Chap.

1: L'eau, élément fondamental

3. BIOLOGIE DE L'EAU

3.1.
L'EAU ET
utilisables à n'importe quel moment,
LE MÉTABOLISME constituant ainsi une énergie potentielle.
CELLULAIRE Les cellules hétérotrophes, au contraire,
sont incapables de faire la synthèse de tous
C'est dans le milieu extérieur où elle vit que les facteurs de croissance et utilisent des
la cellule va chercher les substances substances nutritives qu'elles dédoublent et
indispensables, appelées encore métabolites "oxydent" exothermiquement en matériaux
essentiels, nécessaires au maintien du plus simples: l'énergie libérée (énergie
rythme de ses activités. cinétique) au cours de ces réactions
Certaines cellules sont capables d'en chimiques servira aux besoins de la cellule
effectuer la synthèse à partir d'éléments (croissance, locomotion, reproduction).
minéraux; elles transforment l'eau, le gaz On désigne par métabolisme l'ensemble des
carbonique et les sels minéraux en leur diverses réactions énergétiques, en
propre substance d'une grande complexité réservant le nom d'anabolisme lorsqu'il y a
moléculaire. Ce sont les cellules gain d'énergie potentielle (réaction
autotrophes qui prennent l'énergie endothermique) donc synthèse de matière
nécessaire dans le milieu extérieur (énergie vivante, et de catabolisme lorsqu'il y a gain
lumineuse ou énergie chimique provenant d'énergie cinétique (réaction exothermique)
de la transformation de certains radicaux donc dégradation de la matière nutritive.
minéraux) et synthétisent des réserves

L'étude des sources d'énergie peut donc phénomènes d'oxydose réduction dans
se ramener à l'analyse de la les fermentations.
photosynthèse et à celle des
 3. Biologie de l'eau
. Anabolisme
a) Photosynthèse
C'est le cas typique de la fabrication des
glucides par les végétaux à partir du CO2 de
l'atmosphère et de l'eau de la sève brute avec
intervention de l'énergie solaire et en
présence de chlorophylle qui peut se résumer
par la relation globale
Ce processus biologique est quantitativement
le plus important dans la nature.
b) Oxydo-réduction minérale
D'autres organismes autotrophes ne peuvent
utiliser, faute de pigments fixateurs, l'énergie
solaire; ils trouvent dans les phénomènes
d'oxydo-réduction de corps minéraux
l'énergie nécessaire à leur existence. On citera
les bactéries du genre Nitrosomonas qui
oxydent l'ammoniaque en nitrites, celles du
genre Nitrobacter qui transforment les nitrites
en nitrates, les bactéries ferrugineuses et
manganifères qui oxydent les bicarbonates
ferreux et manganeux en hydroxydes
ferriques et manganiques, les bactéries
sulfureuses qui transforment l'hydrogène
sulfuré en soufre colloïdal, les bactéries
sulfato-réductrices qui réduisent les sulfates
en H2 S et les thiobacilles qui oxydent ce
dernier en acide sulfurique.
3.2. L'EAU, SIÈGE DE VIE
MICROBIENNE
La science médicale et biologique a reconnu
le rôle joué par l'eau dans l'apparition et la
transmission de certaines maladies. Ceci a
conduit à la découverte et à l'identification
d'un ensemble d'organismes unicellulaires
. Catabolisme. Processus de fermentation
Le processus de dégradation des aliments
cellulaires, ou catabolisme, implique la
formation d'eau ou l'intervention des
molécules d'eau dans des réactions d'oxydo-
réduction organiques au cours desquelles est
utilisée l'énergie chimique que comporte toute
substance nutritive.
Les termes aérobie et anaérobie caractérisent
le type de dégradation qui est, en fait, une
déshydrogénation au sein de la cellule
hétérotrophe. Si l'hydrogène se combine à
l'oxygène moléculaire, le processus est dit
aérobie. Si le processus implique, au
contraire, le transfert de l'hydrogène du
composé déshydrogéné à un accepteur
d'hydrogène autre que l'oxygène moléculaire,
il est anaérobie. D'où les notions de bactéries
aérobies strictes, anaérobies strictes et
anaérobies facultatives.
La décomposition (aérobie ou anaérobie) des
substances organiques est assurée par des
enzymes sécrétées par les organismes. Ce
sont des protéines complexes possédant un
arrangement spatial précis et auxquelles les
molécules organiques ou substrat peuvent
venir se fixer.
La spécificité des enzymes est liée à leur
structure spatiale.
Le processus de dégradation biologique
conduit, selon que l'on se place en aérobiose
ou en anaérobiose, à des produits de
dégradation ultime différents (voir page 286).
présents dans l'eau. Ceux qui sont
responsables de maladies pathogènes sont très
peu nombreux par rapport à la population
microbienne totale. D'autres sont utilisés à des
fins de production (métabolites...). Dans l'eau,
les bactéries jouent un rôle particulièrement
important
 Chap.1: L'eau, élément fondamental

