al., 2013).

363
Так же, как в предыдущем случае, при использовании этих методов делимитации
в филогенетический анализ включаются многочисленные особи каждого из предпо-
лагаемых видов, а сами методы могут оперировать одним или альтернативно несколь-
кими генами. При использовании одного гена, в частности ДНК-баркодов, большое
распространение получила модель GMYC (The General Mixed Yule Coalescent model)
(Pons et al., 2006).
Хотя в теоретическом отношении методы делимитации с использованием одного
гена, основанные на модели GMYC, более совершенны, чем алгоритмы, описанные в
предыдущем разделе, все монолокусные подходы страдают одним и тем же существен-
ным недостатком: неопределенностью получаемых таксономических заключений,
связанной с тем, что один признак недостаточен для решения таксономических задач.
Поэтому все кластеры, получаемые с помощью монолокусных подходов, являются не
более чем предварительными гипотезами.
Существуют также мультилокусные алгоритмы выявления видовых кластеров, осно-
ванные на модели GMYC (O’Meara, 2010), однако они менее популярны, чем методы,
основанные на валидации предварительно выдвинутых видовых гипотез (см. ниже).

Методы, основанные на валидации предварительно выдвинутых видовых


гипотез (построение «деревьев видов»)
В настоящее время это один из наиболее совершенных и популярных подходов
к делимитации видов. При использовании этого подхода вначале выдвигаются ги-
потезы о видах (о том, что тот или иной набор особей составляет особый вид). Эти
гипотезы могут быть альтернативными, т. е., для одной и той же полной совокупности
особей можно предлагать разные варианты разбиения на виды (Yang, Rannala, 2010;
Camargo et al., 2012; Carstens et al., 2013). Предварительные гипотезы могут выдвигать-
ся на основании ранее существовавших таксономических интерпретаций, например,
на основании изучения морфологии, строения митохондриальной или ядерной ДНК,
особенностей кариотипов или произвольно (Talavera et al., 2013; Todisco et al., 2018;
Pazhenkova, Lukhtanov, 2019).
Затем с использованием методов Байесовой филогенетики для разных вариантов
разбиения полной совокупности особей на гипотетические виды строятся филогене-
тические деревья. Это делается на основании анализа нуклеотидных последовательно-
стей одного или, предпочтительнее, нескольких генов (Carstens et al., 2013) или даже
на основании анализа данных полногеномного секвенирования (Leache et al., 2014;
O’Connella, Smith, 2018). При этом в алгоритм анализа закладывается ограничение для
получаемых топологий: совокупности особей, которые были выбраны в качестве ви-
довых гипотез, должны обязательно появиться на получаемых деревьях в виде клад.
Однако статистическая поддержка получаемых клад (уровень их правдоподобия) бу-
дет разной в разных вариантах разбиения исходной совокупности. В качестве решения
задачи принимается топология (топологии), обеспечивающая максимальный уровень
статистической поддержки.
К бесспорным преимуществам этого можно отнести то, что
1) существует возможность прямого сравнения альтернативных гипотез разбиения
совокупности особей на виды;
2) дерево видов строится на основании совокупности нуклеотидных последователь-
ностей по всем изученным генам без применения такой теоретически малообоснован-

364
ной процедуры как конкатенирование (механическое объединение генов), т. е., с учетом
индивидуальных особенностей коалесценции аллелей каждого анализируемого гена;
3) заключение о каждом виде делается на основании анализа распределения боль-
шого числа деревьев, что позволяет учитывать филогенетическую неопределенность
(уровень ненадежности получаемых реконструкций) при принятии таксономического
решения.

