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INFECTIONS DIGESTIVES VIRALES ET BACTERIENNES

GENERALITES SUR LE MICROBIOTE DIGESTIF

- Microbiote digestif = 1014 bactéries

- Flore dominante essentiellement anaérobie (du jéjunum au rectum)
- Œsophage  que aérobie
- Pas de bactérie dans l’estomac
- 4 grandes fonctions du microbiote digestif
o Fonction physiologique
o Fonction immunitaire (stimulation)
o Fonction digestive : dégradation des matériaux non digestibles via fermentation colique,
synthèse de vitamines, bioconversion de substances en micronutriments
o Fonction de protection : par la biodiversité contre la pullulation d’une seule espèce ou contre
la colonisation du TD par d’autres microorganismes pathogènes

GENERALITES SUR LES INFECTIONS DIGESTIVES

DIARRHEE AIGUE INFECTIEUSE

- Survenue brutale, > 3 émissions fécales molles ou liquides/jour

- Mort par diarrhée infantile : 5 à 10M/an (PVD +++  endémie)
- Origine le plus souvent hygiène ou péril fécal
- Gravité liée à déshydratation
- 3 groupes d’agents responsables : bactéries, virus, parasites

GASTRO-ENTERITE

- Infection inflammatoire du système digestif pouvant entrainer des symptômes digestifs ± spécifiques :
le plus souvent fièvre, diarrhée, vomissement

TOXI-INFECTION ALIMENTAIRE COLLECTIVE (TIAC)

- Au moins 2 personnes présentant les mêmes symptômes suite à la consommation d’un même repas
 maladie à déclaration obligatoire
- La diarrhée n’est que la conséquence de l’absorption d’une toxine dans un aliment (la bactérie ne joue
pas de rôle direct) Staphylococcus aureus ++

PHYSIOPATHOLGOGIE DE LA DIARRHEE AIGUE

- Etiologie des diarrhées infectieuses

o Diarrhées glairo-sanglantes  bactéries entéro-invasives : Salmonelles, Shigelles,
Campylobacter
o Diarrhées aqueuses
  Bactéries entéro-toxinogènes : Vibrio cholerae, E. coli entéro-toxinogène (ETEC),
Clostridium
  Virus : Rotavirus, Notovirus

- Bactéries entéro-toxinogènes  « Syndrome cholériforme »

o Colonisent la muqueuse de l’intestin grêle sans l’envahir grâce à des facteurs d’attachement
o Production de toxine(s)  perturbation de la muqueuse sans lésion ni invasion
o Stimulent hypersécrétion d’eau et d’électrolytes  diarrhée aqueuse et profuse, sans
leucocyte ni mucus
o Pas de fièvre mais grave par déshydratation
o Cas particulier de l’intoxication : la toxine est préformée dans l’aliment

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- Bactéries entéro-invasives  syndrome « dysentérique »

o Envahissement de la muqueuse au niveau du côlon ou de l’intestin grêle
o Multiplication et destruction des entérocytes  diarrhée infectieuse avec inflammation
o  Matières fécales contiennent du pus, sang, mucus, puis rapidement afécales
o Shigella spp, E. coli entéro-invasive (EIEC) et Campylobacter spp

- Cas particulier de Salmonella spp

o Mécanisme mixte
o Envahissement et traversée des entérocytes sans destruction
o Multiplication dans la sous-muqueuse dans les gg mésentériques
o Risque de diffusion systémique pour les Salmonelles majeures « typhiques » et dans un
contexte de personne fragilisée pour Salmonelles mineures digestives

MANIFESTATIONS CLINIQUES & EVOLUTIONS

- Signes digestifs : Nausées, vomissements, diarrhée

- Signes infectieux : fièvre variable
- Autres signes cliniques ± spécifiques : céphalées, crampes ou douleurs abdominales, flatulences,
ténesme, épreintes, déshydratation

- Evolution et complications
o La plupart se rétablissent d’eux même en 2-3 jours sans tt
o Les symptômes varient en f(sujet) (absence de symptôme dans sepsis à Salmonelle)
o Diarrhées et vomissements important/prolongés  déshydratation
o Diarrhée prolongée  séquelles paroi intestinale, malabsorption
o Evolution f(entéropathogène) et f(sujet)
- Personnes à risque de complications
o NN, nourrissons, jeunes enfants – personnes âgés
o Femmes enceintes
o ID, personnes avec pathologies chroniques ou d’importantes comorbidités
o  PEC différente et hospitalisation toujours évaluée