Comme toutes les cellules vivantes, la composition du complexe enzymatique

cellule bactérienne comprend un noyau sécrété par la bactérie. Des variations
comportant principalement les importantes dans les caractéristiques du
chromosomes rassemblés dans la milieu peuvent entraîner une sélection des
chromatine et constitués par l'acide espèces.
désoxyribonucléique (ADN). Le noyau
commande la reproduction, conserve le
patrimoine génétique de la cellule sous
forme codée et pilote au moyen d'ARN
(acide ribonucléique) la synthèse des
protéines et particulièrement des enzymes
(celle-ci se produit dans le cytoplasme,
gelée comportant des grains d'ARN, des
ribosomes, ainsi que des organites divers:
mitochondries, lysosomes, etc. au rôle
bien défini.) La cellule est entourée d'une
membrane rigide qui donne sa forme à la
bactérie. Des cils ou flagelles existent
dans le cas des espèces mobiles (fig. 5). Les bactéries, selon la température optimale
Le rapport surface/volume est plus élevé pour leurs enzymes, peuvent être classées
que chez les autres organismes. Or, le
en thermophiles (température supérieure à
taux de métabolisme s'élève avec ce 40 °C), en mésophiles (température voisine
rapport une bactérie est plus active que les de 30 °C), en psychrophiles (de 0 à 15 °C)
organismes plus ordonnancés. La vitesse
et en cryophiles (de - 5 à 0 °C),
de reproduction est fonction de la Certaines espèces bactériennes peuvent
concentration en matières nutritives du présenter une forme particulière par
milieu. Dans les meilleurs cas, on a pu
sporulation : les spores qu'elles engendrent
observer une division cellulaire en 15 à 30 sont des cellules de vie ralentie d'une
minutes; parfois, elle nécessite plusieurs constitution telle qu'elles résistent
jours. Cette vitesse dépend de la
beaucoup mieux à la chaleur, à la
température. sécheresse, par exemple. Lorsque les
Les bactéries ne vivent que dans des conditions redeviennent normales, les
milieux répondant à certaines
spores germent et redonnent des bactéries
caractéristiques: teneur en eau, pH, actives.
salinité, potentiel d'oxydo-réduction, Une culture bactérienne complexe peut
température. Le potentiel d'oxydo-
s'adapter par sélection et mutation â des
réduction favorable est assez variable changements lents de la composition du
suivant que les bactéries travaillent en substrat dont elle se nourrit.
aérobiose ou en anaérobiose. Ces
conditions sont en relation étroite avec la

