Òåîðåòè÷íà ìåäèöèíà / Theoretical Medicine

УДК 616.98:612.015.1:616.153.454 DOI: 10.22141/2224-0551.15.4.2020.208478

Абатуров А.Е.
ГУ «Днепропетровская медицинская академия МЗ Украины», г. Днепр, Украина

Полисахаридразрушающие ферменты как агенты,

диспергирующие бактериальные биопленки
For citation: Zdorov’e Rebenka. 2020;15(4):271-278. doi: 10.22141/2224-0551.15.4.2020.208478

Резюме.  Развитие бактериальных биопленок зависит от секреции и сохранения внеклеточных полисаха-

ридов, или экзополисахаридов, которые являются основными компонентами внеклеточного полисахаридно-
го вещества биопленок. Экзополисахариды внеклеточного полисахаридного вещества обеспечивают струк-
турную стабильность биопленки, адгезию и агрегацию микроорганизмов, физическую и химическую защиту
бактерий от действия противомикробных препаратов и эффекторов иммунной системы макроорганизма.
Бактериальные клетки, расположенные в биопленке, защищены от антибактериальных эндо- и экзофакторов
внеклеточным полимерным матриксом. Для инициирования диспергирования биопленок микроорганизмы наря-
ду с другими ферментами используют специфические гликозидгидролазы, которые разрушают полисахариды
бактериальных биопленок. Гликозидгидролазы реализуют свое действие через гидролиз гликозидных связей:
амилазы расщепляют α-1,4-; целлюлазы — β-1,4-; β-галактозидазы — β-1,3-гликозидные связи. Основными
гликозидгидролазами, которые обладают антибиопленочным действием, являются: α-лизоцим, амилазы,
дисперсин B, целлюлазы, гиалуронидаза, α- и β-маннозидазы, альгинат-лиазы. Данные ферменты вызывают
разрушение полисахаридных полимеров, способствуя высвобождению бактерий. Бактерии, которые лиши-
лись защиты полисахаридного каркаса, подвергаются воздействию антибактериальных агентов. С учетом
того, что деградация экзополисахаридов биопленок гликозидгидролазами приводит к выраженному диспер-
гированию бактерий, данный антибиопленочный метод лечения может представлять собой универсальный
подход к терапии инфекций, протекающих с формированием биопленок. Медикаментозные методы дис-
пергирования биопленок при помощи полисахаридразрушающих ферментов, без сомнения, расширят арсенал
антибиопленочной терапии хронических и рецидивирующих бактериальных инфекций, особенно вызванных
антибиотикорезистентными бактериями.
Ключевые слова:  бактериальные биопленки; диспергирование; полисахаридразрушающие ферменты

Введение используют специфические гликозидгидролазы

Формирование и диспергирование биопленок за- (glycoside hydrolase — GH) для инициирования собы-
висит от секретируемых бактериями внеклеточных тий диспергирования. Например, дисперсин B пред-
полисахаридов, или экзополисахаридов, как основ- ставляет собой β-гексозаминидазу, которая продуци-
ных компонентов внеклеточного полисахаридного руется грамотрицательной бактерией Aggregatibacter
вещества (extracellular polysaccharide substance — EPS) actinomycetemcomitans [24]. Деградация экзополиса-
биопленок. Экзополисахариды EPS обеспечива- харидов EPS рекомбинантными гликозидгидролаза-
ют структурную стабильность биопленки, адгезию ми приводит к выраженному диспергированию бак-
и агрегацию микроорганизмов, физическую и хи- терий, в связи с чем данный подход к разрушению
мическую защиту бактерий от действия противо- биопленок может представлять собой универсальный
микробных препаратов и эффекторов иммунной метод лечения в клинических условиях инфекций,
системы макроорганизма [12]. Микроорганизмы протекающих с формированием биопленок. Среди

© 2020. The Authors. This is an open access article under the terms of the  Creative Commons Attribution 4.0 International License, CC BY,   which allows others to freely distribute the published
article, with the obligatory reference to the authors of original works and original publication in this journal.
Для корреспонденции: Абатуров Александр Евгеньевич, доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой педиатрии 1 и медицинской генетики, ГУ «Днепропетровская меди-
цинская академия МЗ Украины», ул. Вернадского, 9, г. Днепр, 49044, Украина; e-mail: alexabaturov@i.ua
For correspondence: Oleksandr Abaturov, MD, PhD, Professor, Head of the Department of pediatrics 1 and medical genetics, State Institution “Dnipropetrovsk Medical Academy of the Ministry of Health
of Ukraine”, Vernadsky st., 9, Dnipro, 49044, Ukraine; e-mail: alexabaturov@i.ua
Full list of author information is available at the end of the article.

