Вы находитесь на странице: 1из 28

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ, 2004, том 65, № 4, с.

278-305

УДК 599.113
МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ
И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ
© 2004 г. А. А. Банникова
Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, биологический факультет,
кафедра зоологии позвоночных
119992 Москва, Ленинские горы
e-mail: grechko@genome.eimb.relarn.ru
Поступила в редакцию 23.06.2003 г.

Памяти Б.М. Медникова

В обзоре разбираются основные молекулярные маркеры, используемые в филогенетических рекон­


струкциях млекопитающих, - митохондриальные и ядерные гены, сателлитная ДНК, короткие и
длинные ретропозоны. Рассмотрены проблемы филогенетических реконструкций по генным после­
довательностям - выбор гена и внешней группы, сдвиг нуклеотидного и аминокислотного состава,
эффект притяжения длинных ветвей, размер выборки и длина последовательности. Значительная
часть обзора посвящена разбору методов мультилокусного анализа ДНК (RAPD, RFLP, IS-PCR,
ISSR-PCR, AFLP). Обсуждаются их достоинства и недостатки, приводятся примеры удачного и не­
удачного применения на разных таксономических уровнях. Обсуждены возможные причины несоот­
ветствия молекулярно-филогенетических реконструкций между собой и морфологическим гипоте­
зам. Кратко рассмотрены новейшие представления о макрофилогении плацентарных млекопитающих,
основанные на молекулярно-генетических данных. Показана высокая надежность предложенных
молекулярными филогенетиками гипотез о делении плацентарных на Afrothertia (включая Afrosoricida)
и Laurasiatheria, монофилии клад Euarchontoglires и Cetratiodactyla. Сделан вывод, что тщательный
анализ соответствий и противоречий между разными данными и поиск конгруэнтных заключений,
сделанных по разным признакам, - это наиболее продуктивный путь развития филогенетики.

Моле кул ярно-генетический анализ стал сего­ ем и распространением в геномах отдельных ге­
дня почти необходимой частью любого филогене­ нетических элементов и семейств повторов.
тического таксономического исследования. Чис­ 3. Сопоставление протяженных анонимных
ло работ, основанных на полных последователь­ участков генома с неизвестными функциями и ча­
ностях индивидуальных генов или их участках, на сто неясной локализацией путем сканирования му­
сравнении более или менее протяженных повто­ таций по всему геному - разные варианты ПЦР,
ряющихся последовательностей или на интег­ ПДРФ (полиморфизм длин рестрикционных фраг­
ральной оценке общего сходства геномной ДНК, ментов), молекулярная ДНК х ДНК-гибридиза­
растет как снежный ком. В распоряжении геноси- ция. Эта группа методов дает общую оценку моле-
стематиков теперь есть подходы, позволяющие кулярно-генетического сходства видов.
вести исследования на самых разных уровнях - от Реконструкции, проведенные на основании
индивидов и популяций до отрядов и надотрядных разных молекулярных данных, далеко не всегда
категорий. Эти подходы можно условно подразде­ согласуются не только с "морфологическими", но
лить на следующие категории, что, однако, доста­ и между собой. Например, среди плацентарных
точно условно, поскольку большинство относя­ млекопитающих реальность Afrotheria поддержи­
щихся к ним методик пересекаются. вается данными по строению мтДНК и яДНК
1. Определение нуклеотидной последовательно­ (Stanhope et al., 1998; Murphy et al., 2001a,b; Nikaido
сти отдельных генов или некодирующих участков et al., 2003a,b), но не морфологически (Asher, 1999),
ДНК и ее сравнение у разных организмов. В ре­ тогда как монофилия Eulipotyphla подтверждается
зультате возможно установить, какие конкретные на уровне ядерного генома (Stanhope et al., ^998),
замены нуклеотидов произошли в анализируемом но не митохондриального (Mouchaty et al., 2000a).
участке ДНК в разных филетических линиях. Из-за противоречивости молекулярных данных
2. Поиск таксонспецифичных семейств повто­ остается открытым вопрос о монофилии грызу­
ряющихся последовательностей или отдельных нов (Graur et al., 1991; D'Erchia et al., 1996; Reyes
копий известных повторов, общих для ДНК раз­ et al., 2000; Huchon et al., 2002).
ных видов. Этот подход позволяет выявить соот­ Основные предпосылки расхождения морфо­
ветствие между эволюцией таксонов и появлени­ логических и молекулярных реконструкций за-

278
МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 279

Разнообразие и границы применения маркеров ДНК в молекулярно-филогенетическом анализе


Разрешающая возможность маркеров
н/о отряд семейство род вид популяция семья индивид
Секвенирование
мтДНК 12S pPHK ...+ + + + + - - -
16S pPHK - + + + + - - -
Cyth ...+ + + + + ...+ - -
ND 4 , ND 5 - - + + + - - -
D-loop - - - - + + +
яДНК гены vWF, M6PAGF2R + + + + + - - -
A2AB, BRCA,
интроны - + + + ...+ - -
повторы SINEs - ...+ + + + - - -
LINEs - ...+ + + + - -
СтДНК - - + + + - - -
Мультилокусный анализ
ДНКхДНК-гибридизация - + ...+ + + - - -
RELP (Barrie et al., 1981); таксон- — — ...+ + + — —
принт (Федоров и др., 1992)
RAPD (Williams et al., 1990; Welsh, — — — — ...+ + ...+ +
McClelland, 1990, 1991)
Inter-SINE-PRC (Jurka et al., 1995; — — — ...+ + + ...+ ...+
Buntjer, 1997)
AFLP (Vos et al., 1995) - - - - + + ...+ +
Фингерпринт (минисателлиты, — — — — — + + +
Jeffreys et al., 1985)
ISSR-PCR (микросателлиты, — — —
— + + + +
Zietkiewicz et al., 1994)
Примечание, н/о- надотряд; "+" - маркер пригоден для работы на данном таксономическом уровне; "...+" - использование воз-
можно, но не всегда результативно;"..." -возможности маркера на данном уровне мало исследованы;"-" - маркер не пригоден.

ключаются в том, что на морфологическом уровне на основе митохондриальных последовательнос­


проявляется только малая часть геномов. В случае тей и ядерных генов, может заключаться в том,
же молекулярных данных в анализ включается что внеядерная ДНК передается только по мате­
большое количество "молчащих", фенотипически ринской линии и, следовательно, наследуется не
не проявляющихся нейтральных мутаций нефунк­ по менделевским законам (Chikuni et al., 1995).
циональных участков генома, в большей степе­ С другой стороны, обмен генами между ядерной
ни подверженных параллельной и конвергентной и митохондриальной ДНК (Arctander, 1995) приво­
эволюции (Gatesy, 2001). дит к тому, что в яДНК обнаруживаются копии
Что касается разнообразия конкурирующих митохондриальных последовательностей, кото­
между собой молекулярных гипотез, то, очевидно, рые не экспрессируются и представляют собой
на результаты филогенетического анализа влия­ псевдогены. Полученные в результате амплифи­
ют особенности конкретных молекулярных мар­ кации геномной ДНК фрагменты могут на самом
керов. Так, кодирующие последовательности деле быть ядерными гомологами митохондриаль­
ДНК (гены) прямо связаны с фенотипом. Соот­ ных генов, что тоже может вызвать ошибки фи­
ветствующие им признаки, вероятнее всего, отра­ логенетических реконструкций. Другой источник
жаются на приспособленности организма. Поэто­ значительного числа ошибок и противоречий -
му гены изменяются медленнее некодирующих необоснованное использование тех или иных мар­
последовательностей и подвержены конвергент­ керов или слишком малый набор признаков и так­
ной эволюции, что, разумеется, отражается на ре­ сонов и методы интерпретации первичной фило­
конструированных на их основе филогениях. При­ генетической информации, которые основаны по
чина расхождения реконструкций, полученных большей части на моделировании.

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004


280 БАННИКОВА

Арсенал маркеров и методов современной гено- щения в нуклеотиднои последовательности и эк­


систематики достаточно обширен. Все они имеют ранирует "филогенетический" сигнал. Например,
свои положительные и отрицательные стороны и у приматов кривая дивергенции cytb выходит на
разную степень разрешающей способности в за­ плато по истечении 15—20 млн. лет при 25% разли­
висимости от целей конкретного исследования. чий (Brown et al., 1982). В дальнейшем замены кон­
В настоящей статье кратко рассмотрены основ­ центрируются в положениях, которые уже были
ные достоинства и недостатки некоторых молеку­ замещены, т.е. наступает насыщение, являющееся
лярных маркеров (таблица), наиболее широко ис­ источником гомоплазий (молекулярных конвер­
пользуемых в филогенетике в первую очередь генции). В результате мтДНК видов, разошедших­
млекопитающих - группы, с которой непосредст­ ся 80 млн. лет назад, различается немногим боль­
венно работает автор. Основу обзора составили ше, чем видов, отделившихся от общего предка не
исследования по молекулярной филогенетике более 20 млн. лет назад.
млекопитающих за период главным образом по­
следних десяти лет. Скорость возникновения замен варьирует на
разных участках мтДНК: 12S и 16S рДНК изменя­
ются медленно, а D-петля - быстро. Но даже
МИТОХОНДРИАЛЬНАЯ ДНК "медленные" рибосомные гены оказались бес­
сильны разрешить дивергенцию самых древних
Сложившееся в филогенетических исследовани­ (надотрядного уровня) линий эутерий, с чем и свя­
ях представление об исключительности митохонд- заны явная полифилия некоторых группировок,
риальных маркеров сегодня подвергается сомне­ их странные взаимосвязи и низкое разрешение
нию. Привлекательность этого маркера связана, дендрограмм (политомическое ветвление). На ос­
в частности, с малыми размерами митохондриаль-
нове 12S рРНК не всегда удается прояснить взаи­
ного генома, в связи с чем он проще для анализа и
моотношения таксонов и менее высокого ранга,
потому изучен гораздо подробнее, чем ядерный.
например порядок дивергенции основных круп­
В базе данных Genebank имеются сведения по ча­
стичной последовательности мтДНК представи­ ных филетических линий грызунов (Nedbal et al.,
телей всех современных отрядов плацентарных 1994; Catzeflis et al., 1992; 1995) и хищных (Ledje,
млекопитающих, а для более половины отрядов - Arnason, 1996). Во многих исследованиях по 12S
результаты полного секвенирования мтДНК. рРНК делается вывод об исходной политомии ис­
Среди млекопитающих скоро не останется ни од­ следуемых группировок, которую авторы объяс­
ного семейства, для которого не была бы расши­ няют быстрой дивергенцией в короткий отрезок
фрована хотя бы частичная последовательность времени. Но скорее всего в большинстве этих
гена цитохрома b (cytb). случаев ген 12S рРНК оказывается просто недо­
статочно консервативным для установления по­
Наиболее полное в таксономическом отноше­ следовательности таких древних событий, как ди­
нии "митохондриальное древо" построено Арнэсо- вергенция надотрядов и даже семейств: филоге­
ном с соавт. (Arnason et al., 2002) для 60 представите­ нетический сигнал теряется в шуме гомоплазий
лей всех отрядов на основе полных митохондриаль- (неоднократных прямых и обратных замен). Кро­
ных геномов. Предложенная филогенетическая ме того, 12S рРНК имеет несколько высоковари­
гипотеза во многом противоречит как традицион­ абельных участков, что затрудняет выравнива­
ным представлениям о родстве таксонов, так и ние и увеличивает вероятность попадания в ана­
данным по яДНК. Это относится и к другим мак- лиз негомологичных признаков. Вместе с тем
роэволюционным построениям при использова­ секвенирование рибосомных генов мтДНК ин­
нии мтДНК. тенсивно используется в изучении эволюции гры­
Возможно, что причина хаоса в филогенетиче­ зунов на более низком таксономическом уровне
ских отношениях, устанавливаемых по этому мар­ (Dubois et al., 1996; Nedbal et al., 1996; Montgelard
керу, - высокая и/или атипичная скорость мута­ et al., 2002).
ций в мтДНК (Waddell et al., 2001). Средняя ско­
рость нуклеотидных замен в мтДНК обычно Ген cytb также широко используется в качест­
превышает таковую для яДНК в 5-10 раз и оцени­ ве филогенетического инструмента. На его основе
вается в 2-4% за 1 млн. лет (Brown et al., 1979; Wilson изучены взаимоотношения видов и родов европей­
et al., 1985). Скорость накопления несинонимич­ ских муроидных грызунов из подсемейств Arvicoli-
ных замен (т.е. замены нуклеотидов, приводящие пае и Murinae (Martin et al., 2000), подтверждено мо-
к аминокислотным заменам) в мтДНК и яДНК со­ нофилетическое происхождение видов рода Маг-
поставимы, но синонимичные замены, которые mota и его северо-американское происхождение
не приводят к заменам аминокислот ("молчащие" (Steppan et al., 1999), выполнен ряд исследований в
замены), появляются в митохондриальном геноме области молекулярной филогенетики парноко­
в 100 раз чаще (Pesole et al., 1992). Высокая частота пытных (Chikuni et al., 1995; Janecek et al., 1996).
замен в митохондриальном геноме еще более Однако результаты филогенетических иссле­
усиливает по сравнению с яДНК "эффект насы­ дований таксонов ранга рода и вида тоже часто

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ ТОМ 65 №4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 281

противоречивы или неразрешимы с помощью бычайный прорыв в понимании послеледниковой


митохондриальных генов. Сравнение 402 п.н. ге­ экспансии животных и растений Европы и Берен-
на cytb нескольких видов землероек рода Crocidu­ гии и плейстоценовых изменений их ареалов. Для
ra из юго-восточной Азии, а также Suncus murinus целого ряда европейских видов найдены гибрид­
и С. sibirica (Motokawa et al., 2000) подтверждает ные зоны между расами и подвидами, простираю­
основанные на биохимических данных соображе­ щиеся через Центральную Европу с севера на юг
ния о полифилетичности рода Crocidura (Maddale- и разделяющие их геномы на западную и восточ­
na, 1990; Jenkins, 1998). Но в другой работе, где ную формы. Из млекопитающих это, например,
было секвенировано 549 п.н. гена 16S рРНК, род две формы домовой мыши Mus domesticus и
Crocidura оказался монофилетичным (Querouil М. musculus (Dallas et al., 1995; Boursot et al., 1996),
et al., 2001). Для ряда видов землероек рода Sorex землеройки-бурозубки из группы видов Sorex ara-
положение на филогенетическом древе так и ос­ neus (Taberlet et al., 1994), европейский и белогру­
талось неясным, несмотря на интенсивное изуче­ дый ежи Erinaceus europaeus и Е. concolor (Santucci
ние их генетических связей с помощью маркеров et al., 1998). Подробный разбор этих и других слу­
cytb (Ohdachi et al., 1997; Fumagalli et al., 1999). чаев приведен в обзоре Хьюитта (Hewitt, 2001).
У ежей рода Erinaceus секвенирование гена Кроме того, на основе митохондриальных по­
cytb выявило миоцен-плиоценовую дивергенцию следовательностей предложен подход к анализу
видов Е. europaeus и Е. concolor и плейстоценовую миграций млекопитающих, который позволяет
дифференциацию на две клады внутри каждого получить оценку расстояний и скоростей мигра­
из них (Santuccui et al., 1998). Данные по последо­ ций (Neigel et al., 1991), метод анализа изменений в
вательности двух ядерных интронов (7-й интрон структуре популяций в связи с плотностью (Planet
гена бета-фибриногена и 2-й интрон гена миогло- et al., 1989), а также способ определения направле­
бина) подтвердили положение о дивергенции ния скрещиваний и исследования популяционно-
этих видов и существование восточной и западной генетической динамики демографических показа­
ветвей в составе Е. concolor, но не Е. europaeus телей самок (Neigel, Avise, 1986; Harrison, 1989).
(Seddon et al., 2001). Авторы объясняют это воз­ С привлечением мтДНК к решению микроэво­
можным различием истории мтДНК и яДНК в люционных вопросов сильно продвинулось изуче­
изолированных популяциях видов: на гаплоидной ние гибридизации на основе выявления замещен­
мтДНК прохождение через "бутылочное гор­ ных участков митохондриального генома у гиб­
лышко" могло сказаться более, чем на сложном ридных видов. Один из удачных примеров такого
диплоидном ядерном геноме. Кроме того, время рода исследований - изучение гибридизации меж­
дивергенции таксонов по данным секвенирования ду четырьмя видами сусликов Поволжья (Ерма­
гена cytb оказалось завышенным относительно ков и др., 2002). Секвенирование и рестриктазный
данных по ядерным интронам примерно в 1.5 ра­ анализ контрольной области мтДНК большого
за. Таким образом, причина противоречий в оцен­ (Spermophilus major), желтого (S. fulvus), малого
ке данных, полученных при изучении митохонд­ (S.pygmaeus) и крапчатого (S. suslicus) сусликов
риальных и ядерных последовательностей на ми­ выявили у 43% особей большого суслика чуже­
кроэволюционном уровне может состоять и в родные митотипы, специфичные для желтого и
разной степени зависимости этих процессов от малого сусликов. В дальнейшем определение пер­
эффективной численности популяции, а также вичной структуры интрона 13 гена BCR показало,
объясняться тем фактом, что внеядерная ДНК что и для ядерного генома большого, а также жел­
передается у млекопитающих только по материн­ того сусликов характерно присутствие сразу двух
ской линии и, следовательно, наследуется не по устойчивых гаплотипов, различающихся на видо­
менделевским законам (Chikuni et al., 1995). вом уровне, что, по мнению авторов, подтвержда­
ет гибридную природу данного явления (Ермаков
Микрогеографическая изменчивость и др., 2003).
митохондриальных генов Изменчивость мтДНК широко и тщательно
Поскольку митохондриальные последователь­ исследуется на разных уровнях, но каким образом
ности значительно более полиморфны, чем ядер­ и могут ли вообще эти данные быть использова­
ные, их целесообразно использовать в популяци- ны для обоснования монофилии таксона, устанав­
онных исследованиях. Изучение микрогеографи­ ливаемой по ядерным локусам? Возможна ли экс­
ческой изменчивости митохондриальных генов траполяция одних данных на другие? В этой связи
дало импульс развитию нового направления - фи- был предложен количественный способ оценки
логеографии (Avise, 1998; Hewitt, 2001), изучаю­ взаимосвязи между монофилией таксонов по
щей географическое распространение генеалоги­ митохондриальным и ядерным нейтральным ло­
ческих линий, рассматривая изменения генома в кусам в панмиктических популяциях - "правило
пространстве и во времени. В связи с развитием троекратности" (Palumbi et al., 2001). Группа пред­
этого направления в последние годы сделан нео­ ставителей некоторого таксона считается моно-

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004


282 БАННИКОВА

филетической по большинству нейтральных ло- ядерные экзоны (кодирующие участки ядерных