Анализ криптического видового разнообразия (выявление видов-двойников)


При использовании молекулярных маркеров эта процедура принципиально не отли-
чается от стандартной делимитации видов, поскольку морфологические маркеры не
используются. Таким образом, при поиске криптических видов вначале на основании
анализа молекулярных маркеров выявляются кластеры генетически сходных особей, а
затем делается интерпретация этих кластеров в качестве видов на основании исполь-
зования дополнительных критериев (Lukhtanov et al., 2006, 2014; Лухтанов, Шаповал,
2008; Лухтанов, Кузнецова, 2009; Vershinina, Lukhtanov, 2010; Vila et al., 2010; Dinca
et al., 2011; Hernández-Roldán et al., 2016; Vishnevskaya et al., 2016; Lukhtanov,
Dantchenko, 2017b; Lukhtanov, Shapoval, 2017a).
При анализе двух кластеров, обнаруженных симпатрично, вывод об их неконспеци-
фичности может быть сделан на основании:
1) конгруэнтности деревьев, полученных при использовании разных, генетически
несцепленных (то есть находящихся на разных хромосомах) маркеров (иными слова-
ми, если разные гены выявляют одни и те же кластеры особей) (Avise, 2000, 2004);
2) бимодальности в распределении молекулярных маркеров в исследуемой выборке
(Mallet, Willmott, 2003);
3) отсутствия или дефицита гетерозигот по дифференцированным видовым ядер-
ным маркерам, которые могли бы свидетельствовать о гибридизации. Этот метод чаще
применяется для анализа хромосомных признаков, так как выявление гетерозигот по
нуклеотидным заменам является сложной процедурой и требует применения методов
клонирования (Shapoval, Lukhtanov, 2015) или, в крайнем случае, методов фэйзинга
(Pazhenkova, Lukhtanov, 2019);
4) выявления картины, которая имитирует сцепление изученных, заведомо несце-
пленных маркеров (Лухтанов, Шаповал, 2008; Lukhtanov et al., 2008)
При анализе двух морфологически неразличимых (или близких) кластеров, обна-
руженных аллопатрично, заключение или предположение об их неконспецифичности
может быть сделано на основании:
1) прямых экспериментальных доказательств наличия репродуктивной изоляции
(Dincă et al., 2013);
2) косвенных свидетельств возможной репродуктивной изоляции. В качестве тако-
вых могут выступать параметры, которые потенциально играют роль в возникновении
презиготической репродуктивной изоляции (например, феромоны и звуковые сигналы)
(Lukhtanov et al., 2005) или постзиготической изоляции (например, разные кариотипы)
(Lukhtanov et al., 2015a, 2015b, 2018);
3) высокого уровня дифференциации по изученным молекулярным маркерам
(см. выше Методы, основанные на дистанциях).

365
Таксономическая интуиция и возможности искусственного интеллекта
Под таксономической интуицией здесь понимается способность распознавать по-
тенциально новые таксоны «на глаз», без приведения формализованного вербального
списка признаков, на основании которых распознавание было выполнено.
Вряд ли кто-то будет отрицать важность таксономической интуиции в повседневной
работе систематика: зачастую именно она является триггером, запускающим процесс
выявления неописанных таксонов. Однако таксономическая интуиция может также
играть отрицательную роль в работе систематика, поскольку может быть основой для
некачественного описания таксонов без приведения их реальных диагностических
признаков.
Интуиция основана на многолетнем опыте, в ходе которого мозг систематика нау-
чается принимать во внимание множество мелких деталей, учет которых позволяет
принять таксономическое решение, логику которого трудно описать словами. В прин-
ципе алгоритм, на основании которого действует интуиция (анализ и систематизация
большого числа мелких деталей у большого числа особей), может быть основой ком-
пьютерной программы. В настоящее время уже существуют компьютерные методы ви-
довой идентификации, основанные на машинном обучении (то, что иначе называется
искусственным интеллектом) компьютерных программ распознавать виды по их диги-
тализированным изображениям (Wäldchen, Mäder, 2018).
Можно предполагать, что появление таких или аналогичных систем для решения
более сложной и творческой задачи делимитации видов – дело недалекого будущего.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
В настоящее время с проблемой делимитации видов сложилась парадоксальная си-
туация. С одной стороны, есть много работ по теории делимитации на основании ис-
пользования молекулярных маркеров. Однако авторы этих работ, как правило, сами
практической делимитацией не занимаются, в том смысле, что они не дают реальной
таксономической интерпретации полученных молекулярных кластеров (Hebert et al.,
2004; Brower, 2006, 2010; Carstens et al., 2013).
С другой стороны, имеется масса практикующих систематиков, которые ежедневно
занимаются этой работой, и многие даже используют для этого молекулярные марке-
ры, чаще всего в виде митохондриальных ДНК-баркодов. Однако они в подавляющем
большинстве случаев не только не используют эти разработанные методы делимита-
ции, но и даже не подозревают об их существовании.
Таксономическая пассивность первой группы ученых понятна и оправдана. Во-пер-
вых, описание новых видов требует навыков и квалификации, для получения которых
нужны годы, и которых, как правило, нет у теоретиков молекулярной делимитации.
Во-вторых, и это самое главное, все алгоритмы молекулярной делимитации дают ис-
ходно клады (кластеры особей), которые не обязательно идентичны реальным видам,
существующим в природе. Пассивность второй группы ученых в освоении новых тео-
рий кажется совершенно неоправданной, так как она лишает их мощного инструмента,
которым они (и только они!) могут эффективно пользоваться.
Создается впечатление, что молекулярные работы по делимитации видов, даже те,
которые основаны на полногеномных данных и оперируют сотнями и тысячами мар-
керов, не дают окончательного ответа на вопрос о видовых границах и о статусах так-
сонов (вид или подвид) (O’Connella, Smith, 2018). Но они дают необычайно важный