PRINCIPALES ETIOLOGIES

- Bactéries
o Salmonella majeures et mineures
o Shigella - Virus
o E. coli (EIEC, ETEC) o Rotavirus  provoque la gastro-
o Campylobacter entérite infantile GEI
o Staphylococcus aureus o Adénovirus
o Clostridium difficile o Astrovirus
o Vibrio cholerae o Calcivirus
o Yersinia enterolitica

DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE

COPROCULTURE

- Coproculture standard = recherche systématique de Shigella, Salmonella, Campylobacter

- Si suspicion d’autres bactéries  demande spécifique au labo (milieux et condition de culture ≠) : E.
coli, Vibrio cholerae, Yersinia spp, Clostridium difficile
- Examen macroscopique des selles  Echelle de Bristol
- Examen microscopique des selles  Etat frais à la recherche de leucocytes et d’hématies
- Mise en culture sur milieux sélectifs pour s’affranchir du microbiote intestinal
- Antibiogramme nécessaire

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Alternatives à la coproculture

- Certains entéro-pathogènes ne sont pas cultivables ou difficilement

- Recherche d’Ag dans les selles : Rotavirus, Adénovirus, Clostridium difficile
- Mise en évidence des toxines produites dans les selles (C. difficile et C. perfringens) ou dans les
aliments en cas d’intoxication (S. aureus)
- Recherche de gènes spécifiques : PCR multiplex

TRAITEMENT DES DIARRHEES INFECTIEUSES

- Résolution spontanée en quelques heures (intoxication) ou quelques jours sans tt particulier autre
que les mesures suivantes
o Repos
o Diète
o Tt symptomatique des nausées, vomissements, douleurs abdominales, de la diarrhée
sécrétoire, tt et prévention de la déshydratation

- Traitement antibiotique
o Non recommandé pour : intoxication, salmonelle mineure
o Recommandé pour
 Salmonella et sujets à risque  éviter la bactériémie et localisation II
 Shigella et Salmonella typhique : CIIG, FQ, Cotrimoxazole (Bactrim)
 Campylobacter : macrolides (azythromycine) ou FQ
 Clostridium difficile : métronidazole, fidaxomycine, vancomycine

- Prévention
o Mesures d’hygiène
o Sécurité sanitaire des aliments
o Isolement septique des patients en collectivité et à l’hôpital
o Vaccin
 Vaccin vivant atténué par VO, contre la gastro-entérite à Rotavirus pour les
nourrissons de < 6mois
 Vaccin contre fièvre typhoïde pour voyageurs et professionnels de santé

PRINCIPALES ETIOLOGIES BACTERIENNES

SHIGELLA spp.

La bactérie

- Entérobactérie
- BGN, non capsulé, non sporulé, immobile
- Aérobie-anaérobie facultative
- Oxydase négative
- 4 espèces différenciées par le caractère antigénique du polysaccharide O de la paroi  S. sonnei, S.
flexneri, S. bodyii, S. dysenteriae
- Bactérie strictement humaine + pathogène strict du TD
- Responsables de shigelloses ou dysentérie bacilliaire
- Facteurs de virulence (protéine d’invasion, LPS et Shiga toxine) portés par un plasmide

Epidémiologie

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- PVD, retour de voyages (régions tropicales), cas d’importation

- Transmission interhumaine féco-orale, par aliments souillés
- Sujets à risque : âges extrêmes, femme enceinte, ID

Physiopathologie

- Le passage de la barrière du mucus

o 3 obstacles : gel de haute viscosité/ milieux nutritif particulier nécessitant des enzymes
adaptées/ haute concentration en Ig
o Pour passer la barrière  Sécrétion du facteur d’adhésion pour rester en contact avec
l’entérocyte
- Adhésion à la membrane des entérocytes
o Seules les bactéries entéro-pathogènes sont capables d’adhérer à l’épithélium du jéjunum et
du côlon grâce à un Rc et une structure bactérienne de surface
- Pénétration intra-entérocytaire (internalisation) par endocytose
- Destruction de l’entérocyte et propagation du processus invasif
o Shigella se multiplient dans le cytoplasme
o Libération d’une toxine  destruction de l’entérocyte provoquant fuite de l’eau et
électrolytes
o Propagation horizontale (cellules voisines) et verticale (tissu conjonctif sous-jacent)
o  abcès et ulcération de la muqueuse
- Ne passent pas dans le sang car la réaction inflammatoire suffit à l’éliminer  régression des troubles
en 24 – 48h

Caractères microbiologiques

- Non exigeante, culture facile sur géloses ordinaires

- Lactose - / H2S - / Uréase –

Genre ESCHERICHIA COLI

- Facteurs de virulence
o Adhésines : colonisation
o Capsule : K1
o Toxines :
 Entérotoxine thermostable (ST) et thermolabile (LT)
 Shiga like toxin (Véro toxine)
 Hémolysine

