Proteínas

¿Que son las Proteínas?

Las proteínas (del griego proteion, primero) son

macromoléculas de masa molecular elevada (PM entre
5.000 y 40.000.000), formadas por aminoácidos unidos
mediante enlaces peptídicos. Pueden estar formadas
por una o varias cadenas.
 Composición
• Carbono 53%

• Hidrógeno 7%

• Oxígeno 23%

• Nitrógeno 16%

• Azúfre 1%

• Fósforo menos del 1%

• Hierro, magnesio, cobre...

 Funciones de las proteínas.
• Estructurales (fibrilares, queratina, colégeno,...)
• Estructurales (fibrilares, queratina, colégeno,...)
• Reguladoras:
• Inmunológicas (Anticuerpos)
• Contráctiles (miosina, actina)
• Regulación genética (factores de transcripción)
• Homeostática fibrina (coagulación)
• Catalítica y de regulación del metabolismo
(enzimas)
• Transportadoras (proteínas de membrana,
hemoglobina,...)
• Comunicación intercelular (hormonas (insulina,
prolactina, oxitocina, hormona del crecimiento)
• Tóxinas (tétanos, veneno de serpientes,...)
 Niveles Estructurales de las Proteínas

• Estructura Primaria: Es la secuencia de

aa en la cadena polipeptídica.
• Estructura Secundaria: Disposición de la secuencia
de aminoácidos en el espacio.
• 1.- La α-hélice
• 2.- La conformación beta
 Hélice-α
α
Espiral que consiste de residuos de aminoácidos
empaquetados formando un núcleo, en donde las cadenas
laterales de los residuos se encuentran hacia fuera del eje
central.
Puentes de hidrógeno

• Estabilizan la hélice-α

• Entre el grupo carbonilo de un

enlace peptídico hasta el
hidrógeno de la amida del
cuarto enlace peptídico
siguiente
 Hojas Beta

Dos o más cadenas o segmentos polipeptídicos, arreglados

de manera paralela.

• Paralelo: con los grupos amino y carboxilo terminales de la

estructura secundaria alineados hacia el mismo lado.

• Antiparalelo, en donde los segmentos amino y carboxilo

terminales están alternados:
• Estructura Terciaria: Es la estructura
tridimensional final de la proteína.
Resultado de las interacciones de la
estructura secundaria.
 Estructura Terciaria
• Pueden formarse puentes de hidrógeno entre grupos R
de determinados aa.

• Puede haber atracción iónica entre un grupo R con

carga positiva unitaria y otro con carga negativa unitaria.

• Puede haber interacciones hidrofóbicas.

• Puede haber enlaces covalentes, conocidos como

puentes disulfuro entre dos subunidades de cisteína
pertenecientes a la misma cadena.
Enzimas
 DEFINICIÓN
• LAS ENZIMAS son proteínas que se comportan
como catalizadores muy potentes y eficaces de las
reacciones químicas de los sistemas biológicos.

• La CATÁLISIS ENZIMÁTICA es esencial para

los sistemas vivos.

• La mayoría de las R.Q. ocurrirían muy lento en

condiciones biológicamente significativas.

• Hace posible que en condiciones fisiológicas

tengan lugar reacciones que sin catalizador
requerirían condiciones extremas de presión,
temperatura o pH.

• Las biomoléculas son muy estables a pH neutro,

temperatura suave y ambiente acuoso
 Características

• Como catalizadores, las enzimas actúan en pequeña

cantidad y se recuperan indefinidamente.

• No llevan a cabo reacciones que sean

energéticamente desfavorables, sino que solamente
aceleran las que espontáneamente podrían
producirse.

• Los enzimas son catalizadores específicos: cada

enzima cataliza un solo tipo de reacción, y casi
siempre actúa sobre un único sustrato o sobre un
grupo muy reducido de ellos.
 Estructura

• La actividad catalítica
depende de la
integridad de su
conformación proteica
nativa

• Si se desnaturaliza o
disocia en subunidades
pierde su actividad.

