Ленинджер
ОСНОВЫ
БИОХИМИИ
А. Ленинджер
ОСНОВЫ БИОХИМИИ
1-767
Albert L.Lehninger
PRINCIPLES
The Johns Hopkins University
School of Medicine
Перевод с английского
канд. физ-мат. наук В. В. Борисова,
канд. биол. наук М. Д. Гроздовой
и
канд. мед. наук С. Н. Преображенского
под редакцией
акад. В. А. Энгельгардта
и
проф. Я. М. Варшавского
Ленинджер А.
Л44 Основы биохимии: В 3-х т. Т. 1. Пер. с англ.-М.: Мир,
1985.-367 с., ил.
Имя крупного американского биохимика А. Ленинджера уже известно советским читателям по
его книге «Биохимия», выпущенной в русском переводе издательством «Мир» в 1974 г. Новая
книга представляет собой фундаментальное учебное пособие, предназначенное для изучения ос
нов биологической химии.
Главная задача автора - объяснение молекулярной логики биологических систем, позволяющей
понять основы функционирования живых организмов. В русском переводе книга выходит в грех
томах.
Первый том посвящен молекулам, образующим химическую основу живой природы. Последо
вательно рассмотрены следующие вопросы: роль воды в организме, структура и функции ами
нокислот, пептидов, белков, ферментов, витаминов, микроэлементов, углеводов и липидов.
Предназначена для биологов разных специальностей, медиков, а также студентов и всех лиц, ин
тересующихся молекулярными основами процессов жизнедеятельности.
2001040000-218 ББК 28.072
сводный план 1985 г.
041(01)-1985 57.04
§
1982 by Worth Publishers, Inc.
Перевод на русский язык, «Мир», 1985
ПРЕДИСЛОВИЕ РЕДАКТОРОВ ПЕРЕВОДА
Имя автора «Основ биохимии», круп важных задач, стоящих перед химиками,
ного американского ученого и педагога, физиками и инженерами. Но все же
профессора Университета Дж. Гопкинса главное значение вводного курса биохи
Альберта JI. Ленинджера хорошо из мии определяется тем местом, которое
вестно советскому читателю по русским занимает комплекс биологических наук
переводам его учебника биохимии в современном естествознании, и той
и книг по биоэнергетике, получившим ролью, которую должна играть биоло
широкое распространение и признание гия в научном воспитании молодых лю
в нашей стране. дей. Только знание биологических зако
Главная цель, которую поставил нов поможет им в полной мере оценить
перед собой А. Ленинджер при написа значение важнейшей проблемы, стоящей
нии этого нового учебника, состояла не сейчас перед человечеством,-сохранения
столько в том, чтобы сообщить читате живой природы и здоровья людей. По
лю конкретную информацию о структу нимание этих законов должно стать до
рах и механизмах, обеспечивающих стоянием не только специалистов био
функционирование живых организмов логического профиля, но и всех образо
(хотя такая информация составляет ос ванных и мыслящих людей.
новное содержание книги), сколько Особое значение в этой ситуации при
в том, чтобы разъяснить ему общие обретает, естественно, задача создания
принципы, лежащие в основе процессов руководства по биохимии, в котором ма
жизнедеятельности. Совокупность этих териал излагался бы в ясной и доходчи
принципов автор называет «молекуляр вой форме, но вместе с тем на высоком
ной логикой живого». Эта цель А. Ле научном уровне. Это задача исключи
нинджера вытекает из его обшей точки тельной трудности. Тем не менее А. Ле-
зрения на роль биохимии в системе со нинджеру, как нам кажется, удалось ре
временного образования, к которой он шить ее-написанная им книга «Основы
пришел в последние годы. По мнению биохимии» является великолепным
А. Ленинджера, наступило время, когда учебным пособием, удовлетворяющим
вводный курс биохимии должен быть самым строгим требованиям. Важное до
включен в программу не только биоло стоинство книги состоит в систематично
гических и медицинских, но и других сти и четкости изложения материала, ха
факультетов высших учебных заведений. рактеризующих автора как прекрасного
Обоснованием этой далеко не общепри педагога,-его язык лаконичен, все фор
нятой и на первый взгляд даже неожи мулировки ясны и продуманны, внима
данной точки зрения может служить то, ние читателя постоянно обращено на ос
что вводный курс биохимии позволил новные принципы, а не на второсте
бы студентам понять молекулярные ос пенные детали. Заслуживает похвалы
новы жизни и составить благодаря это и высокий научный уровень книги - в ней
му ясное представление о тех кон учтены самые последние достижения
кретных путях, которыми живая приро биохимии и смежных наук (вплоть до
да решает целый ряд практически 1981-82 гг.).
6 ПРЕДИСЛОВИЕ РЕДАКТОРОВ ПЕРЕВОДА
ПРЕДИСЛОВИЕ
Книга «Основы биохимии» адресована тех, кому предстоит впервые познако
в первую очередь студентам, впервые миться с этим предметом. Кроме того,
приступающим к изучению биохимии. известно, что при переиздании учебников
Это новая книга, а не просто осовреме их структура обычно усложняется,
ненный вариант моих прежних учебников а текст становится более насыщенным,
«Биохимия» (1970, 1975) и «Краткий курс и в результате нередко исчезает та яс
биохимии» (1973). Первоначально я наме ность изложения, которая обеспечивала
ревался подготовить новые издания этих успех первым изданиям. По-видимому,
учебников, но постепенно убеждался лучше всего попытаться написать учеб
в том, что едва ли они будут соответство ник заново.
вать поставленным целям. В самом деле, Одно время я считал, что биохимию
первое издание «Биохимии», опублико следует преподавать студентам старших
ванное в 1970 г., предназначалось курсов после тщательного изучения ими
главным образом для студентов, ко химии и биологии. Сегодня я придержи
торым предстояло прослушать первый и, ваюсь другой точки зрения. Преподава
может быть, единственный в своей жизни ние биохимии нужно начинать гораздо
курс биохимии. Когда учебник был пере раньше, поскольку она объединяет все
издан в 1975 г., его объем увеличился бо науки о живом и ее изучение способ
лее чем на 20? „. Если бы при подготовке ствует лучшему пониманию любой обла
третьего издания я сделал бы аналогич сти биологии. И не только биологии-
ную попытку включить в него новые до преподавание начального курса биохи
стижения биохимии, то объем книги со мии студентам химических и физических
ставил бы не менее 1500 страниц. факультетов дает возможность на увле
Разумеется, такой учебник мог бы сы кательных примерах пояснить, как
грать важную роль в преподавании био в живых организмах решаются неко
химии, однако он не вполне отвечал бы торые фундаментальные проблемы,
потребностям той студенческой аудито стоящие перед физикой и химией.
рии, для которой преимущественно была В более широком плане студенческий
написана «Биохимия». «Основы биохи курс биохимии вносит также вклад в под
м и и »-это возвращение к моей первона готовку молодежи к будущему, связанно
чальной цели; если угодно, это возрожде му с постоянно возрастающим беспокой
ние первого издания «Биохимии», дати ством о здоровье и благополучии всего
руемое 1982 годом. человечества. Поразительные успехи
Дело не только в объеме книги. Насту биохимической генетики и генетической
пило время, когда один учебник биохи инженерии наряду с социальными по
мии уже не может ответить каждому сту следствиями их использования уже стали
денту на все вопросы. Полный курс, предметом широкого общественного
содержащий описание всех аспектов со внимания и интереса. Мы становимся
временной биохимии на таком уровне, также свидетелями того, как рост наро
который удовлетворял бы студентов, донаселения, а соответственно и увеличе
специализирующихся в области биохи ние потребностей в продуктах питания,
мии, безусловно, производил бы отпуги сырье и энергии нарушают тонко сбалан
вающее впечатление на большинство из сированные экологические равновесия
8 ПРЕДИСЛОВИЕ
БИОМОЛЕКУЛЫ
Около 20 миллиардов лет назад про сти. Эти соединения, называемые биомо
изошел сверхмощный взрыв, и все про лекулами, играют роль строительных
странство заполнилось раскаленными блоков при образовании биологических
субатомными частицами с очень высокой структур; они были отобраны в ходе био
энергией. Так возникла Вселенная. По логической эволюции благодаря их при
степенно, по мере остывания Вселенной, годности к выполнению строго опреде
из этих элементарных частиц сформиро ленных функций в живых клетках. Во всех
вались положительно заряженные ядра, организмах эти соединения одинаковы.
к которым стали притягиваться отрица Биомолекулы связаны между собой
тельно заряженные электроны. Таким пу и взаимодействуют в соответствии с пра
тем образовалось около сотни или не вилами «молекулярной игры»-молеку
сколько более химических элементов. Все лярной логики живого состояния. Раз
атомы, присутствующие сегодня во Все меры, форма и химические свойства
ленной, в том числе и атомы, входящие биомолекул позволяют им не только слу
в состав живых организмов, возникли жить строительными блоками при созда
в результате этого «большого взрыва», нии сложной структуры клеток, но и уча
так что и мы, люди, и вообще все живые ствовать в непрекращающихся процессах
существа созданы из звездной пыли. превращения энергии и вещества. Биомо
Простые органические соединения, из лекулы следует рассматривать, таким
которых построены все организмы, при образом, с двух точек зрения-химиче
сущи лишь живой природе и в совре ской и биологической. Биохимия-это су
менных земных условиях являются про перхимия, т. е. химия наиболее высокоор
дуктами только биологической активно ганизованной материи.
Рис. 1-1. Некоторые характерные особенности ство, которое можно считать поистине
живой материи - «признаки жизни». А. Попе квинтэссенцией живого состояния. Из
речный срез фотосинтезирующей клетки, на ко
тором видна ее тонкая и сложная структура:
вестные нам смеси веществ, входящие
темные образования - это хлоропласты, содер в состав неодушевленных предметов, не
жащие тысячи молекул хлорофилла, ориентиро проявляют способности к росту и вос
ванных так, чтобы они могли улавливать со произведению, обеспечивающему сохра
лнечную энергию. Б. Длинный хоботок бабочки
бражника в результате длительной биологиче нение из поколения в поколение оди
ской эволюции оказался приспособленным к из наковой формы, массы и внутренней
влечению нектара из цветков с длинным растру структуры этих предметов.
бом. В. Дельфины, питающиеся мелкой рыбой,
преобразуют химическую энергию пищевых
продуктов в мощные импульсы мышечной энер 1.2. Биохимия стремится
гии. Г. Биологическое сомовоспроизведение понять природу живого
происходит с почти идеальной точностью.
состояния
рушается и со временем переходит Мы можем спросить теперь: если
в неупорядоченное состояние; при этом живые организмы состоят из безжиз
устанавливается равновесие с окружаю ненных молекул, то почему же тогда жи
щей средой. вая материя столь радикально отличает
Но самая поразительная особенность ся от неживой, которая тоже состоит из
живых организмов-это их способность неодушевленных молекул? Почему жи
к точному самовоспроизведению-свой вой организм представляет собой нечто
14 ЧАСТЬ 1. БИОМОЛЕКУЛЫ
\ и
♦н
тов атмосферным кислородом. Обра
зующийся в результате углекислый газ
и другие продукты окисления возвра
I
4Не
+
ТерМ'Щдоь
иый синтез
щаются в окружающую среду и снова
вовлекаются растениями в круговорот
веществ. Это дает нам основание сфор
мулировать еще два принципа молеку
лярной логики живого состояния.
Позитроны Энергетические потребности всех
живых организмов прямо или косвенно
hv удовлетворяются за счет солнечной
энергии.
ского действия, а также способны рабо стием, в живой клетке может одновре
тать в относительно мягких условиях - менно протекать множество различных
при умеренной температуре и физиоло химических реакций; при этом не возни
гической концентрации водородных ио кает никакой опасности, что клетка по-
нов. В присутствии ферментов за какие- грязнет в месиве бесполезных побочных
то секунды протекают сложные после продуктов.
