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Université Paris 5 - Descartes Université Paris 7- Diderot
UFR Biomédicale UFR Sciences du Vivant
45, Rue des Saints Pères Bâtiment Lamarck - RdC haut Case 7044
75270 Paris Cedex 06 35, rue Hélène Brion,
Tel : 01 42 86 43 08 75 205 PARIS Cedex 13
marie-line.beauvisage@parisdescartes.fr Tél 01 57 27 82 44
pascale.perez@univ-paris-diderot.fr
1
Responsables de la MENTION Pr Xavier COUMOUL
(Université Paris Descartes)
Tel : (33) 01 42 86 33 59
xavier.coumoul@parisdescartes.fr
Pr Jean-Marie DUPRET
(Université Paris Diderot)
Tel : (33) 01 57 27 83 30
jean-marie.dupret@univ-paris-diderot.fr
Responsables du MASTER 1: Pr Xavier COUMOUL
(Université Paris Descartes)
Tel : (33) 01 42 86 33 59
xavier.coumoul@parisdescartes.fr
Dr Karine ANDRÉAU
(Université Paris Diderot)
Tel : (33) 01 42 86 33 60
karine.andreau@univ-paris-diderot.fr
Pr Bruno MEGARBANE
(Université Paris Diderot)
Tel : (33) 01 49 95 61 54
bruno.megarbane@lrb.aphp.fr
Responsables du MASTER 2: Pr Armelle BAEZA
Spécialités : Toxicologie- (Université Paris Diderot)
Environnement-Santé (TES) Tel : (33) 01 57 27 83 35
baeza@univ-paris-diderot.fr
Finalité : Professionnelle et
Pr Robert BAROUKI
Recherche (Université Paris Descartes)
Etablissement porteur : Tel : (33) 01 42 86 20 75
Université Paris Diderot robert.barouki@parisdescartes.fr
Responsables du MASTER 2: Pr Olivier LAPRÉVOTE
Spécialités : Toxicologie (Université Paris Descartes)
Humaine, Evaluation des Tel : (33) 01 53 73 98 61
Risques,Vigilances (THERV) olivier.laprevote@parisdescartes.fr
Pr Frédéric BAUD
Finalité : Professionnelle et (Université Paris Diderot)
Recherche Tel : (33) 01 49 95 64 91
Etablissement porteur : secretariat.rea-med-tox@lrb.aphp.fr
Université Paris Descartes
2
Présentation générale de la Mention Toxicologie
La formation en première année (Master 1 Toxicologie et Ecotoxicologie co-habilité entre les
Universités de Paris Descartes et Paris Diderot) permet l’acquisition du socle de compétences
indispensables pour intégrer l’une des 2 spécialités ayant chacune un parcours Recherche et
Professionnel:
r Toxicologie-Environnement-Santé (TES) 1
Etablissement porteur : Université Paris Diderot
r Toxicologie Humaine, Evaluation des Risques, Vigilances (THERV)2
Etablissement porteur : Université Paris Descartes
La formation offre un enseignement mutualisé, complet et visible dans le domaine de la toxicologie.
L’accent est mis sur différents domaines de la toxicologie :
r Toxicologie environnementale (étude des expositions humaines aux polluants
environnementaux atmosphériques, aquatiques, alimentaires ou professionnels ;
compréhension de leurs mécanismes d’action, identification des impacts sanitaires,
épidémiologie environnementale, toxicologie prédictive et gestion des risques en santé
environnementale)
r Toxicologie du médicament (étude du métabolisme et des mécanismes d’action toxique des
médicaments, modèles de toxicologie expérimentale, toxicologie clinique et analytique,
toxicologie réglementaire appliquée au médicament, évaluation des risques)
Grâce à ces formations pluridisciplinaires, le diplômé disposera de solides connaissances scientifiques
sur les mécanismes cellulaires et moléculaires d'action des toxiques et leurs conséquences
physiopathologiques, sur les modalités d'exposition selon les environnements considérés (général et
professionnel) et de bonnes bases en épidémiologie et évaluation de risques.
