CAPITULO11

Utilización de la información
genética: de la transcripción
a la traducción
11-1 Relación entre genes y proteínas
11-2 Transcripción: el proceso básico
11-3 Transcripción y procesamiento del RNA en células
eucariotas
La perspectiva humana: Posible uso de las ribozimas
en medicina
11-4 Codificación de la información genética
11-5 Traducción de la información genética
La vía experimenta]: Papel del RNA como catalizador
FIGURA 11-A. Imagen generada por computadora de una subunidad
ribosómica en ¡a cual el RNA ribosónñco aparece como una línea azul y las
proteínas ribosómicas como "lluvia de estrellas" esférica, (Cortesía de Barrí/
Noíler, Universidad de California, Santa Cruz.)

E l avance de la biología en el siglo pasado se reflejó de

muchas maneras en nuestro concepto cambiante de la
naturaleza del gen. Los trabajos de Mendel enseñaron a los
biólogos que los genes son elementos discretos que controlan
el desarrollo de rasgos específicos. En su oportunidad,
Mendel pudo haber argumentado en favor del concepto de
que cada gen determina un solo rasgo. Boveri, Weismann,
Sutton y sus contemporáneos descubrieron que los genes
poseían un cuerpo físico como parte del cromosoma. Morgan,
Sturtevant y sus colaboradores demostraron que los
genes ocupan sitios específicos: residen en lugares particulares
sobre cromosomas específicos. Estos sitios permanecen
constantes en cada individuo de una especie y se transmiten
a la siguiente generación.
La formulación de estas ideas representó una serie de
avances importantes en el camino hacia el conocimiento
genético, pero aún faltaba aclarar cómo opera la información
almacenada en un gen para controlar las actividades
de la célula. Este es el principal tema que analizaremos en el
presente capítulo. Iniciaremos estudiando algunos conceptos
adicionales respecto de la naturaleza del gen para tener
una idea más aproximada de su papel en la síntesis de productos
codificados.
11-1 Relación entre genes y proteínas
En 1908, el médico escocés Archibald Garrod publicó que
los síntomas observados en personas afectadas por ciertas
434
CAPITULO 11 • Utilización de la información genética: de la transcripción a la traducción 435
enfermedades hereditarias raras son resultado de la ausencia
de enzimas específicas; este fue el primer conocimiento
significativo de la función de un gen. Una de las enfermedades
investigadas por Garrod, la alcaptonuria, es un padecimiento
fácil de diagnosticar por el color oscuro que adquiere
la orina cuando se expone al aire. Garrod observó en
personas con alcaptonuria la ausencia en la sangre de una
enzima que oxida el ácido homogentísko, compuesto formado
durante el desdoblamiento de los aminoácidos fenilalanina
y tirosina {fig. 11-1). El ácido homogentísico acumulado
se excreta por la orina, a la cual confiere un color oscuro
al ser oxidado por el aire. Garrod había descubierto la relación
entre un gen específico, una enzima específica y una
enfermedad metabólica específica. Denominó a estas enfermedades
"errores congénitos del metabolismo". Igual como
ocurrió con otras observaciones tempranas de importancia
básica en genética, los descubrimientos de Garrod fueron
ignorados durante decenios.
En 1940, George Beadle y Edward Tatum, del California
Instítute of Technology, revivieron la idea de que los
genes controlan la formación de enzimas. Neurospora es un
moho tropical del pan que en condiciones normales puede
crecer en medios muy simples con una sola fuente de carbono
inorgánico (p. ej., un azúcar), sales inorgánicas y biotina
(una vitamina del complejo B). Puesto que sus necesidades
para vivir son tan escasas, debe tener capacidad para sintetizar
todos los metabolitos que requiere. Beadle y Tatum
asumieron que un organismo con capacidad de síntesis tan
amplia debía ser muy sensible a deficiencias enzímáticas,
fáciles de descubrir mediante el protocolo experimental apropiado.
Básicamente, Beadle y Tatum irradiaron las esporas del
moho y las distribuyeron de modo que cada una produjera
una población genéticamente idéntica de células, y luego
investigaron deficiencias metabólicas específicas en muestras
de estas poblaciones utilizando el protocolo mostrado
en la figura 11-2, El inicio fue por irradiación de miles
de células. Dos de dichas células perdieron su capacidad de
crecer en un medio mínimo: una necesitó piridoxina (vitamina
B6) y la otra requirió tiamina (vitamina BI). Por último,
se investigó la descendencia de casi 100 000 esporas
irradiadas y se aislaron docenas de diferentes tipos de mutantes.
Cada mutante carecía de un gen y en consecuencia
presentaba una deficiencia enzimática que impedía a la célula
catalizar una reacción metabólica particular. Los resultados
fueron claros: un gen específico portaba información
para elaborar una enzima particular. Esta conclusión fue
conocida como la hipótesis de "un gen-una enzima".
