Introduction à R

N. TSOPZE
Intro.

Totalement gratuit et téléchargeables;

Langage et logiciel pour les analyse
statistiques;
Trop inspiré de S (développé par AT&T);
Programmation simple;
Manipulation des structures tableaux;
Production et visualisation des graphiques;
Packages téléchargeables gratuitement sur
les CRAN.
Premier pas

Exécution de chaque commande saisie à

l’invite de commande (>);
Affichage immédiat du résultat
Création des variables à la première
utilisation
Manipulation des boucles
Regroupement des commandes dans un
fichier et appel du fichier
source(‘chemin_fichier’)
Premier pas
Repertoire de travail: stocke les données de bases et les
résultats des commandes exécutées
setwd(‘chemin_travail’)
save.image et save.history stocke dans un fichier .RData et
RHistory respectivement les données et l’historique;
save(liste d’objets, file=…) / load("objets.rdata") /
write.table(montableau,file="montableau.txt")
getwd() == répertoire de travail
dir() == contenu du répertoire de travail
sink(‘chemin_fichier’) indique le fichier où sauvegarder les sorties
des commandes
Help(commande) ou ?commande pour obtenir l’aide en ligne sur
la commande
Premier pas

Créer son répertoire de travail

Lance R
Indiquer avec setwd le répertoire crée à R
Exemples
>a=2
>b<-3
>x=a+b
Objets
type:
fonction (function); liste (list); matrices (matrix); structure de
données (data frame);
tableaux (array); vecteur (vector),…
Mode – description du contenu
Caractère (caracter); complexe (complex); non defini (null);
numérique (numeric); logique (logical)
attributes (objet) – connaitre le mode
as.type (objet) – donner le type de l’objet
Ex: as.vector(V)
is.type(objet) pour vérifier si l’objet de type « type »
ls() pour lister tous les objets créés; ls.str() …
rm(x) – supprime l’objet x.
Opérations

!x : NON logique
x&y : ET logique
x|y : OU logique
xor(x,y) : OU exclusif
identical(x, y)
^ : puissance
%% : modulo
%/% : division entière
Vecteurs
Création
V=c(liste des valeurs) ou v=vector()
Vect=c(1,3,5,NA,10)
vect = c(Attr1 = val, attr2 = val, …)
Accès aux éléments: V[index] – V[1]
Mode (V) – Type des éléments
Length(V) – taille de V
Is.na (V) : vérifie si les éléments ont des valeurs ou pas –
présence (TRUE), absence (FALSE)
Names (V): liste des valeurs (unique)
rev(V) : inverse l’ordre des éléments de V
Addition de deux vecteur : V1+V2
Multiplication : 2*V
Produit scalaire : V1*V2
Vecteur – stat.

mean(V) : moyenne des éléments de V;

median(V) : médiane des éléments de V;
var(V) : variance des éléments de V;
cov(V1,V2) : covariance entre V1 et V2;
cor(V1,V2) : corrélation entre V1 et V2;
sample(V,n) : tirage aléatoire sans remise de
n éléments parmi ceux de V.
Vecteurs

Séquences
rep(val,n) crée un vecteur de n éléments
initialisés à val
1:n construit un vecteur des éléments
allant de 1 à n avec le pas 1
seq(from = VI, to = VF, by = pas)
seq(VI, VF, length = nombre)
letters – lettres de l’alphabet
letters[2] ’b’
Vecteurs (sous – vecteur)

Utilisation – placer entre crochet le vecteur

contenant les positions
V[c(1:3,5,7,10)]
Exclure les éléments – précéder c de « - »
V[- c(1:3,5,7,10)]
Extraire les éléments qui vérifient une
condition
V[condition] – V[V>0]
Trier le vecteur : sort (V)
Matrices

Création
M = matrix (c(liste des éléments), ncol=nombre
de colonnes, byrow=T/F)
M=matrix(data=vecteur,nrow=…, ncol=…)
dim (M) – nombre de ligne, nombre de colonnes
rownames(M) et colnames(M) – noms des lignes et
noms des colonnes
rownames(M) = c(liste des noms) ou colnames(M) =
paste (« attr »,1:N,sep=« »)
cbind(M,vecteur_col) / rbind(M,vecteur_lig) ajouter
des colonnes ou des lignes à la fin de M
Matrices