кусов яДНК в случае, если длина ветви, соответ­ генов) более подходят для этих целей, чем гены
ствующей этому таксону на древе мтДНК, в три мтДНК (Springer et al, 2001). Причем это относится
раза превышает среднюю вариабельность после­ как к индивидуальным генам, так и к комбиниро­
довательностей мтДНК внутри этого таксона. ванным последовательностям нескольких генов.
Эмпирическое подтверждение "правила троекрат­ Общая скорость нуклеотидных замен наиболее
ное™" основано на данных по последовательнос­ высока для митохондриальных генов, затем следу­
ти гена cytb и ядерных интронов гена актина у се­ ют ядерные гены в порядке vWF, IRBP, рРНК и
ми видов китообразных. Установлено, что виды, А2АВ. В связи с меньшей скоростью замещения
которым соответствуют длинные ветви на мито- насыщение сайтов в яДНК происходит медленнее,
хондриальном древе и которые характеризуются чем в мтДНК.
невысокой внутривидовой изменчивостью, име­
Различие между разными сайтами по скорости
ют больше шансов попасть в единую группу, в то
время как виды, которым соответствуют корот­ замен в ядерных генах также ниже, чем в мито­
кие ветви митохондриального древа, на древе хондриальных, замены распределены равномер­
ядерных генов окажутся членами разных групп. нее, а вероятность повторных замещений в одном
и том же сайте ниже. Предположение о том, что
Итак, быстрая дивергенция мтДНК ограничи­ для достижения нужного уровня разрешения вет­
вает шкалу времени, в пределах которой она мо­ вей на древе для яДНК требуется большая длина
жет дать полезную информацию на надвидовом последовательности, чем для мтДНК (Arnason et al.,
уровне. Поэтому исследования, имеющие отно­ 1999), не подтверждается (Springer et al., 2001).
шения к проблемам эволюции в широких преде­ Иногда для секвенирования используют ком­
лах шкалы времени, предпочтительно проводить плементарную ДНК (кДНК), синтезированную
на более консервативных последовательностях на матрице РНК с участием обратной транскрип-
яДНК. тазы. Клоны кДНК пока получены для предста­
вителей очень немногих отрядов млекопитаю­
ГЕНЫ ЯДЕРНОЙ ДНК щих. Тем не менее кДНК, состоящая только из
кодирующих последовательностей структурных
Для изучения филогении животных наиболее генов, тоже может быть действенным орудием
часто используют гены рРНК, гистоновые и другие для реконструкции филогении. У пяти видов мле­
структурные гены, а также более изменчивые по­ копитающих из четырех отрядов кДНК пепсино-
следовательности, разделяющие индивидуальные генов А и С была использована для прояснения
гены рРНК, называемые внутренними транскри­ филогенетического положения Eulipotyphla (Narita
бируемыми спенсерами (ITS) и наружными, или et al., 2001). Результаты филогенетического ана­
межгенными, спейсерными последовательностями лиза поддерживают близость между Eulipotyphla
(NTS). С помощью таких кодирующих белки генов и Chiroptera; Carnivora оказываются сестринским
как А2АВ (аквипорин, адренергетический рецеп­ таксоном этих отрядов; монофилетичны как от­
тор 0С-2В), IRBP (ретиноидный интерфото-рецеп­ ряд Rodentia, так и клада Glires (Rodentia+Lago-
тор), vWF (фактор Фон Виллибрандта), 11-й экзон morpha). Целесообразность использования кДНК
гена BRCA1 делаются попытки восстановить эво­ возрастает, если учесть опасность спутать инте­
люционные взаимоотношения далеких таксонов, ресующий нас ген с псевдогеном, о чем будет ска­
время дивергенции которых составляет более зано ниже.
50 млн. лет. Так, очень большой ядерный ген
M6PAGF2R послужил хорошим источником ин­ Для исследования таксономических связей на
формации для получения достаточно "разрешенно­ уровне рода и вида пригодны более вариабельные
го" филогенетического древа отрядов млекопита­ последовательности. К ним относятся, например,
ющих (Killian et al., 2001). Сестринские взаимоотно­ интроны - некодирующие участки гена, которые
шения сумчатых (Metatheria) и плацентарных вырезаются из мРНК в процессе сплайсинга. Хо­
(Eutheria) относительно однопроходных (Prototheria) тя интроны эволюционируют быстрее экзонов,
получили здесь безоговорочное подтверждение, тем не менее скорость накопления мутаций в них
что согласуется с традиционной анатомо-морфоло- ниже, чем в генах мтДНК. Это особенно важно
гической гипотезой (Marshall, 1979), но противоре­ для разрешения тех узлов древа, в которых фило­
чит результатам секвенирования полной мтДНК. генетический сигнал по мтДНК ослаблен вслед­
Группирование ежа и летучей мыши с когортой ствие насыщения заменами. Кроме того, интроны
Ferungulata согласуется с результатами исследова­ как некодирующие последовательности менее
ний других ядерных генов (Springer et al., 1997; Stan­ подвержены конвергентной эволюции.
hope et al., 1998). Несмотря на очевидные преимущества, ядер­
Сравнительный анализ филогенетических воз­ ные последовательности реже используют в фило­
можностей ядерных и митохондриальных генов на генетических исследованиях, чем митохондриаль-
уровне таксонов высокого ранга показал, что ные, из-за трудностей с их выделением из больших

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 283

и сложных эукариотических геномов. Как прави­ вариабилен из-за вырожденности кода (Zardoya,
ло, для разных видов изучены последовательности Meyer, 1998). Вследствие этого количество замен
разных генов. Это делает межвидовые сравнения в третьем положении кодона, например, гена cytb
фактически невозможными. в 4—5 раз превышает количество замен в первой
позиции (Hassanin et al., 1998) и приблизительно
в 2.5 раза выше скорости трансверсий в генах
ПРОБЛЕМЫ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ рРНК (0.2% за 1 млн. лет), что составляет 0.5% за
РЕКОНСТРУКЦИИ 1 млн. лет (Irwin et al., 1991). Так, в отряде грызу­
ПО ГЕННЫМ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯМ нов группировка Hystricognathi+Geomyoidea имела
Результативность и объективность молекуляр- высокую статистическую поддержку в анализе по
но-филогенетических исследований зависит от третьей позиции кодона ядерного гена IRBR, но
множества факторов. Важнейшими причинами, отсутствовала в анализах, исключающих эту по­
которые могут приводить к несогласованности мо- зицию (DeBry, Sagel, 2001), что с большой вероят­
лекулярно-филогенетических гипотез и/или к их ностью можно отнести за счет ложного филогене­
низкой статистической поддержке, являются: не­ тического сигнала в связи с насыщением. Поэтому,
достаточный набор экспериментальных данных когда речь идет об эволюции давно дивергировав-
(длина последовательностей), выбор неадекват­ ших таксонов высокого ранга на основе исследо­
ных для цели исследования генов, ошибки при сек- вания быстро эволюционирующих последова­
венировании и выравнивании последовательнос­ тельностей, следует исключать из анализа дан­
тей, выбор исследуемых таксонов, их неправиль­ ные по третьим позициям и, наоборот, опираться
ное определение, конвергентная или быстрая на них при изучении филогенетических связей
эволюция, гибридизация, горизонтальный перенос близких видов и родов.
генов, внутри- и межгенная рекомбинация, смеше­ При анализе нуклеотидных последовательнос­
ние орто- и паралогичных генов в анализе, непол­ тей, особенно митохондриальных генов, следует
нота концертной эволюции, неодинаковая ско­ уделять внимание соотношению трансверсий (за­
рость накопления замен в разных таксонах и в раз­ мены пурин/пиримидин или пиримидин/пурин) и
ных позициях последовательностей, различия в транзиций (замены одного пуринового или пири-
нуклеотидном составе анализируемых последова­ мидинового основания на другое такого же типа).
тельностей, нестационарность нуклеотидного со­ При случайном характере замещений среди мута­
става, взаимозависимость эволюции отдельных ций должны преобладать трансверсии. Высокая
сайтов в последовательностях, принятие неадек­ частота транзиций усиливает вероятность ревер­
ватной модели молекулярной эволюции и алгорит­ сий и таким образом уменьшает величину дивер­
ма построения деревьев. генции между далеко отстоящими таксонами.
Описанию и анализу "подводных камней" мо­ Трансверсии происходят гораздо реже, чем тран­
лекулярной филогенетики посвящено множество зиций, в меньшей степени, чем транзиций, под­
работ (см., например, обзор: Wendel, Doyle, 1998). вержены гомоплазиям и у млекопитающих име­
Ниже будут кратко рассмотрены только некото­ ют почти линейную тенденцию к накоплению в
рые важнейшие из указанных факторов. течение примерно 80 млн. лет (Brown et al., 1982).
Вследствие этого у далеких видов доля трансвер­
сий в числе замен, по которым они различаются,
Что такое "хороший" ген? выше, чем у близкородственных. Показано, что
Разные гены далеко не всегда содержат один и редкие типы трансверсий обнаруживаются лишь
тот же филогенетический сигнал. Выше уже бы­ у эволюционно старых видов, причем соотноше­
ли приведены примеры по мтДНК, однако это в ние транзиций и трансверсий изменяется в пользу
равной мере относится и к ядерным генам. На­ последних с увеличением времени дивергенции
пример, из наиболее часто используемых для фи­ сравниваемых таксонов (Челомина, 2000). Поэто­
логенетических исследований генов vWF, IRBP, му для оценки генетического родства не слишком
удаленных видов следует использовать транзи­
BRCA1, А2АВ и GHR только последние два под­
ций. При работе с быстро эволюционирующими
держивают монофилию грызунов (Adkins et al.,
последовательностями имеет смысл анализиро­
2001; Huchon et al., 2002). Для грызунов показано,
вать только трансверсии.
что из этих генов наименьшей скоростью замен
характеризуется вторая позиция кодона А2АВ, Сравнительное исследование пригодности 13 ко­
далее по степени возрастания скорости следует дирующих белки генов мтДНК для реконструк­
первая позиция кодона этого же гена, затем ген ции филогенетических отношений далеко отстоя­
IRBP (вторая позиция), vWF (вторая позиция), щих таксонов показало (Russo et al., 1996), что на­
IRBP (первая позиция) и vWF (первая позиция) илучшим из них является ген пятой субъединицы
(Huchon et al., 2002). никотинамид адениндинуклеотид дегидрогеназы
Известно, что третий нуклеотид большинства (ND5), за ним следуют гены ND4 и cytb. Причем
кодонов в транслируемых участках гена наиболее это относится в равной мере к использованию и

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004


284 БАННИКОВА

нуклеотидных, и аминокислотных последова­ тельно, не может не искажать филогенетические


тельностей. Пригодность генов для филогенети­ оценки. По этим причинам из ядерных генов из­
ческого анализа в данном случае определялись по любленным объектом являются гены, структура
возможности генерировать на основе каждого из которых подвергается периодической гомогениза­
них древа той же топологии, что и по результатам ции, например гены рРНК. Кроме того, рибосом-
анализа всех генов, вместе взятых. С этой точки ные гены длинные - есть надежда получить надеж­
зрения гены СОИ (цитохромоксидаза, субъедини­ ный филогенетический сигнал.
ца II), ND1 и ND41 оказались наименее пригодны­ Множество трудностей связано с тем, что раз­
ми для филогенетических построений. Отметим, ные участки одного и того же гена могут изме­
что гены, перечисленные автором этой работы в няться с разной скоростью и, что хуже всего, не
числе лучших, отличаются от "худших" меньшей независимо, а сцепленно с какими-то определен­
длиной нуклеотидной последовательности. ными локусами. Такие гены способны дать самые
Анализ ядерных генов имеет дополнитель­ непредсказуемые результаты в случае филогене­
ные трудности, заключающиеся в том, что толь­ тического анализа. Поэтому довольно часто луч­
ко ортологичные гены подходят для филогене­ шие (наиболее разумные и объяснимые) резуль­
тических реконструкций. Ортологичные гены - таты дает комбинированный анализ данных не по
это последовательности, которые образовались в нескольким полным генным последовательнос­
ходе кладогенеза, т.е. исходно гомологичные ге­ тям, а по отдельным участкам многих генов. Наи­
ны. Далее в ходе эволюции гены могут дуплици- лучший результат от сравнительного анализа
роваться во множестве копий, в результате воз­ полных геномов тоже сомнителен, поскольку его
никают паралогичные гены. В некоторых случа­ можно ожидать только при условии преоблада­
ях количество паралогичных генов, кодирующих ния филогенетически значимых мутаций над мно­
один и тот же белок, может измеряться сотнями. гими повторными и обратными заменами (фило­
Однородность их структур поддерживается спе­ генетическим "шумом") в быстро изменяющихся
циальными механизмами унификации, в ходе ко­ участках генома. Так, на расшифровку полных ми-
торых образуется и некоторое число дефектных тохондриальных геномов возлагали большие на­
генов, которые не принимают участия в синтезе дежды, полагая, что их сопоставление явится фи­
соответствующих мРНК. логенетическим инструментом невиданной мощи,
При избыточном числе паралогичные гены не поскольку обеспечит большое количество при­
испытывают жесткого давления отбора и могут со знаков для анализа (Ursing, Arnason, 1998). Но
временем сильно измениться по сравнению с ис­ очень скоро оказалось, что филогении, построен­
ходными. Такие производные генов называются ные по полным митохондриальным геномам, мо­
псевдогенами. Всегда существует некоторая веро­ гут содержать крупные ошибки (Naylor, Brown,
ятность клонировать, амплифицировать и опреде­ 1998). Отмечена неадекватность митохондриаль-
лять нуклеотидную последовательность псевдоге­ ных геномов для определения эволюционных от­
на вместо интересующего нас гена. Изменения в ношений и времен дивергенции отрядов и надо-
нуклеотидной последовательности псевдогена на­ трядных группировок плацентарных (Showers,
капливаются быстрее, чем в исходном гене, и мо­ 2002). Поэтому некоторые авторы настаивают на
гут создать ложное впечатление быстрой эволю­ том, что данные по полной мтДНК никогда не
ции изучаемой последовательности с соответству­ должны объединяться с наборами других данных
ющим искажением филогенетического древа. в комбинированном филогенетическом анализе
(Gatesy,2001).
Отличие молекулярной природы морской свин­
ки от других грызунов, что установлено на основе
не только полного митохондриального генома Нуклеотидные замены и различия нуклеотидного
(D'Erchia et al., 1996; Janke et al., 1997), но и ядерных и аминокислотного состава
инсулиновых генов (Grauretal., 1991; Li et al., 1992), Показано, что в некоторых таксонах филоге­
до сих пор не имеет объективного объяснения. нетический сигнал в генах рРНК может быть ис­
Вполне возможно, что этот артефакт - следствие кажен резким сдвигом доли оснований AT или GC
не только аномального мутирования инсулиновых (Hasegawa, Hashimoto, 1993). В связи с этим снача­
генов, которое повлекло за собой каскадную эво­ ла было предположено, что филогении, реконст­
люцию ряда других последовательностей (Frye, руированные по аминокислотным последователь­
Hedges, 1995). Возможно, дело также в паралогии ностям белков, обеспечивают более надежную
инсулиновых генов, аминокислотные последова­ информацию. Но в дальнейшем оказалось, что
тельности которых анализировали (Cao et al., 1997). сдвиг нуклеотидного состава ДНК может приво­
Поскольку у одних видов гены могут быть одно- дить также к сдвигу и аминокислотного состава,
копийными, а у других дуплицированными, то па- чем вызывает изменение результатов филогене­
ралогия никогда не может уверенно исключаться тического анализа и по белковым данным (Foster,
из набора данных по конкретному гену и, следова­ Hickey, 1999).

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 285

Результаты проведенных в последнее время крысы и мыши изменяются наиболее необычно,


статистических тестов подчеркивают сильно от­ в то время как мтДНК морской свинки имеет са­
личающийся от других плацентарных нуклеотид- мый типичный характер нуклеотидных замен.
ный состав мтДНК у ежей, приматов и мышеоб­ Это хорошо согласуется с исследованиями репа­
разных грызунов (Waddell et al., 1999a,b; Schmitz рационных процессов ДНК, которые показали,
etal.,2002). что у некоторых мышиных замедлены или неэф­
На деревьях, реконструированных по мтДНК, фективны механизмы репликации и репарации
еж занимает базальное положение относительно ДНК (Holmquist, Filinski, 1994; Karlin, Mrazek,
плацентарных, нарушая монофилию Eulipotyphla 1997). По теории нейтральности (Кимура, 1985)
(Krettek et al., 1995; Mouchaty et al., 2000a;b; Arnason это должно приводить к различию в эволюции
et al., 2002). Однако аминокислотный состав коди­ последовательностей. Самый простой механизм
руемых мтДНК 12 белков ежа сильно отличается сдвига аминокислотного состава - изменение от­
носительной скорости мутирования в некоторых
от среднего для 44 видов млекопитающих (Ni-
парах нуклеотидов. Для мтДНК мышиных отме­
kaido et al., 2003a). Результаты анализа этих
чены сдвиги нуклеотидных частот сравнительно с
данных по методу наибольшего правдоподобия
другими плацентарными в сторону С/Г (Karlin,
прямо зависели от допущений принятой в нем Mrazek, 1997). Существуют предварительные дан­
статистической модели: поддержка базального ные такого же рода по яДНК (Holmquist, Filinski,
положения ежа (по сравнению с гипотезой Eulipo­ 1994; Op het Veld et al., 1997). Показано, что сте­
typhla) несколько уменьшалась, если принималась пень сдвига нуклеотидного состава Muridae в сто­
во внимание гетерогенность скоростей замен в рону С/Т такая же, как у сумчатых (Phillips et al.,
сайтах (Nikaido et al., 2001, 2003а). Учитывая дан­ 2001).
ные по яДНК (Murphy et al., 2001a,b) и полагая, что
модель гетерогенности скорости замен в сайтах Таким образом, факт композиционной плас­
наиболее реалистична (Yang, 1996), базальное по­ тичности мтДНК у плацентарных установлен, хо­
ложение ежа представляется артефактным след­ тя полная картина для разных таксонов пока оста­
ствием высокой скорости нуклеотидных замен и ется неясной. Предполагаемые причины касаются
сдвинутой аминокислотной композиции митохон- в основном таких мутационных механизмов, как
дриальных белков, а также гетерогенности ско­ повреждение и репарация ДНК и ошибки репли­
ростей замен в сайтах. каций. Однако ясно, что пластичность нуклеотид­
ного и аминокислотного составов, усиленная не­
Во всех филогенетических реконструкциях, ос­ адекватностью размера выборки таксонов, может
нованных на мтДНК, антропоидам соответствует приводить к ошибочным реконструкциям филоге­
очень длинная ветвь, а долгопяты и лори объеди­ нии и неправильным датировкам. К сожалению,
няются в одной монофилетической группе и вне эти эффекты игнорируются большинством совре­
остальных приматов. Это объясняется сдвигом менных методов построения молекулярных дере­
нуклеотидного состава у антропоидов по сравне­ вьев.
нию с другими плацентарными. Ускорение несино­
нимичных замещений в мтДНК высших обезьян
независимо отмечено по генам СОИ (Adkins et al., Эффект притяжевия длинных ветвей
1996), COI (Andrews, Easteal, 2000) и cyth (Andrews Следствием резко выраженного различия в ха­
etal., 1998) и связано с увеличением доли С- и рактере и скорости нуклеотидных замен и суще­
уменьшением доли А- и Т-оснований. Соответст­ ственного сдвига нуклеотидного состава мтДНК
венно у высших обезьян аминокислотный состав чаще всего оказывается эффект притяжения
мтДНК основан преимущественно на увеличении длинных ветвей (ПДВ). Это выражается в том,
частот оснований G+C, в то время как у долгопята что отдаленные ветви группируются независимо
и лори, так же как у большинства других плацен­ от их филогенетической близости (Hillis, 1996;
тарных, он связан с основаниями А+Т. Корреляци­ Swofford et al., 1996). Например, когда использует­
онный анализ аминокислотного и нуклеотидного ся слишком отдаленная внешняя группа, наибо­
состава по всем позициям кодонов и отдельно лее быстро эволюционирующий таксон "притя­
только по третьей (молчащей) позиции показал гивается" длинной ветвью этой внешней группы и
высокую корреляцию между ними (Schmitz et al., искусственным образом ответвляется раньше,
2002). Эти результаты позволили авторам сделать что искажает его родственные связи. Считается,
вывод о том, что у приматов различия в аминокис­ что использование эволюционных моделей, под­
лотном составе разных таксонов есть результат разумевающих равенство скоростей эволюции
сдвига нуклеотидного состава вследствие направ­ в разных сайтах, увеличивает эффект ПДВ (Sulli­
ленного мутационного давления, а не положитель­ van, Swofford, 1997; Yang, 1996).
ного отбора.
Примером эффекта ПДВ служит положение
Из всех проанализированных к настоящему ежа на деревьях мтДНК. Число нуклеотидных за­
времени грызунов последовательности мтДНК мен в ветви ежа самое большое. Самая длинная