Posteriormente, cuando se supo que las enzimas a menudo
se componen de más de una cadena de polipéptidos,
cada una codificada por un gen diferente, el concepto se
modificó a "un gen-una cadena de polipéptidos". Esta relación
se aproximó mucho más a la función básica de un gen,
pero tuvo que modificarse debido al descubrimiento de que
un solo gen con frecuencia genera varios polipéptidos relacionados
como resultado de énsamblamientos alternativos
(estudiados en la sección 12-3).
Los datos de Beadle y Taíum plantearon una pregunta
acerca de la naturaleza molecular del defecto ocurrido en
una proteína a causa de una mutación genética. La respuesta
a esta pregunta se obtuvo en 1956, cuando Vernon Ingram,
de la Universidad de Cambridge, publicó un trabajo acerca
de las consecuencias moleculares de la mutación causante
de la anemia drepanocítica. La hemoglobina consta de cuatro
grandes polipéptidos, demasiado grandes para secuenciar
con la tecnología de aquella época, pero Ingram tomó
un atajo. Obtuvo preparaciones aislando hemoglobina de
células normales y de células drepanocíticas en cierto número
de tramos específicos usando la enzima proteolítica
tripsina. A continuación sometió los fragmentos del péptido
a cromatografía en papel para determinar si podía diferenciar
alguno de los tipos de hemoglobina normal y
drepanocítica entre los productos digeridos por la tripsina.
De los 30 péptidos o más presentes en la mezcla, uno migró
de manera diferente en las dos preparaciones (como lo ilustrado
en la figura 2-29); esta única diferencia al parecer
Acido 4-maleilacetoacético
FIGURA 11-1. "Error congénito del metabolismo". Los pasos en la vía conducen al desdoblamiento de los aminoácidos
aromáticos (fenilalanina
y tirosina). Las alteraciones de la enzima oxidasa del ácido homogentísico en personas con alcaptonuria causan acumulación del
ácido
homogentísico en la orina.
KIOL'KA 11-2. Experimento de Beadle y Tatum para aislar mutantes genéticos en Nenrosporu. Se irradiaron esporas para inducir
mutaciones
(paso 1) y luego se permitió crecer colonias en tubos que contenían medio complementario (SM) (paso 2). A continuación se probó
la
capacidad de esporas individuales producidas por las colonias para crecer en un medio mínimo (MM) (paso 3). Las que no crecieron
eran
murantes y la tarea consistió en determinar la naturaleza del gen mutante. En el paso 4 del ejemplo mostrado se observó una muestra
de células
que crecen en un medio mínimo complementado con vitaminas, pero que no crecen en medio complementado con aminoácidos.
Esta observación
indica deficiencia de la enzima que controla la síntesis de vitaminas. En el paso 5, el crecimiento de estas mismas células en un
medio
mínimo complementado con una u otra de las vitaminas indica que la deficiencia reside en un gen que participa en la síntesis de
ácido
pantoténico (una parte de la coenzima A).
causaba todos los síntomas de la anemia drepanocítica. Una
vez separados los pépüdos, Ingram obtuvo un solo pequeño
fragmento para secuenciar, más bien que una proteína
completa. La diferencia observada fue la sustitución de una
valina en la hemoglobina drepanocítica por un ácido glutámico
de la molécula normal. Ingram había demostrado que
una mutación en un solo gen podía causar una sola sustitución
en una secuencia de aminoácidos de una sola proteína.
Flujo de información a través de la célula:
panorama general
Hasta aquí se ha establecido la relación entre información
genética y secuencia de aminoácidos, pero este conocimiento
por sí solo no proporciona indicios acerca del mecanismo
para generar cadenas de polipéptidos específicos. Según
sabemos ahora, hay un intermediario entre un gen y su
polipéptido, el RNA mensajero intermediario (RNAm). Un
RNA mensajero se ensambla como copia complementaria
de una de las dos cadenas de DNA que constituyen un gen.
La síntesis de un RNA a partir de una plantilla de DNA se
denomina transcripción. Esta secuencia de nucleótidos es
complementaria a la del gen a partir del cual fue transcrita,
por lo que el RNAm retiene la misma información contenida
en el propio gen.
El uso de un RNA mensajero permite a las células separar
información almacenada a partir de la utilización de
información (fig. 11-3). El gen permanece almacenado, aislado
dentro del núcleo como parte de una enorme molécula
inmóvil de DNA, pero puede transmitir su información a
un RNA movible mucho más pequeño capaz de llegar al
citoplasma. Una vez en el citoplasma, el RNAm puede servir
como plantilla para controlar la incorporación de amil-'
IGURA 11-3. Flujo de información en una
célula eucariota. El DNA de los cromosomas
localizados en el núcleo contiene toda la información
genética almacenada. Sitios seleccionados
del DNA se transcriben al RNA (paso 1), que
se procesa a RNA mensajero (paso 2). El RNA
mensajero se transporta fuera del núcleo (paso
3) hacia el interior del citoplasma, donde se traduce
en polipéptidos mediante un ribosoma que
se desplaza a lo largo del RNAm (paso 4). Luego
de la traducción, el polipéptido se pliega para
asumir su conformación nativa (paso 5).
