Pathologie Biologie 55 (2007) 378–381

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Évaluation du test IDI-MRSA sur une collection de souches

de Staphylococcus aureus résistants à la méticilline
d’acquisition communautaire et sur des prélèvements de portage
Evaluation of IDI-MRDA assay
on a collection of community-acquired methicillin-resistant
Staphylococcus aureus isolates and on carriage specimens
N. Liassinea,*, F. Decosterda, J. Étienneb
a
Unilabs Genève, 53, avenue Blanc, 1211 Genève 2, Suisse
b
Centre national de référence des staphylocoques, Inserm U851, 7, rue Guillaume-Paradin, 69372 Lyon cedex 08, France

Reçu le 5 juillet 2007 ; accepté le 16 août 2007

Résumé
La rapidité du diagnostic du portage de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) est essentielle à l’efficacité des mesures
d’hygiène hospitalière. Les délais du diagnostic, d’un portage de SARM par culture microbiologique, sont de 48 à 72 heures, alors qu’ils ne sont
que de quelques heures par amplification moléculaire.
Objectif. – L’objectif de cette étude est d’analyser les performances du test d’amplification moléculaire par PCR IDI-MRSA (BD Diagnostic
GeneOhm) sur une collection de SARM d’acquisition communautaire et sur des prélèvements de sites de portage.
Collection de souches. – Cinquante-deux souches de SARM d’acquisition communautaire, caractérisées par leur toxinotype et leur type de
cassette SCCmec, ont été testées. Toutes les souches ont été identifiées comme SARM par le test IDI-MRSA.
Prélèvements. – Soixante-dix prélèvements, issus de 35 patients différents, ont été testés, en comparaison avec la culture (milieu gélosé
MRSA ID, BioMérieux). La nature des prélèvements était : nez (24 prélèvements), plis cutanés (25 prélèvements), autres (21 prélèvements).
La sensibilité et la spécificité obtenues ont été de 86,4 et 91,3 %, la valeur prédictive positive (VPP) de 93,3 % et la valeur prédictive négative
(VPN) de 82,6 %. La spécificité et la VPP augmentaient respectivement à 97,6 et 95 %, s’il n’était pas tenu compte des prélèvements de suivi
d’efficacité du traitement de décolonisation, à l’origine de trois des quatre résultats faux-positifs.
Résultats. – Les excellents résultats obtenus, aussi bien sur des souches de SARM d’acquisition communautaire que sur des prélèvements de
portage, font du test IDI-MRSA un outil diagnostique précieux à rajouter à la culture.
© 2007 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Abstract
The efficacy of infection control measures against MRSA is linked to the rapid detection of MRSA. With the conventional diagnosis by
culture the response delays vary from 48 to 72 hours. In contrast molecular techniques give results within hours.
Objective. – The objective of the present study is to perform the IDI-MRSA PCR test (BD Diagnostic GeneOhm) on a collection of char-
acterized community-acquired MRSA (CA-MRSA) isolates and on carriage specimens.
Collection of isolates. – Fifty-two isolates of CA-MRSA previously characterised by their toxinotype and SCCmec type cassette were ana-
lysed. All of them were identified as MRSA by the IDI-MRSA test.

* Auteurcorrespondant.
Adresse e-mail : nliassine@unilabs.ch (N. Liassine).

0369-8114/$ - see front matter © 2007 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
doi:10.1016/j.patbio.2007.08.003
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Specimens. – Seventy screening specimens from 35 different patients were tested in comparison with the culture on specific media (MRSA
ID, BioMérieux). Among those 70 specimens, 24 were from nose, 25 from cutaneous sites (axillar; groin) and 21 from other sites. Sensitivity and
specificity were 86.4 and 91.3% respectively; positive and negative predictive values were 93.3 and 82.6% respectively.
Results. – Three of four false-positive results came from specimens collected during a decolonisation treatment. Without taking account those
specimens, specificity and positive predictive reach 97.9 and 95% respectively. This study shows that IDI-MRSA is an interesting additional test
for the diagnosis of MRSA carriage.
© 2007 Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.

