РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
«Самарский университет»
РЕФЕРАТ
(уровень бакалавриата)
Преподаватель: профессор, д. б. н.
Самара 2020
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ..................................................................................................................3
1 Образование четвертичной структуры белков...............................................5
1.1. Связи и принципы устройства четвертичной структуры..............................5
1.2. Преимущества белков с четвертичной структурой........................................6
2 Межсубъединичные контакты и кооперативный эффект..............................7
2.1. Явление кооперации в гемоглобине.................................................................7
2.2. Явление аллостерии........................................................................................12
3 ...........................................................................................................................13
3.1. Лактатдегидрогеназа.......................................................................................13
3.2. Креатинкиназа.................................................................................................15
3.3. Титин................................................................................................................16
3.4. Глутаматдегидрогеназа...................................................................................17
ВЫВОДЫ...................................................................................................................18
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ................................................19
2
ВВЕДЕНИЕ
3
вызывает конформационные изменения всего олигомерного белка и изменяет
сродство других протомеров к лигандам. Это явление носит название
кооперативных изменений конформации протомеров.
5. У олигомерных белков появляется новое по сравнению с
одноцепочечными белками свойство — способность к аллостерической
регуляции их функций [2].
Цель: изучение механизмов образования и функционирования белков с
четвертичной структурой
Задачи:
1. Обозначить принципы образования четвертичной структуры, типы связей
задействованные при образовании четвертичной структуры;
2. Рассмотреть эффект кооперативности, межсубъеденичных контактов и
явление аллостерии;
3. Привести примеры олигомерных белков, их структуры и функцию.
4
1 Образование четвертичной структуры белков
5
привести белок каталазу, состоящую из четырех абсолютно равноценных
субъединиц. У гетеромерных белков отдельные субъединицы не только отличаются
по строению, но и могут выполнять различные функции. Например, белок РНК-
полимераза состоит из пяти субъединиц различного строения и с неодинаковыми
функциями [3].
Такие агрегаты стабилизируются водородными связями, ионными и
электростатическими взаимодействиями между остатками аминокислот,
находящихся на поверхности глобулы [4].
Подобные белки называются олигомерами, а их индивидуальные цепи –
протомерами (мономерами, субъединицами). Если белки содержат 2 протомера, то
они называются димерами, если 4, то тетрамерами и т.д [4].
Отдельные субъединицы соединяются между собой либо водородными
связями, либо «слипаются» своими гидрофобными поверхностями. Обычно
олигомерные белки состоят из 3-6 субъединиц, но встречаются также содержащие
10-12 субъединиц и известен пируватдегидрогеназный комплекс, состоящий из 72
субъединиц [1].
Процесс формирования четвертичной структуры белков проходит в
соответствии со строгими законами термодинамики. Силы, способствующие
ассоциации белка, должны быть скомпенсированы таким образом, чтобы активные
группировки, расположенные в областях, имеющих тенденции к ассоциации, не
оставались экспонированными наружу. В белках, построенных из одинаковых
субъединиц, последние практически всегда находятся в эквивалентном (или
идентичном) окружении [1].
6
Рассмотрим более подробно преимущества субъединичного построения
белков по сравнению с одной длинной полипептидной цепью. Во-первых, наличие
субъединичной структуры позволяет «экономить» генетический материал. Для
олигомерных белков, состоящих из идентичных субъединиц, резко уменьшается
размер структурного гена и, соответственно, длина матричной РНК. Во-вторых, при
сравнительно небольшой величине цепей уменьшается влияние случайных ошибок,
которые могут возникнуть в процессе биосинтеза белковых молекул. Кроме того,
возможна дополнительная выбраковка «неправильных», ошибочных полипептидов
в процессе ассоциации субъединиц в единый комплекс. В-третьих, наличие
субъединичной структуры у многих белков позволяет клетке легко регулировать их
активность путем смещения равновесия «ассоциация-диссоциация» в ту или иную
сторону. Наконец, субъединичная структура облегчает и ускоряет процесс
молекулярной эволюции. Мутации, приводящие лишь к небольшим
конформационным изменениям на уровне третичной структуры за счет
многократного усиления этих изменений при переходе к четвертичной структуре,
могут способствовать появлению у белка новых свойств [4].