Citoplasma
DNA del Pre-RNAm Segmento de DNA
cromosoma que se transcribe
RNAm que se traduce Protema
{^—

o
RNAm
Núcleo
noácidos en el orden particular codificado por la secuencia
de nucleótidos del DNA y del RNAm. El uso del RNA mensajero
también permite a la célula amplificar enormemente
su actividad. Una molécula de DNA puede servir como
plantilla para la síntesis de gran número de cadenas de
polipéptidos.
Las proteínas se sintetizan en el citoplasma mediante
un proceso muy complejo denominado traducción. La traducción
requiere la participación de docenas de diferentes
elementos, incluyendo ribosomas. Los ribosomas son componentes
inespecíficos del mecanismo de traducción, una
especie de "banco de trabajo" sobre el cual cualquier ribosoma
puede traducir cualquier RNAm. Por esta razón se
pueden utilizar células bacterianas como "laboratorios farmacéuticos"
para elaborar proteínas codificadas por los
RNAm humanos. Conforme lo analizado en la página 69,
un ribosoma funcional consta de una subunidad grande y
una pequeña. El ribosoma se ensambla a partir de estas
subunidades en el momento de iniciar la síntesis de un
polipéptido particular, y se desensambla cuando la síntesis
concluye. Los ribosomas constan de RNA y proteína (como
se ilustra en la fotografía de la página 434). El RNA de
un ribosoma se denomina RNA ribosómico (o RNAr), e
igual que los RNAm, cada uno se transcribe a partir de una
cadena de DNA de un gen. En vez de capacidad de información,
los RNAr desempeñan funciones estructural y
catalítica.
El RNA de transferencia (o RNAt) constituye una tercera
clase principal de RNA necesario durante la síntesis de
proteínas (fig. 11-3). Se requiere RNA de transferencia para
traducir la información codificada en el "alfabeto" de
un nucleótido de RNAm aJ "alfabeto" del aminoácido de un
polipéptido. Los RNAt y los RNAr son moléculas de vida
media prolongada dentro de la célula {típicamente, horas a
días), pero los RNAm de ordinario son inestables y su vida
media se mide en minutos u horas.
El RNAr y el RNAt deben su actividad a su capacidad
para adoptar estructuras complejas secundarias y terciarias.
Por lo tanto, a diferencia del DNA, que tiene una estructura
relativamente definida cualquiera que sea su fuente, los
RNA se pliegan en formas tridimensionales complejas, notablemente
diferentes de un tipo de RNA a otro. Así pues,
igual que las proteínas, los RNA pueden efectuar diversas
funciones debido a que adoptan gran variedad de formas
diferentes. Como en las proteínas, el plegamiento de las
moléculas de RNA sigue ciertas reglas. Así corno la regla
principal del plegamiento de proteínas es cubrir residuos
hidrofóbicos (pág. 72), una regla primaria del plegamiento
del RNA es formar regiones que posean pares de bases complementarias
(fig. 11-4).
En las siguientes secciones de este capítulo analizaremos
con detalle los funciones del RNAm, el RNAr y el RNAt.
Las bases de la estructura material del RNA se estudiaron
en la página 67.
11-2 Transcripción: el proceso básico
La transcripción es un proceso mediante el cual un tipo de
ácido nucleico produce otro tipo de ácido nucleico. Por consiguiente,
la transcripción es mucho más simple que la traducción
y puede efectuarla una sola enzima (que trabaje en
conjunto con varias proteínas auxiliares). En células procariotas
y eucariotas, las enzimas encargadas de la transcripción
se denominan RNA polimerasas dependientes de
DNA o simplemente RNA polimerasas. Estas enzimas pueden
ensamblar una cadena lineal de nucleótidos cuya secuencia
es complementaría de una de las cadenas de DNA
que le sirve como plantilla.
El primer paso en la síntesis de un RNA es la asociación
de la polimerasa con la plantilla de DNA. Esto conduce a un
tema de mayor interés general, a saber, las interacciones
438 CAPITULO 11 * Utilización de la información genética: de la transcripción a ¡a traducción
FIGURA 11-4. Estructura bidimensional de un RNA ribosómico
bacteriano que muestra el extenso acoplamiento de pares de bases
entre diferentes regiones de una sola cadena.
específicas de dos macromoléculas muy diferentes, proteínas
y ácidos nucleicos. Así como diferentes proteínas han
evolucionado para unirse a diversos tipos de sustratos y
catalizar distintos tipos de reacciones, así también algunas
evolucionaron para reconocer y unirse a secuencias específicas
de nucleótidos en una cadena de ácido nucleico. El
sitio donde se enlaza la molécula de RNA polimerasa antes
de iniciar la transcripción se denomina promotor. Además
de suministrar un sitio de enlace para la polimerasa, el
promotor contiene la información que determina cuál de
las dos cadenas de DNA será transcrita y el sitio donde se
inicia la transcripción (ñg. 11-7).
