Proteínas

Apelando a nuestro conocimiento sobre la naturaleza de las proteínas, sabemos que

están compuestas por unidades monoméricas repetitivas aunque con particularidades en cada
una de ellas, que se unen mediante enlaces peptídicos.

Las proteínas pueden tener diferentes tamaños dependiendo del número de

aminoácidos que la compongan, moviéndose dentro del rango de unos pocos aminoácidos a
miles. Estas proteínas formadas por entidades vivas utilizan principalmente unos veinte
aminoácidos para elaborar el compendio de proteínas presentes en la naturaleza, que llega a
las desorbitantes cifras del millones. Esta variabilidad se debe no sólo a las posibles
combinaciones que se den gracias a los 20 aminoácidos esenciales, sino también a las
diferentes interacciones que éstos mantengan entre sí.

De ese modo, cada proteína tiene una disposición estructural específica, a la que
llamamos conformación y que hace a esa proteína competente para realizar la función para la
que fue diseñada a lo largo de miles de millones de años. Es por ello, que en toda proteína
podemos distinguir diferentes rangos de estructuración, concretamente cuatro, que iremos
definiendo a continuación.

1.-Estructura primaria

1.1.- Definición

La estructura primaria consiste en la secuenciación de aminoácidos, que por convenio,

representaremos hacia la izquierda el extremo –NH2 del primer aminoácido de la proteína, y
hacia la derecha el extremo –COOH del último aminoácido.

1.2.- Características

Hemos de destacar, que este primer grado de compactación determinará de manera

muy significativa, aunque no directa, la disposición especial que tendrá la proteína.

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2.- Estructura secundaria

2.1.- Definición

Entendemos por estructura secundaria a la disposición que mantiene una proteína

mediante las interacciones derivadas entre los grupos aminos y los carboxilos de aminoácidos
próximos. En este caso juegan un papel muy importante las combinaciones de los ángulos φ y
ψ, que serán restringidas en la naturaleza por efectos estéricos, repulsiones electrónicas y
electroestáticas de los grupos radicales de aminoácidos contiguos.

2.2.- Tipos

En este grado de compactación destaca la presencia constante de disposiciones

definidas, a los que vamos a denominar disposiciones secundarias. Entre las más abundantes
encontramos:

Hélice- α (3.613)

Disposición secundaria muy abundante en la naturaleza, presente en casi la totalidad

de las proteínas y en proporciones, por lo general, elevadas.

Características

 Cada enlace peptídico (correspondiente a dos aminoácidos contiguos) mantiene dos

puentes de H2, de la siguiente manera:
 El grupo amida de este enlace peptídico mantiene un
puente de H2 con el oxígeno del C’ (que media el
enlace peptídico) cuatro residuos por atrás.
 El oxígeno unido al C’ de este enlace peptídico
mantiene un puente de H2 con el grupo amida del
enlace peptídico cuatro residuos por adelante.
 La distancia entre puentes de H2 queda comprendida
entre 13 átomos.
 Disposición helicoidal dextrógira
 Cada vuelta (360º) está formada por 3.6 residuos (lo que
supone que un residuo gira con respecto al otro unos 100º
aprox.)
 La distancia entre vuelta y vuelta es de 0.54 nm.

Propiedades

 Los grupos radicales quedan expuestos al exterior de la hélice-

α, dotando de diferentes propiedades al péptido según sus radicales sean:
 Polares: grupos con carga neta positiva, negativa o simplemente con densidades
de carga darán lugar a péptidos miscibles en disolventes polares.

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  Apolares: grupos sin carga neta ni densidades de carga que los hace inmiscible en
disolventes polares.
 El péptido presenta polaridad, puesto que en una de sus extremos presenta un grupo
amino (carga +) y en el otro un grupo carboxilo (carga negativa).

Restricciones

 Sus grupos radicales pueden suponer verdaderos inconvenientes a la hora de formar una
hélice- α debido a:
 Efectos estéricos (algunos demasiados voluminosos).
 Repulsiones o atracciones electrónicas o electroestáticas.
 Presencia de aminoácidos que restringen (Pro) o que los incrementan (Gly) los
ángulos.

Lámina-β

Resulta también bastante abundante, y junto con la hélice- α es una de las disposiciones
secundarias más socorridas en la naturaleza.

Características

 Consiste en la unión por puentes de H2 de varias cadenas polipeptídicas alineadas en un

plano, al cual llamamos lámina-β.
 Estas cadenas polipeptídicas presentan un plegamiento zig-zagueante sobre el eje lineal,
que minimiza las perturbaciones entre los grupos radicales favoreciendo la forma trans-.
 Podemos diferenciar distintas láminas-β según la orientación (sentido) de sus cadenas
polipeptídicas:
o Paralelas.- La orientación de las cadenas es siempre la misma.
o Antiparalelas.- La orientación de las cadenas se alternan en direcciones opuestas.