Mots clés : SARM ; SARM communautaire ; PCR SARM ; Portage SARM ; Test IDI-MRSA

Keywords: MRSA; Community-acquired MRSA; PCR MRSA; Screening MRSA; IDI-MRSA assay

1. Introduction 2.2. Prélèvements de portage

Un diagnostic fiable et rapide des SARM contribue à l’effi-
cacité de la prise en charge des patients et à la mise en place de
mesures d’hygiène hospitalière adaptées. Le diagnostic clas-
sique par culture microbiologique offre une excellente sensibi-
lité, mais dans des délais de réponse variant de 48 à 72 heures.
Les délais des tests d’amplification moléculaire ne sont, quant
à eux, que de quelques heures. Un test diagnostique d’amplifi-
cation moléculaire des SARM, le test IDI-MRSA (BD Diag-
nostic GeneOhm), applicable à tous les laboratoires, y compris
ceux ne disposant pas d’une infrastructure dédiée aux analyses
d’amplification moléculaire, propose un diagnostic rapide du
portage des SARM [1]. L’objectif de cette étude est double :
apprécier les performances du test sur une collection caractéri-
sée de souches isolées de SARM d’acquisition communautaire
à Genève et évaluer les performances du test en situation de
routine du diagnostic des SARM.
2. Matériel et méthodes
2.1. Collection de souches
Cinquante-deux isolats cliniques de SARM, d’acquisition
communautaire, ont été analysés. Toutes ces souches avaient
été isolées à Genève entre janvier 2002 et août 2005. Elles
étaient à l’origine d’infections diverses, le plus souvent cuta-
nées (Tableau 1). Le caractère communautaire était défini par
l’isolement d’une souche de SARM chez un patient sans anté-
cédent d’hospitalisation et/ou de contact avec le milieu médi-
cal, dans un délai de 12 mois avant l’isolement de la souche.
L’ensemble de ces souches avait été précédemment caractérisé
par le Centre national de référence des staphylocoques de Lyon
pour leur toxinotype, le locus agr, le type de cassette chromo-
somique mec (SCCmec) et le type MLST [2–6]. Cette collec-
tion comprenait, entre autre, différents clones producteurs de la
leucocidine de Panton-Valentine [7–10], un clone producteur
d’exfoliatine A décrit au Japon [11] et en Suisse [9] et un
clone producteur de la toxine TSST-1 [12] décrit en France et
en Suisse. Les cassettes SCCmec étaient toutes de type IV à
l’exception d’une souche de type V [10]. À titre de témoins
négatifs, dix souches de Staphylococcus aureus sensibles à la
méticilline et dix souches de staphylocoque à coagulase néga-
tive résistant à la méticilline ont été testées.
Soixante-dix prélèvements, issus de 35 patients différents,
ont été testés pour recherche de SARM. Ces prélèvements se
répartissaient en 24 prélèvements de nez, 21 prélèvements
inguinaux, quatre prélèvements axillaires, 16 prélèvements de
plaie superficielle et cinq prélèvements d’urines. Ces prélève-
ments étaient recueillis et acheminés au laboratoire sur des
écouvillons avec milieu de transport gélosé AMIES (Copan),
à l’exception des urines recueillies dans des pots stériles. Afin
d’analyser les performances de la culture, considérée comme
test de référence, et du test IDI-MRSA à partir d’un même
inoculum, les écouvillons étaient d’abord déchargés dans le
tube de tampon (1 ml) fourni par le fabricant du test IDI-
MRSA. Dans un deuxième temps, 50 μl de cet inoculum
étaient ensemencés sur une gélose MRSA ID (BioMérieux) et
le reste était utilisé pour la réaction d’amplification. Les pla-
ques MRSA ID étaient incubées pendant 48 heures à 37 °C
en atmosphère aérobie et une lecture réalisée après 24 et
48 heures d’incubation. Toute colonie suspecte (colonie de
coloration verte) était travaillée pour identification et antibio-
gramme.
L’identification à S. aureus a été obtenue par un test
d’agglutination spécifique positif (Slidex® Staph Plus, BioMé-
rieux) et la présence d’une coagulase (Staphychrom II, Eli-
tech). Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont été détermi-
nés selon les dernières recommandations du CLSI [13]. La
résistance à la méticilline a été mise en évidence par la déter-
mination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) en
microdilution (Vitek2, cartes AST-P536, BioMérieux), la
croissance sur milieu sélectif (milieu oxacilline screening test,