Pour les organismes hétérotrophes, les

3.3. principaux substrats nutritifs sont les
SUBSTANCES NUTRITIVES protides, les glucides et les lipides.
Les protides, constituants les plus
3.3.1. Substrats carbonés importants de la matière vivante, sont à
 3. Biologie de l'eau
la base de la matière protoplasmique et
cytoplasmique. Ils sont constitués par un
assemblage de corps simples: les acides
aminés. Un acide aminé est une substance
présentant dans sa molécule un ou plusieurs
groupements acides COOH et un ou
plusieurs groupements aminés NH2 liés au
même atome de C
Les protides se comportent comme des
acides ou des bases suivant le pH du milieu
dans lequel ils se trouvent placés. Les
fonctions acides et amines peuvent se fixer
les unes sur les autres et former des
macromolécules à longue chaire dont la
masse molaire peut atteindre des valeurs
élevées (50 000 et plus). Selon cette masse,
on distingue les peptides, les protéines
simples et les protéines conjuguées.
Les glucides étaient désignés autrefois sous
le nom de sucres, en raison de la saveur du
plus simple d'entre eux ou sous le nom
d'hydrates de carbone parce qu'ils
répondent à la formule générale Cm (H2 0)n .
Par leur abondance dans les tissus
végétaux, ce sont les aliments usuels des
organismes hétérotrophes.
Ils existent sous forme non hydrolysable
(oses, tels que le glucose) ou hydrolysable
(osides, tels que l'amidon, la cellulose et le
glycogène).
Les lipides, simples ou complexes, sont des
esters d'acides gras et d'alcools plus ou
moins complexes. Ils sont généralement
insolubles et peuvent s'émulsionner dans
l'eau. Ils constituent chez les végétaux
comme chez les animaux un important
matériel de réserve pour couvrir leurs
besoins énergétiques.
Dans certaines conditions, les organismes
hétérotrophes peuvent s'adapter à la
consommation d'autres substrats
organiques tels que alcools, phénols,
aldéhydes, hydrocarbures, etc.
Les organismes autotrophes peuvent
synthétiser leur propre substance à partir
d'une source de carbone pouvant être du
gaz carbonique, du méthane, etc.
3.3.2. Azote, Phosphore et Oligo-éléments
Outre les substances nutritives mentionnées
précédemment, la croissance des
organismes bactériens (autotrophes ou
hétérotrophes) nécessite la présence
d'éléments minéraux indispensables,
certains à l'état de traces.
L'azote et le phosphore représentent un
pourcentage non négligeable de la masse
bactérienne. Les valeurs moyennes
suivantes peuvent être indiquées :
N : 7 à 10% P : 2 à 3%
Leurs rôles sont multiples dans la cellule
(structure, métabolisme) mais le phosphore
intervient principalement dans les
mécanismes de stockage ou de libération
d'énergie. Cette réserve énergétique se situe
dans les liaisons P - P existant dans des
molécules particulières: les Adenosine
mono, di et triphosphates (AMP, ADP,
ATP).
La libération d'énergie se fait par rupture de
la liaison P - P conduisant ainsi de l'ATP à
l'ADP et à l'AMP. Le potentiel énergétique
par molécule est le suivant
Les oligo-éléments proprement dits sont
principalement des cations ou des anions.
Des concentrations de l'ordre du
microgramme par litre dans les milieux de
croissance sont amplement suffisantes
 Chap. 1: L'eau, élément fondamental

pour répondre aux besoins cellulaires. Ces Le besoin en ces éléments est commun à
éléments deviennent rapidement toxiques à tous les groupes bactériens mais certains
des teneurs plus élevées. Ils contrôlent de sont très spécifiques de telle ou telle famille
nombreux phénomènes dans la cellule bactérienne. Ainsi le nickel est
comme le gradient ionique spécifiquement lié aux enzymes contrôlant
transmenbranaire (Na +), ils interviennent la méthylation de l'acétate chez les
aussi pour structurer certaines macro- bactéries méthanogènes et donc
molécules associés à des complexes indispensable au bon fonctionnement de la
enzymatiques. fermentation méthanique.