Vol. 15, No 4, 2020 http://childshealth.zaslavsky.com.ua 271

Теоретична медицина / Theoretical Medicine

полисахаридных гидролизующих ферментов наибо- Альфа-амилазы

лее изученными являются: лизоцим, альгинатные ли-
зазы, дисперсин B и амилазы [28].
Основные бактериальные
гликозидгидролазы
Основные бактериальные GH, которые обладают
способностью деградировать экзополисахариды EPS
бактериальной биопленки, представлены в табл. 1.
Гликозидгидролазы представляют собой энзимы,
которые гидролизируют гликозидные связи. Сведе-
ния о GH аккумулированы в базе данных Cabohydrate-
Active enZyme (CAZy http://www.cazy.org/).
Углеводно-активные ферменты, которые разлага-
ют или модифицируют полисахариды, связываются с
субстратом при помощи углеводсвязывающего сайта,
расположенного вне области активного сайта. Угле-
водсвязывающие сайты располагаются на углеводсвя-
зывающих модулях (carbohydrate-binding modules  —
CBM) или на сайтах связывания с поверхностью
(surface-binding sites — SBS) (рис. 1).
Целлюлозосвязывающий домен (Cellulose-binding
domain — CBD) был первоначально определен как не-
каталитический полисахаридраспознающий модуль
GH. Этот модуль связывает лиганд, такой как целлю-
лоза и другие углеводы. В настоящее время существует
81 определенное семейство CBM, обладающих аффи-
нитетом к различным лигандам (http://www.cazy.org/
Carbohydrate-Binding-Modules.html) (табл. 2) [3, 7].
Различные GH разрушают определенные глико-
зидные связи: α-амилазы расщепляют α-1,4-; целлю-
лазы  — β-1,4-; β-галактозидазы — β-1,3-гликозидные
связи (рис. 2) [11].
Ферменты α-амилазы (EC 3.2.1.1), как и дис-
персин В (DspB), разрушают биопленки, сформи-
рованные бактериями Staphylococcus aureus, EPS ко-
торых содержит полисахаридный межклеточный
адгезин (polysaccharide intercellular adhesin — PIA)/
полимерный N-ацетилглюкозамин PNAG. Различные
α-амилазы, происходящие из разных таксономиче-
ских источников, могут значительно отличаться друг
от друга по предпочтению субстрата [15]. Кроме того,
молекулы α-амилаз содержат по меньшей мере две
разные аминокислотные последовательности, исполь-
зующие два разных каталитических механизма, кото-
рые эволюционировали для достижения одинаковой
α-амилолитической специфичности. В связи с этим
амилазы были классифицированы на четыре семей-
ства GH: GH13, GH57, GH119, GH126 [16]. В качестве
примера представлено филогенетическое дерево се-
мейства гликозидгидролаз GH13 (рис. 3).
Антибиопленочная активность α-амилазы зависит
от ее происхождения. Наиболее высокая антибиопле-
ночная активность отмечается у α-амилазы бактерий
Bacillus subtilis. В то время как ферменты, полученные
из человеческой слюны и сладкого картофеля, не вли-
яют на сформированные патологические биопленки
[15, 29, 33].
Представляет интерес то, что α-амилаза преиму-
щественно разрушает биопленки, сформированные
чувствительными к метициллину бактериями Staphy­
lococcus aureus (meticillin-susceptible Staphylococcus
aureus  — MSSA). Продемонстрировано, что чув-
ствительность к метициллину сопряжена с феноти-
пом бактериальной биопленки. Так, EPS биопленки

Таблица 1. Гликозидазы, участвующие в диспергировании бактериальной биопленки [12]

Фермент Краткая характеристика

GH, гидролизирующая 1,4-гликозидные связи, участвует в диспергирова-

α-амилазы (α-amylase) нии зрелых биопленок, образованных бактериями Staphylococcus aureus,
Pseudomonas aeruginosa
GH бактерий Aggregatibacter actinomycetemcomitans, субстратом которой является
поли-β(1,6)-N-ацетил-D-глюкозамин (Poly-β(1,6)-N-acetyl-D-glucosamine — PNAG).
Данный фермент эффективен против биопленок, формируемых бактериями
Дисперсин B (dispersin B)
Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Acinetobacter baumannii, Actinobacillus
pleuropneumoniae, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Burkholderia spp.,
Yersinia pestis и Pseudomonas aeruginosa
GH, гидролизирующая β(1,4)-гликозидную связь. Разрушает биопленки бактерий
Целлюлазы (cellulase)
Staphylococcus aureus и Pseudomonas aeruginosa
Фермент, который расщепляет гиалуроновую кислоту и способствует деградации
Гиалуронидаза (Hyaluronidase)
биопленок бактерий Staphylococcus aureus, Staphylococcus intermedius
α-маннозидазы
Кислотная гидролаза, разрушающая биопленки бактерий Pseudomonas aeruginosa
(α-mannosidase)
β-маннозидазы GH, отщепляющая β(1,4)-связанные концевые маннозные остатки и разрушающая
(β-mannosidase) биопленки бактерий Pseudomonas aeruginosa
Альгинат-лиазы GH, которая разрушает экзополисахариды, альгинаты биопленок бактерий
(alginate lyase — algL) Pseudomonas aeruginosa
PelAh GH, разрушающая полисахариды бактерий Pseudomonas aeruginosa
PslGH GH, разрушающая полисахариды бактерий Pseudomonas aeruginosa

