1

FACULTAD DE MEDICINA.

APUNTES DE BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA

MOLECULAR.

Dr. Ricardo Remes Ruiz.

2010.
 2

EL ÁTOMO.
ESTUDIO DEL ÁTOMO................................................3
NUCLEO ATÓMICO...................................................3
CONFIGURACIÓN ELECTRÓNICA..........................4
ORBITALES ELECTRÓNICOS Y NIVELES DE
ENERGÍA.................................................................4
Un ORBITAL............................................................4
ORGANIZACIÓN DE LOS ORBITALES EN LOS
NIVELES DE ENERGÍA.............................................5
PRIMER NIVEL DE ENERGÍA................................5
SEGUNDO NIVEL DE ENERGÍA:...........................5
TERCER NIVEL DE ENERGÍA................................5
TABLA PERIÓDICA...................................................5
TABLA PERIÓDICA (Cuadro)....................................6
ESTRUCTURA DE UN ÁTOMO DE CARBONO.......9
LEY DE COULOMB:................................................10
LEY DEL OCTETO...................................................10
DIAGRAMA DE LOS NIVELES DE ENERGIA DE
CADA ORBITAL.......................................................15
MOLÉCULAS..............................................................16
FORMULACIÓN QUÍMICA......................................17
ENLACES QUÍMICOS.............................................18
ENLACES COVALENTES.......................................19
Dr. Ricardo Remes Ruiz.
 3

ESTUDIO DEL ÁTOMO.

El átomo es el límite de la división química (se considera indivisible

por métodos químicos corrientes).

Posee en su interior un NUCLEO eléctricamente positivo (+) rodeado

por una CORTEZA de electrones con carga negativa (-).

NUCLEO ATÓMICO.

El núcleo está formado por PROTONES (carga +) y NEUTRONES (sin

carga eléctrica). Por eso en el núcleo está localizada la carga eléctrica
POSITIVA del átomo. El número de protones y neutrones es casi la
misma. Por ejemplo: el átomo de sodio tiene 11 protones y 12
neutrones.

Los protones del núcleo están sometidos a fuerzas de repulsión

mutuas muy elevadas que le harían estallar de no existir los neutrones
que actúan como elementos estabilizadores o cementantes. El
hidrógeno No tiene ningún neutrón.

El PESO ATÓMICO (índice superior izquierdo del elemento)

representa la suma de protones y neutrones.

EL NÚMERO ATÓMICO (índice inferior izquierdo del elemento)

coincide con el número de protones.

Los átomos más estables son los que tienen número atómico PAR, y
son los que más abundan en la naturaleza, como el 8O, 6C ,20Ca ,12Mg.
 4

CONFIGURACIÓN ELECTRÓNICA.

ORBITALES ELECTRÓNICOS Y NIVELES DE ENERGÍA.

Los electrones son partículas evasivas, que no se pueden observar
directamente. Puesto que no se puede observar un electrón, la ruta y
localización exacta de éste en un momento determinado no se puede
conocer. Debido a ello, los científicos pueden únicamente identificar
las regiones del espacio donde los electrones tienen más probabilidad
de encontrarse. Estas regiones del espacio se denominan orbitales.

UN ORBITAL es una región del espacio alrededor del núcleo

donde giran los electrones. El número máximo de electrones que
puede contener un orbital es DOS.

Los orbitales se encuentran organizados en NIVELES DE ENERGÍA.

NÚMERO CÚANTICO PRINCIPAL o “n”: es una zona o nivel de

energía donde se localizan un grupo de orbitales que están
aproximadamente a la misma distancia promedio del núcleo. Los
electrones más cercanos al núcleo están en niveles de energía
inferiores. Los niveles de energía superiores están localizados en
promedio progresivamente más lejos del núcleo. Por ejemplo, el primer
nivel de energía es el más cercano al núcleo y el segundo está
localizado después del primero.
Los niveles de energía tienen el valor de: 1, 2, 3, 4, etc. “n”.

Cada “nivel de energía” tiene uno o más subniveles.