La polimerasa se desplaza en la dirección 3' a 5' a lo
largo de la plantilla de la cadena de DNA ensamblando una
cadena complementaria antiparalela de RNA que crece desde
el extremo terminal 5' en dirección 3' (fig. 11-5, a). Las
polimerasas pueden formar RNA prodigiosamente largos.
En consecuencia, la enzima debe permanecer fija al
DNA sobre largos tramos de la plantilla (se dice que la
enzima es de proceso). AI mismo tiempo, la asociación de
la enzima debe ser lo bastante laxa para que pueda desplazarse
de un nucleótido al siguiente en la plantilla. Como se
indica en la figura 11-5, b, la RNA polimerasa cataliza la
reacción
RNA,, + NPPP -> RNA,I+1 + PP¡ (-> 2 P¡)
en la cual los precursores trifosfato de ribonucleósido {NPPP)
son hidrolizados para producir monofosfato de nucleósido
conforme se polimerizan en una cadena covalente. La hidrólisis
de este enlace éster de fosfato es una reacción altamente
exergónica cuyo equilibrio se encuentra muy desplazado
hacia la formación de pirofosfato (PP¡). La reacción
está orientada adicionalmente en esa dirección por hidrólisis
del pirofosfato mediante una pirofosfatasa para formar
iones de fosfato inorgánico.
Las reacciones que conducen a la síntesis de ácidos nucleicos
(y de proteínas) son intrínsecamente diferentes a las
del metabolismo intermediario estudiadas en el capítulo 3,
ya que es imperativo que la reacción proceda en una sola
dirección; o sea, la reacción es prácticamente irreversible.
En tanto que algunas de las reacciones que conducen a la
formación de moléculas pequeñas, como aminoácidos, pueden
estar muy cercanas al equilibrio que pueda medir una
reacción inversa considerable, las reacciones que conducen
a la síntesis de ácidos nucleicos y proteínas deben ocurrir en
condiciones donde prácticamente no haya reacción inversa.
Esta condición puede cumplirse si se acoplan estas reacciones
a la hidrólisis altamente exergónica de moléculas como
el pirofosfato.
Conforme se desplaza la polimerasa a lo largo de la
plantilla debe introducir el nucleótido apropiado en cada
sitio de la cadena creciente. La enzima presumiblemente
puede seleccionar el trifosfato de ribonucleósido complementario
que debe incorporar gracias a la capacidad del
nucleótido para formar la estructura estereoquímica apropiada
con el nucleótido en la cadena de DNA que se transcribe
(fig. 11-5, b). Una vez que la polimerasa pasa sobre un
sitio particular, se reconstituye la doble hélice de DNA (como
en la figura 11-5, a); la cadena de RNA no permanece asociada
a su plantilla como un híbrido de DN A-RN A (excepto
para unos cuantos nucleótidos justo detrás del sitio donde
la polimerasa está operando). Una polimerasa de RNA bacteriano
puede incorporar unos 50 nucleótidos por segundo
a una molécula de RNA en crecimiento. La microfotografía
electrónica de la figura 11-5, c, muestra una molécula de
DNA de un fago con cierto número de moléculas de RNA
polimerasa enlazadas.
En este punto del análisis es necesario diferenciar los
procesos de transcripción en células procariotas y eucariotas.
Transcripción en procariotes
Las células procariotas contienen un solo tipo de RNA polimerasa
compuesta de cinco subunidades firmemente asociadas
para formar un núcleo enzimático central. Si este núcleo
enzimático se purifica a partir de células bacterianas y
se añade a una solución de moléculas de DNA bacterianas
y ribonucleótidos, la enzima se une al DNA y sintetiza RNA.
Sin embargo, las moléculas de RNA producidas por la
polimerasa purificada no son iguales a las encontradas dentro
de la célula porque el núcleo enzimático se fija a sitios
inapropiados en el DNA, sitios que normalmente serían
ignorados en la célula. Sin embargo, si a la RNA polimerasa
se añade un polipéptido accesorio purificado \\amadofactor
sigma (a) antes de fijarse al DNA, la transcripción comienza
en los sitios apropiados (fig. 11-6). La fijación del factor
sigma al núcleo enzimático aumenta la afinidad de la enziRNA
naciente
(5' Cadena de DNA
en contrasentido
* 5'
Subenrollamiento Burbuja de
transcripción
Superen rol la miento
Terminal
5' del RNA
«*5S5!"¿"> - -•-. '•-.-'' -- " . ,-.--'; • • •--;•;>- »-.• -.,.-
:££• <^g
fW
KHilJKA I 1 -ó. Alargamiento de la cadena durante la transcripción, a) Modelo esquemático del alargamiento de una molécula de
RNA recién
sintetizada durante la transcripción. En este modelo, el DNA gira conforme genera el transcrito y por lo tanto sufre arrollamiento
excesivo por
delante del sitio de incorporación del nucleótido y desenrollamiento detrás de ese sitiu. Este modelo se basa en la suposición de que
tanto la
polimcrasa como el DNA se encuentran fijos al núcleo del armazón estructural interno (indicado por las barras negras), lo que evita
su rotación.
