Вы находитесь на странице: 1из 8

Òåîðåòè÷íà ìåäèöèíà / Theoretical Medicine

УДК 616.98:612.015.1:616.153.454 DOI: 10.22141/2224-0551.15.4.2020.208478

Абатуров А.Е.
ГУ «Днепропетровская медицинская академия МЗ Украины», г. Днепр, Украина

Полисахаридразрушающие ферменты как агенты,


диспергирующие бактериальные биопленки
For citation: Zdorov’e Rebenka. 2020;15(4):271-278. doi: 10.22141/2224-0551.15.4.2020.208478

Резюме.  Развитие бактериальных биопленок зависит от секреции и сохранения внеклеточных полисаха-


ридов, или экзополисахаридов, которые являются основными компонентами внеклеточного полисахаридно-
го вещества биопленок. Экзополисахариды внеклеточного полисахаридного вещества обеспечивают струк-
турную стабильность биопленки, адгезию и агрегацию микроорганизмов, физическую и химическую защиту
бактерий от действия противомикробных препаратов и эффекторов иммунной системы макроорганизма.
Бактериальные клетки, расположенные в биопленке, защищены от антибактериальных эндо- и экзофакторов
внеклеточным полимерным матриксом. Для инициирования диспергирования биопленок микроорганизмы наря-
ду с другими ферментами используют специфические гликозидгидролазы, которые разрушают полисахариды
бактериальных биопленок. Гликозидгидролазы реализуют свое действие через гидролиз гликозидных связей:
амилазы расщепляют α-1,4-; целлюлазы — β-1,4-; β-галактозидазы — β-1,3-гликозидные связи. Основными
гликозидгидролазами, которые обладают антибиопленочным действием, являются: α-лизоцим, амилазы,
дисперсин B, целлюлазы, гиалуронидаза, α- и β-маннозидазы, альгинат-лиазы. Данные ферменты вызывают
разрушение полисахаридных полимеров, способствуя высвобождению бактерий. Бактерии, которые лиши-
лись защиты полисахаридного каркаса, подвергаются воздействию антибактериальных агентов. С учетом
того, что деградация экзополисахаридов биопленок гликозидгидролазами приводит к выраженному диспер-
гированию бактерий, данный антибиопленочный метод лечения может представлять собой универсальный
подход к терапии инфекций, протекающих с формированием биопленок. Медикаментозные методы дис-
пергирования биопленок при помощи полисахаридразрушающих ферментов, без сомнения, расширят арсенал
антибиопленочной терапии хронических и рецидивирующих бактериальных инфекций, особенно вызванных
антибиотикорезистентными бактериями.
Ключевые слова:  бактериальные биопленки; диспергирование; полисахаридразрушающие ферменты

Введение используют специфические гликозидгидролазы


Формирование и диспергирование биопленок за- (glycoside hydrolase — GH) для инициирования собы-
висит от секретируемых бактериями внеклеточных тий диспергирования. Например, дисперсин B пред-
полисахаридов, или экзополисахаридов, как основ- ставляет собой β-гексозаминидазу, которая продуци-
ных компонентов внеклеточного полисахаридного руется грамотрицательной бактерией Aggregatibacter
вещества (extracellular polysaccharide substance — EPS) actinomycetemcomitans [24]. Деградация экзополиса-
биопленок. Экзополисахариды EPS обеспечива- харидов EPS рекомбинантными гликозидгидролаза-
ют структурную стабильность биопленки, адгезию ми приводит к выраженному диспергированию бак-
и агрегацию микроорганизмов, физическую и хи- терий, в связи с чем данный подход к разрушению
мическую защиту бактерий от действия противо- биопленок может представлять собой универсальный
микробных препаратов и эффекторов иммунной метод лечения в клинических условиях инфекций,
системы макроорганизма [12]. Микроорганизмы протекающих с формированием биопленок. Среди

© 2020. The Authors. This is an open access article under the terms of the  Creative Commons Attribution 4.0 International License, CC BY,   which allows others to freely distribute the published
article, with the obligatory reference to the authors of original works and original publication in this journal.
Для корреспонденции: Абатуров Александр Евгеньевич, доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой педиатрии 1 и медицинской генетики, ГУ «Днепропетровская меди-
цинская академия МЗ Украины», ул. Вернадского, 9, г. Днепр, 49044, Украина; e-mail: alexabaturov@i.ua
For correspondence: Oleksandr Abaturov, MD, PhD, Professor, Head of the Department of pediatrics 1 and medical genetics, State Institution “Dnipropetrovsk Medical Academy of the Ministry of Health
of Ukraine”, Vernadsky st., 9, Dnipro, 49044, Ukraine; e-mail: alexabaturov@i.ua
Full list of author information is available at the end of the article.