272 Zdorov’e rebenka, ISSN 2224-0551 (print), ISSN 2307-1168 (online) Vol. 15, No 4, 2020
 Теоретична медицина / Theoretical Medicine

метициллин-резистентных бактерий Staphylococcus имущественно содержит PIA/PNAG (фенотип PIA/

aureus (meticillin-resistant Staphylococcus aureus —PNAG) [23].
MRSA) содержит аутолизин Atl, eDNA и протеины, Установлено, что α-амилаза разлагает биопленку
связывающие фибронектин, FnBPA и FnBPB (фено- с фенотипом PIA/PNAG, образованную бактериями
тип Atl/FnBP). В то время как EPS биопленки пре- Staphylococcus aureus, на 79  % в течение 5 минут и на
89 % в течение 30 минут инку-
бации. Влияние амилазы в кон-
центрации 10, 20 и 100 мг/мл
приводит к уменьшению объ-
ема биопленки Staphylococcus
aureus на 72, 89 и 90 % соответ-
ственно [8, 17].
Согласно результатам ис-
следования антибиопленочной
активности четырех фермент-
ных соединений, проведен-
ного in vitro с использованием
модели биопленки бактерий
Staphylococcus aureus, которая
имитирует раневидные состо-
яния, лизостафин уменьшает
биомассу биопленки на 76  %,
а α-амилаза, бромелайн и па-
паин — на 97, 98 и 98  % соот-
ветственно. Сканирующая
электронная микроскопия под-
твердила, что диспергирующие
ферментные агенты отделя-
ют матрицу экзополисахарида
биопленки от поверхности, на
которой сформировалась био-
Рисунок 1. Строение и взаимодействие гликозидгидролаз пленка [31].
с целлюлозой (на примере целлюлазы, продуцируемой
Trichoderma reesei — TrCel7A) [14] Дисперсин B
Примечания: A. Доменное строение целлюлазы TrCel7A — углеводсвя-
зывающий модуль и каталитический домен, которые соединены линке- Дисперсин B продуцируется
ром. Б. Схема аминокислотной последовательности TrCel7A с располо- грамотрицательными коккоба-
жением сайтов гликозилирования, помеченных красным цветом. циллами Actinobacillus actinomy-

Таблица 2. Классификация CBM, основанная на специфичности лигандов [3]

Лиганды Cемейство CBM

CBM1, CBM2, CBM3, CBM4, CBM6, CBM8, CBM9, CBM10, CBM16, CBM17, CBM28,
Целлюлоза CBM30, CBM37, CBM44, CBM46, CBM49, CBM59, CBM63, CBM64, CBM65, CBM73,
CBM76, CBM78, CBM80, CBM81
CBM2, CBM4, CBM6, CBM9, CBM13, CBM15, CBM22, CBM31, CBM35, CBM36,
Ксилан
CBM37, CBM44, CBM54, CBM59, CBM60, CBM64, CBM72
Стенка клеток растений (напри-
CBM4, CBM6, CBM11, CBM13, CBM16, CBM22, CBM23, CBM27, CBM28, CBM29,
мер, β-глюканы, порфираны,
CBM32, CBM35, CBM39, CBM42, CBM43, CBM52, CBM56, CBM59, CBM61, CBM62,
пектины, маннаны, глюко- и
CBM67
галактуронаны)
CBM1, CBM2, CBM5, CBM6, CBM12, CBM13, CBM14, CBM16, CBM18, CBM19,
Хитин
CBM50, CBM54, CBM55, CBM73
α-глюканы (крахмал/гликоген, CBM20, CBM21, CBM25, CBM26, CBM34, CBM41, CBM45, CBM48, CBM53, CBM58,
мутант) CBM68, CBM69, CBM74
Гликаны млекопитающих CBM32, CBM40, CBM47, CBM51, CBM57
Cахара бактериальной клеточной стенки: CBM35, CBM39, CBM50
Другие Фруктаны: CBM38, CBM66
Глюканы из клеточной стенки дрожжей: CBM54

Vol. 15, No 4, 2020 http://childshealth.zaslavsky.com.ua 273

Теоретична медицина / Theoretical Medicine

cetemcomitans и представляет собой антибиопленочный dis, Staphylococcus aureus, Actinobacillus pleuropneumoniae;