Un subnivel de energía o NÚMERO CUÁNTICO SECUNDARIO
(AZIMUTAL) está compuesto de orbitales que tienen las mismas
características y forma dentro de un nivel de energía.
El número de subniveles que se encuentra dentro de un nivel de
energía corresponde al número del nivel de energía. Por lo tanto, el
primer nivel de energía contiene únicamente un subnivel. El segundo
nivel contiene dos subniveles. El tercero contiene tres, y así
sucesivamente.
 5

Cada subnivel recibe una letra:

El subnivel “s” solo tiene un orbital circular con un máximo de dos
electrones. Es el subnivel de energía mas bajo

El subnivel “p” es el siguiente nivel con un poco más de energía.

El subnivel “p” tiene tres orbitales (x, y, z) y puede contener un
máximo de 6 electrones.

El subnivel “d” tiene una energía aún mayor.

El subnivel “d” tiene cinco orbitales y puede contener un máximo de
10 electrones.

El subnivel “f” es el subnivel con mayor energía de los cuatro.

El subnivel “f” tiene siete orbitales y puede contener un máximo de 14
orbitales.

ORGANIZACIÓN DE LOS ORBITALES EN LOS NIVELES DE

ENERGÍA
PRIMER NIVEL DE ENERGÍA :(n 1) está compuesto por un orbital
“s” que puede tener como máximo dos electrones. Es el más cercano
al núcleo.

SEGUNDO NIVEL DE ENERGÍA: (n 2) está compuesto por dos

subniveles: el “s” con un solo orbital y el “p” con tres orbitales (x,
y, z). Este plano puede tener un máximo de 8 electrones.

TERCER NIVEL DE ENERGÍA: (n 3) está compuesto con tres

subniveles: el “s” con un orbital, el “p” con tres orbitales y él “d”
con cinco orbitales. Este plano puede tener un máximo de 18
electrones.

Los átomos localizados dentro de cada GRUPO QUÍMICO (columna

vertical de la tabla periódica) tienen el mismo número de electrones en
el nivel exterior. Los electrones exteriores se denominan
ELECTRONES DE VALENCIA. Por ejemplo el Al (aluminio) se
encuentra en el grupo IIIA que tiene tres electrones en el último nivel
de energía distribuidos, dos en el subnivel 3s y uno en el subnivel 3p.
Todos los átomos del grupo IIIA tiene una configuración del nivel
exterior de s2 p1.
 6

TABLA PERIÓDICA
Los GRUPOS en la tabla periódica (COLUMNAS VERTICALES)
reciben nombres de grupo:
El GRUPO IA exceptuando al H, se denominan metales alcalinos.
El GRUPO IIA se denomina metales alcalinotérreos.
Los elementos de GRUPO B (diez columnas) se conocen como
metales de transición.
El GRUPO IIIA, IVA y VA no tienen nombres específicos pero se
conocen como grupos del boro-aluminio, grupo del carbono y
grupo del nitrógeno respectivamente.
El GRUPO VIA se denomina calcógenos.
El GRUPO VIIA se denomina halógenos.
El GRUPO VIIIA contienen los gases nobles.

Los PERIODOS o FILAS HORIZONTALES de la tabla periódica

corresponden al número de niveles de energía que tiene. Así, todos
los átomos localizados en el 2º. Periodo tiene dos niveles de energía.

TABLA PERIÓDICA (Cuadro)

 7

TABLA PERIODICA
Martes
8 de Agosto de              
2006

Metales
Metales Metales Otros No Gases
de Lantánidos Actínidos
Alcalinos Alcalinotérreos Metales Metales Nobles
transición

Grupo 1 2   3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
  IAIIA   IIIBIVBVBVIBVIIB VIIIB IB IIB IIIAIVA VA VIAVIIAVIIIA
Period
 
o
1 2
1 H   He
3 4 5 6 7 8 9 10
2 Li Be   B C N O F Ne
11 12 13 14 15 16 17 18
3 Na Mg   Al Si P S Cl Ar
19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
4 K Ca   Sc Ti V Cr Mn Fe Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br Kr
37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54
5 Rb Sr   Y Zr Nb Mo Tc Ru Rh Pd Ag Cd In Sn Sb Te I Xe
55 56 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86
6 Cs Ba * Hf Ta W Re Os Ir Pt Au Hg Tl Pb Bi Po At Rn
87 88 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118
7 Fr Ra ** Rf Db Sg Bh Hs Mt Uun Uuu Uub Uut Uuq Uup Uuh Uus Uuo
 