Vol. 15, No 4, 2020 http://childshealth.zaslavsky.com.ua 271


Теоретична медицина / Theoretical Medicine

полисахаридных гидролизующих ферментов наибо- Альфа-амилазы


лее изученными являются: лизоцим, альгинатные ли- Ферменты α-амилазы (EC 3.2.1.1), как и дис-
зазы, дисперсин B и амилазы [28]. персин В (DspB), разрушают биопленки, сформи-
рованные бактериями Staphylococcus aureus, EPS ко-
Основные бактериальные торых содержит полисахаридный межклеточный
гликозидгидролазы адгезин (polysaccharide intercellular adhesin — PIA)/
Основные бактериальные GH, которые обладают полимерный N-ацетилглюкозамин PNAG. Различные
способностью деградировать экзополисахариды EPS α-амилазы, происходящие из разных таксономиче-
бактериальной биопленки, представлены в табл. 1. ских источников, могут значительно отличаться друг
Гликозидгидролазы представляют собой энзимы, от друга по предпочтению субстрата [15]. Кроме того,
которые гидролизируют гликозидные связи. Сведе- молекулы α-амилаз содержат по меньшей мере две
ния о GH аккумулированы в базе данных Cabohydrate- разные аминокислотные последовательности, исполь-
Active enZyme (CAZy http://www.cazy.org/). зующие два разных каталитических механизма, кото-
Углеводно-активные ферменты, которые разлага- рые эволюционировали для достижения одинаковой
ют или модифицируют полисахариды, связываются с α-амилолитической специфичности. В связи с этим
субстратом при помощи углеводсвязывающего сайта, амилазы были классифицированы на четыре семей-
расположенного вне области активного сайта. Угле- ства GH: GH13, GH57, GH119, GH126 [16]. В качестве
водсвязывающие сайты располагаются на углеводсвя- примера представлено филогенетическое дерево се-
зывающих модулях (carbohydrate-binding modules  — мейства гликозидгидролаз GH13 (рис. 3).
CBM) или на сайтах связывания с поверхностью Антибиопленочная активность α-амилазы зависит
(surface-binding sites — SBS) (рис. 1). от ее происхождения. Наиболее высокая антибиопле-
Целлюлозосвязывающий домен (Cellulose-binding ночная активность отмечается у α-амилазы бактерий
domain — CBD) был первоначально определен как не- Bacillus subtilis. В то время как ферменты, полученные
каталитический полисахаридраспознающий модуль из человеческой слюны и сладкого картофеля, не вли-
GH. Этот модуль связывает лиганд, такой как целлю- яют на сформированные патологические биопленки
лоза и другие углеводы. В настоящее время существует [15, 29, 33].
81 определенное семейство CBM, обладающих аффи- Представляет интерес то, что α-амилаза преиму-
нитетом к различным лигандам (http://www.cazy.org/ щественно разрушает биопленки, сформированные
Carbohydrate-Binding-Modules.html) (табл. 2) [3, 7]. чувствительными к метициллину бактериями Staphy­
Различные GH разрушают определенные глико- lococcus aureus (meticillin-susceptible Staphylococcus
зидные связи: α-амилазы расщепляют α-1,4-; целлю- aureus  — MSSA). Продемонстрировано, что чув-
лазы  — β-1,4-; β-галактозидазы — β-1,3-гликозидные ствительность к метициллину сопряжена с феноти-
связи (рис. 2) [11]. пом бактериальной биопленки. Так, EPS биопленки

Таблица 1. Гликозидазы, участвующие в диспергировании бактериальной биопленки [12]

Фермент Краткая характеристика

GH, гидролизирующая 1,4-гликозидные связи, участвует в диспергирова-


α-амилазы (α-amylase) нии зрелых биопленок, образованных бактериями Staphylococcus aureus,
Pseudomonas aeruginosa
GH бактерий Aggregatibacter actinomycetemcomitans, субстратом которой является
поли-β(1,6)-N-ацетил-D-глюкозамин (Poly-β(1,6)-N-acetyl-D-glucosamine — PNAG).
Данный фермент эффективен против биопленок, формируемых бактериями
Дисперсин B (dispersin B)
Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Acinetobacter baumannii, Actinobacillus
pleuropneumoniae, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Burkholderia spp.,
Yersinia pestis и Pseudomonas aeruginosa
GH, гидролизирующая β(1,4)-гликозидную связь. Разрушает биопленки бактерий
Целлюлазы (cellulase)
Staphylococcus aureus и Pseudomonas aeruginosa
Фермент, который расщепляет гиалуроновую кислоту и способствует деградации
Гиалуронидаза (Hyaluronidase)
биопленок бактерий Staphylococcus aureus, Staphylococcus intermedius
α-маннозидазы
Кислотная гидролаза, разрушающая биопленки бактерий Pseudomonas aeruginosa
(α-mannosidase)
β-маннозидазы GH, отщепляющая β(1,4)-связанные концевые маннозные остатки и разрушающая
(β-mannosidase) биопленки бактерий Pseudomonas aeruginosa
Альгинат-лиазы GH, которая разрушает экзополисахариды, альгинаты биопленок бактерий
(alginate lyase — algL) Pseudomonas aeruginosa
PelAh GH, разрушающая полисахариды бактерий Pseudomonas aeruginosa
PslGH GH, разрушающая полисахариды бактерий Pseudomonas aeruginosa

