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UFR Biosciences
Laboratoire de Biotechnologies
MASTER I BIOCHIMIE
INTRODUCTION
BIBLIOGRAPHIE
1. PROTEOLYSE LIMITEE
Certaines enzymes sont produites sous une forme de précurseur inactif. Ce
précurseur inactif peut être activé quand on lui fait subir une protéolyse limitée. Ainsi,
l’hydrolyse modérée est un mode de régulation par modification covalente
permanente de la structure de l’enzyme concernée car cette réaction est irréversible.
C’est le cas de certaines protéines synthétisées sous formes de proprotéines comme
les enzymes digestives (trypsinogène), les hormones de régulation (pro-insuline), les
protéines fibreuses (pro-collagène), les protéines de coagulation du sang
(fibrinogène, prothrombine) etc.
Cette particularité a une incidence biologique : elle permet, dans le cas de la trypsine
par exemple, que l’enzyme produite sous forme inactive par le pancréas ne soit
active que sur le lieu où elle est nécessaire, en l’occurrence l’intestin. En effet,
l’arrivée des aliments dans l’intestin provoque la sécrétion par les cellules intestinales
d’une enzyme protéolytique, l’Entérokinase qui a pour substrat unique le
trypsinogène. Celui-ci est transformé en trypsine active par une coupure peptidique
unique.
Exemple : le trypsinogène
Le trypsinogène est inactif parce que l’accès de son site actif est barré par les six
premiers acides aminés de son propeptide maintenu en place par des liaisons
électrostatiques entre les aspartates du propeptide et les charges cationiques d’une
α-hélice du domaine COOH terminal. L’entérokinase qui se fixe spécifiquement sur le
2. REACTIONS DE PHOSPHORYLATION/DEPHOSPHORYLATION
Plusieurs enzymes existent sous une forme phosphorylée et sous une forme non
phosphorylée, l’une des deux formes étant active, l’autre inactive. La phosphorylation
est catalysée par une protéine kinase qui est souvent, mais pas toujours, activée par
l’AMP cyclique. Lorsqu’il s’agit d’enzymes activées par l’AMPc, la phosphorylation de
l’enzyme est liée à la synthèse du nucléotide cyclique. Celle-ci est sous la
dépendance de l’adénylcyclase membranaire qui est activée par la fixation d’une
hormone sur un site spécifique de la membrane plasmique. La déphosphorylation
des enzymes est catalysée par une phosphoprotéine phosphatase. L’insuline
favorise la déphosphorylation et est de ce fait en général antagoniste de l’adrénaline
et du glucagon. Ces modifications covalentes concernent non seulement les
groupements phosphates mais aussi d’autres groupements chimiques. Il existe ainsi
des systèmes de phosphorylation / déphosphorylation, méthylation / déméthylation,
acétylation / déacétylation qui activent ou inactivent plusieurs enzymes par la fixation
où le retrait du groupement concerné.
Dans notre exemple, la kinase est stimulée par des hormones hyperglycémiantes
(glucagon, adrénaline) tandis que la phosphatase est stimulée par l’insuline
(hypoglycémiante). La fixation de l’une de ces hormones sur son récepteur
membranaire induit une série de réactions en cascades impliquant l’adenylcyclase et
l’AMPcyclique pour amplifier l’action de l’hormone afin de produire plusieurs enzymes
actives qui vont donner une grande quantité de G1P dans le cas de l’adrénaline par
exemple.
3. CONCENTRATION EN SUBSTRAT
Les enzymes, outre leur activité catalytique, ont un rôle régulateur qui dépend du KM
de chaque enzyme et de la cinétique de sa réaction. Ainsi, pour les enzymes dites
Michaéliennes (KM correspond à Vmax/2), lorsque la valeur de KM est élevée par
rapport à la concentration habituelle de son substrat, la vitesse de transformation de
ce dernier sera fonction de sa concentration dans la cellule. Une augmentation de la
concentration du substrat se traduira par une accélération de sa transformation
jusqu’à une teneur en substrat au-delà de laquelle la vitesse est constante et égale à
Vmax (figure 4).
4. INHIBITION COMPETITIVE
L’inhibiteur est un composé qui peut se fixer à une enzyme et réduire voir annuler
son activité. Une inhibition réversible permet à l'enzyme de retrouver son état normal
quand l'inhibiteur est retiré. Un tel inhibiteur peut être compétitif, c'est à dire qu'il
"compétit" avec le substrat pour le site actif qu'il occupe de façon à perturber la
réaction.