La cadena de DNA transcrita se denomina cadena en contrasentido porque es complementaria de la de KNA, que contiene la
información
(determina el sentido), b) El alargamiento de la cadena ocurre como resultado de un ataque por el 3' OH del nucleótido al extremo
de la cadena
en crecimiento sobre el 5' a fosfato del trifosfato de nucleósido en crecimiento. El pirofosfato liberado se desdobla a continuación
impulsando
aún mas la tendencia de la reacción hacia la polimerización. La geometría del acoplamiento de bases entre el nucleótido de la
cadena de la
plantilla y el nucleótido en crecimiento determina cuál de los cuatro posibles trifosfatos de nucleósido se incorporan a ¡a cadena de
l\NA en
crecimiento en cada sitio, f) Micrografía electrónica de varias moléculas de RNA polimerasa enlazadas a la plantilla de DjM A del
fago, (u: Scyii»
/i. Fiitclicr, Trenas Genet. 4:271-272, 198S; c: cortesía ilc R.C. WUliaiiia.)
440 CAPITULO 11 • Utilización de la información genética: de ¡a transcripción a la traducción
Enzima del núcleo
(contiene 5 subunidades)
^¿2^^^^^^^^
Falta de asociación entre DNA y la enzima
del núcleo. Las cadenas de RIMA iniciadas
no comenzaron en los sitios apropiados
(a)
Enzima completa
Factor sigma
^^^¿7^^^^^^
(b)
Asociación de la enzima completa con
DNA en el sitio apropiado y abertura
de una doble hélice
(c)
Pérdida del factor sigma conforme
la cadena RNA se alarga
FIGURA 11 -6. Inicio de la transcripción en procariotes. a) En
ausencia del factor sigma, la enzima central no puede interactuar con
el DNA en los sitios específicos de inicio, b-d) Cuando la enzima central
se asocia al factor sigma inicia la síntesis de RNA en los sitios
apropiados. Después el factor se disocia de la enzima central, que
entonces puede sufrir alargamiento.
ma por los sitios promotores sobre el DNA y disminuye su
afinidad general por DNA. Una vez iniciada la transcripción,
la subunidad sigma se separa de la plantilla de DNA,
en tanto que la polimerasa continúa ensamblando una cadena
de RNA complementaria.
Los promotores bacterianos se localizan en la región de
una cadena de DNA, justo antes {o en la parte alta) del sitio
donde se inició la síntesis de RNA.1 El análisis de las secuencias
de DNA en la parte alta de numerosos genes bacterianos
indica dos tramos cortos similares de un gen al
otro. Uno de dichos tramos contiene alrededor de 35 bases
en la parte alta a partir del sitio de inicio y ocurre como una
variación de la secuencia TTGACA (fig. 11-7). Este sitio (conocido
como región -35) es la secuencia reconocida por el
factor sigma relacionado con la polimerasa. Las células bacterianas
poseen varios factores sigma diferentes que reconocen
diversas versiones de la secuencia —35. El uso de
diferentes factores sigma es un mecanismo que la célula
utiliza para seleccionar una batería particular de genes para
posible transcripción. Por ejemplo, cuando las células E. coli
se someten a una súbita elevación de temperatura, sintetizan
un nuevo factor sigma que reconoce una secuencia promotora
distinta, lo que conduce a la transcripción de una
batería de genes de choque térmico.
La segunda secuencia de consenso se presenta unas 10
bases hacia arriba del sitio de inicio y ocurre como variación
de la secuencia TATAAT (fig. 11-7). Este sitio, denominado
segmento Pribnow por su descubridor, se encarga de
identificar el nucleótido preciso que iniciará la transcripción.
Aunque la mayor parte de las mutaciones en regiones
promotoras reducen la tasa de transcripción, ciertas sustituciones
de bases en las regiones -35 y -10 pueden incrementar
mucho esa tasa. Por ¡o tanto, los promotores son
algo más que simples regiones de reconocimiento; actúan
como importantes sitios de control para regular la tasa de
expresión de genes.