272 Zdorov’e rebenka, ISSN 2224-0551 (print), ISSN 2307-1168 (online) Vol. 15, No 4, 2020
Теоретична медицина / Theoretical Medicine

метициллин-резистентных бактерий Staphylococcus имущественно содержит PIA/PNAG (фенотип PIA/


aureus (meticillin-resistant Staphylococcus aureus —PNAG) [23].
MRSA) содержит аутолизин Atl, eDNA и протеины, Установлено, что α-амилаза разлагает биопленку
связывающие фибронектин, FnBPA и FnBPB (фено- с фенотипом PIA/PNAG, образованную бактериями
тип Atl/FnBP). В то время как EPS биопленки пре- Staphylococcus aureus, на 79  % в течение 5 минут и на
89 % в течение 30 минут инку-
бации. Влияние амилазы в кон-
центрации 10, 20 и 100 мг/мл
приводит к уменьшению объ-
ема биопленки Staphylococcus
aureus на 72, 89 и 90 % соответ-
ственно [8, 17].
Согласно результатам ис-
следования антибиопленочной
активности четырех фермент-
ных соединений, проведен-
ного in vitro с использованием
модели биопленки бактерий
Staphylococcus aureus, которая
имитирует раневидные состо-
яния, лизостафин уменьшает
биомассу биопленки на 76  %,
а α-амилаза, бромелайн и па-
паин — на 97, 98 и 98  % соот-
ветственно. Сканирующая
электронная микроскопия под-
твердила, что диспергирующие
ферментные агенты отделя-
ют матрицу экзополисахарида
биопленки от поверхности, на
которой сформировалась био-
Рисунок 1. Строение и взаимодействие гликозидгидролаз пленка [31].
с целлюлозой (на примере целлюлазы, продуцируемой
Trichoderma reesei — TrCel7A) [14] Дисперсин B
Примечания: A. Доменное строение целлюлазы TrCel7A — углеводсвя-
зывающий модуль и каталитический домен, которые соединены линке- Дисперсин B продуцируется
ром. Б. Схема аминокислотной последовательности TrCel7A с располо- грамотрицательными коккоба-
жением сайтов гликозилирования, помеченных красным цветом. циллами Actinobacillus actinomy-

Таблица 2. Классификация CBM, основанная на специфичности лигандов [3]

Лиганды Cемейство CBM

CBM1, CBM2, CBM3, CBM4, CBM6, CBM8, CBM9, CBM10, CBM16, CBM17, CBM28,
Целлюлоза CBM30, CBM37, CBM44, CBM46, CBM49, CBM59, CBM63, CBM64, CBM65, CBM73,
CBM76, CBM78, CBM80, CBM81
CBM2, CBM4, CBM6, CBM9, CBM13, CBM15, CBM22, CBM31, CBM35, CBM36,
Ксилан
CBM37, CBM44, CBM54, CBM59, CBM60, CBM64, CBM72
Стенка клеток растений (напри-
CBM4, CBM6, CBM11, CBM13, CBM16, CBM22, CBM23, CBM27, CBM28, CBM29,
мер, β-глюканы, порфираны,
CBM32, CBM35, CBM39, CBM42, CBM43, CBM52, CBM56, CBM59, CBM61, CBM62,
пектины, маннаны, глюко- и
CBM67
галактуронаны)
CBM1, CBM2, CBM5, CBM6, CBM12, CBM13, CBM14, CBM16, CBM18, CBM19,
Хитин
CBM50, CBM54, CBM55, CBM73
α-глюканы (крахмал/гликоген, CBM20, CBM21, CBM25, CBM26, CBM34, CBM41, CBM45, CBM48, CBM53, CBM58,
мутант) CBM68, CBM69, CBM74
Гликаны млекопитающих CBM32, CBM40, CBM47, CBM51, CBM57
Cахара бактериальной клеточной стенки: CBM35, CBM39, CBM50
Другие Фруктаны: CBM38, CBM66
Глюканы из клеточной стенки дрожжей: CBM54

Vol. 15, No 4, 2020 http://childshealth.zaslavsky.com.ua 273


Теоретична медицина / Theoretical Medicine

cetemcomitans и представляет собой антибиопленочный dis, Staphylococcus aureus, Actinobacillus pleuropneumoniae;


