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Coronaviridae

HISTOIRE :
Avant 2003 : virus connus hommes et animaux, c’était signalé pour rhume, une infection
respiratoire haute c’est quelque chose de bénin mais tout a changé dans le XXIe siècle. Il en
existe plusieurs souches [ceux en noir touchent l’homme] : HC229E, B814, HCOC43, OC48 et
692
En 2003 : SARS CoV avec mortalité élevé depuis on s’intéresse à ce virus.
En 2004 : HCoV – NL63 [Netherlands] et 2005 CoV- HKU1[Hong Kong] et en 2012 : MERS
CoV [Middle East] une épidémie de quelques milliers de cas avec un
taux de mortalité plus élevé. 2003 SARS-CoV
2004 HCoV – NL63
Tous cocirculent sauf SARS qui n’existe plus entre humains mais 2005 CoV-HKU1
seulement dans les stocks viraux des laboratoires 2012 MERS CoV
Classification/taxonomie :
Ordre>famille>sous famille>genre (alpha, béta, gamma, delta) et clades (A, B, C, D).
Clade c’est les souches virales qui infecte un certain nombre de patients dans une zone
géographique
Dans tout ça = les 6 virus cités ci – dessus en parlant de virus humain déjà cite là-haut
4 ubiquitaires et les 2 émergents (SARS et MERS)
Exemple : SARS et MERS appartiennent aux Béta, clade B pour le SARS et clade C pour le
MERS. [On est a pas supposé retenir ces détails selon le prof]

Structure :
C’est un virus enveloppe avec un ARN
simple + 30 Kb = jugé un grand génome.
Son diamètre est de 80-200nm et comme
il s’agit d’un virus à ARN il a une capside
hélicoïdale symétrique.
Corona car aspect de couronne : protéine
S de surface et une plus petite = protéine
HE. Donc double couronne.
La protéine S se lie sur son récepteur ,
elle pose problème car c’est elle est qui
est la plus vise par l’immunité avec des
anticorps neutralisants qui vont la fixer

On voit la protéine de S en forme de


tulipe qui est un trois dimères avec
une tige fixe sur l’enveloppe
et cette protéine a des épitopes qui change  siège d’une diversité génétique , le fait que la
protéine est modifié va augmenter son pouvoir de diffusion en se liant plus facilement a son
récepteur [ a être confirme pour le corona actuel ]
Protéine E de structure : porterait facteurs de virulence. Ni vaccin ni confirmation depuis 22003 ,
il s’agit d’hypothèse , mutation de gene E donne une protéine E qui va donner une gravite du
tableau clinique  épidémies

Cycle cellulaire :
C’est un virus qui passe dans le cytoplasme et se réplique dans cytoplasme. Comme il est à ARN
positif donc il est directement messager, son cycle cellulaire dure 8 – 10h et il n’a pas de
particularités.
Ses récepteurs sont ACE2 [enzyme de conversion d’angiotensine] pour SARS avec un domaine
de 234 AA continu qui se fixe sur la protéine S et dipeptidyl peptidase 4 pour MERS. Pour le
Covid récent c’est l’ACE mais à être confirmer
Diversité génétique: mutations [ virus a ARN qui a sa polymérase ] surtout gène S,
insertions/délétions, et recombinaisons  explique les épidémies
Franchissement barrière d’espèce : notion d’émergence ce qui se passe en 2003, en 2012 et
actuellement. Ce n’est pas quelque chose de facile, actuellement on suppose que c’est le pangolin
asiatique, animal qui mange des fourmis, suite à un contact humain et dans des conditions
particulières la souche virale est passée chez les hommes puis on a eu une diffusion
interhumaine.
Donc c’est une transmission animale vers homme avec cette notion de franchissement.
Hypothèse : pour 4 des 6 virus humain dont SARS et MERS on suppose que c’est la chauve-
souris qui infecte la civette [nemes] qui a infecte l’homme pour SARS [en 2003] et chauves-
souris à infecte le dromadaire puis homme pour MERS
On dispose 200 – 300 génomes complets de ces virus depuis 2003 dans des banques, étudiés et
permettant suivi de l’évolution avec les séquenceurs qui ont permis une cartographie de ce
génome afin de comparer les séquences génomiques pour suivre l’évolution de ce génome entre
différentes souches de virus [ancêtre, virus proche, même zone géographique]
Cette photo [on ne va pas retenir] c’est un
dendrogramme phylogénétique, chaque ligne
correspond à une souche virale isolée qui porte un
nom dans un labo. C’est pour le MERS afin de
suivre l’évolution, on voit un point noir et les
branches qui dérivent, de cette façon on montre de
la souche ancestrale, et la distance entre les points
noirs détermine le temps ou le nombre de
mutations. Il y a donc un lien génomique entre ces
souches, et plus ça s’éloigne plus les séquences
génomiques ne sont plus les mêmes.
Aussi un dendrogramme, classification de souches de Covid. Ici on va voir les différentes
souches lie aux animaux.