фермент, молекула которого содержит домен, гомоло-
гичный каталитическому домену β-гексозаминидаз.
Фермент DspB относится к семейству гликозидги-
дролаз-20 (GH20) и обладает β-гексозаминидазной
(EC 3.2.1.52) и лакто-N-биозидазной (ЕС 3.2.1.140)
активностью. Бактериальный DspB является мономер-
ным ферментом [24, 25]. Дисперсин B гидролизирует
PNAG, необходимый для прикрепления EPS биоплен-
ки к поверхности [5, 10, 24].
Дисперсин B проявляет антибиопленочную актив-
ность по отношению к биопленкам, сформированным
не только коккобациллами Actinobacillus actinomy-
cetemcomitans, но и бактериями Staphylococcus epidermi-
Escherichia coli; Yersinia pestis и Pseudomonas fluorescens
[18]. Дисперсин B, являясь эффективным ферментом
для разрушения биопленок путем гидролиза PNAG
биопленок, не обладает противомикробной активно-
стью, в связи с чем высвобождаемые из разрушенной
матрицы EPS бактерий могут инициировать рецидив
инфекционного процесса. Для преодоления данного
недостатка Kuan-Jung Chen, Cheng-Kang Lee [6], слив
молекулу DspB с пептидом AgBP2, связывающим на-
ночастицы серебра (AgNP), создали конъюгат AgNP-
DspB, который не только разрушает биопленку путем
гидролиза PNAG за счет действия DspB, но и вызыва-
ет гибель высвобожденных из биопленки бактерий за

Рисунок 2. Таргетные гликозидные связи различных гликозидгидролаз [11]

Рисунок 3. Филогенетическое дерево семейства гликозидгидролаз GH13 [16]

274 Zdorov’e rebenka, ISSN 2224-0551 (print), ISSN 2307-1168 (online) Vol. 15, No 4, 2020
 Теоретична медицина / Theoretical Medicine

счет действия AgNP. Применение конъюгата AgNP-
DspB при биопленке, сформированной бактериями
Staphylococcus epidermidis, сопровождалось деградацией
69 % биопленки, в то время как использование только
DspB приводило к уменьшению массы биопленки на
37 %. Авторы полагают, что конъюгат AgNP-DspB мо-
жет быть использован при лечении стафилококковых
инфекций раневых поверхностей.
Charlene Babra Waryah и соавт. [30] показали, что
ДНКаза I и дисперсин B одинаково способствуют
повышению антибактериальной эффективности то-
брамицина за счет разрушения Staphylococcus aureus-
ассоциированной биопленки. Однако комбинация
этих двух разрушающих биопленку ферментов менее
эффективно способствует повышению антибактери-
альной эффективности тобрамицина, чем моноприме-
нение данных ферментов. Эти данные указывают на то,
что комбинации различных разрушающих биопленку
ферментов могут поставить под угрозу антимикробную
эффективность антибиотиков и их необходимо тща-
тельно оценивать in vitro, прежде чем использовать для
дезинфекции медицинских устройств или в фармацев-
тических составах для лечения хронических инфекций
респираторного тракта.
Целлюлазы
Целлюлоза, полимер β-1,4-связанных моле-
кул глюкозы, является основным полисахаридным
компонентом клеточных стенок растений и наибо-
лее распространенным органическим полимером
на Земле. Семейство гликозидгидролаз-74 (GH74)
представляет собой исторически важное семейство
Таблица 3. Эндо- и экзоцеллюлазы [27]
эндо-β-глюканаз, которое первоначально считалось
семейством целлюлазы [2]. Около 24 % бактерий про-
дуцируют целлюлазы. Существует два распространен-
ных типа активных сайтов целлюлаз. Гликозидные ги-
дролизы с открытыми (бороздчатые, расщепленные)
активными центрами обычно проявляют эндоцеллю-
лолитическую активность (эндоцеллюлазы), связыва-
ясь в любом месте по длине молекулы целлюлозы и
гидролизуя β-1,4-гликозидную связь, в то время как
те целлюлазы, у которых активный сайт имеет тунне-
леподобную форму, проявляют экзоцеллюлолитиче-
скую активность (целлобиогидролазы), связываясь на
концах молекулы целлюлозы и продуцируя олигоса-
харидные продукты единичной длины. Как правило,
экзоцеллюлазы являются процессивными фермента-
ми, то есть они прикрепляются к целлюлозной цепи
до тех пор, пока она полностью не гидролизируется
[19, 27].
Целлюлазы расщепляют β-1,4-гликозидные связи,
и конечным продуктом данного гидролиза является
целлобиоза, которая представляет собой дисахарид
глюкозы, способный репрессировать целлюлолитиче-
ский механизм и подавлять активность целлюлазы [4].
Многочисленные целлюлазы относятся к различ-
ным классам GH (табл. 3).
Целлюлаза легко гидролизирует Psl бактерий
Pseudomonas aeruginosa и устраняет Psl с поверхности
клетки. При обработке целлюлазой Psl, по-видимому,
отделяется от поверхности бактерий. Установлено,
что целлюлаза может высвобождать Psl с поверхности
бактериальных клеток, не разрушая основной полимер
Psl. По всей вероятности, данный феномен обуслов-