Аллостерические ферменты обладают свойством кооперативности:
взаимодействие аллостерического эффектора с аллостерическим центром вызывает
последовательное кооперативное изменение конформации всех субъединиц,
приводящее к изменению конформации активного центра и изменению сродства
фермента к субстрату, что снижает или увеличивает каталитическую активность
фермента [5].
7
водородных связей) [6].
Так как субъединицы в олигомерах очень тесно взаимодействуют между
собой, то любое изменение конформации какой-либо одной субъединицы
обязательно влечет за собой изменение других субъединиц. Этот эффект называется
кооперативное взаимодействие. Например, у гемоглобина такое взаимодействие
субъединиц в легких ускоряет в 300 раз присоединение кислорода к гемоглобину. В
тканях отдача кислорода также ускоряется в 300 раз [5,6].
Присоединение в легких первой молекулы кислорода к одной из субъединиц
гемоглобина изменяет ее конформацию. В результате она начинает влиять на
следующую субъединицу, облегчая присоединение к ней кислорода. После этого
они вдвоем влияют на третью субъединицу и так далее. В тканях первая молекула
кислорода отделяется от своей субъединицы не очень легко, вторая уже быстрее и
так далее [6].
На рисунке 1 синим цветом изображены самые гидрофобные аминокислотные
остатки: валин, лейцин, изолейцин и фенилаланин, которые содержат только
алифатические и ароматические боковые группы. Красным цветом выделены
наиболее гидрофильные остатки: аспаргиновая и глутаминовая кислота, лизин и
аргинин, содержащие в боковой цепи карбоксильные или амино-группы. Хорошо
видно, что почти все гидрофобные остатки находятся внутри глобулы, а
большинство гидрофильных – на ее поверхности. Гидрофильные остатки,
находящиеся внутри глобулы, образуют друг с другом водородные связи и этим
поддерживают третичную структуру белка. Другой фактор, обеспечивающий
стабильность третичной структуры, это ван-дер-ваальсово взаимодействие между
гидрофобными группами. В учебниках часто пишут, что третичная структура
образуется благодаря связям S-S, возникающим между цистеиновыми остатками. В
миоглобине нет ни одной такой связи [7].
8
Рисунок 1 Гидрофильные и гидрофобные аминокислотные остатки в
миоглобине
Четвертичная структура белка возникает в результате слипания гидрофильных
поверхностей белковых глобул. При этом между глобулами могут образовываться
водородные связи, солевые мостики (в них соединяются водородная и ионная
связи), а также водородные связи с посредничеством молекул воды [7].
Молекула гемоглобина человека и других высших животных состоит из 4
попарно одинаковых субъединиц α (α1 и α2) и β (β1 и β2) – отдельных цепей,
свернутых в глобулы. Тетрамер имеет ось симметрии, проходящую
перпендикулярно плоскости рисунка, а полость в центре тетрамера заполнена
молекулами воды. Цепь α состоит из 141 аминокислотного остатка, а цепь β – из
146. Каждая из этих субъединиц по своей третичной структуре сходна с
миоглобином, но значительно отличается от него, да и друг от друга, по первичной
последовательности аминокислот. Гемоглобин низших животных тоже сильно
отличается от гемоглобина человека и по аминокислотной последовательности, и по
длине цепи [7].