BioMérieux) et la présence du gène mec [4].
2.3. Test IDI-MRSA
Pour l’étude des souches de SARM d’acquisition commu-
nautaire, 50 μl d’un inoculum de 106 ufc/ml ont été introduits
dans le tube de lyse du kit, soit un inoculum final dans le tube
de réaction PCR d’environ 104 ufc/ml. La procédure recom-
mandée par le fabricant a ensuite été appliquée.
Pour l’étude sur prélèvements, après que l’écouvillon initial
ait été déchargé dans le tube de tampon et que 50 μl aient été
utilisés pour l’ensemencement sur gélose MRSA ID, le reste de
l’inoculum a été utilisé selon la procédure recommandée par le
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Tableau 1
Évaluation du test IDI-MRSA sur une collection de souches de SARM d’acquisition communautaire
Souche SARM (toxinotype et Nombre Tableau clinique
locus agr)
PVL + agr3 22 Infections cutanées (n = 21), otite (n = 1)
PVL + agr1 4 Infections cutanées
PVL + agr2 4 Infections cutanées
ETA + agr3 3 Infections cutanées
TSST + agr2 5 Infections cutanées
Autres 13 Infections cutanées (n = 4), infections génito-
urinaires (n = 3), sinusites, otites (n = 6)
PVL : toxine de Panton-Valentine ; agr : accessory gene regulator allele ; ETA : exfoliatine A ; TSST : toxine du choc toxique staphylococcique ; ST : sequence
type (MLST) ; ND : non déterminé.
fabricant. La réaction d’amplification a été réalisée sur l’appa-
reil SmartCycler II (Cepheid).
3. Résultats
3.1. Collection de SARM d’acquisition communautaire
(Tableau 1)
Les 52 souches de SARM d’acquisition communautaire ont
toutes été diagnostiquées par le test IDI-MRSA. Les souches
témoins ont été trouvées négatives par le test IDI-MRSA.
3.2. Prélèvements de portage (Tableau 2)
Parmi les 70 prélèvements analysés, un échec d’amplifica-
tion a été observé pour deux prélèvements. Pour 19 prélève-
ments, la recherche de MRSA a été trouvée positive aussi
bien par la culture que par le test IDI-MRSA. Pour 42 prélève-
ments, ni la culture ni le test IDI-MRSA n’ont mis en évidence
de SARM. En considérant la culture comme technique de réfé-
rence, trois faux-négatifs (culture positive et test IDI-MRSA
négatif) et quatre faux-positifs (culture négative et test IDI-
MRSA positif) ont été trouvés. Dans ces conditions, les perfor-
mances du test IDI-MRSA étaient : sensibilité 86,4 %, spécifi-
cité 91,3 %, valeur prédictive positive (VPP) 82,6 % et valeur
prédictive négative (VPN) 93,3 %.
L’analyse des trois résultats faux-négatifs a montré que pour
deux cas, il s’agissait de vrais faux-négatifs et que, dans le
troisième cas, un inoculum faible pouvait expliquer le résultat.
En effet, une seule colonie avait poussé sur le milieu gélosé
MRSA ID, alors que d’autres milieux gélosés, testés en
même temps, n’avaient montré la croissance d’aucune colonie
de SARM. Parmi les quatre résultats faux-positifs, trois d’entre
eux étaient des prélèvements (deux prélèvements de nez, une
plaie superficielle) de patients connus porteurs de SARM et
chez lesquels un protocole de décontamination était en cours.
Ces patients ne répondaient pas stricto sensu à l’indication du
test IDI-MRSA. Le quatrième cas faux-positif, retesté lors d’un
deuxième essai, s’est avéré négatif. En excluant de l’analyse
les trois cas faux-positifs des frottis de contrôle postdécontami-
nation SARM, les performances du test étaient les suivantes :
sensibilité : 86,4 %, spécificité 97,6 %, VPP : 95 % et VPN :
93,3 %.
Cassette SCCmec ST type Test IDI-
MRSA
IV ST80, ST30, ND Positif
IV (n = 3), V (n = 1) ST377, ST8, ND Positif
IV ST5 Positif
IV ST88 Positif
IV ST5 Positif
IV, ND ST8, ST80, ND Positif
Tableau 2
Résultats comparatifs du test IDI-MRSA et de la culture
Test IDI-MRSA Test IDI-MRSA
positif négatif
Culture SARM positive 19 3
Culture SARM négative 4 42
Sensibilité : 86,4 % ; spécificité : 91,3 % ; VPP : 82,6 % ; VPN : 93,3 % ;
VPP : valeur prédictive positive ; VPN : valeur prédictive négative.
4. Discussion
L’objectif de cette étude était double : d’une part évaluer les
performances du test IDI-MRSA sur une collection caractérisée
de souches de SARM d’acquisition communautaire, qui diffè-
rent génétiquement des souches de SARM hospitaliers, et
d’autre part évaluer les performances du test, en situation de
