Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
УТВЕРЖДАЮ
Заведующий кафедрой
_________ / Кратасюк В.А.
«___» ________2016 г.
БАКАЛАВРСКАЯ РАБОТА
06.03.01. Биология
Красноярск 2016
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ..............................................................................................................3
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ........................................................................................4
1.1. Строение ДНК..................................................................................................4
1.2. Длина генома.....................................................................................................4
1.3. Частотный словарь...........................................................................................6
1.4. Правила Чаргаффа............................................................................................6
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ..............................................7
2.1. Материалы.........................................................................................................7
2.2. Методы............................................................................................................20
3. РЕЗУЛЬТАТЫ.....................................................................................................20
4. ВЫВОДЫ...........................................................................................................54
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ.............................................55
2
ВВЕДЕНИЕ
3
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
5
1.3. Частотный словарь
nω
f ω=
Ν
(1)
где nω — число копий каждого слова, ω – слово, N – общее число слов [8].
6
значительно отличались от эквимолярных, которых можно было бы
ожидать, если бы все четыре основания были представлены в равных
пропорциях.
В 1968 году Чарграфф выявил, что в каждой из нитей ДНК
количество аденина приблизительно равно количеству тимина, а гуанина
— цитозину: А~Т, Г~Ц. В 1990-х с развитием технологии секвенирования
ДНК это правило было подтверждено.
Соотношения, выявленные Чаргаффом для аденина (А), тимина (Т),
гуанина (Г) и цитозина (Ц), оказались следующими:
1. Количество аденина равно количеству тимина, а гуанина —
цитозину: А=Т, Г=Ц.
2. Количество пуринов равно количеству пиримидинов: А+Г=Т+Ц.
3. Количество оснований с аминогруппами в положении 6 равно
количеству оснований с кетогруппами в положении 6: А+Ц=Г+Т.
Вместе с тем, соотношение (A+Т):(Г+Ц) может быть различным у
ДНК разных видов. У одних преобладают пары АТ, в других — ГЦ. Эти
соотношения применялись только к одноцепочечной ДНК.
Правила Чаргаффа, наряду с данными рентгеноструктурного
анализа, сыграли решающую роль в расшифровке структуры ДНК Дж.
Уотсоном и Фрэнсисом Криком.
Позднее, когда было секвенировано больше геномов, стало понятно,
что соотношение (A+Т):(Г+Ц) выполняется и для обеих нитей ДНК
одновременно. Это и было названо вторым правилом Чаргаффа[9,10].
Известно, что второе правило Чаргаффа нарушается у геномов
разных организмов по-разному. Особенно часто нарушается оно в
митохондриальных геномах [11].
2.1. Материалы
Halovivax ruber
8
Methanobacterium paludis
Methanocaldococcus fervens
Methanocella paludicola
Methanococcoides burtonii
Methanococcoides methylutens
Methanococcus aeolicus
Methanococcus vannielii
Methanococcus voltae
Methanocorpusculum labreanum
Methanoculleus bourgensis
Methanoculleus marisnigri
Methanohalobium evestigatum
Methanohalophilus mahii
Methanolacinia petrolearia
Methanolobus psychrophilus
Methanomethylovorans hollandica
Methanopyrus kandleri
Methanoregula boonei
Methanoregula formicica
Methanosaeta concilii
9
Methanosaeta harundinacea
Methanosalsum zhilinae
Methanosarcina acetivorans
Methanosarcina thermophila
Methanosarcina vacuolata
Methanosphaera stadtmanae
Methanosphaerula palustris
Methanospirillum hungatei
Methanothermobacter marburgensis
Methanothermobacter thermautotrophicus
Methanothermococcus okinawensis
Methanothermus fervidus
Methanotorris igneus
Natrialba magadii