довательности реакций, для проведения Сотни протекающих в клетке химиче
которых в химической лаборатории по ских реакций, катализируемых фермен
требовались бы дни, недели или месяцы тами, организованы в виде множества
работы. Кроме того, реакции, катализи различных последовательностей идущих
руемые ферментами, идут со 100%-ным друг за другом реакций. Такие последо
выходом и без образования побочных вательности могут состоять из несколь
продуктов. В то же время известно, что ких реакций-от 2 до 20 и более. Одни
реакции, которые проводят в лаборато из этих последовательностей фермента
рии химики-органики, почти всегда со тивных реакций приводят к расщепле
провождаются образованием одного нию органических пищевых продуктов
или нескольких побочных продуктов. на более простые соединения, причем
Поскольку каждый фермент способен в процессе такого расщепления из них
ускорять лишь какую-то одну цепь ре извлекается химическая энергия. Другие
акций данного соединения, не влияя на последовательности реакций, требую
другие возможные реакции с его уча- щих затраты энергии, начинаются
с малых молекул-предшественников, ко
А торые постепенно соединяются друг
с другом и образуют крупные
Е, и сложные макромолекулы. Все эти це
>/ пи взаимосвязанных ферментативных
В реакций, составляющих в совокупности
клеточный метаболизм, имеют множе
Е* ство узловых точек.
>/
С 1.6. Клетки используют
Е3
1 нер1 ию в химической форме
Живые клетки улавливают, сохра
ь
D няют и передают энергию в химической
форме, главным образом в виде энер
гии, заключенной в молекулах аденозин-
трифосфата (АТР). Именно АТР слу
ь
Е жит главным переносчиком химической
энергии в клетках всех живых организ
мов. АТР может передавать свою энер
гию некоторым другим биомолекулам,
F теряя при этом концевую фосфатную
группу; в результате богатая энергией
1* молекула АТР превращается в энергети
чески обедненную молекулу аденозинди-
ь
G фосфата (ADP). В свою очередь ADP
может снова соединиться с фосфатной
группой и превратиться в АТР либо за
счет солнечной энергии (в фотосинтези
р рующих клетках), либо за счет химиче
Рис. 1-6. Ферменты часто катализируют после ской энергии (в животных клетках). АТР
довательно протекающие химические реакции. служит главным связующим звеном ме-
ГЛ. 1. БИ О Х И М И Я-М О Л ЕКУ Л ЯРН А Я ЛОГИКА ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ
\ 'Н .
I
С. N
0 0 о
1 1 I
хн
-Си
Р —о - р —
о
1
II II II
о о о
Чн \\/
он он
А
Рис. 1-7. Структурная формула (Л) и простран точно соответствуют требованиям жи
ственная модель {Б) аденозинтрифосфата(АТР). вой функционирующей протоплазмы
клеток данного вида. Следовательно,
жду двумя большими разветвленными катализируемые ферментами метаболи
системами ферментативных реакций ческие реакции точно отрегулированы
в клетке. Одна из этих систем сохраняет и производят лишь столько простых
химическую энергию поступающую из молекул разных видов, сколько их необ
окружающей среды, в основном путем ходимо для сборки строго заданного
фосфорилирования бедного энергией числа молекул нуклеиновых кислот, бел
ADP и превращения его в богатый энер ков, липидов или полисахаридов каждо
гией ATP. Другая же система реакций го типа. Более того, живые клетки спо
использует энергию ATP для биосинте собны регулировать синтез своих соб
за клеточных компонентов из более ственных катализаторов - ферментов.
простых предшественников, выполнения Например, клетка может «выключить»
механической работы сократительных синтез фермента, необходимого для
и двигательных аппаратов, а также для производства какого-либо продукта из
Биосинтез
Солнечная
энергия I К . Движение
А Г > клеток Рис.-1-8. АТР -это переносчик химической
Энергия пита энергии, связывающий источники энергии с вну
тельных ве Транспорт че триклеточными процессами, требующими за
ществ рез мембраны
A D P +■ Р С * траты энергии.
♦
♦i
ЩшЛы..я
(
4I
I
*
Г
Линейный
код ДНК
Рис. 1-10 Комплементарность между кодирую Рис. 1-11. Информация, записанная в виде ли
щими элементами двух цепей ДНК. нейной последовательности нуклеотидов
в ДНК. транслируется (т. е. переводится) в трех
мерную структуру белков.
22 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
КЛЕТКИ
Читатели могут задать вопрос: поче реакции в живых клетках протекают
му, приступая к обсуждению биохимии, в объемах, жестко ограниченных разме
мы начинаем с клеток? Конечно, неко рами клеток или их органелл, необычай
торые из вас уже, возможно, изучали био но хрупкие стенки которых часто имеют
логию клетки. Тем не менее начать толщину порядка нескольких молекул.
с клетки необходимо, потому что боль Кроме того, биохимические реакции
шинство биохимических реакций в есте осуществляются только в водной среде
ственных условиях происходит именно при сравнительно низких постоянных
в клетках, а не в колбах или пробирках. температурах. Клетки не могут перено
Основное различие между биохимией сить экстремальной температуры или
и «обычной» химией состоит в том, что давления, экстремальной кислотности
биохимические реакции протекают или присутствия соединений, обладаю
в строго ограниченных условиях, за щих высокой химической активностью.
данных размерами клеток и их внутрен В дальнейшем, рассматривая химию био
ней структурой, а также физическими логических процессов, мы всегда должны
и химическими условиями, совместимы помнить о размерах, строении и свой
ми с жизнью клеток. ствах клеток, постоянно согласуя между
Обычные известные нам химические собой представления химии и биологии
реакции проводят в реакционных сосу клетки.
дах, изготовленных из небиологических В этой главе мы остановимся на строе
материалов, причем размеры этих сосу нии и биохимических свойствах клеток
дов несопоставимо больше величины ре наиболее распространенных типов. В по
агирующих молекул. Кроме того, для следующих главах некоторые аспекты
обычных химических реакций иногда этой проблемы будут рассмотрены более
требуются высокие температуры или да подробно.
вления, активные реагенты или электри
ческая энергия; часто такие реакции про 2.1. Все клетки обладают
водят в органических растворителях. некоторыми общими
В отличие от химических биохимические структурными
характеристиками
Структура, затерявшаяся в цитоплазме клетки.
Сеть или решетка очень тонких нитей, образую К летки-это структурные и функцио
щих «основное вещество» животных клеток при нальные единицы живых организмов.
чрезвычайно большом увеличении. Обычные ме
тоды электронной микроскопии не позволяли
Простейшие организмы представляют
увидеть эту сеть - она была обнаружена лишь со собой единичные клетки; в отличие от
всем недавно благодаря новому методу высоко них организм человека содержит, по-ви-
вольтной электронной микроскопии с очень вы димому, не менее Ю14 клеток. Суще
сокой разрешающей способностью. На рисунке
показана лишь назначительная часть цито ствует множество самых разнообразных
плазмы клетки, которая буквально пронизана клеток, очень сильно различающихся по
этой сложной трехмерной сетью. размерам, форме и функциональной спе
26 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
риал локализован в довольно неупорядо другие классы бактерий также могут осу
ченном, не окруженном мембраной ядер- ществлять фотосинтез, однако они не вы
ном тельце, или нуклеоиде. Эукариотиче деляют кислород. Большинство видов
ская клетка, напротив, содержит высо бактерий не способны к фотосинтезу
коорганизованное, очень сложное ядро, и получают энергию за счет расщепления
окруженное ядерной оболочкой, состоя питательных веществ, поступающих из
щей из двух мембран. Рассмотрим те окружающей среды. Существуют 20 раз
перь прокариотические и эукариотиче личных семейств прокариот, классифика
ские клетки несколько подробнее. ция и названия которых основаны на их
внешнем виде (рис. 2-3), а также на спо
2.4. Прокариоты-самые собности к передвижению, окрашива
простые и самые мелкие нию, потреблению определенных пита-
клетки
Рис. 2-3. Классификация и названия некоторых
К прокариотам относятся около 3000 прокариот основаны на их внешнем виде. А. Ба
циллы - палочкообразные микроорганизмы,
видов бактерий, в том числе организмы, к которым относится Escherichia co/i, а также па
обычно называемые сине-зелеными водо тогенные микробы, вызывающие дифтерию,
рослями. Сине-зеленые водоросли сос столбняк и туберкулез. Б. Кокки-сферические
тавляют особое семейство бактерий, бактерии. Иногда они объединяются, образуя
пары (диплококки), группы (стафилококки) или
их современное и предпочтительное на цепочки (стрептококки; показаны на этом рисун
звание - цианобактерии («циано» - синий). ке). К коккам относятся бактерии, вызывающие
Особое положение цианобактерий объяс скарлатину, некоторые виды пневмоний и ра
няется наличием у них выделяющей кис невые инфекции. В. Спирохеты-спиралевидные,
часто очень длинные (ло 500 мкм) бактерии. На
лород фотосинтетической системы, во рисунке показаны бактерии длиной от 10 до 15
многом сходной с системой фотосинтеза мкм. К этому классу микроорганизмов относит
высших зеленых растений. Некоторые ся возбудитель сифилиса.
30 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
Клеточная Клеточная
стенка мембрана
Клеточная стенка
Чехол
Внутренние мембраны,
Липидные капельки содержащие фотосинте
Ядериое тельце
тические пигменты 2 м км
Шероховатый эндо-
плазматический
ретикулум
Лизосома
Тельце Гольджи
Ядрышко
Митохондрии
Плазматическая
мембрана
I--------------- 1
0,25 мкм
нетического материала и часто претерпе Рис. 2-7 Микрофото! рафия крысиного гепато-
вают половую конъюгацию, при которой цита (клетки печени основного типа), полученная
методом трансмиссионной электронной микро
может происходить обмен генами, эука скопии. Красным цветом выделена плазматиче
риотические формы жизни в большей ская мембрана, обладающая большой пло
степени способны к дифференцировке щадью поверхности и образующая многочис
и специализации по сравнению с прока ленные складки. Эти пальцеобразные выросты
клеточной мембраны, благодаря которым зна
риотами. Именно этим объясняется тот чительно увеличивается площадь ее поверхно
факт, что существуют миллионы раз сти, более четко видны на микрофотографии
личных видов эукариотических организ изолированного гепатоцита, полученной мето
мов, тогда как число видов прокариот не дом сканирующей электронной микроскопии
(рис. 2-20).
превышает нескольких тысяч. С другой
стороны, прокариотические организмы
значительно лучше переносят изменения
условий внешней среды и существенно 2.7. Ядро эукариот-это
быстрее размножаются, что позволяет очень сложная структура
им выживать в весьма неблагоприятных
условиях. В ядре содержится почти вся ДНК
Рассмотрим теперь более детально эукариотической клетки. Как в жи
строение и функции различных компо вотных клетках (рис. 2-7), так и в расти
нентов эукариотических клеток. тельных (рис. 2-8) ядро окружено ядер-
ГЛ. 2. КЛЕТКИ 35
Хромосома
Хроматиды
(пространство,
ограниченное внутренней
мембраной)
0,5 мкм
Рис. 2-10. Структура митохондрий. Название никли в ходе эволюции путем вторжения
митохондрий происходит от греческих слов в цитоплазму крупных прокариотических
“mitos”—нить и “chondros” - зерно или семя.
В некоторых клетках митохондрии имеют вытя
анаэробных клеток других прокариоти
нутую. почти нитевидную форму, однако в боль ческих клеток меньшего размера, спо
шинстве случаев для них характерна эллиптиче собных использовать молекулярный кис
ская или сферическая форма. На приведенной лород для окисления питательных ве
здесь электронной микрофотографии митохон
дрии из клетки поджелудочной железы видна
ществ (рис. 2-11). Вторгнувшиеся бакте
гладкая внешняя мембрана и многочисленные рии стали, таким образом, паразитами
складки внутренней мембраны - кристы. в клетках-хозяевах. В ходе дальнейшей
эволюции эти взаимоотношения при
В митохондриях содержится неболь обрели со временем характер симбиоза,
шое количество ДНК, а также РНК и ри выгодного как для хозяина, так и для па
босомы. Митохондриальная Д Н К коди разита. Сейчас мы знаем, что во время
рует синтез некоторых специфических деления клетки митохондрии тоже делят
белков внутренней мембраны. Может ся. Таким образом, не исключено, что
возникнуть вопрос: почему в митохон ДНК и рибосомы митохондрий - это по
дриях содержится ДНК? Этот вопрос томки ДНК и рибосом тех мелких бакте
привел к созданию интересной концеп рий, которые когда-то вторглись в клет
ции, согласно которой митохондрии воз- ку.
