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THÉMATIQUE À TAPER
RÉSUMÉ
SUMMARY
St h l
Staphylococcus aureus a développé
dé l é différents
diffé t types
t de
d résistance
é i t aux antista-
ti t
phylococciques. Plus de 80 % des souches produisent une pénicillinase. L’oxa- Antibiogram of Staphylococcus aureus
cilline reste active contre ces souches, mais des staphylocoques hospitaliers et Staphylococcus aureus has acquired different
plus récemment communautaires ont développé une résistance croisée entre types of resistance to antistaphylococcal agents.
l’oxacilline et les autres bêta-lactamines par production d’une protéine liant les More than 80% of isolates produce a penicillinase.
pénicillines (PLP) de faible affinité, la PLP2a. Cette dernière résistance est plus Oxacillin remains active against those isolates.
facilement décelée par le test de la céfoxitine. Trois enzymes sont responsables However, hospital-associated staphylococci
de l’inactivation des aminosides, chacune conférant un spectre spécifique de and, more recently, community-associated
résistance. Les glycopeptides, vancomycine et teicoplanine, sont des alternatives staphylococci have developed cross resistance
à l’oxacilline en cas de résistance ou d’intolérance. Des souches de sensibilité between oxacillin and other beta-lactams by
diminuée aux glycopeptides sont rapportées. Leur détection est difficile. La production of a penicillin-binding protein with low
résistance aux macrolides est surtout liée à la production de méthylase qui affinity for beta-lactams, PBP2a. This resistance
modifie le ribosome, cible de ces antibiotiques. Deux phénotypes, inductible is more readily detected by the cefoxitin test.
et constitutif, sont distingués par la méthode de diffusion en gélose. La résis- Three enzymes are responsible for aminosides
tance aux quinolones est liée à des mutations de la cible de ces antibiotiques, inactivation, each conferring a specific resistance
les topo-isomérases. De nouveaux antistaphylococciques ont été récemment spectrum. Glycopeptides, vancomycin and
commercialisés, le linézolide, la daptomycine et la tigécycline. Des résistances, teicoplanin, are alternatives to oxacillin in case
encore rares, sont déjà rapportées. Les phénotypes associés de résistance se of resistance or intolerance. Strains with decreased
voient surtout chez les S. aureus résistants à la méticilline (SARM). Actuelle- susceptibility to glycopeptides that are difficult to
ment, la résistance à la méticilline est associée dans environ 90 % des cas de detect are reported. Macrolide resistance is most
SARM hospitaliers à la résistance aux fluoroquinolones et au phénotype de often due to methylase production responsible
résistance aux aminosides kanamycine-tobramycine. En revanche, les SARM for modification of the ribosomal site of these
communautaires ne sont résistants, outre à la méticilline, qu’à la kanamycine, antibiotics. Two phenotypes, inducible and
à l’acide fusidique et souvent aux tétracyclines. constitutive, can be distinguished by the disk-
diffusion method. Quinolone resistance is related to
Résistance aux antibiotiques – staphylocoque – lecture interprétative – mutations in topo-isomerases, the target of these
diffusion en gélose – automate – SARM. antibiotics. New antistaphylococcal agents were
recently commercialized, linezolid, daptomycin and
tigecycline. Resistance to these drugs are already
reported but still rare. Resistances are mostly
combined in methicillin-resistant S. aureus (MRSA).
1. Introduction Currently, methicillin resistance is associated in
approximately 90% of cases of hospital-associated
L’homme est le réservoir naturel de Staphylococcus aureus. MRSA to resistance to fluoroquinolone and to
Un pourcentage élevé de la population humaine est por- the phenotype of aminoglycoside resistance,
teur de S. aureus en permanence ou par intermittence Kanamycin-Tobramycin. By contrast, community-
au niveau de certains sites anatomiques (fosses nasales, associated MRSA, are only resistant to kanamycin,
gorge). À partir de ces sites de portage, cette espèce va fusidic acid and often tetracyclines, in addition
coloniser les zones humides (aisselles) et d’autres sites to methicillin.
comme les mains. S. aureus peut se retrouver aussi sur
Antibiotic resistance – staphylococcus –
interpretive reading – agar diffusion – automat – RSA.