57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71
Lantánidos * La Ce Pr Nd Pm Sm Eu Gd Tb Dy Ho Er Tm Yb Lu
89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103
Actínidos ** Ac Th Pa U Np Pu Am Cm Bk Cf Es Fm Md No Lr
8
 9

ESTRUCTURA DE UN ÁTOMO DE CARBONO

 10

LEY DE COULOMB:

“La fuerza ejercida por el núcleo sobre un electrón es

proporcional a la carga de aquél e inversamente proporcional al
cuadro de la distancia que los separa”.

Por lo tanto, los electrones próximos al núcleo estarán unidos a él con

una fuerza muy grande. En cambio, los electrones de la parte externa
de la envoltura serán retenidos por una fuerza menos intensa.

“El número de orbitales por cada piso o nivel es igual al cuadrado

del número cuántico “, es decir, en el primer nivel hay un orbital, en
el segundo cuatro, en el tercero nueve, en el cuarto 16 y así
sucesivamente.

En cada orbital solo podrán situarse dos electrones como máximo

No. cuántico principal No. De electrones Orbitales posibles Distribución de los

electrones en los orbitales

1 2 S 1s2

2 8 S, p 2s2,2p6

3 18 S, p, d 3s2,3p6,3d10

4 32 S, p, d, f 4s2, 4p6, 4d10,

4f14.
 11

LEY DEL OCTETO.

El último piso o nivel de un átomo no puede poseer más de 8

electrones. Estos corresponden a los orbitales s y p, es decir s 2,
p6.

Justificamos la no colocación de más electrones en el último piso

(orbitales d), porque el orbital s del piso siguiente tiene un nivel
energético más bajo que los orbitales “d” y “f” del piso anterior y los
electrones se colocan PRIMERO en él.

Así por ejemplo el nitrógeno (N) tiene 7 electrones distribuidos de la

siguiente forma: 1s2, 2s2, 2p3. El potasio (K) con número atómico de 19
tiene sus electrones distribuidos en la siguiente forma: 1s 2, 2s2, 2p6,
3s2, 3p6, 4s1. El escandio (Sc) con número atómico de 21 tiene la
siguiente estructura: 1s2, 2s2, 2p6, 3s2, 3p6, 3d1, 4s2.

El número de electrones de la capa más externa establece la forma en

que puede combinarse un átomo con otros para formar moléculas.
12
 13

CONFIGURACIÓN ELECTRÓNICA DE LOS PRIMEROS 36

ELEMENTOS.
14
 15

Tabla Periódica con los elementos distribuidos de acuerdo con la

configuración electrónica de sus átomos.
 16

DIAGRAMA DE LOS NIVELES DE ENERGIA DE CADA ORBITAL.

El orbital de energía más bajo es el 1s, luego se encuentra el 2s y los

tres orbitales 2p .En los pisos 4 y 5 los orbitales están mas cerca
entre sí .El orbital 3d es ligeramente mayor en energía que el orbital
4s, por eso los electrones se colocan primero en el orbital 4s y
después se sobran se colocan en el 3d.
 17

MOLÉCULAS

Una MOLÉCULA es una agregado de por lo menos dos átomos en

una configuración definida, mantenidos juntos por fuerzas químicas.
(Chang).

Una fórmula molecular indica el número exacto de átomos de cada

elemento en una molécula.

La molécula más simple está constituida por dos átomos y se llama

diatómica. Entre los elementos que existen como moléculas
diatómicas en condiciones atmosféricas se incluyen el hidrógeno(H 2),
nitrógeno (N2), y oxígeno (O2), así como los elementos llamados
halógenos (grupo 7 A) :flúor (F2), cloro (Cl2), bromo (Br2), yodo (I2).