CAZy семейство Складка Тип действия

GH5 (β/α)8 Эндо

GH5 (β/α)8 Экзо
GH6 Аtypical β/α barrel Эндо
GH6 Аtypical β/α barrel Экзо
GH7 β-jelly roll Эндо
GH7 β-jelly roll Экзо
GH8 (α/α)6 Эндо
GH9 (α/α)6 Эндо
GH9 (α/α)6 Экзо
GH12 β-jelly roll Эндо
GH23 α8 superhelical Эндо
GH44 (β/α)8 Эндо
GH45 β6-barrel Эндо
GH48 (α/α)6 Эндо
GH48 (α/α)6 Экзо
GH51 (β/α)8 Эндо
GH61 β-sandwich with an Ig-like topology. β9α5 Эндо
GH74 7-fold β-propeller Эндо

Vol. 15, No 4, 2020 http://childshealth.zaslavsky.com.ua 275

Теоретична медицина / Theoretical Medicine

лен тем, что β-1,3- или β-1,4-связанная глюкоза может
быть моносахаридом, который связывает Psl с бактери-
альной поверхностью [22].
Альгинат-лиазы
Альгинат представляет собой линейный анион-
ный полисахарид с высокой молекулярной массой,
который состоит из β-1,4-гликозидно-связанной α-L-
гулуроновой (G) и β-D-маннуроновой (M) кислоты и
является характерным компонентом биопленки бак-
терий Pseudomonas и Azotobacter. Альгинат защищает
бактерии от агрессивных факторов окружающей среды
и способствует их адгезивной активности. Гены, уча-
ствующие в синтезе альгината, транскрибируются при
адгезии бактерий к поверхностям, что приводит к раз-
витию биопленки. При определенных условиях бак-
терии Pseudomonas aeruginosa экспрессирует algL, ко-
торая расщепляет альгинатный полимер на короткие
олигосахариды, что приводит к подавлению адгезии и
отделению бактерий от биологической поверхности.
Диспергирование бактерий из биопленки позволяет
микроорганизмам колонизировать новые сайты ма-
кроорганизма [9, 26].
Альгинат-лиазы делятся на G-специфические
(EC4.2.2.11) и M-специфические (EC4.2.2.3) фермен-
ты. Полисахаридные лиазы на основании гомологии
аминокислотных последовательностей делятся на не-
сколько семейств. К настоящему времени идентифи-
цировано более 1774 последовательностей альгинат-
лиаз, которые образуют 7 ферментативных семейств
[21, 32, 34]. Действие альгинат-лиазы происходит в три
этапа: 1) удаление отрицательного заряда карбоксилат-
аниона; 2) отведение протона на С5; 3) β-элиминация
4-O-гликозидной связи (лиазы) (рис. 4) [28].
Альгинат-лиазы отличаются субстратной специ­
фичностью. Установлено, что альгинат-лиаза бакте-
рий Pseudomonas aeruginosa проявляет активность как к
поли-М, так и к поли-G альгинату [13].
Продемонстрировано, что альгинат-лиаза в кон-
центрации 20 ед/мл в комбинации с гентамицином
(64  мкг/мл) вызывает деградацию биопленки, сфор-
мированной Pseudomonas aeruginosa. Инкубация био-
пленки с альгинат-лиазой и гентамицином в течение
96 часов приводила к полному исчезновению ее струк-
тур [1].
Продемонстрировано, что сайт-специфическое
монопегилирование генно-инженерной альгинат-ли-
азы А1-III усиливает антибиопленочную активность.
Генно-инженерная альгинат-лиаза А1-III способству-
ет элиминации более чем 90  % адгезивных бактерий
Pseudomonas aeruginosa из биопленки [20].
Полагают, что альгинат-лиаза обязательно получит
клиническое применение для лечения заболеваний,
связанных с развитием бактериальных биопленок сли-
зистых оболочек респираторного тракта.
Выводы
Бактериальные клетки, расположенные в биоплен-
ке, защищены от антибактериальных эндо- и экзофак-
торов внеклеточным полимерным матриксом, основу
которого составляют бактери-
альные полисахаридные соеди-
нения, которые синтезируются
самими бактериями. Ферменты,
которые расщепляют полиса-
харидные полимеры, вызыва-
ют разрушение бактериальных
биопленок, что сопровождается
высвобождением бактерий. Ли-
шение защиты полисахаридов
EPS способствует эффектив-
ному воздействию антибакте-
риальных агентов на бактерии.
Медикаментозные методы дис-
пергирования биопленок при
помощи полисахаридразруша-
ющих ферментов, без сомнения,
расширят арсенал антибиопле-
ночной терапии хронических и
рецидивирующих бактериаль-
ных инфекций, особенно вы-
званных антибиотикорезистент-
ными бактериями.

Конфликт интересов. Автор

заявляет об отсутствии какого-
либо конфликта интересов и
Рисунок 4. Гидролиз альгината при помощи альгинат-лиазы [28]
Примечание: альгинат-лиаза катализирует гидролиз альгината, сопо- собственной финансовой заин-
лимера L-гулуроната (G) и C5-эпимера-D-маннуроната (M) посредством тересованности при подготовке
β-элиминации. данной статьи.