Непосредственно взаимодействовать друг с другом гемы не могут. Тем не
менее, гемы "чувствуют" состояние своих соседей, и все четыре субъединицы
гемоглобина присоединяют и отщепляют кислород согласованно: первая молекула
кислорода присоединяется с трудом, а следующие – все более и более легко. При
низком парциальном давлении О2 гемоглобин связывает кислород хуже, чем
9
миоглобин, а при высоком – столь же хорошо и даже лучше. Поэтому в легких
гемоглобин присоединяет кислород, а при прохождении по сосудам – передает его
миоглобину. Для объяснения этого эффекта, который получил название
кооперативного, была предложена модель, основанная на том факте, что каждая из
субъединиц гемоглобина может существовать в двух состояниях: дезоксиформа
гемоглобина обозначается как Т-форма, напряженная (англ. tense), она обладает
существенно более низким сродством к кислороду. Оксигенированная форма, или
R-форма (англ. relaxed), обладает высоким сродством к кислороду [6,7].
Т-состояние более компактное, содержит большее количество водородных
связей и сродство к кислороду Т-состояния невелико. Так как для перехода Т→R
требуется разорвать несколько водородных связей, присоединение кислорода только
к одной субъединице невыгодно. Например, в β-субъединице гемоглобина переход
Т→R сопровождается разрывом солевого мостика между остатками His146 и Asp94
в соответствии со следующей схемой [7]:
10
водородные связи на контактной поверхности α1β2, когда обе субъединицы
находятся в состоянии Т. Голубым цветом изображены атомы углерода α-цепи, а
желтым - атомы углерода β-цепи. Для того, чтобы сделать рисунок яснее, части
аминокислотных остатков, не участвующие в образовании водородных связей, не
изображены. Так как атомы водорода на рисунке не показаны (точность
рентгеноструктурного анализа белков недостаточна для их обнаружения), система
водородных связей изображена ниже в виде структурных формул [7].
11
2.2 Явление аллостерии
12
может не сопровождаться ее каталитическим превращением. В соответствии с
«последовательной», или KNF-моделью (по заглавным буквам фамилий авторов
Koshland–Nemethy–Filmer), субъединицы в рамках мультимера изменяют свою
конформацию поочередно, т.е. связывание лиганда меняет конформацию и свойства
соответствующей субъединицы, что, в свою очередь, способно влиять на ее соседей.
Иными словами, связывание лигандов последовательно приводит к изменению
конформаций субъединиц. Такая модель описывает отрицательную
кооперативность, которая наблюдается, например, в глицеральдегид-3-
фосфатдегидрогеназе при связывании кофермента NAD+, когда присоединение
кофактора в активном центре одной субъединицы ослабляет его связывание в
соседней вследствие перестройки внутри- и межсубъединичных контактов.
Наблюдаемое свойство способствует поддержанию активности фермента на
постоянном уровне вне зависимости от концентрации лиганда в среде [8].
3 Примеры
3.1 Лактатдегидрогеназа
13
Активной формой лактатдегидрогеназы (молекулярная масса 144 кДа)
является тетрамер из 4 субъединиц. Каждая субъединица образована пептидной
цепью из 334 аминокислот (36 кДа). В тетрамере субъединицы занимают
эквивалентные положения: каждый мономер содержит активный центр [9].
Активный центр в субъединице ЛДГ схематически показан на рис. 5. При
этом пептидный остов белка изображен в виде ленты (светло-голубой),
дополнительно представлены молекулы: субстрата — лактата (красного цвета),
кофермента НАД+ (желтого цвета) и три боковые цепи аминокислот (зеленого
цвета), которые участвуют непосредственно в катализе. Кроме того, выделена
пептидная петля (малинового цвета), образованная аминокислотными остатками 98-
111. В отсутствие субстрата и кофермента эта структура раскрыта, что обеспечивает
свободный доступ к субстратсвязывающему участку (не показано). На рисунке
представлен блокированный активный центр в комплексе фермент-лактат-НАД+ [9].
Все дегидрогеназы нуждаются в коферменте для переноса восстановительных
эквивалентов. Наиболее широко распространены коферменты динуклеотидного
типа, в котором два нуклеозид-5'-монофосфата соединены фосфоангидридной
связью. ЛДГ и многие другие дегидрогеназы нуждаются в
никотинамидадениндинуклеотиде, сокращенно НАД+ (NAD+). Обе нуклеотидных
группы НАД+ построены из 5'-АМФ и нуклеотида, содержащего в качестве
основания амидникотиновой кислоты. Структурно (но не функционально) похожим
коферментом является НАДФ+ (NADP+), в котором 2'-ОН-группы рибозы аденина
дополнительно связаны с фосфатом. Несмотря на близкое структурное родство
НАД+ и НАДФ+ осуществляют различные функции в обмене веществ [9].