366
материал, ценность которого многократно возрастает, если полученные данные корре-
лируют (или не коррелируют) с информацией по географическому распространению,
морфологии и экологическим предпочтениям.
Зачастую только практикующий систематик, досконально знающий свою группу, мо-
жет правильно интерпретировать эти молекулярные данные и вставить их в систему
уже существующего знания для принятия таксономического решения.
БЛАГОДАРНОСТИ
Я выражаю благодарность А. О. Вершининой (University of California, Santa Cruz,
California, U.S.A.), М. С. Вишневской (СПбГУ), А. В. Данченко (МГУ), Е. А. Пажен-
ковой (СПбГУ) и Н. А. Шаповалу (ЗИН) за помощь в проведении исследований и об-
суждение статьи.
ФИНАНСИРОВАНИЕ
Работа выполнена в рамках государственной темы AAAA-A19-119020790106-0 (раз-
делы «Делимитация видов в домолекулярную эпоху» и «Делимитация видов в молеку-
лярную эпоху») и при финансовой поддержке проектов Российского фонда фундамен-
тальных исследований № 18-04-00263а (разделы «Методы, основанные на дистанциях»
и «Методы, основанные на филогенетическом анализе молекулярных признаков»),
№ 17-04-00828 (разделы «Методы делимитации, основанные на моделях» и «Ме-
тоды, основанные на валидации предварительно выдвинутых видовых гипотез»),
№ 17-04-00754 (раздел «Таксономическая интуиция и возможности искусственного ин-
теллекта») и Российского научного фонда № 19-14-00202 (разделы «Концепции видов»
и «Анализ критического видового разнообразия»).
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
Лухтанов В. А. 2013. Принципы реконструкции филогенезов: признаки, модели эволюции и методы филоге-
нетического анализа. В кн.: А. Ф. Алимов, С. Д. Степаньянц (ред.). Современные проблемы биологи-
ческой систематики. СПб.: Зоологический институт РАН, с. 39–52. (Труды Зоологического института
РАН, приложение № 2).
Лухтанов В. А., Кузнецова В. Г. 2009. Молекулярно-генетические и цитогенетические подходы к проблемам
видовой диагностики, систематики и филогенетики. Журнал общей биологии 70 (5): 415−437.
Лухтанов В. А., Шаповал Н. А. 2008. Выявление симпатрично обитающих видов-двойников бабочек из ком-
плекса Agrodiaetus kendevani (Lepidoptera, Lycaenidae) с помощью популяционного анализа несце-
пленных генетических маркеров. Доклады Академии наук 423 (3): 421−426.
Майр Э. 1968. Зоологический вид и эволюция. М.: Мир, 598 с.
Майр Э. 1971. Принципы зоологической систематики. М.: Мир, 454 с.
Avise J. C. 2000. Phylogeography: the History and Formation of Species. Cambridge−London: Harvard University
Press, 447 p.
Avise J. C. 2004. Molecular Markers, Natural History and Evolution. Sunderland; Massachusetts: Sinauer
Associates, 684 p.
Bensasson D., Zhang D. X., Hartl D. L., Hewitt G. M. 2001. Mitochondrial pseudogenes: evolution’s misplaced
witnesses. Trends in Ecology and Evolution 16 (6): 314−321. doi: 10.1016/S0169-5347(01)02151-6
Brower A. V. Z. 2006. Problems with DNA barcodes for species delimitation: ‘ten species’ of Astraptes fulgerator
reassessed (Lepidoptera: Hesperiidae). Systematics and Biodiversity 4: 127–132.
Brower A. V. Z. 2010. Alleviating the taxonomic impediment of DNA barcoding and setting a bad precedent: names
for ten species of ‘Astraptes fulgerator’ (Lepidoptera: Hesperiidae: Eudaminae) with DNA-based diagnoses.
Systematics and Biodiversity 8 (4): 485–491.
Camargo A., Morando M., Avila L. J., Sites J. W. 2012. Species delimitation with ABC and other coalescent-based
methods: a test of accuracy with simulations and an empirical example with lizards of the Liolaemus darwinii
complex (Squamata: Liolaemidae). Evolution 66 (9): 2834−2849.
Cameron S. 2014. How to sequence and annotate insect mitochondrial genomes for systematic and comparative
genomics research. Systematic Entomology 39 (3): 400−411. doi: 10.1111/syen.12071