A l’issue de son cursus, le diplômé aura acquis de nombreuses compétences lui permettant de :
r Concevoir et mettre en œuvre des projets de recherche et développement dans le cadre de
l’évaluation des risques des produits chimiques (TES), de l’évaluation du risque toxique et de la
vigilance, principalement liés au médicament (THERV)
r Analyser des résultats scientifiques et participer aux choix stratégiques qui en découlent.
r Réaliser des analyses critiques de la littérature scientifique et des synthèses bibliographiques
r Diffuser les résultats d’une recherche et les débattre.
r Mettre au point de nouvelles techniques en toxicologie expérimentale ainsi qu’en toxicologie
analytique
r Comprendre de façon globale les préoccupations actuelles en matière de toxicologie et de
sécurité (sécurité des médicaments, qualité de l’air et de l’eau, des denrées alimentaires, des
environnements professionnels), afin de répondre aux défis liés à la santé de l’homme, dans le
respect de son environnement
1 Co-habilitée avec les Université Paris Descartes, Paris Est Créteil et AgroParisTech
2
Co-habilitée avec les Université Paris Diderot et Paris Sud
3
A l’issu de la formation, le diplômé aura accès à diffrents types d’emplois comme :
• Ingénieur d’études, ingénieur de recherche, ingénieur chargé d’études en agences et instituts publics,
toxicologie, ingénieur sécurité, chef de projet recherche & développement, chef de projet études,
évaluateur matières premières, chargé d’affaires réglementaires, expert en toxicologie
• Après un doctorat, chercheur (recherche fondamentale ou recherche appliquée), enseignant-chercheur
• Après des études médicales, enseignement complémentaire à la médecine du travail, enseignant-
chercheur/praticien hospitalier
Les secteurs d’activités concernés sont :
- Laboratoires publics ou privés de recherche et développement, recherche clinique
- agences de sécurité sanitaire (ANSES, ANSM)
- associations, administrations chargées de la santé ou de l’environnement
- Bureaux d’études, cabinets d’expertise
- services sécurité et santé au travail.
- Secteur pharmaceutique
- Secteur cosmétique
- Secteur agroalimentaire
- Secteur des biotechnologies
- Secteur de l'environnement
- Secteur de l’énergie
- Communication scientifique
4
Présentation générale du Master 1 Toxicologie et Ecotoxicologie
La première année (Master 1 Semestre 1) aborde les bases de cette discipline (introduction à la
toxicologie et à la pharmacologie, introduction à la toxicologie analytique, métabolisme,
pharmacogénétique) mais aussi un certain nombre de concepts fondamentaux nécessaires à la
compréhension des mécanismes de toxicité associés à des expositions environnementales ou
médicamenteuses. Ainsi, au cours du 1er semestre, sont par exemple introduites, dans le contexte de
la toxicologie, les voies de signalisation cellulaires régulées par les xénobiotiques ou les
manifestations physiopathologiques (toxicité d’organes).
L’enseignement se spécialise au Master 1 Semestre 2 en mettant l’accent sur les approches
méthodologiques et permet une orientation vers les spécialités de 2ème année (Master 2 THERV, ou
TES) avec pour finalité soit une insertion dans le milieu professionnel soit une formation à la
recherche. Le stage de recherche est obligatoire.