Natrinema pellirubrum
Natronobacterium gregoryi
Natronococcus occultus
Natronomonas moolapensis
Natronomonas pharaonis
Picrophilus torridus
Pyrococcus abyssi
Pyrococcus furiosus
Pyrococcus horikoshii
Thermococcus barophilus
Thermococcus kodakarensis
Thermococcus litoralis
Thermococcus nautili
10
Thermoplasma acidophilum
Thermoplasma volcanium
Actinobacillus pleuropneumoniae
Advenella kashmirensis
Aggregatibacter aphrophilus
Arcobacter nitrofigilis
11
Chloroflexus aurantiacus Azorhizobium caulinodans
Bacillus cellulosilyticus
Bacillus thuringiensis
Bordetella holmesii
Coxiella burnetii
12
Ammonifex degensii Geobacter metallireducens
13
Lactococcus lactis Pseudomonas mosselii
Paenibacillus terrae
Haliscomenobacter hydrossis
Muricauda ruestringensis
14
Planctopirus limnophilus Ornithobacterium rhinotracheale
Pedobacter heparinus
Rhodothermus marinus
Borrelia coriaceae
Amycolatopsis methanolica
Bifidobacterium animalis
Corynebacterium glyciniphilum
Geodermatophilus obscurus
15
Intrasporangium calvum
Isoptericola variabilis
Jonesia denitrificans
Kocuria rhizophila
Kribbella flavida
Kutzneria albida
Kytococcus sedentarius
Mycobacterium tuberculosis
Nakamurella multipartita
Nocardiopsis alba
Parascardovia denticolens
Rubrobacter xylanophilus
Sanguibacter keddieii
Streptomyces avermitilis
Streptomyces cattleya
Streptomyces fulvissimus
16
Aspergillus nidulans FGSC A4 Lachancea thermotolerans CBS 6340
chromosome IV chromosome D
17
Cryptosporidium parvum Iowa II Ovis aries chromosome 4
chromosome 4
18
Fusarium verticillioides 7600 Theileria annulata chromosome 4
chromosome 4
2.2. Методы
Μ =
√ ∑ (f
ω
ω −f ώ )2∗1
(2)
q
‖Ω‖
4q
где Ω= ; f ω – частота встречаемости слова; f ώ−¿ частота
2
встречаемости комплиментарного слова в другой нити ДНК; ω−¿ слово;
q−¿ длина слова.
Невязка измеряет меру отклонения внутри словаря, очень близка к
Евклидовой метрике, но не является ею.
Если бы частоты слов были равными, то невязка была бы равна нулю и
второе правило Чаргаффа выполнялось с абсолютной точностью [12].
19
3. РЕЗУЛЬТАТЫ
Object 17
20
Object 20
Object 22
21
Object 24
Object 26
22
Object 28
Object 30
23
Рисунок 7 – Сравнение коэффициентов невязки для слов, длиной 1,
разных геномов бактерий.
Object 33
24
Object 36
Object 39
25
Рисунок 10 – Сравнение коэффициентов невязки для слов, длиной 4,
разных геномов бактерий.
Object 42
26
Object 44
Object 46
27
Рисунок 13 – Сравнение коэффициентов невязки для слов, длиной 1,
разных геномов эукариот.
Object 49
28
Object 52
Object 55
29
Рисунок 16 – Сравнение коэффициентов невязки для слов, длиной 4,
разных геномов эукариот.
Object 58
30
Object 61
31
Object 64
Object 66
32
Object 69
Object 71
33
Object 73
Object 76
34
Object 79
Object 82
35
Object 84
Object 86
36
Object 89
Object 92
37
Рисунок 30 – Среднее значение невязки отдела Cyanobacteria.
Object 94
Object 96
38
Object 99
Object 102
39
Object 105
Object 108
40
Рисунок 36 – Среднее значение невязки отдела Chlamydiae, порядок
Chlamydiales.
Object 110
Object 112
41
Object 115
Object 117
42
Object 119
Object 121
43
Object 124
Object 127
44
Object 130
Object 132
45
Object 135
Object 138
46
Object 141
Object 143
47
Object 146
Object 148
48
Object 150
Object 152
49
Object 154
Object 157
50
Object 160
Object 163
51
Object 166
Object 168
52
Рисунок 60 – Корреляция между невязками внутри порядков разных
отделов, и невязками между разными отделами бактерий.
Object 170
53
4. ВЫВОДЫ
54
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
55
8. Садовский М.Г. Об информационной емкости символьных
последовательностей. // Вычислительные технологии – 2005 - Том
10, № 4 – С. 82- 90.
9. Albrecht-Bühler G. Inversions and inverted transpositions as the basis for
an almost universal “format” of genome sequences // Genomics, 2008,
vol. 90, pp. 297–305.
10. D. Mitchell, R. Bridge A test of Chargaff's second rule // Biochem.
Biophys. Res. Commun., 340 (2006), pp. 90–94
11. Зайцева Н.А. Нарушение второго правила Чаргаффа у
митохондриальных геномов и его связь с таксономией носителя.
Красноярск, СФУ.
12. Гребнев Я.В., Садовский М.Г. Второе правило чаргаффа и
симметрия геномов // Фундаментальные исследования – 2014, № 12
– С. 965-968.
56