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2(


286 БАННИКОВА

ветвь ежа притягивается еще более длинной вет­ ло, что сумчатые и однопроходные составляют
вью Monotremata или Marsupialia и искусственным единую кладу относительно плацентарных (Janke
образом ответвляется раньше, что не отражает et al., 1997). Эта реконструкция существенно отли­
его родственных связей. Заметим, что ПДВ ежа и чается от классической точки зрения: возможная
муридных грызунов с использованием Monotrem­ причина состоит в том, что в качестве внешней
ata или Marsupialia как внешней группы характе­ группы использован весьма отдаленный организм -
ризует деревья, полученные не только по мтДНК, Xenopus (Amphibia). Кроме того, в разбираемой
но и по нуклеотидным и белковым последова­ работе применяется модель равноскоростных из­
тельностям ядерного гена BRCA1 (Madsen et al., менений в сайтах, что приводит к тенденциознос­
2001; Waddelletal., 2001). ти филогенетической гипотезы и увеличивает эф­
В филогенетическом анализе Paenungulata (от­ фект ПДВ (Sullivan, Swofford, 1997).
ряды Hyracoidea, Proboscidea, Sirenia), выполнен­
ном методом наибольшего правдоподобия по дан­
ным секвенирования митохондриальных генов Длина анализируемой последовательности,
12S рРНК, 16S рРНК, T P H K V S U И cyth, высокую число и разнообразие таксонов
статистическую поддержку получила группиров­ Статистическая достоверность тех или иных
ка даманов и сирен (клада Hiracoidea+Sirenia), в то группировок на деревьях зависит от длины анали­
время как на древе ядерных генов сирены группи­ зируемой последовательности, объема выборки и
руются не с даманами, а со слонами (клада Probos- разнообразия таксонов.
cidea+Sirenia). Последняя имеет невысокую ста­ Например, показано, что изменение числа так­
тистическую поддержку (Amrine, Springer, 1999), но сонов, включенных в анализ генов 12S-16S РНК,
согласуется с морфологическими данными (МсКеп- сильно меняет статистическую поддержку группи­
па, 1975). Из ранее исследованных молекулярных ровок (Douady et al., 2002). При анализе полного ми-
структур одни поддерживают монофилию груп­
тохондриального генома Chiroptera в сравнении с
пировок Hiracoidea+Proboscidea, другие - группи­
другими представителями Laurasiatheria увеличе­
ровку Hyracoidea+Sirenia (De Jong et al., 1981; Stan­
ние числа таксонов Chiroptera результировалось в
hope et al., 1998). В случае митохондриальных по­
следовательностей тест относительных скоростей возрастании бутстрэп-поддержка клады Scrotifera
эволюции в разных ветвях древа (relative rate test, (Laurasiatheria без Eulipotyphla) (Lin, Penny, 2001).
RRT) в присутствии внешней группы, состоящей У грызунов по гену IRBP одними авторами (Ни-
из трубкозуба и прыгунчика, показал, что число chon et al., 2002) обнаружено родство бобров и го­
замен в ветви слонов значительно выше, чем в феров (Castoridae+Geomyoidea), но результаты
ветви сирен, а ветвь даманов имеет достоверно секвенирования того же гена в другом исследова­
больше замен, чем ветвь сирен. В случае ядерных нии дали иной результат: гоферы группируются с
генов, наоборот, RRT показал, что ветвь даманов Hystricognathi, а бобры - с Sciuroidea и мышеоб­
достоверно длиннее и ветви слона, и ветви сирен, разными (DeBry, Sagel, 2001). Возможно, это про­
а те в свою очередь достоверно не отличаются тиворечие объясняется именно недостаточной
друг от друга. Таким образом, в данном случае бо­ выборкой таксонов во втором случае: отсутству­
лее длинная ветвь даманов как бы притягивается ют Anomaluromorpha, которые в филогенетичес­
самой длинной ветвью внешней группы, т.е. наи­ ком анализе группируются либо с Castor+Geomy-
более быстро эволюционирующий таксон искус­ idae, либо с мышеобразными.
ственным образом ответвляется раньше, что не Считается, что, чем анализировать много раз­
всегда отражает его родственные связи. Неудача ных коротких последовательностей или одну
в получении высокодостоверных независимых длинную, но всего для нескольких видов, лучше
данных в пользу той или иной гипотезы связана с увеличить выборку видов, так как при этом возра­
различной скоростью нуклеотидных замен в раз­ стает репрезентативность данных (Lecointre et al.,
ных филогенетических линиях и ПДВ. 1993) и уменьшается эффект притяжения длин­
ных ветвей (Hillis, 1996). Однако довольно часто в
случае слаборазрешенных деревьев статистичес­
Внешняя группа кую достоверность той или иной топологии мож­
В современных филогенетических реконструк­ но повысить, анализируя более длинные последо­
циях для "укоренения" древа используется внешняя вательности.
группа. Степень удаленности используемых внеш­ Заключение о том, что служит потенциальным
них групп также влияет на результаты филогене­ источником ошибок в филогенетических исследо­
тического анализа. ваниях - недостаточный объем выборки или ма­
Так, исследование 12 из 13 кодирующих мито­ лая длина последовательности, было проверено
хондриальных последовательностей у 22 видов компьютерным моделированием по трем основ­
млекопитающих из всех современных отрядов ным параметрам: число образцов, скорость эво­
Eutheria, а также Marsupialia и Monotremata показа­ люции и длина гена на материале из всевозмож-

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ ТОМ 65 № 4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 287

ных геномных баз данных (Rosenberg, Kumar, тей, определяемый взаимодействием различных
2001). При использовании максимально возмож­ механизмов молекулярного драйва: неравного
ного или в разной степени сокращенного количест­ кроссинговера, генной конверсии, транспозиции,
ва образцов деревья, полученные на основании репликационного проскальзывания и РНК-опо­
разных методов (максимальной экономии, макси­ средованной передачи генетической информации
мального правдоподобия и ближайшего связыва­ (Dover, 1982, 1986). В результате амплификации
ния) имели одинаковое число филогенетических отдельных элементов или блоков из нескольких
ошибок по внутренним узлам. Авторы этой рабо­ элементов повторов и быстрого распространения
ты полагают, что для усиления достоверности фи­ мутаций по геному происходит гомогенизация се­
логенетических выводов увеличение длины по­ мейств повторов. Поэтому стДНК - одна из наи­
следовательности важнее, чем расширение набо­ более динамичных частей генома.
ра секвенированных образцов. Возможности стДНК как филогенетического
К такому же выводу пришли исследователи инструмента используются недостаточно, что, воз­
филогении Lemuridae: выясняя взаимоотношения можно, связано с обаянием концепции "эгоистич­
видов в роде Eulemur, авторы пытались повысить ности". Довольно подробно изучена эволюция
весьма проблематичное разрешение клад древа стДНК в отряде Artiodactyla (Pech et al., 1979; Jobse
путем изменения набора видов или/и числа при­ et al., 1995; Modi et al., 1996). Видоспецифичность
знаков (Yoder, Irwin, 1999). Было обнаружено, что оленьих и бычьих сателлитов представляет инте­
комбинированные генные последовательности рес в качестве видового идентификационного те­
(полный ген cytb, COW и D-петля) более устойчи­ ста. Например, гибридизация оленьего сателлита
вы к изменениям размера выборки, чем наборы CCsatHI с ДНК косули (Capreolus pygargus), север­
данных по какому-либо одному гену. Это означа­ ного оленя (Rangifer tarandus), белохвостого
ет, что увеличение числа признаков стабилизиру­ (Odocoileus virginianus) и чернохвостого (О. hemionis)
ет филогенетическое древо. И хотя в цитируемой оленей, но отсутствие гибридизации с ДНК дру­
работе взаимоотношения Eulemur так и остались гих видов свидетельствует в пользу принадлежно­
неясными, приходится признать, что, когда фило- сти косули к подсемейству американских оленей
генетика млекопитающих сталкивается с корот­ Odocoileinae (Buntjer et al., 1995).
кими внутренними ветвями древа и неразрешен­ Блот-гибридизацию проб стДНК применяли
ной топологией при исчерпывающем для данной для изучения межвидовых связей китообразных,
группы количестве таксонов, единственный аль­ оленей и мозоленогих (Arnason et al., 1984, 1988,
тернативный путь решения проблемы заключа­ Bogenbergeretal., 1987; Vidal-Riojaetal., 1994). По­
ется в привлечении дополнительных признаков. лученные результаты соответствуют морфоло­
гическим данным. Интерес представляют данные
о стДНК ластоногих (Pennipedia): некоторые са­
ПОВТОРЯЮЩИЕСЯ теллиты, найденные у тюленей, гибридизуются с
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ сателлитами куньих (Mustelidae), но не других
Существенно больший объем генома по срав­ Carnivora, т.е. подтверждается предположение о
нению со структурными генами приходится, по- филогенетической связи ластоногих с мустелоид-
видимому, на селективно нейтральные повторяю­ ной ветвью наземных хищных (Arnason, Widegren,
щиеся последовательности - тандемные и диспер­ 1986).
гированные. Видовая и родовая специфичность стДНК до­
казана многими авторами на разных грызунах
Тандемные повторы (Miklos, 1985; Dod et al., 1989; Челомина и др., 1990,
К тандемным принадлежит сателлитная ДНК 1998; Потапов, Рысков, 1993; Потапов и др. 1999),
(стДНК), которая составляет от 10 до 20% генома насекомоядных (Банникова и др., 1995,1996), парно­
млекопитающих. Степень повторяемости элемен­ копытных (Медников и др., 1995), приматах (Fe-
тов может достигать более 106 копий на геном. dorova et al., 1999) и рукокрылых (Матвеев и др.,
Располагается стДНК в гетерохроматиновых уча­ 2000).
стках центромер, т.е. в функционально неактив­ В целом наличие общих сателлитов у близких
ной области (Беридзе, 1982). Функции высокопов- видов, видимо, распространенное явление, но
торяющейся ДНК дискуссионны, но основное по­ большая скорость эволюции стДНК может ре-
ложение о сателлитах как о "мусорной" или зультироваться в так называемой "звездной" фи­
"эгоистической" части генома (Orgel, Crick, 1980) логении (Bachmann et al., 1993). Подробное исполь­
теперь поколеблено (Оловников, 1996; Dimitri, зование сателлитов в качестве эволюционных
Junakovic, 1999). Их упорядоченная структура со­ маркеров и многочисленные развернутые приме­
храняется благодаря так называемой "концертной ры этих исследований по разным группам млеко­
эволюции", под которой понимается способ эво­ питающих и других позвоночных изложены в об­
люционирования тандемных последовательнос­ зоре В.В. Гречко (2002).

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004


288 БАННИКОВА

Диспергированные повторы разована А-богатой последовательностью, тогда


Диспергированные, т.е. рассеянные по геному как головная и центральная части совершенно
в виде отдельных копий, короткие и длинные по­ различны у SINEs разных семейств (Крамеров,
вторы (ретропозоны), повторяющиеся с частотой 1987; Okada, 1990). Фактически сразу после их от­
10-104 копий на геном, известны соответственно крытия была показана их таксонспецифичность
как SINEs (short interspersed elements) и LINEs (long разного уровня (Singer, 1982). Всего из геномов
interspersed elements). млекопитающих сейчас описано более 10 се­
мейств SINEs, которые активно применяются в
LINEs - это ретропозоны размером 3-7 т.п.н.,
качестве филогенетических маркеров.
которые транскрибируются РНК-полимеразой II.
В геномах млекопитающих они присутствуют с Наличие в геноме семейства SINEs является
момента дивергенции сумчатых и плацентарных, "совершенной синапоморфией" - надежным
т.е. более 100 млн. лет, и составляют не менее 10% маркером клады эволюционного древа. Причина в
генома (Burton et al., 1986; Hardison, Miller, 1993). том, что, однажды возникнув в стволовой линии,
LINEs млекопитающих подвергаются амплифи­ семейство SINEs передается всем последующим
кации, в ходе которой множественные копии этих ветвям этого древа (Крамеров и др., 1980; Краме­
элементов рассеиваются по геному. Эта ампли­ ров, 1987; Shimamura et al., 1997; Serdobova,
фикация может быть обнаружена и датирована. Kramerov, 1998; Kramerov et al., 1999; Nikaido et al.,
Поскольку структура семейств длинных ретропо- 1999; Shedlock, Okada, 2000).
зонов размывается со временем, LINEs в большей He менее надежный синапоморфный признак -
степени пригодны для изучения тех событий в это наличие отдельных копий SINEs в определен­
эволюции млекопитающих, которые произошли ных локусах генома (инсерции). Предполагается,
не более 25-50 млн. лет назад. Но исследование что инсерции SINEs свободны от конвергенции и
их общего строения позволяет выделять и отно­ реверсий, т.е. вероятность возникновения точно
сительно недавние видообразовательные собы­ такой же вставки дважды в одном и том же месте
тия (Usdin et al., 1995). генома ничтожно мала. Во всяком случае, не из­
Так, у грызунов с помощью LINEs установле­ вестны механизмы таких процессов (Shedlock,
ны сестринские взаимоотношения родов Microtus Okada, 2000), поэтому считается, что филогенети­
и Clethrionomys и монофилия настоящих леммин­ ческий сигнал этих маркеров не теряется в шуме
гов, показано малое число синапоморфий, объе­ гомоплазий.
диняющее роды подсемейства Arvicolinae (Modi, Таким образом, филогенетическая ценность
1996), что обусловливает политомию этого под­ SINEs определяется тем, что 1) присутствие в
семейства, позднее подтвержденную секвениро- ДНК разных видов одного и того же семейства
ванием мтДНК (Conroy, Cook, 1999). Другие серь­ SINEs может быть результатом только их общего
езные проблемы в систематике грызунов также происхождения, т.е. является апоморфным при­
решены с помощью семейства LINEs L1: роды знаком; 2) встраивание этих генетических эле­
Acomys, Lophuromys и Uranomys выведены из под­ ментов в геном необратимо; 3) в отличие от LINEs
семейства Murinae, к которому отнесен род Otomys они распространяются в геномах путем только
(Usdin et al., 1995). Однако обнаруженная недавно вертикальной передачи. Все это определяет цен­
возможность горизонтального переноса транспо- ность SINEs как кладистических маркеров видо­
зонных элементов, в том числе переноса элемен­ образования (Miyamoto, 1999; Shedlock, Okada,
та LINE BovA от рептилий к предкам жвачных 2000). Многие исследователи указывают теперь
(Kordis, Gubensek, 1998), означает, что и эти мар­ на необходимость тестирования любых филоге­
керы имеют свои ограничения. Впрочем, такого нетических гипотез с помощью SINEs (Waddell
рода данные нуждаются в подтверждении. etal., 2001; Lin et al., 2002).
SINEs - короткие ретропозоны длиной 80- Всех млекопитающих объединяет присутствие
400 п.н., число копий варьирует от 103 до 105 на ге­ в их геномах одного из самых древних семейств
ном, причем вид может иметь несколько семейств SINEs - MIR (mammalian interspersed repeat) с 105 ко­
SINEs в своем геноме. SINEs транскрибируются пиями (Jurka et al., 1995; Smit, Riggs, 1995). Это одно
РНК-полимеразой III, образующиеся низкомоле­ из самых древних среди известных семейств
кулярные РНК, видимо, могут подвергаться об­ SINEs, о чем свидетельствуют широкий круг рас­
ратной транскрипции, давая в некоторых случаях пространения и очень большая (вплоть до 50%)
новые копии SINEs. Подавляющее большинство дивергенция его копий. Последний факт также
семейств SINEs ведет свое происхождение от ге­ указывает на то, что в отличие от других извест­
нов класса III, которые кодируют малые цитоплаз- ных SINEs MIR уже довольно давно перестал амп-
матические РНК, например тРНК и 7SL-PHK, что лифицироваться. Видимо, вследствие древности
было установлено по наличию сходства нуклео- полноразмерные копии MIR длиной 260 п.н. встре­
тидных последовательностей тРНК и головной чаются редко. Как правило, копии лишены одно­
части SINEs. Хвостовая часть SINEs обычно об­ го или обоих концов и значительное их большинст-