Эволюция
I Мелкая эука-
бактерия з а - Рио~ Митохондрии со
ТИЧ£*—
крепляет свои своей ДНК
Мелкая позиции как Kie-
О
бактерия внутриклеточ-ток
проникает— » |ный симбионт,
в цитоплаз Она сотрудни Двойная мембра
му клетки- чает с клеткой- на, окружающая
хозяина и хозяином,обес ядро современ
размножается печивая окисление ной эукариоти
питательных веществ
ческой клетки
38 ЧАСТЬ 1. БИОМОЛЕКУЛЫ
---------- 1
0,5 мкм
Цистерны
1 мкм
Рис. 2-12. А. Эндоплазматический ретикулум
(шероховатый) клетки поджелудочной железы
Клетки этого гипа очень активмо сишезируют
белки на рибосомах, прикрепленных к внешней
поверхности мембраны, а затем секретируют их
в цистерны. Слева видна часть митохондрии. Б.
Отдельные рибосомы и цистерны при большем
увеличении. В. Схема, иллюстрирующая ipex-
мерную структур} )ндоплазматического ретику
лума. Видно, как из узких цистерн формируются
сплошные лабиринтоподобные каналы, про
низывающие значительную часть цитоплазмы
клетки.
гл. г клетки 39
0,2 5 мкм
Рис. 2-13. А. Тельце Гольджи в цитоплазме 2.11. Лизосомы - контейнеры
амебы. Мелкие сферические пузырьки отще с гидролитическими ферментами
пляются от краев более крупных уплощенных
пузырьков. Б. Рисунок, показывающий про
Лизосомы-э т о окруженные мембра
странственное строение тельца Г ольджи.
ной сферические пузырьки, встречающие-
2Л2. Пероксисомы -
пузырьки, разрушающие
перекись водорода
Еще один тип окруженных мембраной
цитоплазматических органелл предста
вляют пероксисомы (рис. 2-14). Эти
структуры, известные также под назва
нием микротельца, несколько крупнее ли
зосом, имеют одиночную внешнюю мем
брану и содержат большое количество
белка, часто в кристаллическом виде.
Внутри этих структур заключены фер
менты, образующие и использующие
перекись водорода, откуда и происходит
их название-пероксисомы. Необычайно
токсичная для клеток перекись водорода
(Н20 2) расщепляется в пероксисомах на
воду и кислород под воздействием еще
одного содержащегося в них фермента —
каталазы. Благодаря тому что фер
менты, образующие перекись водорода,
и каталаза локализованы внутри перок-
сисом, остальное содержимое клетки за 2 5 мкм
щищено от разрушающего воздействия Рис. 2-15. Актиновые и миозиновые нити в фи-
перекисей. бробластах - специализированных клетках
соединительной ткани. А. Тонкие актиновые ни
ти, выявленные с помощью флуоресцентного
маркера. Б. Миозиновые нити, расположенные
около ядра.
ГЛ. 2. КЛЕТКИ 41
0,25 мкм
---------------------------- »
Направление движения
В
0 ,5 мкм
Рис. 2-18. Реснички и жгутики имеют одинако жении клеточной мембраны, что наблю
вое строение, но реснички значительно короче. дается, например, у амебы.
Пары микротрубочек окружены выступающими
за пределы клетки цитоплазмой и клеточной
мембраной- Скольжение и закручивание микро 2.17. В цитоплазме
трубочек относительно друг друга, стимулиро
ванные АТР, вызывают волнообразные движе
содержатся также
ния жгутиков. А. Параллельно расположенные гранулярные тельца
микротрубочки ресничек на продольном срезе.
В- Поперечный срез ресничек. Видна структура В цитоплазме эукариот содержатся
9 + 2, образованная девятью парами или де также гранулярные элементы, не отгра
вятью двойными микротрубочками, располо ниченные мембранами. Главные из них —
женными вокруг двух центральных трубочек. В.
Принцип действия жгутика сперматозоида, про
рибосомы (рис. 2-19), одни из которых
талкивающего вперед всю клетку находятся в цитоплазме в свободном со
стоянии, а другие связаны с эндоплазма-
щие клетку вперед. Сперматозоиды жи тическим ретикулумом. Рибосомы эука
вотных имеют один длинный жгутик риот крупнее рибосом прокариот, однако
(рис. 2-18). Движения ресничек и жгути и те и другие выполняют одну и ту же ос
ков обусловлены сложными скользящи новную функцию: биосинтез белков из
ми перемещениями отдельных микро аминокислот.
трубочек относительно друг друга вну Другой тип гранулярных элементов
три* структуры 9 + 2. в цитоплазме эукариотических клеток-
Скольжение нитей или микротрубочек это гранулы гликогена (рис. 2-19), ко
относительно друг друга за счет энергии торые особенно часто встречаются
А Т Р -это процесс, лежащий в основе со в клетках печени. Макромолекулы глико
кращения скелетной мышцы, враща гена представляют собой сильно развет
тельных движений ресничек и жгутиков, вленные цепи, образованные остатками
а также образования характерных выпя молекул глюкозы. Гранулы гликогена
чиваний, углублений и складок при дви- выполняют функцию запасных источни-
44 ЧАСТЬ 1. БИОМОЛЕКУЛЫ
2.18. Цитозоль - Выше уже шла речь о том, что для кле
непрерывная водная фаза ток, как правило, выгодно иметь боль
цитоплазмы шую площадь поверхности (по отноше
нию к объему) с тем, чтобы скорость
Цитоплазматические органеллы, рибо протекающих в них метаболических про
сомы и другие гранулярные элементы по цессов не лимитировалась скоростью по
гружены в сплошную водную ф азу-ци ступления питательных веществ и кисло
тозоль. Ц итозоль-это не просто разба рода внутрь клеток. В случае эукариот
вленный водный раствор; его состав эта проблема решается путем комбина
весьма сложен, а консистенция прибли ции двух факторов. Прежде всего, ско
жается к гелю. В цитозоле растворены рость метаболизма в большинстве эука
многие ферменты и ферментные си риотических клеток значительно ниже,
стемы, а также другие белки, обеспечи чем в прокариотических, поскольку для
вающие связывание, хранение и транс сохранения вида прокариотам требуется
ГЛ. 2. КЛЕТКИ 45
Клеточная етенки
\ ч Ндорная мембрана
Клеточная мембрана
Митохондрия
I Крахмальное зерно
Хлоропласт 5 мкм
ГЛ. 2. КЛЕТКИ 47
Внутренняя мембрана
Бактериофаги E.coli
фХ 174 ДНК 6 18 Многогранник
Т4 ДНК 220 200 Г оловастикоподобная
X (лямбда) ДНК 50 120 Г оловастикоподобная
MS2 РНК 3,6 20 Многогранник
Вирусы растений
Вирус табачной
мозаики РНК 40 300 П алочковидная
Вирус кустистой
карликовости томата РНК 10,6 28 Многогранник
Вирусы животных
Вирус полиомиелита РНК 6,7 30 Многогранник
Обезьяний вирус 40 ДНК 28 45 Сферическая
(SV 40; вызывает рак
у новорожденных жи
вотных)
Аденовирус ДНК 200 70 Многогранник
(вызывает обычную
простуду)
Вирус оспы ДНК 4000 250 Сферическая
ОД мкм 50 нм
2 5 нм
Рис. 2-25. А. Вирус табачной мозаики, имеющий клетки. Лизосомы содержат деструк
палочковидную форму. Электронная микрофо тивные ферменты, а пероксисомы отде
тография (Б) и модель (В) бактериофага
Т4 сложного вируса, по своей форме напоми
ляют ферменты, образующие и разру
нающего головастика. После прикрепления кон шающие перекиси, от остального содер
цевых нитей бактериофага к специфическим жимого клетки. В цитоплазме эукариоти
участкам на клеточной стенке Е. coli Д Н К из го ческих клеток обнаруживаются микрофи
ловки бактериофага впрыскивается через отро
сток («хвост») в клетку. Электронная микрофо
ламенты по меньшей мере трех типов,
тография (Г) и составленная из теннисных а также микротрубочки. Микрофила
мячиков модель (Д) аденовируса, оболочка ко менты, микротрубочки и микротрабеку
торого состоит из 252 белковых субъединиц, лярная сеть совместно образуют гибкий
образующих многогранник с 20 гранями (ико
саэдр).
внутренний каркас-цитоскелет. Многие
животные клетки снабжены ресничками
гию света и использующие ее для превра- и жгутиками, винтообразные движения
щения С 0 2 в глюкозу. Предполагается, которых осуществляются благодаря на
что митохондрии и хлоропласты про личию в них парных микротрубочек.
изошли от бактерий. В число органелл В эукариотических клетках присутствуют
эукариотических клеток входит и эндо- также рибосомы. Одни из них находятся
плазматический ретикулум, функция ко в свободном состоянии, а другие связаны
торого заключается в том, что он напра с поверхностью шероховатого эндоплаз-
вляет и транспортирует секретируемые матического ретикулума. На внешней по
клеткой вещества к тельцам Гольджи, верхности животных клеток имеются
где они упаковываются и выводятся из специфические участки, распознающие
52 ЧАСТЬ 1. БИОМОЛЕКУЛЫ
Segel L. Biochemical Calculations, 2d ed., Wiley, плотность (главным образом за счет волы)
New York, 1976. Особенно хорошо осве равна в среднем 1,1 г/см3?
щены вопросы ферментативной кинетики. б) Толщина защитной клеточной стенки Е.
Wood W. В., Wilson J. Н.. Benbow R. М.. Hood L. coli равна 10 нм. Какую долю (в процентах)
Е. Biochemistry: A Problems Approach, 2d обшего объема бактерии составляет кле
ed., Benjamin, Menlo Park, Calif., 1981. точная стенка?
В этой уникальной книге, охватывающей в) Е. coli быстро растет и размножается бла
широкий круг проблем, рассмотрены ос годаря тому, что в ее клетке присутствует
новные разделы биохимии и приведено боль около 15 000 сферических частиц-рибосом
шое число различных контрольных вопросов (диаметр 18 нм), осуществляющих синтез
и задач с численными решениями. Основные белков. Какая часть общего объема клетки
разделы представлены примерно в той же по приходится на долю рибосом?
следовательности. что и в данной книге. 4. Генетическая информация в Д Н К Е. coli.
Ниже приведено несколько задач, относя Содержащаяся в ДНК генетическая инфор
щихся к содержанию гл. 2. Их решение помо мация закодирована линейной последова
жет читателю более четко уяснить геометри тельностью ключевых слов, называемых
ческие и численные соотношения, характери кодонами. Каждый кодон представляет со
зующие структуру клеток и их функции. Для бой специфическую последовательность
упрощения цитирования и обсуждения каждая трех нуклеотидов (три пары нуклеотидов
задача имеет свое заглавие. в двухцепочечной ДНК) и соответствует
1. Малые размеры клеток и их составных ча одному аминокислотному остатку в белке.
стей. Из данных, приведенных в табл. 2-2, ДНК Е. coli имеет очень большую молеку
приблизительно рассчитайте число а) кле лярную массу-примерно 2,5-109. Средняя
ток печени, б) митохондрий и в) молекул молекулярная масса пары нуклеотидов
миоглобина, которые можно поместить равна 660, причем вклад каждой пары ну
в один слой на кончике булавки (диаметром клеотидов в общую длину молекулы ДНК
0,5 мм). Предполагается, что все структуры составляет 0,34 нм.
имеют сферическую форму. Площадь круга а) Используя л и данные, рассчитайте длину
равна 7гг2, где п = 3,14. молекулы ДНК Е. coli. Сравните длину мо
2. Число растворенных молекул, содержащих лекулы ДНК с размерами клетки. Каким
ся в самых мелких из известных клеток. образом ей удается уместиться в клетке?