фермент, молекула которого содержит домен, гомоло- Escherichia coli; Yersinia pestis и Pseudomonas fluorescens
гичный каталитическому домену β-гексозаминидаз. [18]. Дисперсин B, являясь эффективным ферментом
Фермент DspB относится к семейству гликозидги- для разрушения биопленок путем гидролиза PNAG
дролаз-20 (GH20) и обладает β-гексозаминидазной биопленок, не обладает противомикробной активно-
(EC 3.2.1.52) и лакто-N-биозидазной (ЕС 3.2.1.140) стью, в связи с чем высвобождаемые из разрушенной
активностью. Бактериальный DspB является мономер- матрицы EPS бактерий могут инициировать рецидив
ным ферментом [24, 25]. Дисперсин B гидролизирует инфекционного процесса. Для преодоления данного
PNAG, необходимый для прикрепления EPS биоплен- недостатка Kuan-Jung Chen, Cheng-Kang Lee [6], слив
ки к поверхности [5, 10, 24]. молекулу DspB с пептидом AgBP2, связывающим на-
Дисперсин B проявляет антибиопленочную актив- ночастицы серебра (AgNP), создали конъюгат AgNP-
ность по отношению к биопленкам, сформированным DspB, который не только разрушает биопленку путем
не только коккобациллами Actinobacillus actinomy- гидролиза PNAG за счет действия DspB, но и вызыва-
cetemcomitans, но и бактериями Staphylococcus epidermi- ет гибель высвобожденных из биопленки бактерий за

Рисунок 2. Таргетные гликозидные связи различных гликозидгидролаз [11]

Рисунок 3. Филогенетическое дерево семейства гликозидгидролаз GH13 [16]

274 Zdorov’e rebenka, ISSN 2224-0551 (print), ISSN 2307-1168 (online) Vol. 15, No 4, 2020
Теоретична медицина / Theoretical Medicine

счет действия AgNP. Применение конъюгата AgNP- эндо-β-глюканаз, которое первоначально считалось
DspB при биопленке, сформированной бактериями семейством целлюлазы [2]. Около 24 % бактерий про-
Staphylococcus epidermidis, сопровождалось деградацией дуцируют целлюлазы. Существует два распространен-
69 % биопленки, в то время как использование только ных типа активных сайтов целлюлаз. Гликозидные ги-
DspB приводило к уменьшению массы биопленки на дролизы с открытыми (бороздчатые, расщепленные)
37 %. Авторы полагают, что конъюгат AgNP-DspB мо- активными центрами обычно проявляют эндоцеллю-
жет быть использован при лечении стафилококковых лолитическую активность (эндоцеллюлазы), связыва-
инфекций раневых поверхностей. ясь в любом месте по длине молекулы целлюлозы и
Charlene Babra Waryah и соавт. [30] показали, что гидролизуя β-1,4-гликозидную связь, в то время как
ДНКаза I и дисперсин B одинаково способствуют те целлюлазы, у которых активный сайт имеет тунне-
повышению антибактериальной эффективности то- леподобную форму, проявляют экзоцеллюлолитиче-
брамицина за счет разрушения Staphylococcus aureus- скую активность (целлобиогидролазы), связываясь на
ассоциированной биопленки. Однако комбинация концах молекулы целлюлозы и продуцируя олигоса-
этих двух разрушающих биопленку ферментов менее харидные продукты единичной длины. Как правило,
эффективно способствует повышению антибактери- экзоцеллюлазы являются процессивными фермента-
альной эффективности тобрамицина, чем моноприме- ми, то есть они прикрепляются к целлюлозной цепи
нение данных ферментов. Эти данные указывают на то, до тех пор, пока она полностью не гидролизируется
что комбинации различных разрушающих биопленку [19, 27].
ферментов могут поставить под угрозу антимикробную Целлюлазы расщепляют β-1,4-гликозидные связи,
эффективность антибиотиков и их необходимо тща- и конечным продуктом данного гидролиза является
тельно оценивать in vitro, прежде чем использовать для целлобиоза, которая представляет собой дисахарид
дезинфекции медицинских устройств или в фармацев- глюкозы, способный репрессировать целлюлолитиче-
тических составах для лечения хронических инфекций ский механизм и подавлять активность целлюлазы [4].
респираторного тракта. Многочисленные целлюлазы относятся к различ-
ным классам GH (табл. 3).
Целлюлазы Целлюлаза легко гидролизирует Psl бактерий
Целлюлоза, полимер β-1,4-связанных моле- Pseudomonas aeruginosa и устраняет Psl с поверхности
кул глюкозы, является основным полисахаридным клетки. При обработке целлюлазой Psl, по-видимому,
компонентом клеточных стенок растений и наибо- отделяется от поверхности бактерий. Установлено,
лее распространенным органическим полимером что целлюлаза может высвобождать Psl с поверхности
на Земле. Семейство гликозидгидролаз-74 (GH74) бактериальных клеток, не разрушая основной полимер
представляет собой исторически важное семейство Psl. По всей вероятности, данный феномен обуслов-
Таблица 3. Эндо- и экзоцеллюлазы [27]