276 Zdorov’e rebenka, ISSN 2224-0551 (print), ISSN 2307-1168 (online) Vol. 15, No 4, 2020

References
1. Alkawash MA, Soothill JS, Schiller NL. Alginate ly-
ase enhances antibiotic killing of mucoid Pseudomonas
aeruginosa in biofilms. APMIS. 2006;114(2):131-138.
doi:10.1111/j.1600-0463.2006.apm_356.x.
2. Arnal G, Stogios PJ, Asohan J, et al. Substrate speci-
ficity, regiospecificity, and processivity in glycoside hydro-
lase family 74. J Biol Chem. 2019;294(36):13233-13247.
doi:10.1074/jbc.RA119.009861.
3. Baroroh U, Yusuf M, Rachman SD, et al. The Importance
of Surface-Binding Site towards Starch-Adsorptivity Level in
α-Amylase: A Review on Structural Point of View. Enzyme
Res. 2017;2017:4086845. doi:10.1155/2017/4086845.
4. Berlemont R, Martiny AC. Phylogenetic distribution
of potential cellulases in bacteria. Appl Environ Microbiol.
2013;79(5):1545-1554. doi:10.1128/AEM.03305-12.
5. Chaignon P, Sadovskaya I, Ragunah Ch, Ramasubbu
N, Kaplan JB, Jabbouri S. Susceptibility of staphylococcal
biofilms to enzymatic treatments depends on their chemical
composition. Appl Microbiol Biotechnol. 2007;75(1):125-
132. doi:10.1007/s00253-006-0790-y.
6. Chen KJ, Lee CK. Twofold enhanced dispersin B activ-
ity by N-terminal fusion to silver-binding peptide for biofilm
eradication. Int J Biol Macromol. 2018;118(Pt A):419-426.
doi:10.1016/j.ijbiomac.2018.06.066.
7. Cockburn D, Wilkens C, Ruzanski C, et al. Analysis of
surface binding sites (SBSs) in carbohydrate active enzymes
with focus on glycoside hydrolase families 13 and 77 — a
mini-review. Biologia. 2014;69(6):705-712. doi:10.2478/
s11756-014-0373-9.
8. Craigen B, Dashiff A, Kadouri DE. The Use of Com-
mercially Available Alpha-Amylase Compounds to Inhibit
and Remove Staphylococcus aureus Biofilms. Open Microbiol
J. 2011;5:21-31. doi:10.2174/1874285801105010021.
9. Ertesvåg H. Alginate-modifying enzymes: bio-
logical roles and biotechnological uses. Front Microbiol.
2015;6:523. doi:10.3389/fmicb.2015.00523.
10. Fekete A, Borbás A, Gyémánt G, et al. Synthesis of
β-(1→6)-linked N-acetyl-D-glucosamine oligosaccharide
substrates and their hydrolysis by Dispersin B. Carbohydr Res.
2011;346(12):1445-1453. doi:10.1016/j.carres.2011.03.029.
11. Fleming D, Chahin L, Rumbaugh K. Glycoside Hydro-
lases Degrade Polymicrobial Bacterial Biofilms in Wounds.
Antimicrob Agents Chemother. 2017;61(2):e01998-16.
doi:10.1128/AAC.01998-16.
12. Fleming D, Rumbaugh KP. Approaches to Dispers-
ing Medical Biofilms. Microorganisms. 2017;5(2):15.
doi:10.3390/microorganisms5020015.
13. Ghadam P, Akhlaghi F, Ali AA. One-step purifica-
tion and characterization of alginate lyase from a clinical
Pseudomonas aeruginosa with destructive activity on bac-
terial biofilm. Iran J Basic Med Sci. 2017;20(5):467-473.
doi:10.22038/IJBMS.2017.8668.
14. Greene ER, Himmel ME, Beckham GT, Tan Z. Gly-
cosylation of Cellulases: Engineering Better Enzymes for
Biofuels. Adv Carbohydr Chem Biochem. 2015;72:63-112.
doi:10.1016/bs.accb.2015.08.001.
15. Hogan S, Zapotoczna M, Stevens NT, Humphreys H,
O'Gara JP, O'Neill E. Potential use of targeted enzymatic
agents in the treatment of Staphylococcus aureus biofilm-
related infections. J Hosp Infect. 2017;96(2):177-182.
doi:10.1016/j.jhin.2017.02.008.
16. Janeček Š, Gabriško M. Remarkable evolution-
ary relatedness among the enzymes and proteins from the
α-amylase family. Cell Mol Life Sci. 2016;73(14):2707-2725.
doi:10.1007/s00018-016-2246-6.
Vol. 15, No 4, 2020 http://childshealth.zaslavsky.com.ua
Теоретична медицина / Theoretical Medicine
17. Kalpana BJ, Aarthy S, Pandian SK. Antibiofilm activ-
ity of α-amylase from Bacillus subtilis S8-18 against biofilm
forming human bacterial pathogens. Appl Biochem Biotech-
nol. 2012;167(6):1778-1794. doi:10.1007/s12010-011-9526-
2.
18. Kerrigan JE, Ragunath C, Kandra L, et al. Model-
ing and biochemical analysis of the activity of antibiofilm
agent Dispersin B. Acta Biol Hung. 2008;59(4):439-451.
doi:10.1556/ABiol.59.2008.4.5.
19. Kurasin M, Väljamäe P. Processivity of cello-