E. coli entéro-pathogène EPEC :

- Gastro-entérite de l’enfant et du nourrisson < 3 ans

- PVD ++
- Risque de déshydratation importante
- Souches sporadiques ou épidémiques en collectivité, sérotypes particuliers
- Production de facteurs d’adhérence aux entérocytes

E. coli entéro-toxinogène ETEC

- Diarrhée aqueuse dans les PVD  turista

- Grands nombres de sérotypes différents
- Production d’entérotoxines LT et ST et de facteurs d’adhésion

E. coli entéro-agrégatifs EAgEC

- Diarrhée aqueuse persistante chez l’enfant

- Plusieurs sérotypes impliqués
- Production de facteurs d’adhésion au pôle apical et de toxines (EAST-1 et hémolysine)

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E. coli entéro-hémorragique EHEC ou E. coli producteur de shigatoxines STEC

- Diarrhée aqueuse ± colite hémorragique

- Risque d’hémolyse et d’IRA chez l’enfant
- Souche sporadique en France/ Sérotype O157 prédominant
- Production de Véro toxine(s) Shiga like toxine (SLT), d’hémolysine et de facteurs d’attachement-
effacement des entérocytes

E. coli entéro-invasif EIEC

- Diarrhée muco-sanglante avec syndrome dysentérique ressemblant à celui des Shigelles

- Rare en France/ Sérotype O124 proche des Shigelles
- Production de protéines d’invasivité intracellulaire

Genre SALMONELLA

La bactérie

- Famille des Entérobactéries

- BGN, mobile
- AAF, oxydase négative
- Culture sur milieu sélectif : SS, SM-ID, Rambach
- H2S + / Lactose - / urée –
- 2 genres Salmonella  : enterica et bongori (rare chez l’H)
- 6 sous-espèces : arizonae, diarizonae, houtanae, indica, salamae, enterica

Salmonella enterica enterica

- + 1400 sérotypes différenciés par caractères antigéniques (Ag O et H)

- Parmi ces sérotypes :
- Salmonelles majeures (typhiques) : sérotype Typhi, paratyphi A, B, C
o Habitat : strictement humain
o Contamination : féco-orale
o Manifestation clinique : fièvre typhoïde, CIVET (céphalée, insomnie, vertiges, épistaxis,
trouble digestif), sepsis à point de départ ggaire
o Diagnostic : coproculture, hémoculture, sérodiagnostic de Widal et Félix, Ag Vi
- Salmonelles mineures (non typhiques) : sérotype Enteritidis, Typhimurium, … (les plus fréquents en
France)
o Habitat : ubiquitaire, animal à sang chaud
o Contamination : aliments contaminés
o Incubation : 12-36h
o Manifestations cliniques : gastroentérite fébrile, TIAC+++++ (toxi-infection alimentaire
communautaire)
o Diagnostic : coproculture, hémoculture
o Evolution : favorable le plus souvent, portage, rechute, …

Genre CAMPYLOBACTER

Campylobacter jéjuni et Campylobacter coli

- 1ère cause de diarrhée entéro-invasive dans pays industrialisés

- Habitat : tube digestif des animaux (volaille ++), homme
- Caractères bactériologiques
o Bactérie spiralée ou incurvée
o Mobile par flagelle polaire
o Micro-aérophilie
o Oxydase + / catalase +
o Culture sur milieu Karmali

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- Pouvoir pathogène : invasion érythrocytaire, entérites, diarrhées infectieuses, sang dans les selles
- Diagnostic : coproculture standard
- Complication : Syndrome Guillain Barré, bactériémie possible

CLOSTRIDIUM DIFFICILE

La bactérie

- Bacille à Gram positif, anaérobie stricte

- Cycle entre forme sporulée (forme de résistance) et forme végétative
- Ubiquitaire
- Grande variété de clone parmi les souches toxinogènes

Caractéristique de l’infection à C. difficile

- Colonisation asymptomatique
- Diarrhée aqueuse simple sans colite (mucus mais pas de sang)
o 1ère cause de diarrhée nosocomiale dans pays industrialisés
o 10-25% des diarrhées post-antibiotiques
- Formes sévères avec complications
o Colite pseudomembraneuse (95% des cas) et colite fulminante
o Mégacôlon toxique
o Iléus paralytique
o Perforation intestinale
o Choc septique
- Pronostic
o Mortalité : diarrhée simple  0,6 – 15% / forme sévère  24 – 38%
o Récidive : 20 à 25%