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Tipos

Como comentamos en el apartado anterior, podemos distinguir entre:

PARALELAS

 Los puentes de H2 se dan entre el oxígeno del C’ del enlace peptídico de una cadena, y
el –NH- del enlace peptídico de otra cadena con la misma orientación. Sin embargo, el
puente de H2 no es completamente perpendicular al eje.
 Entre una cadena y otra hay una distancia de 0.32 nm.

ANTIPARALELA

 En este caso particular, los componentes que forman el puente de H2 se encuentran

perfectamente alineados, por lo que sus puentes coincidirán con el eje perpendicular
al de la dirección de las cadenas polipeptídicas.
 Entre una cadena y otra hay una distancia de 0.34 nm.

Propiedades

 Este motivo tan sólo se da en cadenas polipeptídicas que contienen aminoácidos cuyos
grupos radicales son de tamaño reducido.

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  En el caso de las paralelas, sí que presentan una polaridad, debido a que los grupos –
NH2 terminal están en el mismo extremo de la lámina-β y los grupos –COOH en el
extremo opuesto.

Paralela Antiparalela

Giro-β

Es también común la presencia de esta disposición secundaria en las proteínas, pero su

proporción no suele ser demasiado elevada.
Características

 Consiste en regiones muy limitadas en cuanto a número de aminoácidos, dentro de

una cadena, en la que se produce un cambio brusco en la dirección de la cadena, que
suele significar un cambio de dirección (giro de 180º).
 Está mediado por un puente de H2 entre el oxígeno del C’ y el –NH- de un residuo
situado tres posiciones por delante o por detrás.
 Un elemento que casi siempre está presente es la Gly, ya que su reducido grupo
radical (-H) le permite una amplia variabilidad de ángulos.

Tipos

Diferentes tipos según la presencia o no de la Gly:

 Tipo I: no mediado por Gly, sino por otros que permiten ampliar los ángulos.
 Tipo II: mediado por Gly.

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2.3.- Estructuras supersecundarias

Deficición

En la mayoría de los casos, las proteínas presentan regiones concretas de su totalidad

que tienen impresionante parecido con las encontradas en otras proteínas distintas. Estas
regiones tremendamente similares están compuestas por diferentes disposiciones
secundarias, alternándose entre sí, que reciben como nombre general, motivo o estructura
supersecundaria.

Tipos

Sólo nos limitaremos a presentarlas:

Unidad αβ Meandro β Unidad αα Barril β Llave griega

2.4.- Relación entre motivo, dominio y función

 Un motivo es la asociación de varias estructuras secundarias, con cierta relación con

una función específica.
 Un dominio está formado por más de un motivo que es capaz de realizar una función
específica, que en algunos casos puede llegar a la categoría de proteína, debido a su
independencia funcional. Sin embargo, la mayoría de las veces son unidades
globulares de proteínas con más de un dominio.
 Una proteína está formada por uno o varios dominios, acoplando una función o
diversas respectivamente.

Una proteína  Uno o varios dominios  Varios motivos  Varias estructuras secundarias

3.- Estructura terciaria

3.1.- Definición

La estructura terciaria es la disposición tridimensional que adopta una proteína como

resultado de las múltiples interacciones que mantienen entre sí los grupos radicales tanto de
aminoácidos próximos como de aquellos más alejados. Como vemos, aquí juegan un papel
importante la naturaleza de los grupos radicales de los aminoácidos, así como la localización

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que tengan en la cadena polipeptídica, es por ello que se afirma que la estructura primaria
define en gran medida la estructura terciaria.

3.2.- Interacciones que estabilizan estructura terciaria

Entre las interacciones que hacen posible la estructura terciaria encontramos los
siguientes:

 INTERACCIONES DÉBILES (NO COVALENTES):

 Interacciones electrostáticas: en el que las especies participantes tienen cargas
opuestas que se ven atraídas.
 Interacciones hidrofóbicas: se establecen entre grupos apolares con el objetivo de
minimizar la superficie de contacto con el disolvente polar, de tal manera que es
energéticamente más bajo permanecer unidas entre sí.
 Puentes de H2: se producen principalmente entre especies que presentan
densidades de cargas internas, aunque su carga neta sea nula. En este caso
siempre va a participar el –H, que destaca por una densidad de carga positiva (δ+)
y otro átomo con densidad de carga negativa (δ-) que sienta por el –H una
atracción nucleofílica.
 Fuerzas de Van der Waals: en este caso son interacciones de carácter transitorio,
que son el resultado de la cinética de los electrones en los orbitales. Cuando un
electrón se desplaza por un orbital, crea densidades de carga parciales atómicas,
pudiéndose identificar en un período muy breve de tiempo un dipolo que
interacciona con el átomo contiguo induciéndole un dipolo (esto se puede deber a
que el e- de un átomo se acerca al del otro produciéndose una repulsión). Como se
puede apreciar, la magnitud de la fuerza de atracción y duración es ínfima, pero al
ser un proceso tan rápido y debido al constante movimiento de los e -, estas
atracciones transitorias se pueden dar en un número exorbitado de veces por
unidad de tiempo.