CAZy семейство Складка Тип действия

GH5 (β/α)8 Эндо


GH5 (β/α)8 Экзо
GH6 Аtypical β/α barrel Эндо
GH6 Аtypical β/α barrel Экзо
GH7 β-jelly roll Эндо
GH7 β-jelly roll Экзо
GH8 (α/α)6 Эндо
GH9 (α/α)6 Эндо
GH9 (α/α)6 Экзо
GH12 β-jelly roll Эндо
GH23 α8 superhelical Эндо
GH44 (β/α)8 Эндо
GH45 β6-barrel Эндо
GH48 (α/α)6 Эндо
GH48 (α/α)6 Экзо
GH51 (β/α)8 Эндо
GH61 β-sandwich with an Ig-like topology. β9α5 Эндо
GH74 7-fold β-propeller Эндо

Vol. 15, No 4, 2020 http://childshealth.zaslavsky.com.ua 275


Теоретична медицина / Theoretical Medicine

лен тем, что β-1,3- или β-1,4-связанная глюкоза может [21, 32, 34]. Действие альгинат-лиазы происходит в три
быть моносахаридом, который связывает Psl с бактери- этапа: 1) удаление отрицательного заряда карбоксилат-
альной поверхностью [22]. аниона; 2) отведение протона на С5; 3) β-элиминация
4-O-гликозидной связи (лиазы) (рис. 4) [28].
Альгинат-лиазы Альгинат-лиазы отличаются субстратной специ­
Альгинат представляет собой линейный анион- фичностью. Установлено, что альгинат-лиаза бакте-
ный полисахарид с высокой молекулярной массой, рий Pseudomonas aeruginosa проявляет активность как к
который состоит из β-1,4-гликозидно-связанной α-L- поли-М, так и к поли-G альгинату [13].
гулуроновой (G) и β-D-маннуроновой (M) кислоты и Продемонстрировано, что альгинат-лиаза в кон-
является характерным компонентом биопленки бак- центрации 20 ед/мл в комбинации с гентамицином
терий Pseudomonas и Azotobacter. Альгинат защищает (64  мкг/мл) вызывает деградацию биопленки, сфор-
бактерии от агрессивных факторов окружающей среды мированной Pseudomonas aeruginosa. Инкубация био-
и способствует их адгезивной активности. Гены, уча- пленки с альгинат-лиазой и гентамицином в течение
ствующие в синтезе альгината, транскрибируются при 96 часов приводила к полному исчезновению ее струк-
адгезии бактерий к поверхностям, что приводит к раз- тур [1].
витию биопленки. При определенных условиях бак- Продемонстрировано, что сайт-специфическое
терии Pseudomonas aeruginosa экспрессирует algL, ко- монопегилирование генно-инженерной альгинат-ли-
торая расщепляет альгинатный полимер на короткие азы А1-III усиливает антибиопленочную активность.
олигосахариды, что приводит к подавлению адгезии и Генно-инженерная альгинат-лиаза А1-III способству-
отделению бактерий от биологической поверхности. ет элиминации более чем 90  % адгезивных бактерий
Диспергирование бактерий из биопленки позволяет Pseudomonas aeruginosa из биопленки [20].
микроорганизмам колонизировать новые сайты ма- Полагают, что альгинат-лиаза обязательно получит
кроорганизма [9, 26]. клиническое применение для лечения заболеваний,
Альгинат-лиазы делятся на G-специфические связанных с развитием бактериальных биопленок сли-
(EC4.2.2.11) и M-специфические (EC4.2.2.3) фермен- зистых оболочек респираторного тракта.
ты. Полисахаридные лиазы на основании гомологии
аминокислотных последовательностей делятся на не- Выводы
сколько семейств. К настоящему времени идентифи- Бактериальные клетки, расположенные в биоплен-
цировано более 1774 последовательностей альгинат- ке, защищены от антибактериальных эндо- и экзофак-
лиаз, которые образуют 7 ферментативных семейств торов внеклеточным полимерным матриксом, основу
которого составляют бактери-
альные полисахаридные соеди-
нения, которые синтезируются
самими бактериями. Ферменты,
которые расщепляют полиса-
харидные полимеры, вызыва-
ют разрушение бактериальных
биопленок, что сопровождается
высвобождением бактерий. Ли-
шение защиты полисахаридов
EPS способствует эффектив-
ному воздействию антибакте-
риальных агентов на бактерии.
Медикаментозные методы дис-
пергирования биопленок при
помощи полисахаридразруша-
ющих ферментов, без сомнения,
расширят арсенал антибиопле-
ночной терапии хронических и
рецидивирующих бактериаль-
ных инфекций, особенно вы-
званных антибиотикорезистент-
ными бактериями.

Конфликт интересов. Автор


заявляет об отсутствии какого-
либо конфликта интересов и
Рисунок 4. Гидролиз альгината при помощи альгинат-лиазы [28]
Примечание: альгинат-лиаза катализирует гидролиз альгината, сопо- собственной финансовой заин-
лимера L-гулуроната (G) и C5-эпимера-D-маннуроната (M) посредством тересованности при подготовке
β-элиминации. данной статьи.