a Laboratoire de microbiologie
Centre hospitalier universitaire de Caen
14033 Caen cedex la peau ou au niveau des muqueuses d’animaux domes-
tiques. Cette bactérie peut survivre longtemps dans le
* Correspondance milieu extérieur.
daurel-c@chu-caen.fr S. aureus est responsable de nombreuses manifestations
pathologiques, suppuratives et nécrotiques : suppurations
article reçu le 13 octobre, accepté le 24 octobre 2008 localisées, septicémies et endocardites, ainsi que des
© 2008 – Elsevier Masson SAS – Tous droits réservés. toxi-infections alimentaires.
- Les souches résistantes à la pénicilline G ont un diamètre dans ce cas seule une fraction de la population bacté-
variable (souvent < 25 mm). La zone fantôme est rempla- rienne va exprimer la résistance. Le niveau d’hétérogé-
cée par des colonies opaques de grande taille, réalisant néité varie. Certaines souches sont très hétérogènes avec
une bordure nette avec parfois des colonies « squatters » seulement 1/106 bactéries exprimant la résistance. Cette
occupant la zone d’inhibition (figure 1B). Cet aspect est résistance est donc très difficile à détecter alors que ces
caractéristique de la présence d’une pénicillinase sans souches doivent impérativement être considérées comme
qu’aucun test additionnel ne soit nécessaire. La présence de résistantes. L’expression hétérogène de la résistance est
pénicillinase pourrait être vérifiée par un test à la nitrocéfine aujourd’hui majoritaire chez les souches de S. aureus
(méthode enzymatique) en prenant les colonies induites résistantes à la méticilline (SARM).
par une pénicilline (colonies en bordure de disque). Le diagnostic de certitude de la méticillino-résistance repose
Les automates testent des concentrations critiques de sur la détection du gène mecA. Malheureusement, ce test
pénicilline G. Certains incluent un test pénicillinase. ne peut être effectué pour l’instant facilement en routine.
Cependant, il existe des faux-négatifs (particulièrement L’expression d’une PLP2a peut aussi être recherchée à
pour les staphylocoques à coagulase négative) et il est l’aide de tests au latex commercialisés.
nécessaire de contrôler les résultats négatifs par un test Selon les recommandations du CA-SFM, la détection de la
à la nitrocéfine. résistance nécessite l’emploi de conditions particulières. Il
Le comité européen de l’EUCAST (rule 8,2 ; http://www. faut modifier les conditions du test en utilisant un fort ino-
escmid.org/sites/index_f.aspx?par=2.4) considère que culum et un milieu Mueller-Hinton hypersalé incubé à 37 °C
dans les pays à forte prévalence de S. aureus producteurs (ou un milieu Mueller-Hinton incubé à 30 °C). On peut aussi
de pénicillinase, il est possible de rapporter toutes les sou- tester dans les conditions standardisées de la méthode
ches comme résistantes à la pénicilline G, à l’ampicilline des disques des bêta-lactamines (céphamycines) pour
et l’amoxicilline du fait de la difficulté de détection et du lesquelles l’expression de la résistance est plus franche,
risque de faux négatifs. la céfoxitine ou le moxalactam. En pratique, la simplicité
et la meilleure sensibilité du test de la céfoxitine le font
Interprétation de l’antibiogramme recommander [1, 2]. Les critères d’interprétation (disque
et réponse au clinicien 30 μg) sont : ≥ 27 mm, sensible à l’oxacilline ; < 25 mm,
Si une résistance à la pénicilline G est détectée, les bêta- résistant à l’oxacilline. Un diamètre inférieur à 25 mm est
lactamines suivantes seront inactives : pénicilline G, ampi- bien corrélé avec la présence du gène mecA. Pour des
cilline, amoxicilline, ticarcilline, pipéracilline. En revanche, diamètres de 25 ou 26 mm, le résultat est incertain. Il est
l’association à des inhibiteurs de pénicillinase (acide cla- alors nécessaire de rechercher la PLP2a par un test au
vulanique, sulbactam, tazobactam) restaure une sensibilité latex (dans les conditions indiquées par le fournisseur)
pour ces antibiotiques. Les céphalosporines et l’imipénème après induction (autour du disque de céfoxitine ou de
ne sont pas hydrolysées par la pénicillinase. moxalactam) ou le gène mecA par PCR. Certains auto-
mates proposent le test automatisé de la céfoxitine en sus
À retenir du test de l’oxacilline.