Semestre 1 (30 ECTS) 9 UE obligatoires dont :
r 8 UE de 3 ECTS
r 1 UE de 6 ECTS
Semestre 2 (30 crédits) 1 stage obligatoire (2 mois) de 15 ECTS
5 UE optionnelles au choix de 3 ECTS
3
UE mutualisée avec le M1 Pharmacologie
4
UE mutualisée avec le M1 BCPP
6
5
CM : cours magistral
7
UE 1.4 Initiation à la physiopathologie
Responsables pédagogiques B. Megarbane (Université Paris Diderot)
Tel : 01 49 95 61 54
! bruno.megarbane@lrb.ap-hop-paris.fr
F. Baud (Université Paris Diderot)
Tel : 01 49 95 64 91
! frederic.baud@lrb.aphp.fr
Contenu de l’UE Mécanismes de toxicité ; récepteur/réactivité chimique/stress
oxydant ; toxiques fonctionnels/lésionnels ; relation effet/dose,
effet/concentration ; toxicité d’organe ; exposition aigue/répétée ;
mécanismes inflammatoires ; interactions toxiques ; dualité
pharmacocinétique/pharmacodynamique ; induction/inhibition
enzymatique ; maladie chronique induite par une exposition
unique ; apport de l’analyse toxicologique
UE 1.5 Signalisation cellulaire
Responsables pédagogiques K. Andréau (Université Paris Diderot)
Tel : 01 42 86 33 60
! karine.andreau@univ-paris-diderot.fr
Contenu de l’UE Histoire d’un gène et Méthodes d'étude de la régulation de l'expression
45 h CM + 15 h TD des gènes ; Mécanismes de réparation de l’ADN ; Régulation de la
chromatine ; Modifications épigénétiques ; Récepteurs nucléaires et
modulation pharmacologique ; Régulations transcriptionnelle et post-
transcriptionnelle ; Régulation traductionnelle et post-traductionnelle ; le
signal AMPc ; Le signal insuline et homéostaise glucidique ; Signalisation
des différents types de mort cellulaire ; Mutagenèse, Transgenèse et
recombinaison homologue ; Transfert des gènes par méthodes virales et
non virales ; Méthodes d’analyse des interactions protéine/ADN ; RT-PCR
temps réel
Compétences visées: connaitre les voies de signalisations impactées
par les xénobiotiques, acquérir une capacité d’analyse, savoir
approcher une question de manière systémique et rigoureuse
UE 1.6 Initiation à la toxicologie analytique
Responsables pédagogiques J. Dairou (Université Paris Diderot)
Tel : 01 57 27 83 36
! julien.dairou@univ-paris-diderot.fr
O. Laprévote (Université Paris Descartes)
Tel : 01 53 73 98 57
! olivier.laprevote@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Matrices biologiques et environnementales; Principes des principales
24h CM + 6h TD méthodes d’extraction de l’échantillon ; Méthodes séparatives
(chromatographies) appropriées à la Toxicologie analytique ; Méthodes
Enzymatiques, immunochimiques, spectroscopiques et spectrométriques;
Stratégies analytiques en toxicologie humaine et environnementale ;
Introduction à la métabolomique : xénométabolome et
toxicométabolomique.
8
UE 1.7 Biostatistiques
Responsables pédagogiques E. Curis (Université Paris Descartes)
Tel : 01 53 73 98 37
! emmanuel.curis@parisdescartes.fr
Ch. Guihenneuc-Jouyaux (Université Paris Descartes)
Tel : 01 53 73 98 47
! chantal.guihenneuc-jouyaux@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Statistiques descriptives, tests statistiques (khi-deux, Student, analyse de
30 h CM variance, corrélation, régression linéaire), initiation au logiciel R.
UE 1.8 Métabolisme et Transport des xénobiotiques
Responsables pédagogiques X. Declèves (Université Paris Descartes)
Tel : 01 53 73 99 91
! xavier.decleves@parisdescartes.fr
M-A. Loriot-Landau (Université Paris Descartes)
Tel : 01 56 09 38 82
! marie-anne.loriot@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Les principales EMX ; Les principaux transporteurs des xénobiotiques ;
24h CM + 6h TD Variations génétiques et environnementales du métabolisme et transport
des xénobiotiques; Modèles in vitro et in vivo d’exploration du métabolisme
et du transport des xénobiotiques, Modèles physiologiques
d’extrapolation in vitro- in vivo en transport et métabolisme; Implications
des variations du métabolisme et du transport ; clinique (pharmaco-
toxico-cinétique et pharmacodynamie), développement des médicaments)
UE 1.9 Anglais
Responsables pédagogiques S. Michelon (Université Paris Descartes)
Tel :
! sabine.michelon@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Maîtrise de l’anglais requise pour l’obtention du Master. Répartition en
groupes de niveaux. Pour les étudiants n’ayant jamais suivi d’anglais, un
enseignement « grands commençants » sera proposé.