276 Zdorov’e rebenka, ISSN 2224-0551 (print), ISSN 2307-1168 (online) Vol. 15, No 4, 2020
Теоретична медицина / Theoretical Medicine

References 17. Kalpana BJ, Aarthy S, Pandian SK. Antibiofilm activ-


1. Alkawash MA, Soothill JS, Schiller NL. Alginate ly- ity of α-amylase from Bacillus subtilis S8-18 against biofilm
ase enhances antibiotic killing of mucoid Pseudomonas forming human bacterial pathogens. Appl Biochem Biotech-
aeruginosa in biofilms. APMIS. 2006;114(2):131-138. nol. 2012;167(6):1778-1794. doi:10.1007/s12010-011-9526-
doi:10.1111/j.1600-0463.2006.apm_356.x. 2.
2. Arnal G, Stogios PJ, Asohan J, et al. Substrate speci- 18. Kerrigan JE, Ragunath C, Kandra L, et al. Model-
ficity, regiospecificity, and processivity in glycoside hydro- ing and biochemical analysis of the activity of antibiofilm
lase family 74. J Biol Chem. 2019;294(36):13233-13247. agent Dispersin B. Acta Biol Hung. 2008;59(4):439-451.
doi:10.1074/jbc.RA119.009861. doi:10.1556/ABiol.59.2008.4.5.
3. Baroroh U, Yusuf M, Rachman SD, et al. The Importance 19. Kurasin M, Väljamäe P. Processivity of cello-
of Surface-Binding Site towards Starch-Adsorptivity Level in biohydrolases is limited by the substrate. J Biol Chem.
α-Amylase: A Review on Structural Point of View. Enzyme 2011;286(1):169-177. doi:10.1074/jbc.M110.161059.
Res. 2017;2017:4086845. doi:10.1155/2017/4086845. 20. Lamppa JW, Ackerman ME, Lai JI, Scanlon TC, Gris-
4. Berlemont R, Martiny AC. Phylogenetic distribution wold KE. Genetically engineered alginate lyase-PEG con-
of potential cellulases in bacteria. Appl Environ Microbiol. jugates exhibit enhanced catalytic function and reduced im-
2013;79(5):1545-1554. doi:10.1128/AEM.03305-12. munoreactivity. PLoS One. 2011;6(2):e17042. doi:10.1371/
5. Chaignon P, Sadovskaya I, Ragunah Ch, Ramasubbu journal.pone.0017042.
N, Kaplan JB, Jabbouri S. Susceptibility of staphylococcal 21. Lombard V, Bernard T, Rancurel C, Brumer H,
biofilms to enzymatic treatments depends on their chemical Coutinho PM, Henrissat B. A hierarchical classification
composition. Appl Microbiol Biotechnol. 2007;75(1):125- of polysaccharide lyases for glycogenomics. Biochem J.
132. doi:10.1007/s00253-006-0790-y. 2010;432(3):437-444. doi:10.1042/BJ20101185.
6. Chen KJ, Lee CK. Twofold enhanced dispersin B activ- 22. Ma L, Conover M, Lu H, Parsek MR, Bayles K, Woz-
ity by N-terminal fusion to silver-binding peptide for biofilm niak DJ. Assembly and development of the Pseudomonas ae-
eradication. Int J Biol Macromol. 2018;118(Pt A):419-426. ruginosa biofilm matrix. PLoS Pathog. 2009;5(3):e1000354.
doi:10.1016/j.ijbiomac.2018.06.066. doi:10.1371/journal.ppat.1000354.
7. Cockburn D, Wilkens C, Ruzanski C, et al. Analysis of 23. Pozzi C, Waters EM, Rudkin JK, et al. Methicillin
surface binding sites (SBSs) in carbohydrate active enzymes resistance alters the biofilm phenotype and attenuates viru-
with focus on glycoside hydrolase families 13 and 77 — a lence in Staphylococcus aureus device-associated infections.
mini-review. Biologia. 2014;69(6):705-712. doi:10.2478/ PLoS Pathog. 2012;8(4):e1002626. doi:10.1371/journal.
s11756-014-0373-9. ppat.1002626.
8. Craigen B, Dashiff A, Kadouri DE. The Use of Com- 24. Ragunath C, DiFranco K, Shanmugam M, et al.
mercially Available Alpha-Amylase Compounds to Inhibit Surface display of Aggregatibacter actinomycetemcomi-