r La plupart des souches de S. aureus produisent une
pénicillinase. Interprétation de l’antibiogramme
r Tester la pénicilline G par la méthode des disques et réponse au clinicien
permet de détecter la résistance par pénicillinase. Du fait du mécanisme de modification de cible, la résis-
r Les souches productrices de pénicillinase restent tance est croisée entre les différentes bêta-lactamines :
sensibles à l’association amoxicilline-acide clavulani- il s’agit d’une résistance à la famille entière. Cependant,
que et aux céphalosporines (en l’absence de méticil- des céphalosporines en développement, ceftobiprole
lino-résistance). et ceftaroline, conservent une certaine activité in vitro
contre les SARM. La démonstration clinique reste à faire.
Il faut rappeler aussi que le céfotaxime peut être utilisé en
3.2. Méticillino-résistance association avec la fosfomycine pour les méningites post-
par modification de cible chirurgicales à SARM sensible à la fosfomycine.
Cette résistance est due chez S. aureus et chez les sta-
phylocoques à coagulase négative à la production d’une À retenir
PLP additionnelle, la PLP2a, qui se surajoute aux PLP r Le test de la céfoxitine permet de détecter de façon
« normales » de S. aureus. En présence de bêta-lacta- fiable et spécifique la résistance à la méticilline chez
mines (pénicillines, céphalosporines, carbapénèmes), S. aureus.
les PLP sont inhibées, sauf la PLP2a. Cette protéine r La résistance à la méticilline est croisée entre toutes
est codée par le gène d’expression inductible mecA. les bêta-lactamines actuellement commercialisées.
Ce gène est porté par un élément génétique mobi-
le particulier, une cassette chromosomique appelée
SCCmec insérée dans un locus spécifique. 3.3. Résistance « borderline »
L’expression de la résistance est variable en fonction des Les souches « borderline » BORSA (borderline oxacillin
souches. Elle peut être homogène et dans ce cas, pour resistant S. aureus) montrent une activité diminuée de
la souche considérée, la totalité de la population exprime l’oxacilline (ou une résistance de bas niveau) non due à la
la résistance à la méticilline. Elle peut être hétérogène, et présence du gène mecA. Elles ont une CMI de l’oxacilline
Aminoside phosphotransférase
Kanamycine K Pas de synergie avec kanamycine et amikacine
3’ type III [APH(3’)-III]
précurseurs du peptidoglycane qui est de comporter la vancomycine vanA ont été rapportées aux États-Unis.
un acyl-D-alanyl-D-alanine à leur extrémité. Les glycopepti- L’opéron vanA porté par des plasmides provient de souches
des se lient aux D-Ala-D-Ala terminaux des précurseurs à la d’entérocoques résistantes aux glycopeptides. Jusqu’à
surface de la bactérie avec une haute affinité, bloquant ainsi maintenant, les VRSA n’ont pas été isolés en Europe.
l’addition des précurseurs à la chaîne du peptidoglycane
naissant et prévenant les étapes ultérieures de polyméri- 5.2. Détection
sation. Ces molécules sont lentement bactéricides. La détection des souches qui ne présentent qu’un niveau
La découverte de souches de sensibilité diminuée a été à modéré de résistance aux glycopeptides est importante.
l’origine de controverses toujours actuelles sur leur défi- En effet, l’utilisation de la vancomycine ou de la teicoplanine
nition et les méthodes de détection. dans les cas d’infections dues aux souches catégorisées
intermédiaires (ou à plus forte raison résistantes) au glyco-
5.1. Mécanismes et définitions peptide utilisé conduit fréquemment à des échecs.
de la résistance Un certain nombre de difficultés sont inhérentes à l’étude
Différents termes et acronymes, VISA, GISA, hétéro-VISA, de l’activité in vitro des glycopeptides [6].
ont été utilisés pour définir les souches de S. aureus de r La méthode de diffusion en gélose convient mal pour les
sensibilité diminuée aux glycopeptides et plus récemment glycopeptides : ces grosses molécules diffusent médio-
VRSA pour les souches résistantes. crement dans la gélose.
r Les méthodes rapides automatisées ne conviennent
5.1.1. Souches de sensibilité diminuée pas car l’expression de la résistance nécessite un temps
aux glycopeptides prolongé d’incubation.