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 289

во, по не вполне понятным причинам, представлено вения у них этих элементов. В геномах сони и бел­
только центральным участком (CORE-последова- ки найден элемент BI-dID, состоящий из последо­
тельность) длиной около 70 п.н. В SINEs даже са­ вательностей как В1, так и ID, который в меньшем
мых далеких таксонов, от растений до млекопита­ количестве и с несколько иной последовательнос­
ющих, обнаружена некая консервативная после­ тью имелся также у бобра, дикобраза и морской
довательность - так называемая CORE-SINE, свинки, но совсем отсутствовал у мышей, полевок,
которая является фрагментом элемента MIR и воз­ тушканчиков, мышовок и слепышей (Kramerov
раст которой оценивается в 550 млн. лет (Gilbert, etal., 1999). Распространение и количественные
Labuda, 2000). соотношения элемента BI-dID показали, что Gli­
Первым элементом из CORE-SINEs, имев­ ridae и Sciuridae имеют общее происхождение и
шимся именно у млекопитающих, был, видимо, соневые, следовательно, не принадлежат к мио-
Ther-1 (theria). Затем по мере разделения одно­ морфным грызунам, как это предполагалось ра­
проходных, сумчатых и плацентарных образовы­ нее (Romer, 1966).
вались специфичные для них генетические эле­ Одно из первых удачных применений инсер-
менты. Когда однопроходные отделились от об­ ций SINEs для изучения филогении млекопитаю­
щего ствола сумчатых и плацентарных, т.е. более щих - обнаружение специфичного короткого ре­
170 млн. лет назад (Kumar, Hedges, 1998), возник­ тропозона, общего для китообразных, бегемотов
ло семейство CORE-SINEs - Моп-1. Отделению и жвачных (Shimamura et al., 1997; Shedlock, Okada,
линии сумчатых 130 млн. лет назад сопутствовала 2000). Кладу, объединяющую китообразных с бе­
амплификация двух специфичных для этой линии гемотами, поддерживают 4 синапоморфии SINEs
семейств CORE-SINEs - Маг-1 и Оро-1. Семейство из семейства CHR-1; другие 4 инсерции этого
Моп-1 маркирует яйцекладущих, семейства Маг-1 SINE и одна инсерция LINE семейства ARE также
и Оро-1 - сумчатых. В линии плацентарных воз­ свидетельствуют в пользу парафилии парноко­
никло семейство Ther-2, после чего никаких но­ пытных (Nikaido et al., 1999). Возраст повтора ARE
вых семейств CORE-SINEs у млекопитающих составляет не менее 25 млн. лет, т.е. появление
уже не возникало. Амплификация CORE-SINEs его совпадает с дивергенцией парнокопытных и
Ther-1 и Ther-2 могла прекратиться до (110-80 млн. китообразных (Alexander et al., 1995). Семейства
лет назад) или вскоре после (65 млн. лет назад) ра­ SINEs Bov-A2 и Bov-B, характеризующие подот­
диации плацентарных. ряд жвачных парнокопытных (Ruminantia), и по­
Три группы насекомоядных - Soricidae, Talpidae втор SSPRE, маркирующий семейство свиных
и Erinaceidae - маркируются специфическими для (Suidae), значительно моложе (Yasue, Wada, 1996).
них SINEs: SOR, TAL, ERI-1 и ERI-2 (Borodulina, Однако и при использовании стДНК и повто­
Kramerov, 2001). Семейство коротких ретропозо- ров типа LINEs и SINEs как филогенетических
нов VES (Borodulina, Kramerov, 1999) найдено в гено­ маркеров имеются потенциальные источники оши­
мах всех Microchiroptera, кроме Rhinolophoidea бок. Первый из них - случайное вымывание (или
(Kawai et al., 2002), что указывает на обособлен­ фиксация) одного из аллелей в результате дрейфа
ность последних. генов при небольшом эффективном размере по­
Распространение в геномах грызунов генети­ пуляции, что может наблюдаться в случае очень
ческих элементов Bl, B2, ID, DIP и BI-diD близких во времени событий видообразования
(Kramerov et al., 1999) подтверждает филогению, (Tachida, Iizuka, 1993). Преодоление этой пробле­
разработанную на основании морфологических и мы заключается в изучении распространения не
палеонтологических признаков, и согласуется с одной, а многих инсерции для доказательства мо-
некоторыми другими молекулярными данными нофилии таксонов.
(Nedbal et al., 1996). Элемент Bl (7SL РНК родст­ Второй источник ошибок - утрата информации
венный SINE) (Krayev et al., 1980) имеется в гено­ из-за мутационного "разваливания" данного по­
мах всех грызунов. В яДНК грызунов из семейств втора в результате рекомбинаций, вероятность
Muridae, Cricetidae и Spalacidae содержится боль­ чего выше для далеких, давно дивергировавших
шое число копий ретропозона В2 (тРНК-родст- таксонов. Поэтому эффективное восстановление
венный) (Krayev et al., 1982; Serdobova, Kramerov, филогении по распространению инсерции огра­
1998), тогда как в геномах Dipodidae, Zapodidae, ничено таксонами с не более чем 25-ным разли­
Gliridae, Sciuridae, Hystricidae и Caviidae этот SINE чием последовательностей, разошедшимися менее
не представлен даже одиночными копиями. Круг 50 млн. лет назад.
видов, несущих в своих геномах элемент DIP, го­ Наконец, нельзя, по-видимому, исключить и
мологичный элементу В2, ограничен семейства­ возможности гомоплазии. Подтверждение этого
ми Dipodidae и Zapodidae. Отсутствие в геноме неприятного заключения содержится в работе по
морской свинки и сони ретропозонов типа В2 и SINEs хищных (Slattery et al., 2000), где у Felidae най­
DIP говорит о том, что семейства Caviidae и Gliridae дены спорадические инсерции в интроне гена Smcy,
отделились от остальных грызунов до возникно- не связанные с дивергенцией видов. В роде Felis

2 ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2(


290 БАННИКОВА

только геном F. silvestris имел SINE в интроне Smcy. (Медников, 1980; Sibley et al., 1984). В современ­
Но такой же генетический элемент в том же локу- ной молекулярной филогенетике этот метод
се с идентичными фланкирующими участками практически вышел из употребления вследствие
был найден в геноме Lynx rufus - вида, достаточно низкой разрешающей способности, трудностей с
отдаленного от рода Felis, что очень походит на воспроизводимостью результата и, следователь­
инсерцию по одинаковым фланкирующим после­ но, неоднозначной интерпретацией данных. Од­
довательностям. Если так, то инсерции SINEs в нако все же можно указать некоторые работы,
идентичных сайтах у разных видов могут быть не где молекулярная гибридизация ДНК в современ­
связаны с их филогенией, что противоречит гипо­ ной модификации, предусматривающей ужесто­
тезе о неподверженности SINEs конвергенциям чение условий реакции, была применена для оцен­
(Nikaido et al., 1999). ки родства таксонов млекопитающих. Например, с
помощью гибридизации ДНК была изучена моле­
кулярная эволюция муридных грызунов (Catzeflis
МУЛЬТИЛОКУСНЫЕ МАРКЕРЫ ДНК et al., 1992,1995), выявлена парафилия рода рыжих
В ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОМ АНАЛИЗЕ полевок Clethrionomys относительно скальных по-
В основе всех филогенетических схем, выстро­ левок Alticola (Гилева и др., 1990), уточнены фило­
енных по последовательности каких-либо генов генетические связи новозеландских летучих мы­
или некодирующих элементов, лежит секвениро- шей Mystacinidae с другими рукокрылыми, уста­
вание ДНК, которое позволяет проводить прямое новлена близость этого вида к рыбоядным
сравнение полных или частичных нуклеотидных летучим мышам Noctilionidae (Kirsch et al., 1998).
последовательностей. Методикам и проблемам В современных сравнительно-молекулярных
секвенирования посвящена обширная литерату­ исследованиях более популярен метод гибридиза­
ра, в т.ч. книга А.В. Чемериса с соавт. (2000). Это, ции по Саузерну (Sambrook et al., 1989). Его можно
конечно, лучшее из арсенала средств молекуляр­ использовать как для идентификации последова­
ной филогенетики; но и оно имеет свои ограниче­ тельностей в гидролизатах суммарной ДНК, так и
ния. Самое важное из них заключается в том, что для локализации специфических последователь­
результаты, основанные на анализе единственно­ ностей в клонированной ДНК. Он получил очень
го генного локуса, представляют собой данные об большую популярность и открыл целое направ­
эволюции только этого локуса и могут не совпа­ ление в сравнительном анализе геномов. С помо­
дать с данными для другой последовательности щью гибридизации по Саузерну проведены, на­
того же генома и слабо отражать историю вида в пример, удачные сравнения стДНК нескольких
целом. Для получения высокоразрешенных фи­ десятков видов парнокопытных из семи семейств
логенетических древес, теперь ясно, недостаточ­ (Modi et al., 1996), изучены дивергенция повторов
но одного гена, а требуются комбинированные ДНК и таксоноспецифичность сателлитных се­
последовательности из нескольких. мейств у Cervidae и Bovidae (Lima-de-Faria et al.,
Другой способ обойти эту проблему состоит в 1984; Buntjer, 1997).
использовании мультилокусного анализа, кото­
рый позволяет сканировать мутации по всему ге­
ному и сопоставлять более или менее протяжен­ Рестриктазный анализ
ные его куски. Это дает возможность сравнивать Рестриктазный анализ выявляет изменения в
не один конкретный ген, а многие, но анонимные длине фрагментов геномной ДНК, возникающие
последовательности с неизвестными функциями при расщеплении специфическими ферментами
и часто неясной локализацией. Преимущества рестрикции, поэтому этот метод называют еще
мультилокусных маркеров состоят в анализе зна­ методом полиморфизма длин рестрикционных
чительно большей и, что особенно важно, - раз­ фрагментов (ПДРФ). К потере участков узнавания
личной в функциональном плане части генома. рестриктаз приводят вариации в последовательно­
В последующих разделах изложены некото­ сти геномной ДНК, вызванные точковыми нукле-
рые, наиболее широко известные методы муль­ отидными заменами, а также инверсиями, делени­
тилокусного анализа, а в таблице приведены гра­ ями и инсерциями.
ницы их применения. Широкое распространение получил рестрик­
тазный анализ митохондриальной и нефракциони-
рованной геномной ДНК. К числу модификаций
Гибридизация ДНК х ДНК последнего относится разработанный отечествен­
Молекулярная гибридизация ДНК - это ме­ ными учеными метод таксономического "фингер-
тод, позволяющий оценить степень общего сход­ принта" ДНК, или таксонпринт (Федоров и др.,
ства ДНК у разных организмов при попарном 1992; Grechko et al., 1997; Fedorov et al., 1999). При­
сравнении. На молекулярной гибридизации всей знаки в таксонпринте могут быть подразделены на
геномной ДНК или отдельных ее фракций осно­ два типа: вариабельные и невариабельные. К вари­
ваны самые первые работы по геносистематике абельным относятся видоспецифичные или специ-

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 291

фичные для групп близких видов рестриктные amplified polymorphic DNA in polymerase chain reac­
фрагменты. Природа вариабельных таксонпринт- tion). В ПЦР определенная последовательность
ных фрагментов доказана секвенированием, это ДНК в течение нескольких часов умножается
сателлитная ДНК (Рудых и др., 2002). Таким обра­ in vitro в количестве, превышающем исходное в
зом, таксонпринт способен выявить степень меж­ 108 раз. Метод RAPD-PCR позволяет разнонаправ­
видовой дивергенции стДНК без таких трудоемких ленно в каждой цепи амплифицировать участки
этапов анализа, как клонирование и секвенирова- ДНК, ограниченные последовательностью, ком­
ние. Невариабельные фрагменты объединяют плементарной случайному праймеру - искусствен­
представителей одного рода или семейства. Каж­ но синтезированной олигонуклеотидной последо­
дый таксон может быть охарактеризован набором вательности (Williams et al., 1990; Welsh, McClelland,
таких полос. Показано, что невариабельные так- 1990, 1991).
сонпринтные полосы, по крайней мере в гено-
спектрах приматов, соответствуют фрагментам Число работ, выполненных по этой методике,
диспергированных Alu- и L1-повторов (Fedorov необъятно, хотя относящихся именно к млекопи­
et al., 1999). тающим меньше, чем к другим животным. Один
из примеров удачного и адекватного использова­
Замечательно, что в подавляющем большин­ ния этой методики для межвидовых сравнений
стве случаев в таксонпринте отсутствует индиви­ млекопитающих - исследование систематики эн­
дуальная и межпопуляционная изменчивость, что демичных африканских грызунов видового ком­
дает возможность оперировать единичными эк­ плекса Lophuromys flavopunctatus (Lavrenchenko
земплярами исследуемых животных, не прибегая
et al., 2001). Полученные результаты указывают
к анализу больших выборок.
на древнюю дивергенцию афроальпийских видов
Таксонпринт принципиально отличается от рес- и недавнее происхождение лесных видов этой
триктазного анализа уникальных участков геном­ группы.
ной ДНК или мтДНК. Согласно распространенно­
му мнению (Swofford et al., 1996) рестрикционные
фрагменты генома не являются независимыми Inter-SINE-PCR
признаками и поэтому их нельзя использовать в
В классическом варианте ПЦР осуществляют с
филогенетическом анализе. Однако данная крити­
праймерами, направленными на известную олиго-
ка рестриктазного анализа не распространяется на
нуклеотидную последовательность - специфичная
метод таксонпринта, так как существуют принци­
пиальные различия между свойствами рестрикци- ПЦР. Один из ее вариантов - inter-SINE-PCR, или
онных фрагментов однокопийных участков гено­ IS-PCR (Jurka et al., 1995) - анализ полиморфизма
ма и высококопийных повторов. Точечные мута­ длин участков ДНК, ограниченных копиями
ции не могут возникать синхронно в одних и тех же SINEs, находящимися на расстоянии 100-1000 п.н.
сайтах в тысячах копий диспергированных повто­ друг от друга. Отличия от RAPD заключаются в
ров. Следовательно, они не могут привести к спон­ использовании специфичных и длинных прайме-
танной замене одной невариабельной таксон- ров, а также разделении радиоактивно меченных
принтной полосы на другую (Fedorov et al., 1999). продуктов амплификации в денатурирующем
Кроме того, возможность заметить мутацию в по­ сиквенсовом геле, что значительно повышает раз­
вторяющейся ДНК методом таксонпринта непре­ решающую способность метода. Длинные спе­
менно связана с распространением этой мутации цифичные праймеры позволяют повысить тем­
по всем копиям тандемного повтора, т.е. с ампли- пературу их присоединения, что увеличивает
фикационным событием, вероятность которого, воспроизводимость при одновременном увеличе­
соответствует вероятности видообразования. Сле­ нии информативности.
довательно, маркеры таксонпринта более надеж­ Впервые полиморфизм длины участков ДНК,
ны, чем маркеры рестриктазного анализа одноко- фланкируемых короткими диспергированными
пийной ДНК. повторами, был исследован при изучении А1и-по-
Среди млекопитающих методом таксонпринта лиморфизма в геноме человека (так называемая
исследованы родственные связи в группах парно­ Alu-PCR, или IRS-PCR, Nelson et al., 1991). Позже
копытных, грызунов (Рысков и др., 1994; Потапов этим способом был исследован полиморфизм
и др., 1999), насекомоядных (Банникова и др., 1995, других коротких диспергированных повторов в
1996; Bannikova et al., 2002) и рукокрылых Матве­ отряде млекопитающих Artiodactyla (Kaukinen,
ев и др., 2000). Varvio, 1992). Опыт использования MIR-полимор-
физма (inter-MIR-PCR) для изучения филогении и
RAPD-PCR систематики млекопитающих включает парноко­
Из молекулярных маркеров, основанных на ис­ пытных (Buntjer, 1997), насекомоядных и руко­
пользовании полимеразной цепной реакции (ПЦР), крылых (Банникова и др., 2002) и грызунов
наиболее известен и популярен RAPD-PCR (random (Брандлер, 2003).

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004 2*


292 БАННИКОВА

ISSR-PCR сивную гомозиготу от неамплифицированной


ISSR-PCR (inter-microsatellite-PCR) - это ампли­ последовательности нельзя. Подсчитать частоты
фикация участков ДНК, фланкируемых микроса­ аллелей в типичном случае невозможно, в то вре­
теллитами (Zietkiewicz et al., 1994). Микросателли­ мя как монолокусные маркеры анализируются
ты (МС), или простые повторы (simple sequence именно как аллели с частотами. Этот факт лег в
repeats) - это сателлитные последовательности с основу концептуальных возражений против ис­
длиной мономера порядка единиц нуклеотидов и пользования RAPD-признаков в филогенетичес­
числом повторов около 30 и менее. Каждый мик- ком анализе (Backeljau et al., 1995). Помимо того,
росателлитный "островок" независимо от его мо­ анализ мультилокусных данных представляет со­
тива представляет высокополиморфный полиал- бой одновременное сравнение геноспектров всех
лельный генетический локус с высокой информа­ образцов в данном опыте. Сравнение с результа­
тивностью. Некоторые МС могут быть сцеплены тами другого опыта, вообще говоря, технически
с генами (например, участвовать в связывании бел­ невозможно без дополнительных перекрестных
ков рекомбинации в соответствующих сайтах хро­ опытов.
матина) и тем самым находиться под давлением от­ Все это, однако, не означает, что эти признаки
бора, но большинство МС эволюционируют нейт­ не содержат никакого филогенетического сигна­
рально. ла. Просто природа мультилокусного полимор­
Метод ISSR-PCR в филогенетике используется физма до сих пор малопонятна, поэтому следует
главным образом на уровне близкородственных осторожно подходить к использованию его на
видов. Известны попытки его применения и при уровне таксонов выше родового ранга. RAPD, на­
изучении генетических взаимоотношений и до­ пример, практически не применим уже и на родо­
статочно далеких видов - представителей парно­ вом уровне из-за возрастающей ошибки негомоло-
копытных и непарнокопытных (Глазко и др., гичности фрагментов одного размера и редкости
2002). Однако кластеризация антилоп с лошади­ истинно гомологичных фрагментов, т.е. синапо-
ными, а не с полорогими, к которым они относят­ морфий.
ся, говорит, видимо, о неадекватности этой мето­
Методы мультилокусного анализа ДНК проиг­
дики данному таксономическому уровню.
рывают секвенированию по точности, информа­
тивности и широте сопоставлений. Однако посто­
Некоторые ограничения янное ужесточение условий и увеличение разре­
шающей способности этих методик обусловливает
Методы мультилокусного анализа ДНК удоб­
то, что популярность связанных с ними маркеров
ны, но имеют определенные технические и кон­
не утрачивается.
цептуальные ограничения. Использование при­
знаков RAPD, AFLP, IS-PCR и ISSE-PCR в филоге­
нетическом анализе предполагает, что продукты МОНОЛОКУСНЫЙ АНАЛИЗ
амплификации гомологичны, независимы и вари­ МИКРОСАТЕЛЛИТОВ
абельны. Однако: 1) разные фрагменты одинако­
вого размера при электрофоретическом анализе В монолокусном анализе МС мы имеем дело с
могут занимать одинаковое положение на геле, ядерными маркерами, которые наследуются ко-
2) некоторые фрагменты могут амплифициро- доминантно: каждый из двух аллелей локуса мо­
ваться до уровня ниже возможностей разрешения жет быть идентифицирован и проанализирован.
и, значит, не будут считаны (Smith et al., 1994), Это означает, что для каждого генного локуса
3) возможны артефактные полосы, появляющие­ возможно определить, является ли данный зверек
ся из-за неспецифичности праймеров, образова­ гетерозиготой или гомозиготой, в чем и заключа­
ние гетеродуплексов и другие ошибки (Hadrys ется неоспоримое преимущество этих маркеров
et al., 1992; Bowditch et al., 1993). Некоторые, но не над RAPD, IS-PCR, AFLP и ISSR-PCR. Бипарен-
все из этих проблем могут быть преодолены тех­ тальное наследование МС вместо унипаренталь-
нически, например если проверять гомологич- ного наследования мтДНК определяет достоинст­
ность полос гибридизацией по Саузерну, секвени- во этих маркеров по сравнению с митохондриаль-
рованием или рестриктированием продуктов амп­ ными гаплотипами.
лификации. Достоверность результата возрастает В монолокусном МС-анализе праймеры под­
при многократном повторении опытов и исполь­ бираются на участки, фланкирующие МС. Следо­
зовании многих праймеров. вательно, амплифицируется и анализируется сам
Единственный признак, который может быть микросателлит. Поскольку фланкирующие по­
считан с этих маркеров без дополнительного ис­ следовательности различаются для разных локу-
следования, - это присутствие/отсутствие ампли- сов, то каждая пара праймеров определяет толь­
фицированного фрагмента ДНК. Отличить до­ ко один определенный локус. Длины этих локу-
минантную гомозиготу от гетерозиготы и рецес­ сов различны, хотя последовательность одна и та