biohydrolases is limited by the substrate. J Biol Chem.
2011;286(1):169-177. doi:10.1074/jbc.M110.161059.
20. Lamppa JW, Ackerman ME, Lai JI, Scanlon TC, Gris-
wold KE. Genetically engineered alginate lyase-PEG con-
jugates exhibit enhanced catalytic function and reduced im-
munoreactivity. PLoS One. 2011;6(2):e17042. doi:10.1371/
journal.pone.0017042.
21. Lombard V, Bernard T, Rancurel C, Brumer H,
Coutinho PM, Henrissat B. A hierarchical classification
of polysaccharide lyases for glycogenomics. Biochem J.
2010;432(3):437-444. doi:10.1042/BJ20101185.
22. Ma L, Conover M, Lu H, Parsek MR, Bayles K, Woz-
niak DJ. Assembly and development of the Pseudomonas ae-
ruginosa biofilm matrix. PLoS Pathog. 2009;5(3):e1000354.
doi:10.1371/journal.ppat.1000354.
23. Pozzi C, Waters EM, Rudkin JK, et al. Methicillin
resistance alters the biofilm phenotype and attenuates viru-
lence in Staphylococcus aureus device-associated infections.
PLoS Pathog. 2012;8(4):e1002626. doi:10.1371/journal.
ppat.1002626.
24. Ragunath C, DiFranco K, Shanmugam M, et al.
Surface display of Aggregatibacter actinomycetemcomi-
tans autotransporter Aae and dispersin B hybrid act as an-
tibiofilm agents. Mol Oral Microbiol. 2016;31(4):329-339.
doi:10.1111/omi.12126.
25. Ramasubbu N, Thomas LM, Ragunath C, Kaplan JB.
Structural analysis of dispersin B, a biofilm-releasing glyco-
side hydrolase from the periodontopathogen Actinobacillus
actinomycetemcomitans. J Mol Biol. 2005;349(3):475-486.
doi:10.1016/j.jmb.2005.03.082.
26. Saxena P, Joshi Y, Rawat K, Bisht R. Biofilms: Ar-
chitecture, Resistance, Quorum Sensing and Control Mecha-
nisms. Indian J Microbiol. 2019;59(1):3-12. doi:10.1007/
s12088-018-0757-6.
27. Sukharnikov LO, Cantwell BJ, Podar M, Zhulin IB.
Cellulases: ambiguous nonhomologous enzymes in a ge-
nomic perspective. Trends Biotechnol. 2011;29(10):473-479.
doi:10.1016/j.tibtech.2011.04.008.
28. Thallinger B, Prasetyo EN, Nyanhongo GS, Guebitz
GM. Antimicrobial enzymes: an emerging strategy to fight
microbes and microbial biofilms. Biotechnol J. 2013;8(1):97-
109. doi:10.1002/biot.201200313.
29. van Dijl JM, Hecker M. Bacillus subtilis: from soil
bacterium to super-secreting cell factory. Microb Cell Fact.
2013;12:3. doi:10.1186/1475-2859-12-3.
30. Waryah CB, Wells K, Ulluwishewa D, et al. In Vitro
Antimicrobial Efficacy of Tobramycin Against Staphylococ-
cus aureus Biofilms in Combination With or Without DNase I
and/or Dispersin B: A Preliminary Investigation. Microb Drug
Resist. 2017;23(3):384-390. doi:10.1089/mdr.2016.0100.
31. Watters CM, Burton T, Kirui DK, Millenbaugh NJ.
Enzymatic degradation of in vitro Staphylococcus aureus bio-
films supplemented with human plasma. Infect Drug Resist.
2016;9:71-78. doi:10.2147/IDR.S103101.
32. Xu F, Wang P, Zhang YZ, Chen XL. Diversity of Three-
Dimensional Structures and Catalytic Mechanisms of Algi-
277
Теоретична медицина / Theoretical Medicine
nate Lyases. Appl Environ Microbiol. 2018;84(3):e02040-17.
doi:10.1128/AEM.02040-17.
33. Yan S, Wu G. Bottleneck in secretion of α-amylase
in Bacillus subtilis. Microb Cell Fact. 2017;16(1):124.
doi:10.1186/s12934-017-0738-1.
34. Zhu B, Yin H. Alginate lyase: Review of major sources
and classification, properties, structure-function analysis
Information about author
А.Е. Abaturov, MD, PhD, Professor, Head of the Department of pediatrics 1 and medical genetics, State Institution “Dnipropetrovsk Medical Academy of the Ministry of Health of Ukraine”, Dnipro, Ukraine;
e-mail: alexabaturov@i.ua; ORCID iD: http://orcid.org/0000-0001-6291-5386
Абатуров О.Є.
ДУ «Дніпропетровська медична академія МОЗ України», м. Дніпро, Україна
Полісахаридруйнуючі ферменти як агенти, що диспергують бактеріальні біоплівки
Резюме.  Розвиток бактеріальних біоплівок залежить від
секреції і збереження позаклітинних полісахаридів або екзо-
полісахаридів, що являють собою основні компоненти поза-
клітинної полісахаридної речовини біоплівок. Екзополісаха-
риди позаклітинної полісахаридної речовини забезпечують
структурну стабільність біоплівки, адгезію і агрегацію мікро-