• Estructuras 1°, 2°, 3° y

4°son esenciales
 Estructura
Holoenzima: Su actividad catalítica depende de tener unido
de manera covalente a su grupo prostético.
Grupo prostético: coenzima o metal unido covalentemente
a la enzima. De características no proteicas
Apoenzima: Es la parte polipeptídica de la enzima.
apoenzima + grupo prostético = holoenzima
Los cofactores pueden ser:

• Iones metálicos: Favorecen la actividad catalítica general

de la enzima, si no están presentes, la enzima no actúa.
Estos iones metálicos se denominan activadores. Ejemplos:
Fe2+, Mg2+, Cu2+, K+, Na+ y Zn2+

• La mayoría de los otros cofactores son coenzimas las

cuales generalmente son compuestos orgánicos de bajo
peso molecular, por ejemplo, las vitaminas del complejo “B”
son coenzimas que se requieren para una respiración
celular adecuada.
Las enzimas actúan de acuerdo con la siguiente secuencia:

La enzima (E) y el sustrato (S) se combinan para formar

un complejo intermedio enzima sustrato (E-S), el cual se
descompone formando un producto y regenerando la
enzima.
El grado de especificidad de las enzimas es muy alto,
pueden distinguir incluso entre diferentes tipos de
isómeros. Se cree que la especificidad de la enzima es
debido a la forma particular de una pequeña parte
conocida como sitio activo, la cual se fija a la contraparte
complementaria en el sustrato.
 CLASIFICACIÓN DE LAS ENZIMAS

• En función de su acción catalítica específica, los

enzimas se clasifican en 6 grandes grupos o clases:
• Clase 1: OXIDORREDUCTASAS
• Clase 2: TRANSFERASAS
• Clase 3: HIDROLASAS
• Clase 4: LIASAS
• Clase 5: ISOMERASAS
• Clase 6: LIGASAS
 Clase 1: OXIDORREDUCTASAS

• Catalizan reacciones de oxidorreducción, es

decir, transferencia de hidrógeno (H) o
electrones (e-) de un sustrato a otro, según la
reacción general:
• AH2 + B A + BH2

1. Oxido-reductasas
( Reacciones de oxido- Si una molécula se reduce, tiene que haber otra
reducción). que se oxide
 Clase 2: TRANSFERASAS

• Catalizan la transferencia de un grupo

químico (distinto del hidrógeno) de un sustrato
a otro, según la reacción:

• A-B + C A + C-B

• grupos aldehídos
2. Transferasas
• grupos acilos
(Transferencia de grupos
• grupos glucósidos
funcionales)
• grupos fosfatos (kinasas)
 Clase 3: HIDROLASAS
• Catalizan las reacciones de hidrólisis:
A – B + H2O AH + B-OH

• Un ejemplo es la lactasa, que cataliza la

reacción:
Lactosa + agua glucosa + galactosa

Transforman polímetros en monómeros.

3. Hidrolasas Actúan sobre:
(Reacciones de • enlace éster
hidrólisis) • enlace glucosídico
• enlace peptídico
• enlace C-N
 Clase 4: LIASAS

• Catalizan reacciones de ruptura o soldadura de

sustratos:
A-B A+B

• Un ejemplo es la acetacetato descarboxilasa, que

cataliza la reacción:
• ácido acetacético CO2 + acetona

4. Liasas • Entre C y C
(Adición a los dobles • Entre C y O
enlaces) • Entre C y N
 Clase 5: ISOMERASA

Catalizan la interconversión de isómeros:

A B
• Son ejemplos la fosfotriosa isomerasa y la fosfoglucosa
isomerasa
gliceraldehído-3-fosfato dihidroxiacetona-fosfato
glucosa-6-fosfato fructosa-6-fosfato