367
Carstens B. C., Pelletier T. A., Reid N. M., Satler J. D. 2013. How to fail at species delimitation. Molecular Ecology
22: 4369–4383. doi: 10.1111/mec.12413
Coyne J. A., Orr H. A. 2004. Speciation. Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates, 545 p.
Cracraft J. 1989. Speciation and its ontology: the empirical consequences of alternative species concepts for
understanding patterns and processes of differentiation. In: D. Otte, J. Endler (eds). Speciation and its
Consequences. Sunderland: Sinauer Associates, pp. 28–59.
De Queiroz K. 2007. Species concepts and species delimitation. Systematic Biology 56 (6): 879−886. doi:
10.1080/10635150701701083
Dincă V., Lukhtanov V. A., Talavera G., Vila R. 2011. Unexpected layers of cryptic diversity in wood white Leptidea
butterflies. Nature Communications 2, 324. doi: 10.1038/ncomms1329
Dincă V., Wiklund C., Lukhtanov V. A., Kodandaramaiah U., Norén N., Dapporto L., Wahlberg N., Vila R., Friberg
M. 2013. Reproductive isolation and patterns of genetic differentiation in a cryptic butterfly species complex.
Journal of Evolutionary Biology 26 (10): 2095−2106. doi: 10.1111/jeb.12211
Galtier N., Nabholz, B., Glémin S., Hurst G. D.D. 2009. Mitochondrial DNA as a marker of molecular diversity: a
reappraisal. Molecular Ecology 18 (22): 4541−4550. doi: 10.1111/j.1365-294X.2009.04380.x
Hajibabaei M., Janzen D. H., Burns J. M., Hallwachs W., Hebert P. D. N. 2006. DNA barcodes distinguish species
of tropical Lepidoptera. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
103: 968–971.
Hebert P. D. N., Cywinska A., Ball S. L., deWaard J. R. 2003. Biological identifications through DNA barcodes.
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 270: 313−321.
Hebert P. D. N., Gregory T. R. 2005. The promise of DNA barcoding for taxonomy. Systematic Biology 54: 852−859.
https://doi.org/10.1080/10635150500354886
Hebert P. D. N., Penton E. H., Burns J. M., Janzen D. H., Hallwachs W. 2004. Ten species in one: DNA barcoding
reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator. Proceedings of the National
Academy of Sciences of the United States of America 101 (41): 14812–14817. doi: 10.1073/pnas.0406166101
Hernández-Roldán J. L., Dapporto L., Dincă V., Vicente J. C., Hornett E. A., Šíchová J., Lukhtanov V. A., Talavera
G., Vila R. 2016. Integrative analyses unveil speciation linked to host plant shift in Spialia butterflies.
Molecular Ecology 25 (17): 4267−4284. doi: 10.1111/mec.13756
Isaac N. J. B., Mallet J., Mace G. M. 2004. Taxonomic inflation: its influence on macroecology and conservation.
Trends in Ecology and Evolution 19: 464–469.
Larsen B. B., Miller E. C., Rhodes M. K., Wiens J. J. 2017. Inordinate fondness multiplied and redistributed:
The number of species on earth and the new pie of life. Quarterly Review of Biology 92 (3): 229−265.
https://doi.org/10.1086/693564
Leache A. D., Fujita M. K., Minin V. N., Bouckaert R. R. 2014. Species delimitation using genome-wide SNP data.
Systematic Biology 63 (4): 534–542. doi:10.1093/sysbio/syu018
Linnaeus C. 1758. Systema Naturae. Tomus I. Editio Decima, Reformata. Holmiae: Laurentii Salvii, 824 p.
Lorković Z. 1993. Leptidea reali Reissinger, 1989 (= lorkovicii Real, 1988), a new European species (Lepid.,
Pieridae). Natura Croatica 2: 1−26.
Lukhtanov V. A., Kandul N. P., Plotkin J. B., Dantchenko A. V., Haig D., Pierce N. E. 2005. Reinforcement of pre-
zygotic isolation and karyotype evolution in Agrodiaetus butterflies. Nature 436: 385−389.
Lukhtanov V. A., Dantchenko A. V. 2017. A new butterfly species from south Russia revealed through chromosomal
and molecular analysis of the Polyommatus (Agrodiaetus) damonides complex (Lepidoptera, Lycaenidae).
Comparative Cytogenetics 11 (4): 769−795. https://doi.org/10.3897/CompCytogen.v11i4.20072
Lukhtanov V. A., Shapoval N. A. 2017. Chromosomal identification of cryptic species sharing their DNA barcodes:
Polyommatus (Agrodiaetus) antidolus and P. (A.) morgani in Iran (Lepidoptera, Lycaenidae). Comparative
Cytogenetics 11 (4): 759−768. doi: 10.3897/compcytogen.v11i4.20876
Lukhtanov V. A., Vila R., Kandul N. P. 2006. Rearrangement of the Agrodiaetus dolus species group (Lepidoptera,
Lycaenidae) using a new cytological approach and molecular data. Insect Systematics and Evolution 37 (3):
325−334.
Lukhtanov V. A., Dantchenko A. V., Vishnevskaya M. S., Saifitdinova A. F. 2015. Detecting cryptic species in
sympatry and allopatry: analysis of hidden diversity in Polyommatus (Agrodiaetus) butterflies (Lepidoptera:
Lycaenidae). Biological Journal of the Linnean Society 116 (2): 468−485. doi: 10.1111/bij.12596
Lukhtanov V. A., Dincă V., Friberg M., Šíchová J., Olofsson M., Vila R., Marec F., Wiklund C. 2018. Versatility
of multivalent orientation, inverted meiosis, and rescued fitness in holocentric chromosomal hybrids.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 115 (41): E9610–E9619.
https://doi.org/10.1073/pnas.1802610115
Lukhtanov V. A., Shapoval N. A., Anokhin B. A., Saifitdinova A. F., Kuznetsova V. G. 2015b. Homoploid hybrid
speciation and genome evolution via chromosome sorting. Proceedings of the Royal Society B: Biological
Sciences 282 (1807): 20150157. doi:10.1098/rspb.2015.0157