9
SEMESTRE 2
ECUE Imagerie et dynamique Ph. Girard (Université Paris Diderot)
cellulaire et moléculaire /TP
6
UE mutualisée avec le M1 BCPP
7
UE mutualisée avec le M1 Pharmacologie
8
UE mutualisée avec le M1 « In Silico Drug Design » (Paris Diderot)
10
SEMESTRE 2 PROGRAMME DETAILLE DES DIFFERENTES UE
UE 2.1 Stage
Responsables pédagogiques K. Andréau (Université Paris Diderot)
Tel : 01 42 86 33 60
! karine.andreau@univ-paris-diderot.fr
X. Coumoul (Université Paris Descartes)
Tel : 01 42 86 33 .59
! xavier.coumoul@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE 2 mois dans un laboratoire de recherche avec mémoire écrit et
150 h soutenance orale. Période d'expérimentation en laboratoire: avril-
juin, dépôt et soutenance du mémoire : fin juin
UE 2.2 Stress cellulaires
Responsables pédagogiques J. Dairou (Université Paris Diderot)
Tel : 01 57 27 83 36
! julien.dairou@univ-paris-diderot.fr
E. Blanc (Université Paris Descartes)
Tel : 01 42 86 33 60
! etienne.blanc@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Réactivité de l’oxygène et des espèces oxydantes ; Modification
30 h CM covalente et inactivation fonctionnelle ; Stress oxydant / Hypoxie ;
Stress du réticulum endoplasmique, stress conformationnel ;
Stress mécanique ; Stress cellulaires et alcool
UE 2.3 Xénobiotiques Environnementaux et Stress (XES)
Responsables pédagogiques A. Baeza-Squiban (Université Paris Diderot)
Tel : 01 57 27 83 35
! baeza@univ-paris-diderot.fr
K. Andréau (Université Paris Diderot)
Tel : 01 42 86 33 60
! karine.andreau@univ-paris-diderot.fr
Contenu de l’UE Grandes familles de polluants et leurs voies de pénétration dans
24h CM + 6h TD l'organisme ; Xénobiotiques et impacts environnementaux,
écotoxicologie ; Xénobiotiques et morts cellulaires; Relations
Structure –Toxicité ; Xénobiotiques et reproduction ; Xénobiotiques
et vieillissement ; Xénobiotiques et génotoxicité ; Apprentissage de
l'analyse d'article et Expertise d'article
UE 2.4 Biologie structurale et xénobiotiques
Responsables pédagogiques P. Nioche (Université Paris Descartes)
Tel : 01 42 86 22 20
! pierre.nioche@parisdescartes.fr
L. Ponchon (Université Paris Descartes)
Tel : 01 53 73 15 72
! luc.ponchon@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Initiation et compréhension des deux techniques de biologie
30 h CM structurale existantes : la résonnance magnétique nucléaire (RMN)
et la cristallographie des rayons X (RX). En RMN, notions de spin et
de couplage, traitement du signal, acquisition des données à 1, 2 et
3D, modélisation et exemples pratiques. En RX, notions de
cristallisation de protéines, acquisition et traitement des données.
11
UE 2.5 Approches moléculaires globales en pharmacologie et
toxicologie
Responsables pédagogiques O. Laprévote (Université Paris Descartes)
Tel : 01 53 73 98 57
! olivier.laprevote@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Approches globales ou « omiques », telles que la transcriptomique et
30 h CM la protéomique, exemples de travaux de recherche en phamacologie
et/ou en toxicologie. Visite de plateforme d’analyse
transcriptomique.