Ces souches ont une paroi épaissie résultant d’une réorga- r L’effet inoculum important pour la teicoplanine peut
nisation complexe du métabolisme du peptidoglycane liée amener à surestimer les résistances.
probablement à des mutations dans de multiples gènes. Ces Les difficultés du test des glycopeptides contre les sta-
réorganisations pourraient empêcher l’accès de la vanco- phylocoques ont conduit à une démarche présentée dans
mycine à sa cible. Une autre hypothèse non exclusive serait les recommandations du CA-SFM. Une diminution de
l’hyperproduction de précurseurs du peptidoglycane agissant sensibilité aux glycopeptides peut être suspectée lorsque
comme autant de leurres pour les glycopeptides [5]. l’on utilise les méthodes de routine en prêtant attention à
Les souches de sensibilité diminuée aux glycopeptides certains critères d’alerte ou par un criblage spécifique. Une
sont isolées à des fréquences faibles dans le monde entier fois la diminution de sensibilité suspectée, la catégorisation
et se recrutent essentiellement parmi les SARM. clinique (S/I/R) des souches se fait par détermination des
CMI des glycopeptides dans les conditions standardisées.
VISA et GISA Parfois, certains tests peuvent être nécessaires en com-
Les termes de VISA (vancomycin intermediate S. aureus) et plément. Un arbre décisionnel est présenté figure 2.
de GISA (glycopeptide intermediate S. aureus) regroupent
des souches intermédiaires (CMI = 8 mg/L) ou résistantes 5.2.1. Test des glycopeptides
(CMI > 8 mg/L) à la teicoplanine et sensibles (CMI ≤ 4 mg/L) Malgré ses performances médiocres, la méthode de dif-
ou intermédiaires (CMI = 8 mg/L) à la vancomycine. Le terme fusion reste utilisée pour tester les glycopeptides. Après
de GISA est préférable car il englobe l’ensemble des souches une incubation qui doit être de 24 h pleines, un certain
de sensibilité diminuée à l’un ou l’autre des glycopeptides. nombre de critères doivent alerter sur la possibilité d’une
sensibilité diminuée aux glycopeptides :
Hétéro-VISA r un diamètre < 17 mm pour la vancomycine ou la tei-
Ces souches de S. aureus, initialement isolées au Japon, sont coplanine ;
sensibles à la vancomycine (CMI 2-4 mg/L) mais présentent r un diamètre d’inhibition de la teicoplanine inférieur ou
des sous-populations intermédiaires à la vancomycine égal d’au moins 3 mm à celui de la vancomycine ;
(CMI 6-8 mg/L). Les sous-populations sont présentes à des r la présence de colonies dans la zone d’inhibition d’un
fréquences faibles, de l’ordre de 10-5 à 10-7, et ne peuvent glycopeptide.
être mises en évidence à l’antibiogramme standard. Avec les automates, un résultat intermédiaire ou résistant
Ces souches sont pour leur grande majorité intermédiaires pour la vancomycine ou la teicoplanine doit faire confir-
à la teicoplanine (CMI 8 mg/L), voire résistantes. mer le résultat.
La définition des souches hétéro-VISA souffre de l’absence Les méthodes de routine pouvant être en défaut pour la
d’une technique génétique servant de référence. De plus, détection des GISA et ne détectant pas les hétéro-VISA,
leur signification clinique est discutée. Cependant, beau- certaines équipes utilisent une des méthodes suivantes
coup considèrent que les souches hétéro-VISA constituent de criblage.
le réservoir des souches GISA, l’ensemble ne constituant r Le CA-SFM recommande l’utilisation d’une gélose de
qu’un continuum de souches de diverses sensibilités aux Mueller-Hinton supplémentée par 5 mg/L de teicoplanine,
glycopeptides. ensemencée avec 10 μL d’une suspension de turbidité
McFarland 2, incubée à 35 °C-37 °C pendant 24 et 48 h ;
5.1.2. VRSA le test est positif en cas de présence d’au moins 4 colo-
Plus récemment, de rares souches de S. aureus résistantes nies. Cette méthode a l’avantage d’être très sensible, la
à la vancomycine et à la teicoplanine (CMI de la vanco- teicoplanine étant le meilleur marqueur de la résistance,
mycine > 16 mg/L) ayant acquis l’opéron de résistance à mais elle manque de spécificité.