Así como la transcripción se inicia en puntos específicos
del cromosoma, también termina cuando se alcanza una
secuencia específica de nucleótidos. En algunos casos, para
concluir la transcripción se requiere una proteína llamada
factor rho, pero en Ja mayor parte de los casos la polimerasa
puede detener la transcripción y liberar la cadena de RNA
sin factores adicionales. Los sitios de terminación independientes
de rho poseen una secuencia notablemente similar
en la región precedente al sitio de conclusión. Esta
región incluye dos tramos de pares G-C dispuestos en forma
de un par repetido invertido seguido por una hilera de
adeninas en la cadena transcrita (fig. 11-8). Como consecuencia
de esta simetría en su secuencia de bases, se asume
que el extremo 3' del RNA naciente forma una asa en forma
de gancho para el cabello (fig. 11-8} que impide el avance de
la enzima. Los datos indican que la polimerasa se detiene
cuando llega a esta región. Esto suministra un buen ejemplo
de la importancia de la estructura secundaria del RNA.
Se cree que el tramo de nucleótidos de! DNA que contiene
adenina facilita la liberación de la cadena de RNA, puesto
que los pares de bases formados entre la U de una cadena
de RNA y una A de la cadena de DNA son especialmente
débiles. Las mutaciones: 1) que debilitan la estructura del
asa en forma de gancho de cabello, o 2) que fortalecen la
interacción entre la plantilla de DNA y el RNA transcrito en
1 Elnucleótido donde se inicia la transcripción se denomina +1 y
crece en dirección hacia arnba, que se escribe a la derecha. El nucleótido
que precede al sitio de inicio se denomina —1 y el número se
vuelve cada vez más negativo en dirección hacia arriba (a la izquierda).
CAPITULO 11 • Utilización de la información genética: de la transcripción a la traducción 441
AATXXXXXXXJftX
XXXXXXTTGACAXXXXXXXXXXXXXXXXXXXTAT¡XXXXXX
Cadena de — p-p^p '
RNA naciente 1A"X"
X X X X X X A A C T G T X X X X X X X X X X X X X X X X X X X A T kLra^u0en^a u^e ird_ np\i.at:nhuas iaX X X X X X
TTAXXXXXXX|TX
Secuencia -35 Secuencia -10 Punto ¡de inicio
FIGURA 11-7. Elementos básicos de una región promotora en el DNA de una bacteria E. coli. La secuencia reguladora
clave requerida para
el inicio de la transcripción se observa en regiones localizadas a -35 y -10 pares de bases a partir del sitio donde se inicia la
transcripción.
la región rica en U, pueden ser causa de que la polimerasa
lea el sitio de terminación.
11-3 Transcripción y procesamiento
del RNA en células eucariotas
Las células eucariotas poseen tres enzimas transcriptoras
distintas, cada una encargada de la síntesis de diferentes
grupos de RNA. La RNA polimerasa I sintetiza RNA ribosómico
grande (28S, 18S y 5.8S); la RNA polimerasa II sintetiza
RNA mensajero y la mayor parte de los RNA nucleares
pequeños (estudiados más adelante); y la RNA polimerasa
III sintetiza RNA de bajo peso molecular, incluyendo
varios RNA de transferencia y el RNA ribosómico 5S. No se
han encontrado procariotes con RNA polimerasas múltiples,
en tanto que los eucariotes más simples (levaduras) poseen
los mismos tres tipos presentes en células de mamíferos.
Esta diferencia en el número de RNA polimerasas es otra
aguda diferencia entre los dos tipos de células.
Las polimerasas eucariotas son enzimas sumamente
complejas que contienen de ocho a 14 polipéptidos distintos
Cadena de la plantilla de DNA
5' X-X-X-X-G-C-C-C-G-C-X-X-X^ 3'
31 X-X-X-X-C-G-G-G-C-G-X-X-X-X-X-X-X-C~G-C-C-€-G-A-A^W\-A A A A-X-X-X-X-X-X-X-X 5'
Transcrito de RNA
Transcrito de RNA plegado
para inducir terminación
x Xx
FIGURA 11-8. Terminación independiente de Rho de la transcripción
en E. coli. La región de terminación contiene dos tramos
de pares G-C dispuestos en forma de una unidad repetida inversa
seguida por una hilera de adeninas en la cadena transcrita. Como
resultado de esta secuencia de bases, el extremo 3' del RNA naciente
puede formar una asa en forma de gancho para el cabello, que
detiene el movimiento de la RNA polimerasa.
442 CAPITULO 11 • Utilización de la información genética: de la transcripción a la traducción
CUADRO 1.1-1. Los RNA nucleares pequeños
* U3 se sintetiza por acción de la RNA polimerasa III en plantas.
FUENTE: S.J. Baserga y J.A. Steitz, RNA World, R.F. Gesteland y J.F. Atkins. eds. Cold
Spring Harbor Laboratory Press, 1993.
(subunidades), y son lo bastante grandes para visualizarse
con facilidad en las micrografías electrónicas (fig. 11-5, c).