Aunque la ΔH0 es, con creces, menos que las interacciones fuertes, el cúmulo de
muchas interacciones débiles llega a ser decisivo a la hora de mantener la estructura
terciaria de una proteína. Además, al ser fáciles de romper estas interacciones, dota de
cierta flexibilidad a la proteína, propiedad muy importante en enzimas a la hora de
cambios de conformación.

 INTERACCIONES FUERTES (COVALENTES):

 Puentes disulfuro: formado entre aminoácidos de Cys, cuyos radicales son -
CH2SH.

Aunque ΔH0 es mucho mayor que en la caso de las interacciones débiles, se da un

mucha menos proporción ya que dotan de excesiva rigidez a las proteínas, hecho que
en la mayoría de los casos la perjudica.

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3.3.- Características

 La estructura terciaria tiende a ser extremadamente compacta, apenas percibiéndose

oquedades en el interior de la estructura. Debido a esta característica, toda proteína
con estructura terciaria posee una morfología globular.
 Destaca la presencia de aminoácidos polares en la superficie externa de las proteínas
con estructura terciaria, que se relacionan con el agua mediante puentes de H2
(hidrofílicos), mientras que en su región interna la constate es la presencia de
aminoácidos apolares (hidorfóbicos). Con ello consiguen ser miscibles en disolventes
polares.
 Es sorprendente la relación que existe entre proteínas globulares y enzimas, siendo
todas las enzimas proteínas globulares y gran parte de las proteínas regulares son
proteínas, por lo que es común que se usen como sinónimos.
 Es por ello que resulta bastante usual encontrar una región de interacción con el
sustrato, llamada centro activo. El centro activo suele estar ligeramente aislado del
medio, siendo un pequeño surco protegido por expansiones de la superficie, delimitan
la cavidad o bolsa del centro activo. Es necesario protegerla debido a que es una
región muy sensible y específica, con lo que una interacción inadecuada con el medio
podría provocar pérdida de la funcionalidad.

3.4.- Relación con entre morfología y función

Las proteínas con una estructura terciaria definida poseen ya un carácter funcional, al
estar todas sus regiones preparadas y correctamente plegadas para establecer interacciones
con sus respectivos sustratos.

En la estructura terciaria, la cadena polipeptídica ha perdido casi totalmente su

capacidad para mantener interacciones, ya que sus enlaces peptídicos están perfectamente
unidos (estructura primaria); los componentes de los enlaces peptídicos ya han establecidos
los puentes de H2 entre sí (estructura secundaria); y los grupos radicales se encuentran unidos
formando la estructura terciaria. Sólo una reducida porción de los grupos radicales se

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encuentra sin enlazar, para poder interaccionar con el sustrato o con otro elemento que le
ayude a establecer contacto con su sustrato.

Sin embargo, es posible observar cómo dos proteínas con funciones bastantes
similares poseen una estructura terciaria muy parecida. Percátese que en la mayoría de las
ocasiones este parentesco se limita a la morfología y no a la secuencia de aminoácidos, por lo
que la estructura primaria no siempre es indispensable para el correcto plegamiento de una
proteína funcional. De hecho, se suele conservar más en la naturaleza, la morfología de una
proteína que su secuencia, ya que es ésta la tiene el papel crítico a la hora de mantener
contacto con sus sustratos, además que muchos aminoácidos poseen las mismas propiedades,
por lo que son intercambiables entre sí.

Es aquí cuando ya podemos relacionar evolutivamente unas proteínas con otras,

concediendo mayor importancia a la disposición tridimensional que a la secuencia de
aminoácidos. De este modo, agrupamos las proteínas en familias (con una coincidencia
morfológica casi perfecta y función similar; y un porcentaje de similitud de secuencia).
También es posible agrupar estas familias en categorías más elevadas en las que sean
imprescindible la función que realizan y la presencia de dominios comunes.

4.- Estructura cuaternaria

4.1.- Definición

4.2.- Características

4.3.- Distribución

-Cuadrados

-Cilíndricos

-Icosaédricos

5.- Clasificación de proteínas

5.1.- Según composición

-Proteínas simples

-Proteínas conjugadas

5.2.- Según conformación (morfología)

-Proteínas fibrosas (insolubles)

-Proteínas globulares (solubles)

6.- Ejemplos proteínas fibrosas

6.1.- Colágeno

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 -Composición

-Estructura 2ª y 4ª

-Formación

-Propiedades

6.2.- α-queratina

6.3.- Fibroína

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