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ ТОМ 65 №4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 293

же. Это и есть аллели, анализируемые в моноло- генетиков о таксономических связях и порядке
кусном МС-анализе. дивергенции основных таксонов плацентарных.
Критическая точка для анализа популяцион- При сравнении результатов анализа этого дре­
ной структуры - скорость мутаций МС, которая ва и новейшего кладистического анализа 260 мор­
обычно на 1-2 порядка выше, чем у аллозимов. фологических признаков в 39 отрядах млекопита­
Высокая мутабильность и варьирование числа ющих (Shoshani, McKenna, 1998) обнаруживается
повторов могут приводить к гомоплазиям (когда ряд соответствий (см. рис. 1 и 3). К ним относят­
одинаковые аллели возникают в результате раз­ ся: разделение Xenarthra (неполнозубые) и Pholi-
ных мутаций из-за высокой мутабильности при dota (панголины) и выделение первых в самостоя­
некотором ограниченном числе аллельных состо­ тельную относительно Epitheria группу; сущест­
яний) и переоценке генетической дивергенции вование клад Ferae (панголины и хищные),
популяций (Hedrick, 1999). На примере хромосом­ Cetungulata (китообразные и парнокопытные) и
ных рас Sorex araneus показано, что в гибридной Tethytheria (сирены и хоботные).
зоне, где миграция ограничена и генетический об­
мен редок, скорость мутаций в высокополиморф­ Наиболее противоречащий морфологической
ных МС локусах выше, чем скорость миграций и гипотезе результат - появление на молекулярно-
генного обмена (Balloux et al., 2000a,b). Кроме то­ филогенетическом древе эндемичной африкан­
го, к недостаткам этих маркеров относят практи­ ской клады Afrotheria, которая включает слонов,
ческую невозможность объединения усилий раз­ сирен, даманов, трубкозуба, прыгунчиков, а так­
ных лабораторий по изучению одних и тех же же тенреков (Tenrecidae) и златокротов (Chrisochlo-
объектов, так как это требует применения одина­ ridae). Последние, следовательно, исключаются
ковых зондов. из насекомоядрных (Lipotyphla) и в составе
Afrotheria образуют группу Afrosoricida.
Монолокусный анализ МС наиболее подходит В настоящее время последние сомнения по по­
для внутривидовых исследований, видовой уро­ воду родства этих столь различных в морфо­
вень практически исключен из рассмотрения с логическом отношении млекопитающих, видимо,
помощью этих маркеров. Поэтому они представ­
развеяны с выделением из их геномов нового спе­
ляют больший интерес для популяционной гене­
цифичного семейства SINEs - AfroSINE (Nikaido
тики, чем для филогенетики.
et al., 2003b). Этот короткий тРНК-родственный
ретропозон характеризует геномы всех афроте-
ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЕ ДРЕВО рий и не обнаруживается у других плацентарных.
МЛЕКОПИТАЮЩИХ В количественном отношении у дамана, напри­
мер, он составляет 7.4% генома. Знаменатель­
Лавина исследований в области сравнительно­
но, что AfroSINE даманов, сирен и слонов со­
го изучения ДНК особенно мощным потоком об­
держит длинную диагностическую делецию разме­
рушилась на филогенетику млекопитающих.
ром 45 п.о. на участке, расположенном сразу за
Привлечение молекулярных данных, по меткому
выражению Жонга (De Jong, 1998), не просто из­ тРНК-родственным регионом. Это короткое под­
менило, но "сотрясло" традиционное филогене­ семейство AfroSINE, названное авторами HSP (по
тическое древо этой группы. Результаты действи­ имени имеющих его млекопитающих: Hyracoidea,
тельно впечатляющие: анализ митохондриаль- Sirenia, Proboscidea), является диагностическим
ных и ядерных генов отвергает достоверность для Paenungulata и доказывает их монофилию.
многих прежних крупных группировок (таких как Взаимоотношения внутри Paenungulata остаются
Ungulata) (рис. 1) и, напротив, свидетельствует в пока неясными, но, видимо, скоро разрешатся
пользу таких клад, которые ранее никогда не вы­ на основе анализа инсерций генетического эле­
делялись: Afrotheria, Laurasiatheria, Euarchontog- мента HSP.
lires (рис. 2, 3). В последние годы было предпри­ Анализ полного митохондриального генома
нято несколько попыток воссоздать молекуляр­ (рис. 2) достоверно объединяет Dermoptera (шер­
ную филогению млекопитающих на основе стокрылы) с Antropoidea (высшие обезьяны), Tarsi-
имеющихся данных секвенирования ядерных и idae (долгопяты) и Lemuridae (лемуры) занимают
митохондриальных генов (Springer et al., 1997; базальное положение, a Scandentia (тупайи) тяго­
Stanhope et al., 1998; Madesn et al., 2001; Murphy et al., теют к грызунам, хотя и с низкой поддержкой.
2001a). На сегодняшний день мы имеем филоге­ Комбинированный анализ 19 ядерных и 3 мито­
нетическую реконструкцию на основе анализа хондриальных генов отвергает существование Аг-
очень длинной комбинированной последователь­ chonta. Вместо этого приматы, шестокрылы, ту­
ности, составленной из многих ядерных (более пайи, грызуны и зайцеобразные объединяются в
20) и нескольких митохондриальных генов (Mur­ надотрядной группировке Euarchontoglires (Mur­
phy et al., 2001b; Waddell, Shelley, 2003). Получен­ phy et al., 2001b). Эта гипотеза (рис. 3) представля­
ное древо (рис. 3) наиболее полно отражает со­ ется наиболее правдоподобной, хотя взаимоотно­
временные представления молекулярных фило- шения приматов, грызунов, зайцеобразных и вну-

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004


294 БАННИКОВА

Рис 1. Филогенетические взаимоотношения современных отрядов млекопитающих по морфлогическим данным


(Shoshani, McKenna, 1998).

три Euarchontoglires остаются пока предметом Несмотря на многочисленные исследования,


дискуссий. не находит окончательного ответа вопрос о про­
Внутриотрядные филогенетические связи при­ исхождении Rodentia (грызуны) и объединении их
матов, в частности долгопятов и высших обезьян, с Lagomorpha (зайцеобразные) в составе группи­
пока остаются противоречивыми. В анализе ровку Glires (Lin et al., 2002). Гипотеза Glires от­
мтДНК приматы оказываются парафилетичны вергается целым рядом авторов на основе анализа
вследствие образования сестринской группы мтДНК (D'Erchia et al., 1996; Janke et al., 1997; Pen­
Dermoptera+Anthropoidea (рис. 2), которая нахо­ ny, Hasegawa, 1997; Sullivan, Swofford, 1997). От­
дится в сестринских взаимоотношениях с Tarsiidae ряд Rodentia тоже полифилетичен: одна его ветвь
относительно Prosimii (лемуры и лори). Выше, од­ включает муридных грызунов (Muridae), а другая -
нако, было отмечено, что взаимоотношения дол­ всех остальных (немуридных), причем зайцеоб­
гопятов с приматами по результатам анализа разные образуют кластер с немуридными грызу­
мтДНК представляют собой артефакт, вызванный нами (Reyes et al., 2000). На древе полной мтДНК
сдвигом нуклеотидного и аминокислотного соста­ (рис. 2) грызуны разделены на две ветви: на мио-
вов (Schmitz et al., 2002). Поэтому сестринские вза­ морфных и всех остальных грызунов, а зайцеоб­
имоотношения долгопятов и высших обезьян по разные входят в состав Archonta. Однако анализ
данным о ядерных генах, поддерживаемые тестом частичного митохондриального генома (12S
на наличие инсерций SINEs, более вероятны. рРНК, 16S рРНК, TPHKval), (Frye, Hedges, 1995) и
Все молекулярные данные сходятся в вопросе кДНК пепсиногенов (Narita et al., 2001) поддержи­
о монофилии парнокопытных и китообразных вают монофилию Rodentia. При учете ядерных
(клада Cetartiodactyla). При этом молекулярная последовательностей грызуны достоверно состав­
филогенетика отводит место китообразным вну­ ляют монофилетическую группу с зайцеобразны­
три клады парнокопытных (Graur, Higgins, 1994; ми (Murphy et al., 2001a,b; Huchon et al., 2002; рис. 3),
Shirnamura et al., 1997): по результатам иммуноло­ что, видимо, наиболее близко к истине, посколь­
гических сравнений (Sarich, 1993), секвенирования ку соответствует морфологическим данным
гена cytb мтДНК (Irwin, Arnason, 1994; Montgelard (Luckett, Hartenberger, 1993).
et al., 1997) и анализа инсерций коротких и длин­ Как видно из рис. 3, комбинированный анализ
ных диспергированных повторов яДНК (Nikaido ядерных и митохондриальных генов не поддержи­
et al., 1999) киты и бегемоты составляют одну кладу. вает клады Chiroptera+Eulipotyphla, так же как

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ ТОМ 65 № 4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 295

и результаты анализа только ядерных генов


(Douady et al., 2002). Данные о полном митохонд-
риальном геноме (Mouchaty et al., 2000b) и отдель­
ных генах мтДНК (Arnason et al., 2002) наоборот
свидетельствуют в ее пользу (рис., 2). Вопрос,
возможно, нуждается в дополнительном исследова­
нии, но низкая поддержка клады Soricomorpha+Chi-
roptera (42% в анализе ML) на древе Арнэсона не
вызывает серьезного доверия.
Секвенирование полного митохондриального
генома (Nikaido et al., 2000, 2001) и многих генов
яДНК (Murphy et al., 2001a,b; Teeling et al., 2000,
2002) позволило сделать вывод о монофилетич-
ности Chiroptera. Однако по тем же молекуляр­
ным данным Microchiroptera в составе рукокры­
лых полифилетичны (Springer et al., 2001; Teeling
et al., 2002) (рис. З). Несмотря на весомое число
молекулярных признаков, по которым был сде­
лан этот вывод, очевидно, что вопрос остается от­
крытым, поскольку требует признания независи­
мости возникновения в этих линиях летучих мы­
шей очень сложного механизма эхолокации.
Насекомоядные вполне оправдали свою славу
самой большой "мусорной корзины" эутерий.
Выше уже говорилось о кладе Afrosoricida (тенре-
ки и златокроты), которая по новым представле­
ниям не имеет отношения к истинным насекомо­
ядным (Eulipotyphla). Секвенирование 19 ядерных
последовательностей (в том числе экзон 28-го ге­
на vWF, A2AB, IRBP, 11-й экзон BRCA1, некоди-
рующие последовательности АРР, ВМП, CREM,
PLCD4), общей протяженностью более 18 т.п.н.,
подтверждая полифилию Lipotyphla, тем не менее
поддерживает монофилию традиционной группы
Eulipotyphla (ежи, кроты и землеройки (рис. 3).
С этими данными согласуются более ранние ре­
зультаты анализа гемоглобинов (Sarich, 1993). Рис. 2. Филогенетические взаимоотношения млеко­
Как было отмечено выше, гипотеза о "внешнем" питающих по результатам секвенирования полной
положении ежей относительно других плацентар­ мтДНК (Arnason et al., 2002). Числа над ветвями ука­
ных, основанная на анализе полных нуклеотид- зывают значения индекса бутстрэпа.
ных последовательностей мтДНК (Krettek et al.,
1995; Mouchaty et al., 2000a; Nikaido et al., 2001), не­ Laurasiatheria (Waddell, Shelley, 2003). Возможно,
состоятельна.
насекомоядных ждет еще одно потрясение.
Что касается взаимоотношений таксонов в со­
ставе Eulipotyphla, то широко распространенное
представление о большей близости землероек и Надежность молекулярно-филогенетического
кротов друг к другу, чем к ежам (Douady et al., древа
2002), не поддерживается ни анализом комбини­ Не "развалится" ли новейшая на сегодняшний
рованной последовательности ДНК (рис. 3), ни день молекулярно-филогенетическая реконст­
результатами анализе аминокислотных последо­ рукция (рис. 3) под тяжестью новых молекуляр­
вательностей (Miyamoto, Goodman, 1986). Согласно ных открытий? Полагаю, что нет. За это говорит
этим данным ежи и землеройки составляют сест­ солидный размер проанализированных последо­
ринскую группу относительно кротов. Положение вательностей при очевидном перевесе экзонов
Solenodon (щелезуб) из-за малого числа секвени- яДНК: 19 ядерных генов и 3 митохондриальных
рованных последовательностей остается неяс­ при общей длине комбинированной последова­
ным. По нескольким митохондриальным генам, тельности более 16 т.п.н. для 42 представителей
в т.ч. тРНК, щелезуб образует ветвь, базальную плацентарных млекопитающих как основных
не только к остальным Eulipotyphla, но и ко всем объектов анализа и двух сумчатых в порядке

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004


296 БАННИКОВА

Рис. З. Филогенетические взаимоотношения млекопитающих по результатам комбинированного анализа 19 ядерных


и трех митохондриальных генов (Murphy et al., 2001b). Числа над ветвями - апостериорные вероятности в методе Бай-
еса; числа под ветвями - индексы бутстрэпа. Стрелками указано время дивергенции Afrotheria/Xenarthra+Boreoeutheria
(103 млн. лет) и Euarchontogliris/Laurasiatheria (88 млн. лет).

внешней группы. Количественное доминирова­ можность в разрешении глубоких ветвей древа и


ние ядерных генов над генами мтДНК в анализи­ установлении взаимоотношений давно диверги-
руемом наборе данных - очень важный момент, ровавшихся таксонов, чем митохондриальные ге­
поскольку ядерные э к з о н ы имеют большую воз­ ны (Springer et al., 2001). Немаловажно и то, что

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ ТОМ 65 №4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 297

возможность артефактов минимизирована за 1993). Таким образом, насекомоядные в прежнем


счет отсутствия некоторых "странных" митохон- широком понимании (т.е. Lipotyphla) - это обра­
дриальных генов, которые включаются в анализ, зец очень древней параллельной адаптивной ра­
когда авторы имеют дело с полными митохондри- диации Afrotheria и Laurasiatheria, которая и при­
альными геномами. вела к конвергентному сходству составляющих
Приведенные выше результаты комбиниро­ эти клады таксонов.
ванного анализа ядерных и митохондриальных
генов (рис. 3) получены при использовании адек­
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ватных моделей эволюции ДНК и здравых стати­
стических программ, которые позволяют извлечь Молекулярные данные имеют преимущество
максимум информации из данных секвенирова- над немолекулярными в картировании эволюци­
ния (Whelan et al., 2001). Для реконструкции древа онных изменений и восстановлении истинных ге­
Мерфи с соавт. (Murphy et al., 2001b) использова­ неалогий; палеонтологические незаменимы при
ли общую модель обратимости замен с учетом ге­ оценке возраста таксонов и событий; морфологи­
терогенности скоростей замещения и инвариант­ ческие - при изучении направлений адаптивной
ности сайтов (GTR+r+I), методы максимального радиации. Каждый из этих трех источников фи­
правдоподобия в разных его версиях. При доста­ логенетических знаний в равной мере необходим.
точно большом количестве таксонов и последо­ Ответ на вопрос, какие именно филогении, по­
вательностей и принятой корректной модели мо­ лученные разными методами и с помощью разных
лекулярной эволюции в данном исследовании эти молекулярных маркеров, следует считать истин­
методы являются самым действенным орудием ными, довольно сложен. Наиболее достоверными,
для разрешения сложных филогенетических про­ по-видимому, следует считать филогенетические
блем. гипотезы, совпадающие при использовании раз­
Недавно филогенетическая реконструкция, ных молекулярных маркеров. Кроме того, не вы­
представленная на рис. 3, была дополнена семью зывает сомнения преимущество внушительных
новыми генными последовательностями (RAG1, размеров комбинированной последовательности.
гамма-фибриноген, ND6, мтРНК, c-MYC, GHR и Потенциальные возможности больших наборов
эпсилон-глобин) (Waddell, Shelley, 2003), что под­ данных в решении противоречивых вопросов сис­
твердило и усилило достоверность выделенных тематики выше, чем разрешающая способность
ранее надотрядных клад плацентарных. Помимо одного или нескольких генов.
того, напомним, что целый ряд результатов, отра­ Множество факторов отрицательно влияют на
женных на этом древе, уже тестирован с помо­ конгруэнтность филогенетических деревьев, ста­
щью независимого филогенетического маркера тистическую поддержку и разрешение их ветвей.
SINEs (монофилия Cetartiodactyla, Rodentia, Pae- Для мтДНК, которая все еще остается основным
nungulata, Afrotheria). орудием молекулярной филогенетики, их осо­
Для решения вопроса о том, насколько надеж­ бенно много: это высокая скорость нуклеотид-
на молекулярно-филогенетическая реконструк­ ных замен, насыщение в третьей позиции кодона,
ция, определенное значение имеет ее соответст­ непостоянство нуклеотидного состава. Ядерные
вие гипотезам, выдвигавшимся на основе иных экзоны эволюционируют не так быстро, как ми-
типов данных. Так, филогенетическое родство тохондриальные гены, третьи позиции кодонов
Glires и Primates, которое кажется неприемлемым у них не всегда и не в такой сильной мере насыще­
для многих зоологов, предполагалось палеонтоло­ ны, соотношение транзиций и трансверсий не та­
гом Мак-Кенной (МсКеппа, 1986); эти два отряда кое высокое (Springer et al., 2001). Однако всегда су­
сближаются и в классификации плацентарных, раз­ ществующая возможность их паралогии ставит не
работанной на основе палеогеографии А. К. Агад- менее серьезные препятствия. В случае SINEs не
жаняном с соавт. (2000). Нелегко принять концеп­ могут возникать проблемы со сдвигом нуклеотид­
цию Afrotheria, поскольку до сих пор не найдено ного состава, так как ретропозоны - это многоко-
морфологических синапоморфий для этой груп­ пийные повторы, а не отдельные нуклеотиды. Но
пы (Asher, 1999). Но, например, между Мас- пока далеко не для всех групп млекопитающих най­
roscelidea и Paenungulata обнаружено определен­ дены маркирующие их генетические элементы.
ное сходство в строении половой системы самцов Эмпирическое преодоление этих препятствий
(Bedford, Millar, 1978; Woodall, 1995). Наиболее состоит в комбинировании митохондриальных и
удивительно родство с этой группой тенреков и ядерных данных и сопоставлении нескольких сис­
златокротов, ранее относимых к насекомоядным, тем, по которым проводится исследование. При­
хотя в отношении златокротов неоднократно вы­ чем залогом истинности филогенетического ре­
сказывалось предположение о том, что они не зультата служит комбинирование данных, разных
имеют отношения к собственно насекомоядным настолько, что это позволит избежать системати­
(Butler, 1972; Novacek, 1992; MacPhee, Novacek, ческой ошибки.