Самыми мелкими из всех известных клеток б) Подсчитайте, чему равно максимальное
являются микоплазмы-сферические клет число белков, которое может быть закоди
ки с диаметром около 0,33 мкм. Малые ровано в молекуле ДНК Е. coli, если пред
размеры позволяют микоплазмам легко положить, что белковая молекула Е. coli со
проходить через фильтры, задерживающие стоит в среднем из 400 аминокислот?
более крупные бактерии. Один из видов ми 5. Высокая скорость метаболизма у бактерий.
коплазм Mycoplasma pneumoniae, может вы Бактерии характеризуются значительно бо
зывать первичную атипичную пневмо лее высокой скоростью метаболизма по
нию. сравнению с животными клетками.
а) Основным источником энергии для мико В идеальных условиях бактериальная клет
плазм служит D -глюкоза, ее концентрация ка обычно вдвое увеличивается в размерах
внутри таких клеток составляет около и делится каждые 20 минут, тогда как жи
1,0 мМ. Рассчитайте число молекул глю вотным клеткам для этого требуется при
козы, содержащихся в одной клетке. Число мерно 24 ч. Из-за высокой скорости мета
Авогадро (число молекул в 1 моле неиони- болизма бактериям необходимо иметь
зированного вещества) равно 6,02-1023. большую площадь поверхности по отноше
Объем сферы равен 4/Зпг3. нию к объему клетки.
б) Во внутриклеточной жидкости микоплазм а) Почему максимальная скорость метабо
содержится 10 г гексокиназы (мол. масса лизма должна зависеть от соотношения
100000) в 1 л. Рассчитайте молярную кон между поверхностью клетки и ее объемом?
центрацию гексокиназы-первого фермен б) Рассчитайте отношение площади поверх
та в цепи реакций, приводящих к расщепле ности клетки к ее объему у сферической
нию глюкозы с образованием энергии. бактерии Neisseria gonorrhoeae (диаметром
3. Компоненты Е. coli. Клетки £. coli имеют 0,5 мкм), вызывающей гонорею. Сравните
форму цилиндра высотой 2 мкм и диамет полученное значение с отношением поверх
ром 0.8 мкм. Объем цилиндра вычисляется ности клетки к ее объему у шаровидной
по формуле 7tr2/i, где h - высота цилиндра. амебы - крупной эукариотической клетки
а) Сколько весит одна клетка Е. coli, если ее диаметром 150 мкм.
54 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
Число элек Н* + н - - —» Н :Н = н —н
Число неспаренных тронов в з а Молекулярный
электронов (показаны полненной водород
красным цветом) внешней
2 Н - + 'Q - - — * Н О - '
Атом оболочке
н Вода
н- 1 2
, н Н
ю ■ 2 8
:N * + 3H - — » :N ‘ H N
3 8 н
:N ‘
н
4 8 Аммиак
Линейный Циклический
I I I I I I I I I I
—с—с—с—с—с -с -с —с—с—с— с —с —с-
I I I I I I I I I I
/ С О Я ' - с - ' 1
^ N r' ^ I
Разветвленный
с - с — с - с —с —С —С —С—
L L 1 1 - с - 1 1
I
- L
Рис. 3-3. Углерод-углеродные связи образуют
каркас молекул многих органических веществ.
I
V h
н н
60 ЧАСТЬ 1. БИОМОЛЕКУЛЫ
ной мере отражает разнообразие разме женные группы; в этом случае вращение
ров и форм органических молекул, из ко может быть ограничено. Благодаря тако
торых они построены. му свойству органические молекулы
Второе важное свойство органических с большим числом одинарных связей мо
соединений заключается в том, что со гут принимать различные формы, назы
ставные части их молекул могут абсо ваемые конформациями (рис. 3-4), в зави
лютно свободно вращаться вокруг оди симости от угла поворота этих связей.
нарных углерод-углеродных связей, если Третье важное свойство ковалентных
только к атомам углерода, участвующим связей, образуемых углеродом, заклю
в образовании таких связей, не присоеди чается в том, что они характеризуются
нены очень большие или сильно заря определенной длиной. В среднем длина
0,1нм
Углерод 0,077
Водород 0,037
О
Кислород 0,066
э
Азот 0,070
о
Фосфор
Сера
0,110
0,104
О
Некоторые ковалентные связи
I
— с —н
I
/
-С— N,
ч
Н
\
о —н
ГЛ. 3. СОСТАВ ЖИВОЙ МАТЕРИИ: БИОМОЛЕКУЛЫ 61
Q Водород
О ОН О Кислород
V
Углерод
н—с—н
I
н
О Азот
62 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
1
jC
2я
Гидроксиль Спирты
1
0
пользуются для связывания их с атомами ная
водорода. Скелеты углеводородов очень Альдегидная R — С —Н Альдегиды
устойчивы, поскольку электронные пары II
в одинарных и двойных углерод-угле- О
родных связях в равной мере принадле Карбонильная R-,— С — Rz Кетоны
жат обоим соседним атомам углерода.
Один или более атомов водорода О
в углеводородах могут быть замещены
различными функциональными группами. Карбоксиль R — С —ОН Кислоты
ная II
При этом образуются различные семей О
ства органических соединений. К ти
пичным семействам органических соеди н
/
нений с характерными функциональны Аминогруппа R,— N Амины
ми группами относятся спирты, в моле \
Н
кулах которых имеется одна или несколь
ко гидроксильных групп', амины, содержа н
щие аминогруппы; кетоны, содержащие Амидогруппа
/
Rj— С — N Амиды
карбонильные группы и кислоты с карбок II 4
сильными группами (табл. 3-4). Неко о н
торые другие часто встречающиеся функ
циональные группы также играют важ Сульфгидриль- Rj— S —Н Тиолы
ная
ную роль в биомолекулах (табл. 3-5).
1
1
Я
п
0
я
Сложные эфиры
биомолекул химически гораздо более ре ная
о
н н н он
1 1 1
R— С — Н R— С —С- - Н R,— S —S—Rz R— О—Р—ОН
■
1 1 11 I
н н н О
Метильная Этильная Дисульфидная Фосфатная
н н
R—С ----- С— Н ):= (/
" /Н N N
R— N —С — N
Н
1 R \
У Г\ "
н н н н
Гуанидиновая Имидазольная Фенильная
Приблизи
Содер тельное
жание, число раз
% (по личных ви
весу) дов моле
кул
Вода 70 1
Белки 15 3000
Нуклеиновые кис
лоты
ДНК 1 1
РНК 6 >3000
Полисахариды 3 5
СООН соон Липиды 2 20
Молекулы, вы
полняющие роль
строительных
блоков и проме
жуточные соеди
nh 2
•Ц
nh2
Ц * нения 2 500
Н еорганические
D-аланин г, L -аланин
ионы 1 20
3 -767
66 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛРКУЛЫ
1 мкм 1 мкм
класса. Наибольшую часть массы клеток Рис. 3-9. А. Микрофотография гранул крахмала
Е. coli, как и всех других клеток и орга в клетке картофеля, полученная при помощи ска
нирующего электронного микроскопа. Б. Элек
низмов, составляет вода. На долю неор тронная микрофотография, на которой видна
ганических солей и других минеральных послойная упаковка волокон целлюлозы, приво
веществ приходится лишь незначитель дящая к формированию структурного каркаса
ная часть сухого веса клеток; многие из клеточных стенок растений.
этих веществ присутствуют в клетке при
мерно в тех же соотношениях, что и луй, наиболее универсальные в этом от
в морской воде. Практически все сухое ношении биомолекулы. Нуклеиновые кис
вещество клеток Е. coli так же, как и всех лоты, ДНК и РНК, во всех клетках
остальных клеток, составляют органиче выполняют одни и те же функции, обес
ские соединения, представленные че печивая хранение, передачу и реализацию
тырьмя основными видами молекул: бел генетической информации. ДНК служит
ками, нуклеиновыми кислотами, полиса хранилищем генетической информации,
харидами и липидами. На долю белков а различные типы PH К способствуют ее
приходится основная часть живой мате реализации в процессе синтеза белков.
рии не только в клетках Е. coli, но и во Полисахариды выполняют в основном
всех других клетках. Термин «протеин» две функции. Одни из них, например
(белок) происходит от греческого слова крахмал, представляют собой различные
proteios, означающего «первый» или формы запасного «горючего», снабжаю
«главный». У всех живых организмов щего клетку энергией, тогда как другие,
белки являются прямыми продуктами ге например целлюлоза, используются в ка
нов и эффекторами их действия. Многие честве внеклеточных структурных компо
белки обладают специфической катали нентов (рис. 3-9). Липиды, к которым от
тической активностью и функционируют носятся жиры и жироподобные вещества,
как ферменты. Белки других типов во-первых, играют роль основных струк
играют роль структурных элементов турных компонентов мембран и, во-
в клетках и тканях. Ряд белков, присут вторых, служат запасной формой богато
ствующих в мембранах клеток, способ го энергией «горючего».
ствуют транспорту некоторых веществ Эти четыре наиболее важных класса
внутрь клеток и наружу. В осуществле биомолекул имеют одно общее свойство -•
нии множества других биологических все они представляют собой относитель
функций также участвуют белки-пожа- но крупные структуры с высокими моле-
ГЛ. 3. СОСТАВ ЖИВОЙ МАТЕРИИ: БИОМ ОЛЕКУЛЫ 67
кулярными массами и потому называют Участок цепи ДНК —ин- Участок моле-
ся макромолекулами. Молекулярные формационнсй молекулы кулы целлюлозы
массы различных белков лежат в преде
I
лах от 5000 до 1 млн.; у некоторых АI Glc
нуклеиновых кислот молекулярные |
1
массы достигают нескольких миллиар ТI Glc
дов; полисахариды, например крахмал, 1
также имеют высокие молекулярные G Glc
1
|
массы порядка миллионов. Размеры от Glc
С| 1
дельных липидных молекул значительно
меньше (мол. масса 50-1500). Однако С1 Glc
обычно липидные молекулы объеди 1
няются друг с другом и образуют очень т1 Glc
I
крупные структуры, которые включают Glc
тысячи молекул и функционируют, по су
А1 1
1
ществу, как макромолекулярные системы G Glc
(такая система служит, в частности, «ос 1
новой» клеточных мембран). Таким G1 Glc
|
образом, мы можем отнести подобные
липидные структуры также к макромоле Т1 Glc
кулам. 1
А1 Glc
|
1
3.7. Макромолекулы С1 Glc
образуются из небольших 1
А1 Glc
молекул, играющих роль
строительных блоков Т Glc
l
Мы уже убедились (см. гл. 1), что, хотя 1
Glc
в живых организмах содержится множе
ство различных белков и нуклеиновых
Рис. 3-10. Последовательности строительных
кислот, построение этих сложных струк блоков в информационных и неинформа
тур основано на весьма простых принци ционных макромолекулах. Буквами А, Т, G и
пах. В качестве строительных блоков, из С обозначены четыре основания в ДНК - инфор
которых состоят все белки и нуклеи мационной макромолекуле, G lc - глюкоза, по
вторяющаяся структурная единица в молекуле
новые кислоты, используются простые целлюлозы, которая не содержит генетической
молекулы; число этих молекул невелико, информации.
и они имеют одно и то же строение у всех
видов организмов. Молекулы всех бел Полисахариды также состоят из боль
ков, представляющие собой длинные це шого числа строительных блоков. Крах
пи, построены всего из 20 разных амино мал и целлюлоза, например, предста
кислот, расположенных в той или иной вляют собой длинные цепи строительных
линейной последовательности. Анало блоков одного типа, а именно сахара
гичным образом длинные, напоминаю глюкозы. Поскольку полисахариды по
щие цепи молекулы нуклеиновых кислот строены из структурных единиц только
у всех организмов построены из неболь одного типа или из чередующихся еди
шого числа нуклеотидов, образующих ниц двух типов, они не могут нести зако
различные последовательности. Белки дированную генетическую информацию
и нуклеиновые кислоты являются инфор (рис. 3-10).