368
Lukhtanov V. A., Shapoval N. A., Dantchenko A. V. 2008. Agrodiaetus shahkuhensis sp. n. (Lepidoptera,
Lycaenidae), a cryptic species from Iran discovered by using molecular and chromosomal markers.
Comparative Cytogenetics 2 (2): 99−114.
Lukhtanov V. A., Shapoval N. A., Dantchenko A. V. 2014. Taxonomic position of several enigmatic Polyommatus
(Agrodiaetus) species (Lepidoptera, Lycaenidae) from Central and Eastern Iran: insights from molecular and
chromosomal data. Comparative Cytogenetics 8 (4): 313−322. doi: 10.3897/CompCytogen.v8i4.8939
Lukhtanov V. A., Sourakov A., Zakharov E. V. 2016. DNA barcodes as a tool in biodiversity research: testing pre-
existing taxonomic hypotheses in Delphic Apollo butterflies (Lepidoptera, Papilionidae). Systematics and
Biodiversity 14 (6): 599−613. doi: 10.1080/14772000.2016.1203371
Lukhtanov V. A., Sourakov A., Zakharov E. V., Hebert P. D. N. 2009. DNA barcoding Central Asian butterflies:
increasing geographical dimension does not significantly reduce the success of species identification.
Molecular Ecology Resources 9: 1302–1310. doi: 10.1111/j.1755-0998.2009.02577.x
Mallet J. A. 1995. Species definition for the modern synthesis. Trends in Ecology and Evolution 10: 294–299.
Mallet J., Willmott K. 2003. Taxonomy: Renaissance or Tower of Babel? Trends in Ecology and Evolution 18:
57−59.
Nichols R. 2001. Gene trees and species trees are not the same. Trends in Ecology and Evolution 16: 358–364.
O’Connella K. A., Smith E. N. 2018. The effect of missing data on coalescent species delimitation and a taxonomic
revision of whipsnakes (Colubridae: Masticophis). Molecular Phylogenetics and Evolution 127: 356–366.
https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.03.018
O’Meara B. C. 2010. New heuristic methods for joint species delimitation and species tree inference. Systematic
Biology 59: 59–73.
Pazhenkova E. A., Lukhtanov V. A. 2019. Nuclear genes (but not mitochondrial DNA barcodes) reveal real
species: evidence from the Brenthis fritillary butterflies (Lepidoptera, Nymphalidae). Journal of Zoological
Systematics and Evolutionary Research 57 (2): 298–313. doi: 10.1111/jzs.12252
Pons J., Barraclough T. G., Gomez-Zurita J., Cardoso A., Duran D. P., Hazell S., Kamoun S., Sumlin W. D.,
Vogler A. P. 2006. Sequence-based species delimitation for the DNA taxonomy of undescribed insects.
Systematic Biology 55 (4): 595−609. doi: 10.1080/10635150600852011
Ratnasingham S., Hebert P. D. N. 2013. A DNA-based registry for all animal species: The Barcode Index Number
(BIN) system. PLoS ONE 8 (8): e66213. doi: 10.1371/journal.pone.0066213