V et T sensible V et/ou T intermédiaire Diamètre d’inhibition T < ou = 3 mm diamètre V Colonies dans le diamètre
ou résistant (automates) d’inhibition du disque
(diffusion : diamètre < 17 mm)
CMI V et T < ou = 4 mg/L CMI V < ou 4 mg/L et T > 4 mg/L CMI V = 8 mg/L et T > 4 mg/L CMI V et T > 4 mg/L
Réponse Réponse Réponse (V et T résistant)
V et T sensible T intermédiaire ou résistant V intermédiaire et T intermédiaire
V sensible mais hétéroVISA ou résistant (très rare)
Probable (voir méthode de confirmation Pas de cas en Europe
du texte)
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Tableau III – Principaux phénotypes de résistance aux MLS chez les staphylocoques.
Mécanisme Classe de gènes Phénotype Phénotype de résistance
MLSB constitutif R R R Sb
(topoisomérase IV). La liaison des quinolones à leurs cibles Il existe deux mécanismes de résistance à cet antibiotique
entraîne l’arrêt de la réplication et de la transcription de l’ADN chez S. aureus : mutation dans le gène fusA codant le fac-
bactérien. Les fluoroquinolones sont rapidement bactérici- teur d’élongation G ou diminution de la perméabilité. Les
des. S. aureus est naturellement résistant aux quinolones de mutants pour le premier type de résistance sont obtenus
première génération (acide nalidixique, acide oxolinique et à une fréquence élevée, de l’ordre de 10-6 à 10-8.
fluméquine), mais sensible aux fluoroquinolones systémiques
(ciprofloxacine, lévofloxacine, moxifloxacine, ofloxacine et 8.3. Rifampicine
péfloxacine) ou urinaire (norfloxacine). La rifampicine inhibe l’ARN polymérase, bloquant ainsi la
transcription. Elle est bactéricide. Des mutations au sein
7.1. Mécanismes de résistance du gène rpoB codant la chaîne bêta de l’ARN polymérase
sont responsables du phénotype de résistance à cet anti-
Modification de cible biotique. La plupart des souches présentent un haut niveau
Le principal mécanisme de résistance est dû à l’apparition de résistance (CMI > 32 mg/L), d’autres sont catégorisées
de mutations ponctuelles dans la ou les cibles des qui- intermédiaires (CMI = 1 mg/L). Ces deux types présentent
nolones (gyrase et topoisomérase IV) [9]. Ces mutations des mutations différentes.
siègent le plus souvent dans une courte région conservée
appelée QRDR (quinolone resistance determining region). 8.4. Oxazolidinones
Les quinolones n’arrivent alors plus à se fixer à leurs cibles. Le linézolide est le seul représentant de cette famille. C’est
Chez S. aureus, une première mutation sur une cible (en un inhibiteur de la synthèse protéique. Il interagit au niveau
général ParC) va conférer un niveau de résistance de bas de la sous-unité 50S du ribosome et bloque une étape pré-
niveau. Dans un deuxième temps, une deuxième mutation coce de la synthèse protéique. C’est un antibiotique bacté-
sur la deuxième cible (ParC, ParE ou GyrA) va conférer une riostatique très actif sur S. aureus, incluant les SARM [10].
résistance de haut niveau. Les souches de haut niveau La détection de la résistance s’effectue selon les méthodes
auront alors une résistance croisée à la péfloxacine, à la standardisées. Parfois, les méthodes de diffusion peuvent
ciprofloxacine, à la lévofloxacine et à la moxifloxacine. surestimer la résistance. Les résultats intermédiaires ou
résistants doivent être vérifiés par la détermination de la
Efflux CMI (méthode de référence ou E-test®). Il existe de rares
Des pompes vont diminuer la concentration intracytoplasmi- souches de S. aureus résistantes au linézolide.