мационными макромолекулами; каждый Таким образом, более 90% сухого ор
белок и каждая нуклеиновая кислота не ганического вещества в живых организ
сут определенную информацию, закоди мах составляют тысячи разнообразных
рованную в последовательности строи макромолекул, построенных всего лишь
тельных блоков. из трех-четырех десятков различных ви-
3*
68 ЧАСТЬ 1. БИОМОЛЕКУЛЫ
Л
Лейцин I Сн,
Цистеин СНг Hj,N—С—Н I
с н 5чсн 3 SH сн 2
СН,
сн,
СООН СООН < !- n „ Лизин I
I I Гистидин сн,
H2N—С—Н H2N—С—н I >и
НС—N
I
NH,
Н -С -С Н ,
I s СООН
СООН
Изолейдан | 2 I I
Тирозин H,N—С— Н HaN—с —Н
сн ,
I сн,
Аспарагин СНг
СООН I
I 0 = -C -N H , CHj,
сн
СООН Метионин S
NH I
I
H2N—С—Н СН3
н2с — сн 2
Пролин сн, СООН
cU h
СООН H2N—С—Н
I I NH I
HjN—С—Н Триптофан 1__ / СНг
Н Глутамин СНг
Глицин О Фенилаланин -С —МНг
Рис. 3-11. Первичные биомолекулы, играющие пиды содержат спирты, например глице
роль основных строительных блоков, предста рин, а некоторые еще и фосфорную кис
вляют собой как бы буквы биохимического ал
фавита. На этом рисунке показаны 20 аминокис
лоту. Таким образом, большая часть
лот (Л), из которых построены белки всех биомолекул построена примерно из трех
организмов, пять азотистых оснований и два пя десятков органических соединений, при
тиуглеродных сахара (Б), входящих в состав всех веденных на рис. 3-11.
нуклеиновых кислот, основные строительные
Все эти соединения выполняют самые
блоки липидов (В) и a-D-глюкоза (Г) - родона
чальник большинства углеводов. разнообразные функции в живых орга
низмах. Так, изображенная на рис. 3-12
ниц ДНК, а другие четыре используются D -глюкоза не только служит строи
при построении РНК. Каждый нуклеотид тельным блоком резервного углевода
в свою очередь состоит из трех более крахмала и структурного углевода цел
мелких единиц: 1) азотистого основания, люлозы, но и играет роль предшествен
2 ) пятиуглеродного сахара и 3) фосфор ника в синтезе других сахаров, таких, как
ной кислоты. Пять различных оснований D-фруктоза, D-манноза и сахароза
и два углеводных компонента нуклеоти (тростниковый сахар). Жирные кис
дов показаны на рис. 3-11, Б. л о ты -это компоненты не только
Как указывалось выше, наиболее часто сложных липидов клеточных мембран,
встречающиеся в природе полисахариды, но и жиров - богатых энергией соедине
крахмал и целлюлоза, состоят из повто ний, обеспечивающих накопление запас
ряющихся единиц D-глюкозы. Липиды ного «топлива» в организме. Кроме того,
также построены из сравнительно не жирные кислоты входят в состав защит
большого числа типов органических мо ного воскового налета на листьях и пло
лекул. Большинство молекул липидов со дах растений, а также служат предше
держит одну или несколько длинноцепо ственниками других специализиро
чечных жирных кислот, производных ванных соединений. сАминокислоты - это
пальмитиновой или олеиновой кислот не только строительные блоки белков;
(рис. 3-11, В). Кроме того, многие ли некоторые из них могут быть нейроме-
70 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
ГЛ 3. СОСТАВ ЖИВОЙ
Многочислен
ные разнооб
V* • *V разные мак
ромолекулы в
каждой из
субчастиц
соединены _<
друг с другом
при помощи
слабых неко
валентных
связей, в том
МАТЕРИИ: БИОМОЛЕКУЛЫ
числе водо-
родных
Б
72 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
Д) О О Задача 4
Н
V
I I ^ — СН2— С — СНз
'
СН2 н —с —n h 2
I NH
сн. но—с —н
I
NH н—с —он
5. Строительные блоки сложных биомолекул.
I I
с=о н—с —он Хотя число природных биомолекул огром
I I но и они чрезвычайно сложны по своей
НС—он сн2он структуре, строение этих молекул основано
I на простых принципах, поскольку все они
СНз— с — СНз D-глюкозамин
образуются из ограниченного набора
СН2ОН строительных блоков. Структура наиболее
важных строительных блоков сложных
Пантотенат (витамин) биомолекул показана на рис. 3-11. Укажите
строительные блоки, из которых состоят
3. Активность лекарственных веществ и сте три изображенные ниже биомолекулы,
реохимия. В некоторых случаях количе имеющие важное биологическое значение,
ственные различия в биологической актив а) Аденозинтрифосфат (АТР)-биомолеку
ности двух энантиомеров одного и того же ла, являющаяся носителем энергии
соединения выражены очень сильно. На
пример, D -изомер изопротеренола-лекар
ственного препарата, применяемого при
легких приступах астмы, действует как
бронхорасширяющее средство в 50-80 раз О О О и
активнее, чем L-изомер. Укажите хи II II II
- О — Р — О — Р — О — Р — ОСН2 п
ральный центр в молекуле изопротеренола.
Почему два энантиомера так сильно разли
I I I
-о -О -О
чаются по биологической активности?
4. Действие лекарственных препаратов и фор
ма молекул. Две фирмы, изготовляющие
лекарственные препараты, выпускают один ОН ОН
и тот же антидепрессант под разными ком
мерческими названиями-декседрин и бен б) Фосфатидилхолин, основной компонент
зедрин. Структурная формула этого веще клеточных мембран у высших организ
ства приводится ниже. По элементарному мов
78 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
сн3 О-
Н.,С— N — СН 2— С Н ,— О — Р — О — C H 2 Н Н
о
С Н 2— О — С — (СН 2) 14— с н 3
о
в) Энкефалин, содержащий в пятом поло
жении метионин (мет-энкефалин)-при
родный опиат мозга
Н О Н Н Н О СН, Н Н
I II I I I II I I I
НО СН2— С — С — N — С — С — N — С — С — N — С — С — N — С — СООН
I I I II I I I II I
NH2 Н Н О Н Н Н О С Н2
СН2
S
6. Определение структуры биомолекулы. Из I
мышц кролика выделили неизвестное веще
сн,
ство X. Его структура была установлена на
основе следующих наблюдений и экспери б) Нарисуйте возможные структурные
ментов. Результаты качественного анализа формулы этого вещества, которые удов
показали, что это вещество содержит толь летворяли бы эмпирической формуле
ко углерод, водород и кислород. Взве и имели одну двойную связь. Рассмотри
шенный образец вещества X был подверг те только линейные и разветвленные
нут полному окислению и определены структуры, не принимая во внимание ци
количества образовавшихся Н 20 и С 0 2. клические структуры. Учтите, что атомы
Исходя из данных этого анализа, было сде кислорода с трудом образуют связи друг
лано заключение, что весовое содержание с другом.
С, Н и О в X составляет соответственно в) Какое значение для структуры молекулы
40,00%, 6,71% и 53,29%. Молекулярная мас имеет оптическая активность? Какие из
са вещества X, по данным масс-спектроме- перечисленных в пункте б) структур нахо
трии, оказалась равной 90,0. Методом ин дятся в противоречии с этим наблюде
фракрасной спектроскопии было устано нием? Какие структуры соответствуют
влено, что в молекуле X имеется одна этому наблюдению?
двойная связь. Вещество X легко раство г) Какое значение для структуры молекулы
ряется в воде, образуя кислый раствор. При имеет тот факт, что при растворении
исследовании этого раствора с помощью X образуется кислый раствор? Какие из
поляриметра было установлено, что полученных структур можно теперь ис
X обладает оптической активностью, при ключить? Какие структуры соответ
чем удельное вращение плоскости поляри ствуют этому наблюдению?
зации [а]о равно + 2 ,6 °. д) Каково строение X? Совместимо ли со
а) Определите эмпирическую формулу ве всеми имеющимися данными наличие
щества X. более одной структуры?
ГЛАВА 4
ВОДА
Вода является наиболее широко рас 4.1. Необычные физические
пространенным веществом в живой при свойства воды обусловлены
роде, и ее весовое содержание в большин ее способностью участвовать
стве живых организмов составляет 70";, в образовании водородных
и более. Кроме того, как мы уже говори связей
ли, первые живые организмы возникли,
вероятно, в первичном океане, так что во По сравнению с большинством других
да- это по существу прародительница жидкостей вода имеет необычно высокие
всего живого. Вода заполняет все со температуры плавления и кипения и те
ставные части каждой живой клетки, плоту испарения (табл. 4-1). Эти особен
и именно она представляет собой ту сре ности воды свидетельствуют о сильном
ду, в которой осуществляются транспорт притяжении между соседними молекула
питательных веществ, катализируемые ми, вследствие чего жидкая вода характе
ферментами метаболические реакции ризуется большим внутренним сцепле-
и перенос химической энергии. Поэтому
все структурные элементы живой клетки Таблица 4-1. Температуры плавления, темпе
и их функции обязательно должны быть ратуры кипения и теплоты испарения неко
приспособлены в отношении физических торых общеизвестных жидкостей
и химических свойств воды Более того,
как мы узнаем дальше, клетки научились Теплота
использовать уникальные свойства воды Т. пл., Т. кип., испаре-
С С ния,
для реализации некоторых процессов их
кал/г 11
жизнедеятельности.
Часто мы рассматриваем воду просто
как безвредную инертную жидкость, Вода 0 100 540
удобную для практического использова Метиловый спирт - 9 8 65 263
ния в разных целях. Хотя в химическом Этиловый спирт - 117 78 204
Пропил OBbrii
отношении вода весьма устойчива, она спирт - 127 97 164
представляет собой вещество с довольно Ацетон -9 5 56 125
необычными свойствами. В самом деле, Г ексан -9 8 69 101
вода и продукты ее ионизации-ионы Н + Бензол 6 80 94
и ОН -оказы ваю т очень большое влия Хлороформ -6 3 61 59
ние на свойства многих важных компо
нентов клетки, таких, как ферменты, бел 11 Количество тепловой энергии в калориях, не
ки, нуклеиновые кислоты и липиды. обходимое для превращения 1,0 г жидкости при
температуре ее кипения и атмосферном давлении
Например, каталитическая активность
в газообразное состояние при той же температуре
ферментов в значительной мере зависит и том же давлении
от концентрации ионов Н + и ОН
80 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
N V Тимин
ГЛ. 4. ВОДА 83
Гидратированный
ион Na+
C l-
0Na +
С ^О
Молекула воды
Гидратированный
ион Cl-
84 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
ние и служит движущей силой образова ком растворе влияние растворенного ве
ния мицелл и причиной их стабильности. щества проявляется в том, что при дав
Многие компоненты живых клеток, на лении 760 мм рт. ст. температура замер
пример фосфолипиды (гл. 12 ), белки зания воды (0°С в случае чистой воды)
(гл. 8 ) и нуклеиновые кислоты (гл. 27), снижается до — 1,86 С, температура ки
обладают амфипатическими свойствами пения (обычно 100°С) повышается до
и стремятся образовать в водных раство 100,543°С, а осмотическое давление, из
рах структуры, в которых неполярные, меряемое при помощи специальной ап
гидрофобные, участки изолированы от паратуры (рис. 4-8), достигает 22,4 атм.