організмів, фізичний та хімічний захист бактерій від дії проти-
мікробних препаратів і ефекторів імунної системи макроорга-
нізму. Бактеріальні клітини, розташовані в біоплівці, захищені
від антибактеріальних ендо- та екзофакторів позаклітинним
полімерним матриксом. Для ініціювання диспергування біо-
плівок мікроорганізми поряд з іншими ферментами викорис-
товують специфічні глікозидгідролази, що руйнують поліса-
хариди бактеріальних біоплівок. Глікозидгідролази реалізують
свою дію через гідроліз глікозидних зв’язків: амілази розще-
плюють α-1,4-; целюлази — β-1,4-; β-галактозидази — β-1,3-
глікозидний зв’язок. Основними глікозидгідролазами, що чи-
А.Е. Abaturov
State Institution “Dnipropetrovsk Medical Academy of the Ministry of Health of Ukraine”, Dnipro, Ukraine
Polysaccharide-degrading enzymes as agents dispersing bacterial biofilms
Abstract.  The development of bacterial biofilms depends on hydrolases that have antibiotic action are: α-lysozyme, amylases,
the secretion and preservation of extracellular polysaccharides,
or exopolysaccharides, which are the main components of the ex-
tracellular polysaccharide substance of the biofilms. Exopolysac-
charides of the extracellular polysaccharide substance provide the
structural stability of the biofilm, the adhesion and aggregation of
microorganisms, the physical and chemical protection of bacte-
ria from the action of antimicrobials and immune system effectors
of the macroorganism. Bacterial cells located in the biofilm are
protected from antibacterial endo- and exofactors by an extra-
cellular polymeric matrix. To initiate the dispersion of biofilms,
microorganisms, along with other enzymes, use specific glycoside
hydrolases, which destroy polysaccharides of bacterial biofilms.
Glycoside hydrolases realize their action through the hydrolysis
of glycosidic bonds: amylases cleave α-1,4-; cellulases — ­β-1,4-;
β-galactosidases — β-1,3-glycosidic bonds. The main glycoside
278 Zdorov’e rebenka, ISSN 2224-0551 (print), ISSN 2307-1168 (online)
and applications. Bioengineered. 2015;6(3):125-131. doi:1
0.1080/21655979.2015.1030543.
Получено/Received 22.01.2020
Рецензировано/Revised 24.02.2020
Принято в печать/Accepted 03.03.2020 
нять антибіоплівкову дію, є: α-лізоцим, амілази, дисперсин B,
целюлази, гіалуронідаза, α- і β-манозідази, альгінат-ліази. Ці
ферменти викликають руйнування полісахаридних полімерів,
сприяючи вивільненню бактерій. Бактерії, які втратили захист
полісахаридного каркасу, піддаються впливу антибактеріаль-
них агентів. З огляду на те, що деградація екзополісахаридів
біоплівок глікозидгідролазами призводить до вираженого
диспергування бактерій, даний антибіоплівковий метод лі-
кування може являти собою універсальний підхід до терапії
інфекцій, що перебігають із формуванням біоплівок. Меди-
каментозні методи диспергування біоплівок за допомогою
полісахариддеградуючих ферментів, без сумніву, розширять
арсенал антибіоплівкової терапії хронічних та рецидивуючих
бактеріальних інфекцій, особливо викликаних антибіотико-
резистентними бактеріями.
Ключові слова:  бактеріальні біоплівки; диспергування; по-
лісахаридруйнуючі ферменти
dispersin B, cellulases, hyaluronidase, α- and β-mannosidases,
alginate lyases. These enzymes cause the destruction of polysac-
charide polymers, contributing to the release of bacteria. Bacte-
ria that have lost the protection of the polysaccharide scaffold are
exposed to antibacterial agents. Considering that the degradation
of exopolysaccharides of biofilms by glycoside hydrolases leads
to pronounced dispersion of bacteria, this antibiofilm treatment
method can be a universal approach to the treatment of infections
occurring with the formation of biofilms. Drug methods of dis-
persing biofilms using polysaccharide-degrading enzymes will no
doubt expand the arsenal of antibiofilm therapy for chronic and
recurrent bacterial infections, especially those caused by antibio­
tic-resistant bacteria.
Keywords:  bacterial biofilms; dispersion; polysaccharide-de-
grading enzymes
Vol. 15, No 4, 2020