Medardo Melendres Bojorquez 04-05-2020

CUESTIONARIO PARA ESTUDIO DE BIOQUÍMICA ESTRUCTURAL

UNIDADES 1 Y 2. pH, análisis ácido-base de ácidos y bases débiles. Propiedades

ácido base, estructura covalente y iónica de los aminoácidos proteínicos.
Estructura covalente y tridimensional de las proteínas y péptidos. Relación
estructura/Función en las proteínas y péptidos. Adopción de la estructura
tridimensional de las proteínas: plegamiento, estructura nativa, factores
físicoquímicos que afectan la estructura nativa: desnaturalización de proteínas y
agentes desnaturalizantes. UABC. FCQI. QFB. Asignatura Bioquímica Estructural
grupo 432. Semestre 2020-1

1.- Escriba la estructura iónica correcta a pH 1, 7 y 12, de los aminoácidos

siguientes: L-Ala, L-Asp y L-Lys. Calcule la carga eléctrica aproximada para cada una
de las estructuras iónicas para estos aminoácidos a cada valor de pH.
PH Alanina Lisina Aspartato Carga
eléctrica
1 COOH COOH COOH

H3N C H H3N C H H3N C H

CH3 CH2-CH2-CH2-CH2-NH3 CH2

COO
7 COO COO COO

H3N C H H3N C H H3N C H

CH3 CH2-CH2-CH2-CH2-NH3 CH2

COO
12 COO COO COO

H2N C H H2N C H H2N C H

CH3 CH2-CH2-CH2-CH2-NH3 CH2

COO

2.- Escriba listas donde clasifique a los aminoácidos con base a los criterios
siguientes: Polares y No polares (apolares). Neutros, ácidos y básicos.
Polares No polares Neutros Acidos Basicos
Ser, Thr, Tyr, Pro, Ala, Tyr, Ser, Thr, Cys, Asp, Glu His, Lys, Arg
Asn, Cys, His, Gly, Val, Phe, Gln, Asn
Arg, Arg, Lys, Trp, Met, Ile,
Gln, Glu, Asp Leu
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3.- Escriba la estructura covalente desarrollada de los péptidos siguientes:

Ala-Cys-Pro-Glu-Met-Gly-Asn-Tyr, EMGFSTKP, PMDQACEK. Identifique en cada
péptido el aminoácido amino y carboxilo terminal, identifique los enlaces peptídicos. En
cada péptido identifique los aminoácidos que son polares y no polares.

H O H O H O H O

H3N C C N C C N C C N C C N

CH3 H CH2 H H2N CH2 H CH2 H

SH CH2 CH2 CH2

COO
H O H O H O H O

C C N C C N C C N C C COO

CH2 H H H CH2 H CH2

CH2 C

S H2N O
OH
CH3

EMGFSTKP
H O H O H O H O

H3N C C N C C N C C N C C N

CH2 H CH2 H H H CH2 H

CH2 CH2

COO S

CH3

H O H O H O H O

C C N C C N C C N C C COO

CH2OH H H C OH H CH2 H H2N CH2

CH3 CH2 CH2

CH2
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CH2

CH2

NH3

PMDQACEK
H O H O H O H O

C C N C C N C C N C C N

H2N CH2 H CH2 H CH2 H CH2 H

CH2 CH2 CH2 COO CH2

S H2N O

CH3

H O H O H O H O

C C N C C N C C N C C COO

CH3 H CH2 H CH2 H CH2

CH2
SH CH2
CH2
COO
CH2

NH3

Amino terminal
Carboxilo terminal
Enlace peptídico
Polares
Apolares
4.- Describa un protocolo general para purificar una proteína hidrosoluble extraída de
células.

1. Definir un ensayo específico que identifique a la proteína (actividad

biológica) (específico, sensible, rápido y barato)
2. Elegir la fuente (matriz biológica)
3. Extraer la proteína de la fuente (proteínas intraceluares o extracelulares)
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4. Estabilización de la molécula
5. Aislamiento y concentración (fraccionamiento)
6. Determinar la pureza y calidad del producto final

5.- Describa cronológicamente los pasos a seguir para determinar la estructura 1aria
(Secuencia) de un péptido/proteína que tenga más de 50 residuos de aminoácidos.