Liste des enseignements de l'UE2.5:
1) Introduction générale sur les « omiques », applications en
pharmacologie et toxicologie.Pr Olivier Laprévote,
2) PCR quantitative en temps réel : principes, applications,
exploitation pratique des résultats. Dr Céline Tomkiewicz,
3) Principes et applications de la génomique et de la transcriptomique :
visite de la plateforme Affymetrix de l’Institut Cochin. Dr Frank Letourneur
4) Principes d’analyse statistique des données des omiques. Pr Douglas Rutledje
5) Applications fondamentales et cliniques des « tissue arrays » Pr Diane Damotte
6) Métabolomique et cancer Dr Sylvie Bortoli
7) Métabolomique et maladies métaboliques Dr Chris Ottolenghi
8) Lipidomique, Protéomique et applications en pharmacologie et
toxicologie Pr Olivier Laprévote,
9) Biologie des systèmes, informations à venir.
10) Analyse phylogénétique d’une famille de protéines, les cytochromes
P450. Dr Pierre Nioche
UE 2.6 Biostatistiques, épidémiologie
Responsables pédagogiques E. Curis (Université Paris Descartes)
Tel : 01 53 73 98 37
! emmanuel.curis@parisdescartes.fr
D. Hirt (Université Paris Descartes)
Tel : 01 53 73 98 43
! deborah.hirt@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Cette UE a pour objectif de fournir aux étudiants un socle d'outils
statistiques communs à toutes les orientations du Master. Ces outils
se répartissent en deux grandes catégories : décrire et représenter
les résultats d'une étude (statistiques descriptives) et établir le lien
entre ces résultats dans le cas de deux grandeurs étudiées (khi-
deux, Student, analyse de variance, corrélation, régression linéaire).
Les enseignements s'accompagnent d'une initiation au logiciel R.
UE 2.7 Outils Bioinformatiques
Responsables pédagogiques D. Flatters (Université Paris Diderot)
Tel : 01 57 27 83 93
! delphine.flatters@univ-paris-diderot.fr
G. Moroy (Paris Diderot)
Tel : 01 57 27 83 85
! gautier.moroy@univ-paris-diderot.fr
O. Taboureau (Paris Diderot)
! olivier.taboureau@paris7.jussieu.fr
Contenu de l’UE Analyse de séquences, bases de données en biologie, initiation à la
modélisation de structures de macromolécules, modélisation
métabolique, utilisation de R
12
UE 2.8 Méthode en toxicologie prédictive
Responsables pédagogiques X. Coumoul (Université Paris Descartes)
Tel : 01 42 86 33 .59
! xavier.coumoul@parisdescartes.fr
Contenu de l’UE Nouvelles dispositions réglementaires et juridiques (REACH).
20h CM + 10h TD Modèles animaux (modèles classiques, souris transgéniques).
Modèles cellulaires (lignées cellulaires, puces à cellules….).
Modélisation et toxicologie in silico
UE 2.9 Apport de l’histologie et de l’anatomie pathologique en
toxicologie
Responsables pédagogiques Pierre-Alexandre Just (Université Paris Descartes)
! pierre-alexandre.just@aphp.fr
Contenu de l’UE Processus pathologique : pathologie circulatoire, modèles
30 h CM expérimentaux, angiogenèse, fibrose, inflammation et réaction
immunitaire tissulaires, tumeurs, modèles murins. Techniques
morphologiques (IHC, HIS, microscopie électronique..).
Démonstrations pratiques.