Dans le cas d'une inhibition compétitive, le problème est que le site de l'enzyme est
souvent occupé par un obstacle. La vitesse maximale de l'enzyme n'est cependant
5. COFACTEURS
Beaucoup d’enzymes ont besoin de la présence de «cofacteurs» pour jouer leur rôle
de catalyseur. Ce sont souvent des ions comme le calcium, le fer, le magnésium ou
le manganèse qui se lient à l’enzyme pour lui permettre d’acquérir sa forme
fonctionnelle. Pour certaines enzymes, ce sont des coenzymes qui vont jouer ce rôle.
Dans ce cas on distingue les groupements prosthétiques et les co-substrats selon le
mode de liaison entre l’apoenzyme et le co-enzyme. Apoenzyme et coenzyme
s’associent pour donner l’enzyme active. Nombreuses sont les coenzymes dont les
précurseurs sont des vitamines fournies par l’alimentation.
Qu'il s'agisse de coenzymes, ou de simples ions, les cofacteurs sont nécessaires à
toutes les apoenzymes. C'est pourquoi les cellules ont des systèmes permettant à
ces métaux de pénétrer le cytoplasme, malgré le risque qu'ils peuvent aussi lui faire
courir (la plupart des métaux lourds sont rapidement mortels pour une cellule).
Cours MRE/ECUE Mécanismes enzymatiques 2014-2015, SORO Y. R.
Ex – la Thiamine pyrophosphate (TPP)
Ce coenzyme (groupement prosthétique) dérive de la thiamine (vit B1). La thiamine
est formée dans de très nombreuses bactéries et végétaux. Le coenzyme contient un
noyau pyrimidique et un noyau imidazole. Il sert de coenzyme à des enzymes
libérant des radicaux R-CO- à partir de molécules carbonées plus complexes et les
transfèrent sur d'autres coenzymes ou substrats. Il intervient particulièrement dans la
décarboxylation oxydative des acides acétoniques, en particulier le pyruvate et l'-
cétoglutarate. Le complexe multi-enzymatique de la pyruvate déshydrogénase et
celui de l’-cétoglutarate déshydrogénase utilise ce coenzyme. La composante (E1)
de chacun des complexes cités :
1 - fixe la fonction cétonique de l’acide sur le carbone 2 du noyau imidazole, site
réactif du coenzyme. C’est la prise en charge du substrat ;
2 - effectue le départ du CO2. Le radical obtenu sera transféré sur le lipoate toujours
par la composante (E1). (figure 6)
6. POLYMORPHISME
Les isozymes sont des formes différentes d’une même enzyme. Elles peuvent exister
chez une espèce donnée où dans une même cellule. Elles se distinguent
généralement par la différence de composition en acides aminés. Cette différence a
une incidence entre autres sur tous les facteurs liés à l’ionisation. La Créatine
Phosphate Kinase (CPK), les transaminases, certaines amylases et les lactates
déshydrogénases (LDH) existent sous cette forme. Les isoformes peuvent être
a. Transcription inductible
Dans ce cas, la protéine répresseur se lie à l’ADN et maintient la transcription dans le
statut réprimé. En présence d’une autre molécule dite inducteur à laquelle le
répresseur se fixe préférentiellement, le répresseur perd sa capacité de fixation à
l’ADN. La zone de régulation ainsi libérée permet la transcription du mRNA. Ce type
de régulation se retrouve au niveau de nombreuses voies de dégradation. Ainsi, les
enzymes de la voie de dégradation ne sont synthétisées que si le substrat qui joue le
rôle d’inducteur est présent. C’est le cas de l’opéron lactose (figure 8 a et b)
N.B. : quand deux sources de carbone particulières sont présentes ensemble dans le
milieu de culture, la courbe de croissance est biphasique : c’est le phénomène de
diauxie
b. Transcription répressible
Dans ce cas, l’état par défaut est la transcription du mRNA jusqu’à ce qu’un
répresseur actif soit formé afin de réprimer ladite transcription. La protéine de
régulation dite aporépresseur ne peut pas se fixer seule à l’ADN. Le répresseur actif
est formé par l’association de l’aporépresseur avec une autre petite molécule dite co-
répresseur. La présence du co-répresseur conduit à la formation du répresseur actif
et donc à l’arrêt de la transcription. Ce type de régulation se rencontre dans les voies
de synthèse ou le produit final est le co-répresseur. Ainsi les enzymes des voies de
synthèse ne sont produites que lorsqu’il n’y a plus de produit final. C’est le cas de
l’opéron tryptophane (figure 9)
L’opéron trp est sous un contrôle négatif par un répresseur dimère (2 sous-unites de
12 kDa), synthétisé sous forme inactive. L’inducteur de la suppression est le
3. REGULATION POSITIVE
L’état par défaut dans ce système de régulation est l’état réprimé, ce qui veut dire
qu’il n’y a pas de transcription de mRNA. La fixation de la protéine de régulation à
l’ADN est nécessaire pour permettre la transcription du mRNA.
