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Después de arribar con menos de 200 hombres en su expedición desde Santa Marta y terminar
con tan solo 70 tras haber derrotado a los Muiscas y conquistado la Sabana de Bogotá, Gonzalo
Jiménez de Quesada ofició la "fundación de facto" de la ciudad. La ceremonia tuvo lugar el 6 de
agosto de 1538, con la construcción de doce bohíos y una capilla en el sitio llamado Thybzaca
(hoy Teusaquillo).37 Se presume que el acontecimiento ocurrió en la actual Plazoleta del Chorro
de Quevedo, aunque no existen documentos para confirmarlo.38 El 22 de abril de 1539, Jiménez
de Quesada también realizó la "fundación jurídica" de Santafé en compañía de Nicolás
Federmann y Sebastián de Belalcázar.39 Inicialmente llamada Nuestra Señora de la Esperanza, en
la fundación jurídica cambió su nombre a Santafé.
Desde que Jiménez de Quesada denominó, en 1538, a todos los territorios que rodeaban Santafé
como el Nuevo Reino de Granada, Santafé fue durante todo el período colonial la sede del
gobierno de la Audiencia del Nuevo Reino de Granada (creada en 1550) y capital de este,
dependiente del Virreinato del Perú.
A partir de 1717, la ciudad fue capital del Virreinato de Nueva Granada, acogiendo a los virreyes,
tras haber disputado la sede virreinal a Cartagena de Indias.42 En 1783, el virrey Antonio Caballero
y Góngora creó una comisión científica, dirigida por José Celestino Mutis, que inició sus
investigaciones en los cerros de Santafé, primeros pasos de lo que después se conocería como
la Expedición Botánica.43 Alexander von Humboldt visitó Bogotá a principios del siglo XIX, atraído
por sus instituciones culturales y científicas, entre las que se contaba el primer observatorio
astronómico de América, y que había sido promovido por Mutis.44