UE 2.10 Approches méthodologiques en toxicologie analytique et
cellulaire
16 étudiants maximum
Responsables pédagogiques A. Baeza-Squiban (Université Paris Diderot)
21h CM + 9h TD Tel : 01 57 27 83 35
! baeza@univ-paris-diderot.fr
K. Andréau (Université Paris Diderot)
Tel : 01 57 27 83 66
! karine.andreau@univ-paris-diderot.fr
J. Dairou (Université Paris Diderot)
Tel : 01 57 27 83 36
! julien.dairou@univ-paris-diderot.fr
Contenu de l’UE TP Toxicologie Cellulaire (7h) Objectif: évaluer la toxicité cellulaire
du peroxyde d'hydrogène
Travaux Pratiques (14h): Extraction de pesticides et analyses par
HPLC et GC
UE 2.11 Imagerie et dynamique cellulaire et moléculaire
Responsables pédagogiques Ph. Girard (Université Paris Diderot)
Tel : 01 57 27 80 42
! girard.philippe@ijm.univ-paris-diderot.fr
V. Gruber
Tel : 01 69 82 36 28
! veronique.gruber@univ-paris-diderot.fr
Contenu de l’UE Présentation des techniques d’imagerie photonique et des méthodes
20 h CM + 10h TP d’analyse de processus biologiques dynamiques en s’appuyant sur
des exemples pratiques de biologie cellulaire
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MODALITES DE CONTROLE DES CONNAISSANCES GENERALES ET SPECIFIQUES
r Relatives aux MCC générales et spécifiques : Aux secrétariats des UFR de Paris Diderot et
Paris Descartes, sur Moodle, dans la brochure
r Relatives aux dates d’examens : Informations par les secrétariats administratifs, sur
Moodle et par courrier électronique
r Modalités de communication des notes : Aux secrétariats des UFR de Paris Diderot et Paris
Descartes et sur l’ENT
15
MCC spécifiques: Note plancher = 7/20
Dans le cas où l’étudiant obtient une note inférieure à la note plancher, l’UE concernée ne peut être
validée ; aucune compensation ni dans le semestre, ni dans l’année, ni dans le diplôme n’est possible.
L’étudiant doit à nouveau présenter l’UE.
MCC session 1 MCC session 2
Note
plancher
UE/ % % des % des % % des % des
Intitulé de l'UE/ECUE ECTS
ECUE TP CC CT TP CC CT
UE 1.1 Initiation à la toxicologie 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
Initiation à la pharmacologie
UE 1.2 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
moléculaire
Les grandes fonctions
UE 1.3 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
physiologiques
UE 1.4 Initiation à la physiopathologie 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
UE 1.5 Signalisation cellulaire 6 0 0 100 0 0 100 7 / 20
Initiation à la toxicologie
UE 1.6 3 0 100 0 0 0 100 7 / 20
analytique
UE 1.7 Biostatistiques et probabilités 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
Métabolisme et Transport des
UE 1.8 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
xénobiotiques
UE 1.9 Anglais 3 0 100 0 0 0 100 7 / 20
16
MCC session 1 MCC session 2
Note
plancher
UE/ % % des % des % % des % des
Intitulé de l'UE/ECUE ECTS
ECUE TP CC CT TP CC CT
pas de 2ème
UE 2.1 Stage 15 0 0 100 0 7 / 20
session
UE 2.2 Stress cellulaires 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
Xénobiotiques
UE 2.3 Environnementaux et Stress 3 0 20 80 0 0 100 7 / 20
(XES)
Biologie structurale et
UE 2.4 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
xénobiotiques
Approches moléculaires
UE 2.5 globales en pharmacologie et 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
toxicologie
UE 2.6 Biostatistiques, épidémiologie 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
Outils Bioinformatiques: bases
UE 2.7 3 7 / 20
de données en biologie
ECUE
Macromolécules 3D 2 100 0 0 0 0 100
2.7.1
ECUE
2.7.2
Pharmacologie des systèmes 1 0 100 0 0 0 100
Méthode en toxicologie
UE 2.8 3 0 34 66 0 0 100 7 / 20
prédictive
Apport de l’histologie et de
UE 2.9 l’anatomie pathologique en 3 0 0 100 0 0 100 7 / 20
toxicologie
Approches méthodologiques en
UE 2.10 toxicologie analytique et 3 75 25 0 0 0 100 7 / 20
cellulaire
Imagerie et dynamique
UE 2.11 3 7 / 20
cellulaire et moléculaire
ECUE Imagerie et Dynamique
2 0 40 60 0 40 60
2.11.1 Cellulaire/Moléculaire cours
ECUE Imagerie et Dynamique
1 100 0 0 0 0 100
2. 11.2 Cellulaire/Moléculaire TP
17