5. Isomerasas
(Reacciones de isomerización)
 Clase 6: LIGASAS

Catalizan la unión de dos sustratos con hidrólisis

simultánea de un nucleótido trifosfato (ATP, GTP, etc.):
A + B + XTP A-B + XDP + Pi
• Un ejemplo es la piruvato carboxilasa, que cataliza la
reacción:
piruvato + CO2 + ATP oxaloacetato + ADP + Pi

• Entre C y O
6. Ligasas
• Entre C y S
(Formación de enlaces, con
• Entre C y N
aporte de ATP)
• Entre C y C
 NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS

• Hay varias formas mediante las cuales se

asigna un nombre a una enzima:
• nombres particulares
• nombre sistemático
• código de la comisión enzimática (enzyme
comission)
 NOMBRES PARTICULARES

• Antiguamente, los enzimas recibían nombres

particulares, asignados por su descubridor.
Al ir aumentando el número de enzimas
conocidos, se hizo necesaria una
nomenclatura sistemática que informara
sobre la acción específica de cada enzima y
los sustratos sobre los que actuaba.

Ureasa: proteína cuyo sustrato es la urea

Lactasa: proteína cuyo sustrato es la lactosa
 NOMENCLATURA DE LA COMISIÓN ENZIMÁTICA

• El nombre de cada enzima puede ser identificado por

un código numérico, encabezado por las letras EC
(enzyme commission), seguidas de cuatro números
separados por puntos.
• El primer número indica a cual de las seis clases
pertenece el enzima,
• El segundo se refiere a distintas subclases dentro de
cada grupo.
 NOMENCLATURA DE LA COMISIÓN ENZIMÁTICA

• El tercero y el cuarto se refieren a los grupos

químicos específicos que intervienen en la reacción.
• Así, la ATP:glucosa fosfotransferasa
(glucoquinasa) se define como EC 2.7.1.2. El
número 2 indica que es una transferasa, el 7 que es
una fosfotransferasa, el 1 indica que el aceptor es un
grupo OH, y el último 2 indica que es un OH de la D-
glucosa el que acepta el grupo fosfato.
 NOMBRE SISTEMÁTICO

• El nombre sistemático de un enzima consta

actualmente de 3 partes:

• el sustrato preferente
• el tipo de reacción realizado
• terminación "asa“

• Un ejemplo sería la glucosa fosfato isomerasa que

cataliza la isomerización de la glucosa-6-fosfato en
fructosa-6-fosfato.
 NOMBRE SISTEMÁTICO

• Muchos enzimas catalizan reacciones reversibles.

• No hay una manera única para fijar cual de los dos

sentidos se utiliza para nombrar al enzima. Así, la
glucosa fosfato isomerasa también podría llamarse
fructosa fosfato isomerasa.
PROPIEDADES DE LOS ENZIMAS

• Las propiedades de los enzimas derivan del

hecho de ser proteínas y de actuar como
catalizadores.
• Así, cambios en la conformación suelen ir
asociados en cambios en la actividad catalítica.
Los factores que influyen de manera más directa
sobre la actividad de un enzima son:
• pH
• temperatura
• cofactores
 REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

• Una molécula de enzima no tiene por qué actuar siempre a la

misma velocidad. Su actividad puede estar modulada por:
• cambios en el pH
• cambios en la temperatura
• presencia de cofactores
• las concentraciones del sustrato y de los productos finales
• presencia de inhibidores
• modulación alostérica
• modificación covalente
• activación por proteolisis
• isoenzimas
 EFECTO DEL pH SOBRE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA

