Peptides et protéines

PACES

Pr. Sylvain Lehmann 2010-2011

Prof. Sylvain Lehmann
Biochimie et Protéomique CHU St Eloi
Institut de Recherche en Biothérapie et
Institut de Génétique Humaine du CNRS

e-mail: sylvain.lehmann@univ-montp1.fr

COURS PROTIDES 9h

1) GÉNÉRALITÉS SUR LES PROTIDES

2) ACIDES AMINÉS : STRUCTURE et PROPRIETES
3) DERIVÉS DES AA
4) PEPTIDES ET PROTÉINES
5) ELECTROPHORÈSE ET CHROMATOGRAPHIE
6) MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONELLES
7) EXEMPLES DE PEPTIDES
8) EXEMPLES DE PROTÉINES
4. Peptides et protéines

enchaînement séquentiel et linéaire d’AA

en général peptide < 50 AA, < 10 000 Da

Complexité +++ : une chaîne polypeptidique

de 100 résidus d‘AA = 20100 = 1.27x10130 possibilités
(le nombre d'atomes dans l'univers est estimé à environ 1080)

Il existe dans les protéines natives (protéines dans leur

conformation fonctionnelle) quatre niveaux de structure.
4.1. Structure primaire des peptides et des protéines

Absorption
Liaison peptidique à 210 nm
4.1. Structure primaire

Pentapeptide: SGYAL
= Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu
= Seryl-glycyl-tyrosyl-alanyl-leucine

N-terminal

C-terminal

Mais:
Liaison peptidique est rompue W (tryptophane)
détruit
par hydrolyse acide N (asparagine)
D
(HCl 6N à 110°C / 24h) Q (glutamine)
E
Note: W pourra être dosé après une hydrolyse alcaline
4.1. Structure primaire
Cystéine

Agent réducteur
β-mercaptoéthanol
Cystéine
Intra-caténaire
Inter-caténaire N-
-C

N-
-C S-S
S
|
S
N-

-C
4.2.1. Structure secondaire: contraintes

Propriétés géométriques de la liaison peptidique

4.2.1. Structure secondaire: contraintes
1) résidus proline (liaison en cis)
2) encombrement stérique des groupement latéraux
3) les liaisons hydrogènes impliquant (N-H) (C=O)
4) les interactions électrostatiques AA chargés
4.2.1.
Structure II
exemples.

L’hélice α
4.2.2. Structure II: exemples.

Hélice de
polyproline

Hélice gauche et droite

4.2.2. Structure II: feuillet β plissé

Feuillet β parallèle Anti-parallèle

4.2.2. Structure secondaire: coude β

Coude β associé à un Feuillet β

anti-parallèle

2 1
-C

-N

3 4
4.2.3. Méthodes biophysiques d’étude
des structures secondaires

Dichroïsme
circulaire

et

spectrométrie
IR
4.3.1. Structure tertiaire: forces

Toutes les protéines possèdent une

structure tertiaire…

Liaison de Interaction Interaction

coordination hydrophobes électrostatique

hélice feuillet Pont S-S Liaison H

4.3.2. Méthodes biophysiques d’étude
des structures tertiaires

RMN ou « résonance magnétique nucléaire »

Cristallographie (diffraction des rayons X)

4.3.3. Le repliement des protéines

Chaîne d’AA

Etat final
Etats intermédiaires (plus basse énergie)
4.3.4. Structure tertiaire: dénaturation
Dépliée/ Tendence à
Repliée
dénaturée l’agrégation
Agent
dénaturant

Agents dénaturants
1. la chaleur 2. des pH extrêmes Partie hydrophile
3. des solvants miscibles (alcool, acétone) Partie hydrophobe
4. des agents chaotropiques (urée, guanidinium)
5. des détergents: anioniques (dodécylsulfate de Na: SDS), cationiques,
zwitterioniques, non ioniques (Triton).

Protéines dénaturées Protéines dénaturées

Protéines natives
Forme linéaire instable stabilisées
Repliement
physiologique

SDS
4.4. Structure quaternaire

Toutes les protéines ne possèdent

pas une structure quaternaire…

Structure
Primaire secondaire tertiaire et quaternaire
4.4. Structure quaternaire

Monomère et sous unité…

Ag
ent
réd
uct
eur
5.1. Electrophorèse 1D
5.1. Electrophorèse 1D
Electrophorèse

1 2 3 4 5

1 2 3 4 5 1 2 3 4 5 1 2 3 4 5
kDa kDa
100- 100-
80- 80-
60- 60-
40- 40-
20- 20-

Non dénaturant Dénaturant Dénaturant

+Réducteur
5.1. Electrophorèse bidimensionnelle 2D
Isoelectrophocalisation (IEF)

kDa 200-

100-
Gel d’électrophorèse
en condition dénaturante
50-
(SDS + agent réducteur)

