Открыть Электронные книги
Категории
Открыть Аудиокниги
Категории
Открыть Журналы
Категории
Открыть Документы
Категории
0
Программное обеспечение для управления фотометрами
для микропланшет производства Био-Рад
Руководство пользователя
REF RU_ZEMF
1
Содержание:
1. Первая загрузка программы «Земфира» ............................................................................................... 3
2. Стартовое окно ........................................................................................................................................ 4
2.1. Закладка «Протоколы» .................................................................................................................... 5
2.2. Закладка «Отчеты»........................................................................................................................... 6
2. 3. Закладка «Планшеты» .................................................................................................................... 7
2.4. Панель «Настройки»........................................................................................................................ 8
2.5. Панель «Операторы» ..................................................................................................................... 10
2.6. Панель «ЛИС». Закладка «Входящие» ........................................................................................ 12
2.7. Панель «ЛИС». Закладка «Настройки» ............................. Ошибка! Закладка не определена.
3. Редактор протоколов ............................................................................................................................ 13
3.1. Главная панель редактора протоколов ........................................................................................ 14
3.2. Панель «Валидация и Элиминация» редактора протоколов. .................................................... 16
3.2.1 Окно «Валидация» ................................................................................................................... 16
3.2.2 Окно «Элиминация» ................................................................................................................ 17
3.3 Панель «Качественный тест» редактора протоколов.................................................................. 18
3.3.1 Закладка «Качественный»....................................................................................................... 18
3.3.2 Закладка «Полуколичественный» .............................................................................................. 20
3.3.3 Закладка «Подтверждающий» ................................................................................................ 21
3.3.4 Закладка «Спектр» ................................................................................................................... 21
3.4 Панель «Количественный тест» редактора протоколов.............................................................. 22
3.5 Панель «ЛИС» редактора протоколов .......................................................................................... 24
4 Форма «Отчет» ....................................................................................................................................... 25
5 Создание планшета ................................................................................................................................ 29
6 Заполнение и загрузка планшета перед выполнением теста ............................................................. 31
2
1. Первая загрузка программы «Земфира»
При первой загрузке предлагается выбор языка, на котором будет вестись работа. Список
языков в стандартной поставке включает в себя английский и русский. Также пользователь может
добавить к списку любой другой язык. Во время работы также можно поменять язык в настройках.
4
По пятой кнопке «Редактор Протоколов» вызывается редактор протоколов с
возможностью создания нового протокола или редактирования старого (см. раздел 2.7).
Содержание закладки:
- список протоколов (Рис. 5), находящихся по прописанному в Настройках пути (слева вверху на
рис. 4);
- кнопка “Создать”, по которой вызывается Редактор Протоколов;
- кнопка “Редактировать”, по которой вызывается Редактор Протоколов с выбранным в списке
протоколом;
- кнопка “Удалить”, по которой удаляется выбранный в списке протокол;
- кнопка “Запустить”, по которой начинается обработка выбранного протокола;
- окно информации о фотометре (Рис. 6), его готовности к считыванию и наборе фильтров (справа
вверху на рис. 4);
5
Рис. 7. Информация о выбранном протоколе.
6
Рис. 9. Окно закладки «Отчеты».
2. 3. Закладка «Планшеты»
Содержание закладки:
- список планшетов, находящихся по прописанному в Настройках пути (слева вверху на рис. 10);
- кнопка “Печать” (Рис. 11), позволяющая распечатать выбранный в списке планшет;
- кнопка “Удалить планшет” (Рис. 11), по которой удаляется выбранный в списке планшет;
- кнопка “Создать планшет” (Рис. 11), по которой можно создать планшет к имеющемуся
протоколу. После создания планшет помещается в директорию, прописанную в Настройках.
Панель содержит:
- текстовые поля «Наименование организации» и «Наименование лаборатории» (Рис. 14).
Информация в них запоминается при выходе из программы.
8
- флажки «Спрашивать идентификатор планшета» и «Спрашивать серию планшета и срок
годности» (Рис. 15). Если какая-то из позиций выбрана (например, идентификатор планшета), то
при запуске обработки выбранного протокола программа будет спрашивать идентификатор
планшета и затем выводить его в отчете.
- выпадающий список «Шрифт» (Рис. 16). Можно выбрать размер шрифта от 8 до 12. При
следующем запуске выбор сохранится.
10
Панель содержит:
- выпадающий список «Выберите оператора», текстовое поле «Введите пароль» и кнопку «ОК».
Именно так осуществляется переключение между операторами. Если пароль соответствует имени
оператора, то по нажатию кнопки «ОК», слева вверху появляется его имя. Соответственно во всех
последующих отчетах также указывается его имя. В случае неправильного введения пароля и/или
уровня доступа «Лаборант» невозможно будет изменить ни один протокол, удалить отчет или
планшет. Также оператор лишается возможности редактировать и создавать новых пользователей.