• Los enzimas poseen grupos químicos ionizables

(carboxilos -COOH; amino -NH2; tiol -SH; imidazol,
etc.) en las cadenas laterales de sus aminoácidos.
• Según el pH del medio, estos grupos pueden tener
carga eléctrica positiva, negativa o neutra.
• Como la conformación de las proteínas depende, en
parte, de sus cargas eléctricas, habrá un pH en el
cual la conformación será la más adecuada para la
actividad catalítica. Este es el llamado pH óptimo.
 EFECTO DEL pH SOBRE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA
• La mayoría de los enzimas son muy sensibles a los
cambios de pH.
• Desviaciones de pocas décimas por encima o por
debajo del pH óptimo pueden afectar drásticamente su
actividad.
• Ej, la pepsina gástrica tiene un pH óptimo de 2, la
ureasa lo tiene a pH 7 y la arginasa lo tiene a pH 10.
Como ligeros cambios del pH pueden provocar la
desnaturalización de la proteína, los seres vivos han
desarrollado sistemas más o menos complejos para
mantener estable el pH intracelular: Los
amortiguadores fisiológicos.
EFECTO DEL pH SOBRE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA
 EFECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE LA
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

• En general, los aumentos de temperatura aceleran

las reacciones químicas: por cada 10ºC de
incremento, la velocidad de reacción se duplica.
• Las reacciones catalizadas por enzimas siguen esta
ley general. Sin embargo, al ser proteínas, a partir
de cierta temperatura, se empiezan a desnaturalizar
por el calor.
• La temperatura a la cual la actividad catalítica es
máxima se llama temperatura óptima. Por encima
de esta temperatura, el aumento de velocidad de la
reacción debido a la temperatura es contrarrestado
por la pérdida de actividad catalítica debida a la
desnaturalización térmica, y la actividad enzimática
decrece rápidamente hasta anularse.
 EFECTO DE LOS COFACTORES SOBRE LA
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA
• A veces, un enzima requiere para su función la presencia de
sustancias no proteicas que colaboran en la catálisis: los
cofactores.
• Los cofactores pueden ser iones inorgánicos como el Fe++,
Mg++, Mn++, Zn++ etc. Casi un tercio de los enzimas
conocidos requieren cofactores. Cuando el cofactor es una
molécula orgánica se llama coenzima.
• Cuando los cofactores y las coenzimas se encuentran unidos
covalentemente al enzima se llaman grupos prostéticos.
• La forma catalíticamente activa del enzima, es decir, el enzima
unida a su grupo prostético, se llama holoenzima.
• La parte proteica de un holoenzima (inactiva) se llama
apoenzima, de forma que:
 EFECTO DE LAS CONCENTRACIONES SOBRE
LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

• La velocidad de una reacción enzimática depende

de la concentración de sustrato.
• Además, la presencia de los productos finales
puede hacer que la reacción sea más lenta, o
incluso invertir su sentido.

1 2
 EFECTO DE LOS INHIBIDORES SOBRE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA

• Ciertas moléculas pueden inhibir la acción catalítica de un

enzima: son los inhibidores.
• Estos inhibidores bien pueden ocupar temporalmente el
centro activo por semejanza estructural con el sustrato
original (inhibidor competitivo) o bien alteran la
conformación espacial del enzima, impidiendo su unión al
sustrato (inhibidor no competitivo) .

Inhibidor competitivo Inhibidor no competitivo

 MODULACIÓN ALOSTÉRICA DE LA
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

• Moduladores: sustancias que se unen a una región de la enzima

para regular su actividad.
– sitio alostérico, enzimas alostéricas.
– Los positivos, aceleran la catálisis, los negativos la disminuyen.
• Pueden adoptar 2 conformaciones interconvertibles llamadas R
(relajada) y T (tensa). R es la forma más activa porque se une al
sustrato con más afinidad. Las formas R y T se encuentran en
equilibrio R <==> T
 EFECTO DE LA MODIFICACIÓN COVALENTE SOBRE LA
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

• Otros enzimas pasan de una forma menos activa a otra más

activa uniéndose covalentemente a un grupo químico de
pequeño tamaño. También se da el caso inverso, en el que un
enzima muy activo se desactiva al liberar algún grupo químico.
En las enzimas de las vías degradativas del metabolismo, la
forma fosforilada es más activa que la no fosforilada, mientras
que en las vías biosintéticas ocurre lo contrario.
 Estados de transición y Barreras de
reacción
• ¿Qué determina la velocidad de una
reacción?
– Barrera energética
– Estado de transición
Estados de transición y Barreras de reacción
¿Qué hace un catalizador?
 MODO DE ACCIÓN DE LOS ENZIMAS

• Reacción con catalizador y sin catalizador

 ¿Cómo actúan las enzimas como
catalizadores?