20-
5.1. Electrophorèse bidimensionnelle 2D

Coloration des protéines au Bleu

de Coomassie ou au nitrate
d’argent
5.3. Protéomique
Le protéome représente l’ensemble des
protéines présentes dans un échantillon
(prélèvement biologique, cellule, tissu) à un
moment donné et dans des conditions
déterminées. Son étude est appelé
« protéomique »
5.5. Chromatographies

la charge électrique : dans la

chromatographie par échange d'ions
la taille, la forme : dans la chromatographie
d'exclusion
 la polarité : dans la chromatographie en
hydrophobe
 la présence de groupements d'atomes
formant des sites particuliers : dans la
chromatographie d'affinité
 Groupements sulphonique ou
carboxyliques

Groupements diéthyl-amino-éthyl
ou DEAE
5.5.1. Chromatographies ioniques
5.5.2. Chromatographies gel filtration
5.5.3. Chromatographies HPLC/hydrophogbe

High Performance Liquid Chromatography (HPLC)

5.5.4. Chromatographies d’affinité

En particulier, immuno-purification/capture
6.1. Acétylation

Réalisée par des acétyltransférases,

réversible par action des déacétylases

L'acétylation de plusieurs lysines des histones qui modifie leur

association à l’ADN chargé (-) est impliquée dans la régulation de
l'expression des gènes
6.2. Hydroxylation

Cette modification consiste à ajouter un

groupement hydroxyl (-OH) à une protéine.

On retrouve plusieurs type de résidus

hydroxylés. En particulier l'hydroxylation de la
lysine et de la proline
6.3. Phosphorylation

Sérine
Ser S

Thréonine
Thr T

Tyrosine
Tyr Y
6.4. Glycosylation

N-glycannes
(Asparagine) O-glycannes
(Sérine ou Thréonine)
Séquences consensus
N-X-T et N-X-S

Une holoprotéine est une protéine constitué uniquement d'acides aminés

(polypeptide) par opposition à une héteroprotéine qui comprend une partie
protéique appelée apoprotéine et d'une partie non protéique appelée
groupement prosthétique.

6.5. Ancres lipidiques

Myristoylation (AG C14, Gly N-ter)

Palmitoylation (AG C16, Cys non terminale)

Ancrage GPI Glycosyl-

phosphatidylinositol
6.6. Clivages
Hydrolyse spécifique des liaisons peptidiques
rôle dans la maturation protéolytique des
peptides et des protéines

N- -C

Aminopeptidase Carboxypeptidase
Endopeptidases

La Trypsine clive après les AA basique Lys (K) et Arg (R)

(l'AA suivant ne doit pas être une Proline)
La Chymotrypsine clive après les AA aromatiques (Phe, Tyr & Trp) (F, Y, W)
(l'AA suivant ne doit pas être une Proline)
Le Bromure de Cyanogène (CNBr) coupe après les AAs Méthionine
7.1. Aspartame

7.2. Gluthation

Le glutathion ou γ glutamyl-cystéyl-glycine (GSH)

α β γ
HOOC-CH-CH2-CH2-CO-NH-CH-CO-NH-CH2-COOH
 
NH2 CH2-SH
Glu (E) Cys (C) Gly (G)
7.3. L'ocytocine et la vasopressine

Ocytocine CYIQNCPLG
Vasopressine CYFQNCPRG

7.4. Insuline
7.4. Insuline: alignement de séquence
8.1. Collagène

Structure primaire
composée principalement
de glycine (1AA/3)

G X Y - G X Y - G X Y ...

X et Y: Proline (1AA/8) et
de l’hydroxyproline
(3- 4-Hyp) (1AA/10).

hélice gauche

s'organise dans une

structure quaternaire en
une super-hélice de pas
droit
8.1. Collagène

Maladie d’ Ehlers Danlos

Scorbut vitamine C
+
+
H2N hydroxylation

O=C
-
O

proline
8.2. Immunoglobuline G
- 2 chaînes légères (L) de types soit kappa soit
lamda avec une partie variable (VL) responsable
de la spécificité de reconnaissance antigénique
de la molécule. La partie restante étant
constante (CL).
- 2 chaînes lourdes (H) d'un seul type gamma,
avec également une partie variable
8.3. Hémoglobine A
8.3. Hémoglobine A
Anémie falciforme
Maladie génétique caractérisée par une hémoglobine
anormale niveau chaîne ß où 6e AA : Glu
Val
8.4. Le précurseur de la protéine amyloïde

Maladie
d’Alzheimer
Démence dont la
prévalence
augmente avec
l’âge.
8.5. La protéine prion (PrP)

Maladie de Creutzfeldt-Jakob
Démence liée au changement de
conformation de la protéine prion.

Sites de
liaison au n i té
fi
Cuivre af Pont disulfure
S S
Ancre GPI
N-glycannes

1 23 51 90 96 180 183 199 215 231 253

B A B A A
Octapeptides 111/112
signal signal

Sites de clivage