Physiopathologie de l’infection

- Contamination endogène ou exogène

o Facteurs exposant : environnement (hospitalisation +++), alimentation, antiacides, IPP
- Germination des spores, multiplication bactérienne, adhésion au mucus et entérocytes
o Facteurs de colonisation : Adhésines et enzymes hydrolytiques
- Production de toxines
o Facteurs de virulence : Toxine A (entérotoxine) Toxine B (cytotoxine)
- Manifestations cliniques et relargage des spores

- Stratégie diagnostic
o Prescription spécifique  Contexte clinico-épidémiologique : diarrhée post-antibiotique,
colite pseudomembraneuse, diarrhée nosocomiale
o Recherche sur selles diarrhéiques l’Ag Glutamate déshydrogénase

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 Négatif  absence d’infection à C. difficile

 Positif  Recherche de toxine A/B dans les selles
 Négatif  absence d’infection à C. difficile
 Positif  Culture et antibiogramme
o PCR

VIBRIO CHOLERAE  : LE CHOLERA

La bactérie

- Habitat : eau douce et marine, tube digestif de l’H (porteur sain)

- Relativement fragile : UV, pH, T°
- Caractères bactériologiques
o Morphologiques
 Mobilité ++ par ciliature polaire
 Bacille en virgule, Gram –
o Culturaux
 Pas d’exigence nutritionnelle  Milieux non sélectifs
 Milieux sélectifs  pH9, TCBS
- Caractères biochimiques
o AAF
o Oxydase + / Catalase +
o Attaque des sucres par voie fermentative
- Caractères antigéniques O
o O 1 : vibrion cholérique
 2 biotypes : cholerae classique et Eltor (7ème pandémie)
 Sécrétion de la toxine cholérique CT
o O 139 : Vibrio Bengale
 Sécrétion de la toxine cholérique CT
 Epidémies en Afrique (1970) Indonésie (1961) Amérique du Sud (1991)
o Autres sérotypes NON toxinogènes : O2 à O138
 Maladies diarrhéiques

Physiopathologie

- Transmission fécale-orale (mains sales, eaux contaminées)

- Dose infectante : 108 – 109 (moins si pH alcalin)
- Passage de l’estomac et multiplication et adhésion dans l’intestin grêle
- Action de la toxine cholérique CT  fuite d’eau et d’électrolytes

Syndrome cholérique :

- Diarrhée aqueuse profuse

- Perte d’eau et d’électrolytes  acidose
- Pas de fièvre ni de réaction inflammatoire
- Durée limitée de la maladie  5 jours
- Risque majeur  Déshydratation

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PRINCIPALE ETIOLOGIE VIRALE : ROTAVIRUS

Le virus

- Virus nu  résistant ++
- Capside icosaédrique en forme de roue
- 11 segments monocistroniques d’ARN bicaténaire
- 6 protéines structurales VP1 à VP6 et 5 protéines non structurales NSP1 à NSP6
o VP6 porte l’Ag du groupe  7 groupes de A à G
o Groupe A le plus fréquent dans les infections humaines
- Très résistant, fréquent et ubiquitaire

Epidémiologie

- Dans le monde : 125 M diarrhées par an provoquées par Rotavirus

- Répartition mondiale et prévalence saisonnière hivernale
- Mortalité
o 6% des morts des < 5 ans
o 25% des morts par diarrhée
- Pays développés
o Infecte quasiment tous les enfants vers l’âge de 2 ans
o 1ère cause de diarrhée chez les enfants entre 6 mois et 1 ans et cause majeure de mortalité
infantile
- Gastroentérites virales en recrudescence pendant l’hiver, surtout en AmNord et Europe
- Populations à risque : Enfants de 6 mois à 2 ans (contamination fécale-orale et service
d’hospitalisation en pédiatrie) et personnes âgées
- Transmission fécale-orale directe ou indirecte favorisée par grande résistance du virus

Clinique : Gastroentérite aigue

- Incubation brève 1 à 2 jours

- Diarrhée aqueuse parfois profuse
- Vomissement
- Fièvre
- Durée 4 à 7 jours
- Risque de déshydratation
- Immunité : IgA sécrétoire locales +++ et IgG sériques

Physiopathologie

- Diarrhée osmotique par malabsorption

o Altération des entérocytes du sommet des villosités  Altération fonctionnelle de la
digestion via les hydrolases
o  Malabsorption des sucres  Sécrétion d’eau et d’électrolytes
- Diarrhée sécrétoire
o L’entérotoxine NSP4 entraine une fuite hydrique majorée par la stimulation du système
nerveux entérique