В окислительно-восстановительных реакциях пиридиннуклеотидного
кофермента участвует только никотинамидное кольцо. Никотинамид является
амидом пиридин-3-карбоновой (никотиновой) кислоты. В окисленной форме кольцо
имеет ароматический характер и несет положительный заряд. По этой причине
кофермент в окисленном состоянии обозначают как НАД+. При окислении лактата
дегидрогеназа отщепляет от субстрата (AH2) два атома водорода [т. е. два электрона
14
и два протона]. Однако на НАД+ переносится только гидрид-ион (H-, два электрона и
один протон). Акцептором гидрид-иона является атом углерода в пара-положении к
атому азота кольца НАД+. В этом месте образуется алифатическая СН 2-группа,
перестраиваются двойные связи кольца и исчезает положительный заряд. При
окислении или восстановлении никотинамидного кольца изменяются также
спектральные характеристики кофермента. Поэтому за реакцией можно легко
следить фотометрически [9].
Второй протон высвобождается в среду и, следовательно, правильное
наименование восстановленной формы кофермента NADH + H+, а не NADH2 [9].
3.2 Креатинкиназа
15
больших количеств креатинкиназы связано с повреждением клеток, которые ее
содержат [10].
При этом увеличение уровня определенного изофермента позволяет судить о
локализации патологического процесса: увеличение ММ-фракции происходит при
повреждении мышц скелета, реже при болезнях сердца, МВ-фракции – при
повреждении миокарда, а ВВ-фракция возрастает при болезнях мозга, чаще
онкологической природы [10].
3.3 Титин
16
кросс-β. Нельзя исключить, что формирование подобной четвертичной структуры
может происходить и за счет частичного разворачивания доменов титина с
последующим взаимодействием открытых β-стрендов между соседними доменами
и/или доменами соседних молекул белка [12].
В настоящее время не подвергается сомнению роль титина в опосредовании
упруго-эластичных свойств мышечных клеток, в частности, кардиомиоцитов.
Коэкспрессия N2B- и N2BA-изоформ титина, различающихся по длине растяжимой
I-части, и изменение их соотношения под влиянием факторов внешней или
внутренней среды (при онтогенетическом развитии, при развитии патологических
процессов, при гибернации, микрогравитации , рассматривается как один из
молекулярных механизмов изменения жесткости кардиомиоцитов и сердечной
мышцы в целом. N2BA-изоформа (м.м. ~3300 кДа) титина имеет более длинную
(более эластичную и менее жесткую) I-часть молекулы; N 2B-изоформа (м.м. ~3000
кДа) титина имеет более короткую (менее эластичную и более жесткую) I-часть.
Показано, что содержание N2B-изоформы титина напрямую коррелирует с
увеличением уровня пассивного напряжения при растяжении миофибрилл
сердечной мышцы [11].
3.4 Глутаматдегидрогеназа
17
ВЫВОДЫ
18
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
19
М.Ю. Лобанов [и др.] // Успехи биологической химии, М.: ГЕОС, 2017. – Т.57
– с.254-266.
12.ИЗМЕНЕНИЯ СТРУКТУРЫ ТИТИНА ПРИ ЕГО АГРЕГАЦИИ [Текст] // А. Г.
Бобылев, Э. И. Якупова, Молекулярная биология, 2020. – T. 54, № 4 – с. 643-
652.
13.Ибрагимов Р.И., Шпирная И.А., Цветков В.О. Обмен белков и аминокислот.
Учебное пособие [Текст] // Р.И. Ибрагимов, И.А. Шпирная, В.О. Цветков –
Уфа: РИЦ БашГУ, 2016. –112 с.
20