M[2,c(liste)] pour accéder

M[,i] colonne i
M[i,] ligne i
Opérations traditionnelles : sum, mean,…
Utiliser la fonction apply (A,1/2, fonction) 1=ligne;
2=colonne
t(M) – transposée de M
solve(M1%*%M2) inverse le produit AB
diag(M1%*%M2) diagonale du produit AB
solve(A,b) : résout le système linéaire Ax = b,
eigen(M) : calcule les valeurs et vecteurs propres de M.
Listes

Ensemble d’objet de type quelconque

semblable aux enregistrements
Création
Obj_list=list (attr1=val1, att2=val2,….)
Accès au champ i: Obj_list$attri
Length(obj_list) – longueur de la liste
names(obj_list) – liste des attributs
Data frame

Tableaux dont les colonnes peuvent être de

différents types
Permet de disposer dans un seul objet les attributs
de différents décrivant un individu
Création
Df=data.frame(liste des vecteurs)
Df=data.frame(matrice, row.names = c(…))
nrow(Df) – ncol(Df) == nombre de lignes (ou de
colonnes)
Names(Df) – row.names(Df) == nom des colonnes
(ou des individus)
Accès à une colonne: Df$attri ou Df[,attri]
Fonctions

Ne sont pas sauvegardées à la fin de la session

Syntaxe
Nom_fonct=function(liste des arguments)
{
…Instructions
Return expression
}
Peuvent être enregistrées dans un fichier .txt ou .R
sourc(‘’fichier.r’’) == exécute le programme contenu
dans fichier.r
Appel x=nom_fonct(arg1=val1, arg2=val2,…)
Args(nom_fonct) – liste des arguments
Instruction If

if (condition)
{
…Instructions
}
else
{
….Instructions
}
X=if (condition) valeur1 else valeur2
Boucle pour

for (var in vecteur)

{
…Instructions
}
t=10:20
X=0
For (i in 10:20)
{
x=x+t[i]
}
Boucle while

while (condition)
{
…Instructions
}
while (double[i]==0)
{
t[i]=1;
}
Autres fonctions

print(‘texte’) – afficher texte

paste(obj1, obj2) – accoler les objet obj1 et
obj2
roun(x) – arrondi de x
stop() arrète l’exécution du programme
traceback () rechercher la fonction qui génère
les erreurs
windows() ouvre une nouvelle fenêtre
graphique
Graphiques

Commande : plot (liste de vecteur), préciser le

type pour choisir quel forme de graphique (type
=‘p’, type=‘b’,…)
Trois catégories:
Bas niveau : image
Haut niveau : titre légende,..
Interactives : ajout des éléments par l’utilisateur
x11() affiche la fenêtre graphique
dev.off() fermer la fenêtre graphique
Graphiques

title(‘’Titre du graphique ’’) – affiche le titre

points(x,y,col=‘’couleur’’) – met en exergue
certains points
points(v1[v2>0],v3[v2<5],col=‘’red’’)
locator(n,type=‘’ ‘’, col=…) ajoute les points
au graphique –
locator(4,type=‘’p’’,col=‘’blue’’)
Identify(x,y,col=…) affiche sur le graphique
l’indice du point (le plus proche) choisi.
Graphique

Clic droit sur le graphique et choisir un format de

sauvegarde
savePlot(nom_image.type) – pdf, jpg,bmp,…
pdf(file=fichier.pdf); ps(file=fichier.ps),
jpeg(file=fichier.jpg)
Paramètres:
Adj=0/0.5/1 – justifier le titre
Bg = « couleur de fond »
Bly =forme du cadre
Font=1/2/3… normal/gras/italique…
….
Graphique

abline () – ajout d’une droite

axis() – définition des axes
barplot() – diagramme en barre
boxplot() – boîtes à moustaches
lines() – ligne brisée
hist() – histogramme
text() – ajout d’un texte
…
Packages

Installation de nouveaux packages

install.packages(‘nom_package‘)
Suppression des packages
remove.packages (‘nom_package’)
Utilisation d’un package
library (package)
Mise à jour du package
Update.packages(‘nom_package’)
Ou utiliser le menu « packages »