routine de laboratoire, sur des prélèvements de portage
d’origine variée.
Dans notre série, les performances du test sur les souches de
SARM d’acquisition communautaire sont excellentes, puisque
la totalité des souches de SARM a été identifiée comme telle à
l’aide du test. Ce résultat est important, car les cibles d’ampli-
fication du test IDI-MRSA étant situées à l’extrémité de la cas-
sette SCCmec (hors gène mec) et au sein du gène chromoso-
mique orfX, le résultat de l’amplification est potentiellement lié
à la variabilité des cassettes SCCmec. Cette variabilité des cas-
settes SCCmec est un phénomène aujourd’hui bien connu [5],
décrit aussi au sein des SARM d’acquisition communautaire.
Si la seule souche de notre étude, ayant une cassette SCCmec
de type V [10], a été correctement identifiée par le test IDI-
MRSA, un défaut de sensibilité du test IDI-MRSA a été récem-
ment rapporté pour des SARM hébergeant ce type de cassette
[14]. Inversement, des résultats faussement positifs, chez des
souches de S. aureus sensibles à la méticilline et liés à une
délétion du gène mec [15], ont été décrits. Face à la dynamique
évolutive des SARM, génétique et épidémiologique, les résul-
tats du test IDI-MRSA doivent être évalués conjointement à
ceux de la culture et, si nécessaire, ceux de la caractérisation
moléculaire des souches. En Suisse, où Genève représente le
canton ayant la plus forte prévalence de SARM hospitaliers
[16], nous avons, dès 2002, rapporté l’émergence de SARM
d’acquisition communautaire avec une grande variété des clo-
nes circulants [9], probable reflet du caractère cosmopolite de
la ville de Genève. Il est indispensable qu’un test diagnostique
de portage des SARM, s’appliquant en priorité aux patients des
cliniques et hôpitaux, reconnaisse l’ensemble des SARM y
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compris ceux d’acquisition communautaire. En effet, comme il
n’y a pas de barrière absolue entre la communauté et l’hôpital,
des souches de SARM issues de la communauté peuvent être
retrouvées en milieu hospitalier de manière endémique [17] ou
épidémique [18].
L’étude sur prélèvements nous renseigne sur d’autres points.
D’abord, les performances du test, dans la routine du diagnos-
tic de microbiologie clinique, sont très satisfaisantes. Elles le
sont d’autant plus que les indications du test sont respectées, et
que des prélèvements chez des patients sous protocole de
décontamination ne sont pas inclus. Ils sont, en effet, dans
cette étude, à l’origine de la majorité des faux-positifs et dimi-
nuent la spécificité du test. La détection des SARM par une
technique d’amplification moléculaire doit être réservée aux
situations où il s’agit de savoir si oui ou non des mesures
d’isolement sont nécessaires. Par ailleurs, la très bonne sensi-
bilité du test sur les prélèvements de portage recueillis sur des
écouvillons avec milieu gélosé AMIES, dont les prélèvements
autres que le nez, démontre une certaine robustesse du test rap-
portée, aussi, dans d’autres études [19,20]. Cela facilite l’intro-
duction du test dans la pratique courante puisqu’un même
écouvillon étant utilisé pour la culture et la PCR, il n’est pas
nécessaire de modifier les pratiques de prélèvements dans les
services. Dans la pratique du laboratoire, nous avons observé
que le personnel, pourtant initialement non familiarisé aux
techniques d’amplification moléculaire, a su rapidement maîtri-
ser ce nouveau test. Ces résultats encourageants, tant sur le
plan de la performance du test que sur sa praticabilité, font
que, depuis l’automne, nous proposons le diagnostic des
SARM par amplification moléculaire aux cliniques et hôpitaux
privés de Genève. Dans un souci d’évaluation en continu des
performances du test, nous y associons systématiquement la
culture. Le surcoût de l’analyse SARM devrait être facilement
compensé par les économies obtenues par la diminution du
nombre d’isolements non nécessaires et la diminution du nom-
bre d’infections croisées à SARM [21].
Remerciements
Société GeneOhm, Véronique Cardeccia et Nicolas Jacque-
nod pour leur excellente collaboration technique.
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