водной фазы. Более того, как мы увидим Идеальным растворенным веществом
ниже (гл. 12 ), именно мицеллярная орга называется такое вещество, которое не
низация амфипатических липидных мо диссоциирует на две или более составные
лекул составляет «основу» биологиче части и не претерпевает ассоциации, при
ских мембран. водящей к уменьшению общего числа
растворенных частиц. Коллигативные
4.4. Растворенные вещества свойства зависят только от числа раство
изменяют свойства воды ренных частиц в единице объема раство
рителя и не зависят от их химического
Водные растворы обладают четырьмя строения. Это объясняется тем, что один
важными свойствами, известными под моль любого неионизированного со-
названием коллигативных свойств, в ос
нове которых лежит изменение физиче
ской константы воды под влиянием раст Рис. 4-8. Осмос и осмотическое давление. А. Ис
ходное состояние. Вода перетекает из внешнего
воренных в ней веществ. К этим свой пространства через мембрану внутрь раствора,
ствам относятся: I) температура замер стремясь выравнять концентрации воды по обе
зания, 2 ) температура кипения, 3) давле стороны мембраны. Б. Конечное состояние. Во
ние пара и 4) осмотическое давление. да проникла в раствор вещества, молекулы кото
рого неспособны проходить сквозь мембрану,
Слово «коллигативный» означает «взаи в результате чего произошло разбавление
мосвязанный». Коллигативные свойства раствора. В состоянии равновесия давление
растворов - это свойства, имеющие об столба раствора, имеющего высоту h, точно
щую основу и изменяющиеся под влия уравновешивает осмотическое давление, харак
теризующее стремление воды перетекать в зону
нием растворенных веществ так, что эти с более низкой ее концентрацией. В. Осмотиче
изменения можно заранее предсказать. ское давление зто сила, которую необходимо
Раствор 1,00 моля любого идеального приложить к поршню, чтобы предотвратить на
нелетучего вещества в 1ООО г воды (или правленный в противоположную сторону осмо
тический ток жидкости. Оно численно равно ги
какого-либо другого растворителя) назы дростатическому давлению столба жидкости
вается молялъным (1 т ) раствором. В та- высотой h.
Водный раствор
вещества, не про
никающего через
полупроницаемую — Поршень
Трубка мембрану
П олупроницаемая
м ем б ран а
А
86 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
[н + ] = — Kw = 1— ы = ю - 13 М.
L J [OH - ] 0,1
1M NaOH ■
Таб шца 4-2. Шкала рн
Отбеливающая
[Н + ], м рн [ОН - ], м рОН жидкость
Нашатырный спирт - -12
1,0 0 10“ 14 14
0,1 1 I0 -13 13 -11 Увеличение
0,01 2 !0 - 12 12 основности
0,001 3 Ю-11 11
10 4 4 Ю“ 10 10 -10
Ю' 5 5 ю -9 9
10“ 6 6 10“ 8 8 Питьевая с о д а _______
-9
1 0 '7 7 10 “ 7 7 (N a H C O g )
1 0 '8 8 10‘ 6 6
1 0 '9 9 10 5 5 Морская вода, -8
1 0 ' 10 10 10 4 4 яичный белок *
1 0 ' 11 11 0,001 3 Кровь человека, слезы-> Нейтральная
-7
10- 12 12 0,01 2 область
1 0 ' 13 13 0,1 1 Молоко, слюна------------ »
1 0 ' 14 14 1,0 0 6
Черный кофе- Ь5
Пцво-----------
Томатный сок- 4 Увеличение
3,7) приблизительно в 10 000 раз больше, Красное вино — кислотности
чем в крови. Кока-кола
Иногда для количественной характери 3
Уксус -
стики основности, т. е. концентрации ио
нов ОН “ в растворе, используют вели Лимонный сок - Ь2
чину рОН, определяемую выражением
1 Желудочный сок-
рОН = log = —log [ОН “ ] ,
[о н -]
1М NaCl
которое аналогично выражению для pH.
Например, значение рОН раствора
с 0.1 М концентрацией ионов ОН " равно Рис. 4-9. Величины pH некоторых жидкостей.
единице, тогда как значение рОН раство
ра, в котором ионы ОН “ присутствуют в клянных электродов, которые обладают
10 " 7 М концентрации, равно 7,0. Следует избирательной чувствительностью по от
запомнить, что величины pH и рОН свя ношению к ионам Н + , но нечувстви
заны одна с другой очень простым тельны к ионам N a + , К + и другим ка
соотношением: тионам. В приборе, называемом рН-ме-
тром, сигнал от этого электрода усили
pH + рОН = 14.
вается и сравнивается с сигналом, генери
В табл. 4-2 показана эта обратная зави руемым раствором, который имеет точ
симость между величинами pH и рОН. но известную величину pH.
Величину pH водного раствора можно Измерение pH является одной из на
приблизительно оценить, используя раз иболее важных и часто используемых
личные индикаторные красители, такие, в биохимии процедур, поскольку от pH
как лакмус, фенолфталеин и фенилрот, зависят очень многие существенные
однако точные измерения pH в химиче структурные особенности и активность
ских и клинических лабораториях про биологических макромолекул, в частно
изводят при помощи специальных сте- сти каталитическая активность фермен
ГЛ. 4. ВОДА 91
^рН Д 76
Буферная
зона
^ -р Н 3,76
О 0,5 1,0
Число эквивалентов добавленной NaOH
Рис. 4-10. Кривая титрования уксусной кислоты устанавливается равновесие, характери
(подробности см. в тексте). После добавления ка зующееся константой диссоциации уксус
ждой порции стандартного раствора NaOH
к титруемому раствору уксусной кислоты, изме
ной кислоты (7). Таким образом, по мере
ряют величину pH смеси. Эту величину отклады добавления новых порций раствора
вают по оси ординат, тогда как по оси абсцисс NaOH в процессе титрования, степень
откладывают долю общего количества NaOH, ионизации НАс будет увеличиваться.
требуемого для нейтрализации уксусной кис
лоты, т. е. для достижения pH я, 7..Полученные
Следовательно, концентрация НАс в рас
при этом точки позволяют построить кривую творе постепенно уменьшается, а концен
титрования. В рамках указаны преобладающие трация Ас - возрастает, так как равнове
ионные формы уксусной кислоты при соответ сия (4) и (5) на каждой стадии титрования
ствующих значениях pH. В средней точке кривой
титрования концентрации донора и акцептора
определяются константами равновесия
протонов равны. Величина pH в этой точке чис (6 ) и (7). В средней точке титрования
ленно равна величине рК' уксусной кислоты. (рис. 4-10), точно соответствующей доба
Цветная зона представляет собой область, вну влению 0,5 эквивалентов NaOH, полови
три которой система обладает буферными свой
ствами.
на исходной уксусной кислоты находится
в диссоциированной форме и, значит,
щественно не отличается от ее общей концентрация донора протона [НАс]
концентрации, равной 0,1 М. становится равной концентрации акцеп
Когда мы добавляем порции раствора тора протона [Ас - ]. В этой средней точ
NaOH к титруемому раствору уксусной ке соблюдается очень важное соотноше
кислоты, ионы ОН “ соединяются с ио ние: величина pH раствора, содержащего
нами Н + и образуют молекулы Н 2 0 . равные молярные концентрации уксус
При этом концентрации ионов H + и ной кислоты и ацетат-иона, а именно pH
ОН " в растворе все время должны со 4,76, в точности равна величине рК' ук
ответствовать величине ионного про сусной кислоты, в чем можно легко убе
изведения воды K w = [H + ] [ O H - ] = диться, если сравнить приведенные
= 1-10-1 4 . Но как только свободные в табл. 4-4 величины рК' с показан
ионы Н + связываются с ионами ОН " , ной на рис. 4-10 кривой титрования. Ско
некоторая часть недиссоциированных ро мы поймем смысл этого важного со
молекул НАс сразу же претерпевает отношения, которое соблюдается для
дальнейшую диссоциацию, так что вновь всех слабых кислот.
94 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
женный с ним акцептор протонов при ус двух обратимых реакций и установления
ловии, что оба они присутствуют в при соответствующих равновесий, опреде
близительно равных концентрациях. По ляемых константами равновесия этих ре
смотрим, как работает буферная система, акций, K w и К ’. Если мы добавляем к бу
используя для этого схему, приведенную ферному раствору ионы ОН ~ (или Н + ),
на рис. 4-12. Один из двух компонентов то в результате возникает небольшое из
менение в соотношении относительных
нео концентраций слабой кислоты и ее анио
на, а следовательно, и незначительное из
менение pH. Уменьшение концентрации
одного из компонентов буферной си
стемы при добавлении небольшого коли
чества основания (или кислоты) точно
уравновешивается повышением концен
Рис. 4- 12. Система уксусная кислота-ацетат трации другого компонента. Сумма ком
может действовать в качестве буфера, способно
го поглощать либо Н + либо ОН " -ионы вслед
понентов буферной системы при этом не
ствие обратимой диссоциации уксусной кислоты изменяется, меняется лишь их соотноше
(см. текст). ние.
Укажем еще на одну важную особен
такой системы-донор протона, или ела- ность буферных систем. Как следует из
бая кислота (НА), содержит резервные сказанного выше, способность системы
связанные ионы Н +, которые могут выс уксусная кислота-ацетат функциониро
вобождаться, чтобы нейтрализовать до вать в качестве эффективного буфера
бавленные к системе ионы ОН - с обра вблизи pH 4,76-э т о автоматическое
зованием Н 20 . Это происходит потому, следствие того факта, что величина рК'
что равновесие на какой-то момент нару уксусной кислоты равна 4,76. Очевидно,
шается, и член [Н + ][О Н ] становится что эта система не может служить буфе
больше 1 • 10 - 14. Нарушенное равнове ром при pH крови (около 7,4). Приве
сие быстро восстанавливается, так что денные на рис. 4-11 кривые титрования
произведение [Н + ] [ОН " ] опять оказы показывают, что для каждой сопряжен
вается равным 1-10“ 14 (при 25°С), что ной кислотно-основной пары характерна
сразу же приводит к снижению концен своя область pH, в которой она может
трации ионов Н + . Однако теперь отно служить эффективной буферной систе
шение [Н + ] [ОН " ] становится меньше мой. Видно, что пара Н 2Р 0 4 — Н Р О | “
величины К', и в результате происходит имеет р К 6,86 и, следовательно, может
дальнейшая диссоциация кислоты НА, служить буферной системой в области
чтобы восстановить нарушенное равно pH 6 ,86 , тогда как пара NH 4 - N H 3, для
весие. Аналогичным образом другой которой величина рК' равна 9,25, ведет
компонент буферной системы, а именно себя как буфер вблизи pH 9,25. Из всех
сопряженное основание-анион А - , спо этих сопряженных систем только пара
собно связываться с добавленными к бу Н 2РОд - НРО 4 - может быть использо
ферному раствору ионами Н + и превра вана в качестве эффективного буфера при
щаться в НА. И в этом случае обе pH крови (pH 7,4).
реакции ионизации регулируют друг дру Количественное соотношение между
га и приходят в состояние равновесия. величиной pH, способностью смеси сла
Теперь мы можем понять, почему сопря бой кислоты и сопряженного с ней осно
женная кислотно-основная пара способ вания функционировать в качестве бу
на препятствовать изменению pH рас ферной системы и величиной рК' этой
твора при добавлении к нему небольших слабой кислоты может быть охарактери
количеств основания или кислоты. Спо зовано уравнением Хендерсона Хассель-
собность раствора функционировать баха. Это простое уравнение, которое
в качестве буф ера-это просто автомати можно использовать при выборе буфер
ческое следствие протекающих в нем ной системы, рассмотрено в дополнении
4-2.
ГЛ. 4. ВОДА 97
К , = .[Н + ] [ А - ]
[НА]
[н * ] = г М .
- l g [ H + ] = - l g K '- l g - [HA]
[А"]
рн . р К - - , 8 Ш М .
[А- ]
р Н = р Г + |8 Т йаГ '
[Лактат] 0,087
pK' = p H - l g ---------------- ---------= 4,80 —lg —------=
[Молочная кислота] 0,010
= 4,80 - lg 8,7 = 4,80 - 0,94 = 3,86.
2) Вычислите величину pH смеси, состоящей из 0,1 М раствора уксус
ной кислоты и 0,2 М раствора ацетата натрия, если известно, что ве
личина рК' уксусной кислоты равна 4,76.