and Remove Staphylococcus aureus Biofilms. Open Microbiol tans autotransporter Aae and dispersin B hybrid act as an-
J. 2011;5:21-31. doi:10.2174/1874285801105010021. tibiofilm agents. Mol Oral Microbiol. 2016;31(4):329-339.
9. Ertesvåg H. Alginate-modifying enzymes: bio- doi:10.1111/omi.12126.
logical roles and biotechnological uses. Front Microbiol. 25. Ramasubbu N, Thomas LM, Ragunath C, Kaplan JB.
2015;6:523. doi:10.3389/fmicb.2015.00523. Structural analysis of dispersin B, a biofilm-releasing glyco-
10. Fekete A, Borbás A, Gyémánt G, et al. Synthesis of side hydrolase from the periodontopathogen Actinobacillus
β-(1→6)-linked N-acetyl-D-glucosamine oligosaccharide actinomycetemcomitans. J Mol Biol. 2005;349(3):475-486.
substrates and their hydrolysis by Dispersin B. Carbohydr Res. doi:10.1016/j.jmb.2005.03.082.
2011;346(12):1445-1453. doi:10.1016/j.carres.2011.03.029. 26. Saxena P, Joshi Y, Rawat K, Bisht R. Biofilms: Ar-
11. Fleming D, Chahin L, Rumbaugh K. Glycoside Hydro- chitecture, Resistance, Quorum Sensing and Control Mecha-
lases Degrade Polymicrobial Bacterial Biofilms in Wounds. nisms. Indian J Microbiol. 2019;59(1):3-12. doi:10.1007/
Antimicrob Agents Chemother. 2017;61(2):e01998-16. s12088-018-0757-6.
doi:10.1128/AAC.01998-16. 27. Sukharnikov LO, Cantwell BJ, Podar M, Zhulin IB.
12. Fleming D, Rumbaugh KP. Approaches to Dispers- Cellulases: ambiguous nonhomologous enzymes in a ge-
ing Medical Biofilms. Microorganisms. 2017;5(2):15. nomic perspective. Trends Biotechnol. 2011;29(10):473-479.
doi:10.3390/microorganisms5020015. doi:10.1016/j.tibtech.2011.04.008.
13. Ghadam P, Akhlaghi F, Ali AA. One-step purifica- 28. Thallinger B, Prasetyo EN, Nyanhongo GS, Guebitz
tion and characterization of alginate lyase from a clinical GM. Antimicrobial enzymes: an emerging strategy to fight
Pseudomonas aeruginosa with destructive activity on bac- microbes and microbial biofilms. Biotechnol J. 2013;8(1):97-
terial biofilm. Iran J Basic Med Sci. 2017;20(5):467-473. 109. doi:10.1002/biot.201200313.
doi:10.22038/IJBMS.2017.8668. 29. van Dijl JM, Hecker M. Bacillus subtilis: from soil
14. Greene ER, Himmel ME, Beckham GT, Tan Z. Gly- bacterium to super-secreting cell factory. Microb Cell Fact.
cosylation of Cellulases: Engineering Better Enzymes for 2013;12:3. doi:10.1186/1475-2859-12-3.
Biofuels. Adv Carbohydr Chem Biochem. 2015;72:63-112. 30. Waryah CB, Wells K, Ulluwishewa D, et al. In Vitro
doi:10.1016/bs.accb.2015.08.001. Antimicrobial Efficacy of Tobramycin Against Staphylococ-
15. Hogan S, Zapotoczna M, Stevens NT, Humphreys H, cus aureus Biofilms in Combination With or Without DNase I
O'Gara JP, O'Neill E. Potential use of targeted enzymatic and/or Dispersin B: A Preliminary Investigation. Microb Drug
agents in the treatment of Staphylococcus aureus biofilm- Resist. 2017;23(3):384-390. doi:10.1089/mdr.2016.0100.
related infections. J Hosp Infect. 2017;96(2):177-182. 31. Watters CM, Burton T, Kirui DK, Millenbaugh NJ.
doi:10.1016/j.jhin.2017.02.008. Enzymatic degradation of in vitro Staphylococcus aureus bio-
16. Janeček Š, Gabriško M. Remarkable evolution- films supplemented with human plasma. Infect Drug Resist.
ary relatedness among the enzymes and proteins from the 2016;9:71-78. doi:10.2147/IDR.S103101.
α-amylase family. Cell Mol Life Sci. 2016;73(14):2707-2725. 32. Xu F, Wang P, Zhang YZ, Chen XL. Diversity of Three-
doi:10.1007/s00018-016-2246-6. Dimensional Structures and Catalytic Mechanisms of Algi-