Transmission :
Comme tous les virus grippaux et respiratoires, la transmission a lieu grâce a des gouttelettes et
aérosols et le manuportage.
Survie de quelques heures à quelques jours, plus le virus est exposé à la chaleur moins il
survivra, en saison d’hiver ça tient plus, alors s’il y a une chaleur ça ne tient plus qu’une demi-
heure par exemple, de même ça dépend de la charge virale sur la surface contamine.
Notion de Ro : indice qui va exprimer le taux de transmission si c’est égal à un, un patient
infecte un seul patient. Le Ro du grippe 1,5 alors que pour la corona c’est 3 donc un patient
infecte trois autres. A titre d’exemple le virus de rougeole a un Ro est égal à 12 voire plus, c’est
contagieux, la varicelle aussi a un Ro élevé. Mais si on prend plus de mesure d’hygiène et on
exerce un isolement strict, le Ro va baisser, si devient moins que 1c’est que l’épidémie va finir
dans quelques semaines et le virus disparait.
Avant 2003 : les HCoV était responsable de rhume. 5 – 10% des détections virales surtout NL63
et OC43 étaient responsable de rhume. On a une primo-infections enfance basse entre un et trois
ans mais avant 2003 il s’agissait de souches bénignes qui n’ont pas de mutations agressives.
Avec les Rhinovirus, le HCoV va former la majorité des rhumes.

Evolution et statistique :
SARS : fin 2002 Chine. Puis en il a évolué en 3 phases jusqu’à juillet 2003. En fin 2003, on a eu
8096 cas dont 774 décès et donc une mortalité de 10%. Tous ces cas = 29 pays surtout chine /
canada [car beaucoup de chinois au canada]. Circulation interrompue depuis, elle n’existe plus.
MERS : Elle a commencé en Arabie Saoudite en avril 2012 → Aout 2018 = 2229 cas. Mortalité
35.4%. Elle s’est répandu a 27pays. Après 3 ans de l’épidémie de l’Arabie saoudite, on a eu une
épidémie nosocomiale en Corée Sud 2015, un ingénieur est venu depuis l’Arabie saoudite et il
entre chez li puis tombe malade dans un hôpital ce qui a donné 136 cas nosocomiaux en deux
mois. À la suite, on a séquence les souches et on a su les patients contamines. Cette souche
circule toujours mais il s’agit de cas sporadique surtout ceux qui ont plus de 50 ans, les cas de
plus de 50 ans nécessite une hospitalisation car ça peut mener à un syndrome de détresse
respiratoire. 3% de mortalité pour le corona actuel mais ça diffère selon le pays.
SARS 2003 : une surprise avec le serial killer qui est le SRAS ou SARS de
mortalité élevé, c’était la une des journaux

Un schéma sur le MERS :


chauve-souris  dromadaire 
homme en Arabie saoudite et
pays de golf  transmission
interhumaine  épidémie.
Transmission nosocomiale : cas
de Corée de sud. On a un Ro > 1

Clinique :
Comme les virus classiques ça va
donner un rhume.
SARS = incubation médiane 4,6
j. ça peut s’étendre de 2 jusqu’a
14 jours. Elle commence par un
syndrome pseudo grippal puis on a une résolution dans 80% des cas même chez les gens de plus
que 50 ans. Alors que dans 20% des cas on a un SDRA syndrome de détresse respiratoire aigu
mais pas tout le monde mourrait même si on a eu un SDRA. Même chose pour le MERS mais
avec une mortalité différente

Diagnostic :
RT-PCR sur des produits respiratoires grâce a un écouvillon naso-pharyngee, LBA, crachats si
disponibles car les patients ne présentent pas de pus, il faut donc prélever le virus au fond du nez
avec une espèce de coton tige qu’on met dans un milieu de transport riche et rapidement faire le
test car le virus à ARN ne tient pas à des températures ambiantes alors afin que le ARN ne soit
pas lysé.
On peut faire le test sur le sang, selles et urines pour SARS ou MERS en plus de produits
respiratoires.
Chez un patient infecte, PCR + pendant 2 – 3 semaines chez immunocompétent d’où la notion de
contamination. Donc même si c’est asymptomatique on va savoir
Sérologie : on ne fait pas sérologie pour diagnostique mais c’est plutôt pour des enquêtes.

Traitement :
Pas de traitement, c’est un traitement symptomatique en réanimation et d’isolement si pas de
détresse on fait rien
Image de ME de la couronne au niveau de l’enveloppe du Coronavirus
Coronavirus qui sort d’une cellule

Epidémie actuelle : en résume, en Wuhan suite à une transmission du


pangolin il y a eu un franchissement de barrière d’espèce puis entre les hommes, une diffusion
rapide due à la capacité d’adaptions du virus au récepteur humain. Taux de mortalité plus que la
grippe mais moins que SARS et MERS, on ne sait pas à quel chiffrer va s’arrêter la mortalité.
Les mesures ne sont pas les mêmes, la rapidité de prise en charge s’est améliorer. Les courbes
diffèrent selon le pays, la notion de Ro est de 3 mais à revoir. En ce qui concerne les mutations
elles existent mais on ne sait pas leur impact, on sait qu’il ressemble aux autres, il va être classer
sur le dendrogramme et on va comparer entre les souches afin de faire lien avec les ancêtres et
élucider ses mutations. Il y a un article qui donne des chiffres en ce qui concerne l’homologie de
50% avec le MERS et 79% avec le SARS qui n’existe plus. Mutations du gene S avec acides
aminés modifies sur cette protéine mais on ne sait pas si ça explique l’épidémie actuelle. Pour le
diagnostic, on a eu un PCR fait quatre fois est sorti négative, la dame est rentrée chez elle puis on
a fait un séquençage de génome avec des sondes qui est sorti positif, quand PCR est négatif ça ne
veut pas dire qu’il n’y a pas de virus en plus ça dépend du timing du test. Au Liban, au moyen
pour chaque RAM ça veut dire série de 50 PCR on a un cas qui est positif