ГАцетат-ион]
pH = рК' + lg -
[У ксусная кислота]
ГАцетат-ион1
Ig-p— 1 = pH - р К ' = 5,30 - 4,76 = 0,54;
[Уксусная кислота]
[Ацетат-ион]
— Антилогарифм 0,54 = 3,47
[Уксусная кислота]
Водная фаза
н + нсо:
Реакция 1
H2co3
н,о p jQ Реакция 2
СН 3 СНз О
Ацетилхолин Холии Ацетат
а) в) О
Н
n ; / С\ I / \
Н3С N— С—СНг—Р у ОН
н н i 4=7
Пиридиний-ион
// \
рК' 5 О О — СНз
Метиловый эфир N-ацетилтирозина
рК' ~ 10
б)
р-Нафтол
рК'~~ 10
106 ЧАСТЬ 1. БИОМОЛЕКУЛЫ
СООН соон
ц Nb— ^ —^ ц]
н
L -аланин D-аланин
А
Перспективные формулы Проекционные формулы
Б В
110 ЧАСТЬ I БИОМОЛЕКУЛЫ
SH > OR > ОН > NHCOR > N H 2 > СООН > СНО >
> СН2ОН > С 6Н 5 > СН 3 > н .
Конфигурации большинства аминокислот, обнаруживаемых в бел
ках, однозначно устанавливаются с помощью DL-системы; однако
треонин и изолейцин представляют особый случай, так как каждый
из них содержит два асимметрических атома углерода и для них воз
можно существование четырех (22) стереоизомеров. В этих изомерах
конфигурация замещающих групп относительно каждого хирального
центра была установлена путем сравнения их с L- и D -формами гли-
церальдегида, и изомеры получили соответствующие обозначения
(приставка «алло» означает по-гречески «другой»).
СООН СООН
h 2n — с — Н H 2N — С — Н
Н — С—ОН н о —С—Н
СНз СНз
L -треонин L-алло- треонин
СООН СООН
н о —с —Н н—с —он
СНз СН 3
D-треонин D-алло-треонин
НООС^__ ^СНОН
СН 3
ь
сн2 СН, CHS
H jC ---------СНг
сна <Uch
I NH
S
I
СН3
CH.OH
1
1
Г лицин Серин
сн3
Треонин
Отрицательно заряженные
SH
Цистеин
Фон
Тирозин
H jl/
с
О
Аспарагин
H2N
/ \О
Г лутамин
снг
СОСГ сн,
1 сн» СН
СН* Ан
1 С—N*
н н
+NH3 С=ЙНг
Аспарагиновая Глутаминовая
Анг
кислота кислота Лизин Аргинин Гистидин
£ I
Рис. 5-9. Неионная и биполярная (цвиттерион-
Рис. 5-8. А. Некоторые нестандартные амино
лая) формы аминокислот. Обратите внимание
кислоты, встречающиеся в белках. Цветом выде
на то, что в биполярной форме оба заряда про
лены дополнительные функциональные группы,
странственно разделены и поэтому молекула
присоединенные к молекулам стандартных ами
представляет собой электрический диполь.
нокислот пролина и лизина. Б. Десмознн, обна
руженный в белке эластине, образуется из четы
рех молекул лизина, углеродные скелеты ко аминокислоты имеют значительно бо
торых выделены жирным шрифтом и затенены. лее высокие температуры плавления,
чем другие органические молекулы та
кислота десмозин, производное лизина, ких же размеров. Кристаллическая ре
присутствующая только в фибрилляр шетка аминокислот стабилизирована за
ном белке эластине (разд. 7.17). счет электростатических сил притяжения
между противоположно заряженными
5.11. В водных растворах функциональными группами соседних
аминокислоты ионизированы молекул и в этом отношении напоми
нает прочную ионную кристаллическую
При растворении в воде аминокис решетку NaCl (разд. 4.3). Чтобы распла
лоты ионизируются и ведут себя как вить такой ионный кристалл, необходи
кислоты или основания. Знание кислот- мо разъединить сильно взаимодей
но-основных свойств аминокислот ствующие положительные и отрада-
ГЛ. 5. АМИНОКИСЛОТЫ И ПЕПТИДЫ 119
а - Аминокислота
Н Н
I I
R — С — С О О Н ^ = - R — С — COO” + Н*
I I / /
H3N
Положительные заряды Рис. 5-11. Аминогруппа в а-аминокислотах по
отталкивают друг друга вышает способность карбоксильной группы
Уксусная кислота к ионизации вследствие взаимного отталкива
ния положительно заряженвой + N H 3-rpynnbi
и положительно заряженного иона Н + (обе
СН,— СООН = СН,—с о о - + Н+ группы выделены красным цветом). Благодаря
\ / такому отталкиванию карбоксильная группа
в а-аминокислотах имеет более высокую степень
Противоположные заряды ионизации, чем карбоксильная группа уксусной
притягивают друг друга кислоты.
Обмен
частит-" SOI Na+ катионов SO~ NH3— CHR—СООН
NH, - c h r - c o o h ------------» + 2Na+
смольЛ s o - Na+ SO“3 NH3— CHR—СООН
а:
1 1-фтор-2,4-динитро- ной последовательности пептидов.
5.20. Пептиды-это
цепочки аминокислот
Две молекулы одной и той же или раз
ных аминокислот могут ковалентно
связываться друг с другом при помощи
замещенной амидной связи (см.
табл. 3-4), называемой nenmudHOii связью,
с образованием молекулы дипептида.
Пептидная связь образуется путем отще
пления компонентов молекулы воды от
карбоксильной группы одной аминокис
лоты и а-аминогруппы другой аминокис
лоты под действием сильных конденси
рующих агентов (рис. 5-18). Три амино
кислоты могут соединиться анало
2,4-Динитрофе- гичным образом при помощи двух
ниламинокис-
пептидных связей и образовать трипеп-
лота тид; точно так же можно получить те
трапептиды и пентапептиды. Если таким
СООН способом соединить большое число ами
Рис. 5-17. Образование 2.4-динитрофенильных нокислот, то возникает структура, назы
производных аминокислот. ваемая полипептидом. Пептиды различ
ной длины образуются при частичном
рина образуется продукт лилового цвета, гидролизе очень длинных полипеп-
если аминокислота содержит свободную тидных цепей белков, которые могут со
а-аминог руппу, и желтый продукт, если, держать сотни аминокислотных звеньев.
как у пролина, ее «-аминогруппа замеще На рис. 5-19 изображена структура
на. При надлежащим образом по пентапептида. Аминокислотные звенья,
добранных условиях интенсивность входящие в состав пептида, обычно назы
окраски можно использовать для коло вают остатками (они уже не являются
риметрического определения концентра аминокислотами, так как у них не хватает
ций аминокислот, так как этот метод одного атома водорода в каждой амино
обладает очень высокой чувствитель группе и двух атомов-кислорода и водо
ностью. р о д а -в каждой карбоксильной группе).
Вторая важная реакция аминокислот- Аминокислотный остаток, находящийся
это их взаимодействие с 1-фтор-2,4-дини- на том конце пептида, где имеется сво
тробензолом(ФЦНБ). В мягком щелоч бодная а-аминогруппа, называется ами
ном растворе ФДНБ реагирует с а-ами- ноконцевым (или N -концевым) остатком,
нокислотами, в результате чего обра а остаток на противоположном конце,
зуются 2,4-динитрофенилъные про несущем свободную карбоксильную
изводные (рис. 5-17), которые можно группу,- карбоксиконцевым, или С-кон-
использовать для идентификации инди
видуальных аминокислот. Позднее мы
увидим, какое важное значение имеет эта Рис. 5-18. Образование дипептида.
R, Н R2 Н? ° R, Н R2
Н3С\ /„сн,3
сн
снгон н у н рн 2 Н рн 3 Н снг
С—N—С— С—N —С—■С—N—С— с— -С— соо
II 1 II 1 II 1 I I
О Н О н о н о н
Амииоконцевой Карбоксиконцевой
остаток остаток
Серил-глицил-тирозинил-аланил- лейцин
Ser ■Gly •Туг -Ala •Leu
Иэоэлектрическая форма о= с
I
СН:( Н СН 3 N— Н
I II
N H .— СН — С — N — СН —С О О
п .
Glu СН—СНг— СН2-СОО"
II о=с
О
I
Анионная форма (при pH выше 10) NH
I
G ly СН2
СН 3 Н СН 3 I
I I I о= с
NH„— С Н — С— N — СН — С О О I
I N— Н
О | +
Lys СН— СНг—СН2—СНг—СН2—NHj
<ix>'
Рис. 5-21. Ионизация и электрические заряды лоты, пептиды имеют характерные
пептидов. Группы, ионизирующиеся при pH 6,0, кривые титрования и определенные изо-
выделены красным цветом. На рисунке электрические точки, т. е. такие значения
представлены катионная, изоэлектрическая
и анионная формы дипептида аланил-аланина. pH, при которых они не перемещаются
Справа приведена структурная формула тетра в электрическом поле.
пептида. Несмотря на то что при неполном ги
дролизе белков образуется очень боль
бодную а-карбоксильную группу, ко шое число различных пептидов, их
торые находятся в концевых остатках сложные смеси можно разделять с по
(рис. 5-21). Эти группы ионизируются мощью ионообменной хроматографии
в пептидах так же, как и в свободных или электрофореза либо сочетанием обо
аминокислотах. Что же касается а-ами- их этих методов, поскольку при раз
ногрупп и а-карбоксильных групп личных значениях pH пептиды обладают
остальных аминокислот, входящих в со разными кислотно-основными свойства
став пептидов, то они не вносят никакого ми и неодинаковой полярностью.
вклада в кислотно-основные свойства
пептидов, поскольку эти группы вовле 5.22. Химические реакции,
чены в образование ковалентных пеп характерные для пептидов
тидных связей и уже не способны к иони
зации. Однако R-группы некоторых ами Как и другие органические соединения,
нокислот могут быть ионизированы (см. пептиды могут вступать в химические ре
табл. 5-4). Если такие аминокислоты вхо акции, определяемые наличием в них не
дят в состав пептида, то их R-группы вно только функциональных групп, например
сят определенный вклад в его кислотно- свободных аминогрупп и карбоксильных
основные свойства (рис. 5-21). Таким групп, но и R-rpynn.
образом, кислотно-основные свойства Следует отметить две особенно
пептида в целом можно предсказать, ис важные реакции, характерные для пепти
ходя из наличия на концах цепи одной дов. Прежде всего это гидролиз пеп
свободной а-аминогруппы и одной сво тидных связей путем кипячения раство
бодной а-карбоксильной группы, а также ров пептидов в присутствии сильной
из природы и числа ионизируемых кислоты или щелочи, в результате чего
R-групп. Как и свободные аминокис- образуются свободные аминокислоты
5 -767
130 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЬКУЛЫ
Н Н Н Н Н
I I I
R ,— С С — N — С — СОО- R ,— С — C O O ' + R 2 — С — С О О -
Вопросы и задачи 5) — СН 2— СН 2— С Н ,—
СН 2СН 2СН 2— N H — С — N H 2
Н — С — NH2 °
О
СООН 9) — СН2— С
\
О
При 25°С стеклянная трубка длиной 20 см,
заполненная 5%-ным раствором цитрул
лина в 0,3 н. НС1, вращает плоскость поля о
ризации света на 1,79° вправо. Какова ве 10) —СН2—с н ,—с'
личина удельного оптического вращения \ г
цитруллина? Можно ли по удельному вра
щению цитруллина определить, является 1 1 ) — СН 2— СН 2— S — СНз
ли он D- или L-аминокислотой?
2. Абсолютная конфигурация цитруллина. 12) — СН 2— SH
Какую конфигурацию (D или L) имеет вы
деленный из арбуза цитруллин (см. фор
мулу, приведенную в предыдущем вопро
13) — с н , — |
се)? Дайте обоснованный ответ.
N
134 ЧАСТЬ 1. БИОМОЛЕКУЛЫ
Н
н) Если эту полярную, но незаряженную
14) — СН 2— СН 2— СН2— R-rpynny подвергнуть гидролизу, то со
С — NH держащая ее аминокислота превращает
ся в другую аминокислоту с отрица
Н — +N тельно заряженной R-группой при pH
I около 7.