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 № 4 2004


298 БАННИКОВА
Вопрос сегодня заключается в том, каким обра­ нированной последовательности. Поэтому пла­
зом наиболее правильно и продуктивно опериро­ нирование будущих исследований в области мо­
вать одновременно всей суммой этих знаний. При лекулярной филогенетики напрямую связано с
этом безусловно перспективным является углуб­ накоплением информации о характере эволюции
ленный анализ морфологических признаков в по­ используемых в филогенетике участков генома.
исках особенностей, объединяющих выделяемые Последнее относится уже к области геномики, за­
молекулярной филогенетикой новые группировки дача которой - обоснование выбора генов, с наи­
млекопитающих. большей достоверностью отражающих эволюцию
Один из возможных подходов заключается в организмов (Антонов, 2002).
методе супердеревьев, который базируется на ма­ Последующие десятилетия в области филоге­
тричном представлении всех опубликованных нетики млекопитающих исполнены новыми ре­
филогении независимо от признаков и методоло­ шениями филогенетических задач, но одновре­
гий, использованных при их построении. По мле­ менно и еще большими трудностями, чем ранее.
копитающим к настоящему моменту такие супер­ Несомненно, будет получено, наконец, древо, ос­
деревья, помимо древа взаимоотношений всех со­ нованное только на ядерных последовательнос­
временных отрядов плацентарных (Liu et al., 2001), тях и тестированное через SINEs. Но техническая
предложены для приматов (Purvis 1995, цит. по и методологическая проблема сопоставления ре­
Grenyer, Purvis, 2003), хищных (Bininda-Emonds зультатов и адекватного анализа огромных набо­
et al., 1999), рукокрылых (Jones et al., 2002) и насеко­ ров данных по последовательностям будет еще
моядных (Grenyer, Purvis, 2003). В этом подходе, более острой и, возможно, опять сведется к ана­
однако, слабо учитывается разная степень надеж­ лизу отдельных его частей, хотя и с использова­
ности суммированных древ. нием более мощных компьютерных программ.
Основное преимущество молекулярных мето­ Автор признательна А.В. Троицкому за идею
дов изучения изменчивости в том, что они генери­ написания этого обзора и постоянное внимание к
руют огромные наборы дискретных признаков, ходу ее реализации, В.В. Гречко и Д.А. Крамеро-
причем не только тех, которые находятся под ву - за ценные замечания, сделанные при обсуж­
давлением отбора, но и селективно нейтральных. дении рукописи, B.C. Лебедеву и И.Я. Павлинову
Несомненно и то, что молекулярные подходы за критику.
позволяют сопоставлять очень далеко отстоящие Работа выполнена при финансовой поддержке
организмы. Там, где морфология бессильна най­ РФФИ (проект № 01-04-07031).
ти синапоморфии, обнаруживаются гомологич­
ные макромолекулы. Немаловажно и то, что
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
круг объектов, из которых может быть выделена
ДНК, пригодная для анализа, продолжает расши­ Агаджанян А.К., Каландадзе Н.Н., Раутиан А.С.,
ряться. Они включают теперь уже и палеонтоло­ 2000. Радиация отрядов млекопитающих: новый
гический материал (извлеченные из мерзлоты взгляд // Палеонтол. журн. № 6. С. 69-73.
шкуры мамонта, кости неандертальца и т.п.), и, Антонов А.С, 2002. Геномика и геносистематика //
Генетика. Т. 38. № 6. С. 751-757.
следовательно, существует возможность прямого Банникова А.А., Матвеев В.А., Крамеров Д.А., 2002.
сравнения последовательностей ДНК современ­ Опыт использования интер-SINE-rmP в изучении
ных и по крайней мере недавно вымерших живот­ филогенеза млекопитающих // Генетика. Т. 38.
ных. Понятно, что сама техника анализа генома, № 6. С. 853-864.
так же как и методы филогенетической обработ­ Банникова А.А., Долгов В.А., Федорова Л.В., Федо­
ки данных будут развиваться и совершенство­ ров А.Н., Троицкий А.В., Ломов А.А., Медни­
ваться по пути все большей автоматизации экспе­ ков Б.М., 1995. Родственные отношения ежей под­
риментальной части и усложнения математичес­ семейства Erinaceinae (Mammalia, Insectivora) по дан­
кого аппарата филогенетических алгоритмов. Но ным рестриктазного анализа суммарной ДНК //
основным фактором дальнейших успехов (или ра­ Зоол. журн. Т. 74. Вып. 5. С. 95-107.
зочарований) станет все же не техническая и не Банникова А.А., Долгов В.А., Федорова Л.В., Федо­
ров А.Н.,Ломов А.А., Медников Б.М.,1996. Дивер­
методологическая сторона молекулярно-филоге- генция землероек (Insectivora, Soricidae) по данным
нетических изысканий, а накопление знаний о за­ рестриктазного анализа повторяющихся последо­
кономерностях эволюции генома. вательностей ДНК // Зоол. журн. Т. 75. Вып. 2.
Теперь ясно, что разные участки генома вносят С. 256-270.
неравноценную информацию в филогенетические Беридзе ТТ., 1982. Сателлитная ДНК. М.: Наука, 120 с.
Брандлер О.В., 2003. Филогенетические связи и систе­
гипотезы и могут подавать разный филогенетиче­ матика сурков Евразии {Marmota: Rodentia, Sciuridae):
ский сигнал или гасить его в шуме гомоплазий. Ус­ цитогенетический и молекулярно-генетический ана­
пех современных молекулярно-филогенетических лиз: Дис.... канд. биол. наук. М.: ИБР РАН. С. 1-25.
исследований во многом определяется правиль­ Гилева Е.А., Рыбников Д.Е., Мирошниченко Т.П.,
ным выбором гена или сочетанием генов в комби­ 1990. ДНК-ДНК-гибридизация и филогенетические

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 299

связи в двух родах полевок, Alticola и Clethrionomys рикции сателлитной ДНК как молекулярная осно­
(Microtinae: Rodentia) // Докл. Акад. наук. СССР. ва метода таксонпринта (на примере скальных яще­
Т. 311. С. 477^80. риц Кавказа) // Генетика. Т. 38. № 8. С. 1110-1114.
Глазко В.И.,Дьшань Т.Н., Кутузов ДЛ., ГородняА.В., Федоров А.Н., Гречко В.В., Слободянюк С.Я., Федоро-
2002. Участие маркеров ISSR-PCR в межвидовой ваЛ.В., Тимохина Г.И.. 1992. Таксономический ана­
дифференциации некоторых представителей видов лиз повторяющихся элементов ДНК // Мол. биол.
Ungulata // Докл. Рос. акад. с-х. наук. № 5. С. 36-40. Т. 26. Вып. 2. С. 464-469.
Гречко В.В., 2002. Молекулярные маркеры ДНК в изу­ Челомина Г.Н., 2000. Эколого-генетические и эволю­
чении филогении и систематики // Генетика. Т. 38. ционные аспекты биоразнообразия животных:
№ 8 . С. 1013-1033. Автореф. дис. ... докт. биол. наук. Владивосток:
Ермаков О.А., Сурин BJI., Титов СВ., Тагиев А.Ф., Биолого-почвенный ин-т ДВО РАН. 49 с.
Лукьяненко А.В., Формозов Н.А., 2002. Исследова­ Челомина Г.Н., Коробицына К.В., Картавцева И.В.,
ние гибридизации четырех видов сусликов Повол­ 1990. Повторяющаяся ДНК, хромосомный поли­
жья (Spermophilus: Rodentia, Sciuridae) разными мо- морфизм и видообразование песчанок // Генетика.
лекулярно-генетическими методами // Генетика. Т. 26. № 8. С. 1469-1477.
Т. 38. № 7. С. 950-964. Челомина Г.Н., Павленко М.В., Картавцева И.В., Бо-
Ермаков О.А., Сурин ВЛ., Титов СВ., Формозов НА., ескоров Г.Г., Ляпунова Е.А., Воронцов Н.Н.. 1998.
2003. Изучение гибридизации сусликов с использо­ Генетическая дифференциация лесных мышей
ванием полиморфных маркеров ядерной ДНК // Те- Кавказа: сравнение изозимной, хромосомной и мо­
риофауна России и сопредельных территорий лекулярной дивергенций // Генетика. Т. 34. № 2.
(VII съезд ВТО, 6-7 фев. 2003, Москва). М.: ИПЭЭ С. 213-225.
РАН. С. 145-146. ЧемерисА.В., Ахунов Э.Д., Васитов В.А., 1999. Секве-
Кимура М., 1985. Молекулярная эволюция: теория нирование ДНК. М.: Наука. 429 с.
нейтральности: Пер. с англ. М.: Мир, 398 с. Adkins R.M., Honeycutt R.L., Disotell T.R., 1996. Evolution
Крамеров Д.А., 1987. Основные повторяющиеся эле­ of eutherian cytochrome с oxidase subunit II: heteroge­
менты генома мыши: Дис. ... докт. биол. наук. М.: neous rates of protein evolution and altered interaction
ИМБ РАН. С. 1-50. with cytochrome с // Mol. Biol. Evol. V. 13. № 10.
Крамеров ДА., Краев А.С, Рысков А.П., Скрябин К Т., P. 1393-1404.
1980. Первичная структура высокоповторяющейся Adkins R.M., Gelke E.L., Rowe D., Honeycutt R.L., 2001.
последовательности ДНК мыши, гомологичной
Molecular phylogeny and divergence time estimates for
двуспиральньш учатскам про-мРНК // Докл. АН
major rodent groups: evidence from multiple genes //
СССР. Т. 252. С. 241-244.
Mol. Biol. Evol. V. 18. № 5. P. 777-791.
Матвеев В.А., Банникова А.А., Ломов А.А., 2000. Воз­
Alexander E.G., Stone R.T., Beattle C.W., 1995. Porcine
можности использования метода таксонпринта
ДНК в систематике рукокрылых (Chiroptera) // SINE-associated microsatellite markers: evidence for
Plecotus et al., № 3. С. 3-19. new artiodactyl SINEs // Mamm. Genome. V. 6. № 7.
p. 464-468.
Медников Б.М., 1980. Применение методов геносисте-
матики в построении системы хордовых // Молеку­ Amrine H.M., Springer M.S., 1999. Maximum-likelihood
лярные основы геносистематики / Ред. Антонов А.С., analysis of the Tethythere hypothesis based on a multi-
М.: Изд-во МГУ. С. 203-215. gene data set and a comparison of different models of se­
Медников Б.М., Банникова А.А.,Ломов А.А., Мельни­ quence evolution // J. Mammalian Evol. V. 6. № 2.
кова М.Н., Шубина Е.А., 1995. Рестриктазный ана­ P. 161-176.
лиз повторяющейся ядерной ДНК, критерий вида и Andrews T.D., Easteal S., 2000. Evolutionary rate accelera­
механизм видообразования // Мол. биол. Т. 29. № 6. tion of cytochrome coxidase subunit I in simian pri­
С. 1308-1319. mates // J. Mol. Evol. V. 50. № 6. P. 562-568.
Оловников A.M., 1996. Молекулярный механизм морфо­ Andrews T.D., Jermiin L.S., Easteal S., 1998. Accelerated
генеза: теория локационной ДНК // Биохимия. evolution of cytochrome b in simian primates: adaptive
Т. 61. Вып. 11. С. 1948-1970. evolution in concert with other mitochondrial proteins? //
Потапов СТ., Рысков А.П., 1993. Анализ вариабель­ J. Mol. Evol. V. 47. № 3. P. 249-257.
ности повторяющихся элементов генома грызунов Arctander P'., 1995. Comparison of a mitochondrial gene and
на таксономическом уровне // Генетика. Т. 29. № 5. a corresponding nuclear pseudogene // Proc. R. Soc.
С. 859-862. Lond. B. V. 262. P. 13-19.
Потапов СТ., Орлов В.Н., Ковальская Ю.М., Малы­ Arnason U., Widegren В., 1986. Pinniped phylogeny en­
гин В.М., Рысков А.П., 1999. Генетическая диффе­ lightened by molecular hybridization using highly repeti­
ренциация полевок трибы Arvicolini (Cricetidae, Ro­ tive DNA. Mol. Biol. Evol. V. 3. № 5. P. 356-365.
dentia) по данным таксонпринта ДНК и RAPD- Arnason U., Hoglund M., Widegren В., 1984. Conservation
PCR // Генетика. Т. 35. № 6. С. 403^10. of highly repetitive DNA in cetaceans // Chromosoma.
Рысков А.П., Кудрявцев И.В., Васильев В.А., Пота­ V. 89. P. 238-242.
пов СТ., Кудрявцев П.И., Сипко Т.П., 1994. Диа­ Arnason U., Gullberg A., Janke A., 1999. The mitochondrial
гностические возможности молекулярно-генетиче- DNA molecule of the aardvark, Orycteropus afer, and the
ских подходов к таксономии трибы Bovini // Зоол. position of the Tubulidentata in the eutherian tree // Proc.
журн.Т. 73. № 11. С. 115-123. R. Soc. Lond. V. 266. P. 339-345.
Рудых И.А., Гречко В.В., Чобану Д.Г., Крамеров Д.А., Arnason V., Allderdice P.W., Lien J., Widegren В., 1988.
Даревский И.С, 2002. Вариабельность сайтов рест­ Highly repetitive DNA in the baleen whale genera Ba-

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004


300 БАННИКОВА

laenoptera and Megaptera II J. Mol. Evol. V. 27. № 3. Brown W.M., Getge ML., Wilson A.C., 1979. Rapid evolu­
P. 217-221. tion of animal mitochondrial DNA // Proc. Natl. Acad.
Arnason U., Adegoke J A., Bodin К., Вот E.W., Esa Y.B., Sci. USA. V. 76. P. 1967-1971.
Gullberg A., Nilsson M., Short R.V., Xu X., Janke A., Brown W.M., Prager E.H., Wang A., Wilson A.C., 1982. Mi­
2002. Mammalian mitogenomic relationships and the tochondrial DNA sequences of primates; tempo and
root of the eutherian tree // Proc. Natl. Amer. Sci. V. 99. mode of evolution//J. Mol. Biol. V. 18. № 1. P. 225-239.
№ 12. P. 8151-8156. BuntjerJ.B., 1997. DNA repeats in the vertebrate genome as
Asher RJ., 1999. A morphological basis for assess the phylo- probes in phylogeny and species identification. Utrecht:
geny of the "Tenrecoidea" (Mammalia, Lipotyphla) // Utrecht. Univ. 130 p.
Cladistics. V. 15. № 3. P. 231-252. Buntjer J.В., Lenstra J A., Haagsma N., 1995. Rapid species
Avise J.C., 1998. The history and purview of phylogeography: identification by using staellite DNA probes // Z. Lebensm.
a personal reflection // Mol. Ecol. V. 7. № 1. P. 371-379. Unters. Forsch. V. 201. P. 577-582.
Bachmann L., SchibelJ.M., RaabM., Sperlich£>., 1993. Sa- BurtonF.H., LoebD.D., Voliva C.V., MartinS.I., EdgellM.H.,
tellite DNA as taxonomic marker // Biochem. Syst. Ecol. Hutchison С A., 1986. Conservation throughout mamma­
V. 21. № 1. P. 3-11. lia and extensive protein-encoding capacity of the highly
Backeljau Т., De Bruyn L., De Wolf H., Jordaens K., Van repeated DNA long interspersed sequence one // J. Mol.
Dongen S., Verhagen R., WinnepenninckxВ., 1995. Ran­ Biol. V. 187. № 2. P. 291-304.
dom amplified polymorphic DNA (RAPD) and parsimo­ Butler P.M., 1972. The problem of insectivore classifica­
ny methods // Cladistics. V. 11. № 2. P. 119-130. tion // Studies in Vertebrate Evolution / Eds Joysey K.A.,
Balloux F., Brunner H., Lugon-Moulin N.. HausserJ., Gou- Kemp T.S. N.Y.: Winchester Press. P. 253-265.
det J., 2000a. Microsatellites can be misleading: an em­ Cao Y., Okada N., Hasegawa M., 1997. Phylogenetic posi­
pirical and simulation study // Evolution. V. 54. № 4. tion of guiena pigs revisited // Mol. Biol. Evol. V. 14.
P.1414-1422. № 4 . P. 461-464.
Balloux F., Lugon-Moulin N., Hausser J., 2000b. Estima­ Catzeflis F.M., AguilarJ.-P., Jaeger J.-J., 1992. Muroid ro­
ting gene flow across hybrid zones: how reliable are mi­ dents: phylogeny and evolution // Trends Ecol. Evol. V. 7.
crosatellites? // Acta Theriologica. V. 45. № 1. P. 93-101. № 7 . P. 122-126.
Bannikova A.A., Lavrenchenko LA., Lomov A.A., Medni- Catzeflis F.M., Hanni C, Sourrouille P., Douzery E., 1995.
kov B.M., 2002. Molecular diversity of some Crocidura Molecular systematics of hystricognath rodents: The con­
species (Insectivora, Soricidae) from Ethiopia / Eds De­ tribution of sciurognath mitochondrial 12S rRNA se­
nis C, Granjon L., Poulet A. African small mammals. quences // Mol. Phyl. Evol. V. 4. № 3. P. 357-360.
Orstom, coll. A travers champs. Paris: Inst. De Recherche Chikuni K., Miri Y., Tabata M., Monma M., Kosugiyama M.,
pour le Development. P. 55-64. 1995. Molecular phylogeny based on the k-casein and cy­
tochrome b sequences in the mammalian suborder Rumi-
Barrie PA., Jeffreys A J., Scott A.F., 1981. Evolution of the
nantia // J. Mol. Evol. V. 41. № 6. P. 859-866.
(3-globin gene cluster in man and primates //J. Mol. Biol.
Conroy С J., Cook J A., 1999. MtDNA evidence for repeated
V. 149. P. 319-336.
pulses of speciation within Arvicoline and Murid ro­
Bedford J.M., Millar R.P., 1978. The character of sperm ma­ dents // J. Mammal. Evol. V. 6. № 3. P. 221-244.
turation in the epididimis of the ascrotal hyrax, Procavia Dallas J.F., Dod В., Boursot P., 1995. Population subdivi­
capensis and armadillo, Dasypus novemcinctus // Biol. sion and gene flow in Danish house mice // Mol. Ecol.
Reproduction. V. 19. P. 396-406. V.4. № 3 . P. 3110320.
Bininda-Emonds O.R.P., Gittleman J.L., Purvis A., 1999. D'Erchia A.M., Gissi C, Pesol G., Saccone C, Arnason U.,
Building large trees by combining phylogenetic informa­ 1996. The guinea-pig is not a rodent // Nature. V. 381.
tion: a complete phylogeny of the extant Carnivora P. 597-600.
(Mammalia) // Biol. Rev. V. 74. P. 143-175. DeBryR.W., SagelRM., 2001. Phylogeny of rodentia (Mam­
Bogenberger J.M., Neitzel H., Fittler F., 1987. A highly malia) inferred from the nuclear-encoded gene IRBR // Mol.
repetititve DNA component common to all Cervidae: its Phyl. Evol. V. 19. № 2. P. 290-301.
organization and chromosomal distribution during evolu­ De Jong W.W., 1998. Molecules remodel the mammalian
tion // Chromosoma. V. 95. № 2. P. 154-161. tree // Trends Ecol. Evol. V. 13. № 7. P. 270-275.
Borodulina O.R., Kramerov DA., 1999. Wide distribution of DeJong W.W., Zweers A., Goodman M., 1981. Relationship
short interspersedn elements among eukaryotic ge­ of aardvark to elephants, hyraxes, and sea cows from
nomes // Federation of European Biochemical Societies alpha-crystallin sequences // Nature. V. 292. P. 539-540.
Letters. V. 457. № 3. P. 409-413. Dimitri P., Junakovic N., 1999. Revising the selfish DNA
Borodulina O.R., Kramerov DA., 2001. Short interspersed hypothesis. New evidence onaccumulation of transposable
elements (SINEs) from Insectivores. Two classes of elements in heterochromatin // Trends in Genetics. V. 15.
mammalian SINEs distinguished by A-rich tail struc­ № 4 . P. 123-124.
ture // Mammalian Genome. V. 12. № 10. P. 779-786. Dod В., Mottez £., Desmarais E., Bonhomme F., Roizez G.,
Boursot P., Din W., Anand /?., 1996. Origin and radiation of 1989. Concerted evolution of light satellite DNA in ge-
the house mouse: mitochondrial DNA phylogeny // nus Mus implies amplification and homogenization of
J. Evol. Biol. V. 9. P. 391^115. large blocks of repeats // Mol. Biol. Evol. V. 6. № 5.
Bowditch B.M.. Albright D.G.. Williams G.K., Braun MJ., p. 478-491.
1993. Use of randomly amplified polymorphic DNA Douady CJ., Chatelier P.I., Madesn O., De Jong W.W.,
markers in comparative genome studies // Methods Enzy- Catzeflis F., Springer M.S., Stanhope MJ., 2002. Mole­
mol. V.224. P. 294-309. cular phylogenetic evidence confirming the Eulipotyphla