1: Hidrólisis acida total del péptido/proteína.

2: Identificar el aminoácido N- terminal y el C- terminal.
3: Aplicar la reacción de Edman/ Degradación de Edman
4: Fragmentar el péptido/proteína para generar péptidos menores a 50 aminoácidos.

6.- Describa brevemente cómo funciona la degradación de Edman.

Es un método de secuenciación de aminoácidos en un péptido, donde el residuo amino

terminal se etiqueta y se separa del péptido sin afectar a los enlaces peptídicos entre los
otros residuos.

7.- Explique porque la geometría del enlace peptídico es plana. ¿Cuáles serían las
consecuencias de este hecho?

Debido a la presencia de formas resonantes del enlace peptídico:

La distancia >C-N< (0.132 nm) es más corta que la de los que se presentan en las aminas,

(0.15 nm) y más larga que la de un doble enlace típico >C=N-  (0.12 nm) como el que
presentan las bases de shift.

La geometría del enlace >C-N< es planar (ver imagen 3D en el recuadro inferior

izquierdo).

Como el enlace el plano y no rota, los enlaces peptídicos pueden presentar isomería cis-
trans. Déficit hídrico requiere de cierto nivel de desorden

8.- Explique el concepto de estructura 2daria de un péptido o proteína. Describa la

brevemente las características de los tipos de estructuras 2darias más comunes: Hélice
alfa, Hoja plegada beta y vueltas beta. Qué tipo de interacciones no covalentes (débiles)
son fundamentales para que se forme y estabilice (que parte de la cadena peptídica
participa en la formación de la estructura 2daria)

Estructura secundaria: La cadena de aminoácidos se encuentra parcialmente enrollada en

regiones de estructura regular. A este plegado regular local se denomina estructura
secundaria

ESTRUCTURA SUPERSECUNDARIA (También llamada

estructura Supramolecular)
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DOMINIO.
Hélice alfa:
Diferentes tipos de
hélices (Hélice a)
Fi (θ) C-N = - 57º
Psi (ψ) C-C = - 47º

Hoja plegada beta PARALELAS: las cadenas están en el mismo sentido

ANTIPARALELAS: las cadenas están en sentido inverso

Vueltas beta
Paralela y Anti paralela
Forma un giro cerrado (180º)
Participan 4 aminoácidos (el 1º y el 4º unidos por enlaces
de hidrógeno)
Suelen contener Gly y Pro
Suelen encontrarse en la superficie de las proteínas

Interacciones entre cadenas laterales

Estabilizan:
• Q+ próximas (3 residuos) a Q-
• Aminoácidos aromáticos próximos (3-4)
• Aminoácidos pequeños ó sin carga (Ala, Leu)
Desestabilizan:
• Grupos R voluminosos
• Secuencias con densidad de carga del mismo
signo
• Prolina (es rara)

9.- Explique el concepto de estructura 3aria de un péptido o proteína. Que interacciones

no covalentes y covalentes determinan la adopción de la estructura 3aria (entre qué
grupos químicos se establecen). Describa la forma general que adoptan en el espacio las
proteínas fibrosas y las proteínas globulares. Describa las características estructurales
más relevantes de la Mioglobina, que fue la 1era proteína a la que se le determinó la
estructura 3aria. Qué métodos de análisis podemos usar para determinar la estructura
3aria de una proteína?

Estructura 3aria: es el conjunto de ángulos, contactos, y conformaciones de todos los

átomos de una cadena polipeptídica que dan lugar al plegamiento de dicho polipéptido.
En la ESTRUCTURA TERCIARIA quedan englobados todos los elementos de estructura
secundaria, motivos de estructura supersecundaria dominios y otros elementos que
pueden identificarse en el polipéptido plegado
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Poseen regiones con estructuras secundarias(hélice a, lámina b) (mioglobina 70% de

hélice a)
• Estas regiones se pliegan unas sobre otras dando una estructura terciaria densamente
empaquetada de aspecto globular
• Pueden quedar huecos internos en donde se sitúan grupos prostéticos (Ej. Grupo hemo
en la mioglobina)

DOMINIO PROTEICO: porción de una proteína con estructura terciaria definida (40-
350 aminoácidos). En general asociados a una función particular.