11
2.6. Панель «ЛИС»
Закладка содержит:
- список заданий, в котором высвечивается имя протокола, соответствующее данному заданию, и
имя планшета, для которого нужно выполнить задание (Рис. 25);
- кнопка «Выполнить» (Рис. 25), по которой запускается обработка выбранного задания.
- кнопка «Удалить» (Рис. 25), по которой можно удалить файл выбранного задания.
- кнопка «Печать списка» (Рис. 25), по которой распечатывается список соответствия имени
протокола и уникального guid-номера для этого протокола.
3. Редактор протоколов
Кнопка «ЛИС» – информация для ЛИС. Внешнее имя, что включать в отчет для
ЛИС, и т. д..
Кнопка «Выход» – закрытие редактора. Если протокол перед этим не был сохранен,
то программа спросит, нужно ли его сохранять.
13
Кнопка «Сохранить» – Запись файла протокола на жесткий диск.
Внизу карты планшета расположен ряд темно-зеленых кнопок. При выборе одной из
кнопок (кроме «Del» и стрелки) можно виртуально «раскапать» контроли, образцы, стандарты и
бланки, «внося» выбранный тип в «лунки» карты планшета. При обработке протокола программа
будет руководствоваться данной картой.
Краткое описание кнопок (см. рис. 29):
Контроль. Реплики.
Стандарт. Реплики.
14
При выборе данной кнопки и нажатии на одну из «лунок» сотрется значение, находящееся
в этой «лунке». «Лунка» станет пустой.
- для контролей и стандартов можно задать количество реплик, с помощью стрелок вверх-вниз
под надписью «Реплика:» (справа от карты планшета на рис. 29).
- для образцов, кроме реплик, можно задать размерность, с помощью выпадающего списка
«Размерность:» (ниже задания реплик на рис. 29). Внимание! При вводе образцов с
размерностями ввод стандартов запрещен, и наоборот.
- флажок «Титры». При выборе «Т», если еще не введены никакие образцы, у пользователя есть
возможность задать титрование. Для этого нужно пометить флажок «Титры» и нажать на кнопку
рядом «Редактировать» (Рис. 30).
В появившейся форме (Рис. 31) в текстовом поле под надписью «Введите титр:»
напечатайте желаемый титр (например 1/100) и нажмите кнопку «Ввести». Титр окажется в
нижележащем списке. Операцию следует повторять, пока в списке не окажется желаемое
количество титров. Титры из списка можно Редактировать и Удалять с помощью
соответствующих кнопок.
При нажатии на «Отмена» никакая информация не сохранится, и пользователь опять
окажется в редакторе протоколов.
При нажатии на «ОК» список титров появится в выпадающем списке «Размерность» в
редакторе протоколов. Нужно выбрать последний титр, до которого будет производиться
разведение нанести на карту планшета титры в порядке их занесения в список. (Это делается
автоматически).
Внимание! При использовании титров невозможен выбор стандартов, и наоборот!
Под флажком «Титры» находится флажок «Конкурентный ИФА». Он помечается, когда
оптическая плотность титров возрастает с разведением.
15
3.2. Панель «Валидация и Элиминация» редактора протоколов.
17
3.3 Панель «Качественный тест» редактора протоколов
18
Рис. 38. Уровень среза.
В текстовое поле «Уровень среза» (рис. 38) заносится формула для уровня среза (“Cut-off”)
теста, по сравнению с которым образцам будет присваиваться один из результатов: POS
(позитивный), NEG (негативный), ??? (подозрительный). Нажимается кнопка «Ввести» и, если
уровень среза определен корректно, то он заносится в нижележащий список. Оттуда его можно
стереть кнопкой «Удалить». Если формула для уровня среза написана неправильно, то появляется
сообщение об ошибке. Правила написания аналогичны правилам написания валидации и
элиминации. Если пользователь хочет, чтобы в зависимости от выполнения того или иного
условия выбирался тот или иной уровень среза, то к каждому уровню среза справа в текстовом
поле «Условие» пишется соответствующее условие, при выполнении которого в расчетах
используется данный уровень среза. Внимание! Условия должны быть взаимоисключающими!
При выборе «Реверс» (рис. 37), оптической плотности, большей уровня среза,
присваивается результат NEG, а меньшей, наоборот, POS.
При выборе «Расчет по концентрациям» (и при наличии стандартов с заданной
концентрацией), после присвоения концентрации образцам и контролям, уровень среза может
быть рассчитан по концентрациям. И, соответственно, с уровнем среза сравнивается концентрация
образца, а не его оптическая плотность. Внимание! Если по причине немонотонности
стандартов не были рассчитаны концентрации контролей и образцов, то уровень среза по
концентрациям не может быть высчитан, и качественный тест проведен не будет.
Серая зона задается в процентах от уровня среза в окошках над “-“ ниже и над “+” выше
уровня среза соответственно (рис. 37). Если не задать ни одно из значений, тогда образцам будут
присваиваться только результаты POS и NEG.