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ ТОМ 65 №4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 301

concept and in support of hedgehogs as the sister group Hassanin A., Lecointre G., Tillier S., 1998. Related articles,
to shrews // Mol. Phyl. Evol. V. 25. № 1. P. 200-209. links abstract. The "evolutionary signal" of homoplasy in
Dover G.A., 1982. Molecular drive a cohesive mode of spe­ protein-coding gene sequences and its consequences for a
cies evolution // Nature. V. 299. P. 11-117. priori weighting in plylogeny // C.R. Acad. Sci. V. 321.
Dover G.A., 1986. Molecular drive in multigene families: № 7 . P. 611-620.
How biological novelties arise, spread and are assimila­ Hasegawa M., Hashimoto Т., 1993. Ribosomal RNA trees
ted // Trends Genet. V. 2. № 1. P. 159-165. misleading? // Nature. V. 361. P. 23.
Dubois J.~Y., Rakotondravony D., Hanni C, Sourrouille P., Hedrick P.W., 1999. Highly variable loci and their interpre­
Catzeflis F.M., 1996. Molecular Evolutionary relation­ tation in evolution and conservation // Evolution. V. 53.
ships of three genera of Nesomyinae, endemic rodent № 2 . P. 313-318.
taxa from Madagascar // J. Mammal. Evol. V. 3. № 3. Hewitt GM., 2001. Speciation, hibrid zones and phylogeograp-
P. 239-260. hy - or seeing genes in space and time // Mol. Ecol. V. 10.
Fedorov A.N., Fedorova L.V., Grechko V.V., Ryabinin DM., № 3. P. 537-549.
Sheremet'eva V.A., Bannikova A.A., Lomov A.A., Rys- Hillis DM., 1996. Inferring complex phylogenies // Nature.
kovA.P., Darevsky I.S.. 1999. Variable and invariable V. 383. P. 130-131.
DNA repeat characters revealed by taxonprint approach Holmquist G.P., Filinski J.. 1994. Organization of mutants
are useful for molecular systematics // J. Mol. Evol. along the genome: a prime determinant of genome evolu­
V.48. № L P . 69-76. tion // Trends Ecol. Evol. V. 9. № 2. P. 65-69.
Foster P.G., Hickey D.A.. 1999. Compositional bias may af­ Huchon D., Madsen O., Sibbald M., Ament Kai, Stan­
fect both DNA-based and protein-based phylogenetic re­ hope MJ., Catzeflis F., De Jong W.W., Douzery EJ.P.,
constructions // J. Mol. Evol. V. 48. № 3. P. 284-290. 2002. Rodent phylogeny and a timescale for the evolu­
Frye M.S., Hedges S.B., 1995. Monophyly of the order Ro- tion of Glires: evidence from an extensive taxon sam­
dentia inferred from mitochondrial DNA sequences of pling using three nuclear genes // Mol. Biol. Evol. V. 19.
the genes for 12S rRNA, 16S rRNA, and tRNA-valine // № 7. P. 1053-1065.
Mol. Biol. Evol. V. 12. № 1. P. 168-176. Irwin DM., Arnason U., 1994. Cytochrom b gene of marine
Fumagalli L., Taberlet P., Stewart D., Gielly L., Hausser J., mammals: phylogeny and evolution // J. Mammal. Evol.
Vogel P., 1999. Molecular phylogeny and evolution of V. 2.№ L P . 37-55.
Sorex shrews (Soricidae: Insectivora) inferred from mito­
Irwin DM., Kocher T.D., Wilson A.C., 1991. Evolution of
chondrial DNA sequence data // Mol. Phyl. Evol. V. 11.
the cytochrom b Gene of Mammals // J. Mol. Evol. V. 32.
№ 2. P. 222-235.
№ 2 . P. 128-144.
Gatesy J., 2001. Relative quality of different systematic
Janecek L.L., Honeycutt R.L., Adkins R.M., Davis S.K., 1996.
datasets for cetartiodactyl mammals: assessments within
a combined analysis framework // Molecular systematics Mitochondrial gene sequences and the molecular syste­
and evolution: theory and practice // Eds. DeSalle R., Giri- matics of the artiodactyl subfamily Bovinae // Mol. Phyl.
bet G., Wheeler W. Boston; Berlin; Basel: Birkhauser- Evol. V. 6. № LP. 107-119.
Verlag. P. 45-67. Janke A., Xu X., Arnason U., 1997. The complete mitochon­
Gilbert N., Labuda D., 2000. Evolutionary inventions and drial genome of the wallaroo (Macropus robustus) and
continuity of CORE-SINEs in Mammals // J. Mol. Biol. the phylogenetic relationship among Monotremata, Mar-
V. 298. № 3. P. 365-377. supialia, and Eutheria // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.
GraurD., Hide W.A., Li W.-H., 1991. Is the guinea pig a ro­ V. 94. P. 1276-1281.
dent? // Nature. V. 351. P. 649-652. Jeffreys AJ., Wilson F., Thein S.L., 1985. Hypervariable
Graur D., Higgins D.G., 1994. Molecular evidence for the "minisatellite" regions in human DNA // Nature. V. 314.
inclusion of cetaceans within the order Artiodactyla // P. 67-73.
Mol. Biol. Evol. V. 11. № 3. P. 357-364. Jenkins P., Ruedi M., Catzeflis F.M., 1998. A biochemical
GrenyerR., Purvis A., 2003. A composite species-level phy­ and morphological investigation of Suncus dayi (Dob-
logeny of the "Insectivora" (Mammalia: order Lipotyphla son, 1888) and discussion of relationships in Suncus
Haeckel, 1866) //J. Zool. Lond. V. 260. P. 245-257. Hemprich and Ehrenberg, 1833, Crocidura Wagler,
Grechko V.V., Fedorova L.V., Slobodyanyuk S.Ya., Ryabi­ 1832, and Sylvisorex Thoman, 1904 (Insectivora: Sori­
nin DM., Melnikova M.N., Bannikova A A., Lomov AA., cidae) // Bonn. Zool. Beitr. B. 47. H. 3^1. S. 257-276.
Sheremet'eva V.A., Gorshkov V.A., Sevostyanova GA., Jobse C, Buntjer J.B., Haagsma N.. Breukelman HJ.,
Semenova S.K., Ryskov A.P., Mednikov B.M., Beintema J J.. Lenstra J A., 1995. Evolution and recom­
Darevsky I.S., 1997. Restriction endonuclease analysis of bination of bovine DNA repeats // J. Mol. Evol. V. 41.
highly repetitive DNA as a phylogenetic tool // J. Mol. № 3. P. 277-283.
Evol. V. 45. № 3. P. 332-336. Jones K.E., Purvis A., MacLarnon A., Bininda-
Hadrys H., BalickM., Schierwater В., 1992. Applications of Emonds O.R.P., Simmons N.B., 2002. A phylogenetic
random amplified polymorphic DNA (RAPD) in molecu­ supertree of the bats (Mammalia: Chiroptera) // Biol.
lar ecology // Mol. Ecol. V. 1. № 1. P. 55-63. Rev. V. 77. P. 223-259.
Hardison R., Miller W., 1993. Use of long sequence align­ JurkaJ., Zietkiewicz £., Labuda D., 1995. Ubiquitous mam-
ments to study the evolution and regulation of mammali­ malian-wide interspersed repeats (MIRs) are molecular
an globin gene clusters // Mol. Biol. Evol. V. 10. № 1. fossils from the mesozoic era // Nucl. Acids. Res. V. 23.
P. 73-102. № L P . 170-175.
Harrison R.G., 1989. Animal mitochondrial DNA as a genet­ Karlin S., MrazekJ., 1997. Compositional differences within
ic marker in polulation and evolutionary biology // Tends and between eukaryotic genomes // Proc. Natl. Acad. Sci.
Ecol. Evol. V. 4. № 1. P. 6-11. USA. V. 94. P. 10227-10232.

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004


302 БАННИКОВА

Kaukinen J., Varvio S.-L., 1992. Artiodactyl retroposons: studied by Southern blot transfer // J. Mol. Evol. V. 20.
Association with microsatellites and use in SINEmorph № 1 . P . 17-24.
detection by PCR // Nucl. Acids. Res. V. 20. P. 2955- Lin Yu-H., Penny D., 2001. Implications for bat evolution
2958. from two new complete mitochondrial genomes // Mol.
Kawai K., Nikaido M., Harada M., Matsumura S., Lin L.-K., Biol. Evol. V. 18. № 4. P. 684-688.
Wu Yi, Hasegawa M., Okada N.. 2002. Intra- and inter- Lin Yu.-H., Waddell P., Penny D., 2002. Pika and vole mito­
family relationships of Vespertilionidae inferred by vari­ chondrial genomes increase support for both rodent
ous molecular markers including SINE insertion data // monophyly and glires // Gene. V. 294. P. 119-129.
Mol. Evol. V. 55. P. 284-301. Liu Fu-Guo R., Miyamoto MM., Freire N.P., Ong P.Q.. Ten-
Killian J.K., Buckley T.R., Stewart N., Munday B.L., nant M.R., Young T.S., Gugel K.F., 2001. Molecular and
Jirtle R.L., 2001. Marsupials and Eutherians reunited: ge­ morphological supertrees for Eutherian (Placental) mam­
netic evidence for the Theria hypothesis of mammalian mals //Science. V. 291. P. 1786-1789.
evolution // Mammalian Genome. V. 12. № 7. P. 513— Luckett W.P., HartenbergerJ.-L., 1993. Monophyly or poly-
517. phyly of the order Rodentia: possible conflict between
Kirsch J.W., Hutcheon J.M., Byrnes D.G.P., Lloyd B.D., morphological and molecular interpretation // J. Mam­
1998. Affinities and historical zoogeography of the New mal. Evol. V. 1. № 2. P. 127-147.
Zealand short-tailed bat, Mystacina tuberculata Gray MacPhee R.D.E., Novacek MJ'., 1993. Definition and rela­
1843, inferred from DNA-hybridization comparisons // tionships of Lipotyphla // Mammal phylogeny: placen­
J. Mammal. Evol. V. 5. № 1. P. 33-64. t a l / Eds Szalay F.S., Novacek M.J., McKenna M.C.
Kordis D., GugensekF., 1998. Unusual horizontal transfer of N.Y.: Springer-Verlag. P. 13-31.
a long interspersed nuclear element between distant ver­ Maddalena Т., 1990. Systematics and biogeography of Afro-
tebrate classes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. V. 95. tropical and Palaearctic shrews of the genus Crocidura
P. 10704-10709. (Insectivora: Soricidae): an electrophoretic approach //
Kramerov D., Vassezky N.. Serdobova I., 1999. The evolu­ Vertebrates in the Tropics / Eds Peters G., Hutterer R.
tionary position of dormice (Gliridae) in Rodentia deter­ Bonn: Mus. Alexander Koenig. P. 297-308.
mined by a novel short retroposon // Mol. Biol. Evol. Madsen O., Scally M., Douady С J., Kao DJ., DeBry R.W.,
V. 16. № 5 . P. 715-717. Adkins R., Amrina H.M., Stanhope MJ., De Jong W.W.,
Krayev AS., Kramerov D.A., Skryabin K.G., Ryskov A.P., Springer M.S., 2001. Parallel adaptive radiations in two
Bayev A.A., Georgiev G.P., 1980. The nucleotide se­ major clades of placental mammals // Nature. V. 409.
quence of the ubiquitous repetitive DNA sequence Bl P. 610-614.
complementary to the most abundant class of mouse fold- Marshall L.G., 1979. Evolution of metatherian and eutherian
back RNA//Nucl. Acids. Res. V. 8. № 6. P. 1201-1215. (mammalian) characters: a review based on cladistic
Krayev A.S., Markusheva T.V., Kramerov D.A., Ryskov A.P., methodology // Zool. J. Linn. Soc. V. 66. P. 369-410.
Skryabin K.G., Bayev A.A., Georgiev G.P., 1982. Ubiqui­ Martin Y., Gerlach G., Schlotterer C, Meyer A., 2000. Mo­
tous transposon-like repeats Bl and В2 of the mouse ge­ lecular phylogeny of European muroid rodents based on
nome: B2 sequencing // Nucl. Acids. Res. V. 10. № 23. complete cytochrome b sequences // Mol. Phyl. Evol.
P. 7461-7475. V. 16. № 1. P. 37-47.
Krettek A.. Gullberg A., Arnason U., 1995. Sequence analy­ McKenna M.C, 1975. Phylogeny of the Primates: a multi-
sis of the complete mitochondiral DNA molecule of the disciplinary approach // Toward a phylogeny and classi­
hedgehog, Erinaceus europaeus, and the phylogenetic fication of the Mammalia / Eds Luckett W.P., Szalay F.S.
position of the Lipotyphla // J. Mol. Evol. V. 41. № 6. N.Y.: Plenum Press. P. 21^46.
P. 952-957. McKenna M.C, 1986. Glirology//Science. V. 231. P. 1666-
Kumar S., Hedges В., 1998. A molecular timescale for verte­ 1667.
brate evolution // Nature. V. 392. P. 917-920. Miklos G.L.G., 1985. Localized highly repetitive DNA se­
Lavrenchenko LA., Potapov S.G., Lebedev V.S., Ryskov A.P., quences in vertebrate and invertebrate genomes // Mole­
2001. The phylogeny and systematics of the endemic cular evolutionary genetics / Ed. Maclntyre R.J. N.Y.:
Ethiopian Lophuromys flavopunctatus species complex Plenum Press. P. 140.
based upon random amplified polymorphic DNA Miyamoto MM., 1999. Molecular systematics: perfect
(RAPD) analysis // Biochem. Syst. Ecol. V. 29. № 11. SINEs of evolutionary history? // Current Biol. V. 9.
P. 1139-1151. № 2 1 . P. 816-819.
Lecointre G.. Philippe H., Van Le H.L., Le Guyader #., Miyamoto MM., Goodman M., 1986. Biomolecular system­
1993. Species sampling has a major impact on phyloge­ atics of eutherian mammals: phylogenetic patterns and
netic inference // Mol. Phyl. Evol. V. 2. № 3. P. 205-224. classification // Syst. Zool. V. 35. P. 230-240.
Ledje C, Arnason V'., 1996. Phylogenetic relationships within Modi W.S., 1996. Phylogenetic history of LINE-1 among
Caniform Carnivores based on analyses of the mitochon­ arvicolid rodents // Mol. Biol. Evol. V. 13. № 5. P. 633-
drial 12S rRNA gene // J. Mol. Evol. V. 43. № 6. P. 641- 641.
649. Modi W.S., Gallagher D., WomackJ.E., 1996. Evolutionary
Li W.-H.,Hide W.A.. ZharkikhA., Ma D.-P., GraurD., 1992. histories of highly repeated DNA families among the Ar-
The molecular taxonomy and evolution of the guinea tiodactyla (Mammalia) // J. Mol. Evol. V. 42. № 3.
pig//J. Heredity. V. 83. P. 174-181. P. 337-349.
Lima-de-Faria A., Arnason U., Widegren В., Essen-Mol- Montgelard C, Catzeflis F.M., Douzery E., 1997. Phyloge­
lerJ., Isaksson M., Olsson E., Jaworska H., 1984. Con­ netic relationships of artiodactyls and cetaceans as de­
servation of repetititve DNA sequences in deer species duced from the comparison of cytochrom b and 12S rRNA