10.- Explique el concepto de estructura 4naria de un péptido o proteína. ¿Cuál es la

razón principal por la cual algunas proteínas presentan este tipo de estructura?
¿Explique que es un oligómero o multiproteína? ¿A que se refiere el concepto de
subunidad o cadena en la estructura 4naria? ¿Con que términos podemos describir la
composición de subunidades de una proteína con estructura 4naria?

Estructura 4naría: Unión de varias cadenas polipeptídicas (subunidades o monómeros)

Especialmente enlaces débiles
La proteína completa se llama oligomérica ó polimérica
Posibilita la existencia de fenómenos de cooperatividad y alosterismo.

Oligomero: Se dice que una molécula constituye un oligómero cuando los radicales
asociados son distintos entre sí.

Multiproteína: complejo proteico es un grupo de dos o más proteínas. Los complejos

proteicos son una forma de estructura cuaternaria. Las proteínas en un complejo están
enlazadas mediante enlaces no-covalentes (interacciones proteína-proteína).
El paso de la forma desoxigenada a la oxigenada explica la
unión cooperativa del oxígeno:
1. Se rompen una serie de puentes salinos y enlaces de hidrógeno que afectan a los C-
terminales
2. Se crean otros enlaces dando lugar a la conformación más laxa llamada forma relajada
(R) Por tanto, la entrada del primer O2 es más difícil porque han de romperse enlaces
iónicos entre subunidades. El resto de las moléculas de O2 encuentran los enlaces rotos
y la situación espacial es más favorable. Cuando sale el O2 la Hb vuelve a su
conformación desoxi o forma tensa (T) restableciéndose los puentes salinos)

11.- Explique el concepto de plegamiento de una cadena peptídica? -

El plegamiento de proteínas es el proceso expedito, termodinámicamente no
espontaneo (reversible) por el que una proteína soluble alcanza su estructura
tridimensional.
¿Qué se entiende por estructura o conformación nativa de un péptido
o proteína?
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-.El origen de su formación de una cadena de aminoácidos o de proteína y la

mas estable de sus estructuras.
Describa brevemente el experimento clásico de Anfinsen
(Replegamiento de la Ribonucleasa) y ¿a qué conclusiones nos
permite llegar?
-Anfinsen quería entender de qué dependía la organización espacial de una
proteína, su forma 3D, imprescindible para que funcione correctamente.
Buscando para sus experimentos una molécula sencilla y cuya actividad fuera
fácilmente medible, se decantó por la ribonucleasa, una enzima que rompe en
fragmentos el ARN.
Nos permite captar de mejor perspectiva la cadena por las dimensiones.
¿Qué funciones desempeñan en la célula las Chaperonas
moleculares?
-Intervienen también en la degradación de proteínas gracias a su flexibilidad.
Mencione los nombres y describa al menos 2 familias de chaperonas
moleculares
-Hsp10: Están formadas por un anillo de 7 subunidades idénticas simulando un
domo en el cual se asocia a uno de los anillos de GroEL en E. Coli y las Hsp60.
¿Qué se entiende por desnaturalización proteínica?
-Se entiende como a la perdida de las estructuras de orden superior, quedando
la cadena polipeptídica reducida a un polímero estadístico sin ninguna estructura
tridimensional fija.
¿Qué agentes físicos y químicos pueden ocasionar la
desnaturalización y cuál es el mecanismo mediante el cual actúan?
-como en algunos casos el fenómeno de la desnaturalización es reversible, es
posible precipitar proteínas de manera selectiva mediante cambios de polaridad
del disolvente, el PH, la fuerza iónica y la temperatura.