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PESQUISA
Código Genético
Um quebra-cabeça que começa a ser montado
Newton Portilho Carneiro Seqüenciamento de Genes tro lado, o genoma funcional é base-
Ph.D. Biologia Molecular
newtonc@cnpms.embrapa.br
Projetos Genomas ado apenas no seqüenciamento dos
Embrapa Milho e Sorgo - Sete Lagoas, MG genes expressos e tem a vantagem de
Existem basicamente dois tipos de poder caracterizar a expressão tem-
Andréa Almeida Carneiro
Ph.D. Biologia Molecular projetos genoma. Um chamado estru- poral e local dos genes. O seqüencia-
andreac@cnpms.embrapa.br tural que é o seqüenciamento total do mento no genoma funcional é feito
Embrapa Milho e Sorgo - Sete Lagoas, MG genoma, e outro funcional, que se em cerca de 800 pares de bases (bp)
Cláudia Teixeira Guimarães baseia no seqüencimento apenas dos de apenas uma das fitas de cDNA.
D.S. Biologia Molecular genes expressos. A estratégia mais Considerando que as bibliotecas de
claudia@cnpms.embrapa.br
Embrapa Milho e Sorgo - Sete Lagoas, MG
utilizada para genomas estruturais é a cDNA são montadas direcionalmente,
chamada shotgun, que é uma se- a maior parte do seqüenciamento é
Edilson Paiva qüência em grande escala de subclo- feito a partir da extremidade 5 do
Ph.D. Biologia Molecular
edilson@cnpms.embrapa.br
nes de fragmentos de DNA já mapea- cDNA, devido ser a mais informativa e
Embrapa Milho e Sorgo - Sete Lagoas, MG dos. Estudos estruturais de genomas conservada. Embora possa haver er-
estruturais têm a principal vantagem ros de leitura nas seqüências geradas,
estes não comprometem, na maio-
ria dos casos, a identificação dos
correspondentes genes. Desta for-
Os genes são as unidades biológicas responsáveis em determi- ma, milhares de seqüências podem
nar as características de um organismo. Apesar de atualmente conhecer- ser determinadas com um limitado
mos como as informações contidas nos genes são codificadas em investimento. A terminologia do in-
proteínas, muitas dessas proteínas / genes não possuem uma função glês para etiqueta dos genes é cha-
conhecida. Como descobrir a(s) função(ões) de uma proteína codificada mada de Express Sequence Tags
por um determinado gene? Proteínas podem ter funções enzimáticas, (ESTs).
estruturais ou de reserva, a que iremos nos referir nesta discussão, como O banco de dados de ESTs tem
funções bioquímicas. Contudo, funções bioquímicas estão encaixadas mostrado ser uma grande fonte de
em um contexto mais amplo, como por exemplo: proteínas participam identificação, principalmente da fun-
de processos de regulação celular, de defesa, de tolerância a estresses, ção bioquímica de muitos genes e
etc, os quais serão referidos neste texto como função biológica de uma de funções biológicas que podem
proteína. Este artigo tem por objetivo descrever alguns dos mecanismos ser inferidas com base na freqüên-
utilizados para o estudo da função bioquímica e biológica de proteínas cia de certos genes, que são identi-
codificadas por um gene ou em grande escala, por grupos de genes. ficados em bibliotecas de cDNAs
construídas sob diferentes condi-
ções. Exemplificando: uma proteí-
na X pode ser identificada como
de combinarem o seqüenciamento e o uma quinase (função bioquímica) atra-
mapeamento físico dos genes, mas a vés do seqüenciamento do gene que
desvantagem de um elevado custo. a codifica e da comparação com o
Considerando esse aspecto, está sen- banco de dados. Se essa mesma pro-
do feito o seqüenciamento total do teína for identificada apenas em teci-
genoma, apenas de organismos com dos ou orgãos que sofreram o ataque
genomas pequenos ou daqueles que de um patógeno Y , esse fato pode
já têm grande financiamento. Por ou- levantar a suspeita de que a proteína