Таблица результатов для качественного теста (рис 39) позволяет выбрать, как будут
отображаться в отчете результаты качественного теста, цвет и стиль шрифта.
19
3.3.2 Закладка «Полуколичественный»
21
сообщение об ошибке, и протокол не будет записан на жесткий диск, пока не будут исправлены
все ошибки.
22
Как только на карте планшета появляются стандарты, им можно присвоить концентрацию
(рис. 46). Слева от текстового поля «Введите концентрацию стандартов» появляется название
стандарта, для которого будет присваиваться концентрация. После введения числа в текстовое
поле, следует нажать кнопку «Ввести» и значение концентрации вместе с названием данного
стандарта появятся в таблице (нижняя часть экрана рис. 46). Внесенное значение можно
«Редактировать» и «Удалять» с помощью соответствующих кнопок, выделив название
стандарта в левой колонке.
Выбор Алгоритма (верхний правый угол рис. 45) влияет на аппроксимацию
экспериментально полученных точек. В программу встроено 3 способа аппроксимации: кусочно-
линейная, линейная и сплайн.
В программу также встроена возможность выбора, что будет изображено на осях графика
зависимости оптической плотности от концентрации. Можно выбрать саму величину, десятичный
логарифм величины. Также для оптической плотности можно выбрать «logit», и на оси ОП
отразится оптическая плотность, отнесенная к указанному в исключениях стандарту.
Флажок «Экстраполяция» позволяет определить концентрацию для тех лунок, которые
выходят за пределы определенного стандартами диапазона.
Если пометить флажок «Использовать сохраненную кривую», то рядом появится кнопка
.
Рис. 47. Кнопка редактирования второго планшета.
По щелчку данной кнопки возникает форма «Второй планшет» (рис. 48), которая является
картой планшета с урезанными возможностями. По сути она аналогична карте планшета,
расположенной на главной закладке, но без ввода стандартов и многомерных образцов. После
заполнения второго планшета следует нажать кнопку «ОК». Если нажать кнопку «Отмена», то
информация не сохранится.
23
3.5 Панель «ЛИС» редактора протоколов
Для информации, предназначенной ЛИС, нужно указать «Внешнее имя» (рис. 49), которое
будет совпадать с именем, указанном в задании ЛИС для данного протокола. Если не указать
внешнее имя, то при записи любая информация на данной закладке не сохранится. Затем следует
выбрать, что будет отправлено в отчет для ЛИС. В левом списке находятся доступные поля, а
справа – те, которые будут отправлены, причем в отчете они будут прописаны в порядке сверху
вниз. Кнопками вправо, влево пользователь выбирает те поля, которые нужно отправить.
Кнопками вверх, вниз можно изменить порядок прописывания данных в отчете. Пример выбора
информации для отправления в ЛИС представлен на рис. 50.
24
4 Форма «Отчет»
26
графика, если это предусмотрено и выполнено условие монотонности (рис. 56);
27
таблицы (рис. 58), в которой в зависимости от типа теста могут быть разные графы, но
обязательно присутствуют адреса лунок, условное обозначение образца и его оптическая
плотность.
28
5 Создание планшета
29
Рис. 61. Идентификаторы образцов.
Имя планшета (рис.61) будет добавляться к имени протокола при сохранении, создавая
таким образом уникальное название планшета.
На «карте планшета» серым цветом обозначены лунки, условные обозначения которых
менять нельзя (контроли, стандарты, пустые). Для образцов же можно указывать любые условные
обозначения. Если одной из лунок образца присвоено какое-либо условное обозначение, то
остальные лунки образца автоматически переименовываются.
При выделении какой либо клетки, вписывании туда целого числа и нажатии на кнопку «+»
(рядом с картой планшета на рис. 61), все лунки данного образца становятся помеченными этим
числом, а лунки следующего образца этим числом, увеличенным на единицу (рис. 62).
При нажатии на кнопку «Сохранить» (рис. 61), появляется стандартное диалоговое окно, и
пользователь сохраняет планшет в папку, прописанную в «Земфире» в настройках. Кнопка
«Печать» распечатывает карту планшета на принтере, установленному умолчанию. Кнопка
«Отмена» - выход без сохранения.
30
6 Заполнение и загрузка планшета перед выполнением теста
Если в «Земфире» в настройках идентификаторы образцов установлены на «Спрашивать
или загружать», то при каждом выполнении обработки протокола, программа будет спрашивать
идентификаторы образцов. Производится это с помощью того же редактора планшетов, по тем же
правилам. Только существует возможность загрузить планшет, чтобы не заполнять его вручную, с
помощью кнопки «Загрузить» (рис. 63).
По нажатию кнопки «ОК», планшет используется при дальнейшей обработке теста, при
нажатии «Отмена» обработка протокола не продолжается.
31