Hipótesis de la Cerradura y la llave (E. Fischer, 1894)

 Factores que afectan la velocidad de
reacción
• Efecto de la variación de la concentración del
sustrato
A mayor concentración del
sustrato, a una
concentración fija de la
enzima se obtiene la
velocidad máxima. Después
de que se alcanza esta
velocidad, un aumento en la
concentración del sustrato
no tiene efecto en la
velocidad de la reacción.
 Factores que afectan la velocidad de
reacción
• Efecto de la variación de la concentración de
la enzima

• Siempre y cuando haya sustrato

disponible, un aumento en la
concentración de la enzima
aumenta la velocidad
enzimática hacia cierto.
• Saturación de la enzima.
 Factores que afectan la velocidad de
reacción
• Efecto de la temperatura sobre la actividad
enzimática

• En general, los aumentos de

temperatura aceleran las
reacciones químicas: Un
incremento de 10°C duplica la
velocidad de reacción, hasta
ciertos límites. El calor es un
factor que desnaturaliza las
proteínas por lo tanto si la
temperatura se eleva demasiada,
la enzima pierde su actividad.
 Factores que afectan la velocidad de
reacción
• Efecto del pH sobre la actividad enzimática
– Los enzimas poseen grupos químicos ionizables
(carboxilos -COOH; amino -NH2; tiol -SH; imidazol,
etc.) en las cadenas laterales de sus aminoácidos.
– El pH óptimo de la actividad enzimática es 7, excepto
las enzimas del estómago cuyo pH óptimo es ácido.
 Cinética Enzimática
• Mecanismos de Inhibición

Inhibidor competitivo Inhibidor no competitivo

 Cinética Enzimática
• Mecanismos de Inhibición Reversibles
– Inhibición competitiva
 Cinética Enzimática
• Mecanismos de Inhibición Reversibles
– Inhibición no competitiva
 Cinética Enzimática
• Mecanismos de Inhibición Reversibles
– Inhibición incompetitiva
 Cinética Enzimática

• Mecanismos de
Inhibición Irreversibles

– Análogos del estado de

transición
– Marcadores de afinidad
– Inhibidores suicidas
Activador alostérico:
Inhibidor alostérico: impide
favorece la unión del
la unión del sustrato
sustrato
Elementos de la El enzima no fosforilado es El enzima fosforilado es
reacción inactivo activo
 CINÉTICA ENZIMÁTICA
• Los principios generales de las reacciones químicas se
aplican también a las reacciones enzimáticas. Por este
motivo, antes de empezar con la cinética química, se
van a repasar algunos conceptos básicos de cinética
química.
• A continuación, se describirán los siguientes conceptos:
• Cinética enzimática
• Modelo cinético de Michaelis-Menten
• Cálculo de la KM y la Vmax de un enzima
• Actividad enzimática
• Los principios generales de las reacciones químicas se
aplican también a las reacciones enzimáticas. Por este
motivo, antes de empezar con la cinética química, se
van a repasar algunos conceptos básicos de cinética
química.
• A continuación, se describirán los siguientes conceptos:
• Cinética enzimática
• Modelo cinético de Michaelis-Menten
• Cálculo de la KM y la Vmax de un enzima
• Actividad enzimática
 MODO DE ACCIÓN DE LOS ENZIMAS