Н
4. Связь между кривой титрования и кислот
но-основными свойствалш глицина. 0,1
15) СН 2— СН 2— СН 2— СН 2— NH 3
М раствор глицина (100 мл), имеющий pH
1,72, был оттитрован 2 М раствором
16) — СН 2— С — NH 2 NaOH. В ходе титрования производилась
регистрация pH. полученные данные были
отложены на графике, представленном на
рисунке. Наиболее важные точки на гра
а) Небольшая полярная R-группа, содер фике обозначены римскими цифрами от
жащая гидроксильную группу. Соответ I ло V. Какую из этих пяти точек на кри
ствующая аминокислота играет важную вой титрования следует указать, отвечая
роль в функционировании активных на поставленные ниже вопросы? Поясните
центров некоторых ферментов. свой выбор.
б) R-группа создает наименьшие
стерические ограничения. Задача 4
в) R-группа имеет рК' х 10,5 и при физио
логических значениях pH несет положи
тельный заряд.
г) Серусодержащая R-группа; нейтральна
при всех значениях pH.
д) Ароматическая R-группа; имеет гидро
фобную природу и нейтральна при всех
значениях pH.
е) R-группа, представляющая собой оста
ток насыщенного углеводорода; вносит
важный вклад в гидрофобные взаимо
действия.
ж) Единственная аминокислота, содержа
щая ионизируемую R-группу с величи
ной рК', близкой к 7. Играет важную
роль в функционировании активных
центров ряда ферментов.
з) Единственная аминокислота, содержа
щая замешенную а-аминогруппу.
Число молей NaOH
Влияет на процесс свертывания белко
вой цепи, так как служит местом вынуж а) Какая точка соответствует pH, при ко
денного изгиба цепи. тором в 0,1 М растворе глицина эта
и) R-группа имеет величину рК' около 4 аминокислота существует в форме ио
и при pH 7 несет отрицательный заряд. нов + N H 3— СН 2 СООН?
к) Ароматическая R-группа, способная б) В какой точке средний суммарный за-
участвовать в образовании водородных 1
связей; имеет величину рК', близкую ряд молекулы глицина равен + —?
к 10 .
в) В какой точке аминогруппы ионизиро
л) Образует дисульфидные поперечные
ваны у половины молекул глицина?
связи между полипептидными цепями;
г) В какой точке значение pH равно вели
величина рК ' функциональной группы
чине р К' ионизации карбоксильной
близка к 8 . группы глицина?
м) R-группа с величиной рК':ь 12; несет
д) В какой точке значение pH равно вели
положительный заряд при всех чине рК' ионизации протонированной
физиологических значениях pH. В неко +
торых белках играет важную роль аминогруппы (— N H 3) глицина?
в связывании отрицательно заряженных е) В какой точке глицин обладает макси
фосфатных групп. мальной буферной емкостью?
ГЛ. 5. АМИНОКИСЛОТЫ И ПЕПТИДЫ 135
д. Структурные белки
б. Транспортные белки
Многие белки образуют волокна, на
Транспортные белки плазмы крови витые друг на друга или уложенные пло
связывают и переносят специфические ским слоем; они выполняют опорную
молекулы или ионы из одного органа или защитную функцию, скрепляя биоло
в другой. Гемоглобин, содержащийся гические структуры и придавая им проч
в эритроцитах, при прохождении крови ность. Главным компонентом хрящей
через легкие связывает кислород и до и сухожилий является фибриллярный бе
ставляет его к периферическим тканям, лок коллаген, имеющий очень высокую
где кислород высвобождается и исполь прочность на разрыв. Выделанная кожа
зуется для окисления компонентов пи представляет собой почти чистый колла
щи-процесса, в ходе которого произво ген. Связки содержат эластин -струк-
140 ЧАСТЬ 1. БИОМ ОЛЕКУЛЫ
v •ШШШ
•v. • •.
«
■ Iri
•
f t ' . t
необходимо получить в виде чистого пре Рис. 6-3. Диализ. Мембрана, окружающая рас
парата. Каким же образом один белок, твор белка, свободно пропускает воду и низко
молекулярные соединения, такие, как NaCl или
например какой-нибудь фермент, можно глюкоза, но не пропускает большие молекулы,
отделить от сотен других белков, присут в частности молекулы белка. Малые молекулы
ствующих в экстракте, полученном из диффундируют из диализного мешочка во внеш
клеток или ткани, и добиться нужной ний сосуд, так как в процессе диффузии моле
кулы стремятся перейти в зону с более низкой их
степени его чистоты? концентрацией. Заменяя несколько раз водную
Прежде всего, белки отделяют от низ фазу во внешнем сосуде на дистиллированную
комолекулярных веществ, содержащихся воду, можно снизить концентрацию низкомоле
в клеточном или тканевом экстракте, пу кулярных соединений в растворе белка до сколь
угодно малой величины.
тем диализа (рис. 6-3). Крупные моле
кулы, такие, как молекулы белков,
остаются внутри диализного мешочка, собой разновидность хроматографии,
сделанного из материала, содержащего раствор, содержащий смесь белков, про
ультрамикроскопические поры, напри пускают через колонку, заполненную
мер из целлофана. Если такой мешочек очень мелкими пористыми гранулами
с клеточным или тканевым экстрактом высокогидратированного полимера. Мо
погрузить в воду, то содержащиеся в эк лекулы белков, имеющие сравнительно
стракте малые молекулы, например соли, небольшие размеры, проникают через
пройдут сквозь поры, а высокомолеку поры внутрь этих гранул, в результате че
лярные белки останутся в мешочке. го их прохождение через колонку замед
После того как смесь белков будет ос ляется (рис. 6-4), тогда как молекулы бо
вобождена от малых молекул в ходе диа лее крупных белков не могут проникнуть
лиза, белки можно рассортировать по их внутрь гранул и проходят через колонку
размерам при помощи гель-фильтрации. значительно быстрее. Белки промежу
В ходе этой операции, представляющей точных размеров будут проходить через
ГЛ. 6. БЕЛКИ: КОВАЛЕНТНАЯ СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ 145
Гранула декстрана
/.
Гранула
декстрана
• •I
в
ее
Молекулы более круп Молекулы малого
ее
ного белка не могут белка проникают
проникнуть внутрь в гранулы сквозь
гранулы поры
ХН2
r 2— СН
соон
no2
NH 2
I
+■ R3— СН
no2
СООН
+
nh2
2, 4-динитрофенил - r4—сн
а минокислота, соот соон
ветствующая N-кон
цевому остатку Свободные
аминокислоты
СООН СООН
Тетрапептид 2, 4-динитрофенил-
тетрапептид
148 ЧАСТЬ 1 БИОМ ОЛЕКУЛЫ
чч'пилтиогидантоиновое
производное N -кон
цевой аминокислоты
Фенилтиокарба-
Фенилизо-
моильная группа
тиоцианат
'Sc=s
NIH
NH,
I '
R.-CH
с=о
I
HN
I
R — СН
I
с=о
I
HN
I
R ,— СН
I
СООН СООН
Фенилтиокарбамоил- Исходный пептид минус
тетрапептид N -концевой остаток
же серии реакций, что позволяет иденти Рис. 6-9. Схема определения аминокислотной
фицировать новый N -концевой остаток. последовательности пептида путем его расщеп
ления по Эдману. Исходный тетрапептид всту
Повторяя таким образом отщепление пает в реакцию с фенилизотиоцианатом, в ре
одного за другим N -концевых остатков, зультате чего образуется фенилтиокарбамоиль-
можно легко определить аминокислот ное производное аминоконцевого остатка. Этот
ную последовательность пептидов, со остаток отщепляют от пептида без разрыва дру
гих пептидных связей и получают в виде фенил-
стоящих из 1 0 -2 0 остатков. тиогидантоинового производного, которое
Определение аминокислотной после можно идентифицировать хроматографическим
довательности проводится для всех пеп способом. Оставшийся трипептид вновь прово
тидов, образовавшихся под действием дят через тот же цикл реакций, что позволяет
идентифицировать второй остаток. Эти опера
трипсина. После этого сразу же возни ции повторяют до тех пор, пока не будут иденти
кает новая проблема-определить, в ка фицированы все остатки.
ком порядке трипсиновые фрагменты
вую порцию препарата исходного поли-
располагались в первоначальной поли-
пептида и расщепляют его на более
пептидной цепи.
мелкие фрагменты каким-либо иным
д. Стадия 5: расщепление способом, при помощи которого расще
исходной полипептидной цепи пляются пептидные связи, устойчивые
еще одним способом к действию трипсина. В этом случае бо
лее предпочтительным часто оказывает
Чтобы установить порядок расположе ся не ферментативный, а химический ме
ния пептидных фрагментов, образовав тод. Особенно хорошие результаты дает
шихся под действием трипсина, берут но- реагент бромциан, расщепляющий толь-
ГЛ. 6. БЕЛКИ: КОВАЛЕНТНАЯ СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ 151
С-концевой остаток
Фрагменты первого расщепления Фраг менты второго растепления
O-U-S S- Ь О
P-S W-T-O-U
в - о - V-E V-E-R-L
R- L- А A- P-S
H-O-W-T Н-О
Н О Н О
I II I II , т
Цепь I ••••N— С—С —-N—С— С***- Цепь I
I I I I
Н СН2 Н СН2
Дисульфидная j, ° L-. н Поперечная
поперечная i 3 связь ра-
S Н адм ^авы ш ая^- S 0 3H зорвана
I
Н СНг
I I
Цепь II ■— N — С — С- - - - ••••N—С—С..-- Цепь II
Н О н О
Остаток цистина Два остатка цистеи-
новой кислоты
ностей еще более длинных полипеп двух идентичных ос-глобинов (141 оста
тидных цепей. Очень скоро была ток) и двух идентичных Р-глобинов (146
установлена аминокислотная последова остатков). В молекуле гемоглобина эти
тельность адренокортикотропного гор цепи не соединены ковалентными связя
мона (кортикотропина, АКТГ)-горм она ми, но тесно ассоциированы друг с дру
передней доли гипофиза, стимулирующе гом посредством водородных связей
го рост и активность коры надпочечни и гидрофобных взаимодействий (гл. 7).
ков. Этот гормон состоит из одной поли- После разделения ос- и р-глобинов их
пептидной цепи, содержащей 39 амино аминокислотные последовательности
кислотных остатков, с молекулярной были установлены двумя группами ис
массой около 4600. К концу 1950-х гг. бы следователей в Соединенных Штатах
ла установлена последовательность пер и од н ой -в ФРГ. Среди более длинных
вого фермента - рибонуклеазы; зту рабо полипептидных цепей, для которых уста
ту выполнили Стэнфорд Мур и Уильям новлена полная аминокислотная после
Стейн из Рокфеллеровского института, довательность, можно указать бычий
а также Кристиан Анфинсен с группой трипсиноген (229 остатков), бычий химо-
сотрудников из Национальных институ трипсиноген (245 остатков), глицеральде-
тов здравоохранения (США). Молекула гид-3-фосфатдегидрогеназу (333 остатка)
бычьей рибонуклеазы содержит в своей и состоящий из одной цепи сыворо
единственной цепи 124 аминокислотных точный альбумин человека (582 остатка).
остатка и четыре внутрицепочечные Многие стадии, через которые прохо
— S—S— связи (рис. 6-13). дит определение аминокислотной после
Следующим важным событием было довательности длинных полипептидных
определение аминокислотной последова цепей, и одновременная регистрация всех
тельности в двух типах полипептидных полученных результатов осуществляют
цепей гемоглобина. Это была первая по ся в настоящее время автоматическими
следовательность, установленная для аминокислотными анализаторами с про
олигомерного белка. Молекула гемо граммным управлением. Даже расщепле
глобина состоит из четырех полипеп ние по Эдману проводится при помощи
тидных цепей, называемых глобинами— специального прибора с программным
10
20
т Г 30
40
Число
50 остатков
-6 0
1-70
5 -8 0
-90
-100
Т
соон
С-конец
ГЛ 6. БЕЛКИ: КОВАЛЕНТНАЯ СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ 157