Ritter S., Michalski S. G., Settele J., Wiemers M., Fric Z. F., Sielezniew M., Šašić M., Rozier Y., Durka W.
2013. Wolbachia infections mimic cryptic speciation in two parasitic butterfly species, Phengaris teleius
and P. nausithous (Lepidoptera: Lycaenidae). PLoS ONE 8 (11), e78107. https://doi.org/10.1371/journal.
pone.0078107
Rosser N., Kozak K. M., Phillimore A. B., Mallet J. 2015. Extensive range overlap between heliconiine sister
species: evidence for sympatric speciation in butterflies? BMC Evolutionary Biology 15, 125. doi: 10.1186/
s12862-015-0420-3
Shapoval N. A., Lukhtanov V. A. 2015. Intragenomic variations of multicopy ITS2 marker in Agrodiaetus blue
butterflies (Lepidoptera, Lycaenidae). Comparative Cytogenetics 9 (4): 483−497. doi: 10.3897/CompCytogen.
v9i4.5429
Stork N. E., McBroom J., Gely C., Hamilton A. J. 2015. New approaches narrow global species estimates for
beetles, insects, and terrestrial arthropods. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United
States of America 112: 7519–7523.
Talavera G., Lukhtanov V. A., Rieppel L., Pierce N. E., Vila R. 2013. In the shadow of phylogenetic uncertainty:
the recent diversification of Lysandra butterflies through chromosomal change. Molecular Phylogenetics and
Evolution 69: 469–478. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2013.08.004
Todisco V., Grill A., Fiedler K., Gottsberger B., Dincă V., Vodă R., Lukhtanov V., Letsch H. 2018. Molecular
phylogeny of the Palaearctic butterfly genus Pseudophilotes (Lepidoptera: Lycaenidae) with focus on the
Sardinian endemic P. barbagiae. BMC Zoology 3: 4. https://doi.org/10.1186/s40850-018-0032-7
Toews D., Brelsford A. 2012. The biogeography of mitochondrial and nuclear discordance in animals. Molecular
Ecology 21 (16): 3907−3930. doi: 10.1111/j.1365-294X.2012.05664.x
Vershinina A. O, Lukhtanov V. A. 2010. Geographical distribution of the cryptic species Agrodiaetus alcestis
alcestis, A. alcestis karacetinae and A. demavendi (Lepidoptera, Lycaenidae) revealed by cytogenetic
analysis. Comparative Cytogenetics 4 (1): 1−11.
Vila R., Lukhtanov V. A., Talavera G., Gil-T F., Pierce N. E. 2010. How common are dot-like distribution ranges?
Taxonomical oversplitting in Western European Agrodiaetus (Lepidoptera, Lycaenidae) revealed by
chromosomal and molecular markers. Biological Journal of Linnean Society 101: 130−154.
Vishnevskaya M. S., Saifitdinova A. F., Lukhtanov V. A. 2016. Karyosystematics and molecular taxonomy of
the anomalous blue butterflies (Lepidoptera, Lycaenidae) from the Balkan Peninsula. Comparative
Cytogenetics 10 (5): 1−85. doi: 10.3897/CompCytogen.v10i5.10944.