• El comienzo de la reacción requiere un

aporte inicial de energía. Esta energía
inicial que hay que suministrar a los
reactantes para que la reacción transcurra
se llama energía de activación (Ea).
Cuanto menor es la Ea más fácilmente
transcurre la reacción.
• Estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por
enzimas
• Estos estudios proporcionan información directa acerca del
mecanismo de la reacción catalítica y de la especifidad del
enzima.
• La velocidad de una reacción catalizada por un enzima puede
medirse con relativa facilidad, ya que en muchos casos no es
necesario purificar o aislar el enzima.
• La medida se realiza siempre en las condiciones óptimas de
pH, temperatura, presencia de cofactores, etc, y se utilizan
concentraciones saturantes de sustrato. En estas condiciones,
la velocidad de reacción observada es la velocidad máxima
(Vmax). La velocidad puede determinarse bien midiendo la
aparición de los productos o la desaparición de los reactivos.
• Al seguir la velocidad de aparición de
producto (o de desaparición del sustrato) en
función del tiempo se obtiene la llamada
curva de avance de la reacción, o
simplemente, la cinética de la reacción. A
medida que la reacción transcurre, la
velocidad de acumulación del producto va
disminuyendo porque se va consumiendo el
sustrato de la reacción. Para evitar esta
complicación se procede a medir la
velocidad inicial de la reacción (v0).
 MODELO CINÉTICO DE MICHAELIS-MENTEN

• Los estudios sistemáticos del efecto de la

concentración inical del sustrato sobre la
actividad enzimática comenzaron a realizarse
a finales del siglo XIX. Ya en 1882 se
introdujo el concepto del complejo enzima-
sustrato como intermediario del proceso de
catálisis enzimática. En 1913, Leonor
Michaelis y Maud Menten desarrollaron
esta teoría y propusieron una ecuación de
velocidad que explica el comportamiento
cinético de los enzimas.
 MODELO CINÉTICO DE MICHAELIS-MENTEN
Reacción modelo.
Michaelis y Menten propusieron un modelo simple para explicar
la mayoría de las reacciones catalizadas por enzimas. En este modelo
la enzima se combina reversiblemente con su substrato para formar el
complejo enzima-sustrato (ES) que subsecuentemente se rompe para
formar el producto, hecho que regenera a la enzima. El modelo para
una molécula de sustrato se muestra a continuación:
k1 k2
E+S ES E + P
k −1

en donde: S es el substrato
E es la enzima
ES es el complejo enzima substrato o complejo de Michaelis y Menten
k1,k-1 y k2 son las constantes de velocidad de la reacción.
 MODELO CINÉTICO DE MICHAELIS-MENTEN

La ecuación de Michaelis y Menten describe como

varía la velocidad de reacción con la concentración de
sustrato: Vmax[S]
v0 =
Km + [S]

en donde: v0 es la velocidad inicial de la reacción

Vmax es la velocidad máxima k1 + k 2
k1

Km es la constante de Michaelis y Menten=

[S] es la concentración de sustrato
 Km es característica de una enzima y particular para un substrato.
Refleja la afinidad de la enzima por ese substrato. Km es
numéricamente igual a la concentración de substrato a la cual la
velocidad de reacción es la mitad de la Vmax (Km= Vmax/2), y no varía
con la concentración de enzima.
Km pequeña. Alta afinidad enzima-substrato: a baja concentración
del mismo, la enzima a desarrollado ya la mitad de la velocidad máxima.
Km grande. Baja afinidad enzima-substrato: a una concentración
elevada del mismo, la enzima desarrolla la mitad de la velocidad
máxima.
Relación velocidad-concentración de enzima: la velocidad de la
reacción es directamente proporcional a la concentración de la enzima.
Por ejemplo, si la concentración de enzima es disminuida a la mitad, la
velocidad inicial de la reacción (v0) es reducida también a la mitad de la
original.
 [Substrato]

Figura: Localización de la constante de Michaelis (Km)