Las moléculas pueden tener más de dos átomos ya sea del mismo
tipo, como el ozono (O3) ,o de diferente tipo , como el agua (H2O) y el
amoniaco (NH3).Las moléculas que tienen más de dos átomos se
llaman poliatómicas.

MOLÉCULA-GRAMO O MOL:
Es el peso molecular expresado en gramos.
Un MOL de CO2: átomo Peso atómico.
C 12.
O 16.
O 16.
PM = 44.
 18

FORMULACIÓN QUÍMICA.

FÓRMULA EMPÍRICA:
Indica simplemente la naturaliza de los elementos que integran la
molécula y su proporción atómica relativa, sin prejuzgar el número
verdadero de átomos que se reúnen en la molécula.

La fórmula empírica del peróxido de hidrógeno es HO, indicando que

la molécula está integrada únicamente por dos elementos el hidrógeno
y él oxigeno.

FÓRMULA MOLECULAR:
Añade a la fórmula empírica el número real y concreto de átomos que
integran la molécula.

Así, la fórmula molecular del peróxido de hidrógeno es H 202. La

molécula contiene cuatro átomos: dos de hidrógeno y dos de oxígeno.

FÓRMULA ESTRUCTURAL:
Añade a las anteriores la indicación de cómo se disponen los átomos
en el espacio para integrar la molécula, la forma de unirse mediante
enlaces, siendo una copia de la molécula verdadera.
H

La fórmula estructural del metano: H C  H

H
 19

ENLACES QUÍMICOS.

Cuando los átomos interactúan para forman enlaces químicos, sólo

entran en contacto los electrones del último nivel.

Las fuerzas interatómicas que permiten la integración de las moléculas

se llaman VALENCIAS O ENLACES QUÍMICOS.

Para destacar los electrones de valencia, Lewis ideó un sistema en el

cual alrededor del símbolo del elemento químico se coloca un punto
por cada electrón que existe en el último piso del átomo.

Así por ejemplo el H, Li, Na, K, Rb, Cs y Fr perteneces al grupo 1A, y

tienen un punto porque tienen en su último piso un solo electrón.

Los gases nobles por tener el último piso completo con 8 electrones
son nulivalentes ya que por tener el último piso completo no tienden ni
a perder, ni a ganar, ni a compartir sus electrones periféricos, Estos
elementos son inertes químicamente.

Los enlaces son principalmente de dos tipos: COVALENTES Y

IÓNICOS.
 20

ENLACES COVALENTES.

Definición: unión en la cual dos electrones son compartidos por

dos átomos.

Por razones de simplificación, el par de electrones compartidos se

representa comúnmente por una línea .Así el enlace covalente de una
molécula de hidrógeno se representa: H-H .En un enlace covalente
cada electrón de un par compartido es atraído por los núcleos
involucrados en el enlace .Esta atracción es la responsable de que se
mantengan unidos los dos átomos.

Los electrones de valencia son los que se encuentran en el último piso

del átomo.

La REGLA DEL OCTETO formulada por Lewis dice que un átomo

diferente del hidrógeno tiende a formar enlaces hasta que se rodea de
ocho electrones de valencia. Por lo tanto, se puede decir que un
enlace covalente se forma cuando NO hay suficientes electrones para
que cada átomo individual tenga el octeto completo. Mediante el
compartimiento de electrones en un enlace covalente, los átomos
pueden completar sus octetos. El hidrógeno solo requiere en el último
y único piso tener dos electrones

H:O:H o H-O-H

En muchos compuestos hay ENLACES MÚLTIPLES, esto es, enlaces

formados cuando dos átomos comparten dos o más pares de
electrones .Cuando dos átomos comparten dos pares de electrones, el
enlace se denomina ENLACE DOBLE.

O::C::O o O=C=O.
 21

Un TRIPLE ENLACE surge cuando dos átomos comparten tres pares

de electrones, como en la molécula de nitrógeno.

:N::N: o :N=N:

H:C::C:H o H-C=C-H (C2H2 o acetileno).