que de certaines quinolones spécifiques : la ciprofloxacine et
la norfloxacine. La surexpression d’une pompe inductible de 8.5. Lipopeptide
la famille « major facilitator superfamily » entraîne la résistance La daptomycine est le seul représentant de cette famille. Le
qui est alors associée à la résistance au chloramphénicol. mécanisme d’action de cet antibiotique n’est pas encore
L’efflux peut s’associer au mécanisme précédent. complètement élucidé. Son insertion dans la membrane
cytoplasmique (mécanisme calcium dépendant) crée une
7.2. Détection et lecture interprétative dépolarisation de la membrane et une fuite d’ions potas-
Il suffit de tester une fluoroquinolone, de préférence parmi sium. La bactérie arrête alors toute synthèse d’ADN, d’ARN
les moins actives (péfloxacine, ofloxacine ou norfloxacine). et de protéines. C’est un antibiotique bactéricide. Cepen-
La réponse vaut pour l’ensemble de la classe. dant, des mutants résistants sont isolés in vivo. Les CMI
de la daptomycine augmentent parallèlement à celles de
la vancomycine [11]. En effet, l’épaississement de la paroi
8. Les autres antibiotiques observé chez les VISA gênerait l’accès de la daptomycine
à la membrane cytoplasmique.
8.1. Sulfamides et triméthoprime
Les acides foliques sont impliqués dans la synthèse des 8.6. Glycylcycline
acides nucléiques. En raison de leur activité anti-folique, les La tigécycline est le seul représentant de cette sous-classe
sulfamides et le triméthoprime interfèrent avec la synthèse dérivée des tétracyclines. Cet antibiotique à spectre large
des acides nucléiques et des protéines. L’association de est actif contre les souches de staphylocoques hébergeant
ces deux molécules est synergique. Cette synergie est les classiques mécanismes de résistance aux tétracyclines
maintenue en cas de résistance isolée aux sulfamides, mais par protection du ribosome ou efflux actif. Les souches de
pas en cas de résistance isolée au triméthoprime. staphylocoques résistantes sont exceptionnelles [12].
Chez S. aureus, la résistance aux sulfamides est fréquente
(30 à 50 % des souches de S. aureus sensibles à la méti-
cilline et 80 à 95 % des SARM), souvent par modification
9. Les phénotypes associés
de la cible. La résistance au triméthoprime est elle aussi de résistance
due à une modification de la cible.
Les phénotypes associés de résistance se voient surtout
8.2. Acide fusidique chez les SARM. La résistance à la méticilline chez S. aureus
L’acide fusidique, représentant unique de sa famille, inhibe est longtemps restée strictement hospitalière, résultant
la synthèse protéique en interférant avec une GTPase (fac- de la diffusion mondiale de 5 principaux clones. Pour ces
teur d’élongation G (EF-G)), empêchant la progression de clones, il existe une résistance associée à de multiples
la chaîne polypeptidique au niveau du ribosome. antibiotiques (fluoroquinolones, macrolides, aminosides…).
10. Conclusion
L’antibiogramme de S. aureus présente quelques diffi-
cultés maintenant bien connues pour la détection des
Résistance à la méticilline (FOX, céfoxitine), à la kanamycine (K), à l’acide résistances. L’interprétation est facilitée par l’existence
fusidique (FA) et sensibilité aux fluoroquinolones (PEF, péfloxacine), à la
tobramycine (TM) et à la gentamicine (GM).
de règles interprétatives. Malgré cela, certains antibioti-
S : streptomycine ; MOX : moxalactam ; C : chloramphénicol ; N : néomycine ; ques comme les glycopeptides nécessitent une atten-
TMP : triméthoprime ; SXT : cotrimoxazole ; TEC : teicoplanine ; tion particulière car certaines souches de S. aureus de
RA : rifampicine ; FOS : fosfomycine ; VA : vancomycine.
sensibilité diminuée sont difficiles à détecter.