Además de las subunidades que constituyen las enzimas,
cada una de las polimerasas se auxilia durante su operación
con varias proteínas auxiliares denominadas factores de
transcripción. Se pueden distinguir dos categorías amplias
de factores de transcripción: factores generales de transcripción,
requeridos para que la polimerasa inicie la transcripción,
y factores específicos de transcripción (o proteínas
reguladoras de genes) que determinan la tasa de transcripción
de un gen o grupo particular de genes. El mecanismo
de acción de los factores específicos de transcripción se
encuentra en el verdadero centro del proceso de expresión
selectiva de genes y se analiza con detalle en el capítulo 12.
Los tres tipos de RNA polimerasa eucariota pueden
distinguirse según su sensibilidad a la a-amanitina, octapéptido
sumamente tóxico (ocho aminoácidos unidos). La
C!-amanitina se aisla de un hongo venenoso común, Amanita
phalloides, que también es fuente de la faloidina, toxina para
microfilamentos (pág. 357). La actividad de la RNA polimerasa
II es muy sensible a la amanitina-alfa, en tanto que
la RNA polimerasa I no es afectada por ese compuesto. La
RNA polimerasa III se inhibe en menor grado que la RNA
polimerasa II. Una persona envenenada por ingestión de
estos hongos no muestra síntomas inmediatos, sino que la
función hepática se deteriora en los días subsecuentes debido
a la falta de producción de un nuevo RNAm necesario
para controlar la síntesis continua de proteínas. En casos
graves, la única manera de salvar la vida de la persona puede
ser un trasplante hepático.
Los tres principales tipos de RNA se derivan de moléculas
de un precursor de RNA considerablemente mucho
mayor que el producto RNA "maduro". La molécula de
RNA inicialmente sintetizada, de longitud equivalente a la
longitud completa del DNA transcrito, se denomina transcrito
primario, o pre-RNA. El segmento de DNA correspondiente
sobre el cual se transcribe el transcrito primario
se denomina unidad de transcripción. Típicamente, los
transcritos primarios tienen existencia fugaz y son procesados
para formar RNA funcional más pequeño mediante una
serie de reacciones de procesamiento.
El procesamiento del RNA requiere varios RNA pequeños
(90 a 300 nucleótidos de largo) y sus proteínas relacionadas.
Los RNA se denominan RNA nucleares pequeños
(RNAnp) debido a su corto tamaño y a que funcionan
dentro del núcleo. No hay más de una docena de diferentes
RNAnp; las especies mejor definidas se muestran en el cuadro
^1-1. (La U en el nombre del RNA indica que es rico en
nucleótidos que contienen uracilo.) En las siguientes secciones
examinaremos las actividades relacionadas con la transcripción
y procesamiento de cada uno de los RNA cucariotas
principales.
RNA ribosómico
En la página 408 se mencionó el DNA que codifica al RNA
ribosómico como parte de una fracción moderadamente
repetida del genoma. Las células eucariotas contienen
millones de ribosomas, cada uno con varias moléculas de
RNAr junto con docenas de proteínas ribosómicas. En realidad,
más de 80% del RNA de una célula consta de RNA
ribosómico. Para suministrar a la célula un número tan
grande de transcritos, las secuencias de DNA que codifican
CAPITULO 11 443
RNAr normalmente se repiten cientos de veces. Este DNA,
llamado DNAr, de ordinario se agrupa en una o unas pocas
regiones del genoma (fig. 11-9). En la célula en inferíase (o
sea, que no se encuentra en estado de división), los racimos
de DNAr se agrupan como parte de una o más estructuras
nucleares de forma irregular denominadas nucléolos, que
funcionan corno organelos productores de ribosomas. Los
nucléolos desaparecen durante la mítosis y luego reaparecen
en el núcleo de ¡as células hijas alrededor de las partes
del genoma que contienen genes de RNA ribosómico. Por
consiguiente, las regiones del cromosoma que contienen
DNAr se denominan organizadores nucleolares.
Como se indicó en la micrografía electrónica de la figura
11-10, la masa del nucléolo se compone de partículas de
unos 15 a 20 nm de diámetro que confieren al nucléolo un
aspecto granuloso. Integrados en esta masa granular se encuentran
uno o más corpúsculos redondos que consisten
principalmente en material fibrilar. En breve mostraremos
la base molecular de las regiones fibrilar y molecular.
FIGURA 11-9. Localización experimental mediante hibridación
ín sitn del DNA que codifica RNA ribosómico en el anfibio
Xeuopus. Se aisló DNA ribosómico y se utilizó como plantilla para
sintetizar RNA in vitro complementario marcado con isótopos radiactivos.