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 303

mitochondrial sequences // Mol. Biol. Evol. V. 14. № 5. phylogenetic position among Mammalia inferred from
P. 550-559. the complete mitochondrial DNA sequence of a Japanese
Montgelard C, Bentz S., Tirard C, Verneau O., Catzef- megabat, Ryukyu flying fox {Pteropus dasymallus) //
lis F.M., 2002. Molecular systematics of Sciurognathi J. Mol. Evol. V. 51. № 4. P. 318-328.
(Rodentia): the mitochondrial cytochrome b and 12S rRNA Nikaido M., Kawai K., Cao Y., Harada M., Tomita S., Oka­
genes support the Anomaluroidea (Pedetidae and Anom- da N., Hasegawa M., 2001. Maximum Likelihood Anal­
aluridae) // Mol. Physl. Evol. V. 22. № 2. P. 220-233. ysis of the Complete Mitohondrial Genomes of Eutheri-
Motokawa M., Suzuki H., Harada M., Lin L.-K., Koyasu K., ans and a Reevaluation of the Phylogeny of Bats and In-
Oda S., 2000. Phylogenetic relationships among East sectivores // J. Mol. Evol. V. 53. № 4-5. P. 508-516.
Asian Species of Crocidura (Mammalia, Insectivora) in­ Nikaido M., Cao Y., Okada N., Hasegawa M., 2003a. The
ferred from mitochondrial cytochrome b gene sequen­ phylogenetic relationships of insectivores with special
ces // Zool. Sci. V. 17. P. 497-504. reference to the lesser hedgehog tenrec as inferred from
Mouchaty S.K., Gullberg A., Janke A., Arnason U., 2000a. the complete sequence of their mitochondrial genome //
The phylogenetic position of the Talpidae within Euteria Genes Genet. Syst. V. 78. № 1. P. 107-112.
based on analysis of complete mithochondrial sequen­ Nikaido M., Nishihara H., Никитою Y., Okada N., 2003b.
ces // Mol. Biol. Evol. V. 17. № 1. P. 60-67. Ancient SINEs from African endemic mammals // Mol.
Mouchaty S.K., Gullberg A., Janke A., Arnason U., 2000b. Biol. Evol. V. 20. № 4. P. 522-527.
The phylogenetic position of the tenrecs (Mammalia: Novacek MJ., 1992. Mammalian phylogeny: shaking the
Tenrecidae) of Madagascar based on analysis of com­ tree // Nature. V. 356. P.121-125.
plete mitochondrial genome sequence of Echinops telfairi // Ohdachi S., Masuda R., Abe H., Adachi J., Dokuchaev £.,
Zool. Scr. V. 29. P. 307-317. Haukisalmi V., Yoshida M.C., 1997. Phylogeny of Eur-
Myrphy WJ., Eizirik E., Johnson W.E., Zhang Ya.P., Ry­ asian soricine shrews (Insectivora, Mammalia) inferred
der O.A., O'Brien SJ., 2001a. Molecular phylogenetics from the mitochondrial cytochrome b gene sequences //
and the origins of placental mammals // Nature. V. 409. Zool. Sci. V. 14. P. 527-532.
P. 614-617. Okada N., 1990. SINEs // Curr. Opin. Genet. Dev. V. 1.
Murphy WJ., Eizirik E., O'Brien SJ., Madsen O., Scally M., P. 498-504.
Douady С J., Teeling E., Ryder O.A., Stanhope MJ., De Op het Veld C.W., van Hees-Stuivenberg S., van Zeeland
Jong W.W., Springer M.S., 2001 b. Resolution of the early A A., JansenJ.G., 1997. Effect of nucleotides ixcision re-
placental mammal radiation using Bayesian phylogenet­ pair on hprt gene mutations in rodent cells exposed to
ics //Sciecne. V. 294. P. 2348-2351. DNA ethylating agents // Mutagenesis. V. 12. P. AY1-A2A.
Narita Y., Oda S., Takenaka O., Kageyama N., 2001. Phylo­ Orgel L., Crick F., 1980. Selfish DNA: the ultimate para-
genetic Position of Eulipotyphla inferred from the cDNA site // Nature. V. 284. P. 604-607.
sequences of pepsinogens A and С // Mol. Phyl. Evol. Palumbi S.R., Cipriano F., Hare M.P., 2001. Predicting nu-
V. 21. № 1 . P. 32-42. clear gene coalescence from mitochondrial data: the
Naylor G., Brown W., 1998. Amphioxus mtDNA, chordate three-times rule // Evolution. V. 55. № 5. P. 859-868.
phylogen, and the limits of inference based on compari­ Pec ft M., Streeck R.E., Zachau H.G., 1979. Patchwork struc­
sons of sequences // Syst. Biol. V. 47. P. 61-76. ture of a bovine satellite DNA // Cell. V. 18. P. 883-893.
Nedbal M.A., Allard M.W., Honeycutt R.L., 1994. Molecular Penny £>., Hasegawa M., 1997. Molecular systematics. The
systematics of hystricognath rodents: Evidence from the platypus put in its place // Nature. V. 387. P. 549-550.
mitochondrial 12S rRNA gene // Mol. Phyl. Evol. V. 3. Pesole G., Sbisa E., Preparata G., Saccone C, 1992. The
№ 3. P. 206-220. evolution of the mitochondrial D-loop region and the
Nedbal M.A., Honeycutt R.L., Schlitter DA., 1996. Higher- origin of modern man // Mol. Biol. Evol. V. 9. № 4.
level systematics of rodents (Mammalia, Rodentia): evi­ P. 587-598.
dence from mitochondrial 12S rRNA gene // J. Mammal. Phillips ML., Lin Y.-H., Harrison G.L., Penny D., 2001.
Evol. V. 3. № 3. P. 201-237. Complete mitochondrial sequences for two marsupials, a
Nelson D.L., 1991. Interspersed repetitive sequence poly­ bandicoot and a brushtail possum // Proc. Roy. Soc.
merase chain reaction (IRS-PCR) for generation of hu­ Lond. Ser. B. V. 268. P. 1533-1538.
man DNA fragments from complex sources // Methods, Plante Y., Boag P., White B.N., 1989. Microgeographic
Companion Methods Enzymol. V. 2. P. 60-74. variation in mitochondrial DNA of meadow voles
Neigel J.E., Avise J.C., 1986. Phylogenetic relationships of (Microtus pennsylvanicus) in relation to population densi­
mitochondrial DNA under various demographic models ty // Evolution. V. 43. № 7. P. 1522-1557.
of speciation // Evolutionary processes and theory // Eds. Querouil S., Hutterer R., Barriere P., Colyn M., Kerbis Pe-
Nevo E., Karlin S. N.Y.: Acad. Press. P. 515-534. terhans J.C., Verheyen E., 2001. Phylogeny and evolu­
Neigel J.E., Ball R., Martin R., Avise J.C., 1991. Estimation tion of African shrews (Mammalia: Soricidae) inferred
of single generation migration distances from geographic from 16S rRNA sequences // Mol. Phyl. Evol. V. 20.
variation in animal mitochondrial DNA // Evolution. № 2 . P. 185-195.
V. 45. № 2. P. 423-432. Reyes A., Pesole G., Saccone C, 2000. Long-branch attraction
Nikaido M.,Rooney A J., Okada N., 1999. Phylogenetic rela­ phenomenon and the impact of among-site rate variation on
tionships among Cetartiodactyls based on insertions of rodent phylogeny //Gene. V. 259. № 1-2. P. 177-187.
short and long interspersed elements: Hippopotamuses Romer A.S., 1966. Vertebrate Paleontology. Chicago: Univ.
are the closest axtant relatives of whales // Proc. Natl. Ac­ Chicago Press. 458 p.
ad. Sci. USA. V. 96. № 18. P. 10261-10266. Rosenberg M.S., Kumar S., 2001. Incomplete taxon sampling
Nikaido M., Harada M., Cao Y., Hasegawa M., Okada N., is not a problem for phylogenetic inference // Proc. Natl.
2000. Monophyletic origin of the order Chiroptera and its Acad. Sci. USA. V. 98. № 19. P. 10751-10756.

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004


304 БАННИКОВА

Russo С A.M., Takezaki N., Nei M., 1996. Efficiencies of dif­ Springer M.S., Debry R.W., Douady C, Amrine H.M., Mad-
ferent genes and different tree-building methods in re­ sen O., De Jong W.W., Stanhope M.J., 2001. Mitochon­
covering a known vertebrate phylogeny // Mol. Biol. drial versus nuclear gene sequences in deep-level mam­
Evol.V. 13. № 3 . P. 525-536. malian phylogeny reconstruction // Mol. Biol. Evol.
Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis Т., 1989. Molecular V. 18. № 2 . P. 132-142.
cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor: Cold Stanhope MJ., Waddell V.G., Madsen O., De Jong W.,
Spring Harbor Lab. Press. 398 p. Hedges S.B., Cleven G.C., Kao D., Springer M.S., 1998.
Santucci F., Emerson B.C., Hewitt G.M., 1998. Mitochondrial Molecular evidence for multiple origins of Insectivora
DNA phylogeography of European hedgehogs // Mol. and for a new order of endemic African insectivore mam­
Ecol. V. 7. № 9. P. 1-10. mals // Proc. Natl. Acad. Sci. V. 95. № 17. P. 9967-9972.
Sarich V.M., 1993. Mammalian systematics: twenty-five Sullivan J., SwoffordD., 1997. Are guinea pigs rodents? The
years among their albumins and transferrins // Mammal importance of adequate models in molecular phylogene-
Phylogeny: Placentals / Eds Szalay F.S., Novacek M.J., tics // J. Mammal. Evol. V. 4. № 2. P. 77-86.
McKenna M.C. Berlin: Springer-Verlag. P. 103-114. Swofford D., Olsen GJ., Waddell PJ., Hillis DM., 1996.
Seddon J.M., Santucci F., Reeve NJ., Hewitt G.M., 2001. Phylogenetic inference // Molecular Systematics / Eds
DNA footprints of European hedgehogs, Erinaceus euro- Hillis D.M., Moritz C, Mable B.K. Sunderland: Sinauer.
paeus and E. concolor: Pleistocene refugia, postglacial
P. 407-514.
expansion and colonization routes // Mol. Ecol. V. 10.
№9. P. 2187-2194. Taberlet P., Fumagalli L., Hausser J., 1994. Chromosomal
versus mitochondrial DNA evolution: tracking the evolu­
Serdobova I.M., Kramerov DA., 1998. Short retroposons of
the В2 superfamily: evolution and application for the tionary history of the southwestern European populations
study of rodent phylogeny // J. Mol. Evol. V. 46. № 2. of the Sorex araneus group (Mammalia, Insectivora) //
P. 202-214. Evolution. V. 48. P. 623-636.
SchmitzJ., Ohme M., Zischler H., 2002. The complete mito­ Tachida H., Iizuka M., 1993. A population genetic study of
chondrial sequence of Tarsius bancanus: evidence for an the evolution of SINEs. I. Polimorphism with regard to
extensive nucleotide compositional plasticity of Primate the presence or absence of an element // Genetics. V. 133.
mitochondrial DNA // Mol. Biol. Evol. V. 19. № 4. №4. P. 1023-1030.
P. 544-553. Feeling E.C., Scally M., Kao DJ., Romagnoli ML., 2000.
Shedlock A.M., Okada N.. 2000. SINE insertions: powerful Molecular evidence regarding the origin of echolocation
tools for molecular systematics // BioEssays. V. 22. № 2. and flight in bats // Nature. V. 403. P. 188-192.
P. 148-160. Feeling E.C., Madesn 0., Van Den Bussche RA., De
Shimamura M., Yasue H., Ohshima K., 1997. Molecular evi­ Jong W.W., Stanhope MJ., Springer M.S., 2002. Micro-
dence from retroposons that whales form a clade within bat paraphyly and the convergent evolution of a key in­
even-toed ungulates // Nature. V. 388. P. 666-670. novation in Old World rhinolophoid microbats // Proc.
Shoshani J., McKenna M.C, 1998. Higher taxonomic rela­ Natl. Acad. Sci. V. 99. № 3. P. 1431-1436.
tionships among extant mammals based on morphology, Ursing В., Arnason U., 1998. Analyses of mitochondrial ge­
with selected comparisons of results from molecular data // nomes strongly support hippopotamus-whale clade //
Mol. Phyl. Evol. V. 9. № 3. P. 572-584. Proc. R. Soc. Lond. B. V. 265. P. 2251-2255.
Showers C.P., 2002. Complete mitochondrial genomes and Usdin K., Chevret P., Catzeflis M., Verona R., Furano A.,
eutherian evolution // J. Mammal. Evol. V. 9. № 4. 1995. LI (LINE-1) retreotransposable elements provide a
P. 281-305. "fossil" record of the phylogenetic history of Murid ro­
Sibley C.G., AhlquistJ.E., 1984. The phylogeny of the homi- dents // Mol. Biol. Evol. V. 12. № 1. P. 73-82.
noid primates, as indicated by DNA-DNA gybridiza- Vidal-Rioja L., Zambelli A., Semorile L., 1994. An assessment
tion//J. Mol. Evol. V. 20. № 1-2. P. 2-15. of the relationships among species of Camelidae by sa­
Singer M.F., 1982. SINEs and LINEs: highly repeated short tellite DNA comparisons // Hereditas. V. 121. № 3.
and long interspersed sequences in mammalian ge­ P. 283-290.
nomes // Cell. V. 28. P. 433^134.
Vos P., Hogers R., Bleeker M. et al., 1995. AFLP: a new
Slattery J.P.. Murphy WJ., O'Brien SJ., 2000. Patterns of technique for DNA fingerprinting // Nucl. Acids. Res.
diversity among SINE elements isolated from three Y-chro-
V. 23. № 2 1 . P. 4407^1414.
mosome genes in Carnivores // mol. Biol. Evol. V. 17.
№ 5. P. 825-829. Waddell P., Shelley S., 2003. Evaluating placental inter-ordinal
phylogenies with novel sequences including RAG1, gam-
Smit A., Riggs A., 1995. MIRs are classic, tRNA-derived
SINEs that amplified before the mammalian radiation // ma-fibrinogen, ND6 and mt-tRNA plus MCMC-driven nu­
Nucl. Acids. Res. V. 23. № 1. P. 98-102. cleotide, amino acid and codon models // Mol. Phyl.
Smith J J., Scott-Craig J.S., Leadbetter J.R.. Bush G.L., Ro­ Evol. V. 28. № 2. P. 197-224.
berts D.L., Euibright D.W., 1994. Characterization of Waddell P., Okada N., Hasegawa M., 1999a. Towards re­
random amplified polymorphic DNA (RAPD) products solving the interordinal relationships of placental mam­
from Xanthomonas campestris and some comments on mals // Syst. Biol. V. 48. № 1. P. 1-5.
the use of RAPD products in phylogenetic analysis // Waddell PJ., Cao Y.. HaufJ., Hasegawa M., 1999b. Using
Mol. Phyl. Evol. V. 3. № 2. P. 135-145. novel phylogenetic methods to evaluate mammalian
Springer M.S., Cleven G.C., Madsen O., De Yong W.W., mtDNA, including amino acid-invariant sites-logDet plus
Waddell V.G., Amrine H.M., Stanhope MJ., 1997. En­ site stripping, to detect internal conflicts in the data, with
demic African mammals shake the phylogenetic tree // special reference to the positions of hedgehog, armadillo,
Nature. V. 388. P. 61-64. and elephant // Syst. Biol. V. 48. № 1. p. 31-53.

ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ ТОМ 65 №4 2004


МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ 305

Waddell P., Kishino Н., Ota R., 2001. A phylogenetic foun- Woodall P.P., 1995. The male reproductive system and the
dation for comparative mammalian genomics // Genome phylogeny of elephant-shrews (Macroscelidea) // Mammal.
Informatics. V. 12. P. 141-154. Rev. V. 25. № 1-2. P. 87-93.
Welsh J., McClelland M., 1990. Fingerprinting genomes using Yang Z., 1996. Among-site rate variation and its impact on
PCR with arbitrary primers // Nucleic Acids Research. phylogenetic analyses // Trends Ecol. Evol. V. 11. № 9.
V. 18. № 24. P. 7213-7218. p 367-372.
Welsh J., McClelland Af- 1991. Genomic fingerprinting using Y
asue H., Wada Y.. 1996. A swine SINE (PRE-1 sequence)
of primers // Nucleic Acids Research. V. 19. № 19. distribution in swine-related animal species and its phy-
P 5275—5279
., , ., т« Z. , r r ,™„ ™ . • • logenetic analysis in swine genome // Anim. Genet.
Wendel J.F., Doyle J J., 1998. Phylogenetic incongruence: V 27 №2 P 95-948
Window into genome history and molecular evolution / / y
^ ; j, ^ y mg Ph
. of t h e L e r n u r i d a e :
Molecular Systematics of Plants II /Eds Soltis D., Soltis P., r r . r u , . J ° у . . ,
e f f e c t s
Doyle J. Boston: Kluwer Acad. Publ. P. 265-296. of character and taxon sampling on resolution of
WhelanS.,LioP., Goldman N.. 2001. Molecular phy logenet- g ^ J ^ f ^ f i p S W I t h l " E u l e m u r " Clad.stcs. V. 15.
ics: state-of-the-art methods for looking into the past// _ , ' ,, , _ . . _, ,
Trends Genet V 17 P 262-272 Zardoya R., Me^er A., 1996. Phylogenetic performance
М/йаим / . C I . , Kubeiik'A.R.. Livak K.L., Rafalski J A., of mitochondrial protein-coding genes in resolving rela-
Tingey S.V., 1990. DNA polymorphisms amplified by ar- tionships among vertebrates // Mol. Biol. Evol. V. 13.
bitrary primers are useful as genetic markers // Nucl. № 7- P. 933-942.
Acids. Res. V. 18. № 22. P. 6531-6535. Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D., 1994. Genome fin-
Wilson A.C., Cann R.L., Can S.M., 1985. Mitochondrial gerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored
DNA and two perspectives on evolutionary genetics // polymerase chain reaction amplification // Genomics.
Biol. J. Linnean Soc. V. 26. P. 375^00. V. 20. № 2. P. 176-183.
Molecular Markers and Modern Phylogenetics of Mammals
A. A. Bannikova
Department of Vertebrate Zoology, Biological Faculty, Moscow State University
119992 Moscow, Leninskie Gory
e-mail: grechko@genome.eimb.relarn.ru

Application of modern molecular techniques such as molecular cloning, sequences and polymerase cnain
reaction of DNA resulted in the increasing of resolution of the phylogenetic analysis and enhanced the role
of molecular markers in the evolutionary and taxonomic studies. However, certain properties of the molecular
markers are to be taken into consideration when results of the molecular phylogenetic analyses are discussed.
This survey reviews the advantages and shortages of different molecular markers (mtDNA and nDNA genes,
satellite sequences, long and short retroposons) at the various taxonomic levels. The most part of new phylo­
genetic reconstructions are established on the results of mtDNA analysis and must be interpreted cautiously be­
cause of non-mendelian inheritance of mitochondrial genome. The extremely rapid rate of nucleotide change
in mtDNA as compared with nDNA reinforces the saturation in nucleotide sequence and screens the phyloge­
netic signal. The analysis of nuclear genomes in constrained by that only truly orthologous genes are suitable
for the phylogeny reconstruction. So there is a problem to distinguish genes from pseudogenes. Besides, there
are some general problems of gene reconstruction such as nucleotide and amino acid compositional shift, long
branch attraction and the choice of outgroup. Short interspersed nuclear elements (SINEs) may provide the
most valuable phylogenetic information. The markers of multilocus DNA analysis (RAPD-PCR, IS-PCR,
RELP, ISSR-PCR), their advantages and shortages are also discussed.
A brief survey of the recent studies of molecular phylogeny of mammals for the period of about ten years is
presented. The results based on the combined analysis of the mitochondrial and nuclear genes reject the reliability
of some previously recognized supraordinal Eutherian taxa in favour of independent range of four main super-
order clades: Afrotheria, Xenarthra, Euarchontoglires, and Laurasiatheria. Within these clades, monophyly
of some of traditionally recognized orders was proved by molecular data.
The recent advances of molecular phylogenetics are very encouraging. However, its future developments are
full off serious difficulties. The problem of accumulation of the data turns into the problem of their correct ana­
lysis that is more difficult from the methodological point of view. The careful analysis of the conformities and
contradictions between different data sets and looking for congruent conclusions deduced from different charac­
ters are the most fruitful way of further phylogenetic development.

3 ЖУРНАЛ ОБЩЕЙ БИОЛОГИИ том 65 №4 2004