Vol. 15, No 4, 2020 http://childshealth.zaslavsky.com.ua 277


Теоретична медицина / Theoretical Medicine

nate Lyases. Appl Environ Microbiol. 2018;84(3):e02040-17. and applications. Bioengineered. 2015;6(3):125-131. doi:1
doi:10.1128/AEM.02040-17. 0.1080/21655979.2015.1030543.
33. Yan S, Wu G. Bottleneck in secretion of α-amylase
in Bacillus subtilis. Microb Cell Fact. 2017;16(1):124.
doi:10.1186/s12934-017-0738-1. Получено/Received 22.01.2020
34. Zhu B, Yin H. Alginate lyase: Review of major sources Рецензировано/Revised 24.02.2020
and classification, properties, structure-function analysis Принято в печать/Accepted 03.03.2020 

Information about author


А.Е. Abaturov, MD, PhD, Professor, Head of the Department of pediatrics 1 and medical genetics, State Institution “Dnipropetrovsk Medical Academy of the Ministry of Health of Ukraine”, Dnipro, Ukraine;
e-mail: alexabaturov@i.ua; ORCID iD: http://orcid.org/0000-0001-6291-5386

Абатуров О.Є.
ДУ «Дніпропетровська медична академія МОЗ України», м. Дніпро, Україна

Полісахаридруйнуючі ферменти як агенти, що диспергують бактеріальні біоплівки


Резюме.  Розвиток бактеріальних біоплівок залежить від нять антибіоплівкову дію, є: α-лізоцим, амілази, дисперсин B,
секреції і збереження позаклітинних полісахаридів або екзо- целюлази, гіалуронідаза, α- і β-манозідази, альгінат-ліази. Ці
полісахаридів, що являють собою основні компоненти поза- ферменти викликають руйнування полісахаридних полімерів,
клітинної полісахаридної речовини біоплівок. Екзополісаха- сприяючи вивільненню бактерій. Бактерії, які втратили захист
риди позаклітинної полісахаридної речовини забезпечують полісахаридного каркасу, піддаються впливу антибактеріаль-
структурну стабільність біоплівки, адгезію і агрегацію мікро- них агентів. З огляду на те, що деградація екзополісахаридів
організмів, фізичний та хімічний захист бактерій від дії проти- біоплівок глікозидгідролазами призводить до вираженого
мікробних препаратів і ефекторів імунної системи макроорга- диспергування бактерій, даний антибіоплівковий метод лі-
нізму. Бактеріальні клітини, розташовані в біоплівці, захищені кування може являти собою універсальний підхід до терапії
від антибактеріальних ендо- та екзофакторів позаклітинним інфекцій, що перебігають із формуванням біоплівок. Меди-
полімерним матриксом. Для ініціювання диспергування біо- каментозні методи диспергування біоплівок за допомогою
плівок мікроорганізми поряд з іншими ферментами викорис- полісахариддеградуючих ферментів, без сумніву, розширять
товують специфічні глікозидгідролази, що руйнують поліса- арсенал антибіоплівкової терапії хронічних та рецидивуючих
хариди бактеріальних біоплівок. Глікозидгідролази реалізують бактеріальних інфекцій, особливо викликаних антибіотико-
свою дію через гідроліз глікозидних зв’язків: амілази розще- резистентними бактеріями.
плюють α-1,4-; целюлази — β-1,4-; β-галактозидази — β-1,3- Ключові слова:  бактеріальні біоплівки; диспергування; по-
глікозидний зв’язок. Основними глікозидгідролазами, що чи- лісахаридруйнуючі ферменти

А.Е. Abaturov
State Institution “Dnipropetrovsk Medical Academy of the Ministry of Health of Ukraine”, Dnipro, Ukraine

Polysaccharide-degrading enzymes as agents dispersing bacterial biofilms


Abstract.  The development of bacterial biofilms depends on hydrolases that have antibiotic action are: α-lysozyme, amylases,
the secretion and preservation of extracellular polysaccharides, dispersin B, cellulases, hyaluronidase, α- and β-mannosidases,
or exopolysaccharides, which are the main components of the ex- alginate lyases. These enzymes cause the destruction of polysac-
tracellular polysaccharide substance of the biofilms. Exopolysac- charide polymers, contributing to the release of bacteria. Bacte-
charides of the extracellular polysaccharide substance provide the ria that have lost the protection of the polysaccharide scaffold are
structural stability of the biofilm, the adhesion and aggregation of exposed to antibacterial agents. Considering that the degradation
microorganisms, the physical and chemical protection of bacte- of exopolysaccharides of biofilms by glycoside hydrolases leads
ria from the action of antimicrobials and immune system effectors to pronounced dispersion of bacteria, this antibiofilm treatment
of the macroorganism. Bacterial cells located in the biofilm are method can be a universal approach to the treatment of infections
protected from antibacterial endo- and exofactors by an extra- occurring with the formation of biofilms. Drug methods of dis-
cellular polymeric matrix. To initiate the dispersion of biofilms, persing biofilms using polysaccharide-degrading enzymes will no
microorganisms, along with other enzymes, use specific glycoside doubt expand the arsenal of antibiofilm therapy for chronic and
hydrolases, which destroy polysaccharides of bacterial biofilms. recurrent bacterial infections, especially those caused by antibio­
Glycoside hydrolases realize their action through the hydrolysis tic-resistant bacteria.
of glycosidic bonds: amylases cleave α-1,4-; cellulases — ­β-1,4-; Keywords:  bacterial biofilms; dispersion; polysaccharide-de-
β-galactosidases — β-1,3-glycosidic bonds. The main glycoside grading enzymes

278 Zdorov’e rebenka, ISSN 2224-0551 (print), ISSN 2307-1168 (online) Vol. 15, No 4, 2020