A continuación el RNA marcado se hibridizó con DNA desnaturalizado
de una preparación de cromosomas de Xenopus, y la
Idealización de la radiactividad enlazada se determinó mediante
autorradiografía. El DNA que codifica RNAr se localiza en uno o más
sitios donde se forman nucléolos (por lo tanto, estos sitios se denominan
organizadores nucieolares). Puesto que los organizadores nucleolares
de ambos miembros de un par homólogo de cromosomas
Xenopus se unen entre sí, la radiactividad aparece localizada en un
sitio sobre el juego de cromosomas (flecha). (Según Mari/ Lew Pardue,
Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 35:476, 1973.)
FIGURA 11-10. Estructura del nucléolo. Micrografía electrónica
de una sección del núcleo con su nucléolo. La masa del nucléolo
consta de un componente granular (ge). Integrados dentro de los
granulos se encuentran centros fibrilares (fe) rodeados por un componente
fibrilar más denso (dfc). Según un modelo actual, la transcripción
del precursor RNA ribosómico tiene lugar en e¡ borde situado
entre fe y dfc. Barra, 1 //m. (Según Pavel Hozak \¡ cois. }. Cell Science
107:641, 1994; con permiso de Company of BioSogists Ltd.)
Síntesis de los precursores de RNAr
De ordinario, los oocitos son células muy grandes (p. ej., 100
/¿m de diámetro); los de anfibio en general son enormes (más
de 2.5 mm de diámetro). Durante el desarrollo de oocitos de
anfibios, el DNAr se amplifica selectivamente y aumenta
mucho el número de nucléolos que alojan los genes de RNAr
(fig. 11-11, a). Este paso de amplificación del DNA es necesario
para suministrar el gran número de ribosomas necesarios
para que el huevo fertilizado inicie su desarrollo embrionario.
Debido a que estos oocitos contienen cientos de nucléolos,
cada uno elaborando activamente RNAr, son sujetos ideales
para estudiar síntesis y procesamiento de los RNAr.
Los centros fibrilares de los nucléolos del oocito se pueden
apartar cuidadosamente para revelar la presencia de
una fibra circular. Cuando se examina esta fibra en el micrescopio
electrónico muestra un aspecto que recuerda una
cadena de "árboles de Navidad" (fig. 11-11, b). El examen de
una parte de la fibra con mayor amplificación (fig. 11-11, c)
revela algunos aspectos de la actividad nucleolar y la síntesis
de RNA ribosómico.
1. La micrografía de la figura 11-11, b, muestra genes distintos
para RNA ribosómico situados uno después del otro
a ¡o largo de una molécula simple de DNA, ¡o que revela
la disposición en fila de los genes de RNAr repetidos.
2. La micrografía de la figura 11-11, b, muestra una imagen
estática de lo que ocurre en el nucléolo. Podemos
interpretar esta fotografía para obtener mayor información
respecto del proceso de transcripción del RNAr.
Cada una de las casi 100 fibrillas que surgen del DNA
como rama del "árbol de Navidad" es un transcrito del
RNAr naciente sorprendido en el acto de alargamiento.
444 CAPITULO 11 • Utilización de la información genética: de ¡a transcripción a la traducción
Nucléolos

m
(b) 2 |jm
(a)
FIGURA 11-11. Síntesis del RNA ribosómico. a) Micrografía tomada
con microscopio de luz de un núcleo aislado do un oocito de
Xenopus teñido para revelar los cientos de nucléolos, b) Micrografía
electrónica de un segmento de DNA aislado de uno de los nucléolos
de un oocito de Xenopus. El DNA (llamado DNAr) contiene los genes
que codifican los dos RNA ribosómicos grandes, seccionados de un solo
transcrito primario. Se muestran varios genes, cada uno en el
proceso de transcripción, lo cual se manifiesta por las fibrillas fijas al
DNA. Estas fibrillas constan de RNA naciente y proteínas relacionadas.
Los tramos de DNA entre los genes transcritos son espaciadores
no transcritos, c) Vista más cercana de dos genes nucleolares en el
momento de ser transcritos. La longitud del transcrito primario de
RNAr en crecimiento aumenta conforme crece la distancia a partir del
punto de inicio. Se pueden observar las moléculas de RNA polimerasa
como puntos en la base de cada fibrilla, (a: Según David D. Brown c Igor
B. Daivid, Science 360:272, 1968; copyright 1968 por American Association
for the Advancement of Science, b-c: cortesía de Osear L. Miüer, }r. y Barbara
R. Beatty.)
(c) 0.5 vim
El granulo oscuro en la base de cada fibrilla, visible con
mayor resolución en la fotografía de ¡a figura 11-11, c,
es la molécula de la RNA polimerasa I encargada de la
formación de dicho transcrito. La longitud de las fibrillas
aumenta gradualmente de un extremo al otro del
"tronco del árbol de Navidad". Las fibrillas más cortas
son moléculas de RNA con menor número de nucleótidos
fijos a moléculas de polimerasa que a su vez están
enlazadas al DNA más próximo al sitio de inicio de la