369
Vrtilek M., Reichard M. 2016. Patterns of morphological variation among populations of the widespread annual
killifish Nothobranchius orthonotus are independent of genetic divergence and biogeography. Journal of
Zoological Systematics and Evolutionary Research 54 (4): 289−298. doi: 10.1111/jzs.12134
Wäldchen J., Mäder P. 2018. Machine learning for image based species identification. Methods in Ecology and
Evolution 9: 2216–2225. doi: 10.1111/2041-210X.13075
Wiemers M., Fiedler K. 2007. Does the DNA barcoding gap exist? - a case study in blue butterflies (Lepidoptera:
Lycaenidae). Frontiers in Zoology 4, 8. doi: 10.1186/1742-9994-4-8
Yang Z., Rannala B. 2010. Bayesian species delimitation using multilocus sequence data. Proceedings of the
National Academy of Sciences of the United States of America 107: 9264–9269.
Zhang Z.-Q. 2013. (ed.). Animal biodiversity: an outline of higher-level classification and survey of taxonomic
richness (Addenda 2013). Zootaxa 3703: 1–82.

SPECIES DELIMITATION AND ANALYSIS OF CRYPTIC SPECIES DIVERSITY


IN THE 21ST CENTURY
V. A. Lukhtanov
Key words: species, taxonomy, insects, phylogenetic species concept, biological species
concept, genetic distance, phylogenetic analysis, molecular character, monolocus data, multi-
locus data, whole genome data, machine learning.

S U M M A RY

At present, there is a paradoxical situation with the problem of species delimitation. On the one hand,
there are many papers on the theory of delimitation based on the use of molecular markers. However,
the authors of these works, as a rule, do not engage in practical delimitation, in the sense that they do
not provide a real taxonomic interpretation of the molecular clusters obtained.

On the other hand, there are practicing taxonomists who do this work every day, and many even use
molecular markers for this, most often in the form of mitochondrial DNA barcodes. However, in the
overwhelming majority of cases, they not only do not use these developed methods of delimitation, but
they are not even aware of their existence.

Taxonomic passivity of the first group of scientists is clear. First, the description of new species
requires skills and qualifications, and theorists of molecular delimitation do not usually have these
skills. Second, and most importantly, all molecular delimitation algorithms result initially in clades
(clusters of individuals), which are not necessarily identical to the real species that exist in nature.
But the passivity of the second group of scientists in the using the molecular delimitation algorithms
seems completely unjustified, since it deprives them of a powerful tool that they (and only they!) can
effectively use.

It seems that molecular markers, even those based on whole-genome data and operating with hundreds
and thousands of SNPs, do not provide a definitive answer to the question of species boundaries and
taxon status (species / subspecies). However, they provide very important data, the value of which
increases manifold if these data correlate (or do not correlate) with information on geographical
distribution, morphology and ecological preferences.

Often, only a practicing taxonomist who knows his or her group thoroughly can correctly interpret
this molecular information and insert it into the system of already existing knowledge to make
a taxonomic decision.

370

View publication stats