a) L’activation de la transcription
Des protéines dites « protéines activatrices de la transcription » se fixent à une
séquence en amont d’un gène qui est ainsi prêt à être transcrit. Certaines protéines
activatrices forment des interactions directes avec un ou plusieurs composants du
complexe de transcription. Ceci permet de recruter le complexe de transcription au
niveau des séquences promotrices du gène activé. D’autres activateurs de la
transcription agissent via des complexes de transcription déjà assemblés. Quelque
soit la situation, un activateur de la transcription est une protéine qui est essentielle à
la transcription des gènes régulés positivement. La régulation positive se rencontre
plus souvent chez les eucaryotes.
b) Amplification
Des séquences d’ADN particulières encore appelées "amplificateurs" ou "enhancers"
augmentent le taux de transcription. Elles sont généralement de petite taille et
peuvent se trouver à différentes positions autour du gène qu’elles régulent. Ainsi, la
Figure 11: positions des séquences des amplificateurs du virus de la tumeur des
glandes mammaires de la souris. (LTR : Long Terminal Repeated sequences)
4. SILENCERS
Certains gènes peuvent aussi être régulés par des "silencers" de la transcription. Ce
sont des courtes séquences nucléotidiques qui sont la cible de protéines de liaison à
l’ADN. Une fois recrutées au site "silencer", ces protéines initient l’assemblage de
grands complexes protéiques, empêchant ainsi la transcription du gène qui est alors
réprimée.
Exemple : chez la drosophile, la famille de protéines PcG rend silencieux certains
gènes au cours du développement.
5. CONTROLE TRANSLATIONEL
Pendant le contrôle translationel de la synthèse des enzymes, les bactéries peuvent
produire un mRNA anti-sens qui est complémentaire du mRNA codant pour
l’enzyme. Lorsque le RNA anti sens se fixe au mRNA par l’appairage des bases
6. ATTENUATION
L’atténuation est une méthode de régulation fine de la transcription de gènes qui
permet aux procaryotes d’ajuster la production d’un composé au niveau optimal en
état induit. Elle utilise la traduction afin de contrôler la transcription. Elle met en jeu
deux régions nommées leader et atténuateur situées entre l’opérateur et la région
codante du mRNA. Si la traduction de la région leader du mRNA a lieu, ceci entraîne
la terminaison de la transcription avant que le premier gène de l’opéron codant pour
une protéine ne soit traduit. L’atténuation résulte d’interactions entre les séquences
d’acides nucléiques présentes dans la région leader du transcript.
Exemple de l’opéron tryptophane
Dans les cellules, la transcription de l’opéron est souvent initiée. Cependant, même
en présence de petites quantités de produit, la plupart des molécules de mRNA se
terminent dans une région spécifique de 28 bases se trouvant dans la séquence
leader. Cette terminaison entraîne la formation d’une molécule de mRNA qui se
termine à proximité des gènes codant pour les enzymes. La région de 28 bases dans
laquelle la terminaison a lieu est dite "atténuateur". La séquence en bases de cette
région présente les caractéristiques d’un site de terminaison qui permet une
configuration potentielle en épingle à cheveux. En fonction de la teneur du trp dans la
cellule la conformation de l’acide nucléique expose ou cache l’atténuateur ce qui
entraine la formation de régions d’appariement alternatifs au sein du transcrit. De
nombreux opérons responsables de la synthèse d’acides aminés sont régulés par
des atténuateurs. Chez E. coli par exemple, l’arrêt de la transcription de certaines
protéines dépend de la synthèse d’un petit polypeptide d’une longueur de 14 acides
aminés codé par la région leader.